조심 2022지1043 (2022.11.01)

OOO이 2022.3.22. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.9.20.부터 2021.5.7.까지 OOO외 3필지 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후,「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것으로, 2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것을 포함한다. 이하 같다) 제38조 제1항에 따라 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 표준세율(1천분의 40)의 1천분의 10을 경감받거나 산출한 세액의 100분의 30을 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 보아 2022.3.22. 청구법인에게 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,

「지방세법」제11조

제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

「지방세특례제한법」제2조

제8호에서 규정하고 있는 “직접 사용”이란 부동산 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용방법이 부동산 소유자가 스스로 사용하거나 제3자에게 임대 또는 위탁하여 사용하는지는 가리지 않는다 할 것(대법원 2020.7.29. 선고 2020두37050 판결)이다.

(2) 청구법인은 2021.11.1. 신축 예정인 이 건 건축물에 대하여 OOO(이하 OOO라 한다)를 임대인으로 하고, 청구법인을 임차인으로 하는 임대차계약(이하 “이 건 임대차계약”이라 한다)을 체결한 후 2022.1.4. 이 건 건축물의 건축주를 청구법인에서 OOO로 변경하였으나 그 이유는 청구법인이 이 건 건축물(종합병원)의 신축자금을 조달하는 과정에서 차주인 OOO가 건축주 변경 및 이 건 임대차계약 체결을 요구하여 이를 받아들인 것일 뿐 실제로는 건축주의 변경에 관계없이 청구법인이 이 건 토지에 종합병원을 신축하고 있는바, 이 건 건축물의 건축주를 OOO로 변경하였다 하더라도 청구법인이 이 건 토지를 의료시설의 용도에 직접 사용하기 위하여 의료시설용 건축물을 신축하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다.

또한, 이 건 건축물의 건축주를 변경하였다 하더라도 이 건 건축물은 용도만 의료시설로 확정되었을 뿐 그 사용승인일 전까지는 언제든지 건축주의 변경이 가능하고 향후 청구법인 명의로 건축주를 변경할 수도 있음에도 처분청이 청구법인과 OOO가 이 건 임대차계약을 체결하고 이 건 건축물의 건축주를 OOO로 변경하였다는 사유만으로 이 건 토지를 의료시설에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도에 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)

「지방세특례제한법」제2조

제8호에서 규정하고 있는 “직접 사용”이란 부동산을 취득한 자가 당해 부동산을 해당 용도로 사용하는 것으로 해석하여야 한다(대법원 2022.5.26. 선고 2022두34951 판결).

(2)

「지방세특례제한법」제38조

제1항에서 직접 사용에 대한 별도의 규정의 두고 있지 아니하고 청구법인은 이 건 건축물의 건축주 명의를 변경함으로써 청구법인은 이 건 건축물에 대하여 소유자가 아닌 ‘사용자’의 지위를 갖게 되었는바, 청구법인은 이 건 토지를 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 토지에 대한 감면분 취득세인 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 이 건 토지를 의료시설로 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하였다고 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1996.4.19. OOO를 본점소재지로 하고, 의료기관의 설치 및 운영 등을 목적사업으로 하여,

「의료법」제48조

에 따라 설립된 의료법인이다.

(나) 청구법인과 처분청OOO은 2018.3.6. OOO종합병원 설립을 위한 협약을 체결하였고, 그 내용은 아래와 같다.

(다) 청구법인은 위 협약에 따라 OOO지역에 종합병원을 신축하기 위해 이 건 토지(OOO㎡)를 2018.9.20.부터 2021.5.7.까지 연부로 취득한 후, 그 취득가격 OOO원 중 2020.12.31.까지 취득한 부분에 대하여는 산출한 취득세의 100분의 25를, 그 후 취득한 부분은 산출한 취득세의 100분의 30을 감면받아 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인이 2021.4.20. 처분청으로부터 교부받은 이 건 건축물의 건축허가(변경)서를 보면, 이 건 건축물의 연면적은 OOO㎡이고, 용도는 의료시설(종합병원)이며, 준공예정일은 2024.4.30.(공사기간 3년 6개월)인 것으로 나타난다.

(마) 청구법인과 OOO가 2021.11.1. 체결한 이 건 임대차계약을 보면, 임대인은 OOO이고, 임차인은 청구법인이며, 계약기간은 이 건 건축물을 신축한 후인 2024.4.1.부터 2029.3.31.까지이고, 월 임대료는 OOO원인 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 2021.11.24. 이 건 건축물의 착공신고를 하고 신축공사를 진행하다가 2022.1.4. 건축주를 청구법인에서 OOO로 변경하였으며, 이 건 심판청구일 현재 OOO가 의료시설인 이 건 건축물(OOO㎡)의 신축공사를 진행하고 있다.

(2)

「지방세특례제한법」제2조

제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제38조 제1항에서

「의료법」제48조

에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2020.12.31.까지

「지방세법」제11조

제1항의 세율(1천분의 40)에서 1천분의 10(100분의 25)을 경감하고, 2021.12.31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 산출한 취득세의 100분의 30을 각각 경감한다고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제178조 제1항에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나(제1호), 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우(제2호) 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 날부터 유예기간(1년) 이내에 의료시설인 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였는바 이는

「지방세특례제한법」제178조

제1항 제1호에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 있는 점(2019지2205, 2019.12.2. 등 다수, 같은 뜻임),

「지방세특례제한법」제178조

제1항 제2호에서 규정하고 있는 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만”이란 목적사업에 필요한 건축물을 신축(사용승인)한 후 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인지 여부를 말하는 것인바, 이 건 심판청구일 현재 의료시설용 건축물을 신축하고 있는 이 건 토지 대하여는 해당 규정을 적용할 수 없다고 보이는 점, 나아가 이 건 건축물의 건축주를 청구법인에서 OOO로 변경하였다고 하여 이 건 건축물이 신축(사용승인)되지 않은 상태에서 이 건 토지를 해당 용도가 아닌 다른 용도로 사용하였다고 단정할 수도 없는 점 등에 비추어 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하였다고 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항,

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것)

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제38조[의료법인 등에 대한 과세특례] ①

「의료법」제48조

에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지

「지방세법」제11조

제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는

「지방세법」제11조

제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말한다]하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(

「지방세법」제112조

에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감한다.

(2) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것)

제38조[의료법인 등에 대한 과세특례] ①

「의료법」제48조

에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는

「지방세법」제11조

제1항의 세율에서 1천분의 10을 경감하는 것을 말한다), 재산세(

「지방세법」제112조

에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 목의 구분에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

가. 해당 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30을 경감한다.

나. 해당 부동산 취득일 이후 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우