서울행정법원-2018-구합-66777 (2019.05.08)

사 건

2018구합66777 부가가치세등부과처분취소

원 고

AAA 외 BB

피 고

RR세무서장

변 론 종 결

2019.04.04

판 결 선 고

2019.05.02

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 10. 1. 원고들에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 259,539,820원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 서울 OO구 OO동 157-4 대 488.8㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 및 그 지상 5층 건물 2,060.05㎡(이하 '이 사건 건물'이라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 합하여 '이 사건 부동산'이라 한다)의 공동소유자로서 1995. 1. 3.부터 'DD빌딩'이라는 상호로 이 사건 부동산에서 임대업을 영위하였다.

나. 원고들은 2016. 1. 5. EEE 유한회사(변경 전: EEE 주식회사, 이하 ‘EEE’이라 한다)에게 이 사건 부동산1)을 토지 15,500,000,000원, 건물 900,000,000원(부가가치세 별도), 합계 16,400,000,000원에 양도하는 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다). 이후 EEE은 2016. 2. 1. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고들은 이 사건 부동산 양도 후 피고에 대하여 이 사건 매매계약에 따른 금액으로 양도소득세 및 부가가치세를 신고하였는데, 피고는 이 사건 부동산의 양도가액 중 건물의 양도가액이 기준시가에 현저하게 미달하는 등으로 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서에서 정한 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 보아 이 사건 부동산의 매매가액을 기준시가로 안분계산하여 건물 양도가액을 2,812,600,000원으로 산정하고, 그에 따라 2017. 10. 1. 국세기본법 제25조 제1항에 따른 연대납세의무자인 원고들에 대하여 2016년 제1기 부가가치세 259,539,820원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고들은 2017. 12. 14. 이 사건 각 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 3. 28. 모두 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9 내지 11호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하다.

1) 부가가치세에 있어서는 소득세법 제100조 제3항의 규정을 적용할 수 없고, 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에 의하더라도, 원고들과 EEE은 이 사건 매매계약에서 이 사건 건물의 매매대금을 900,000,000원으로 정하였고, 이 사건 건물은 1995. 12. 7. 신축된 노후건물로 실제 거래에 있어서는 건물가격 자체가 인정되지 않는 경우도 존재하며, 이 사건 매매계약에 따른 원고들의 수익은 건물가격을 조정하더라도 동일하고 EEE은 부가가치세법상의 사업자로 부가가치세를 조기에 환급받을 수 있어 이 사건 건물의 가격을 낮추어 신고할 이유도 없고, 원고들은 장부가액에 기초하여 이 사건 건물의 매매가격을 산정하였으므로, 위 규정의 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 아울러 국세기본법 제20조는 세무공무원은 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 등을 존중하여야 하는데, 원고들은 장부가액을 기초로 이 사건 건물의 감가상각비를 필요경비로 공제받았으므로 이 사건 각 처분은 신뢰보호원칙에 위배된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

(표 생략)

2) 이 사건 부동산의 소유권 변동 내역은 아래와 같다.

가) 이 사건 토지

(표 생략)

나) 이 사건 건물

(표 생략)

3) 이 사건 부동산의 기준시가 등은 아래와 같다.

(표 생략)

4) 이 사건 부동산의 장부가액 등은 아래와 같다.

(표 생략)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 11호증, 을 제2, 3, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 부가가치세법 제29조 제9항은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조는 ‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서 제1호 본문은 ‘토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’을 규정하고 있다.

한편 구 부가가치세법 제29조 제9항의 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우’란 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다.

2) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실, 갑 제13 내지 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지와 이 사건 건물의 매매가격은 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우에 해당하므로 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 소득세법 제100조 제2항은 구 부가가치세법 제29조 제9항과 동일한 취지에서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 제3항은 ‘토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우를 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있다. 한편 구 부가가치세법 제29조 제9항에는 위와 같은 규정이 존재하지 아니하므로, 토지와 건물의 가액 구분이 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액으로 인정되지 않아 가액 구분이 불분명한 경우로 인정하기 위해서는 매매가격상 토지와 건물의 가액 비율, 토지와 건물의 이용상태, 회계장부의 내용 등 제반 사정을 고려하여야 한다.

② 이 사건 매매계약에서 정한 이 사건 토지의 매매가격은 155억 원(94.51%)인데 이 사건 건물의 매매가격은 9억 원(5.49%)에 불과하다. 이 사건 건물에서는 주식회사 FF 1574 등의 다수의 세입자가 보증금 총 4억 6,930만 원, 월 임대료 총 1,913만 원에 이 사건 건물을 임차하고 있었다.

③ 이 사건 토지의 기준시가 즉, 개별공시지가는 약 61억 4,422만 원인데, 이 사건 매매계약상 토지의 가격은 155억 원이고, 이 사건 건물의 기준시가는 약 12억 7,189만 원임에도 불구하고 이 사건 매매계약상 건물의 가격은 9억 원에 불과하여 그 차이가 크다.

④ 이 사건 부동산의 장부가액에 비추어 보더라도 2015. 12. 31. 기준 이 사건 토지는 약 27억 4,394만 원(구성비율은 74.69%), 이 사건 건물은 약 9억 2,974만 원(구성비율은 25.31%)인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 매매계약에 따른 토지의 매매가격은 155억 원, 건물의 매매가격은 9억 원으로 구성비율과 토지의 가액에 있어서 큰 차이가 존재한다.

⑤ 원고들은 이 사건 건물은 1995. 12. 7. 신축된 노후건물로 그 가치가 크지 않고, 원고들이나 EEE이 이 사건 건물의 가격을 낮추어 신고할 이유도 없으며, 원고들은 장부가액에 기초하여 이 사건 건물의 매매가격을 산정하였으므로 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 ㉠ 원고들이 제출한 사실확인서 등만으로는 이 사건 건물의 노후화 등으로 인하여 이 사건 건물의 가치가 매매가격의 약 5.5%에 불과하다고 단정하기 어려운 점, ㉡ 오히려 이 사건 건물에는 앞서 본 바와 같이 다수의 임차인이 존재하고 있었을 뿐만 아니라, EEE이 이 사건 부동산을 양수한 이후 이 사건 건물을 철거하였다는 자료 등도 제출된 바 없는 점, ㉢ 부가가치세법상 사업자는 공급가액에 기초한 부가가치세를 공급받는 자에게 거래징수한 후(구 부가가치세법 제31조 등 참조) 매출세액에서 매입세액을 공제하여 부가가치세를 납부하거나 환급받는데(구 부가가치세법 제37조, 제38조 참조), 토지와 건물에 관하여 부가가치세를 포함한 전체적인 매매대금이 고정되어 있는 경우 부가가치세 과세대상인 건물의 가액이 높을수록 매도인이 실질적으로 부담하여야 할 부가가치세가 많아질 뿐만 아니라 이 사건 매매계약에서는 건물에 대한 부가가치세는 매수인인 EEE이 부담하나(제3조 제2호), 건물 매매 금액의 변동 시에는 매매금액이 조정된다고 기재되어 있어(제3조 제1호), 건물의 가액과 관계없이 EEE이 부가가치세를 모두 부담한다기 보다는 전체적인 부동산의 매매가격이 정하여진 계약으로 볼 여지도 있는 점, ㉣ 이 사건 부동산에 관한 중개대상물 확인·설명서(갑 제13호증)에 따르면 이 사건 건물의 수도, 전기, 가스, 소방, 난방, 승강기, 배수, 벽면 누수 여부 등이 모두 정상이고, 벽면에 균열이 있다는 취지로 기재되어 있기는 하나 이는 5층 계단 내벽으로 이 사건 건물의 이용에 큰 지장은 주는 것으로 보기 어려운 점, ㉤ 비록 원고들이 장부가액에 기초하여 이 사건 매매계약상 건물의 가격을 산출하였다고 하더라도 장부가액에서 차지하는 토지와 건물의 비율, 이 사건 토지와 건물의 기준시가와 이 사건 매매계약상 가격의 차이 등에 비추어 이 사건 매매계약상 가액 구분은 합리적인 가액 구분이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

3) 나아가 원고들은 이 사건 각 처분이 신뢰보호원칙에 어긋난다는 취지로도 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는데(대법원 2006. 5. 26. 선고 2003다18401 판결 등 참조), 원고들이 종합소득세 등을 신고함에 있어 이 사건 건물에 대한 감가상각이 이루어졌다는 사정만으로 과세관청이 원고들에게 공적인 견해 표명을 하였다고 볼 수 없으므로, 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.