조심 2022인6113 (2022.09.22)

OOO서장이 2022.2.3. 청구법인에게 한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다

1. 처분개요

가. 청구법인은 음향기기 제조업을 영위하는 법인으로서, 2018.5.16. AAA(주)와 OOO 소재 토지 562.10㎡ 및 건물 2,098.51㎡(본사 사옥으로서, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)에 매도하는 계약을 체결하고, 2019.2.18. 잔금의 대부분을 지급받았으며, 위 구분가액에 따라 건물의 공급에 대하여 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO청장은 청구법인에 대한 법인통합조사 결과, 쟁점부동산 매각 시 토지 및 건물 가액의 구분이 부적정하다고 보아

「부가가치세법」 제29조

제9항에 따라 토지와 건물의 기준시가로 안분 계산한 금액 OOO원을 건물의 공급가액으로 하여 과소 신고분에 대한 부가가치세를 부과하도록 처분청에 자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2022.2.3. 청구법인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 부동산의 잔금지급일인 2019년 2월을 공급시기로 보아 2018.12.31. 개정된

「부가가치세법」 제29조

제9항(실지거래가액이 대통령령으로 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 기준시가에 의한 안분 계산한 금액으로 함)을 적용하였으나, 쟁점부동산 매매계약은

「부가가치세법 시행규칙」제18조

에 따른 중간지급조건부 재화의 공급으로서, 최초 공급시기인 매매계약일(2018.5.16.)을 공급일로 보아 개정전 법 조항을 적용하여야 하므로 당초 부가가치세 부과처분은 부당하다.

즉,

「부가가치세법」 제29조

제9항의 개정(2018.12.31., 시행 2019.1.1.)시 부칙 제2조(일반적 적용례)에서는 ‘이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다’고 규정한바, 쟁점부동산 매매계약은 계약금을 2018년 5월, 중도금을 2018년 8월, 잔금을 2019년 2월 받기로 하여 중간지급조건부 공급에 해당되고, 한편, 중간지급조건부 공급에서는

「부가가치세법 시행령」 제64조

제1항 제1호 단서에서 ‘감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가법인등이 평가한 감정가액을 말한다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다’고 규정한 것과 같이 최초 공급시기인 매매계약일을 공급일로 보아야 할 것이므로, 결국 쟁점부동산의 공급일(2018.5.16.)이

「부가가치세법」 제29조

제9항의 시행일(2019.1.1.) 이전인 이 건에서는 개정전 법 조항을 적용하여야 한다.

(2) 쟁점부동산 매매시 건물가액을 OOO원으로 계상한 사유는 양수법인 AAA㈜가 쟁점부동산을 취득하여 청년임대주택을 신축하여 분양하기 위해 동 건물을 철거하고 토지만 사용하기 위한 것이기 때문이며, 부동산 매매계약 당시 부가가치세 예규(법규부가 2014-508등 다수)에 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물가액을 ‘0’으로 계약한 경우, 건물의 과세표준이 ‘0’이 된다고 되어 있으므로 계약서에 건물을 OOO원으로 계상한 금액으로 발행한 세금계산서는 정당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은

「부가가치세법」 제29조

제9항이 2018.12.31. 개정되었고, 쟁점부동산 매매계약은 개정전에 체결되었으므로 개정된 규정이 적용되지 아니하여 건물가액이 기준시가 안분금액보다 30% 이상 차이가 있어도 이를 인정하여야 한다고 주장하나, 개정 전

「부가가치세법」 제29조

를 적용하더라도 건물의 공급가액을 산정한 처분은 타당하다.

개정 전

「부가가치세법」 제29조

에서는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정한바, 실지거래가액이 불분명한 경우란 토지와 건물을 가액구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 건물의 가액 등이 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사의의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함한다(서울행정법원 2019.5.8. 선고 2018구합66777 판결 참조).

청구법인은 철거예정인 건물가액을 OOO원으로 구분하였으나, 감정평가가액은 없으므로 감정평가가액에 따라 합리적으로 구분한 경우에 해당하지 아니고, 또한 양도 당시 기준시가로 안분 계산한 건물가액은 OOO원으로 그 차이가 OOO원에 이르며, 건물가액을 OOO원으로 산정한 합리적인 근거가 없어 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없다.

또한 쟁점부동산 매매계약서는 최소 2회 이상 작성된바, 청구법인은 당초 쟁점부동산 매매계약서 작성시 건물가액을 OOO원, 매수자를 aaa 외 1인(AAA㈜ 주주)으로 하여 매매계약서를 작성하였으나 추후 건물가액을 OOO원으로, 매수자를 AAA㈜로 수정하여 매매계약서를 다시 작성하였다.

이와 같이 건물가액에 대한 합리적인 근거없이 임의적으로 구분기재한 건물가액 OOO원은 합리적인 가액이라고 할 수 없으므로 토지와 건물의 가액구분이 불분명하다고 보아

「부가가치세법」제29조

에 따라 쟁점건물의 공급가액을 산정한 처분은 타당하다.

(2) 청구법인은 양수인이 토지만 사용하는 토지ㆍ건물 일괄 양도이므로 건물가액 OOO원은 정당하다고 주장하나, 청구법인이 양수법인과 작성한 부동산매매계약서를 보면, 토지ㆍ건물 일괄양도이나 양수법인이 토지만 사용할 것이므로 건물은 그 가액이 없다는 내용이 전혀 없고, 오히려 건물가액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 임의로 변경한 것으로 보아 매매대금에 건물의 가액이 포함되어 있다.

설령 양수법인이 토지만을 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였다 하더라도 청구법인과 양수법인은 토지와 건물을 일괄하여 거래하였고, 건물을 청구법인 자신의 비용으로 철거한 것은 아니어서 건물의 양도를 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로(조심 2018서2623, 2018.10.11. 등) 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

토지.건물 일괄양도시 구분기재한 건물가액을 부인하고 기준시가 안분액으로 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 전자제품(음향기기) 제조업을 영위하는 법인으로서, 2018.5.16. AAA(주)에게 OOO 소재 쟁점부동산을 OOO원에 매도하는 계약을 체결한바, 청구법인이 AAA(주)와 체결한 매매계약서의 일부는 아래 ＜표1＞과 같고, 토지는 OOO원, 건물은 OOO원으로 구분되었으며, 매매대금 총 OOO원 중 OOO원을 제외한 금액은 2019.2.18.까지 지급하는 것으로 나타난다.

＜표1＞ 매매계약서

OOO

(2) 처분청은 위 매매계약 체결 이전에 아래 ＜표2＞와 같이 aaa 외 1인(AAA㈜ 주주)을 양수법인으로 하여, 토지는 OOO원, 건물은 OOO원으로 구분한 계약서가 작성되었다는 의견이다.

＜표2＞ 당초 계약서

OOO

(3) 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 매매대금을 지급받았고, 2019.2.18. 건물에 대한 세금계산서를 발급하였으며, 양수법인이 쟁점부동산 중 건물의 공급과 관련하여 매입세액은 공제하지 아니한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 매매대금 입금일자

(단위 : 백만원)

OOO

(4) 등기사항전부증명서 등에 의하면 건물에 대하여 2019.2.18. BBB주식회사에 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐진 후 2019.7.24. 위 신탁등기가 말소되면서 AAA(주)로 2018.5.16.자 매매를 원인으로 소유권이전등기가 되었고, 청구법인은 2019.9.10. 건물의 소재지로부터 본점을 이전하였으며, 건물은 2020.2.28. 멸실된 후 청년임대주택이 건축된 것으로 나타난다.

(5) 처분청은 청구법인과 양수법인이 아래와 같은 사정으로 합리적 이유 없이 건물가액을 OOO원으로 정하였다는 의견이다.

(가) 청구법인은 부동산 매매계약 당시 자금사정 악화로 부동산을 긴급하게 매각한 후 차입금 상환 및 법인 운영자금 등으로 사용할 목적이었고, 이러한 상황에서 건물가액을 높여서 부가가치를 발생시킬 이유가 전혀 없었다. 한편, 양수법인 입장에서는 건물 부가가치세가 토지조성공사를 위한 매입세액에 해당하여 부가가치세 매입세액 공제대상에 해당하지 아니하고 토지의 취득원가를 구성하기 때문에 건물에 대한 부가가치세로 인해 부동산 매수금액이 상승하게 될 우려가 있기 때문에 건물가액을 낮추려고 하였을 것이다.

(나) 청구법인과 양수법인은 위와 같은 이유로 인해 상호 합의하에 건물가액에 대한 합리적인 근거 없이 임의적으로 건물가액을 OOO원으로 정한 후 매매계약서를 다시 작성하였을 것이다.

(다) 결국 건물가액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 수정한 결과 부동산 매매대금은 당초 OOO원에서 OOO원으로 감소하였고, 청구법인이 납부해야 할 부가가치세 매출세액은 OOO원에서 OOO원으로 감소하였다.

(6) 「부가가치세법」이 법률 제16101호로 2018.12.31. 개정되기 전까지는

「부가가치세법」제29조

제9항에 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정되어 있었는데, 2018.12.31. 개정시

「부가가치세법」제29조

제9항에 제2호가 신설(2019.1.1. 시행)되어 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 그 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 개정되었다가, 법률 제18577호로 2021.12.8.

「부가가치세법」제29조

제9항 제2호에 단서를 신설하여 다른 법령에서 토지와 건물의 양도가액을 정한 경우와 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 위와 같은 안분계산 대상에서 제외하도록 재개정되었다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 토지와 건물의 구분가액을 부인하고 기준시가로 안분한 금액을 건물의 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 처분이 정당하다는 의견이나,

쟁점부동산의 매매계약서상 계약금을 지급받기로 한 날(2018.5.16.)과 인도일(2019.2.28.)까지 6개월 이상의 기간 동안 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 것으로 약정하였고, 쟁점부동산의 소유권이전등기일(2019.7.24.) 및 본점 이전일(2019.9.10.) 등에 비추어 당초 약정 보다 빨리 소유권의 이전이나 인도가 이루어지지 아니하여 쟁점부동산의 매매는 중간지급조건부 공급에 해당한다고 보이는 점, 쟁점부동산의 최초 공급시기인 계약일인 2018.5.16.은 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된

「부가가치세법」제29조

제9항의 시행일(2019.1.1.) 이전이므로 개정 전 법령이 적용되어야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 건물가액을 OOO원으로 계상한 사유에 대하여 양수법인이 건물을 철거하고 토지만 이용하기로 하였기 때문이라고 주장하는바, 등기사항전부증명서상 건물은 2019.7.24. 양수법인으로 소유권이전등기가 된 후 2020.2.28. 멸실되었고 건물의 소재지는 청년임대주택의 부지로 사용되었으며 양수법인은 건물의 매입세액에 대하여 토지관련 매입세액으로서 공제를 받지 아니한 것으로 나타나고 있어 경제적인 실질의 관점에서 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결할 당시 쟁점부동산의 토지를 실질적인 매매의 목적물로 삼았던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 쟁점부동산의 매매계약 당시 실제 건물의 철거가 예정되어 거래당사자 간에 이를 감안하여 건물의 가액을 정한 것으로 보이므로, 처분청이 이를 부인하고 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 것은 당시 시행된 구

「부가가치세법」제29조

제9항에 위배되는 잘못된 처분으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 부가가치세법

제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

(가) 2018.12.31. 법률 제16101호로 일부 개정되기 전의 것

제29조【과세표준】⑨사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(나) 2018.12.31. 법률 제16101호로 일부 개정된 것

제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

(2) 부가가치세법 시행령 (2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부개정되기 전의 것)

제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우

2. 완성도기준지급조건부로 재화를 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우

4. 전력이나 그 밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우

제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한

「소득세법」 제99조

에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(3) 부가가치세법 시행규칙

제18조(중간지급조건부 재화의 공급) 영 제28조제3항제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우