조심 2020중8627 (2021.05.24)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2012.12.5. OOO 소재 다세대주택 101호 외 8개호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 양도한 후 2013.4.1.

「조세특례제한법」제98조의3

소정 미분양주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 납부세액 OOO원으로 양도소득세 신고(이하 “쟁점양도신고”라 한다)를 하였는데, 국세청통합전산망(NTIS)에는 2013.4.15. 쟁점양도신고가 철회된 것으로 기록되어 있다.

나. 처분청은 국세청통합전산망(NTIS)의 기록을 근거로 청구인이 쟁점부동산의 양도소득세를 무신고한 것으로 보아 부과제척기간 7년을 적용하고

「조세특례제한법」제98조의3

의 적용을 배제하여 2020.5.26. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 결정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.8.11. 이의신청을 거쳐 2020.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점양도신고를 철회한 사실이 없고, 쟁점양도신고의 철회사실에 대해서는 처분청이 이를 입증하여야 할 것이나 처분청은 국세청통합전산망(NTIS)에 ‘취하’로 기재된 사실 외에 어떠한 증빙도 제출하지 못하고 있으므로 부과제척기간 7년을 적용하여 과세한 이 사건 처분은 부당하다.

(가) 대법원은 과세요건 사실에 관하여는 과세관청에 입증책임이 있다는 입장OOO이므로 쟁점양도신고가 철회되었는지에 대해서는 처분청이 입증하여야 한다.

(나) 청구인은 쟁점양도신고 철회서가 어떠한 경위로 접수되었는지를 확인하기 위하여 수차례 처분청에게 이를 열람시켜줄 것을 요청하였으나, 처분청은 「공공기록물 관리에 관한 법률」에 따른 보존기간(5년)이 지나 이를 폐기하였다는 답변만 하고 있을 뿐 쟁점양도신고의 철회사실에 대하여 구체적으로 입증하지 못하고 있고, 처분청이 다른 납세자의 2012년 귀속 양도소득세 신고서는 여전히 보존하고 있는 것으로 보아 위 답변 또한 신뢰하기 어렵다.

(다) 결국 처분청이 국세청통합전산망상에 쟁점양도신고가 철회된 것으로 기록되어 있다는 사실만으로 쟁점양도신고를 부인하고 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 무신고한 것으로 보아 7년의 부과제척기간을 적용한 것은 부당하다(국세청 예규에 따르면 양도소득세 예정신고기한 도과 후 확정신고기한 도래 전에 제출한 신고서는 접수된 상태에서 확정신고기한이 도래하면 확정신고로서의 효력이 발생하는바, 처분청이 쟁점양도신고를 반려한 사실이 없이 확정신고기한이 도래하였으므로 확정신고의 효력이 발생한 것이고, 따라서 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다).

(2) 설령, 청구인이 직접 또는 제3자를 통하여 쟁점양도신고에 대한 철회서를 제출한 것이라고 하더라도, 쟁점양도신고를 한 이상 납세의무의 확정사실이 변경되는 것이 아니고 처분청의 과세권 행사를 어렵게 한 것도 아니므로 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다.

(가) 납세자가 과세표준과 세액에 관한 자료를 제출하지 않는다면 과세관청으로서는 과세권을 행사하기 어렵기 때문에 납세자가 무신고한 경우에 한해 7년의 부과제척기간을 적용하는 것이고 이때 무신고에 대한 판단은 납세자의 신고가 적법한지 여부에 따라 결정되는 것이 아니라 납세자가 과세표준과 세액에 관한 자료를 제출하였는지 여부에 따라 결정된다고 보아야 할 것OOO인바, 청구인이 2013.4.1. 쟁점양도신고를 하였음에도 7년의 부과제척기간을 적용하는 것은 부당하다.

(나) 국세청 예규OOO에 따르면 예정신고를 하지 아니한 납세의무자가 확정신고기한 전에 과세표준신고서를 제출한 경우 이는 기한 후 신고가 아니라 확정신고에 해당하고, 따라서 쟁점양도신고는 확정신고에 해당하는 것이며, 조세심판원 역시 납세자가 양도소득세 신고를 하였다가 철회서를 제출한 경우 이미 확정력이 발생하여 철회가 가능하지 않고 처분청이 과세요건을 충분히 알 수 있었다는 등의 이유로 5년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다OOO고 결정하였다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점양도신고를 철회한 사실이 없다고 주장하나, 청구인의 요청 없이 처분청이 임의로 납세자의 신고를 철회할 이유가 전혀 없고, 쟁점양도신고가 철회된 사실이 없다면 쟁점양도신고가 정보화센터에 이송된 후 전산입력이 되었어야 하나 그러한 사실이 확인되지 않고 있으며, 국세청통합전산망(NTIS) 상에 쟁점양도신고가 접수된 후 15일 만에 철회된 사실이 수록되어 있으므로 쟁점양도신고의 효력이 없는 것으로 보아 7년의 부과제척기간을 적용한 이 사건 처분은 정당하다(청구인은 쟁점양도신고 및 철회에 관한 문서가 보관되지 않고 있다는 사실을 지적하고 있으나, 「공공기록물 관리에 관한 법률」제19조 및 같은 법 시행령 제25조에 따라 중부지방국세청에서 작성·운영하고 있는 기록물관리기준표에 따르면 문서의 보존기간은 5년으로 쟁점양도신고 및 철회에 관한 문서의 보존기간은 지났다).

(2) 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대한 예정신고기간이 지난 후 쟁점양도신고를 하였다가 2013.4.15. 이를 철회하였으므로 당초 청구인이 과세표준신고서를 제출한 것은 효력이 없는 것이고, 조세심판원의 결정OOO은 예정신고기간 내에 양도소득세 예정신고를 하였다가 예정신고기한이 도과하여 예정신고의 확정력이 발생한 후 철회서를 제출한 경우에 관한 것이므로 이 사건과 같이 예정신고기간이 지난 후 확정신고기간의 도래 전에 쟁점양도신고를 하였다가 바로 이를 철회한 경우와는 사실관계가 다르므로 원용될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점부동산의 양도소득세 신고를 철회하였으므로 무신고한 경우에 해당한다고 보아 부과제척기간 7년을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2014.1.1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것)

제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 소득세ㆍ법인세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때

② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항에도 불구하고 각 호의 시기에 성립한다.

1. 원천징수하는 소득세ㆍ법인세 : 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

2. 납세조합이 징수하는 소득세 또는 예정신고납부하는 소득세 : 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일

제22조(납세의무의 확정) ① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

(2) 국세기본법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25201호로 개정되기 전의 것)

제10조의2(납세의무의 확정) 법 제22조 제1항에서 규정하는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 : 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우는 제외한다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우 : 그 결정하는 때

제12조의3(국세 부과 제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(

「종합부동산세법」 제16조

제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청통합전산망(NTIS) 상 쟁점양도신고 및 철회와 관련한 기록, 처분청의 기한 후 신고안내문 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 쟁점부동산을 양도한 후 2013.4.1. 양도소득세를 신고하였는데 처분청에 제출된 양도소득세 신고서 및 국세청통합전산망에 기록된 내용 등은 다음과 같다.

(1) 신고당시 제출된 쟁점양도신고 관련 신고서에는 양도차익을 OOO원으로 하고

「조세특례제한법」제98조의3

(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 산출세액 OOO원 전액을 감면하는 것으로 계산되어 있으며, 신고인란에는 청구인 명의의 도장(막도장)이 날인되어 있으며, 세무대리인란에는 ‘OOO 세무사’의 사업자명판이 날인되어 있다.

(2) 국세청통합전산망(민원접수관리 화면)에는 쟁점양도신고와 관련하여 신청인관계란에 ‘기타’(신청인관계는 본인, 가족, 직원, 세무대리인, 담당자, 납세관리인, 기타 중 하나를 선택하도록 되어 있다)라고 되어 있는 등 아래 ＜표1＞과 같은 내용이 기재되어 있다.

OOO

(3) 한편, 청구인은 당시 OOO에 소재한 세무법인 OOO에서 근무하고 있던 사무장에게 쟁점양도신고를 위임하였다고 진술한다.

(나) 쟁점양도신고가 철회되었는지 여부와 관련하여 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

(1) 국세청통합전산망(민원접수관리 화면)에는 신청인관계란에 ‘기타’라고 되어 있고, 접수방법란에 ‘방문(서면)’이라고 되어 있는 등 아래 ＜표2＞와 같은 내용이 기재되어 있다.

OOO

(2) 처분청은 쟁점양도신고의 철회사실을 입증할 수 있는 철회서 등의 증빙서류의 경우 「공공기록물 관리에 관한 법률」등에 따른 문서보존기간(5년)을 경과였기 때문에 현재 보관하고 있지 않다고 주장하는데, 「공공기록물 관리에 관한 법률 시행령」(2011.2.22. 대통령령 제22673호로 개정된 것) 【별표1】에 따른 기록물의 보조기간별 책정 기준은 아래 ＜표3＞과 같고, 국세청 기록물관리기준표는 서면접수된 민원서류의 경우 보존기간을 5년으로 규정하고 있다.

OOO

(다) 처분청은 청구인이 2013.4.1. 쟁점양도신고를 한 후 2013.4.15. 이를 철회하였으므로 쟁점부동산에 관한 양도소득세 신고를 하지 않은 것으로 보아

「국세기본법」제26조의2

제1항 제2호에 따라 7년의 부과제척기간을 적용하고,

「조세특례제한법」제98조의3

(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 적용을 배제(청구인은 쟁점부동산이

「조세특례제한법」제98조의3

의 적용대상이 아니라는 점에 대해서는 이견이 없다)하여 2020.5.26. 아래 ＜표4＞와 같이 무신고가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 사건 처분을 하였는데, 납부불성실가산세의 경우 2012년 귀속 양도소득세의 납부기한의 다음날(2013.6.1.)부터 부과제척기간 5년의 말일에 해당하는 날(2018.5.31.)까지의 기간에

「국세기본법 시행령」제27조의4

로 정하는 이자율(0.0003)을 곱하여 계산한 것으로 나타난다.

OOO

(라) 처분청은 국세청통합전산망상 청구인이 2013년 1월부터 2013년 4월 사이에 민원을 접수한 기록을 제출하면서 쟁점양도신고 및 그 철회에 관한 기록이 사후에 조작되었거나 처분청에서 허위로 기재한 것이 아니라고 주장한다.

(마) 청구인은 2017년 경 처분청으로부터 쟁점부동산에 관한 양도소득세 기한 후 신고 안내문을 수령하였다고 하면서 이를 제출하였는데, 위 안내문에는 아래 ＜표5＞와 같은 내용이 기재되어 있다.

OOO

(바) 청구인은 2018년 경 처분청 소속 조사관으로부터 쟁점부동산에 관한 양도소득세 신고가 되어 있지 않다는 내용의 전화를 받고 위 조사관에게 쟁점부동산 양도소득세 신고서를 제출하였다고 주장하는데, 처분청은 당시 전화를 한 조사관을 통하여 확인한 결과 신고서를 제출받은 사실이 없다는 의견이고, 청구인 역시 신고서 제출 후 접수증 등의 증빙을 받은 사실은 없다고 진술하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 납세의무자의 납세신고행위는 조세채권채무관계를 발생시키는 법률요건으로서 강학상 사인의 공법행위에 해당한다고 할 수 있고, 사인의 공법행위는 법령에 의하여 대리가 허용되지 않는 경우나 성질상 허용되지 않는 경우를 제외하고는 대리가 가능하다OOO 할 것이며, 신고에 따른 확정력이 발생하기 전까지 자유로이 보정이나 철회가 가능하다OOO고 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 만일 청구인이 직접 또는 대리인을 통하여 쟁점양도신고를 철회한 것이 사실이라면 쟁점부동산의 양도에 관한 양도소득세 신고는 없었다고 보아야 한다.

(나) 쟁점양도신고의 철회와 관련하여 국세청통합전산망에 기재된 기록 외에 철회사실을 입증할만한 증빙서류가 없어 보이지만, 청구인은 당시 세무법인 OOO에서 근무하고 있던 사무장에게 쟁점양도신고 업무를 위임하였다고 진술하고 있고 국세청통합전산망에도 청구인과 ‘기타’ 관계에 있는 사람이 처분청을 직접 방문하여 쟁점양도신고를 한 것으로 기재되어 있는 점을 고려하면 쟁점양도신고의 철회와 관련하여 국세청통합전산망에 기록되어 있는 내용(청구인과 ‘기타’ 관계에 있는 사람이 처분청을 직접 방문하여 쟁점양도신고를 철회하였음)을 쉽게 부인하기 어려워 보이고, 청구인 또한 자신이 직접 쟁점양도신고를 철회한 사실이 없다고 주장할 뿐 국세청통합전산망의 기록이 사후적으로 조작되었다거나 당시 담당직원이 허위 입력하였다고 주장하는 것으로 보이지 않으며, 청구인이 2017년경 처분청으로부터 기한 후 신고 안내문을 받은 후 쟁점양도신고가 이뤄지지 않은 사실을 알 수 있었음에도 기한 후 신고를 한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구인이 직접 또는 청구인의 위임을 받은 사람이 2013.4.15. 불상의 사유로 쟁점양도신고를 철회하였다고 보는 것이 객관적으로 나타나는 사실관계에 보다 부합한다고 보인다.

(다) 따라서 처분청이 쟁점양도신고가 철회되었다는 전제 하에 7년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 이 사건 종합소득세 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.