조심 2012구3084 (2012.11.20)

OOO세무서장이 2011.12.8. 및 2012.6.7. 청구법인에게 한 부가가치세 2007년 제1기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO 원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO원, 2011년 제1기 OOO원의 부과처분은 청구법인이 받은 국고보조금 중 OOO원 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

가. 청구법인은 1995.7.24. OOO광역시와 민간기업이 공동출자(OOO광역시 지분은 62.4%)하여 지역경제의 국제경쟁력강화와 활성화기반을 조성하기 위하여 「지방공기업법」제77조의3 및 OOO에 따라 설립한 영리법인으로, 국제규모의 전시회시설을 갖추고 ‘부동산임대사업 및 각종전시회 및 컨벤션 사업’을 영위하고 있으며, 2007년 제1기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 국가로부터 받은 OOO만원 상당의 국고보조금을 「부가가치세법」제13조 제2항 제4호의 규정에 의한 국고보조금으로 보아 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하였고, 국고보조금을 재원으로 하는 매입거래는 모두 과세사업과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다. 나. 처분청은 2006년부터 2011년까지의 국고보조금 중 그 실질이 지방자치단체 등에 대한 용역제공의 대가성격으로 본 OOO만원 상당의 보조금에 대하여는 이를 부가가치세 과세표준에 포함하여 부가가치세를 과세(관련세액 OOO만원)하고, 나머지 OOO만원 상당의 국고보조금(이하 “쟁점보조금”이라 한다)은 부가가치세 과세표준에서 제외하면서 쟁점보조금을 재원으로 하여 영위하는 사업에 해당하는 매입세액은 불공제(2008년 제2기분 중 OOO만원, 이하 “쟁점전액불공제액” 이라 한다)하고, 매입액 중 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 OOO만원 상당의 공통매입액(이하 “쟁점공통매입액”이라 한다)은 OOO만원 상당의 과세매출 OOO과 OOO만원 상당의 쟁점보조금의 비율(22.23%)로 안분계산 한 후 관련 매입세액을 불공제하여 2011.12.8. 및 2012.6.7. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제1기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1 기 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기 OOO원, 2011년 제1기 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.21. 이의신청(2008년 귀속분)을 거쳐 2012.6.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구법인은 지방자치단체 등 공공기관과 민간기업이 출자하여 제3섹타 방식으로 설립된 영리법인(연면적 145,994.25㎡, 전시장 23,000㎡, 4,000명 수용의 컨벤션홀, 1,600명을 수용할 오디토리움, 34개의 회의실, 중소기업진흥시설 등)으로 부동산임대업 및 전시서비스업 등 부가가치세법상 과세사업을 영위하는 사업자로서 청구법인의 매입 세액은 과세사업을 영위하기 위한 것이므로 매입세액을 공제하는 것은 관련 법령의 규정상 명백한 것이다. 따라서, 청구법인은 전시용역 등을 제공하고 그에 대한 적정한 대가를 수령하여 부가가치세를 신고·납부하였으므로 동 용역의 제공을 위해 관련 재화 등의 매입 시 청구법인이 부담한 매입세액은 당연히 공제되어야 하고, 처분청은 2008년에 청구법인이 OOO만원의 환급이 발생하였다고 예시하고 있으나, 이 는 그 해 건물신축에 따른 매입세액OOO 효과로 인한 것이다. (2) 청구법인이 지급받은 쟁점보조금은 청구법인이 제공하는 재화 또는 용역과 대가관계가 없으므로 부가가치세 과세표준에서 제외한 것일 뿐이며 , 만일 대가관계가 있었더라면 부가가치세 과세표준에 포함하였을 것으로, 지방자치단체로부터 사업운영과 관련하여 조달된 재원인 국고보조금을 지급받았다고 하여 청구법인의 과세사업이 비과세사업으로 변경된다 고 보는 것은 법률에 근거가 없는 자의적인 해석으로 부당한 처분이다 (서울행정법원 2011구합8048,2012.1.20. 같은 뜻). (3) 매입세액의 공제여부는 사업과의 관련성에 따라 판단하여야 하며, 사업에 필요한 자금의 조달방법이 보조금이라고 하여 이를 불공제할 수 없는 것이므로 청구법인의 과세사업과 관련된 매입세액은 전액 공제되어야 한다. (4) 처분청은 당초에는 청구법인이 국고보조금을 받았으므로 비과세사업을 영위하였다고 하여 국고보조금을 비과세사업 매출로 보았다가 청구법인의 이 건 청구에 대한 답변에서는 ‘비과세사업’으로 본 것은 아니라고 하면서, 국고보조금이 과세표준에서 제외되므로 매입세액을 불공제한다고 그 이유를 변경하고 있으나, 이는 아무런 법령의 근거도 없는 자의적인 법해석이며, 또한 처분청은 국고보조금과 관련된 매입 세액은 안분계산하여 불공제하여야 한다고 하나, 청구법인 은 과세사업만을 영위하고 있어 안분계산해야 하는 겸영사업자가 아니다. (5) 설령, 청구법인의 쟁점보조금 관련 사업을 비과세사업으로 본다 하더라도 쟁점보조금은 비과세사업에 대한 대가가 아니므로 공통매입세액 안분계산규정을 적용할 수 없는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 부가가치세법상 과세사업을 영위하는 사업자로서 청구법인의 매입세액은 과세사업을 영위하기 위한 것이므로 매입세액 을 공제하는 것이 관련 법령의 규정에 의하여 명백하다고 주장하고 있으나, 청구법인이 지급받은(용역제공의 대가성격인 OOO만원)국고보조금이 과세사업에 의한 용역제공에 대한 대가라면 부가가 치세 과세표준에 포함되어야 하나, 동 국고보조금을 부가가치세 과세 표준 에서 제외한 것은 스스로 청구주장이 잘못되었음을 인정하는 것이다 . (2) 지방자치단체로부터 보조금을 지급받았다고 하여 청구법인의 과세사업이 비과세사업으로 변경된다고 보는 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점 보조금을 비과세사업으로 본 것이 아니라 쟁점보조금이 부가가치세 과세표준에서 제외됨에 따라 관련 매입세액을 불공제한 것이다. (3) 매입세액의 공제여부는 사업과의 관련성에 따라 판단하여야 하며, 사업의 필요한 자금의 조달방법이 보조금이라고 하여 불공제할 수 없다는 주장이나, 청구법인의 2008년 부가가치세신고의 경우 매출 과세표준 OOO만원, 매입과세표준 OOO만원, 환급액 OOO만원으로 확인되며, 이는 과세사업에서 발생하는 수입 외에 국고보조금을 지급받고 있는 청구 법인의 경우 국고보조금과 관련된 매입세액을 안분계산하지 않음에 따라 과세 사업의 매출과 관련이 없는 매입세액 부분까지 매출세액에서 공제함으로써 청구법인이 그 만큼 부당하게 세액을 환급받는 결과를 초래하였다 할 수 있다. (4) 또한, 청구법인의 사업을 비과세사업으로 본다 하더라도 국고보조금 등은 비과세사업에 대한 대가가 아니므로 공통매입세액 안분계산 규정을 적용할 수 없다 하나, 부가가치세매출세액에서 제외되는 쟁점보조금과 관련된 매입세액은 공제대상 매입세액이 아니라 봄이 타당하고, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항은 과세 사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 을 안분계산 하는 방법을 규정하고 있지만 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸업하는 경우에도 적용된다 고 봄이 타당하다(대법원 2004두13288, 2006.10.27. 같은 뜻)할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 과세표준에서 제외되는 국고보조금 관련 매입세액에 대하여 공통매입세액안분계산을 하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1)「부가가치세법」 제13조(과세표준) 제2항 제4호에서 국고보조금과 공공보조금은 과세표준에 포함하지 아니하고, 같은 법 시행령 제48조(과세표준의 계산) 제10항은 법 제13 조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역 의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 하고, 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 공통매입세액에 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분 계산하도록 규정하고 있다. (2) 청구법인의 설립조례 OOO 및 정관의 주요내용은 아래와 같다.

(3) 청구법인이 2008년에 개최한 행사 중 “OOO”에 대하 여 OOO광역시에 신청한 보조금 교부신청 및 정산내역은 아래와 <표1>과 같고, OOO광역시는 조례 제6조(보조금이 교부결정)에 따라 보조금을 지급한 것으로 나타난다. OOO (4) 처분청은 보조금 중 그 실질이 지방자치단체 등에 대한 용역제공의 대가성격인 2006년부터 2011년까지의 OOO만원 상당의 보조금에 대하여는 이를 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세(관련세액 OOO만원)하고, 아래 <표2>와 같이 용역제공의 대가성격이 아닌 OOO만원 상당의 쟁점보조금에 대하여는 부가가치세 과세표준에 제외하면서 관련 매입세액을 안분하여 불공제(2008년 제2기 OOO만원, 쟁점전액불공제액)하거나, <표3>과 같이 매입세액 중 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 OOO만원 상당의 쟁점공통매입액은 OOO만원 상당의 과세매출OOO과 OOO만원 상당의 쟁점보조금의 비율(22.23%)로 안분하여 관련 매입세액을 불공제한 것으로 나타난 다. OOO (5) 청구법인의 2008사업연도 수입금액 신고내역은 아래 <표4>와 같다. OOO (6) 처분청의 2006년 제2기부터 2011년 제1기까지의 적출내역 중 세액계산내역을 보면, 위 기간 중 국고보조금 매출누락분 OOO으로 인한 관련세액은 OOO만원으로 나타난다. (7) 청구법인은 전시장 및 회의장, 주차 수입 등에서 임대수입, OOO 등 자체개발 및 OOO대회 등 외부유치 전시서비스업으로 수익을 얻고 있으며, 지방자치단체 등은 청구법인의 전시활동이 특정산업을 활성화하고, 지역경제의 발전에도 이바지하기 때문에 정책적 목적에서 청구법인의 사업운영지원을 위한 보조금을 지급하고 있는바, 청구법인이 공급하는 재화 또는 용역과 직접 대가관계가 없어 과세표준에 포함하지 않은 보조금이 있다고 하여 청구법인의 과세사업을 비과세사업이라고 할 수 없는 것이므로 청구법인의 사업과 관련된 매입세액은 모두 과세사업과 관련된 것으로 전액 공제되어야 할 것이고, 처분청이 지방자치단체 등으 로부터 수령한 보조금을 부가가치세 비과세사업의 수입금액으로 전제한 뒤 비과세사업과 관련된 매입세액을 불공제한 것으로 청구법인의 보조금 수입을 면세수입금액과 동일한 것으로 취급하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 적용되는 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 규정을 유추 적용하여 매입세액 불공제액을 산정하였는바, 「부가가치세법」제17조 제2항 각 호 소정의 매입세액불공제 대상에 열거되지 않는 이상 그 매입세액 전액이 매출세액에서 공제되어야 하고, 매입세액 불공제 처분은 법령에서 매입세액불공제 대상을 제한적으로 열거하고 있어 엄격하게 해석해야 함에도 이를 확장, 유추 적용한 것으로 조세법률주의를 위반한 처분이라는 주장이다. (8) 살피건대, 부가가치세의 매입세액 공제여부는 지출한 비용이 면세사업을 위해 사용되었는지, 과세사업을 위해 사용되었는지 여부에 따라 판단하여야지, 지출한 비용의 원천이 부가가치세가 과세된 금액인지 비과세된 금액인지 여부와는 관련이 없다고 할 것이고(대법원 95누1449, 1995.12.21. 참조), 쟁점보조금은 지방자치단체의 업무를 사실상 대행한 청구법인에게 국가가 손실보전 차원에서 지급한 것으로 「부가가치세법」 제13조 의 규정에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니한 것일 뿐, 이를 근거로 매입세액 공제여부를 판단하기는 어렵다 할 것이며, 처분청의 안분불공제 매입세액 은 「부가가치세법」제17조 제2항에서 매입세액불공제 대상으로 열거되지 아니한 점, 청구법인의 용역매출은 임대업 및 전시서비스 사업 등으로 모두 부가가치세 과세사업 관련 매출에 해당되고, 청구법인에게는 면세사업 관련 매출이 발생하지 아니하고 있는 점 등으로 보아 쟁점보조금이 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하였다 하여 쟁점보조금으로 지급된 과세사업 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보는 것은「 부가가치세법 시행령」제 61조 제1항에 대한 부당한 확대해석에 해당된다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점보조금을 비과세 수입금액으로 보고 이와 관련된 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산한 금액 등에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 보이므로 이 건 청구법인이 받은 국고보조금 중 OOO원 관련 매입세액은 청구법인의 과세사업 관련 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 할 것이다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.