조심 2017서4154 (2018.09.05)

OOO장이 2017.3.15. 청구인에게 한 2015년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 소프트웨어 개발 및 판매, 부가통신사업(VAN), 별정통신사업을 영위하는 비상장법인 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 중 OOO를 보유한 최대주주이던 자이다.

나. 청구인은 2014.7.7. 자신이 보유한 쟁점법인 발행주식 중 OOO주와 경영권을 양도가액 OOO원에 OOO에게 양도하고, 나머지 OOO주에 대하여 계약체결일을 6개월 경과한 날부터 3년이 되는 날까지 OOO 또는 OOO가 지정하는 자에게 양수를 요구할 수 있는 풋옵션(Put-option)을 갖는 것을 내용으로 하는 「주식 및 경영권 양수도계약」(이하 “쟁점본계약”이라 한다)을 체결하였다.

다. 청구인이 2015.4.14. 쟁점본계약에 따른 풋옵션을 행사하자 OOO는 자신이 대표이사로 있는 상장법인 주식회사 OOO(2015.7.3. 주식회사 OOO로 상호를 변경한 무선통신기기 제조업을 영위하는 법인, 이하 “쟁점합병법인”이라 한다)을 양수인으로 지정하였고, 2015.5.11. 청구인이 보유한 쟁점법인 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 쟁점합병법인에게 양도하기로 하는 계약(이하 “쟁점주식 매매계약”이라 한다)을 체결한 후 2015.5.15. 그 대금청산이 완료되었으며, 쟁점합병법인은 2015.5.19. 쟁점법인을 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하는 계약을 체결하고 2015.8.6. 쟁점합병에 따른 합병등기를 하였다. 청구인은 쟁점주식 매매계약에 따른 쟁점주식의 양도에 대하여 2015.8.31. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 처분청은 2016.8.29.부터 2016.9.17.까지 청구인에 대하여 양도소득세 세무조사를 실시하여 쟁점주식 양도대금의 실질을 쟁점합병법인이 피합병법인인 쟁점법인의 주주인 청구인에게 지급한 합병대가로서

「소득세법」제17조

제1항 제3호 및 제2항 제4호에 따른 의제배당에 해당하는 것으로 보아 2017.3.15. 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.23. 이의신청을 거쳐 2017.8.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 「소득세법」(이하 “개정전 소득세법”이라 한다) 제17조 제1항 및 제2항의 규정에 따르면, 합병으로 인한 의제배당이 인정되려면 ① 합병으로 소멸한 법인의 주주가 ② 합병 후 존속법인으로부터 주식이나 금전 등을 취득하여야 하는데, 쟁점합병 당시 이미 양도한 쟁점주식과 관련하여 청구인은 쟁점법인의 주주가 아니었으며, 쟁점합병법인으로부터 청구인이 주식이나 금전 등을 취득한 바가 없으므로 쟁점주식을 양도하고 받은 금액은 「소득세법」상 의제배당소득이 아니다.

(2) 쟁점합병은

「법인세법」 제44조

제2항에 따른 적격합병에 해당하여 애초부터 합병에 따른 의제배당소득이 발생하지 않으므로, 청구인이 의제배당소득에 대한 과세를 회피하려 하였다는 처분청의 주장은 그 전제가 성립되지 않는다.

(가) 개정전

「소득세법」 제17조

제2항 제4호에 따르면 합병으로 인한 의제배당소득은 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 지급받는 합병대가에서 피합병법인 주식의 취득가액을 차감한 금액으로 계산되는데, 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 「소득세법 시행령」(이하 “개정전 소득세법 시행령”이라 한다) 제27조 제1항 제1호 나목의 규정은「법인세법」상 적격합병의 경우 피합병법인의 주주가 합병대가로 지급받는 합병신주의 가액을 피합병법인 주식의 취득가액으로 계산하도록 하고 있으므로, 결과적으로 적격합병 과정에서 합병법인으로부터 합병신주를 교부받은 피합병법인 주주의 의제배당소득은 OOO이 된다.

(나) 쟁점합병의 합병기일(2015.8.6.) 당시 쟁점법인과 쟁점합병법인은 1년 이상 사업을 계속한 내국법인으로 쟁점법인의 주주가 받은 합병대가의 총 합계액 중 쟁점합병법인 주식의 가액이 OOO 이상이므로 쟁점합병은

「법인세법」제44조

제2항 각 호의 요건을 갖춘 적격합병이다. 쟁점법인은 적격합병에 따른 과세특례를 적용받기 위하여 쟁점합병법인과 함께

「법인세법 시행령」제80조

제3항에서 정한 ‘합병과세 특례신청서’를 과세관청에 제출하였다.

(다) 한편 쟁점합병에 있어서 쟁점합병계약서상 쟁점합병법인과 쟁점법인의 합병비율을 OOO(쟁점합병계약 제3조)로 하여 쟁점법인의 주주에게 쟁점합병법인 발행 신주 OOO주를 합병대가로 교부(쟁점합병계약 제4조)하였으나, 쟁점합병은 「법인세법」상 적격합병에 해당하여 합병신주를 교부받은 쟁점법인의 주주에게 이로 인한 의제배당소득이 발생하지 않았다.

(라) 처분청은 청구인이 합병으로 인한 의제배당소득에 대한 과세를 회피할 목적으로 의제배당소득에 비해 세부담이 적은 주식양도계약의 외관을 취하였다는 취지로 주장하나, 만약 청구인이 처분청 주장의 취지와 같이 쟁점합병법인이 발행하는 합병신주를 교부받았다고 하더라도 쟁점법인의 기존주주인 청구인에게는 쟁점합병으로 인한 의제배당소득이 전혀 발생하지 않는다, 따라서 청구인이 의제배당소득을 양도소득으로 신고하여 얻는 조세부담의 경감효과가 없으므로 처분청의 주장은 그 전제부터 잘못된 것이다.

(3) 「소득세법」의 개정 연혁 등에 비추어, 청구인이 보유하던 쟁점주식을 쟁점합병법인에게 양도하고 얻은 소득은 의제배당소득으로 볼 수 없다.

(가) 청구인의 쟁점주식 양도가액이 실제에 있어서는 쟁점합병법인으로부터 받은 합병대가에 해당한다는 취지의 처분청 주장은 피합병법인 주주의 의제배당소득 계산과 관련하여 구「소득세법 시행령」(1979.12.31. 대통령령 제9698호로 개정되어 1987.5.8. 대통령령 제12154호로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 “구 소득세법 시행령”이라 한다) 제50조 제4항에서 합병법인의 포합주식 취득가액을 합병대가에 포함하도록 한 내용과 같다고 할 수 있으나, 피합병법인의 기존주주가 이러한 포합주식을 합병법인에게 양도함으로써 발생한 소득에

대한 소득세 과세제도의 연혁을 살펴보면 쟁점주식의 양도차익을 양도

소득이 아닌 의제배당소득으로 과세하는 것은 부당함을 알 수 있다.

(나) 먼저, 주식양도차익에 대한 양도소득세 과세제도가 도입되기 전인 1990.12.31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 「소득세법」(이하 “구 소득세법”이라 한다) 제26조 제1항 제4호 및 구

소득세법 시행령 제50조

제4항은 피합병법인의 당초 주주가 합병 이전에 보유하던 피합병법인 주식을 합병법인에 양도하여 포합주식이 발생한 경우 합병법인이 취득한 그 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함하도록 규정하고 있었는데, 과세관청은 위 규정에 근거하여 피합병법인의 주주가 얻은 양도차익 상당액(포합주식 양도가액 해당 주식 취득가액)을 의제배당소득으로 보아 과세하였었다.

그러나 당시 대법원은 포합주식 양도차익을 의제배당소득으로 과세한 사안에 관하여 “원고(합병법인)가 피합병법인인 소외회사의 주주들에게 지급한 주식가액 금 OOO원에서 피합병법인의 주식액면가액(위 주주들의 취득가액을 의미하는 것으로 이해) OOO원을 제외한 나머지 금 OOO원이 합병등기일 이전에 위 주주들에게 배당이 있었던 것으로 보아야 한다는 취지인 듯하나 이는 「소득세법」에 근거가 없는 것으로서 그렇게 되면 사실상 주식의 양도차익에 과세하는 결과가 되고 「소득세법」의 규정에 반하는 결과에 이르게 된다.”(대법원 1989.7.25. 선고 87누55 판결)고 하여 구

「소득세법 시행령」제50조

제4항이 적용되던 과세기간에도 주식 양도차익에 대한 「소득세법」의 규정이 마련되지 않았음에도 실질적인 주식 양도차익을 의제배당소득으로 과세하는 것은 부당하다고 판단하였다.

(다) 「소득세법 시행령」이 1987.5.8. 대통령령 제12154호로 개정되면서 제50조 제4항을 삭제하였는데 그 개정취지{한국조세연구원(現 한국조세재정연구원) 개정세법 총람(Ⅱ) Ⅱ-671면 발췌}를 살펴보면, 종전에는 피합병법인의 주주가 합병 이전에 자신이 보유하던 주식을 합병법인에게 양도하여 양도차익이 발생한 경우 의제배당으로 과세가 되었으나, 1987년 이후의 합병에 있어서는 피합병법인의 당초 주주가 합병법인에 주식을 양도하더라도 유보이익잉여금증가액이 발생하는 경우 외에는 의제배당과세를 받지 않도록 한 것임을 알 수 있다.

또한, 1990.12.31. 법률 제4281호로 개정된 「소득세법」은 제23조 제1항 제4호로 비상장주식 양도차익에 대한 양도소득세 과세제도를 도입하는 대신 과세의 실효성 측면에서 논란이 있었던 유보이익증가액에 대한 의제배당과세 제도를 폐지하였다{한국조세연구원 개정세법 총람(Ⅲ) Ⅲ-160면 발췌}.

(라) 위와 같이 소득세법령 개정 연혁을 종합하여 보면 포합주식양도차익에 대한 소득세 과세제도가 의제배당소득으로 과세(1986년 이전)되던 것이 유보이익증가액에 대한 과세(1987년부터 1990년까지)를 거쳐 주식양도차익에 대한 양도소득세 과세(1991년 이후)로 전환되었음을 알 수 있다. 그럼에도 불구하고 처분청이 쟁점주식 양도차익을 의제배당소득으로 과세하겠다는 것은 이미 삭제된 구

소득세법 시행령 제50조

제4항의 규정을 적용하겠다는 것과 다름이 없다.

(4) 처분청이 처분근거로 제시한 대법원 판례를 쟁점주식의 양도에 적용하는 것은 부당하며, 청구인이 의제배당과세를 회피하려는 의도로 실질과 형식이 괴리된 행위를 한 사실도 없다.

(가) 처분청이 처분근거로 제시한 판례(대법원 1992.11.24. 선고 92누3786 판결, 대법원 2002.12.26. 선고 2001두6227 판결 등)는

「소득세법」 제17조

제2항 제1호에서 의제배당의 유형으로 정하고 있는 유상감자와 관련하여 감자를 하고자 하는 법인이 그 주주로부터 자기주식을 유상취득하는 것을 단순한 주식의 양수로 볼 것인지 아니면 주식의 유상소각의 하나로 볼 것인지는 거래의 전 과정을 실질과세의 원칙에 따라 파악하여 그 법률행위를 해석하여야 한다는 내용으로, 같은 법 제17조 제2항 제4호에 따른 합병시 의제배당 적용이 문제되는 이 건과 처분청이 제시한 판례의 적용 법률이 서로 다르므로 처분청이 제시하는 대법원 92누3786 판결 등을 처분근거로 제시하는 것은 부당하다.

(나) 법인합병의 경우 합병법인 등은 합병계약 등 합병절차의 원활한 진행을 위해서 합병 이전에 피합병법인의 주식을 취득함으로써 합병에 우호적인 지분을 확보하려는 경향이 있을 수 있고, 청구인이 쟁점합병에서 합병신주를 교부받을 것인지 아니면 합병 이전에 쟁점주식을 양도할 것인지는 청구인의 선택사항에 해당하는데, 청구인이 쟁점본계약에 따라 풋옵션을 행사하여 쟁점주식을 양도한 것을 두고청구인이 의제배당으로 인한 소득세 과세를 회피하기 위하여 실질과 괴리되는 비합리적인 거래 형식이나 외관을 취했다고 볼 수 없다.

(5) 참고로

「법인세법」제16조

제1항 제5호는 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 지급받는 합병대가에서 피합병법인 주식의 취득가액을 뺀 가액을 의제배당금으로 규정하고 있는데, 같은 법 시행규칙 제7조는 「법인세법」상 의제배당소득을 계산할 때 합병포합주식의 가액을 명시적으로 합병대가에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 「법인세법」상 의제배당도 합병 전에 주식을 양도하여 발생한 소득을 의제배당소득으로 과세하도록 하고 있지 않다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은

「법인세법 시행규칙」 제7조

의 포합주식의 가액을 의제배당에서 제외하는 규정을 들어 「소득세법」도 이를 따라야 하며, 구

소득세법 시행령 제50조

제4항의 규정도 1987.5.8. 의제배당으로 과세하지 않는 취지로 삭제되었으므로 쟁점주식에 대한 양도를 의제배당으로 과세하는 것은 위법하다고 주장하나, 이는 쟁점주식이 포합주식임을 전제로 한 것이고, 처분청이 의제배당으로 과세한 이 건 부과처분은 실질과세원칙을 적용한 것이므로 위와 같은 청구인의 주장은 논점을 벗어난 것이다.

또한 과세관청이 국세를 부과하는 경우에는 명확하게 법률을 적용하여야 하므로 이 건에 대해서는 실질과세원칙을 적용할 여지가 없다는 청구인의 주장을 살펴보면, 실질과세원칙은 개별규정의 형식에

따를 경우 발생하는 부당함과 불공정을 시정하려는 것으로 모든 사안에

대하여 개별·구체화하여 규정할 수 없는 현실을 고려하여 실질과세원칙을 적용할 수 있는 규정을 입법화한 것으로 이러한 취지는 이 건에도 적용되어야 하므로 청구인의 주장은 잘못된 것이다.

(2) 앞서 본 바와 같이 청구인이 쟁점주식을 쟁점합병법인에 양도하고 얻은 소득이 주식에 대한 양도소득인지 주식소각이나 자본의 환급과 같은 자본거래에 따른 의제배당소득인지에 대한 판단은 실질과세원칙에 따라 판단하여야 하고, 실질과세원칙을 적용한다 함은 단순히 당해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다는 것이므로(대법원 1992.11.24. 선고 92누3786 판결, 대법원 2002.12.26. 선고 2001두6227판결 외 다수),

청구인과 쟁점합병법인 쟁점주식의 양수도와 관련된 과정을 종합하여 살펴보면, ① 2015.5.11. 쟁점주식평가와 쟁점주식 매매계약이 체결되고 2015.5.15. 쟁점주식에 대한 매매대금이 청산된 후 2015.5.19. 쟁점합병계약이 체결되어 쟁점주식 양수도가 합병과 연관성이 있다고 보이는 점, ② 쟁점주식 매매계약을 체결하고 같은 가액으로 쟁점합병비율이 정해진 점, 청구인은 쟁점합병법인에게 쟁점주식을 양도하고 실질적으로 투자금을 회수하였음에도 양도소득으로 신고하여 합병대가로 보아 배당소득으로 신고하는 경우보다 세부담이 경감된 점, ③ 청구인은 쟁점합병법인의 임원 등으로 재직(2013.11.29.～2015.7.3. : 감사, 2015.7.3.～현재 : 사내이사)하여 쟁점합병을 위한 절차가 진행되고 있었음을 충분히 알 수 있었던 점, ④ 2014.7.7. 쟁점본계약을 체결하고 거래된 쟁점법인의 주식에 대하여 명의개서까지 하였음에도 현재까지 그 대금이 청산되지 아니한 점, ⑤ 쟁점주식 매매계약의 잔금청산일 전 날(2015.5.14.)에 쟁점본계약의 잔금채무를 담보하기 위하여 OOO는 쟁점본계약의 잔금에 해당하는 쟁점합병법인 발행주식에 대하여 청구인에게 재질권을 설정하기로 각서를 작성한 점, ⑥ 쟁점합병이 쟁점주식의 양도일 이전에 이미 기정 사실화된 점, 쟁점합병법인은 청구인으로부터 양수한 쟁점법인 발행주식을 즉시 소각처리한 점 등으로 볼 때, 쟁점주식을 양도하고 얻은 청구인의 소득은 그 실질을 의제배당소득으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인의 쟁점주식 양도대금을 합병대가로 보아 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정된 것)

제17조(배당소득) ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금

3. 의제배당

② 제1항 제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다.

4. 합병으로 소멸한 법인의 주주사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액이 그 합병으로 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

④ 제2항 제1호제3호제4호 및 제6호를 적용할 때 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액이 불분명한 경우에는 그 주식 또는 출자의 액면가액(무액면주식의 경우에는 해당 주식의 취득일 당시 해당 주식을 발행하는 법인의 자본금을 발행주식총수로 나누어 계산한 금액을 말한다. 이하 같다) 또는 출자금액을 그 주식 또는 출자의 취득에 사용한 금액으로 본다.

⑤ 제2항을 적용할 때 주식 및 출자지분의 가액 평가 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 제1항 각 호에 따른 배당소득 및 제3항에 따른 배당소득금액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

(3) 소득세법(1990.12.31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것)

제26조(의제배당) ① 다음 각호의 금액은 이를 당해 주주사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다.

4. 법인의 합병의 경우에 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주사원 기타 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 받는 주식 또는 지분의 가액과 기타 자산의 가액의 합계액이 소멸한 법인의 주식을 취득하거나 그 법인에 출자하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

5. 내국법인(한국증권거래소에 주식을 상장하고 있는 법인과 비영리법인을 제외한다)의 주주사원 기타 출자자가 당해 법인의 주식 또는 지분을 유상으로 양도하는 경우에 당해 주식을 취득한 때로부터 당해 주식을 양도할 때까지의 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 유보이익잉여금의 증가액.

(4) 소득세법(1990.12.31. 법률 제4281호로 개정된 것)

제23조(양도소득) ① 양도소득은 당해 년도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자대분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

제26조(의제배당) ① 다음 각 호의 금액은 이를 당해 주주사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다.

4. 법인의 합병의 경우에 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주사원 기타 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 받는 주식 또는 지분의 가액과 기타 자산의 가액의 합계액이 소멸한 법인의 주식을 취득하거나 그 법인에 출자하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

(5) 소득세법 시행령(2017.2.17. 대통령령 제26982호 개정되기 전의 것)

제27조(의제배당의 계산) ① 법 제17조 제2항 각 호의 의제배당에 있어서 금전외의 재산의 가액은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액에 의한다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

나. 법 제17조 제2항 제4호 또는 제6호에 따른 주식등으로서「법

인세법」제44조

제2항 제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다) 또는 같은 법 제46조 제2항 제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다)의 요건을 갖춘 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 이 목에서 "피합병법인등"이라 한다)의 주식등의 취 득가액. (단서 생략)

(6) 소득세법 시행령(1987.5.8. 대통령령 제12154호 개정되기 전의 것)

제50조(감자등으로 인하여 받는 주식등의 평가) ④

법인세법 시행령 제117조의2

의 규정에 의하여 합병교부금으로 보는 포합주식취득가액은 법 제26조 제1항 제4호에 규정하는 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 받은 주식 또는 지분의 가액과 기타자산의 가액에 포함되는 것으로 한다.

(7) 법인세법

제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병에 따라 소멸하는 법인[이하 "피합병법인"(被合倂法人)이라 한다]의 주주등이 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 법인(이하 "합병법인"이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등의 가액과 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액[이하 "합병대가"(合倂對價)라 한다]이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로

해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다.

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

(8) 법인세법 시행령

제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우 : 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 "합병교부주식등"이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병교부주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병교부주식등을 포함한다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와

「지방세법」 제88조

제2항에 따른 법인지방소득세의 합계액

(9) 법인세법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호 개정되기 전의 것)

제117조의2(합병의 경우의 청산소득계산의 특례) ① 내국법인의 합병에 있어서 합병법인이 합병전에 취득한 피합병법인의 주식 또는 출자(이하 "포합주식"이라 한다)가 있는 경우에 그 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때에는 포합

주식취득가액은 합병교부금으로 보고 청산소득을 계산한다. 이 경우에

당해 포합주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부한 때에는 포합주식

취득가액중 당해 교부주식가액을 공제한 금액을 합병교부금으로 본다

.

(10) 법인세법 시행규칙

제7조(합병대가 또는 분할대가의 계산) 법 제16조 제1항 제5호 및 제6호에 따른 합병대가와 분할대가에는 영 제80조 제1항 제2호 가목 단서, 같은 호 나목, 영 제82조 제1항 제2호 가목 단서, 같은 호 나목, 영 제83조의2 제1항 제2호 가목 단서 및 같은 호 나목의 금액이 포함되지 아니하는 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점법인 발행주식의 취득·양도 및 쟁점합병과 관련한 사실관계를 요약하면 아래 <표1>과 같다.

<표1> 주요 사실관계 요약

(2) 청구인이 OOO와 2014.7.7. 체결한 아래 <표2> 쟁점본계약에 의하면, 청구인이 소유한 쟁점법인 발행주식OOO 중 OOO주는 쟁점본계약에 따라 양도가액 OOO원에 OOO에게 양도하고 명의를 개서하되 잔금지급일(2015.7.7.)까지 전량 청구인에게 근질권을 설정하여 잔금지급을 담보하기로 되어 있고, 나머지 쟁점주식OOO에 대해서 쟁점본계약 체결일(2014.7.7.)부터 6개월이 경과한 날부터 3년이 되는 날까지 청구인이 OOO 또는 OOO가 지정하는 자에게 잔여 주식을 양수할 것을 요구할 수 있는 권리(Put-Option)를 갖도록 계약되어 있다.

<표2> 쟁점본계약서 주요내용

(3) 청구인이 2015.4.14. 쟁점본계약의 풋옵션(Put-Option)에 따라

OOO가 지정한 쟁점합병법인에게 잔여 주식을 양도할 것을 약정한 매매약정서의 주요 부분은 아래 <표3>과 같고,

양도대금은 OOO원으로 하되

추후에 쟁점법인의 기업

가치를 평가하여 거래할 주식의 수를 결정하기로 합의한 것으로 나타나는바, 이 계약

당시에는 거래가액만 확정하고 거래 주식 수는 미정이었다.

<표3> 잔여 주식 매매약정서의 주요내용

(4) 2015.5.11. 청구인과 쟁점합병법인 간에 체결한 쟁점주식 매매계약서의 주요 부분은 아래 <표4>와 같고, 쟁점주식OOO을 총 양도가액 OOO에 양도하기로 계약한 것으로 나타난다.

<표4> 쟁점주식 매매계약의 주요내용

(5) 2015.5.19. 쟁점합병법인이 쟁점법인과 체결한 쟁점합병계약서의 주요 부분은 아래 <표5>와 같고, 2015.8.5.를 합병기일로 합병비율을 OOO(쟁점합병법인:쟁점법인)로 하여 쟁점법인의 기존 주주에게 합병비율에 따라 쟁점합병법인의 신주를 발행하여 교부하며, 쟁점합병법인이 보유한 쟁점주식에 대해서는 합병신주의 발행을 하지 않는다는 내용이 나타난다. 쟁점합병법인 및 쟁점법인의 등기부등본상 합병등기일은 2015.8.6.로 확인된다.

<표5> 쟁점합병계약의 주요내용

(6) 처분청이 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하고 작성한 조사종결보고서의 내용은 아래 <표6>과 같고, 청구인이 쟁점합병법인의 감사로 재직하였던 점, 쟁점주식 매매계약을 체결한 직후 쟁점합병계약이 체결된 점 등을 고려하여 볼 때, 쟁점주식을 쟁점합병법인에 양도한 것은 그 실질이 합병대가를 금전으로 수취한 것으로서 배당소득에 해당한다고 판단한 것으로 나타난다.

<표6> 처분청의 청구인에 대한 조사종결보고서

(7) 쟁점합병법인에 대한 법인등기부 등본(2016.8.12. 발급)에 의하면 아래 <표7>과 같이, 청구인이 쟁점합병법인의 감사 등 임원으로 등기되었던 사실이 나타나며, 청구인이 감사로 재직하는 기간(2013.11.29.～2015.7.3.) 중에 쟁점본계약(2014.7.7.)과 쟁점매매계약(2015.5.11.) 및 쟁점합병계약(2015.5.19.)이 체결된 것으로 나타난다.

<표7> 법인등기부상 청구인의 쟁점합병법인 임원등기 내역

(8) 청구인이 이 건 부과처분에 불복하여 제기한 이의신청의 결정문의 내용을 일부 발췌하여 보충하는 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인이 쟁점본계약(2014.7.7. 체결)에 따라 쟁점법인 발행주식을 OOO에게 양도하고 얻은 소득과 쟁점주식 매매계약(2015.5.11. 체결)에 따라 쟁점주식을 쟁점합병법인에 양도하고 얻은 소득에 대한 양도소득세 신고내용은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 청구인의 양도소득세 신고내용

(나) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사결과 쟁점주식을 쟁점합병법인에 양도하고 얻은 소득의 실질을 배당소득으로 보아 아래 <표9>와 같이 경정결정하여 청구인에게 OOO원의 종합소득세 부과처분을 한 것으로 나타난다.

<표9> 처분청의 경정결정 내역

(다) 2014.7.7. 체결한 쟁점본계약 제2조 제6항에 따라 OOO는 청구인으로부터 양수한 쟁점법인 발행주식 OOO주를 청구인에게 잔금청산을 위한 담보목적으로 질권설정하기로 약정하고, 2014.7.18. 질권을 설정하였으나, 2015.5.14. 이에 대한 질권을 해제하고 쟁점합병 후 1년간의 보호예수기간이 경과한 다음 쟁점합병법인 발행주식에 대하여 재질권을 설정하기로 약정하는 각서를 아래 <표10>과 같이 작성하였다.

<표10> OOO가 청구인에게 제공한 쟁점합병법인 주식 재질권 각서

(라) 처분청이 국세청 전산시스템으로 확인한 쟁점합병법인의 쟁점합병 전·후의 2015년 주식변동상황명세의 내용은 아래 <표11>과 같다.

<표11> 쟁점합병법인의 쟁점합병 전·후 주식변동상황명세 내용

(마) 처분청이 국세청 전산시스템으로 확인한 쟁점합병법인의 최대주주인 OOO(주)의 주식변동상황명세의 내용은 아래 <표12>와 같다.

<표12> OOO(주)의 주식변동상황명세의 내용

(9) 청구인이 이 건과 관련하여 심리자료로 제출한 「소득세법」 및 같은 법 시행령의 개정취지 등을 기재한 한국조세연구원 발간 개정세법 총람의 내용은 다음과 같다.

(가) 1987.5.8. 대통령령 제12154호로「소득세법 시행령」개정시 제50조 제4항을 삭제한 것에 대하여 한국조세연구원에서 발간한 개정세법 총람에서 그 개정취지 등을 기재한 내용을 발췌한 부분은 아래 <표13>과 같다.

<표13> 한국조세연구원 발간 개정세법 총람(Ⅱ)(간추린 개정세법 1983～1989년)

(나) 1990.12.31. 법률 제4281호로 개정된 「소득세법」에 대하여 한국조세연구원에서 발간한 개정세법 총람 중 비상장주식 양도차익에 대한 양도소득세 관련 부분의 개정취지 등을 발췌한 내용은 아래 <표14>와 같다.

<표14> 한국조세연구원 발간 개정세법 총람(Ⅲ)(간추린 개정세법 1990～1993년)

(10) 청구인이 2018.5.9. 추가로 제출한 보충서면의 주요 내용은 다음과 같고, 처분청은 이에 대하여 추가로 답변서를 제출하지 않았다.

(가) 청구인은 쟁점합병계약을 체결할 당시 쟁점법인의 주주가 아니었고, 쟁점합병법인으로부터 쟁점합병과 관련하여 주식이나 금전을 취득한 바도 없으므로, 쟁점주식을 양도하고 받은 금액은 「소득세법」상 의제배당소득이 아니며, 쟁점주식 양도거래는 의제배당과세를 피하기 위하여 실질과 괴리되는 비합리적인 거래의 형식이나 외관을 취한 것도 아니므로 처분청이 과세근거로 삼고 있는 실질과세의 원칙에 관한 대법원 판례는 이 건의 경우에 적용될 수 없다. 또한 「소득세법」의 개정 연혁에 따르면, 이 건과 같이 피합병법인의 기존 주주가 합병 이전에 합병법인에게 피합병법인의 주식을 양도하여 소득이 발생한 경우, 「소득세법」은 이를 의제배당소득이 아닌 주식 양도소득으로 과세한다는 입장을 취하고 있으므로, 이 건 부과처분은 어느 모로 보나 위법하다.

(나) 조세심판원은 합병 전에 이미 주식이 양도되어 합병 당시에는 납세자가 피합병법인의 주주가 아니었던 경우에, 실질과세원칙을 적용하여 위 납세자의 양도거래를 부인하고 합병에 따른 의제배당이 발생한 것으로 보아 종합소득세를 과세하는 것은 부당하다고 일관되게 결정(조심 2017구3137, 2017.12.4., 조심 2014서4032, 2015.1.7. 등, 참조)하고 있다.

(다) 납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있으므로, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 하는바, 납세자가 합병 당시 이미 피합병법인의 주식에 관한 양도대금을 모두 정산하고 그 주식을 합병법인에게 양도함으로써 더 이상 피합병법인의 주식을 보유하고 있지 않았다면, 달리 이를 부인할 만한 근거가 없는 이상 실질과세원칙을 적용하여 양도거래를 부인할 수는 없다.

(라) 청구인은 2014.7.7. OOO와 쟁점본계약을 체결하였고

,

약 9개월 후인 2015년 4월경 쟁점본계약에 규정된 풋옵션을 행사하였다. 이에 따라 청구인은 2015.4.14. 쟁점합병법인에게 청구인이 보유하고 있던 쟁점법인 주식을 양도하기로 하면서, 구체적으로 양도할 주식의 수는 추후 쟁점법인 주식의 가치평가를 통해 결정하기로 하는 내용의 계약을 체결하고, 2015.4.15. 쟁점합병법인으로부터 선수금 OOO원을 지급받았다.

(마) 위 계약의 내용에 따라 청구인은 쟁점합병법인과 2015.5.11. 청구인이 보유하고 있던 쟁점법인 주식 OOO주(쟁점주식)를 합계 OOO원에 쟁점합병법인에게 양도하는 내용의 계약을 체결하고, 계약금으로 OOO원을 지급받았으며, 2015.5.15. 나머지 잔금 OOO원을 지급받으면서 쟁점합병법인에게 쟁점주식을 교부하였다(위 선수금 및 매매대금을 수취한 청구인의 통장사본 제출함). 이후 쟁점합병법인은 2015.5.19. 쟁점법인을 흡수합병하는 내용의 계약을 체결하고 2015.8.6. 합병등기를 마쳤는데, 그 과정에서 쟁점주식에 대하여는 합병신주를 교부하지 아니하였다.

(바) 피합병법인의 기존 주주와 합병법인 간의 피합병법인 주식양도계약 당시 합병이 예정되어 있었다는 사정은 쟁점주식 매매계약이 조세를 회피할 목적으로 형성된 실질과 괴리되는 비합리적인 외관에 불과하다는 처분청 주장의 근거가 될 수 없다. 합병을 위해서는 주주총회의 특별결의에 의한 승인이 요구되고(

「상법」제522조

제1항, 제3항), 일정한 요건을 충족하는 경우 간이합병, 소규모합병 등 간이화된 합병절차도 허용되고 있으며(

「상법」제527조의2

, 527조의3), 합병을 반대하는 주주에 대한 주식매수청구권도 보장하고 있다(

「상법」제522조의3

). 이러한 이유로 합병법인 또는 합병법인의 주요 주주와 경영자 등은 합병계약 등 합병절차를 원활하게 추진하기 위하여 합병에 앞서 피합병법인의 지분을 먼저 취득함으로써 합병에 우호적인 지분을 확보하고자 하는 경우가 많다. 즉, 합병을 앞두고 합병법인이 피합병법인의 주식을 취득하는 것은 조세회피를 위하여 실질과 괴리되는 비합리적인 외관을 형성하는 것이 아니라 합병을 위한 정지작업의 일환(우호 지분 확보)으로서 지극히 일반적인 거래 모습이다. 이와 같은 점을 고려하여 조세심판원도 피합병법인의 주주와 합병법인 간의 피합병법인 주식 양도 당시 향후 합병이 예정되어 있었다는 사정이 명백히 드러나고 있는 사안에서도 합병 이전에 이루어진 피합병법인 주식 양도계약을 조세회피를 위한 실질과 괴리되는 비합리적인 외관으로 보고 있지 않는 것이다.

(사) 조세심판원 선결정례의 경우, ① 합병법인이 피합병법인의 주식취득 내역을 공시하면서 피합병법인을 흡수합병하고자 검토 중에 있고 조속한 시일 내에 합병을 추진할 계획임을 공개적으로 밝힌 바 있고(조심 2017구3137, 2017.12.4.), ② 합병법인과 피합병법인 주주 사이에 체결된 주식 양도계약서에 명시적으로 주식양도일로부터 4일 뒤 합병계약이 체결되고, 그로부터 약 한 달 뒤 합병절차가 완료될 수 있도록 한다는 내용이 포함되어 있는 사안(조심 2014서4032, 2015.1.7.)에서도 피합병법인의 주주와 합병법인 간의 피합병법인 주식 양도가 선택한 법적 형식을 실질과세원칙을 이유로 부인할 수 없다고 판단한 바 있다.

(아) 이 건의 경우에도 단순히 쟁점주식 매매계약 당시 쟁점합병이 예정된 것으로 볼 수 있다는 사정은 쟁점주식 매매계약이 실질과 괴리되는 비합리적인 외관으로서 부인되어야 한다는 처분청 주장의 근거가 될 수 없다. 오히려 청구인은 쟁점합병과 관계없이 이미 2014.7.7. OOO와 쟁점본계약을 체결하면서 풋옵션을 취득하였고, 그로부터 약 9개월 후인 2015년 4월경 이러한 풋옵션을 행사하여, 2015.5.11. OOO가 쟁점주식의 매수인으로 지정한 쟁점합병법인과 쟁점주식 매매계약을 체결한 것이다.

(자) 또한, 처분청은 답변서에서 쟁점주식 매매계약과 쟁점합병계약에서 쟁점법인 1주당 주식가액이 동일하게 정하여졌다는 점, 청구인이 쟁점합병 이전에 쟁점주식을 양도함으로써 결과적으로 낮은 세율을 적용받을 수 있었다는 점, 쟁점본계약에 따른 양도대금이 쟁점합병 이후에도 청산되지 않았다는 점, 쟁점합병법인이 쟁점주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않아 쟁점주식이 결과적으로 소각되었다는 점을 쟁점주식 매매계약을 부인할 근거로 제시하고 있다. 그러나 처분청이 제시하는 사정들은 모두 이 건 쟁점과는 무관한 것이라 쟁점주식 매매계약이 조세를 회피할 목적으로 형성된 실질과 괴리되는 비합리적인 외관에 불과하다는 처분청 의견의 근거가 될 수는 없다.

(차) 청구인은 2015.4.14. 쟁점합병법인에게 청구인이 보유하고 있던 쟁점법인 주식을 양도하기로 하면서, 구체적으로 양도할 주식의 수는 추후 쟁점법인 주식 가치평가를 통해 결정하기로 하였고, 이에 따라 회계법인의 주식가치평가를 통해 쟁점주식 1주당 양도가액이 계산된 것이다. 이와 같이 산정된 1주당 양도가액이 적정한 평가액인 이상, 시기적으로 근접한 쟁점합병 당시 쟁점법인의 1주당 평가액 또한 쟁점주식 매매계약에서 정한 양도가액과 동일할 수 있는 것이다.

(카) 처분청의 의견은 청구인이 쟁점합병 이전에 쟁점주식을 양도하여, 결과적으로 쟁점주식을 계속하여 보유하고 있었던 경우보다 낮은 세율을 적용받게 되었으므로, 실질과세원칙을 적용하여 보다 고율의 세율을 적용해야만 한다는 것으로 이해되는데, 이에 대하여 조세심판원은 “처분청은 이 건에 대하여 실질과세원칙을 적용하지 아니할 경우

「소득세법」 제17조

제1항 제3호 및 제2항 제4호의 의제배당 규정이 형해화되는 결과를 초래한다는 의견이나, 구체적인 사건에서 합병에 따른 의제배당 과세 범위를 확대할 필요가 있다 하더라도 이는 관련 법령 등을 통해 입법적으로 해결할 문제로 보이고 그 해석을 통하여 해결할 것은 아니라고 할 것이다.”라고 지적하며(조심 2014서4032, 2015.1.7.), 실질과세원칙이 과세권의 남용을 정당화할 수 없다는 점을 분명히 한 바 있다.

(타) 따라서 청구인이 결과적으로 낮은 세율을 부담하게 되었으므로 쟁점주식 매매계약을 실질과 괴리되는 비합리적인 외관으로 보아 부인하여야 한다는 처분청 의견은 법률상 근거가 없이 단순히 가장 고율의 세율이 부과되도록 과세요건사실을 자의적으로 재해석한 것이며 이는 확립된 조세심판결정의 입장에 반하는 것이다.

(파) 이 건 청구와 조세심판원 선결정례의 사실관계를 비교하면 다음과 같다.

(하) 이상에서 본 바와 같이 조세심판원의 일관된 선결정례에 의하면, 청구인이 쟁점합병 당시 이미 쟁점주식에 관한 양도대금을 모두 청산하고 쟁점주식을 쟁점합병법인에게 양도함으로써 쟁점주식을 보유하고 있지 않는 이상, 쟁점주식의 양도대금을 합병으로 인한 의제배당소득으로 보아 과세할 수는 없고, 처분청이 제시하고 있는 사정만으로는 쟁점주식 양도의 효력을 부인할 수 없다. 처분청이 청구인의 쟁점주식 양도로 인한 소득이 의제배당소득에 해당함을 전제로 하여 과세한 이 건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

(11)

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은

청구인이 쟁점주식을 양도하고 그 대가를 지급받은 것이 아니라 사실상

합병으로 소멸한 쟁점법인의 주주로서 합병대가를 교부금으로 부여받은

것으로 보아 청구인에게 이 건 종합소득세 부과처분을 하였으나,

「소득세법」 제17조

제1항 제3호 및 제2항 제4호에서 합병으로 소멸한 법인의 주주·사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액이 그 합병으로 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액은 의제배당으로서 배당소득으로 한다고 규정하고 있고,

청구인이 쟁점주식 매매계약을 2015.5.11. 체결한 후 그 대금의 잔금청산이 2015.5.15. 이루어졌으며, 쟁점합병법인과 쟁점법인 간의 합병계약은 2015.5.19. 체결된 후 2015.8.6. 합병등기가 이루어졌는바, 청구인은 쟁점합병 이전에 쟁점주식을 양도하였고, 쟁점합병으로 소멸한 쟁점주식의 합병당시 주주는 청구인이 아니라 쟁점합병법인이었으므로 청구인의 쟁점주식 양도대가를 위 법률에서 규정한 합병으로 소멸한 법인의 주주로서 합병으로 취득하는 금전에 해당한다고 보기 어려운 점,

처분청은 청구인이 쟁점주식을 양도하지 않고 쟁점합병 시점까지 계속 보유하고 있었다면 합병대가를 지급받았을 것이라는 의견이나, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 적법유효한 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 경우에 그 중 어느 방식을 취할 것인가는 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이고, 그 중 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 하며, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결, 같은 뜻임)이고,

청구인의 쟁점주식 매매계약은 쟁점합병이 이루어지기 약 1년 1개월 이전인 2014.7.7. OOO와 체결한 쟁점본계약에 의하여 청구인이 부여받은 풋옵션을 2015.4.14. 행사하여 체결된 것이고, 쟁점주식 양도대금 OOO원 중 OOO원은 위 풋옵션을 행사한 다음 날 선수금으로 지급받으며, 쟁점주식 매매계약 체결일에 계약금으로 OOO원, 2015.5.15. 잔금 OOO원을 지급받은 사실이 확인되는바, 그 일련의 계약 과정·경위 및 약정 내용, 대금수수 현황 등에 비추어 쟁점합병이 어느 정도 예정되어 있었다거나 청구인이 그 계획을 알고 있었다는 등의 사정만으로 적법하고 유효하게 이루어진 청구인의 쟁점주식 양도거래를 실질과 괴리되는 비합리적인 외관에 불과한 것으로 보아 그 사법상의 효력을 부인하는 것은 타당하지 아니하다 할 것이며,

합병을 추진하는 법인이 합병을 앞두고 우호지분 확보의 일환으로 합병의 상대방 법인의 주식을 취득하는 것은 「상법」상 금지되는 것이 아니고, 합병으로 소멸할 예정인 법인의 주주가 그 주식을 합병 전에 금전을 반대급부로 하여 매도할지 아니면 합병시까지 보유하여 합병신주를 교부받을지 등을 선택하는 것은 사적 자치의 영역인 점,

처분청은 주식 양도소득과 배당소득의 경우 「소득세법」상 세율에 차이가 있으므로 이 건과 같은 경우에 있어서 실질과세원칙을 폭넓게 적용하여 과세요건사실을 재구성할 수 있도록 하지 아니하면

「소득세법」제17조

제1항 제3호 및 제2항 제4호의 의제배당 규정이 형해화될 수 있다는 취지의 의견을 제시하고 있으나, 그러한 이유로 합병에 따른 의제배당 과세 범위를 확대할 필요가 있다면 이는 조세정책상의 판단에 따라 1987.5.8. 대통령령 제12154호로 개정되어 삭제되기 전의 구

「소득세법 시행령」제50조

제4항과 같은 조항을 입법하여야 할 사안이지 과세관청의 위와 같은 방식의 집행을 통하여 해결될 성격이 아님을 우리 원이 기 지적한 바 있는 점(조심 2014서4032, 2015.1.7. 같은 뜻임) 등을 종합적으로 고려할 때,

청구인이 쟁점합병 이전에 쟁점주식을 적법하고 유효하게 양도하여 양도소득이 발생한 사실을 처분청이 부인한 뒤, 청구인이 쟁점합병 당시까지 쟁점주식을 보유한 것으로 의제하고, 쟁점주식 양도대금을 합병대가와 동일시하여 청구인에게 배당소득이 발생한 것으로 보아 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2017구3137, 2017.12.4., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.