조심 2024인0227 (2024.10.10)

남동세무서장이 2023.10.23. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1969년 10월 설립되어 배합사료 제조 및 판매 등의 사업을 영위하고 있는 기업으로, 2018년 초 주식회사 A(이하 “A”라 한다)와 그의 모회사인 주식회사 B(이하 “B”라 한다)가 함께 청구법인의 발행주식 중 약 96.65%를 소유하고 있다.

나. 청구법인은 2018.11.30. 재무구조 개선을 위하여 기존 주주를 대상으로 유상증자를 결정하게 되었고, A 및 B는 청구법인에 대한 채권(A OOO원, B OOO원)을 증자대금과 상계(이하 “쟁점유상증자”이라 한다)하여 A는 28,107,868주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를, B는 20,217,094주(각 주당 가액 OOO원)를 교부받고, 기타주주는 증자대금을 현금으로 납입하여 1,074,540주를 교부받은바, 쟁점유상증자 전후 청구법인 주주현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 2018년 12월 쟁점유상증자 전후 청구법인 주주 현황

다. 한편, 청구법인의 실적부진이 계속되자 A와 B는 구조조정 및 재무개선 등을 위하여 2019.12.3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4 및 같은 법 시행령 제176조의5에 따라 합병비율을 1:0.4896347로 결정하여 A를 합병존속법인으로 하는 합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)을 하였고, 이에 따라 A는 ① 합병법인으로서 자신이 보유한 청구법인 주식(지분율 약 59.36%)에 대해서는 합병신주를 발행하지 않았고, ② B가 보유하고 있던 청구법인 주식 47,115,062주(지분율 약 40.64%)에 대하여는 23,069,169주(=47,115,062주×0.4896347, 주당 가액 OOO원)의 합병신주를 교부하였다.

라. 청구법인은 쟁점합병이 「법인세법」 제44조 등에 따른 적격합병이 아닌 것으로 보아 2019사업연도 법인세 신고를 하였으나, 쟁점주식이 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항에서 규정한 합병대가를 금전으로 지급한 것과 동일하게 보는 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식 등에 해당하지 아니하므로 관련 법령에서 정한 적격합병의 요건을 모두 갖추었다고 주장하면서 「법인세법」 제44조의3에 따른 적격합병시 합병병인에 대한 과세특례를 적용하여 2022.11.3. 처분청에 2019사업연도 법인세 OOO원을 환급해 줄 것을 구하는 경정청구를 하였다.

마. 처분청은 쟁점주식이 금전으로 대가를 지급한 것으로 보는 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식에 해당하여 A가 적격합병 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 2023.10.23. 이를 거부하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「법인세법 시행령」 제80조의2 제2항 제2호는, 합병대가 중 주식 등의 가액이 합병대가 총합계액의 80% 이상인지 여부를 판단할 때, 지배주주 등에 해당하는 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식이 있는 경우에는 이를 금전으로 교부한 것으로 보아 주식교부비율을 산정하도록 규정하고 있는데, 이러한 금전교부 의제 규정의 입법 목적은 피합병법인의 주주가 합병법인에게 주식을 합병 전 미리 매각함으로써 합병대가를 금전으로 수취하는 경우 이를 합병교부금으로 간주하여 부당한 조세회피를 방지하기 위한 것이다. 이는 합병 전 피합병법인 주주에게 주식인수대가를 금전으로 지급하는 행위와 합병시 피합병법인 주주에게 합병교부금을 지급하는 행위의 경제적 실질이 동일하여 합병법인이 합병등기일로부터 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식에 대하여 피합병법인 주주에게 합병교부금을 미리 지급한 것으로 간주하는 것이다. 이러한 금전교부 의제 규정의 입법 취지를 고려한다면 A가 쟁점유상증자로 취득한 쟁점주식의 경우 합병대가를 금전(합병교부금) 교부한 것으로 볼 수 없으므로 관련 규정에 따른 합병포합주식에는 해당하지 아니한다.

(가) 쟁점주식은 피합병법인의 주주배정 유상증자로 취득한 것으로 유상증자대금은 피합병법인에게 곧바로 귀속된다. 이는 「법인세법 시행령」제80조의2 제3항이 규제하고자 하는 ‘피합병법인 주주에게 주식인수대가를 현금으로 지급함으로써 사실상 합병교부금을 지급한 것이나 다름없는 경우’와는 그 경제적 효과를 완전히 달리 하는 것이다. 결국 처분청 의견대로라면 유상증자대금을 합병교부금으로 보게 되는 불합리한 결과를 초래한다. 더욱이, 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항이 금전교부로 의제하는 합병포합주식 취득 시에는 피합병법인 기존 주주의 투자 철회가 이루어지는 반면, 쟁점유상증자로 인한 취득시에는 피합병법인 기존 주주의 어떠한 투자 철회도 발생하지 아니하였다.

(나) 뿐만 아니라, 합병법인이 쟁점유상증자로 피합병법인에게 납입한 증자대금은 합병과 동시에 합병법인에게 다시 유입(합병승계)되는 효과가 발생하여, 결국 합병법인 입장에서는 피합병법인 주식의 유상증자대금이 사외로 유출되지도 않은 결과가 발생하게 되므로, 쟁점유상증자를 통한 주식 취득을 기존 피합병법인 주주로부터 취득하는 합병포합주식과 동일하게 취급할 수는 없다.

(다) 기획재정부가 균등유상증자로 합병등기일 전 2년 내 취득한 피합병법인의 주식을「법인세법 시행령」제80조 제1항 제2호 나목의 “합병포합주식 등”에 해당한다고 표명한 것은, 해당 법령의 입법취지인 합병양도손익(합병양도가액-피합병법인 순자산장부가액) 왜곡을 방지하기 위한 것으로, 유상증자를 통해 취득한 합병포합주식은 대응되는 유상증자 납입액이 피합병법인 순자산에 가산되는 만큼, 적정 합병양도손익 산정을 위해서는 합병양도가액에도 가산해야 하므로, 「법인세법 시행령」제80조 제1항에서 규정하는 합병포합주식에는 피합병법인의 유상증자로 취득한 주식까지 포함되는 것이 타당하지만,「법인세법 시행령」제80조의2 제3항은 피합병법인의 주주를 합병법인 주주로 계속 유지시키는 데 입법취지가 있는바, 피합병법인의 유상증자로 인한 주식 취득의 경우 기존 피합병법인 주주의 이탈이 발생하지 않고, 유상증자대금도 피합병법인 주주가 아닌 피합병법인에 직접 귀속되기 때문에 합병교부금 지급으로도 볼 수 없어 합병포합주식에 포함되지 않는 것으로 해석하는 것이 타당하다.

(라) A와 청구법인의 유상증자 및 합병은 부당한 조세혜택을 받기 위함이 아닌 청구법인의 경영정상화를 위해 불가피하게 행해진 것이다. A와 청구법인은 모두 합병 전까지 20년 이상 정상적으로 배합사료 제조 및 판매 등 사업을 영위하던 법인이었다. 2018년 1월경 청구법인은 영업부진 및 실적악화에 따라 재무구조가 취약해졌고, 이로 인해 종속회사 존속 및 경영정상화를 위해 주주(A, B)들이 유상증자에 참여하였다. 이후에도 청구법인의 실적악화와 영업부진이 지속됨에 따라, A와 청구법인이 각각 영위하고 있던 사료사업부문의 경영효율성 제고 및 합병시너지 창출을 위해 2019년 12월 A가 청구법인을 흡수합병하였으며, 이는 청구법인의 경영정상화를 위해 부득이하게 행해진 정상적인 구조조정이다. 만일 A가 쟁점유상증자를 시행한 후 2년이 경과한 다음에 합병을 실행하였더라면 이론 없이 적격합병에 해당하였을 것인데, 처분청이 청구법인의 시급한 경영정상화를 위한 불가피한 사정에서 이루어진 쟁점유상증자를 이유로 쟁점합병이 비적격합병에 해당하는 것으로 보는 것은 A에게 지극히 부당하고 가혹한 처분이라 하지 않을 수 없다.

위 내용과 같이 쟁점주식의 취득을 「법인세법 시행령」 제80조의2 제2항 제2호에 따른 합병대가를 금전으로 지급한 것으로 보지 않을 경우, A와 청구법인의 쟁점합병은 「법인세법」에서 적격합병의 요건으로 규정한 ① 사업의 연속성, ② 지분의 연속성, ③ 고용승계 유지 등을 모두 갖춘 적격합병에 해당하므로 처분청이 지분의 연속성 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 법인세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항을 보면, 합병포합주식 등에 포함되는지 여부는 합병등기일 전 2년 내에 취득한 주식인지를 기준으로 판단하는 것이고, 조세법률주의에 따라 임의로 다른 요건이 추가될 수 없으므로 쟁점주식은 관련 법령에서 정한 합병포합주식에 해당하여 A의 쟁점합병은 주식의 연속성 요건을 갖추지 못한 비적격합병에 해당한다.

(가) 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항은 ‘합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 적격합병 요건인 「법인세법」 제44조 제2항 제2호의 비율(100분의 80) 이상인지를 판정할 때, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식 등이 있는 경우에는 그 가액을 금전으로 교부한 것으로 본다(같은 법 시행령 제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병포합주식 등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식 등을 교부한 것으로 보는 경우도 포함한다)고 규정하고 있고,

법원(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결)은 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시하고 있다.

(나) A는 2019년 12월 청구법인을 흡수합병하였는데, 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식은 총 31,410,974주(쟁점주식 28,107,868주+추가양수 3,303,106주)이고, 합병교부주식 수 산정 시 그 비율은 27.05%로서, A가 피합병법인을 합병하면서 지급한 합병대가를 금전으로 교부한 비율은 27.05%에 해당(주식교부비율은 72.95%임)하므로 적격합병의 요건인 주식교부비율(주식의 연속성 요건) 80%을 충족하지 못하여 쟁점합병은 적격합병에 해당하지 아니한다.

(2) 설령, 쟁점주식이 금전 교부로 간주되지 않아 적격 합병 요건을 충족하였다고 보더라도, 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고시 피합병법인과의 쟁점합병을 비적격합병으로 하여 홈택스를 통해 합병관련 금액을 익금산입 하는 내용으로 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 합병과세특례신청서와 자산조정계정명세서는 제출하지 않은바, 합병과세특례신청서의 제출은 협력의무에 불과한 것이 아니라 필수적인 절차이므로, 당초 비적격합병으로 신고하여 특례신청서를 미제출한 청구법인은 과세특례 적용을 받을 수 없다.

(가) 합병 후 존속·신설법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 납부할 국세 등의 납부의무를 지는 가운데(「국세기본법」제23조), 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아, 그 양도손익을 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입(「법인세법」 제44조 제1항)하는 것이 원칙이다.

다만, 일정한 요건을 갖춘 적격합병의 경우 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있으나(「법인세법」 제44조 제2항), 순자산장부가액으로 양도가액을 적용받으려는 경우 「법인세법」제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때, 피합병법인은 합병과세특례신청서를, 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 각각 제출하여야 한다고 규정되어 있다(「법인세법 시행령」 제80조 제3항).

(나) 또한, 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 시가로 계상하되, 자산의 시가와 장부가액의 차이금액이 0보다 큰 경우 그 차액을 익금에, 0보다 작은 경우 손금에 산입하고, 이에 상당하는 금액을 자산조정 계정으로 각각 손금 산입, 익금 산입하는데(「법인세법 시행령」 제80조의4 제1항), 이는 현행 「법인세법」 상 적격합병의 경우 자산조정계정을 통해 과세이연(피합병법인의 미실현 자산평가증액과 관련된 양도차익 및 합병매수차익을 합병법인이 승계)하는 것으로 그에 대한 사후관리(기업의 연속성 유지) 기능을 수행하게 하고 있으므로 자산조정계정 명세서 제출은 단순한 납세협력의무가 아니며, 법원(울산지방법원 2023.8.24. 선고 2022구합7670 판결)에서도 ‘과세특례의 적용을 받으려고 할 경우 피합병법인의 합병과세특례신청서 및 합병법인의 자산 계정조정명세서의 제출은 단순히 협력의무에 불과한 것이 아니라 반드시 필요한 절차이다’라고 판시한 바 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 합병법인이 관계회사의 균등유상증자에 참여하여 취득한 쟁점주식에 대하여 ‘합병대가를 금전으로 지급한 것’으로 보는 ‘합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식’에 해당한다는 이유로 쟁점합병을 비적격합병으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

② 당초 법인세 신고시 비적격합병으로 보아 법인세 신고를 하였다가 적격합병으로 보아 피합병법인에 대한 과세특례를 적용하는 경정청구를 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 주주현황 등 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) A 및 청구법인의 사업현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ A 및 청구법인의 사업현황

(나) A와 청구법인은 2019.12.3. A를 존속법인으로 하는 쟁점합병을 한바, 쟁점합병 전 청구법인의 주주현황은 아래 ＜표3＞과 같고, A는 합병시 아래 ＜표4＞와 같이 합병교부주식을 산정하여 ① 합병법인으로서 본인이 보유한 청구법인 주식(지분율 약 59.36%)에 대해서는 합병신주를 발행하지 않았으며, ② B가 보유하고 있던 청구법인 주식 47,115,062주(지분율 약 40.64%)에 대하여는 23,069,169주(=47,115,062주×0.4896347)의 합병신주를 교부하였다.

＜표3＞ 쟁점합병 전 청구법인의 주주현황

＜표4＞ 쟁점합병 관련 합병교부주식수 산정 내용

(다) 쟁점합병 후 A의 주주현황은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 쟁점합병 후 A 주주현황

(2) 「법인세법」 제44조 등을 보면, 적격합병의 요건으로 ① 사업목적합병, ② 지분의 연속성(피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총 합계액 중 합병법인의 주식 등의 가액이 100분의 80 이상), ③ 사업의 계속성, ④ 고용승계의 요건을 두고 있는데, 다른 적격합병 요건의 충족 여부에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없는 것으로 보이고, 지분의 연속성 요건에 대하여 처분청은 쟁점합병에서 쟁점주식이 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항 등에 따라 금전으로 합병대가를 지급한 것으로 보는 합병포합주식에 해당하여 교부주식 가액 등 비율이 아래 ＜표6＞과 같이 72.95%로서 비적격합병이라는 의견이고, 청구법인은 쟁점주식에 대하여 금전으로 합병대가를 지급한 것으로 볼 수 없어 적격합병이라는 주장이다.

＜표6＞ 처분청의 쟁점합병 관련 합병교부주식수 산정 내용

(3) 청구법인을 합병한 A는 2023.9.8. 이 건과 동일한 내용으로 2023.8.22.자 역삼세무서장의 2019~2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분에 대하여 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 해당 거부처분을 취소하였다(조심 2023서10049, 2024.7.29. 조세심판관합동회의).

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임)인바,

쟁점합병의 경우, 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면 청구법인의 재무구조 개선 및 구조조정의 필요성이 존재하여 유상증자를 결정하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, A와 B는 쟁점유상증자 전에 청구법인의 지분 96.65%를 보유하고 있었고, 유상증자 후에는 97.15%의 지분을 보유하게 되었으며, 쟁점합병 직전에는 기타주주의 나머지 지분을 모두 매입하여 100%의 지분을 보유한 상황에서 쟁점합병이 이루어져 실질적으로 지분 구성의 변화가 없었다고 할 수 있는 점, 청구법인 지분의 약 97%를 보유하고 있던 B와 A는 쟁점합병이 있기 약 1년 전 청구법인의 경영상 위기로 인한 재무구조 개선 등을 위해 유상증자를 결정하였고, 이에 A는 구주 취득방식이 아닌 (균등)유상증자를 통해 신주를 취득하였으며, 이 경우 주식취득에 대한 대가는 피합병법인의 주주가 아닌 피합병법인에게 직접 지급되는 것으로서 합병 등으로 인한 조세회피를 목적으로 하여 피합병법인의 주주가 합병 전에 합병법인에게 주식을 미리 매각하였다거나 합병법인(A)이 합병대가(합병교부금)를 미리 지급한 것으로 보기는 어렵다고 할 것인 점, A의 쟁점합병에 대하여 적격합병에 따른 과세특례를 부인할 만한 특별한 사정이 없어 보이는 점 등에 비추어, A가 (균등)유상증자로 취득한 쟁점주식을 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항의 금전으로 대가를 지급한 것으로 보는 ‘합병포합주식’에 포섭된다고 할 수 없으므로 처분청이 쟁점주식의 취득금액과 포합주식에 대한 합병대가의 간주교부주식에 해당하는 금액 등을 금전으로 지급한 합병교부금으로 계산하여 쟁점합병을 지분의 연속성 요건을 갖추지 못한 비적격합병으로 보아 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2023서10049, 2024.7.29. 조세심판관합동회의 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 합병과세특례신청서와 자산조정계정명세서를 제출하지 않았으므로 과세특례 요건을 충족하지 못하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이나, 법인이 당초 비적격합병으로 보아 법인세를 신고하였다가 적격합병임을 주장하며 법인세 경정청구를 하는 경우, 합병과세특례신청서 등을 미리 제출하는 것은 예정하기 어렵고, 처분청 의견과 같이 해석하여 납세자의 경정청구권을 제한하는 것은 불합리한 점, 국세청도 “내국법인이 적격합병요건을 충족하는 경우에는 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있다”라고 유권해석(서면-2017-법령해석법인-910, 2018.2.21.)한 사실이 있는 점 등에 비추어, 이 건 경정청구가 부적법하다거나 절차상 하자가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다(조심 2023서10049, 2024.7.29. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임)..

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 법인세법

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 “순자산시가”라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

(3) 법인세법 시행령

제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우 : 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 “합병교부주식등”이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 “합병포합(抱合)주식등”이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와 「지방세법」 제88조 제2항에 따른 법인지방소득세의 합계액

② 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 순자산장부가액을 계산할 때 「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우에는 이에 상당하는 금액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액에 더한다.

③ 제1항 제1호를 적용받으려는 피합병법인은 법 제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 합병법인은 제80조의4 제11항에 따른 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출하여야 한다.

제80조의2(적격합병의 요건 등) ③ 법 제44조 제2항 제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 제80조 제1항 제2호 가목에 따른 금액으로 하고, 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 법 제44조 제2항 제2호의 비율 이상인지를 판정할 때 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 금전으로 교부한 것으로 한다.

1. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제 7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우 : 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 합병포합주식 등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액

2. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조 제7항에 따른 지배주주등인 경우 : 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액