조심 2009부1994 (2010.12.10)

○○○세무서장이 2009.2.11. 청구인에게 한 2003년 귀속 종합소득세 307,725,210원의 부과처분은 납부불성실가산세 산정시 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 세액 218,408,550원 가운데 81,582,820원에 대하여는 미납일수를 791일로 하여 납부불성실가산세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.3.24. ○○○ 주식회사(이하 "○○○"라 한다)에게 ○○○ 지분 25%에 해당하는 주식 50,000주(실제 양도주식은 33,400주임, 이하 "쟁점 주식"이라 한다)를 14억원에 양도하는 내용의 주식양도양수합의서를 작성하고 2003.4.1. 쟁점 주식 양도대금 14억원을 수령하였으나 2003.5.2. ○○○세무서장에게 양도가액을 7억 8,300만원으로 낮추어 양도소득세 54,862,650원을 신고ㆍ납부하였다.

나. ○○○지방국세청장은 2006년 6월경 ○○○세무서에 대한 종합감사를 실시하여 청구인이 주식양도가액을 과소신고한 사실을 확인하였고, 이에 따라 ○○○세무서장은 2006.7.31.을 납기로 하여 청구인에게 양도소득세 81,582,820원을 추가로 경정ㆍ고지하였다.

다. 국세청장은 2008.12.경 ○○○세무서에 대한 종합감사를 실시하여 ○○○가 2003.4.1. 청구인으로부터 쟁점 주식을 취득한 것은 자본감소를 목적으로 한 자기주식의 취득에 해당하고 감자결의일이 2003.3.31.로 확인되므로「소득세법」제17조 제2항 제1호에 의한 의제배당소득으로 과세하라는 취지의 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 2009.2.11. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 307,725,210원(신고불성실가산세 59,052,465원, 납부불성실가산세 111,847,018원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인, ○○○, ○○○은 대주주로서 ○○○를 경영하다가 여러 가지 복잡한 사정으로 위 3인 중 1인에게 경영을 전적으로 위임하고 다른 사람은 경영에서 손을 떼는 과정에서 쟁점 주식의 양도가 이루어진 것이지 감자를 목적으로 양도한 것이 아닐 뿐만 아니라 이건 부과처분 당시까지도 ○○○에서는 감자절차를 이행하지 아니하는 등, 그 양도차익을 의제배당으로 과세한 처분은 위법부당하다.

(2) 설령, 쟁점 주식의 양도차익을 의제배당으로 보아 과세하는 것이 타당하다고 하더라도, 청구인은 쟁점 주식을 양도하고 양도소득세로 신고하였고 처분청도 양도소득임을 전제로 양도소득세를 경정한 사실이 있는 점 등으로 보아 청구인이 당초부터 의제배당소득으로 신고하지 아니한 것에 대하여 그 귀책사유가 전적으로 청구인에게 있다고 보기 어렵고 납세의무자가 그 의무를 이행하지 못한 것에 대한 상당한 사유가 있었다 할 것이므로, 청구인에게 부과된 가산세 170,899,483원(신고불성실가산세 59,052,465원, 납부불성실가산세 111,847,018원) 가운데 당초 과소신고납부로 인하여 부과된 가산세(2006.7.31.자 납기로 하여 청구인에게 경정ㆍ고지된 2003년도 귀속 양도소득세에 포함된 가산세 20,191,321원)를 초과하는 금액(150,708,162원)은 취소되어야 한다.

(3) 위와 같은 주장들이 받아들여지지 아니할 경우, 처분청은 이건 종합소득세를 과세하면서, 원래는 양도소득세를 취소하고 종합소득세로 과세하여야 함에도 양도소득세 납부세액을 기납부세액으로 공제하여 과세하였고, 이러한 부과처분이 중복처분에 해당되어 취소사유에 해당되는지는 모르겠으나 처분청의 과세방법을 따르더라도 아래와 같이 가산세 계산에 잘못이 있으므로 이를 경정하여야 한다.

(가) 우선, 무신고 가산세(신고불성실가산세)와 관련하여, 처분청은 무신고가산세 대상인 미달세액을 295,262,327원으로 하여 무신고가산세를 59,052,465원으로 계산하였으나, 법인세와의 이중과세 방지를 위한 GROSS-UP제도 등을 고려하여 가산세 대상 금액인 미달세액을 실질적인 산출세액인 273,271,200원(가산세 가산전 결정세액)으로 하고, 또한 처분청이 청구인이 신고한 소득을 612,085,000원으로 본 것과 달리 당해 부분도 GROSS-UP하여 728,381,150원(612,085,000원 × 119%)으로 보아야 한다.

(나) 다음으로 납부불성실가산세와 관련하여, 처분청은 미납일수를 1,707일, 미납부세액을 218,408,550원(결정세액 273,271,200원에서 청구인이 당초 양도소득세로 예정신고한 54,862,590원을 차감한 금액)으로 하여 납부불성실가산세 111,847,018원을 부과하였으나, 청구인이 당초 양도소득세 과소신고로 인하여 처분청으로부터 고지서를 받고, 2006.7.31.자로 양도소득세 81,582,821원을 납부한 사실이 있으므로, 위 81,582,281원에 대하여는 미납일수를 2004.5.31. 후로부터 2006.7.31.까지의 기간(791일)으로 하여 당해 가산세를 재계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) ○○○는 2003.3.31. 임시주주총회의 결의에 따라 청구인의 쟁점 주식을 자본감소 절차의 일환으로 취득하였고 청구인도 임시주주총회에 주주로 참석하여 결의하였으므로 쟁점 주식의 양도소득을 2003년 귀속 의제배당소득으로 보아 과세한 이건 종합소득세 부과처분은 정당하다.

(2) 2007.2.경 ○○○지방국세청의 감사시 지적한 사항은 단순히 청구인이 쟁점 주식을 양도하고 신고한 양도소득세 신고서상 주식양도금액과 ○○○가 지급한 금액과의 차액에 대한 양도금액 신고누락에 관한 경정에 불과하여 위 사유가 청구인이 당초부터 의제배당소득으로 신고하지 아니한데 대한 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없고, 감자를 결의한 임시주주총회 회의록에 청구인이 참석하여 날인하였으므로 쟁점 주식의 양도가 양도소득세 신고대상이 아니고 의제배당소득으로 종합소득세 신고대상임을 청구인이 알지 못하였다고 할 수도 없는 등, 가산세를 감면할 정당한 사유가 없는 바 이건 가산세 부과는 정당하다.

(3) 거주자가 과세표준 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에 종합소득금액, 양도소득금액에 대하여 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 20을 신고납부불성실가산세로서 산출세액에 가산하여야 할 것으로, 이건 신고불성실가산세 기준대상금액 계산은 "산출세액(507,541,200원) × 무신고ㆍ미달신고 소득금액(1,467,270,000원 - 612,085,000원) / 결정소득금액(1,467,270,000원)"을 통하여 295,262,327원으로 산정하여 신고불성실가산세액을 계산하였고, 납부불성실가산세의 경우, 무납부 또는 과소납부세액 218,408,550원["273,271,200원(종합소득세 결정세액) - 54,862,650원(양도소득세 납부세액)"]을 산정하고, 당해 금액에 무납부일수(1,707일)를 곱하여 기준대상금액을 산정하여 납부불성실가산세를 계산한 것으로 정당하게 부과된 것이고, 또한 처분청이 2006년 7월 경정결정한 양도소득세(81,582,821원)에 대하여는 "과세제외"처리하였고, 청구인이 감자목적으로 양도한 주식의 양도차익에 대한 의제배당을 종합소득세로 2009년 2월 부과하면서 청구인이 양도소득세 자진 신고ㆍ납부한 기납부세액을 공제(136,445,471원으로 당초 신고납부한 54,862,650원과 추가고지액 81,582,821원의 합계)하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인의 쟁점 주식 매매소득이 양도소득인지 의제배당소득인지 여부

(2) 이건 신고ㆍ납부 불성실가산세 부과가 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제17조(배당소득) ① 배당소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 상법 제463조의 규정에 의한 건설이자의 배당

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당 또는 분배금

3. 의제배당

② 제1항 제3호의 규정에 의한 의제배당이라 함은 다음 각호의 금액을 말하며 이를 당해 주주ㆍ사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다.

1. 주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전 기타 재산의 가액 또는 퇴사ㆍ탈퇴나 출자의 감소로 인하여 사원이나 출자자가 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 주주ㆍ사원이나 출자자가 당해 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

④ 제2항 제1호ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 규정을 적용함에 있어서 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액이 불분명한 경우에는 당해 주식 또는 출자의 액면가액 또는 출자금액을 당해 주식 또는 출자의 취득에 소요된 금액으로 본다.

⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 주식 및 출자지분의 가액의 평가 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령 제46조(배당소득의 수입시기) 배당소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.

4. 법 제17조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 제5호의 의제배당

주식의 소각, 자본의 감소 또는 자본에의 전입을 결정한 날(이사회의 결의에 의하는 경우에는 상법 제461조 제3항의 규정에 의하여 정한 날을 말한다)이나 퇴사 또는 탈퇴한 날

(3) 상법 제341조(자기주식의 취득) 회사는 다음의 경우 외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다.

1. 주식을 소각하기 위한 때

제342조(자기주식의 처분) 회사는 제341조 제1호의 경우에는 지체없이 주식실효의 절차를 밟아야 하며 동조 제2호 내지 제5호와 제341조의 3 단서의 경우에는 상당한 시기에 주식 또는 질권의 처분을 하여야 한다.

제343조(주식의 소각) ① 주식은 자본감소에 관한 규정에 의하여서만 소각할 수 있다. 그러나 정관의 정한 바에 의하여 주주에게 배당할 이익으로써 주식을 소각하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제440조와 제441조의 규정은 주식을 소각하는 경우에 준용한다.

(4) 소득세법 제81조(가산세) ① 거주자가 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 종합소득금액ㆍ퇴직소득금액 또는 산림소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액(신고를 하지 아니하였거나 미달하게 신고한 소득금액에 대하여 소득세가 원천징수된 경우에는 당해 원천징수세액을 공제한 금액으로 하며, 이하 이 항에서 "가산세대상금액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 결정세액에 가산한다. 다만, 복식부기의무자가 부동산임대소득ㆍ사업소득 또는 산림소득에 대한 과세표준확정신고를 하지 아니한 경우로서 산출세액이 없거나 가산세대상금액의 100분의 20에 상당하는 금액이 당해 사업자의 수입금액의 1만분의 7에 미달하는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액을 결정세액에 가산한다.

④ 거주자가 제65조 제6항 및 제76조의 규정에 의한 소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 결정세액에 가산한다.

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관의 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

⑬ 제1항 및 제3항의 규정에 의한 가산세는 이를 "신고불성실가산세"라 하고, 제4항의 규정에 의한 가산세는 이를 "납부불성실가산세"라 하며, 제5항 및 제7항의 규정에 의한 가산세는 이를 "보고불성실가산세"라 하고，제8항의 규정에 의한 가산세는 이를 "증빙불비가산세"라 하며, 제9항의 규정에 의한 가산세는 이를 "영수증수취명세서미제출가산세"라 하고, 제10항의 규정에 의한 가산세는 이를 "무기장가산세"라 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 (1)에 대하여 본다.

(가) 청구인이 주장하는 청구인의 쟁점 주식 취득 및 양도 경위는 아래와 같은 바, 청구인은 1996.7.경부터 ○○○의 전신인 ○○○계 주식회사에 사출기 부품을 납품하였고, 1998.5.6. 위 회사가 부도가 발생하였으며, 1998.5.11. 채권단이 구성되어 위 회사 공장을 인수하였고[채권단 대표: ○○○(대표), ○○○, 청구인], 이후 전문기술자 3인(○○○, ○○○, ○○○)을 영입하고 그들에게 회사지분 50%를 인정해주기로 합의하였으며, 회사운영이 정상화 되어 매출액이 늘면서 내부갈등으로 ○○○, ○○○는 퇴사하였고, ○○○가 대표이사, ○○○이 전무를 맡고 청구인, ○○○이 이사를 맡게 되었으며, ○○○의 제안으로 네사람 모두 ○○○ 및 ○○○에 60억원을 연대보증하였으며, 회사가 ○○○을 해임시키자, ○○○이 비자금 조성 등의 혐의로 ○○○를 검찰과 세무서에 고발, ○○○는 징역 1년 집행유예 2년을 선고받았고, 60억원이라는 거액의 연대보증을 한 청구인으로서는 이런 사람들과 회사를 운영하다가는 큰일나겠다고 판단하고, 대주주 3인 중 누군가 1명이 회사를 맡아서 경영하자고 제안하여 여러 가지 논의 결과 결국 ○○○가 청구인과 ○○○의 지분을 인수하기에 이른 것이라는 주장이고, 쟁점 주식과 관련하여 청구인은 이를 ○○○가 아닌 대표이사인 ○○○ 개인에게 양도한 것이라는 주장을 하고 있다.

(나) 청구인이 제시한 2002.7.5.자 합의서에 의하면, ○○○ 대표이사 ○○○, 이사 ○○○(청구인), 이사 ○○○이 ○○○ 지분에 대한 양도양수에 있어서 아래와 같이 합의한다는 내용으로, 목적이 실질적 경영자 ○○○, 청구인, ○○○이 ○○○의 발전을 위하여 3자 구도를 깨트리지 않고 지속적으로 유지한다는 내용이고, 주식의 양도와 관련하여 ○○○의 발전을 위하여 ○○○, 청구인, ○○○은 서로의 동의없이 자신의 주식을 제3자에게 양도할 수 없고, 부득이 개인의 사정상 주식을 처분해야 할 경우에는 이사회 결의를 통하여 기존 주주들에게 우선 매입권을 부여하며, 기존 주주들이 이를 거부할 경우 타인에게 양도할 수 있고, 이 때 주식의 가격은 그 당시 회계연도 재무제표상 평가액에 준한다고 되어 있다.

(다) 2003.3.21.자 ○○○의 임시주주총회 의사록 내용을 보면, 의안 제1호가 자사주 매입 의결에 관한 건으로, 의장(대표이사 ○○○)은 이사 ○○○(청구인) 등이 퇴임함에 따라 청구인 등 보유 주식을 회사가 매입하기로 제안한 바, 청구인 소유주식 보통주 33,400주 등을 14억원 등에 회사가 자사주로 매입하기로 참석 주주 전원 만장일치로 찬성하여 승인 가결한다는 내용이 기재되어 있고, 의안 3호는 감자 결의에 관한 건으로 의장은 제1호 등 의안이 가결됨에 따라 자사주 처분은 감자 또는 제3자에게 매도 또는 추후 기타 처리방법을 재논의하기로 제의한 바 참석주주 전원이 만장일치로 찬성결의하여 승인 가결한다는 내용이 기재되어 있다. 또한, 2003.3.31.자 ○○○의 임시주주총회 의사록을 보면, 의안 1호가 자사주 매입 의결에 관한 건으로 의장(대표이사 ○○○)은 주주 보유 주식 중 청구인 등 보유 주식을 단일 경영체계로 일원화하기 위하여 자사주로 매입하기로 제안한 바, 참석 주주 전원 만장일치로 찬성하여 매입시기 및 매입가는 대표이사에게 위임하기로 결의하여 승인 가결한다는 내용이 기재되어 있고, 의안 제2호는 감자 결의에 관한 건으로 의장은 제2호(제1호의 오기로 보임) 결의에 근거하여 매입한 자사주를 감자처분하기로 제안한 바, 소송 계류(주식처분금지가처분) 중인 56,720주는 소송 결과에 따라 처분하기로 하고 나머지는 자사주 취득과 동시에 감자키로 전원 찬성으로 결의하여 승인 가결한다는 내용이 기재되어 있다. 위 임시주주총회의사록과 관련하여 청구인은, 2003.3.21. 및 2003.3.31. 임시주주총회가 개최되지 아니하였고, 다만 2004.12.경 ○○○가 자본감자에 관한 내용이 포함된 임시주주총회 의사록을 작성하여 청구인에게 날인을 요구하였으며 청구인은 정확한 의미를 모르고 날인해 준 것이라고 주장하면서 ○○○의 비등재관리이사라는 ○○○의 사실확인서 등을 제출하고 있고, 이에 대하여 처분청은, 주식양도대금이 정상적으로 수수되었고 이후 ○○○의 주식(자기주식) 취득이 무효라는 주장도 없으며, 2006.12.경 ○○○지방국세청의 ○○○에 대한 주식변동상황 조사시 ○○○가 보관하고 있던 서류를 조사반에 정식 제출한 서류로 객관성이 있는 서류이고, 위 의사록에는 청구인 등 주주들의 날인이 명확히 있는 등, 2003.3.21. 및 2003.3.31. 주주총회 결의가 있었다고 보는 것이 타당하다는 의견이다.

(라) 청구인과 ○○○이 ○○○ 주식을 ○○○ 개인에게 양도한 것으로 보아야 한다고 주장하면서, 청구인은 2003.3.24.자 주식양도양수합의서(○○○ ＆ 세계에서 공증, 이하 "쟁점 주식매매계약서"라 한다) 등을 제시하였는 바, 위 쟁점 주식매매계약서에 의하면, 양수인이 ○○○ 주식회사 대표이사 ○○○, 양도인이 청구인, ○○○으로 되어 있고, 청구인과 ○○○은 회사(○○○)의 안녕과 발전을 위해 회사의 지분을 양수인에게 유상 양도하여 1대주주 위주로 회사를 운영하고자 합의한 결과 다음과 같은 조건으로 청구인과 ○○○의 회사 주식 지분을 양수인에게 양도하기로 합의한다고 되어 있고, 양수인이 청구인(지분 25%, 50,000주), ○○○(지분 10%, 20,000주)의 지분을 매입한다(자사주 취득이며, 매입대금은 회사자금으로 한다)고 되어 있으며, 계약금액은 총 22억(청구인 14억, ○○○ 8억)이고, 세무서용 관인계약서에 준하는 제세공과금[증권거래세, 양도소득세(청구인은 783,000,000원 이하에, ○○○은 592,000,000원 이하에 계약하되, 차액 청구인은 617,000,000원, ○○○은 208,000,000원에 대한 양도소득세를 부담한다), 주민세 등]은 청구인, ○○○이 부담하며, 지급방법에 계약금 10%(현금), 잔금 90%(현금) 일괄 지급하는 것으로 되어 있고, 계약금 2003.3.24., 잔금 2003.4.15.까지로 된 지급시기 등이 기재되어 있으며, 청구인이 2003.4.1. ○○○로부터 쟁점 주식 매매대금 14억원을 전액 수령한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(마) 청구인이 제출한, ○○○이 작성하였다는 양도당시의 경위서에 의하면, 3월 중순경 ○○○가 청구인, ○○○ 주식을 사기로 했을시 자금이 있느냐고 묻자, ○○○가 ○○○에 운전자금 대출용으로 50억원의 보증서 발급이 확정되었다고 하면서 회사자금으로 매입한다고 하여 계약을 체결하였다는 내용으로 기재되어 있고, 청구인이 2006년도중에 ○○○를 상대로 양도소득세 부담관련 소송시에 작성하여 법원에 제출한 쟁점 주식 양도와 관련한 경위가 나타나는 서류내용을 보면, "청구인이 ○○○, ○○○에게 도무지 양심도 없는 사람과 같이 동업을 할 수 없으니 누가 하든 세사람 중 한사람이 경영하자고 제안하였고, 모두 동의하였습니다. 지분은 ○○○ 25%, 청구인 25%, ○○○ 10%이기 때문에 ○○○ 20억, 청구인 20억, ○○○ 10억 이렇게 정해 놓고, 경영을 하고 싶은 사람은 상대방에게 해당금액을 지급하고 경영하자고 하였는데, ○○○는 자기가 사장이기 때문에 30억을 주면 나가겠다고 하였으며, ○○○은 두사람에게 15억원을 줄테니 나가라고 하였습니다. 합의점을 찾지 못하던 중 약 10일 후에 ○○○로부터 연락이 와서 청구인에게 15억원, ○○○에게 7억원을 줄테니 나가라고 하였으나, ○○○이 너무 적다고 반대하여 청구인더러 1억원을 ○○○에게 양보하라고 하여 그렇게 하기로 하고 그 대신 ○○○에게 양도소득세를 대신 납부해 달라고 요구하니까, 그러면 783,000,000원으로 신고하고, 나머지 617,000,000원에 대한 세금은 ○○○가 내기로 하고, 계약을 하게 되었습니다." 라고 되어 있다.

(바) 2007.2. ○○○지방국세청장이 ○○○ 주식변동 조사시 확인한 내용 등을 보면, ○○○는 2003.3.31. 임시주주총회에서 매입한 자사주를 자본감소 목적인 감자처분하기로 결의하였고, 2006.2.6. 임시주주총회에서 자본감소 목적으로 취득한 자사주를 2007년 이후 처리하도록 잠정 유보결의하였으며, 2007.2.2. 임시주주총회에서 자사주를 감소하기로 결의하고 2007.2.7. ○○○신문에 자본감소 공고를 진행 중이며, 청구인은 ○○○ 소유주식(33,600주)을 1,400백만원에 양도하였으나, 양도소득세 및 증권거래세 신고시 양도가액을 783백만원으로 신고한 사실이 확인되어 2006년 지방청 정기감사시 지적되어 기경정결정하였다는 내용 등이 나타난다.

(사) 2007.1.경 ○○○가 ○○○지방국세청에 해명한 자료에 의하면, 자기주식 취득내용에 2003.4.1. 청구인이 양도한 주식(33,400주, 취득금액 14억원) 등이 나타나며, 취득경위에 대하여 당초 청구인 등의 주식을 주식소각을 목적으로 취득한 것으로 되어 있다.

(아) 2008.12.경 국세청의 감사지적내용을 보면, ○○○가 2003.4.1. 주주 청구인 등으로부터 33,400주 등을 1,400백만원 등에 자기주식으로 취득한 것은 2003년 3월 임시주주총회 결의에 따라 감자를 목적으로 취득한 사실이 확인되므로, 이는 단순한 주식의 양수도 거래가 아닌 감자를 목적으로 한 자본의 반환에 해당되어 의제배당으로 과세하여야 하는 것으로 기재되어 있다.

(자) 청구인이 자본감소(감자)를 목적으로 쟁점 주식을 양도한 것이 아니라면서 양도소득세 구상금 청구소송(○○○ 구상금)시의 청구인의 소송대리인의 준비서면 자료(2006.10.13.) 등을 제출하고 있는 바, 위 준비서면 자료에는 당시 회사(○○○)의 대표이사이던 ○○○가 청구인 및 ○○○의 지분을 양수하기로 하고 청구인이 세무서에 신고하는 양도금액 783백만원에 대한 양도소득세를 청구인이 부담하고 그 나머지 금액에 대하여 양도소득세가 나올 경우 ○○○가 부담하기로 합의한 것으로 기재되어 있고, 소장 사본(구상금 청구의 소)에 의하면, 원고가 청구인, 피고가 ○○○ 주식회사, ○○○이고, 피고 ○○○는 피고 회사의 대표이사로 재직하던 사람으로서 피고 회사의 명의로 원고(청구인)의 주식을 양수한 당사자이고, 원고(청구인)와 ○○○는 (원고가 보유한 주식의) 양도가액을 783백만원으로 신고하기로 하고, 그에 대한 양도소득세와 주민세는 원고가 부담하되 그 이상의 양도소득세 등이 부과되면 그 세금에 대해서는 피고 ○○○와 피고 회사가 책임지기로 하였는데, 지방국세청 감사로 위 주식의 실제 양도대금이 1,400백만원인 것이 밝혀져 양도소득세 등 93,134,600원이 부과되었고 피고들이 이를 납부하지 아니하여 원고가 위 금원을 납부하였는 바 원고가 지급한 위 세금 등 지급을 위하여 청구한다고 되어 있다.

(카) 청구인이 제출한 2009.10.13.자 주식회사 ○○○기계(구 ○○○)의 임시주주총회의사록(2009.10.13.)에 의하면, 제1호 의안 자본감소에 관한 건에 대하여 의장은 본 회사의 운영상 부득이 자본의 총액 1,800,600,000원 중 금 550,600,000원을 감소하여 금 1,250,000,000원으로 해야 될 사정을 소상히 설명하고 그 승인을 회의장에 구한 바 주주전원 찬성으로 승인 가결한 것으로 되어 있고, 주식회사 ○○○기계의 등기사항전부증명서(2010.8.5.)에 2009.11.26.자 등기 내용을 보면, 보통주식 200,000주, 우선주식 50,000주, 자본의 총액 1,250,000,000원으로 기재되어 있다.

(타) 살피건대, 2003.3.24.자 쟁점 주식매매계약서에는 양도인이 청구인 등이고 양수인은 ○○○ 주식회사 대표이사 ○○○로 기재되어 주식을 회사에 이전하는 것으로 보이고, 2003.3.21.자 및 2003.3.31.자 ○○○ 주식회사의 임시주주총회 의사록은 ○○○가 ○○○지방국세청장에게 정식으로 제출한 서류이며, 청구인도 위 의사록에 날인한 사실 자체는 인정하고 있고, 위 주주총회결의와 관련하여 청구인이 주주총회특별결의 부존재 확인의 소를 제기한 사실 등은 보이지 아니하며, ○○○가 ○○○지방국세청에 해명한 자료에 의하면 자기주식 취득경위에 대하여 당초 청구인 등의 주식을 주식소각을 목적으로 취득한 것으로 되어 있고, ○○○의 임시주주총회 의사록에 쟁점 주식과 관련하여 ○○○가 자사주 취득 및 감자하기로 하는 내용이 기재된 점 등을 종합적으로 고려할 때, ○○○가 감자목적으로 자기주식인 쟁점 주식을 취득한 것으로 보이는 바, ○○○에 대한 청구인의 쟁점 주식 양도와 관련하여 처분청이 이를 의제배당으로 하여 과세한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다.

(가) 청구인에 대한 이건 종합소득세 과세 내역에 대하여 보면 아래와 같다.

청구인이 당초 2003년에 양도소득세 신고ㆍ납부시 양도소득금액을 612,085,000원(양도가액은 783,000,000원으로 신고), 납부세액(결정세액)을 54,862,650원으로 하였고, 이에 대하여 양도소득세 경정결정 및 납부시(2006.7.31.납부) 양도소득금액을 1,226,000,000원(양도가액 14억원으로 경정), 추가 고지세액(납부세액)을 81,582,820원으로 하였으며, 청구인에 대한 이건 종합소득세 결정ㆍ고지시에는 종합소득금액을 1,467,270,000원, 산출세액을 507,541,200원, 결정세액(세액공제, 세액감면후)을 273,271,200원으로 하고, 가산세의 경우 신고불성실가산세 59,052,465원, 납부불성실가산세 111,847,018원으로 하며, 기납부세액을 136,445,471원(당초 신고납부액 54,862,650원 및 추가고지납부액 81,582,821원)으로 하여, 종합소득세 307,725,210원이 고지되었다.

(나) 이건 종합소득세 부과에 있어 신고불성실가산세에 대하여 처분청의 그 계산내역을 보면, 신고불성실가산세 기준대상금액의 경우 "종합소득세 산출세액(507,541,200원) × 무신고ㆍ미달신고 소득금액(1,467,270,000원 - 612,085,000원) / 결정소득금액(1,467,270,000원)"에 따라 295,262,327원으로 산정하고, 당해 금액에 따라 신고불성실가산세 금액은 59,052,465원(295,262,327원 × 20%)로 계산되었다.

(다) 이건 납부불성실가산세에 대하여 처분청 계산내역을 보면, 무납부 또는 과소납부금액이 218,408,550원[273,271,200원(종합소득세 결정세액) - 54,862,650원(당초 양도소득세 신고납부세액)]으로 산정되고, 무납부일수가 1,707일(2004.6.1. ∼ 2009.2.1.)로 산정되어 이에 따라 납부불성실가산세액이 111,847,018원[218,408,550원 × 1,707일 × 이자율(3/10,000)]으로 계산되었으며, 한편 처분청은 2006년 7월 경정고지한 양도소득세 81,582,820원도 이건 종합소득세를 과세하면서 기납부세액으로 처리하였으나, 위 납부불성실가산세 미납세액 계산에서는 이를 차감하지 아니하였다.

(라) 한편, 청구인은 양도소득세 부과처분을 취소하지 아니하고 종합소득세 부과처분을 한 것이 중복처분에 해당될지 모르겠다고 하고 있고, 이에 대하여 처분청은 처분청이 2006년 7월 경정결정한 양도소득세는 "과세제외" 처리하였고, 이건 종합소득세를 부과처분하면서 청구인이 납부한 양도소득세(136,445,470원으로, 당초 신고납부액 54,862,650원과 추가고지 납부액 81,582,820원의 합계액)는 기납부세액으로 공제하였다는 의견으로 이와 관련하여 이건 처분에 달리 잘못은 없어 보인다.

(마) 청구인은 당초부터 의제배당소득으로 신고하지 하니한 것에 대하여 납세의무자가 그 의무를 이행하지 못한데 대한 상당한 사유(정당한 사유)가 있었으므로 청구인에게 부과된 이건 가산세(신고ㆍ납부불성실 가산세) 중 당초 과소신고납부로 인해 부과된 가산세(이건 종합소득세 부과처분이 있기 전에 고지된 2003년 귀속 양도소득세 부과처분에 포함된 가산세)를 초과하는 금액은 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 당초 양도소득세 신고시 신고한 양도소득금액을 이건 종합소득세의 신고소득금액으로 인정하고 나머지에 대하여만 과소신고금액으로 보아 신고불성실가산세를 부과한 것으로 나타나고, 청구인이 양도소득세 신고시 허위로 신고한 사실도 있으며, 감자를 결의한 것으로 기재된 2003.3.31.자 ○○○의 임시주주총회의사록 등에 청구인이 날인한 것으로 기재되어 있는 점 등을 고려할 때, 청구인에게 이건 신고ㆍ납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어려워 보이는 등, 위와 같은 일정 가산세 금액을 취소하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

(바) 이외에 가산세와 관련된 청구인의 기타 주장에 대하여 살펴본다.

1) 우선, 청구인은 신고불성실가산세와 관련하여, 법인세와의 이중과세 방지를 위한 GROSS-UP제도 등을 고려하여 가산세 대상 금액인 미달세액을 실질적인 산출세액인 273,271,200원(가산세 가산전 결정세액임)으로 하고, 처분청이 신고한 소득을 612,085,000원으로 본 것과 달리 이 부분도 GROSS-UP하여 728,381,150원(612,085,000원 × 119%)으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 배당소득의 경우에는 GROSS-UP제도를 적용하여 산출한 실질적인 산출세액, 실질적인 신고소득금액을 가산세 계산시의 산출세액, 신고소득금액으로 하여야 한다는 명시적인 법령 규정이 없고,「소득세법」제81조 제1항 등 관련법령에 의하면 산출세액에 미달신고비율을 곱하여 대상금액을 산출하는 것으로 되어 있는 바, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.

2) 다음으로, 청구인은 납부불성실가산세 대상 미납세액에 있어 처분청의 경정결정으로 인하여 추가납부한 금액(81,582,820원)에 대하여는 미납일수를 2004.5.31. 후로부터 2006.7.31.까지의 기간(791일)으로 하여 그 가산세를 재계산하여야 한다고 주장하고 있는 바, 청구인이 2006.7.31. 양도소득세 81,582,820원을 추가로 납부한 사실이 확인되고, 처분청이 그 양도소득세액을 이건 종합소득세 결정시 기납부세액으로 공제하고 있는 점 등을 감안할 때, 위의 81,582,820원의 금액은 2006.7.31. 후의 미납세액에서는 이를 차감하여, 이건 납부불성실가산세 산정시 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 세액 218,408,550원 가운데 위 81,582,820원에 대한 미납일수를 791일로 하여 납부불성실가산세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.