조심 2021지0425 (2021.07.05)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1998년 설립되어 건설업을 영위하고 있는 유한회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주주이면서 대표이사로 재직하고 있다. 나. 쟁점법인은 2019.3.31. 2018사업연도 법인세 신고시 청구인이 AAA의 소유주식 12,500주(지분 24.75%)를 양수함에 따라 청구인과 그 배우자의 합산 지분율이 기초의 45.45%(각 25.25% 및 20.2%)에서 기말에는 70.2%(각 50.0% 및 20.2%)로 증가된 내용의 주식등변동상황명세서를 OOO세무서장에게 제출하였다. 다. 처분청은 특수관계자(배우자)와 합산한 지분율이 50%를 초과하는 청구인은 쟁점법인의 과점주주로서 간주취득세 납세의무가 있다고 보아 2020.4.21. 청구인에게 취득세 등 합계 OOO원을 결정.고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.4.29. 이의신청을 거쳐 2020.10.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 2018사업연도 법인세 정기신고시 제출한 주식등변동상황명세서는 청구인의 배우자가 AAA에게 주식을 양도한 거래가 누락되어 잘못 신고된 것이고, 쟁점법인이 그 오류를 바로잡아 주식등변동상황명세서를 수정신고하였으며, 수정된 자료에는 청구인의 쟁점법인 지분율은 50.0%로서 과점주주에 해당하지 아니한다. (가) 쟁점법인은 청구인과 AAA이 공동으로 운영하는 여성기업이지만, 「여성기업지원에 관한 법률」 제2조 제1항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 제1호에서 규정한 여성기업의 요건[법인의 대표로 등기되어 있는 여성이 최대출자자(자신의 명의로 소유하는 지분에 한정함)인 회사]을 갖추기 위해 지분의 이전을 검토하였다. 당초 청구인의 배우자인 BBB의 주식을 청구인에게 이전하려 하였으나, 「상속세 및 증여세법」 제44조 제1항의 증여추정에 따른 과세문제가 발생할 것을 우려하여 BBB 소유의 주식 10,200주를 AAA에게 양도하는 한편, AAA이 청구인에게 12,500주를 양도하기로 각 당사자 사이에 합의하였다. (나) 이에 따라 2018.1.5. 청구인의 배우자 BBB는 AAA에게 쟁점법인 주식 10,200주를, AAA은 청구인에게 쟁점법인 주식 12,500주를 양도하는 내용의 계약을 각각 체결하였고, 관련 서류를 2018사업연도의 법인세 신고대리를 맡은 세무사사무실에 제공하였다. 그런데 쟁점법인의 법인세 신고를 대리한 세무사사무실의 이전과 담당 직원의 중도 퇴사 등이 발생하면서 청구인이 AAA으로부터 주식을 매수한 거래는 2018사업연도의 주식변동사항에 반영되었으나, BBB가 AAA에게 주식을 양도한 거래는 착오로 신고누락되었다. (다) 위와 같은 사실을 2020년 3월경 처분청의 간주취득세 조사과정에서 알게 된 쟁점법인은 BBB가 AAA에게 주식을 양도한 거래를 반영한 주식등변동상황명세서를 수정하여 법인세 수정신고서를 OOO세무서장에게 제출하였고, 그에 따라 청구인의 쟁점법인 지분율은 50%로 변경되어 주식변동에 관한 오류가 정정되었다. (2) 과점주주에 해당하는지 여부는 청구법인이 수정신고한 2018사업연도의 주식등변동상황명세서에 의해 판단하여야 하고, 수정신고한 자료에는 청구인의 지분율이 50%(배우자는 0%)로서 과점주주의 요건을 충족하지 아니하므로 청구인을 과점주주로 보아 간주취득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다. (가) 「상속세 및 증여세법」제45조의2 제3항에서 주주명부가 없는 경우 「법인세법」상 주식등변동상황명세서 등에 의하여 명의개서 여부를 판정한다고 규정하고 있고, 「법인세법」에서는 법인설립신고서에 주주등의 명세서를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 하고 있으며, 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있으면 법인세 신고기한까지 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 규정하고 있는 반면, 「지방세법」에서는 과점주주 판정기준에 관한 구체적인 규정은 두고 있지 아니하므로, 「법인세법」 관련 규정을 준용하여야 할 것이다. (나) 위와 같은 현행 법령의 체계를 보면, 법인의 주주명부와 주식변동상황을 담당하는 주무기관은 법인의 사업장소재지 관할 세무서장이고, 관할 세무서장이 최종적으로 확인한 법인의 주주현황은 다른 행정기관에 대한 대외적 기속력을 가진다고 보아야 한다. (다) 쟁점법인은 2018사업연도 법인세를 수정신고하면서 주식등변동상황명세서를 바로 잡아 신고하였고, 그 수정신고에 대하여 쟁점법인의 관할인 OOO세무서장은 2020.8.25. 청구인의 지분율이 50%로 기재된 주식등변동상황명세서를 발급하였으며, 그에 따르면 청구인은 과점주주의 지분율 요건을 충족하지 못한다. 한편 처분청은 청구인의 배우자 BBB가 AAA에게 지분을 양도한 거래에 대하여 소급작성되었거나 거래대금의 수수가 불분명하여 실제 거래로 인정하기 어렵다는 의견이나, OOO세무서장은 해당 거래가 진정한 것이라고 확인하였기에 주식등변동상황명세서를 수정한 것이므로, 처분청의 의견은 타당하지 아니하다. 나. 처분청 의견 (1) 수정신고된 주식등변동상황명세서에 따라 과점주주의 해당 여부를 판단하여야 한다는 청구주장에 대한 반론은 아래와 같다. (가) 신고제도의 특성상 수정신고는 신고자가 신고한 대로 접수되는 것일 뿐, 실질적인 주식매매거래가 있었는지의 여부는 심사하지 아니하며, AAA과 BBB(청구인의 배우자) 사이에 주식매매대금을 수수한 거래증빙이 없으므로 AAA과 BBB 사이의 주식매매계약의 효력을 소급하여 인정할 수 없다. (나) 「법인세법」에서는 정확한 세무신고를 위해 전문가인 세무사 등에 한하여 신고서의 작성대리를 허용하고 있는바, 청구인은 법정신고기한 내에 전문가인 세무사를 통해 당초대로 신고를 하였으므로 당초의 법인세(주식등변동상황명세서) 신고가 정확한 신고라 할 것이고, 이후 수년이 지난 뒤에 한 수정신고는 효력이 없다 할 것이며, 세무전문가인 세무사가 주식거래를 반영하지 아니하는 단순한 실수를 하였다는 주장은 모순이다. (2) 주주명부에 기재된 주주에게만 주주권 행사를 허용하는 법리를 감안하면 당초 법인세 신고시 제출된 주주등변동상황명세서에 따라 과점주주에 대한 간주취득세 납세의무를 판단하여야 한다. (가) 특별한 사정이 없는 한 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 회사에 대한 관계에서 그 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있고, 회사 역시 주주명부상 주주 외에 실질 주식을 인수하거나 양수하고자 하였던 자가 따로 존재한다는 사실을 인지하였는지 여부에 불구하고 주주명부상 주주의 주주권 행사를 부인할 수 없으며, 주주명부에 기재를 마치지 아니한 자의 주주권 행사를 인정할 수 없다 할 것(대법원 2017.3.23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결 참조)이다. (나) 청구인이 2018.1.15. AAA으로부터 쟁점법인의 주식을 취득하여 특수관계자와 합산한 지분율이 70.20%가 된 것은 쟁점법인의 주식등변동상황명세서 등을 통하여 확인되므로, 그에 따라 과점주주에 해당하는지를 판단하여야 하고, 수정신고시 제출된 주식매매계약서의 효력을 소급적용하여 과점주주 여부를 판단할 것은 아니라 할 것이다. (3) 청구인의 배우자 BBB가 여전히 법인등기부상 이사로 계속 등재되어 있고, 주식매매대금의 실제 수수 여부도 불분명하며, 제3자 간의 거래를 실행할 동기도 없어 보이므로, BBB가 AAA에게 주식을 양도하였다고 인정하기 어렵다. (가) 청구인의 주장대로 3자간 거래를 하였다면, AAA은 최종적으로 4.55%의 주식 지분감소만이 있을 뿐인데, 자신이 주식을 양도한 2018.1.15.에 청구인의 배우자인 BBB로부터 주식을 취득하는 거래를 할 실익이 없다. (나) 청구인은 자신이 2018.2.6. 쟁점법인으로부터 빌린 OOO천만원을 주식매수대금으로 매도자 AAA의 동생인 CCC에게 송금하였다고 주장하나, 해당 금전거래가 주식매매와 관련된 것인지 불분명하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 간주취득세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 지방세기본법 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(괄호 생략)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(괄호 생략) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.(단서 생략) 2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다) (2) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(괄호 생략)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다.(후문 생략) 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다. (3) 지방세법 시행령 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주( 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다.(단서 생략) (4) 법인세법 제119조(주식등변동상황명세서의 제출) ① 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(괄호 생략)은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (5) 법인세법 시행령 제160조(주주명부 등의 작성·비치) 법 제118조에서 "대통령령으로 정하는 사항이 적힌 주주명부나 사원명부"란 「상법」 제352조 의 규정에 의한 주주명부 또는 동법 제566조 의 규정에 의한 사원명부로서 다음 각호의 구분에 의한 주주 또는 사원의 인적 사항이 기재된 것을 말한다. 2. 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 경우에는 법인명·본점등의 소재지 및 사업자등록번호(괄호 생략) 제161조(주식등변동상황명세서의 제출) ⑥ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 기획재정부령으로 정하며, 동 명세서에는 주식등의 실제소유자를 기준으로 다음 각 호의 내용을 적어야 한다. 1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유번호 2. 주주등별 주식등의 보유현황 3. 사업연도 중의 주식등의 변동사항 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점법인이 2019.3.31. 법인세 신고시 OOO세무서장에게 제출한 2018사업연도의 주식등변동상황명세서에 따르면, 아래 ＜표1＞과 같이 AAA으로부터 12,500주를 양수한 청구인의 지분율이 50.0%, 배우자 BBB의 지분율은 20.2%로 기재되어 있고, 주식.출자지분 양도명세서에는 AAA이 2015.1.15. 취득한 쟁점법인의 주식 12,500주를 2018.1.15. 양도한 것으로 기재되어 있다. ＜표1＞ 쟁점법인이 최초 신고한 2018사업연도 주식등변동상황명세서 (단위 : 주, %) * 청구인의 배우자(남편)임 (나) 처분청의 답변서에 따르면, 처분청은 2018사업연도 중 청구인과 특수관계자의 지분율 합계가 50%를 초과하여 쟁점법인의 취득세 과세대상 자산의 장부가액 합계액인 OOO원에 지분비율 70.2%을 곱하여 취득세 과세표준 OOO원을 계산한 것으로 나타난다. (다) 처분청이 2020.3.17. 청구인에게 보낸 과세예고 및 소명안내 문에는 쟁점법인의 지분 70.2%에 대하여 과점주주 간주취득의 사유로 과세할 예정이며, 과세의 부당성을 입증할 자료를 제출하라는 내용이 기재되어 있고, 위 자료에 대하여 청구인은 별도의 해명자료를 제출하지 아니한 것으로 나타난다. (라) 쟁점법인의 법인세 수정신고서에 따르면, 쟁점법인은 위 소명안내 자료를 받은 후인 2020.4.20. 2018사업연도 법인세 수정신고를 하면서 아래 ＜표2＞와 같이 청구인의 배우자 BBB가 AAA에게 쟁점법인의 주식 10,200주를 양도한 것으로 주주등변동상황명세서를 정정.제출하였고, 그에 따르면 기말 청구인의 지분율은 50%(배우자는 0%)로 나타난다. ＜표2＞ 수정신고된 쟁점법인의 2018사업연도 주식등변동상황명세서 (단위 : 주, %) * 청구인의 배우자임 (마) 쟁점법인의 등기사항일부증명서에 따르면, 청구인은 2007.12.10. 대표이사로, AAA은 2015.1.16. 이사로, 청구인의 배우자 BBB는 2015.1.16. 이사로 취임한 후 그 직이 현재까지 유지되고 있는 것으로 나타난다. (바) 처분청이 국세청으로부터 통보받은 양도소득세 자료에 따르면, AAA과 BBB가 쟁점법인 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 신고하였거나 국세청에서 그들에게 과세한 내역는 없는 것으로 나타난다. (사) 청구인이 제시한 입증자료는 아래와 같다. 1) AAA(양도인)과 청구인(양수인) 사이에 체결된 2018.1.15.자 주식양도계약서 사본에는 쟁점법인이 발행한 1주당 액면가 OOO만원의 보통주식 12,500주를 청구인이 계약 당일에 매매대금 OOO을 지급하고 AAA으로부터 취득하기로 약정한 내용이 나타난다. 2) BBB(청구인의 배우자인 양도인)와 AAA(양수인) 사이에 체결된 2018.1.15.자 주식양도계약서 사본에는 쟁점법인이 발행한 1주당 액면가 OOO만원의 보통주식 10,200주를 AAA이 계약 당일에 매매대금 OOO원을 지급하고 BBB로부터 취득하기로 약정한 내용이 나타난다. 3) 위 주식거래대금의 수수와 관련하여 청구인은 자신이 AAA에게 지급할 주식매수대금 OOO백만원과 AAA이 청구인의 배우자 BBB에게 지급할 주식매수대금 OOO백만원을 상계하여 청구인이 AAA에게 OOO백만원을 지급하기로 합의하였다고 주장하고 있고, AAA 명의의 확인서에는 주식매매대금 OOO백만원 중 OOO백만원은 현금으로, OOO천만원은 2018.2.6. 개인 채무관계로 동생 CCC의 계좌로 입금받았다고 기재되어 있다. 4) 위 주식거래대금의 수수증빙으로 제시한 금융거래내역 및 쟁점법인의 대체전표에 따르면, 쟁점법인은 2018.2.6. 청구인에게 OOO천만원을 송금하고 청구인에 대한 가지급금으로 계상하였고, 같은 날 OOO천만원이 청구인의 계좌에서 “CCC”의 OOO은행 계좌로 송금된 것으로 나타난다. 5) 쟁점법인이 발행한 2018.12.31.자 주주명부에는 주주별 소유주식수가 청구인 25,250주, AAA 20,200주, OOO5,050주로 기재되어 있다. 6) OOO세무서장이 2020.8.25. 쟁점법인에게 보낸 주주현황 회신 공문에는 2018사업연도의 주주현황이 쟁점법인이 수정신고한 주식등변동상황명세서의 내용과 동일하게 기재되어 있다. 7) 청구인은 CCC에게 입금된 주식양도대금 OOO천만원이 어떤 방식으로 AAA에게 귀속되었는지, 쟁점법인이 여성기업의 요건을 충족하여 어떠한 지원을 받았는지에 관한 자료는 제출하지 아니하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 청구인은 쟁점법인이 수정신고한 주식등변동상황명세서의 기재내용대로 주식 소유에 관한 대외적 효력이 발생하므로, 수정신고된 주식등변동상황명세서대로 과점주주의 해당 여부를 판정하여야 한다고 주장한다. (나) 과점주주의 판정에 관한 법리에 따르면, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 만약 주주명부 등의 명의와 실제 소유관계와 다르다면 이를 주장하는 명의자가 그 사실을 입증하여야 한다(대법원 1991.7.23. 선고 91누1721 판결 참조). 이 건에서 쟁점법인이 2018사업연도 법인세 정기신고시에 제출한 주식변동 내용(청구인이 AAA으로부터 주식을 양수한 사실)에 관하여는 청구인과 처분청 모두 이견이 없으나, 수정된 주식등변동상황명세서의 내용이 실질적인 거래내용을 반영한 것인지에 관하여는 청구인과 처분청이 서로 다른 견해를 제시하고 있는바, 그 거래사실에 관한 입증은 실제로 거래에 참여하여 수정신고된 내용이 정당하다고 주장하는 청구인이 하는 것이 합리적이라고 할 것이다. (다) 살피건대, 청구인은 2018.1.15.에 AAA이 청구인에게 쟁점법인 주식 12,500주를 액면가액에, 같은 날짜에 청구인의 배우자인 BBB가 AAA에게 쟁점법인 주식 10,200주를 액면가액에 각각 양도하였다고 주장하나, 그 거래가액이 시장가치가 아닌 단순한 액면가액으로 평가되었고, 실제 금전의 수수도 계약내용대로 이루어지지 아니한 것으로 나타나는 점, 청구인은 주식 매매대금의 수수와 관련하여, 위 두 거래대금의 순액 OOO백만원을 현금 OOO백만원과 계좌이체 OOO백만원의 형태로 AAA에게 지급하였다고 주장하나, 현금의 지급사실에 대한 근거가 없고, 2018.2.6. 계좌이체된 금전 OOO백만원도 그 수취자가 거래당사자인 AAA이 아닌 CCC이며, 해당 거래가 주식매매대금의 지급을 위해 이루어진 것인지 확인되지 아니하는 점, 처분청의 자료 조회내용에 따르면, AAA과 BBB가 쟁점법인 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 신고한 사실도 나타나지 아니하는 점, 청구인이 배우자의 주식을 양수하면 여성기업의 요건을 충족함에도 불구하고, 청구인은 부부간의 거래시에 발생할 수 있는 증여추정에 따른 증여세 과세의 위험을 피하기 위하여 3자 사이에 거래하였다고 주장하나, 그 거래가액(OOO백만원)이 부부간의 증여에 대한 증여재산공제 금액(OOO억원) 보다 적어 해당 거래가 증여로 추정되더라도 실질적으로 부과되는 증여세는 없는 사실을 감안하면 청구인이 주장하는 거래동기가 납득하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 주식변동 관계를 판정함에 있어 수정신고된 주식등변동상황명세서에 기재된 거래(청구인의 배우자 BBB가 AAA에게 쟁점법인의 주식을 양도한 것)가 실질에 부합하는 것이라고 인정하기 어렵다 할 것이다. 따라서 청구인이 쟁점법인의 과점주주에 해당한다고 보아 처분청이 청구인에게 취득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.