조심 2013중4227 (2014.12.16)

OOO세무서장이 2013.1.2. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분 OOO원의 각 부과처분은 청구법인의 본점 및 공장시설을 수도권 과밀억제권역에서 수도권 과밀억제권역 외로 이전한 것으로 보아 「조세특례제한법」제63조 를 적용하여 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 각 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2003.9.1.부터 서울특별시 OOO(이하 “쟁점①장소”라 한다)에서 OOO을 영위하다가, 2006.7.7. 법인등기부 및 사업자등록증상 사업장 소재지를 경기도 OOO(이하 “쟁점②장소”라 한다)로 이전한 것으로 정정하고, 2007사업연도부터 2011사업연도까지의 법인세 신고 시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제63조를 적용하여 아래와 같이 2007사업연도부터 2011사업연도까지 총 OOO원의 법인세 감면을 신청하여 이를 감면받았다. 나. 처분청은 2012.10.4.～2012.10.31.의 기간 동안 청구법인의 2009사업연도와 2010사업연도 법인세 정기조사를 실시하여, 청구법인이 본점을 형식상 쟁점②장소로 이전한 것으로 등기하고, 실질적으로는 쟁점①장소에서 본점 업무를 수행하여 왔다 하여 조특법 제63조 에서 정하고 있는 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 동 규정에 의한 세액감면배제하고, 기타 매출누락분을 익금산입하여 2013.1.2. 청구법인에게 법인세 2007사업연도분 OOO원을 각 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.18. 이의신청을 거쳐 2013.9.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 조특법 제63조 에서 정하고 있는 감면기본요건인 중소기업 요건 및 내국인 요건과 2년 이상 계속하여 사업수행을 하여야 하는 요건을 충족하였고, 또한 문제가 된 다른 하나의 감면요건인 공장시설 및 본점을 수도권 과밀억제권역에서 과밀억제권역이 아닌 지역으로 이전한 것인지 여부가 아래와 같이 모두 충족한 사실이 명백함에도 불구하고, 처분청이 청구법인의 공장시설이 이전된 것인지 불분명하고, 본점도 실질적으로 이전되지 않은 것으로 보고 조특법 제63조 에 따라 감면신청한 세액의 감면을 부인하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다. (1) 청구법인은 ‘본점 및 공장시설’이 수도권 과밀억제권역인 쟁점①장소에서 수도권 과밀억제권역 밖인 쟁점②장소로 이전한 근거로 사업자등록 및 법인등기부 등본, 쟁점②장소 소재 본점 및 공장건물의 건축계약서와 토지·건축물의 관리대장 및 건축물 등기부등본과 2008.7.10. OOO국세청장이 청구법인의 본점 및 공장이전 여부에 대하여 확인한 통지서를 제출하였음에도, 처분청은 2012.7.25. 조사일 기준으로 대외적으로 사용하는 거래명세표, 송장, 인터넷홈페이지, 각종 계약서의 본점 전화번호가OOO로 표기 되어 있고, 대내적으로 사용하는 직원연락망의 본점 소재지가 쟁점②장소가 아닌 쟁점①장소라 하여 실질적인 업무는 쟁점①장소에서 수행한 것으로 조사하였는바, 이는 2012년 7월의 상황으로 이를 근거로 당초 이전 당시를 판단할 수 없는 것이며, 2012년 7월의 시점은 감면의 전제조건 이행을 따져야 하는 감면기간이 아니므로 이를 근거로 감면의 적격성을 따지는 것은 타당하지 않은 것인바, 처분청은 청구법인이 2012.6.15. 이후에는 쟁점①장소에서 계열사인 (주)OOO의 사업장 소재지인 서울특별시 OOO(이하 “쟁점③장소”라 한다)로 이전하여 회사의 전반적인 영업활동 전체를 지휘·명령의 중심지로 사용하고 있으므로 사실상의 쟁점①장소와 쟁점③장소를 본점소재지라는 의견이나, 조세특례의 적용에 있어서 수도권으로 진입한 2012사업연도의 법인세 감면을 배제하여야 한다는 데는 동의하지만, 2007사업연도부터 2011사업연도의 경우 본점 및 공장시설이 이전되지 않았을 것이라는 추정에 의해 사실관계를 판단한 것은 확장해석으로, 이를 근거로 조특법상 각 해당 사업연도의 법인세 감면세액을 배제한 것은 부당하다. 또한, 쟁점②장소에 있던 OOO 시설물을 이용한 공연업체에 대한 대관 등은 출판업 관련 공장시설의 이전과는 무관하지만, 그 이용 대상자가 도서출판물의 매출대상자인 “어린이 고객”을 위한 것으로, 이는 청구법인의 성장발전을 위한 미래비젼측면에서는 출판업을 성공적으로 수행하기 위한 기반조성업무로 부수업무라 할 것이고, 또한 국제팀의 경우는 내수시장의 성장한계로 인하여 2010년부터 해외시장개척을 위해 설치하였던 부서로 공장 및 본점 이전 당시에는 없었던 부서로 현재도 직원 1명이 맡고 있고, 회계팀도 조직상의 명칭일 뿐 이전 당시부터 2010년까지는 세무사에게 위탁기장한 관계로 직원 1∼2명이 업무를 수행하였던 것이고, 그 외 처분청이 본점이 이전되지 않았다고 주장하는 근거 중 하나인 업무연락망이나 홈페이지상의 기재내용 등도 본점 및 공장의 이전으로 인하여 출판물의 매출감소로 이어질 것에 대한 우려 때문에 영업소를 서울에 둘 수밖에 없었던 것이며, 이로 인해 공장시설 및 본점의 이전과 관련하여 홈페이지의 기재내용과 상이하다는 이유로 OOO국세청 법인세과로부터 관련 서류의 보정요구를 받고 보정서류를 제출하여 2008.12.29. 적법한 이전이라는 통지를 받았는바, 이와 같이 종전의 본점 자리에 서울영업소를 설치하여 마케팅활동에 배전의 노력을 한 이유는 청구법인의 주력상품인 아동용 도서의 주요 수요처가 서울 및 경기 그리고 수도권 이남의 전국 지역으로, 그 중에서도 서울 및 수도권 이남지역의 고객만족을 위해서는 콜센터를 통해 청구법인의 출판물과 영업활동 내용을 홍보 및 ‘본점 및 공장의 지방이전’으로 인한 공백을 최소화할 필요성이 있는 등 출판업의 경우 제조만으로는 기업의 영속성이 보장되지 않기 때문에 기업의 존립과 설비투자에 맞는 기업의 성장을 기대하기 위해서는 서울에 영업조직을 유지하여야 하는 것이 생존을 위해 필수불가결하기에 홍보부스 겸 콜센터와 영업부서를 서울사무소의 형태로 유지한 것임에도 불구하고 이를 근거로 ‘조세특례조건 미충족’으로 보고 과세한 처분은 부당하다. (2) 처분청은 “대표이사나 구매팀이 쟁점②장소에서 근무한 객관적인 사실이 없는 점과 출판물 제작을 위한 기획개발팀의 직원 몇 명이 쟁점②장소에서 근무하였다고 하였더라도 그 업무가 디자인 편집 등 제작에 국한되어 있었고, 대표이사, 국제팀· 고객관리팀 · 회계팀· 마케팅팀이 종전 사업장인 쟁점①장소에 소재하면서 전반적인 영업활동을 수행하고 물류센터를 관리했던 것으로 판단된다”라며 쟁점①장소를 실질적인 본점으로 판단하였으나, ‘법인(法人)’이란 의미가 ‘자연인 이외에 법률(法)에 의해 법률상의 권리 및 의무의 주체가 될 수 있는 인격이 부여된 자(人)’의 약칭이라는 점을 고려한다면, 그 본질은 법인의 명칭으로 이루어지는 경제행위에 조세를 부과.징수하기 위하여 법인이라는 실체가 존재한다고 보는 것이므로, 법인의 본점은 마땅히 ‘법인등기부상에 기재된 주소지에 소재한다’고 이해되는바,「상법」상 ‘본점’이란 회사가 설립 또는 변경될 때 등기된 본점소재지로서, 영업소로서의 요건(일정한 장소, 독립성, 계속성)을 갖춘 곳을 의미하는 것이고, 이렇게 지정된 본점이「상법」의 권리.의무관계에 따라 지점을 지휘·명령하는 것이므로, 조특법에서 ‘본점’은 그 개념을 특별히 정의하였거나「상법」상의 규정을 배제하는 것이 아닌 이상 조특법에서 별도로 규정하는 ‘본점’은「상법」상의 ‘본점’으로 이해하여야 할 것이고, 뿐만 아니라 법인의 본점과 지점의 법률적 의미는 “점포 기타 인적·물적 설비의 일체”를 말하는 것이 아니라 “영업활동을 위한 일정한 장소”를 의미하는 것이며, 여기서 ‘일정한 장소’란 고정적인 공간의 일부이면 족하므로 평면지상이어야 할 필요도 없다. 아울러 ‘주식회사의 대표이사’의 의미도 주식회사의 독립된 기관으로서 주식회사의 권리 및 의무관계를 행동으로 표시하고 이를 외부에 표현하여야 하는 자로, 대표이사로 취임한 자연인 ○○○라는 의미가 아니라 법률상 권리 및 의무능력은 있으나 ‘행위능력’이 없는 관계로 법인의 행위능력을 보충하는 법인의 필수 조직(기관)으로 보아야 한다는 점에서 ‘법인의 대표이사’라는 직업도 실제로 일을 하지 않아도 상근(常勤)이 필수적이듯 특정한 장소에 전속됨이 없이 전국 어디에서든 출판회사의 경영에 관한 실질적인 지휘·명령을 내릴 수 있는 것이므로, 대표이사가 어디에 있든 마땅히 법인의 본점에 있다고 보아야 하며, 더욱이 정보통신기술(스마트폰, 화상회의 등)이 극도로 진화한 현대사회에 있어서 대표이사의 ‘근무지’를 기준으로 본점 여부를 판단하는 것은 맞지 않으며, 또한 총무업무와 회계업무는 사외에 아웃소싱할 수 있는 분야이고, 영업부서도 영업소의 설치나 판매회사를 설립하여 마케팅 전략을 수립함으로써 경영합리화를 꾀할 수 있고, 근무직원의 경량화와 역동성으로 인하여 사무실의 탁상전화보다는 휴대전화 사용이 일반화된 관계로 그 금액이 많지는 않지만, 쟁점②장소에도 총 5대의 OOO 관할 본점 전화가 있었기 때문에 출판업의 핵심인 기획개발 부서와 수많은 시행착오를 통해서 돈으로 환산할 수 없는 ‘출판업에 대한 다양하고 창의적인 핵심노하우’를 지니고 있는 대표이사 및 경영진이 있는 곳을 본점으로 보아야 하는 점에서 쟁점②장소가 청구법인의 본점임은 부인할 수 없다고 할 것이다. (3) 조특법상 지방이전 기업에 대한 조세특례의 입법취지는 기업이나 공장을 수도권 내의 과밀억제권역에서 과밀억제권역 외의 지역으로 분산하여 지역의 균형발전을 기하는 데 있는 것인데, 청구법인은 쟁점②장소의 토지 매입 및 건축비로 2006년 초에 OOO원을 투자하였으며, 신축된 사옥에는 출판업의 핵심이 되는 인력을 우선 입주시켜 본점의 업무를 수행하도록 하는 한편, 동 건축물에 청구법인 출판물의 주요 영업고객이 되는 어린이를 대상으로 OOO 공연장, 북카페 등의 공간을 특별히 마련하였던 것이므로, 청구법인이 본점 및 공장시설을 이전한 2006년을 전.후한 재무제표상의 상황을 보더라도, 매출액이 2005사업연도에 OOO원이던 것이 2007사업연도에는OOO원으로 3배가량 급격하게 신장되었으며, 해외 진출에도 성공하여 국가경제에 이바지함으로써 조세특례의 목적을 달성하였는바, 오늘날의 출판사업은 시설장치에 의해 제품을 생산하는 다른 제조업과는 달리 단순한 출판물을 인쇄 및 제본하여 판매하는 수준을 넘어 스토리 구성과 독자인 어린이를 위한 공연 및 교육까지를 아우르는 하나의 새로운 문화 공간으로 거듭남으로써 새로운 부가가치를 창출하는 문화산업으로 보아야 하고, 실제로 청구법인은 국내뿐만 아니라 미국과 프랑스, 베트남 등 세계 20여개국에 출판문화를 수출하고 있으며, 현재는 매출액에서 수출이 차지하는 비율이 5% 수준에 불과하지만 매년 그 비율을 늘려가는 문화수출기업이라 할 수 있다. 나. 처분청 의견 공장이전과 동시에 수도권과밀억제권역에 있는 본점도 함께 이전하는 경우에만 조특법 제63조 의 감면요건을 충족하는 것으로, ‘본점’이란 청구법인의 전반적인 영업활동 전체의 지휘·명령의 중심지가 되는 곳으로, 청구법인의 주장 가운데 대표이사나 구매팀이 쟁점②장소에서 근무한 객관적인 사실이 없고, 제작을 위한 기획개발팀의 직원 몇 명이 쟁점②장소에서 근무하였다고 하더라도, 쟁점②장소는 그 업무가 제작(디자인, 편집 등)에 국한된 반면, 청구법인의 대표이사, 국제팀, 고객관리팀, 회계팀, 마케팅팀 등이 근무하면서 청구법인의 전반적인 영업활동 수행 및 물류센터 OOO를 관리하는 쟁점①장소가 여전히 본점으로 보이는 점에서 청구법인의 경우 제조장의 존재와 존재하더라도 실질적으로 이전한 것인지 여부가 불분명하고, 또한 사실상 본점 이전이 이루어지지 않았기에 감면요건을 충족하지 못하였으므로 청구법인이 법인세 신고시 감면신청세액을 부인하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다. (1) 법인등기부상 본점 소재지인 쟁점②장소에서 기획개발팀이 근무하고 있었고, 그 근거로 기획개발팀이 사용한 전화, 인근 음식점을 이용했다는 음식점주의 사실확인서를 제출하였으나, 이와는 달리 세무조사 당시 확보한 2010.1.8.부터 2012.9.26.까지의 변동사항을 기록한 OOO 직원 연락처’라는 청구법인의 내부문서 21장을 보면, 직원들의 연락처뿐만 아니라 부서, 직책, 전화번호 및 청구법인의 주소 등이 쟁점①장소로 상세하게 기재되어 있고, 청구법인이 제출한 전화가입상품조회서(2012.7.25. 조회)를 보면, 쟁점②장소에서 사용하는 전화번호가 OOO으로 기획개발팀이 사용하였다고 주장하나, 내부문서인 OOO(주) 직원 연락처’를 보면 OOO들이 OOO를 사용하고 있었던 사실을 알 수 있고, 실제 조사과정에서 동 전화번호로 전화를 걸어 확인한 결과 OOO 업무 관련 전화로 사용되고, 나머지 전화번호는 실제 사용 여부를 확인할 수 없었으며, 쟁점②장소에서 사용하는 팩스OOO도 OOO 부서 직원이 사용하고 있는 사실이 확인되고 있는 반면 대외적으로 사용하는 거래명세표, 송장, 인터넷 홈페이지(영문포함), 각종 계약서상 본점 전화번호가 OOO로 표기되어 있는 점과 대내적으로 사용하는 직원연락망에 주소가 쟁점①장소로 하면서 본점의 전화번호가 OOO로 표기되어 있는 등 기획개발팀을 포함한 청구법인의 중요한 각 부서의 전화번호가 서울지역으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 청구법인의 2006년 당시 본점의 소재지를 쟁점①장소라는 것을 알 수 있다. (2) 청구법인의 인터넷 홈페이지를 보면, 쟁점②장소는 청구법인의 OOO라는 명칭으로 공연장·갤러리·북카페 등 어린이 문화공간으로 사용하고 있었던 점과 쟁점②장소에서 OOO 관련 업무를 수행하는 OOO 전무 외 직원 4～5명이 근무한 것을 알 수 있고, OOO 부서 직원이 근무한 것은 공장(제조장) 이전과도 무관한 것으로, 현재는 OOO 업무 관련 직원 1명(이지인 대리)만 근무하고 있는 점과 청구법인의 인터넷 홈페이지상 조직도를 보면, 대표이사, 기획개발팀, 제작팀, 국제팀, 고객관리팀, 회계팀, 물류팀으로 구성되어 있고, 청구법인의 직원 연락처를 보면 대표이사, 마케팅, 총무, 기획개발, 웹기획, 물류센터 등으로 구성되어 있고, 전술한 바와 같이 청구법인의 중요부서는 본점 소재지의 변경일 이후에도 여전히 쟁점①장소에서 수행한 점 등에 비추어, 청구법인의 주장대로 쟁점②장소에서 기획개발팀 4～5명이 근무하였다고 하더라도 쟁점②장소를 청구법인의 전반적인 영업활동을 수행하는 본점이라 할 수 없고, 대표이사, 국제팀, 고객관리팀, 회계팀, 물류팀 등 회사의 전반적인 영업활동 전체의 지휘·명령의 중심지인 쟁점①장소가 본점이라 할 수 있으므로, 형식적으로 법인등기부에 본점 소재지를 쟁점①장소에서 쟁점②장소로 정정하였을 뿐 사실상 본점의 업무는 등기부등본상 본점 소재지 변경일 이후에도 쟁점①장소에서 수행한 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 조특법 제63조 의 중소기업 지방이전 관련 세액감면요건이 총족되지 않은 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제63조【수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면】① 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. ② 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고 시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 3. 제1항의 규정에 의하여 감면을 받는 기간 중에 수도권 과밀억제권역 안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본점을 설치한 때 ③ 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다. ④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제54조【공장의 범위 등】① 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2에서 “공장”이라 함은 제조장 또는 재정경제부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다. ② 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다. 제60조【수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(「대기환경보전법」,「수질환경보전법」또는「소음ㆍ진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. 1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 구 공장을 다른 사람에게 양도하거나 구 공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것 2. 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것 ② 법 제63조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액”이라 함은 공장의 이전일 이후 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조 제2항 제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역 안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다. ③ 법 제63조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우”라 함은 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다. ④ 법 제63조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2003.9.1. 쟁점①장소에서 서적출판.제조업을 영위하다가, 2006.7.7. 법인등기부 및 사업자등록증상 사업장 소재지를 쟁점②장소로 본점 등을 이전한 것으로 변경등기하였는바, 청구법인이 이전한 쟁점②장소의 공장건물 신축내역을 보면, 쟁점②장소의 공장부지는 2004.12.24. OOO이 취득한 공장부지를 2005년 상반기에 청구법인의 대표이사 개인 명의로 매매계약을 체결하였으나, 공장건물 신축 관련 산업단지관리법령에 의해 최초 분양받은 자 이외에는 공장건물을 신축할 수 없어서 최초 토지취득자인 김상욱 명의로 건축허가를 받아 공장건물을 건축하고 완공 및 사용승인일 이후인 2006.7.4. 쟁점②장소의 토지 및 건축물의 소유권을 청구법인으로 이전한 사실이 있고, 2006.7.7. 법인등기부 및 사업자등록증상 사업장 소재지를 쟁점②장소로 정정한 것으로 확인된다. (2) 청구법인은 위 사업장 이전을 조특법 제63조 에서 규정하고 있는 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 포함)을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설(본점 포함)을 전부 이전하여 2008.12.31.까지 사업을 개시한 때에 해당한다고 하여 2007사업연도부터 2011사업연도까지의 법인세 신고 시 조특법 제63조 를 적용하여 아래〈표1〉과 같이 2007사업연도부터 2011사업연도까지 총 OOO원의 법인세 감면을 신청하여 이를 감면받았는바, 처분청은 2012.10.4.부터 2012.10.31.까지 청구법인의 2009사업연도와 2010사업연도 법인세 정기조사를 실시하여, 청구법인이 본점을 등기부등본상 쟁점②장소로 변경한 것은 사실이나 실질적으로는 여전히 쟁점①장소에서 본점(주사무소)의 업무를 수행함에 따라 조특법 제63조 에서 정하는 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구법인이 신청한 세액감면을 부인하여 각 사업연도 법인세를 과세한 것으로 확인된다. (3) 처분청과 청구법인 간에 조특법 제63조 에서 규정한 청구법인의 ‘본점’ 이전요건 충족 여부에 대한 다툼 외에는 본점의 지방이전 관련된 다른 세액감면요건의 충족여부에 대해서는 다툼이 없는바, 청구법인의 ‘본점’ 이전요건 충족 여부를 살펴본다. (가) 청구법인은「수도권정비계획법」상의 과밀억제권역 밖인 쟁점②장소에 2006.7.4. 신축건축물에 대한 사용승인이 나자 2006.7.7. 본점 및 공장을 이전하였고, 구 본점 임차건물은 본점 출판물의 판매를 위한 영업부서 및 본점 출판물의 홍보부스와 외주거래처의 작업장으로 사용하였다고 주장하는 반면, 처분청은 “ ‘본점’이란 회사의 전반적인 영업활동 전체의 지휘, 명령의 중심지가 되는 곳으로, 청구법인의 본점이 쟁점①장소에서 쟁점②장소로 청구법인의 사업자등록증 및 법인등기부상 변경한 것은 사실이나, 세무조사 당시에 확보한 OOO(주) 직원 연락처’라는 청구법인의 내부문서 21장(2010.1.8.부터 2012.9.26.까지의 변동사항을 기록한 것)의 직원연락처 및 청구법인이 대외적으로 사용하는 거래명세표, 송장, 인터넷 홈페이지, 각종 계약서에 본점 전화번호가 OOO로 표기되어 있고, 대내적으로 사용하는 직원연락망에 청구법인의 주소지가 쟁점①장소로, 본점의 전화번호OOO로 표기되어 있으며, 대표이사나 구매팀이 쟁점②장소에서 근무한 객관적인 사실이 없으며, 설령 출판물 제작을 위한 기획개발팀의 직원 몇 명이 쟁점②장소에서 근무하였다고 하더라도 그 업무가 디자인 편집 등 출판물의 제작에 국한되고 있는 반면 청구법인의 중요부서인 국제팀·고객관리팀·회계팀·마케팅팀은 쟁점①장소에서 전반적인 영업활동을 수행한 것으로 조사하여 청구법인의 본점이 사실상 이전되지 않은 것으로 보아 세액감면을 배제한 것으로 나타나며, 처분청의 이 건 조사기간을 보면, 청구법인이 쟁점②장소로 본점을 이전한 이후 영업을 계속하다가 2012.6.15. 청구법인의 계열사인 서울특별시 OOO로 이전함에 따라 동 장소로 주사무소를 이전한 이후인 2012.10.4.부터 2012.10.31.에 출장하여 조사한 내용으로, 청구법인이 제시한 2008.7.10.자 OOO국세청장의 보정요구서를 보면, 청구법인의 2006～2007사업연도의 법인세 신고시에 청구법인이 조특법 제63조의2 규정인 “법인의 공장 및 본점을 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세를 감면하는 것이나 청구법인이 제출한 재무제표를 검토한 결과 공장시설을 갖추지 아니한 것으로 판단되는바, 공장시설을 갖춘 것으로 인정될 만한 근거 또는 증빙이 있으면 제출하라”고 기재되어 있고, 이에 대하여 청구법인이 관련 증빙을 제출함에 따라 2008.12.29.자로 청구법인에게 통보한 보충서류 검토결과통지서(법인세과 제1844호)에 의하면, “귀 법인은 전자출판 공정에 따른 제조시설을 갖춘 제조업에 해당하여 감면요건을 충족하고 있으며, (이하 생략)”으로 기재되어 있어 처분청도 청구법인이 최소한 2006.7.7.부터 2008.12.29.까지는 조특법 제63조 에서 규정하고 있는 법인세 감면요건을 충족하고 있는 것으로 인정한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점②장소가 본점이라는 증빙으로 쟁점②장소의 건축물 신축 관련 도급계약서와 쟁점②장소의 건물에 대한 임대차계약서(청구법인 명의로 계약된 것으로 2006.1.1.～2006.12.31. 보증금 OOO원)를 제시하고 있는바, 이를 보면 청구법인은 쟁점①장소에서 쟁점②장소로 본점을 옮기기 위하여 2005.8.13. OOO와 쟁점②장소 신축건물 공사 도급계약을 체결하고 건물을 신축하여, 2006.7.4. 건축물에 대한 사용승인이 난 사실이 있고, 쟁점②장소의 건물신축 공사도급계약서, 설계도, 건축물대장에 의하면 건축물 용도는 일반공장으로 아래〈표2〉와 같고, 면적은 지층 116.1㎡, 1층 531.68㎡, 2층 113.13㎡, 3층 521.54㎡, 4층 386.3㎡으로 확인되며, 국세통합전산망에 의하면, 쟁점②장소의 건축물상 사업자등록된 내역은 아래〈표3〉과 같으며 청구법인 및 계열사들이 사용하고 있을 뿐 다른 사업자에게 임대준 사실이 없는 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 구 본점이 소재하던 쟁점①장소OOO는 당초 개인사업자인 OOO가 임대인으로부터 임차하였던 사무실을 청구법인에게 전대 형식으로 입주하여 사용하다가 2008년도에 청구법인 명의로 정상적으로 건물주로부터 임차하여 사용하였고, 청구법인의 쟁점②장소로 이전한 이후에는 본점의 지방이전으로 인한 희생을 최소화하고 청구법인의 생존을 위하여 기존의 본점이 사용하던 사무실을 본점이 출판하는 출판물을 진열 전시 홍보하는 공간인 “홍보하우스=홍보부스”로 전환하여 홍보를 위하여 사용하면서 홍보를 위해 마케팅팀 직원이 상주하였으나, 나머지 여유 공간은 외주원가를 줄이기 위하여 외주업체인 OOO팀의 작업공간으로 제공하였다고 하면서 2013.6.11. OOO 사실확인서를 제출하고 있는바, 그 내용을 보면 “서울특별시 OOO 56.4평은 2004년부터 2008년 기획, 편집, 디자인 사무실로 사용하였다”로 기재되어 있고, 2012.10.31. (주)OOO의 사실확인서를 보면, “당사는 2006년 7월 당시 청구법인의 서울 OOO 사무실의 업무 관련 비품OOO로 이전 시 분리 작업하여 세팅을 완료하였고, 2012년 6월경 OOO으로 이전할 때도 OOO에서 위 비품을 같은 방식으로 이전하여 준 것으로 확인하고 있는 반면 처분청은 이에 대한 반증자료의 제시는 없다. (4) 조특법(2005.12.31 법률 제7839호로 개정된 것) 63조 제1항에서 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도개시일부터 4년(청구법인의 경우 2007～2010사업연도) 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년(청구법인의 경우 2011～2012사업연도) 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하면서, 이에 대한 사후관리규정으로 조특법 제63조 제2항에서 위 제1항에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 법인세 감면을 받는 기간 중에 수도권 과밀억제권역 안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치한 때에는 해당 사유가 발생한 사업연도의 과세표준신고 시 감면받은 세액을 법인세로 납부하여야 하며, 이 때 납부할 세액은 같은 법 시행령 제60조 제2항에서 공장의 이전일 이후 같은 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면받은 법인세액을 추징하도록 하고 있고, 청구법인의 대표이사 OOO는 2014.11.12. 조세심판관회의 시 청구법인이 쟁점②장소에서 수도권 과밀억제권역으로 이전한 연도는 2012.6.15.이라고 진술하였다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 시행령 제54조 에 의하면, ‘공장’이란 제조장 또는 「자동차관리법 시행규칙」제131조 의 규정에 의한 자동차종합정비업 또는 소형자동차정비업의 사업장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것으로 규정하고 있으며, 2009.10.9. OOO 관할 OOO국세청장이 출판업에 대한 사업장의 ‘공장’ 판단기준 설정을 위한 감면법인의 사업운영실태를 확인한 결과에 의하면, 미국의 OOO 컴퓨터 및 관련 소프트웨어를 개발한 이후 종전의 인쇄출판에서 전자출판으로 급속히 발전하여 1990년 이후에는 많은 인력과 공간 및 사진식자기, 도판, 활자 등의 장비를 요구하는 인쇄출판이 사라지고, 숙련된 소수의 인원과 좁은 공간에서도 컴퓨터 및 주변기기와 조판에 필요한 소프트웨어를 사용하여 인쇄.출판작업 보다 더 높은 생산성을 유지하고 있는 것이 일반화됨에 따라 제조활동의 일부에 해당하는 공정(인쇄, 제본)을 외주가공처리하고 있거나, 사무실 내에 내부공정에 필요한 컴퓨터와 관련 소프트웨어 등의 장비를 갖추고 출판의 주요공정에 해당하는 기획, 원고입수, 조판, 교정 등을 수행한 후 투입비용에 비해 효율이 떨어지는 필름작업, 인쇄, 제본 등의 작업을 외주가공처리하고 있더라도 중소기업 이전에 따른 감면대상에 해당하는 것으로 출판업에 있어서 ‘공장’의 판단기준을 설정하여 세액감면업무를 집행하고 있는 점, 청구법인은 2003.9.1.부터 2006.7.6.까지 쟁점①장소에서 서적출판.제조업을 영위한 사실이 있어 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 포함)을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업에 해당하는 점, 청구법인은 공장건물 신축 및 사용승인일 이후인 2006.7.4. 쟁점②장소의 토지 및 건축물의 소유권을 청구법인으로 등기변경 후 2006.7.7. 청구법인의 본점 등을 쟁점①장소에서 쟁점②장소로 이전한 것으로 법인등기부등본 및 사업자등록증상 확인되며, 쟁점②장소에서 종전사업을 계속 운영한 것으로 법인세 등을 신고하였던 점, 2006.2007사업연도의 법인세 신고시에 청구법인이 조특법 제63조의2 에 의한 공장 및 본점의 수도권 밖 이전에 해당하는지에 대한 OOO국세청장의 보정요구에 따라 제출한 자료에 대하여 2008.12.29.자로 OOO국세청장이 청구법인에게 통지한 “보정서류 검토결과 통지서(법인세과 제1844호)”에 의하면, 청구법인은 전자출판 공정에 따른 제조시설을 갖춘 제조업에 해당하여 감면요건을 충족하고 있는 것으로 기재되어 있어 조사청도 청구법인이 최소한 2006.7.7.부터 2008.12.29.까지 조특법 제63조 의 법인세 감면요건을 충족한다고 인정한 것으로 확인되고 있는 점, 처분청이 제시한 증빙들은 청구법인이 청구법인의 계열사가 2012.6.15. 서울특별시 OOO로 이전함에 따라 동 장소로 주사무소를 이전한 이후인 2012.10.4.부터 2012.10.31.까지 쟁점②장소와 쟁점①장소에 출장하여 조사한 내용으로, 국세통합전산망에 의하면, 쟁점②장소의 건축물을 청구법인 및 계열사들이 사용하고 있을 뿐 다른 사업자에게 임대한 사실이 없는 점에서 처분청의 조사내용만으로는 당초 사업장 이전에 따른 법인세 감면요건이 불충족되었다고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 청구법인은 2006.7.7.부터 2012.6.15.까지 쟁점②장소로 본점 등을 이전한 것으로 보이므로, 청구법인의 대표이사 OOO가 2014.11.12. 조세심판관회의에 출석하여 청구법인이 2012.6.15. 수도권으로 재진입한 것으로 진술한 사실이 있어 처분청이 조특법 제63조 에 따라 감면세액의 추징사유에 해당하는지 여부를 살피는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 청구법인이 당초부터 본점 및 공장시설을 쟁점①장소에서 쟁점②장소로 이전하지 않은 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.