조심 2020지3564 (2021.04.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2014.1.1. 이전에 발생한 연구.인력개발비 등 OOO원(이하 “쟁점법인세 이월공제액”이라 한다)을 「조세특례제한법」제144조 제1항(2014.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)에 따라 차감하여 산출한 금액을 2014사업연도 법인세로 신고.납부한 후, 2015.4.30. 처분청에 「법인세법」제13조 에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하고 「지방세법」제103조의20 에 따른 세율과 같은 법 제89조 제2항에 따른 안분율을 적용하여 산출한 2014사업연도 법인지방소득세를 다음 ＜표1＞ 기재와 같이 신고.납부하였다. ＜표1＞ 법인지방소득세 신고.납부세액 및 경정청구액 ○○○ 나. 청구법인은 2020.4.29. 처분청에 쟁점법인세 이월공제액을 차감하지 않고 2014사업연도 법인지방소득세를 신고.납부하였으므로 이에 해당하는 금액을 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.26. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.16. 심판청구를 하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 개정된 「지방세법」부칙은 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있는바, 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 발생하여 2014사업연도 이후로 이월된 쟁점법인세이월공제액에 대해서는 법인지방소득세에서도 이월공제가 허용되어야 한다. 나. 처분청 의견 2014.1.1.이전에는 「지방세법」상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 각종 세액공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출된 결과 법인지방소득세에서도 법인세 이월공제의 반사적 효과를 얻어왔으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 법인지방소득세 세액공제 이월공제액을 개정된 「지방세법」 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 2014사업연도 이전에 법인세에서 공제받지 못한 이월세액공제액에 대하여 2014.1.1. 개정된「지방세법」의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 지방소득세 산출세액에서 「조세특례제한법」상 이월세액공제액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조 에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20[세율] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.

제103조의21[세액계산] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. ② 제1항에도 불구하고, 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 그 사업연도의 「법인세법」 제13조 에 따라 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 제103조의20제1항 및 제2항에 따라 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령으로 정하는 방법으로 한다. 제103조의22[세액공제 및 세액감면] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 「조세특례제한법」 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. ＜부칙＞ 제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. (2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제144조[세액공제액의 이월공제] ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. ② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2014년 이전에 발생한 연구.인력개발비 중 공제받지 못한 OOO원에 대하여 2014사업연도 법인세로 이월하여 공제를 받았으나, 위 기간 동안의 법인지방소득세 신고시에는 동 세액공제를 적용하지 아니하였다. (2) 청구법인은 2020.4.29. 쟁점법인세 이월공제액의 10%를 2014사업연도 법인지방소득세 세액공제액으로 적용하여 환급하여 달라는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부처분하였다. (3) 개정 「지방세법」의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (4) 개정 「지방세법」이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 「지방세법」 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제.감면을 받았으나, 「지방세법」의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 「지방세특례제한법」 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 개정된 「지방세법」부칙은 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있는바, 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 발생하여 2014사업연도 이후로 이월된 쟁점법인세 이월공제액에 대해서는 법인지방소득세에서도 이월공제가 허용되어야 한다고 주장한다. 그러나 구 「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 과세표준으로 삼고 있었다고 하더라도, 구 「조세특례제한법」 규정을 통해 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어려운바, 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 「지방세법」부칙 제15조에서 종전의 (감면)규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려운 것으로 판단된다. 즉, 법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 「조세특례제한법」은 연구·인력개발비 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데, 2014.1.1. 개정전 「지방세법」에서 법인지방소득세의 산정방식에 관하여 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어려운 것으로 보인다. 이에 따라 우리 원 선결정례OOO에서도 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과는 간접적인 것으로, 개정전 「지방세법」에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있다고 보기 어렵다는 등의 사유로 기각 결정하였는바, 법인지방소득세 세액공제 이월공제액을 개정된 「지방세법」 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 청구법인의 2014사업연도 법인지방소득세 산정시 쟁점법인세 이월공제액을 공제할 수 없다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.