조심 2020서1828 (2021.01.22)

OOO세무서장이 2018.1.31. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 청구법인이 2016사업연도에 수입한 냉동새우 등의 수입금액 OOO을 2017사업연도의 손금으로 산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2006.6.13. OOO를 본점 소재지로 하여 설립된 업체로 냉동 수산물을 수입하여 판매하는 사업을 영위하고 있다. 나. 청구법인은 2019.11.12. 회계담당직원의 회계처리 미숙으로 2016사업연도의 매입원가로 계상하여야 할 냉동새우 등 수산물(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 재고로 계상하지 아니함에 따라 2017사업연도 기초재고 역시 과소계상되었고, 쟁점자산은 통상 1년 안에 판매되므로, 쟁점자산 매입액은 2017사업연도 매출에 대한 원가(손금)로 산입되어야 한다는 취지로 청구법인의 2017사업연도 법인세 OOO을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인에게 쟁점자산이 2017사업연도에 판매되었다는 증빙을 요청하였으나 이를 제시하지 못하였다는 이유를 들어 2020.1.31. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점자산을 매입하여 해당 과세기간의 부가가치세 신고에도 반영하였으나 회계처리시 담당직원(외부업체 직원)의 착오로 2016사업연도 당기 매입액 및 기말재고에서 누락하였고 이에 따라 2017사업연도의 기초재고에서도 누락되었는데, 쟁점자산은 냉동새우 등으로 통상 1년 내에 판매되므로 2017사업연도에 판매되었다 할 것이고, OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 실시한 청구법인의 2015∼2017사업연도에 대한 세무조사 과정에서 청구법인의 매출누락 사실이 확인되지 않았으므로, 2016사업연도 기말재고에서 누락한 쟁점자산 매입액은 2017사업연도 손금으로 산입되어야 한다. (가) 청구법인은 수산물 도매 및 중개업을 하는 법인으로 장부 및 증빙서류를 기준으로 법인세를 신고해왔다. 만일 청구법인이 연말 재고실사를 행했다면 누락된 기말재고를 바로 확인할 수 있었을 것이나 청구법인은 법정 외부감사대상 법인에 해당하지 않고 바쁜 나머지 재고실사를 이행하지 못하였기 때문에 장부를 기준으로 기말재고를 파악해 온 것이다. (나) 청구법인은 조사청의 세무조사 결과 청구법인의 2017사업연도의 이익율이 타 사업연도에 비해 과다하게 높은 것을 발견하여 내부적으로 확인한 결과, 청구법인은 2015∼2016사업연도에 쟁점자산을 수입하였음에도 불구하고 회계담당자의 처리 미숙으로 인하여 쟁점자산을 상품재고에 과소 계상하고, 상대계정과목인 외화외상매입금에도 과소계상하였으며, 당해 기말재고에도 반영하지 아니한 사실을 발견하게 되었다. 이와 관련된 청구법인의 2016사업연도 회계처리 오류 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 청구법인의 2016사업연도 회계처리 오류 내역 1) 청구법인은 매입의 상당부분이 수입으로 구성된 회사로 결제한 물품이 국내통관이 되는 시점에 상품매입액과 관련 부대비용을 상품으로 인식하고 있다. 2) 청구법인이 2016사업연도에 세금계산서 및 계산서 합계표 수취금액 중 상품을 매입하는데 지출한 총 금액은 OOO이며, 위 금액 중 수입상품과 관련한 금액은 OOO이고, 위 수입금액은 증빙으로 제출한 수입면장에 나타난 금액을 통해 정확히 확인된다. 3) 청구법인이 정상적으로 회계처리를 하였다면 총 OOO을 2016사업연도 당기 매입액으로 계상하였어야 하나, 회계담당자의 처리미숙으로 OOO을 원가에 누락함으로써 OOO만 계상하여, 2016사업연도에 수입한 쟁점자산 매입비용 OOO이 당기 매입액과 외화외상매입금, 기말재고액에 동시에 누락되는 오류가 발생하였다. 4) 청구법인은 이에 따라 2017사업연도의 기초상품재고가 OOO이 과소계상하게 되었는바 이를 수정하는 세무조정을 한 것이다. 5) 참고로 연도별 재고자산 수정에 따른 청구법인의 매출 총이익률은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 연도별 재고자산 수정에 따른 매출 총이익률 (다) 그 결과 청구법인은 2017사업연도의 재고자산이 과소계상되어 장부상 이익이 실제 이익보다 과다하게 된 2017사업연도에 대하여 장부상 기초 재고와 실제 재고와의 차액 OOO을 2017사업연도 매출원가에 산입하는 경정청구를 한 것이다. (2) 처분청은 쟁점자산이 판매되었다고 인정할 증빙이 부족하다고 하여 해당 재고자산의 기초재고 산입을 부인하였다. 그러나 이는 청구법인의 재고자산의 원가결정방법을 오해하고 있는 것으로, 청구법인의 매출은 어느 특정한 재고자산과 매칭되어 이루어지는 것이 아니라 해당재고의 계상여부를 불문하고 매출이 발생하면 곧바로 장부에 매출이 계상되고, 매입은 매출과 상관없이 기초재고와 당기매입으로 인식하고 있다. 청구법인은 수산물을 판매하는 사업을 하는 자로 매입한 재고자산을 그대로 판매하는 경우도 있고 별도로 가공하여 판매하는 경우도 있으므로 각 매입건별로 언제 판매되었는지 매칭을 하는 것은 사실상 불가능하다. 이러한 업종별 특성을 고려하지 않고 누락된 재고자산이 언제 판매되었는지 확인할 수 없다는 이유만으로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. 특히 회계원리상 매출원가는 “기초재고 + 당기매입 - 기말재고”가 되는바, 당해 사업연도의 기말재고는 당연히 자동적으로 다음 사업연도의 기초재고를 구성하여 매출원가로 인식되어야 하는 것으로 직전 사업연도 말 재고자산 과소계상은 자동상쇄 오류에 불과한 것이다. 특히 누락된 쟁점자산은 냉동수산물로서 제품 특성상 “식품”으로 분류되기에 장기보관이 사실상 불가능한 단기 유통기한을 가지고 있어 통상적으로 1년 이내에 판매되는 구조이므로, 청구법인의 2016사업연도 말 쟁점자산 과소계상분은 2017사업연도 매출원가에 포함된다고 보는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 단순히 매출원가를 구성하는 기초재고(쟁점자산) 금액이 2017사업연도에 과소계상된 것이라고 주장하고 있고, 쟁점자산을 구입할 때 부채로 구입하였다고 주장하고 있다. 그러나 청구법인은 쟁점자산을 구입할 때 지급한 부채의 변동내역을 입증할만한 증빙을 제시하지 않고 있다. 위 부채는 상환 시 OOO으로 분개가 되고, 위와 같이 회계처리가 되면 변제할 당시 법인의 과세표준에 손금으로 산입하게 되는 것이다. 따라서 해당부채가 변제되었다고 볼 경우 이미 법인의 손금으로 반영되었거나 앞으로 청구법인이 부채를 변제할 당시에 손금으로 반영하면 되는 것으로 청구법인의 2017사업연도 과세표준에는 영향을 주지 않는다고 할 것이다. 따라서 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 2016사업연도에 수입하였으나 회계실수로 장부에서 누락한 쟁점자산의 수입금액을 2017사업연도의 손금으로 산입하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (2) 법인세법 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다. ② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다. 1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액 2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액 3. 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득금액 ③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다. ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다. ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 1. 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업에서 생기는 사업수입금액[기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액은 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조 제3항 단서에 따라 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 사업수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다. 2. 자산의 양도금액 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다) 다. 사실관계 및 판단 (1) 조사청은 청구법인에 대하여 2019.5.9.∼2019.6.27. 기간 동안 청구법인의 2015∼2017사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하였으며, 그 당시 작성된 법인사업자 조사종결 보고서 등 내용은 아래와 같고, 이에 따라 처분청은 2019.8.6. 청구법인에 대하여 2017사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다. ＜청구법인에 대한 조사종결 보고서 내용 중 발췌＞ ＜청구법인에 대한 조사결과 보고서 내용 중 발췌＞ (2) 청구법인은 2016사업연도에 매입한 쟁점자산을 장부에서 누락하였고, 이에 따라 2017사업연도 기초재고에서도 쟁점자산을 누락하게 되었는데, 쟁점자산은 수산물로 통상 수입일로부터 1년 이내에 대부분 제품의 판매된다 할 것이므로 쟁점자산 매입액은 2017사업연도 손금으로 산입하여야 한다는 취지로 2019.11.12. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.1.31. 청구법인이 쟁점자산을 판매하였다는 사실을 입증하지 못하였다는 이유로 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. (3) 당초 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부할 당시 검토내용은 다음과 같다. ＜법인세 수정신고·경정청구 적정 여부 검토 내용 중 발췌＞ (4) 청구법인은 주장 사실을 입증하기 위하여 다음과 같은 자료를 증빙으로 제출하였다. (가) 청구법인은 2016사업연도에 수입한 쟁점자산 내역을 입증하기 위하여, 2016사업연도 기간 동안 쟁점자산을 수입하는 과정에서 관세청에 제출한 수입신고필증, 수입신용장발행 결제전표 등 관련 서류 일체를 증빙으로 제출하였는데 해당 증빙자료에 의하면 청구법인의 2016사업연도 쟁점자산 수입액의 총 합계는 ＜별지＞ 내용과 같이 총 OOO으로 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점자산 수입과 관련하여 청구법인의 2016사업연도 상품 계정별원장을 증빙으로 제출하였는데, 당초 오류가 포함된 계정별원장의 내용을 살펴보면 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 (위 수입신고필증이 있음에도 불구하고) 2016년 2월까지 수입한 쟁점자산 중 일부OOO만을 상품 계정별원장에 계상하다가, 3월 이후 수입한 쟁점자산은 계상을 하지 아니하였으며, 2016.12.31. 계상하지 아니하였던 상품매입액 OOO을 한번에 계상한 것으로 나타난다. 반면 위 수입신고필증을 기초로 작성된 수정된 상품 계정별원장에는 수입한 쟁점자산이 위 수입신고필증 상 수입신고일에 정상적으로 계상된 것으로 확인된다. ＜표3＞ 오류가 포함된 당초 상품 계정별원장 내용 중 일부 발췌 (다) 청구법인이 당초 작성한 상품 계정별원장과 수입신고필증 내용을 반영하여 작성한 계정별원장 내용을 요약하여 비교하면 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 당초 계정별원장과 수정된 계정별원장의 요약 비교 (라) 청구법인은 2017사업연도에 매출누락이 없었다는 사실을 입증하기 위해서 아래와 같은 세무조사 결과통지서를 증빙으로 제출하였다. ＜세무조사 결과통지＞ (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 당초 쟁점자산이 판매된 시기를 특정할 수 없다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다가, 청구법인이 심판청구를 제기하자 쟁점자산을 수입하면서 발생한 부채를 변제한 시점에 법인의 과세표준에 손금으로 영향을 미치게 되므로 청구주장이 이유없다는 의견을 제시하였고, 처분청 심판수행자가 2020.11.26. 조세심판원 심판관회의에 출석하여 쟁점자산은 실질적으로 청구법인이 아닌 다른 업체가 청구법인의 명의를 빌려 수입한 것이므로 청구주장이 이유없다는 취지의 의견을 제시하였다. 그러나 청구법인이 제출한 수입신고필증, 결제전표, 회계장부, 청구법인에 대한 세무조사 결과통지서 등 증빙에 의하면, 청구법인이 2016사업연도에 OOO에 해당하는 쟁점자산을 수입하고도 회계처리 실수로 이를 장부에 누락한 사실, 청구법인이 쟁점자산 수입에 따른 외화외상매입금을 변제한 사실, 조사청은 청구법인의 2017사업연도에 대한 세무조사를 실시하고도 청구법인의 매출누락을 발견하지 못한 사실을 알 수 있다. 이와 같이 청구법인이 쟁점자산을 2016사업연도 기말재고 계상에서 누락하였다면 다음 사업연도의 기초재고의 증가로 이어져야 하는 점, 청구법인이 판매하는 상품은 식품인 냉동새우 등 해산물로, 기존 수입물량을 판매하면서 지속적으로 신규 물량을 수입하고 있는 점에 비추어 통상 수입일로부터 1년 이내에 대부분의 제품이 판매되는 것으로 보이는 점, 청구법인은 선입선출법에 의하여 원가흐름을 가정하여 재고자산을 평가하고 있는 것으로 나타나는 점 등의 사정을 고려하면 청구법인이 2016사업연도의 재고자산에서 누락한 쟁점자산은 2017사업연도 기초 재고자산에 포함하여 손금으로 산입하는 것이 타당(조심 2017전2258 2017.8.24., 같은 뜻임)한 것으로 판단된다. 이에 대하여 처분청은 쟁점자산의 실제 수입업자가 청구법인이 아닌 다른 업체라는 취지의 의견이나, 권리의 귀속이 명목뿐이고 사실상 실제 권리자가 따로 있다는 점은 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있다할 것인바(조심 2011전636 2011.3.23., 대법원 2007.10.26. 선고 2007두16424 판결, 같은 취지), 이 건에 있어 청구법인이 명의를 대여하였다는 점은 처분청이 입증하여야 할 것인데, 처분청은 실제 쟁점자산을 수입한 업체가 어떤 업체인지 특정하지도 못하였을 뿐만 아니라 심판청구 과정에서 명의대여 사실을 입증할만한 증빙을 제시하지도 못하였으므로 위 의견을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 그렇다면 처분청이 청구법인이 2016사업연도에 수입하였으나 장부에 누락한 쟁점자산을 2017사업연도의 손금으로 산입할 수 없다고 보고 한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 청구법인의 2016사업연도 수입금액 정리(세금계산서 발행 기준)