조심 2022지0439 (2023.04.06)

OOO구청장이 2021.2.16. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 OOO필지 토지상에 2015.12.21. 신축한 OOO시장용 건축물 OOO㎡의 취득에 대한 취득세를 「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 이전의 것) 제14조 제1항에 따른 감면율(50%)를 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 “OOO시장 현대화 사업”(사업비 OOO원, 이하 “이 건 사업”이라 한다)에 따라 본인 소유의 OOO필지 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)상에 OOO시장용 건축물을 신축하는 사업시행자로서, 2014.4.7. 처분청에 이 건 토지상에 OOO시장용 제1건축물 OOO㎡를 신축하여 취득한 후, 같은 날 처분청에 그 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고

「지방세법」 제11조

제1항 제2호의 세율(2.8%)에

「지방세특례제한법」제14조

제1항(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 이전의 것, 이하 “종전규정”이라 한다)에 따른 구판사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등 50%를 감면받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부 하였다.

나. 청구법인은 2015.12.21. 이 건 토지상에 OOO시장용 제2건축물 OOO㎡를 신축하여 취득한 후, 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고

「지방세법」제11조

제1항 제2호의 세율(2.8%)에

「지방세특례제한법」제14조

제1항(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정규정”이라 한다)에 따른 구매사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(위 OOO㎡ 중 OOO%에 해당하는 면적 OOO㎡를 말하며, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)으로 신고하여 그 취득세 등 25%를 감면받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부 하였다.

다. 이후 청구법인은 2016.9.27. 이 건 토지 내 AAA 소유의 OOO필지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건축물과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 AAA로부터 양여 받아 취득한 후, 그 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고

「지방세법」제11조

제1항 제7호의 세율(4%)에 개정규정에 따른 감면율(25%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

라. 청구법인은 쟁점부동산은

「지방세특례제한법」제14조

제1항 제1호에 따른 감면대상 부동산으로서 그 취득세 감면율은 개정규정 부칙 제14조(이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따라 종전의 규정(감면율 25%→50%)을 적용하여 달라는 이유로 2020.12.18. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.2.16. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여, 2021.5.14. 이의신청을 거쳐 2021.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 사업시행으로 2012.10.15. 처분청으로부터 건축허가를 받아 2012.12.26.부터 착공을 하였고, 이후 2014.4.7. 1차로 OOO시장용 건축물을, 2015.12.21. 2차로 쟁점건축물을, 이후 청구법인과 AAA 간의 2013.12.16. 업무협약(기부 대 양여)에 따라 2016.9.27. 위 공사소유의 쟁점토지를 각각 순차적으로 취득하였고, 이에 따라 제1건축물에 대해서는 종전규정을 적용하여 50%의 감면율을, 제2건축물인 쟁점건축물과 양여 받아 취득한 쟁점토지에 대해서는 25%의 감면율을 적용한 취득세를 각각 신고.납부하였다.

(2) 종전규정의 입법연혁과 쟁점부동산(제2건축물, 쟁점토지) 취득과정을 종합하여 살펴보면, 종전규정은 지난 OOO년 이상 동일하게 취득세 감면율(50%)이 유지되었고, 청구법인은 개정규정이 시행되기 이전인 2012.12.26. 쟁점건축물의 공사착공을, 2013.12.16. 쟁점토지를 양여 받기 위한 변경협약 등 원인행위를 하였으며, 이후 개정규정이 시행되면서 쟁점부칙에서 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있는바,

이와 같이 감면규정이 납세자에게 불리하기 개정되어 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 감면규정을 적용하도록 규정되어 있는 경우에는 법률 개정 이후에 과세요건을 충족하였다 하더라도 특별한 사정이 없는 한 일반적 경과조치 규정을 적용하는 것이 타당하므로 쟁점부동산의 취득에 대한 취득세 감면율은 종전규정에 따라 50%를 적용하여야 함에도 처분청은 개정규정 시행일인 2015.1.1. 이후에 쟁점부동산을 취득하였다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라는 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이나 여기서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”의 의미는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우로 한정하여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용되는 것이 타당하며, 이는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 당시의 법령을 적용한다는 일반 원칙에도 불구하고 기득권 내지 신뢰보호라는 특별한 이유에 근거한 예외적 조치로서 위 법리의 적용은 법령이 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우를 당연한 전제로 한다 할 것이다.

(2) 청구법인은 개정규정 시행(2015.1.1.) 이전에 착공 등 원인행위를 하였으므로 쟁점부칙 규정에 따라 종전규정(감면율 50%)을 적용하여야 한다고 주장하나, 개정규정에서 일반적 경과조치 규정을 두고 있을 뿐 신뢰보호를 위한 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정한 별도의 경과조치를 두고 있지 않는 이상, 납세의무성립일 당시의 법령을 따르는 것이 조세법률주의에 부합한다 할 것이다.

설령 청구법인이 종전규정을 신뢰하여 공사착공 등의 원인행위를 하였다 하더라도 일몰기한 등 그 시행기간이 한정되어 있는 경우에는 이후에는 신뢰보호의 근거가 상실된 것으로 보는 것이 일반적인 것으로 청구법인이 일몰기한이 연장될 것이라는 종전규정을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과한 것이다.

따라서 쟁점부동산 취득에 대한 취득세 감면율 적용은 개정규정을 적용하는 것이 타당한 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인은 종전규정(감면율 50%)이 시행 중에 있을 때 쟁점부동산의 취득을 위한 원인행위를 하였으므로 쟁점부칙에 따라 그 취득세 등을 감면(감면율 50%)하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 이 건 사업계획 등에 의하면, 이 건 사업은 2004년 12월 OOO의 「OOO」과 2005년 6월 OOO프로젝트 일환에 따라 시행되었으며, 이후 2007년도 정부 예산에 반영되면서 청구법인은 2008년 5월 타당성 조사 및 기본계획 수립을 완료한 후, 2009년 7월 주식회사 BBB 컨소시엄을 주 업체로 선정하여 설계시공에 착수한 것으로 나타난다.

(나) OOO시장은 2012.4.19. 이 건 토지상에 쟁점건축물 등을 신축하는 내용의 도시관리계획을 다음과 같이 결정ㆍ고시 하였다.

OOO

(다) 청구법인은 이 건 사업을 시행하면서 AAA 소유 쟁점토지를 양여 받아 취득한 후, 쟁점토지에 상응하는 대체시설을 마련하여 AAA에게 이전하는 등 “상호 교환 또는 “기부 대 양여”하는 내용의 협약을 다음과 같이 체결하였다.

OOO

(라) 건축허가서ㆍ착공신고서에 의하면, 청구법인은 2012.10.15. 처분청으로부터 이 건 토지상에 OOO시장용 건축물을 신축하는 허가를 받았고, 2012.12.26. 처분청에 착공신고서를 제출한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 2014.4.7. 이 건 토지상에 OOO시장용 제1건축물 OOO㎥를, 2015.12.21. 같은 용도의 제2건축물인 쟁점건축물 OOO㎡를 각각 신축하여 취득하였으며, 이후 2016.7.29. OOO(AAA)로부터 쟁점토지를 양여(현금 차액정산 완료) 받았다

(바) 처분청은 쟁점부칙은 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”라고 규정만 하고 있을 뿐 다음의 개정규정 부칙 제17조의 규정과 같이 “개정규정 시행에도 불구하고 종전규정을 적용하여야 하는 사유 또는 종전규정을 적용하여야 하는 기간”을 구체적으로 명시한 것이 아니어서 쟁점부칙 규정은 종전규정을 신뢰한 납세의무자를 보호하기 위한 규정으로 볼 수 없다는 의견이다.

(사) 입법연혁에 의하면, 종전규정은 1982.1.1. 취득세 감면율을 50%를 적용하는 것으로 신설된 후, 2014.12.31.까지 약 OOO년간 유지되었고, 2015.1.1.부터 취득세ㆍ재산세 등의 감면율 25%로 축소되었다.

＜종전ㆍ개정규정 입법연혁＞

OOO

(아) 현장사진에 의하면, 쟁점토지상에 쟁점건축물이 터파기, 철골, 골조공사 등의 공사가 진행 중인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 개정규정이 시행되기 이전부터 이 건 토지상에서 공사착공 등 원인행위를 하였으므로 종전규정에 따라 쟁점부동산의 취득세 감면율을 50%로 적용하여 달라는 주장이고, 처분청은 설령 청구법인이 종전규정을 신뢰하여 원인행위를 하였다 하더라도 종전규정은 일몰규정이 설정된 규정으로 청구법인의 단순한 기대이익에 불과하므로 쟁점부동산의 취득세 감면율은 25%를 적용하여야 한다는 의견이다.

(나) 종전규정의 입법연혁을 보면, 1982.1.1. OOO 등이 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하는 규정이 존속하여 오다가 개정규정에 따라 2015.1.1. 감면율이 처음으로 100분의 25로 축소되었고, 개정규정 쟁점부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하였다.

(다) 쟁점건축물의 경우 2013년 3월부터 2015년 2월까지 촬영된 항공사진 등에서, 쟁점건축물의 신축공사(터파기, 골조공사 등)를 진행하고 있는 사실이 확인되므로 쟁점건축물의 착공시기는 종전규정이 시행중인 2014년도 이전인 것으로 보이고, 청구법인은 OOO년부터 계속하여 50% 감면규정이 시행되고 있던 2013년~2014년도에 쟁점건축물에 대한 건축공사를 착공하여 그 당시 감면규정에 따른 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것인바, 이러한 종전규정의 적용에 대한 청구법인의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 있으므로, 쟁점건축물의 취득에 대한 취득세 감면율은 쟁점건축물을 착공할 당시의 종전규정을 적용하여 50%를 감면하는 것이 타당하다고 판단된다

다만, 쟁점토지의 경우, 쟁점토지는 이 건 사업이 진행됨에 따라 청구법인과 AAA간에 상호교환 또는 기부 대 양여 방식의 협약에 따라 취득한 것으로 그 취득은 위 협약에 따라 예정되어 있었던 것일 뿐이고, 토지의 경우 건축물의 신축과 같이 착공으로 인하여 과세요건의 성립과 직접적인 원인행위가 발생하는 것은 아니라고 할 것이므로 쟁점토지의 취득에 대하여는 납세의무 성립시기인 취득시기에 시행되고 있던 개정규정을 적용하여 취득세 감면율 25%를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「지방세기본법」 제96조

제7항과

「국세기본법」 제80조의2

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

(2) 지방세특례제한법 (2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ① 농업협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조 제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2014년 12월 31일까지 경감한다.

1. 구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물

(3) 지방세특례제한법(2015.1.1. 법률 제12955호로 개정된 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ① 농업협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조 제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

1. 구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물

부 칙

제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

제17조(금융기관 등의 합병에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제57조제1항에 따라 합병한 금융기관에 대해서는 제57조의2제2항의 개정규정에도 불구하고 2015년 12월 31일까지 종전의 제57조제1항에 따른다.

(4) 도시 및 주거환경정비법(2017.10.24. 법률 제14943호로 개정되기 이전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “정비기반시설”이란 도로ㆍ상하수도ㆍ구거(溝渠: 도랑)ㆍ공원ㆍ공용주차장ㆍ공동구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제9호에 따른 공동구를 말한다. 이하 같다), 그 밖에 주민의 생활에 필요한 열ㆍ가스 등의 공급시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

(5) 도시 및 주거환경정비법 시행령(2017.9.29. 대통령령 제28351호로 개정되기 이전의 것)

제3조(정비기반시설) 법 제2조 제4호에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 녹지

2. 하천

3. 공공공지

4. 광장

5. 소방용수시설

6. 비상대피시설

7. 가스공급시설

7의2. 지역난방시설

8. 주거환경개선사업을 위하여 지정ㆍ고시된 법 제2조 제1호의 규정에 의한 정비구역(이하 “정비구역”이라 한다)안에 설치하는 법 제2조제5호의 규정에 의한 공동이용시설(이하 “공동이용시설”이라 한다)로서 법 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 해당 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 자치구의 구청장(이하 “시장ㆍ군수등”이라 한다)이 관리하는 것으로 포함된 시설

(6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제65조(개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속) ② 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 개발행위로 용도가 폐지되는 공공시설은 「국유재산법」과 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 양도할 수 있다.

(7) 국유재산 기부 대 양여 사업관리 지침

제2조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "기부 대 양여 사업"이란 사업주관기관에 대체시설을 기부한 자에게 용도폐지된 재산을 양여하여 국가소유 시설을 이전하는 사업을 말한다.

5. "대체시설"이란 기존 행정재산의 용도를 대체할 목적으로 사업시행자가 국가에 기부하는 토지·건물 등을 말한다.

6. "기부채납"이란 사업시행자가 대체시설의 소유권을 국가에 이전하고 국가가 이를 취득하는 것을 말한다.

7. "양여"란 대체시설을 기부한 자에게 그 부담한 비용의 범위에서 용도폐지된 재산의 소유권을 이전하는 것을 말한다.

제11조(기부채납 기준) ① 기부는

「국유재산법」제13조

제2항 제2호에서 정하는 경우로서

동법 시행령 제8조

에서 정하는 바에 따라 기부 받아야 한다.

② 사업주관기관과 협의대상자 또는 사업시행자가 대체시설의 규모를 협의함에 있어서는 소관 법령 또는 시설기준 부합여부 및 기존 시설 기능의 대체성 등을 고려하여야 한다.

③ 사업주관기관은 대체시설의 효율적인 이용을 위하여 필요한 물품을 위원회 심의를 거쳐 기부재산에 포함시킬 수 있다. 대체시설의 효율적인 이용을 위하여 필요한 물품이란 대체시설의 규모 확대 및 현대화 등에 따라 즉각적인 기능 발휘를 위해 필수적인 물품을 의미한다.

제12조(양여 기준) ① 양여는

「국유재산법」제55조

제1항 제3호에서 정하는 경우로서

동법 시행령 제58조

제3항 및

동법 시행규칙 제40조

내지 제42조에서 정하는 바에 따라 양여하여야 한다.

② 양여를 목적으로 용도폐지 된 일반재산은

「국유재산법 시행규칙」제42조

에 규정된 양여의 조건을 따르되, 협의대상자가 제시한 사업계획에 따른 도시·군관리계획 변경이 완료된 후에 양여하여야 한다.

제15조(기부채납 및 양여) ① 사업주관기관은 사업시행자와 협의하여 재산 관련 권리이전을 위한 행정적 절차를 이행하여야 한다.

② 사업주관기관은 사업시행자의 명의로 등기 등록된 대체시설을 국가 명의로 등기 등록하여 취득한다.

③ 사업주관기관은 대체시설을 기부채납한 사업시행자와 양여계약을 체결하고, 양여 대상재산을 양여한다. 양여계약서는

「국유재산법 시행규칙」제41조

의 별지 제11호 서식(2)를 준용한다.

제13조(기부채납) ② 총괄청이나 중앙관서의 장은 제1항에 따라 국가에 기부하려는 재산이 국가가 관리하기 곤란하거나 필요하지 아니한 것인 경우 또는 기부에 조건이 붙은 경우에는 받아서는 아니 된다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기부에 조건이 붙은 것으로 보지 아니한다.

1. 행정재산으로 기부하는 재산에 대하여 기부자, 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인에게 무상으로 사용허가하여 줄 것을 조건으로 그 재산을 기부하는 경우

2. 행정재산의 용도를 폐지하는 경우 그 용도에 사용될 대체시설을 제공한 자, 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인이 그 부담한 비용의 범위에서 제55조 제1항 제3호에 따라 용도폐지된 재산을 양여할 것을 조건으로 그 대체시설을 기부하는 경우

제55조(양여) ① 일반재산은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양여할 수 있다.

3. 대통령령으로 정하는 행정재산을 용도폐지하는 경우 그 용도에 사용될 대체시설을 제공한 자 또는 그 상속인, 그 밖의 포괄승계인에게 그 부담한 비용의 범위에서 용도폐지된 재산을 양여하는 경우