조심 2009지0752 (2010.03.09)

처분청이 2009.6.15. 청구법인에게 한 취득세 30,252,000원, 농어촌특별세 3,025,2000원, 등록세 30,252,000원, 지방교육세 6,050,400원, 합계 69,579,600원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분 개요 가. 청구법인은 반도체 제조, 반도체 장비 제조 등을 사업목적으로 하여 2004.5.14. 설립된 법인으로, 2005.3.28. OOO외1필지 토지 2,143㎡, 건축물 1022.88㎡ (이하 “이건 부동산”이라 한다.)를 경매로 취득하고 같은 날 낙찰가액 1,512,600,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 30,252,000원, 농어촌특별세 3,025,200원, 등록세 30,252,000원, 지방교육세 6,050,400원 합계 69,579,600원을 신고.납부하였다. 나. 2006.11.23. 청구법인은 이 건 부동산이「조세특례제한법」(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제119조제3항 및 제120조제3항 규정에 따른 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 부동산이라 하여 기신고.납부한 취득세등에 대해 과오납환부를 신청하였고, 처분청은 2006.11.28. 취득세 등 합계 69,579,600원을 환부하였다. 다. 이후, 처분청은 행정안전부가 2009년 3월부터 4월까지 기간중 OOO에 대해 실시한 지방세 컨설팅 감사결과에 따라, 청구법인이 법인설립 후 OOO의 부동산을 임차하여 동종의 사업을 영위한 사실이 있다 하여 이 건 부동산의 취득이 「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조제3항 규정한 취득세 및 등록세등의 면제대상이 아니라고 보아 환부한 취득세 등 합계 69,579,600원을 2009.6.15. 청구법인에게 부과고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 2004.5.14. 수도권과밀억제권역 외의 지역인 OOO에서 설립되었으며 사업양수나 자산인수 등을 통하여 기존의 사업을 승계한 것이 아니라, 순수하게 독자적으로 설립된 것이기 때문에 ‘새로운 사업을 최초로 개시한 것’으로「조세특례제한법」상 ‘창업’에 해당하고,「조세특례제한법」상 ‘창업’여부를 판단함에 있어 타인의 건물(또는 공장)을 임차하였는지 여부는 고려사항이 아니며, 청구법인은 법인설립 후 사업규모가 커지면서 좀 더 정밀한 작업을 수행하기 위해 크린룸 시설이 갖추어진 작업장이 필요하게 되어 3개월 후인 2004.8.15. OOO와 인적.물적 설비가 아닌 작업공간의 일부만을 임차하여 1년간 사용하였을 뿐, 법인설립 당시에는 OOO와 임대차계약을 한 사실이 없고, 청구법인의 경우 중고 반도체 제조장비의 해제 및 재조립을 통하여 새로운 성능의 장비를 제조하는 반면, OOO는 새로운 반도체 장비를 생산하거나 중고 반도체 장비를 도매하는 점에 비추어 볼 때, 업종에도 차이가 있으므로 청구법인의 설립은 ‘임차하여 동종의 사업을 영위한 경우’에도 해당하지 아니하므로 ‘임차하여 종전의 사업자와 동일한 사업을 영위하는 경우’를 창업으로 보지 않는다는 취지의 국세청 유권해석(국세청 법인46012-3664, 1999.10.5.)도 적용할 수 없는바, 처분청이 청구법인의 법인설립이「조세특례제한법」상 ‘창업’에 해당함에도 기 환부한 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 「조세특례제한법」(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기전의 것, 이하 같다.) 제6조 제4항 제1호에서 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 청구법인의 경우 사업장을 임대한 OOO와 동종의 사업을 영위하는 사실이 확인되고 있으며, 2004.5.14. 법인설립 당시 실제 창업이 이루어졌는지에 대한 자료를 제시하지 못하였을 뿐만 아니라, 청구법인이 설립당시 임차한 OOO 511-3 2층(164.88㎡)은 건축물 대장에서도 제2종근린생활(사무소)로 표시되어 있어 반도체 제조 공장으로 사용하기는 불가능하며, 법인설립이후 반도체 제조업이 주 업종임에도 2004년말 표준대차대조표의 자산항목 중 기계장치 항목이 없는 사실로 보아 청구법인은 OOO의 부동산을 임차하여 동종의 사업인 반도체 제조업을 개시하였다고 판단되므로 청구법인은 창업중소기업에 해당되지 아니할 뿐 아니라, 위 상태에서 취득한 부동산은 「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당되지 아니한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 타법인의 부동산(사무실, 크린룸)을 임차하여 동종의 사업을 영위한 것으로 보고 ‘창업중소기업’에 해당하지 아니한다 하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기전의 것) 제6조【창업중소기업등에 대한 세액감면】① 2006년 12월 31일 이전에 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 “수도권 과밀억제권역”이라 한다)외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 「중소기업창업지원법」제5조 제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다. 1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 당해 자산가액의 합이 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령이 정하는 비율 이하인 경우를 제외한다. (2) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제119조【등록세의 면제 등】③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만，제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 제120조【취득세의 면제 등】③ 창업중소기업，창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. (3) 중소기업창업지원법(2004.1.9. 법률 제7140호로 개정된 것) 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “창업”이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다. (4) 중소기업창업지원법 시행령(2004.3.17. 대통령령 제18312호로 개정된 것) 제2조【창업의 범위】 ① 「중소기업창업 지원법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1호에 따른 창업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 것으로서 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것을 말한다. 1. 타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우. 다만, 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임원.직원이나 그 외의 자가 사업을 개시하는 경우로서 산업자원부령으로 정하는 요건에 해당하는 경우는 제외한다. 2. 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우 3. 폐업 후 사업을 개시하여 폐업 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우 ② 제1항 각 호의 규정에 의한 동종 사업의 범위는 「통계법」 제17조 제1항의 규정에 의하여 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)상의 세분류를 기준으로 한다. 이하 생략. 제3조【사업의 개시일】 법 제2조 제2호에 따른 사업을 개시한 날은 다음 각 호와 같다. 1. 창업자가 법인이면 법인설립등기일 2. 창업자가 개인이면 「부가가치세법」 제5조 제1항에 따른 사업개시일. 다만, 법 제21조 규정에 의한 사업계획의 승인을 얻어 사업을 개시하는 경우에는 「부가가치세법」 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록일 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 이 건의 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 2004.5.14. OOO을 본점으로 하여 반도체 제조, 반도체 장비 제조, 반도체 장비 부품 제조 등을 목적사업으로 하고 공장등록사항 없이 설립되었다. (나) 청구법인은 2004.8.15. OOO에 소재한 OOO와 같은 지번상의 OOO의 본관건물내 사무실 3층 24평 및 크린룸 1층 47평에 대하여 임대차 기간은 2004.8.15.부터 2005.8.15.까지의 1년으로 하고, 사무실 3층 24평은 연중사용하는 조건으로 월 80만원의 임대료를, 크린룸 1층 47평은 장비 입고시 사용하는 조건으로 매월 사용일수 정산하여 1블럭당 260만원의 임대료를 지급하기로 하는 임대차계약을 체결하였다. (다) 2005.3.28. 청구법인은 이 건 부동산을 경매로 취득하고 취득세 30,252,000원, 농어촌특별세 3,025,2000원, 등록세 30,252,000원, 지방교육세 6,050,400원, 합계 69,579,600원을 처분청에 신고.납부하였다. (라) 이후, 청구법인은 2006.11.23. 이 건 부동산의 취득이 「조세특례제한법」제119조 및 제120조에 따라, 같은 법 제6조에 규정하는 창업중소기업이 창업일로부터 2년이내에 취득.등기하는 사업용 재산에 해당한다고 보아 처분청에 기 납부한 취득세 등에 대한 환부신청을 하였고, 처분청은 2006.11.28. 환부조치 하였다. (마) 한편, 처분청은 행정안전부가 2009년 3월부터 4월까지 OOO에 대해 실시한 지방세 컨설팅 감사시 청구법인이 법인설립 후 OOO의 부동산을 임차하여 동종의 사업을 영위한 사실이 있다 하여 이 건 부동산의 취득이 「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조제3항 규정한 취득세.등록세 면제대상이 아니라고 지적하자, 이에 따라 2009.6.15. 기 환부(감면통지)하였던 취득세 등 합계 69,579,600원을 부과고지하였다. (바) 청구법인과 OOO는 반도체 관련 제조업을 사업목적으로 하고 있음이 법인등기부 등본상 확인되고, 반도체 관련 제조업의 한국표준산업분류상 세분류번호는 29360호로 동일한 것으로 나타나며, 청구법인의 부가가치세 신고서상 과세표준 명세의 업종코드는 321000(반도체장비외 제도.도매)로 넥소의 부가가치세 신고서상 과세표준 명세의 주수입금액 업종코드와 동일함을 알 수 있다. (사) 제조 관련 사업장인 1층 크린룸 47평의 경우 청구법인의 임차 당시부터 크린룸에 부착된 제조설비 등은 없었고, 이에 대해서는 처분청도 사실을 인정하고 있다. 또한, 청구법인이 OOO로부터 별도의 생산설비를 임차한 사실은 없는 것으로 임대차계약서상 나타나며, 청구법인이 1층 크린룸 47평을 상시 배타적으로 사용한 것은 아니고 OOO가 이를 임대 전용공간으로 하여 반도체 제조업을 영위하는 사업자들에게 블록별로 사용토록 하고 매월 사용일수를 고려하여 블록당 임대료를 받아온 것으로 청구법인은 확인하고 있다. (2) 이와 관련하여, 청구법인은 청구법인의 설립이 사업양수나 자산인수 등을 통해 기존의 사업을 승계한 것이 아니라 순수하게 독자적으로 설립된 것이고,「조세특례제한법」상 창업여부를 판단함에 있어 타인의 건물 등을 임차하였는지 여부는 고려사항이 아니며, 청구법인 설립당시에는 OOO와 임대차계약을 체결한 바도 없을 뿐만 아니라, 청구법인의 경우 중고 반도체 제조장비의 해제 및 재조립을 통하여 새로운 성능의 장비를 제조하는 반면, OOO는 새로운 반도체 장비를 생산하거나 중고 반도체 장비를 도매하는 점에 비추어 볼 때 업종 또한 차이가 있으므로 청구법인의 설립은 ‘임차하여 동종의 사업을 영위한 경우’에도 해당하지 아니하고, 설립 후 임차한 사항도 인적.물적설비 등이 아닌 일정기간 작업공간만의 일부를 임차한 것이어서 처분청이 청구법인을 창업중소기업으로 보지 않고 감면세액을 추징한 것은 부당하다는 주장이고, (3) 처분청은 청구법인의 경우 사업장을 임대한 OOO와 동종의 사업을 영위하는 사실이 확인되고 있으며, 2004.5.14 법인설립 당시 실제 창업이 이루어졌는지에 대한 자료를 제시하지 못하였을 뿐만 아니라, 청구법인이 설립당시 임차한 OOO 511-3 2층(164.88㎡)은 건축물 대장에서도 제2종근린생활(사무소)로 표시되어 있어 반도체 제조 공장으로 사용하기는 불가능하며, 법인설립이후 반도체 제조업이 주 업종임에도 2004년말 표준대차대조표의 자산항목 중 기계장치 항목이 없는 사실로 보아 청구법인은 OOO의 부동산을 임차하여 동종의 사업인 반도체 제조업을 개시하였다고 판단되므로 청구법인은 창업중소기업에 해당되지 아니할 뿐 아니라, 위 상태에서 취득한 부동산은 「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항에 의한 취득세 등의 감면대상에 해당되지 아니한다는 의견이다. (4) 「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득ㆍ등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있으며, 여기서 창업중소기업의 범위는 「조세특례제한법」제6조 제3항의 제조업 등으로서 같은 법 제6조 제4항에서 합병ㆍ사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우는 창업에 해당되지 않는다고 하고있고, 이때 동종의 사업범위는 「중소기업창업지원법 시행령」제2조 제2항에서 「통계법」제17조 제1항의 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 한다고 규정하고 있는바, 「조세특례제한법」 제6조 제4항 제1호의 “종전의 사업에 사용하던 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 경우”라 함은 사업을 위한 제조시설 등 설비를 갖추고 사업용으로 사용하고 있던 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 경우를 모두 포함한다 할 것이고, 종전의 사업자가 당해 사업장에서 본격적인 제조활동과 영업활동을 한 경우만을 의미한다고 볼 수는 없다 할 것이며, 종전회사의 공장 일부 또는 전부의 임차를 사실상의 종전사업에 사용되던 자산의 인수 또는 매입과 동일 선상에서 파악하여 ‘창업으로 보지 않는 경우’로 판단하는 것은 임차한 공장이나 물적시설 설비 등이 임차한 법인의 사업의 전부 또는 중요한 일부로서 어느 정도 기능할 수 있는가 여부에 의해 결정되거나 궁극적으로 신규로 사업을 창출하는 효과가 있는지 여부에 따라 판단되어야 할 것이다. (5) 살피건대, 청구법인의 설립당시 업종은 반도체 제조, 반도체 장비 제조, 반도체 장비 부품 제조 등이고 OOO는 반도체장비의 수리 및 제작 판매업 등으로 법인등기부등본상 확인되는 점, 청구법인의 부가가치세 과세표준신고서상 수입금액 업종코드는 32100(제조.도매/반도체장비외)로 OOO의 부가가치세 과세표준신고서상 주수입금액(기술용역 서비스 수입과 임대수입이 있기는 하나 반도체장비 제조 수입금액이 대부분을 차지) 업종코드와 동일한 점, 한국표준산업분류표상 반도체 제조용 기계제조업의 세분류번호가 29360으로 동일한 것으로 나타나는 점 등에서 청구법인과 OOO가 동종의 사업을 영위하였다고 볼 수는 있으나, 위에서 설명한 바와 같이 ‘임차하여 동종의 사업을 영위하는 경우’에도 ‘창업’으로 보지 않기 위해서는 단순히 동종의 업종을 영위하였다는 사실만으로는 부족하고, 업종의 동일성을 포함하여 임차한 사업장이나 물적 시설 설비 등이 청구법인의 사업의 전부 또는 중요한 일부로서 어느 정도 기능하고 있으며, 실질적으로도 신규로 사업을 창출하는 효과가 있다고 보기 어려운 정도에 이르러야 할 것인 바, 청구법인의 경우 법인설립 당시에는 OOO의 사업장이나 물적 시설 설비를 임차한 사실이 없고, OOO의 사업장 중 일부인 사무실과 크린룸을 임차한 것은 법인설립일로부터 3개월이 경과한 시점(2004.8.15.)으로 이 시점에도 기계장치 등 시설설비에 대한 임차는 없는 것으로 임대차계약서상 나타나는 점, OOO의 경우 다른 층에 별도의 크린룸을 설치하여 직접 사용하고 있고, 청구법인이 임차한 크린룸은 임대인인 OOO가 부착된 시설 설비 등이 없는 빈 공간 상태로 임대 전용으로만 제공하는 것으로 청구법인이 전속적으로 사용한 것도 아니고 반도체 제조업을 영위하는 다른 사업자들도 블록단위로 사용하도록 제공된 점, 청구법인의 본점 사업장이 다른 지역에 별도로 소재하고 있고, 임차한 크린룸은 1년의 임차기간만 사용하고 2005.3.28. 취득한 이 건 부동산에 크린룸을 마련하여 이전한 점 등에서 청구법인이 OOO로부터 OOO의 본점 사업장내에 시설 설비등이 없는 일부 빈 공간을 임차한 사실만으로는 청구법인이 사업의 전부 또는 중요한 일부를 수행하는 사업장이나 물적시설설비등을 임차하여 사업을 영위하였다거나, 실질적으로도 신규로 사업을 창출하는 효과가 없었다고 보기는 어려우므로, 청구법인의 이 건 부동산취득과 관련하여 처분청이 청구법인을 창업중소기업에 해당하지 않는 것으로 보고 이 건 부동산 취득과 관련한 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 것은 잘못이라고 하겠다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.