조심2014지0099 (2014.08.28)

OOO이 2013.3.11. 청구인들에게 한 OOO원의 부과처분은 (주)OOO의 주식등변동상황명세서상의 주식변동내역과 주식·출자지분양도명세서, 증권거래세 신고내역 등을 근거로 청구인들이 과점주주에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분 개요 가. 청구인들은 2008.3.1. OOO에 소재한 ㈜OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 총 발행주식 OOO주를 당초 소유자인 OOO으로부터 취득하여 부부간인 청구인들의 주식소유비율이 OOO주, OOO 9,682주)인 과점주주가 되었다. 나. 처분청은 세무조사결과 청구인들이 과점주주가 되었음에도 취득세를 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고, 쟁점법인의 법인장부상 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 청구인들의 주식소유비율을 곱하여 산정한 금액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 OOO원을 2013.3.11. 청구인들에게 결정·고지하였다. 다. 청구인들은 이에 불복하여 2013.5.29. 이의신청을 거쳐 2013. 10.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) (주위적 청구) 처분청은 주식등변동상황명세서를 근거로 청구인들이 2008.3.1. 쟁점법인의 총 발행주식 중 OOO를 취득한 것으로 보았으나, 2008사업연도 결산서를 제출하기 이전에 신고한 증권거래세 및 양도소득세 신고자료를 보면, 청구인들이 당초 쟁점법인의 주주인 OOO으로부터 취득한 것으로 주식등변동상황명세서상 기재된 주식 의 경우 실제 청구인들이 이를 취득하지 아니하였음에도 쟁점법인의 세무대행을 맡은 세무사 사무실에서 착오로 OOO이 취득한 주식수를 잘못 기재한 것이고, 주식등변동상황명세서와 주식양도명세서를 검토하면 기초주식수에서 사업연도중의 양도·양수 주식수를 가감하면 기말주식수와 일치하여야 하나 불일치하며, 주식양도명세서상 2008. 4.1. OOO과 OOO이 양도한 주식의 경우 양수자가 없는 점에서 실제 양수도가 이루어지지 아니한 것임을 알 수 있고, 결산신고를 담당한 세무사사무소에서도 착오가 있었다는 사실을 인정하고 있으며, 상식적으로도 OOO이 2008.4.1. 주식을 양도하고 2008.9.30. 배우자로부터 추가로 주식을 취득하였다는 것은 납득하기 어렵다 할 것이므로 처분청이 주식양도명세서, 증권거래세 신고내역 등 관련자료를 검토하지 아니한채 주식등변동상황명세서만을 근거로 청구인들이 과점주주가 된 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다. (2) (예비적 청구) 처분청은 청구인들의 주식소유비율이 OOO라고 보았으나, 주식등변동상황명세서상 OOO이 OOO주를 취득하였다가 OOO주를 양도하였고, OOO이 OOO주를 취득하였다가 이를 OOO에게 양도하였다고 보면, OOO주와 OOO주를 합한 주식수 OOO주에서 양도주식수 OOO주를 차감하면 OOO의 기말보유주식수는 OOO주가 되어야 할 것인데, 실제 OOO의 기말보유주식수는 OOO주에 불과한 점에서 실제 OOO이 취득한 주식수 OOO주와 OOO의 주식 OOO주를 초과하는 부분에 대하여 과세표준을 재산정하여 감액경정되어야 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 주식의 소유사실을 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 이와 같은 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것이고, 그 명의자임을 주장하는 자는 본인이 명의가 도용당하였거나 차용되었다는 사실을 법원의 확정판결이나 객관적 자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 볼 수 있을 것이다(조심 2010지501, 2011. 3.10., 같은 뜻임). 이런 취지에 비추어 볼 때, 비록 청구인들이 주식등변동상황명세서상에 잘못 기재된 주식 보유를 입증하기 위해서 양도소득세 과세표준 신고 및 납부계산서, 증권거래세 과세표준 신고서, 주식양도양수계약서 등 관련서류를 제출하였다고 하지만, 위와 같은 서류는 관할세무서에 양도소득세와 증권거래세를 신고하였다는 자료일 뿐이고, 주식의 소유권 변동이 단순한 착오에 의한 것이라면 주식등변동상황명세서 제출 이전에 이를 바로 잡았어야 할 것임에도 이를 이행하지 아니하였고, 결국 쟁점법인의 관할세무서에 제출된 주식등변동상황명세서에 의하면 2008.3.1. 현재 청구인들의 주식보유 비율이 OOO인 것으로 나타나고 있고, 청구인들의 총 주식 지분율이 OOO이었던 기간 중인 2008.3.27. 청구인들 중 OOO은 쟁점법인의 대표이사로 취임하여 1년 6개월을 근무하다가 2009.9.18. 사임하였으므로 쟁점법인의 2008년 사업연도 결산사항은 OOO이 쟁점법인의 대표로서 이를 당연히 승인하였을 것으로 보여지는 바, 법인의 주주가 바뀌어 OOO이 과점주주가 되는 중요한 변동사항을 단순히 착오로 작성하였다고 하는 것은 사회통념상 이해할 수 없다고 하겠으므로(조심 2012지266, 2012. 9.18. 참조), 주식등변동상황명세서를 착오로 기재하였다는 청구인들의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. (2) 청구인들은 2008.3.1. 기준으로 과점주주에 해당되어 취득세를 부과함에 있어서, 과세표준 산정 시 2008년도 1, 2월분의 감가상각누계액을 추가적으로 과세표준에서 차감하여야 한다고 주장하지만, 법인의 과점주주가 된 취득일 당시의 법인장부에 확인되는 취득세 과세대상자산 총액에 과점주주의 소유주식 지분율을 적용하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다(대법원 2008.3.14. 선고 2007두11399 판결 참조). 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 청구인들이 주식등변동상황명세서상 2008년도중에 쟁점법인의 과점주주인 것으로 기재되어 있으나, 이는 기재착오에 불과하고, 다른 증빙자료에서 청구인들이 양수한 주식비율이 100분의 50 미만인 사실이 확인되므로 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부 ② 주식소유비율을 산정함에 있어서 일부가 이중으로 산입되었으므로 당해 이중으로 산입된 비율을 제외한 비율로 취득세를 과세하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : 〈별지〉기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 쟁점법인의 2008사업연도 주식등변동상황명세서상 주식변동상황은 아래〈표1〉과 같고, 주식·출자지분양도명세서상 양도내용은 〈표2〉와 같다. (나) OOO이 2013.4.5. 처분청의 자료요청에 따라 쟁점법인의 주주인 OOO의 2008년 양도소득세 신고내역을 통보한 공문OOO에는 아래 〈표3〉과 같이 기재되어 있다. (다) OOO이 2013.9.27. 처분청의 요청에 따라 쟁점법인의 주주들의 증권거래세 신고내역을 통보한 자료OOO는 아래 〈표4〉와 같다. (라) 청구인들은 세무사 OOO이 2013.10.25. 작성한 확인서를 증빙으로 제시하고 있으며, 확인서의 내용은 다음과 같다. (마) 쟁점법인의 법인등기부상 청구인들이 주식을 취득한 시점인 2008.3.27. OOO이 쟁점법인의 대표이사로 취임하였다가 2009.9.18. 사임하였으며, OOO이 2009.9.18. 대표이사로 취임한 것으로 나타난다. (바) 쟁점법인의 2007사업연도 결산서상 취득세 과세대상물건별 장부가액을 보면, OOO원인 것으로 나타난다. (2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 구 「지방세법」(2008.3.21. 법률 제8974호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제2호 및 제105조 제6항의 규정을 종합하면, 주주 또는 유한책임사원 1인과 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 경우 과점주주로서 취득세 납세의무가 있다고 규정하고 있는데, 이러한 과점주주에 해당되는지 여부에 대한 입증책임은 원칙적으로 처분청에 있다 할 것이지만, 주식의 소유사실에 대하여 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만, 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것이다(대법원 1996.12.6. 선고 95누14770 판결 같은 뜻임). (나) 청구인들의 경우를 보면, 처분청은 쟁점법인의 2008사업연도 주주등변동상황명세서를 기준으로 청구인들이 2008.3.1. 과점주주로서 취득세 납세의무가 성립되었다고 보았지만, 당해 주식변동상황명세서와 그 부표인 주식·출자지분양도명세서를 비교하여 보면 쟁점법인의 주주 7인이 2008.3.1. 쟁점법인의 총 발행주식 OOO를 양도한 것으로 기재되어 있고, OOO이 양수한 주식이 OOO과 OOO이 2008.4.1. 양도한 주식수와 일치하는 점을 보면 OOO은 2008.3.1.에 주식을 양수하였다고 볼 수 없다고 보이므로, 2008.3.1. 청구인들과 OOO이 쟁점법인의 발행주식 OOO를 모두 취 득한 것으로 보아야 하나 주식등변동상황명세서상 2008년중에 OOO과 청구인들이 양수한 주식수가 OOO주로서 쟁점법인의 주식 OOO를 초과하므로 주식등변동상황명세서상 청구인들과 OOO이 양수한 주식수는 착오가 있다는 청구주장이 신빙성이 있다고 보이고, 이와 같이 동일한 「법인세법 시행규칙」제54서식과 그 부표상의 기재내용이 상이한 점에 고려하면, 처분청이 과점주주에 대한 취득세를 과세하면서 그 입증책임을 다하였다고 보기 어렵고, (다) OOO이 처분청에 통보한 증권거래세 신고내역을 보면, OOO은 2008.3.26. OOO인으로부터 OOO주를, 2008.9.30. OOO으로부터 OOO주를 각각 취득한 것으로 나타나고, 이러한 주식수를 합하면 2008년말 OOO의 소유주식수와 일치하며, 쟁점법인의 종전 주주인 OOO이 소유한 주식 OOO주는 OOO이 OOO주를, OOO이 OOO주를 각각 양수한 것으로 증권거래세 신고내역에서 나타나고, OOO이 처분청에 통보한 OOO의 2008년 양도소득세 신고내역에서도 주식수는 일치하지 아니하나 OOO의 소유주식을 OOO과 OOO이 공동으로 양수한 것으로 통보한 내용과도 일치하는 점에서 OOO이 2008.3.1.이나 2008.3.26.에 취득한 주식은 OOO주라고 보는 것이 신빙성이 있다고 보인다. (라) 그러나, 쟁점법인이 결산신고를 하면서 이러한 착오가 있었다면, 청구인들 중 OOO이 주식을 취득한 시점에서 쟁점법인의 대표이사로 재직하였으므로 이를 즉시 시정하였어야 함에도 수정신고를 하지 아니한 사유와 양도소득세 신고내역 등이 쟁점법인의 결산신고시 제출한 주식 양수도내역과 불일치하는 점 등에 비추어 이를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 부과처분의 취소여부를 결정하는 것이 타당하다고 판단된다. (3) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인들은 OOO이 취득한 주식 OOO주가 이중으로 주식소유비율에 포함되어 있으므로 이러한 주식비율을 차감한 주식비율로 과세표준으로 재산정하여야 한다고 주장하고 있으며, 처분청에서 주식등변동상황명세서를 기준으로 OOO이 OOO주를, OOO이 OOO주를 취득한 것으로 보았으나, 이들 주식을 합한 주식수에서 OOO이 양도한 주식수 OOO주를 차감하면 OOO의 기말보유주식수는 OOO주가 되어야 하나, 실제 기말보유주식수는 OOO이 취득하였다가 OOO에게 양도한 주식 OOO주는 이중으로 주식소유비율에 포함되었다고 보이는 측면이 있으므로 이 부분에 대하여도 이를 재조사하여 그 결과에 따라 경정여부를 결정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.