조심2013부3759 (2014.11.17)

OOO세무서장이 2013.5.15. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 2009년에 지출한 연구원 인건비 OOO원, 재료비 OOO원, 위탁개발비 OOO원이 청구

법인이 OOO

로부터 위탁받은 연구개발용역 수행을 위해 지출한 비용에 해당하는지

여부를 재조사하여 그 결과에 따라

「조세특례제한법」 제10조

의

연구

및 인력개발비 세액공제 대상 여부를 결정하고, 나머지 심판청구는

기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.7.1. 설립되어 철도차량, 플랜트건설, 중기(전차

등) 제작을 영위하는 법인으로서, OOO와 위탁연구형태로 수행된 OOO이 탑재된 유도무기 추진시스템

(이하 “추진시스템”이라 한다) 개발과 관련하여,

2007.11.10.

OOO(이하 “OOO법인”이라 한다)와 추진

시

스템 개발 계약

[

계약번호 :

OOO, 이하 “쟁점계약”이라 한다]을 체결하였고,

청구법인이 2009사업연도 법인세 신고시 OOO의 위탁개발용역을 수행함에 따라 2009년에 발생한 비용 OOO원[OOO법인에게 지급한 대가 OOO원(이하 “OOO법인지급금액”

이라 한다)과 청구법인의

연구원 인건비와 재료비 등 OOO

원

(이하 “쟁점금액”이라

한다)을

합한 금액임]에 대하여 연구 및 인력개발비

세액공제 대상이 아닌 것으로 신고한 후, 2013.3.29. 쟁점금액과 OOO법인지급금액이

「조세특례제한법 시행령」<별표6>에서 규정하고 있는 ‘공동

기술개발을

수행함에 따른 비용’ 등에 해당한다고

보아 「조세특례제한법」

제10조에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제를

적용받아야 한다는 취지로 2009사업연도 법인세 OOO원에 대해 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 내국법인이 국가기관OOO으로부터 위탁받은 연구개발용역을 수행하기 위하여 지출한 비용과 해외의 사업

자와 시스템개발계약을 체결하고, 그 해외의 사업자에게 기술도입대가로

지불한 비용은

「조세특례제한법」제10조

에 따른 세액공제를

적용받을 수 없다고 보아 2013.5.15. 청구법인에게 경정청구 거부처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 수행하고 있는 방위산업의 경우 정부로부터 연구

용역을 위탁받는 형태로만 연구개발을 해야 하는 산업의 특수성이

존재

하는바, 청구법인과 OOO와의 수탁계약상 최종적인 납품

및 품질검사의 주체를 청구법인으로 명시하고 있어 청구법인이 계약상 연구개발의 책임을 부담하고 있고, 납품지연 및 제작 결함에 따른 손해발생시 청구법인이 지체상금을 부담하기 때문에 연구개발의 위험 역시 청구법인이 부담하고 있으므로 정부로부터 위탁받은 연구개발활동을 수행함에 따라 발생한 비용(연구원 인건비, 재료비, 위탁연구비)인 쟁점금액은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 OOO로부터 위탁받은 한국형 추진시스

템을 개발할 목적으로 OOO법인과 쟁점계약을 체결하여 공동연구개발을

수행하였으므로 OOO법인에게 지급한 비용은 단순한 기술도입대가가 아니라 공동연구개발비로 봄이 타당하다.

(가) 청구법인은 정부와의 협의하에 2007.11.10. OOO법인과 쟁점

계약을 체결하게 되었는바, 쟁점계약을 체결하게 된 배경은 추진시스

템과 관련한 기술이 국내에 충분히 축적되어 있지 않아 국내에서

독자적으로

개발하기에는 비용과 시간이 과다하게 소요되는 점을

고려하여

OOO법인의 추진시스템보다 높은 성능(소형화 및

고속화)을

발휘할 수 있는 한국형 추진시스템이라는 새로운 무기

체계를

공동으로 개발하기 위함이었고, 청구법인과 OOO법인이

계약기간

동안 총 25차례 개최한 회의내용과 총 14차례 이루어진 공동

성능시험을 보더라도 청구법인과 OOO법인은 한국형 추진시스템을 개발하기 위하여 공동연구개발 활동을 하였음을 확인할

수 있다.

(나) 쟁점계약은 계약의 성격상 공동연구개

발

계약으로 봄이 타당

한바,

① 계약의 대상에는

청구법인, OOO법인,

OOO가

공동으로

협의하여 OOO가 요구하는 조건의

추진시스템을

개발하는 것으로 규정되어 있고, 청구

법인은 이

과정에서 지속

적으로 설계과정에 참여함으로써 당초 목적한

바대로 이루

어졌는지

확인하는

역할을 담당하였으며, OOO법인과 청구법인은

완성된

설계내용을

바탕으로 시제품을 제작하고, 시제품 테스트에 대해서는

양 법인이 그 결과를 공유하며, ② OOO법인의 개발업무(Work)와

청구법인의

개발업무(Support Activity)가 달리 규정되어

역할이

분담되어

있고,

청구법인의 개발업무는 OOO법인의 업무진행에

있어 필수적

이어서

반드시 정해진 시간까지 이루어져야 하며,

③

계약 쌍방

모두에

대해 정해진 기간까지 의무사항을 이행하지 않았을

경우

일당

0.25%의

지체상금을 부담하는 것으로 규정하고 있을 뿐

아니라,

④

연구개발에

대한 지적재산권과 관련하여 쟁점계약 전

청구법인과

OOO법인이

각각 소유하고 있는 기술을 IPO로 정의하고

이에 대한

각 법인의 소유권을 인정하는 한편, 공동개발활동을

통해

새롭게

창출된

연구개발성과물은 IAR이라고 별도로 정의하면서

이를 제3자

에게

이전

하기 위해서는 타방의 동의를 얻도록 규정하고 있는

점 등에

비추어

쟁점계약이 공동개발계약임이 입증된다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법 기본통칙」 10-0…2에서 타인으로부터 수탁

받은 연구개발용역 수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는

자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 같은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용 받을 수 없는 것으로 규정하고 있고, 「조세특례제한법 시행령」<별표6>에서는 자체연구개발 또는 위탁 및 공동연구개발의 경우만 세액공제가 가능한 것으로 되어 있으므로 위탁받은 연구비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것이다.

특히, 청구법인의 경우 2010년 4월 동 수탁연구 활동과 관련하여 2003～2008사업연도 중 지급한 연구원에 대한 인건비가 「조세특례제

한법 시행령」 <별표6>에 규정한 비용에 해당하지 않아 연구 및 인력

개발비 세액공제 대상이 아님을 확인하고 과세관청으로부터 경정

받은

사실이 있고, 방위산업과 관련하여 수탁연구 활동을 수행하는 사업자의

경우

연구개발 수탁 단계에서 일정 이윤을 확보하고 있으므로

타인자금으로

연구활동을 하면서 이에 대한 세액공제를 허용

하는 것은

자기 비용의 투입 없이 세액공제의 혜택만 누리는 것으로

연구 및 인력개발비

세액공제의 취지에도 맞지 않는 것이며, 특히

방위산

업분

야가

아닌 다른 수탁연구 분야 사업자의 경우 연구 및

인력개발비

세액공제

대상이 되지 않는 것과 비교해 볼 때 지나치게

과다한 혜택을

주는 것으로 법률적용의 형평성에도 위배되는 것이다.

따라서, 청구법인이 추진시스템을 개발하는 과정에서 발생되었

다고

주장하는 연구원 인건비, 재료비 등 쟁점금액은 세부내역에 대한

증빙자료가 부족하게 제시되었고, 국가기관으로부터 위탁받은

연구개발활동을 수행하며 지출한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제대상에

해당되지 아니하므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 OOO법인지급금액은

단순한 기술도입대가가 아니라

공동연구개발비에 해당한다고 주장하나, 쟁점계약의 내용과

기술도입계약신고서 등을 보면, OOO법인

지급

금액은 공동연구가 아닌 기술도입에 지출된 비용임을 다음과 같이

확인할 수 있다.

(가) 청구법인은 2007.11.30. OOO법인과의 쟁점계약 내용을

대상

으로

「외국인투자촉진법」 제25조

제1항의 규정에 따라 산업

자원부장관에게

기술도입계약신고를 하였는바,「외국인투자촉진법 시행령

」 제31조에서 신고대상 기술도입계약의 범위를 「조세특례제한법」에 의한 고도기술에 해당하여 재정경제부장관에게 조세면제를 신청하는 계약, 「항공우주산업개발 촉진법」에 의한 항공기 및 우주비행체와

그 부분품에 관한 기술을 도입하는 계약,「방위사업법」의 규정에

의한

방산물자에 관한 기술을 도입하는 계약일 경우 등에

한하여 신고

대상으로 규정하고 있으므로 청구법인도 쟁점계약 내용이

공동연구가 아닌 기술도입 활동임을 자인하고 있는 것으로 보이고, 청구법인은

기술도입계약신고와 동시에 OOO법인의 국내원천소득(사용료)에 대한

세액을 면제받을 목적으로 재정경제부장관에게 기술

도입대가에

대한 법인세 등의 면제신청을 하였고, 현장확인 과정에서

작성한

확인서에도

청구법인과 OOO법인의 역할에 대해 OOO법인은 자체

보유기술을 OOO의 요구사항에 맞추어 개량화한 후 관련기술을 제공하는 것이고, 청구법인은 제공받은 기술을 국내에서

생산가능하도록 국산화하는 작업을 진행하는 것으로 기술되어 있으

므로

청구법인의 주된 역할은 공동연구가 아니라 도입된 OOO법인의 기술을 국내실정에 맞게 개량화하는 것으로 보아야 한다.

(나) 청구법인의 주장대로 추진시스템 개발이 OOO법인과의 공동연구개발이라면

연구개발 비용을

공동부담하는 것이

일반적인

것이나, 쟁점계약 제2조 제2항에서는 연구비 전액을

청구법인이

부

담하는

것으로 되어 있어 공동연구라고 보기 어려우며, 쟁점계약

“단계완료 및 대금지불일정표”에서

총계약금 OOO 중 기술

제공관련

비용이 OOO

에 이르는 점에 비추어 기술자문이 쟁점

계약의 주된 목적임을 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①

청구법인이 2009년에 지출한 연구원 인건비, 재료비 등의 쟁점

금액이 OOO로부터 위탁받은 개발용역을 수행하기 위하여 지출한 비용이므로

「조세특례제한법」제10조

의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부

② 청구법인이 OOO법인에게 지급한 OOO법인지급금액이

공동기술개발비에

해당하여

「조세특례제한법」제10조

의 연구 및 인력

개발비 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시 쟁점금액과 OOO법인지급금액에 대해 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 신고하였다가, 2013.3.29. 해당 금액이 「조세특례제한법 시행령」<별표6>에서 규정하고 있는 ‘공동기술개발을 수행함에 따른 비용’ 등에 해당되므로 「조세특례제한

법」

제10조에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받아야 한다는

취지로

2009사업연도 법인세 OOO원에 대해 경정청구를 하였고,

처분청은 내국법인이 국가기관으로부터 위탁받은 연구개발용

역을 수행하기 위하여 지출한 비용과 해외의 사업자에게 기술도입

대

가로

지불한 비용은

「조세특례제한법」제10조

에 따른 세액공제를

적용받을

수 없다고 보아 2013.5.15. 경정청구 거부처분을 하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 2007.12.21.과 2007.12.24. OOO와 체결한

추진시스템 관련 계약은 일반조건, 엔진개발시제계약 특수조건, 국외

기술협력시제계약 특수조건으로 구성되어 있고, 그 주요내용은 아래

[표1]과 같다.

○○○

(나) 청구법인은 OOO로부터 위탁받은 추진시스템 개발을

위하여 2009년에 쟁점금액OOO을 지출

하였다고 주장하며 위탁개발 관련 계약서, 연구원 목록을 제출하였

으나,

재료비와 인건비 세부산출내역 등은 제출하지 아니하였다.

(다)

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 청구법인이

OOO로부터 위탁받은 개발용역 수행을 위해 지출한 금액이

연구

및 인력개발비 세액공제 대상 여부에 대하여 살피건대,

「조세특례제한법」상

연구 및 인력개발비 세액공제의 기본취지,

방

위산업물

자는

대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가

요

구하는

무기

등의 특정물품을 만드는 것이므로 국가의 요구에 맞춰서

기술개

발이 이루어질 수 밖에 없는 방위산업의 특수성, 연구개발에 따른

책임과

위험이 청구법인에게 귀속되는 점, OOO가 수익사업을

영위하지 아니하여 수탁비용에 대하여 이중으로 세액공

제가 되지는 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인과 OOO간

계약의 형식이 OOO로부터 청구법인이

위탁받는 형식을 띠고 있다고 하더라도 이를 청구법인의

연구 및 인력개발비

세액공제 대상으로 봄이 타당하다고 판단된다

(조심 2010구1325, 2010.9.13., 조심 2011부2327, 2011.11.17., 같은 뜻임).

다만, 청구법인이 OOO로부터 위탁받은 연구개발용역

수행을 위해 지출하였다고 주장하는 쟁점금액에 대한 증빙자료

가

일부

제시되지 아니하여 쟁점금액을

추진시스템 개발과 관련된

비용이라고 단정하기 어려우므로

처분청이

쟁점금액에 대하여 청구법인이

OOO

로부터 위탁

받은 연구개발용역 수행을 위해

지출된 비용에

해당하는지

여부를 재조사하여

그 결과에 따라

「조세

특례제한법」 제10조

의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상

여부를

결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 2007.11.10. 추진시스템 개발을 위하여 OOO법인과 체결한 쟁점계약의 주요내용은 아래 [표2]와 같은바, 청구법인은

OOO법인과 공동으로 지체상금 부담의무(17.1)를 갖고, 연구개발성과물

(IAR)에 대해 청구법인과 OOO법인이 상호 배타적인 권리(7.1.～7.4.)를

갖고 있으므로 쟁점계약은 공동기술개발계약이라고 주장하고 있다.

○○○

그러나,

쟁점계약

1.1.～1.3.

에서 청구법인을 고객으로, OOO법

인을 계약자로

칭하고 있고, 계약자인 OOO법인이 추진

시스템을

개발

하여 고객인 청구법인에게 인도한다고 규정(

2.1.～2.2.8.)하고 있어

이를 공동연구개발의 증빙으로 채택하기 어려워 보인다.

(나) 쟁점계약 체결 당시 처분청 조사공무원이 청구법인의 추진

연구팀장인 한OOO에 대해 작성한 문답서(2012.5.7.)를 보면, 한OOO는

“국외기술협력시제 계약 금액OOO의 상당부분은 OOO법인에게

기술료 형태로 지급되었는바, 국외기술협력시제계약서상 산출내역서의 해외협력비 OOO백만원이 기술도입과 관련한 비용이다”라고 진술하였다.

(다) 청구법인은 공동연구개발이라는 근거로 청구법인과

OOO 연구원, OOO법인이 참여한 기술회의 개최 내역(2008년

2월～

2012년 7월, 25회), OOO법인이 수행한 공동개발업무내용, OOO법인의

원형기술과 공동개발에 따라 개발된 신기술의 비교표 등을 제시하였다.

(라) 「조세특례제한법」(2010.1.1. 법률 제9921호로 일부개정되기

전의 것) 제10조, 같은 법 시행령(2010.1.7. 대통령령 제21984호로

일부개정되기 전의 것) 제9조 제2항 및 <별표6>에서 국내외 기업의

연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서와

공동기술개발을 수행함에 따른 비용이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 것으로 규정하고 있다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 OOO법인

지급금액이

공동기술개발비에 해당하여

「조세특례제한법」 제10조

의

연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO법인지급금액이 공동기술개발비에 해당한다고 주장하나, 청구법인이

보안상의 이유로 OOO법인과의 기술

개발에 대해 구체적이고 객관적인

자료를 제출하지 못하고 있고,

쟁점

계약에 청구법인을 고객으로, OOO법인을 계약자로 규정하면서

OOO법인은 추진시스템

개발을 담당하고 청구법인은 개발에 필요한 각종

부가적인

업무를 담당하는 것으로 나타나는 점 등에

비추어 이를 직접적인

공동연구개발의 근거로 인정하기에는 부족하다고 보이며,

우리나라 보다 앞선 원천기술을 갖춘 OOO가 군사

기밀이 포함되어 있는 유도무기 추진시스템을

공동연구 개발하는

목적이 분명히 나타나지 아니하고, 오히려 청구법인이 쟁점계약을

통해 OOO법인에게 기술도입대가를 지급하였다는 처분청의 의견이

설득력이 있다고 보이는 점 등을 고려할 때,

처분청이 OOO

법인지급금액을 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비

대상이

아닌

것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세

기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

< 별지 > 관련 법령

(1)

조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 일부개정되기 전의 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비

율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

제121조의6(기술도입대가에 대한 조세면제) ① 국내산업의 국제경쟁

력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통령령이

정하는

기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해 계약의 내용에

따라

기술을 제공하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초로 그 대가를 지급하기로 한 날(2009년 12월 31일 이전인 경우에 한한다)부터 5년 동안 이를 면제한다.

② 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에

의하여

조세를 면제받고자 할 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라

기획재정부장관에게 면제신청을 하여야 한다.

③ 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제2항의 규정에

의한

조세면제의 신청기한 경과 후 면제신청을 하고, 제1항 및 제2항의

규정에 의하여 면제를 확인받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와

그 후의 잔존면제기간에 한하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우

기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항 및 제2항의 규정에

의하여 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 당해 세액은 이를 환급하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.1.7. 대통령령 제21984호로 일부개정되기 전의 것)

제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ② 법 제10조 제1항 본문에서

"대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.

<별표6> 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용