조심 2023지4787 (2024.06.26)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 경상남도 OOO 등 10필지 토지 및 위 지상 건물(이하 “이 사건 부동산”이라 하고, 이 사건 부동산 중 2021.12.27. 및 2022.3.28. 취득한 부동산들을 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후,

「지방세특례제한법」제14조

및 제177조의2 제1항에 따라 취득세의 100분의 85를 감면받았다.

＜표1＞ 청구법인의 토지 등 취득내역

○○○

나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로서

「지방세특례제한법」제178조

제1항 제1호에 따른 추징사유에 해당한다고 보아, 2023.6.16. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 AAA, 자재백화점, 금융점포, 식당 등 편의시설을 동시에 유치할 수 있는 복합시설을 신축하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였는데, 복합시설 건립예정부지 중심에 위치하고 있는 국유지(도로)인 OOO 토지(이하 “이 건 국유지”라 한다)를 취득하는 과정에서 상당한 시간이 소요된 것이므로, 이는 1년 이내에 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다.

(가) 청구법인이 운영하고 있던 기존 파머스마켓이 좁은 공간과 시설노후화, 본점 자재과와 거리가 멀어 접근성이 떨어지는 상황으로 인하여, 파머스마켓, 자재백화점, 금융점포 등을 함께 설치할 수 있는 복합시설을 건설하기로 하였다.

(나) 이를 위하여 이 사건 부동산을 취득하였는데, 그 중에는 국토교통부 소유인 이 건 국유지가 포함되어 있었다. 그런데 이 건 국유지는 청구법인이 설치하고자 하는 복합시설의 한 가운데에 위치하고 있었기 때문에, 위 시설을 신축하기 위해서는 반드시 매수할 수밖에 없는 토지였다.

(다) 이에 따라 청구법인은 복합시설 신축을 위하여 이 건 국유지 취득을 포함한 절차를 아래 ＜표2＞와 같이 지연 없이 진행하였다.

＜표2＞ 청구법인 복합시설 신축을 위한 진행 일정

(라)

「건축법」제2조

제1항 및 같은 법 시행령 제3조에 의하면 하나의 필지에는 하나의 건축물을 건축할 수 있고 두 필지 이상에 걸쳐 건축하는 경우에는 그 건축물이 건축되는 각 필지의 토지를 합병하여야 건축허가를 신청할 수 있으므로, 이 건 국유지를 중심으로 좌우에 복합시설을 건축하기 위한 허가를 받기 위해서는 이 건 국유지를 반드시 취득하여 다른 토지들과 합필을 하여야만 한다.

(마) 그런데, 청구법인의 경우 이 건 국유지 취득을 위한 협의부터 등기를 완료하기까지 10개월의 시간이 소요되었으며, 이 건 국유지 취득 후 건축허가 신청을 하고 허가를 받기까지도 2개월 정도 소요되었는바, 이러한 기간 지연은 정당한 사유에 해당한다고 할 것이다.

(바) 결국 이러한 정상적인 진행과정에서 「건축법」 등 법령의 제한으로 건축허가를 위한 모든 토지의 취득이 2022.11.24. 완료되었으므로, 마지막 토지를 취득한 후부터 기산하여 1년 후인 2023.11.23. 이후에 복합시설 신축공사에 착수한 경우에 한하여 취득세를 추징할 수 있으므로, 이 건 처분은 위법하다.

(2) 또한, 청구법인은 「농업협동조합법」에 따라 농업협동조합 중앙회로부터 관리감독을 받게 되므로, 이러한 과정에서 시간이 소요된 것은 정당한 사유에 해당한다.

(가)

「농업협동조합법」제142조

에 따라 건축물의 설계도서 등에 대하여 농업협동조합 중앙회로부터 기술검토를 거쳐 사전승인을 받아 공개입찰로 계약하여야 한다.

(나) 청구법인이 건축 예정인 복합시설의 경우 금융점포와 유통시설이 각각 다른 건축물에 위치할 예정이어서 설계에 상당한 시일이 소요되었고, 처분청으로부터 건축허가를 받고 공개입찰을 거친 후에도 건축물의 건축공사 관련 도급계약을 체결하기 위하여 전문건설업 사업자 등을 상대로 입찰공고를 하였으며, 입찰금액 뿐만 아니라 사업 수행 여부를 면밀히 검토하여 낙찰자를 선정하여야 한다.

(다) 결국, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 1년의 유예기간이 지나서 착공한 것은 출자자인 조합원들의 연차별 총회 승인, 「농업협동조합법」 및 내부 규정에 따른 절차의 준수 등 이와 같은 과정과 절차를 생략하거나 단축할 수 없었기 때문으로 청구법인은 정상적인 노력을 다하였으나 그 유예기간이 경과한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 국유지 취득에 상당한 시간이 소요될 것이라는 것을 미리 예측할 수 있었고, 청구법인 내부적인 사정에 불과한 농업협동조합 중앙회의 사전승인 절차는 쟁점부동산을 1년 기간 내에 해당 목적으로 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

(가)

「지방세특례제한법」제178조

제1호에서 해당 용도로 직접 사용한 경우라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것(대법원 2009.6.11. 선고 2007두20027 판결 등 참조)을 뜻하고, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하고, 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 등의 감면 규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 등 참조)이다.

(나) 또한, 토지를 취득할 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 참조)고 할 것이다.

(다) 청구법인의 경우, 쟁점부동산을 취득할 당시부터 그 사업부지에 복합시설 건립을 위해서는 이 건 국유지를 반드시 매입하여야 하고 그 절차상 상당한 기간이 당연 소요된다는 것을 알 수 있었다고 보이는 점, 청구법인 내부적인 사정인 BBB의 고정자산 취득 승인, 공사 공개입찰 등으로 유예기간을 넘긴 경우까지 정당한 사유에 의한 것이라고 볼 수는 없는 점,

그 외 전혀 예측치 못했던 법령에 의한 금지나 제한 등의 외부적인 사유나 행정관청의 귀책사유 등에 관한 주장은 없으므로, 쟁점부동산을 취득하여 유예기간을 넘긴 것은 청구법인의 귀책사유에 의한 것으로 볼 수밖에 없다.

(2) 또한, 처분청이 2024.4.16. 현장확인을 하였는데, 쟁점부동산 취득 후 2년이 경과한 현재까지도 터파기공사조차 진행되지 않는 것으로 확인되었다. 그 원인을 확인해보니 청구법인과 당초 시공사와 분쟁이 발생하여 소송이 진행 중이고, 이로 인하여 공사가 진행되고 있지 아니하였는데, 시공사와의 분쟁 등 내부적인 사유는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로(조심 2014지840, 2014.8.4. 등 다수), 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인은 쟁점부동산 취득 이후 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인이 쟁점부동산을 포함한 이 건 부동산을 취득한 후 복합시설 신축사업의 전체 진행내역은 위 ＜표2＞와 같으며, 복합시설은 아직 사용승인을 받지 못한 것으로 확인된다.

(나) 청구법인의 쟁점부동산(추징대상 토지)을 포함한 이 건 부동산(전체 사업부지) 취득 내역은 위 ＜표1＞과 같다.

(다) 이 건 국유지는 쟁점부동산 한 가운데에 위치하고 있는 것으로 확인된다.

(라) 이 건 국유지 취득 진행과정을 요약하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 이 건 국유지 취득 진행 과정

○○○

(마) 청구법인은 2022.12.9. 처분청에 건축허가를 신청하였고, 처분청은 2023.2.1. 청구법인에게 아래와 같이 건축허가서를 교부하였다.

＜건축허가서 주요 내용 요약＞

(바) 청구법인은 2023.2.8. 복합시설 신축공사 입찰공고를 한 후, 2023.3.9. 아래 ＜표4＞와 같이 공사 도급계약을 체결하였다.

＜표4＞ 공사도급계약 체결 내역

○○○

(사) 청구법인은 2023.4.14. 착공신고서를 제출하였다.

(아) 청구법인이 제출한 공문에 의하면, 청구법인은 2021.12.22. OOO 중앙회에 고정투자(총 투자금액 OOO원 상당의 복합시설 신축)에 관한 조정 신청을 하였고, OOO 중앙회는 2022.1.25. 이를 승인한 것으로 확인된다. 한편, 위 문서에 첨부된 내부 규정은 아래와 같은바, 청구법인의 복합시설 신축사업의 경우 OOO중앙회로부터 심의를 받아야 하는 대상에 포함되는 것으로 확인된다.

＜회원에 대한 고정투자 지도(2012.3.2. 개정) 내용 중 발췌＞

(자) 처분청 담당자는 2024.4.23. 조세심판관 회의에 참석하여, 2024.4.16.자 이 사건 부동산 현장확인 사진을 제시하였는데, 이 사건 부동산에서 아직 착공조차 이루어지지 않은 것으로 확인되고, 이에 대하여 청구법인 대리인은 시공사와 분쟁으로 인하여 공사가 진행되지 못한 것이라고 답변하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산을 해당 용도로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다 하였으나, 이 건 국유지 취득 과정 및 농업협동조합 중앙회로부터 심의를 받는 과정 등에서 불가피하게 상당한 시간이 소요되었는바, 이는 정당한 사유에 해당하므로 이 건 취득세 등 부과처분은 위법하다고 주장한다.

(가)

「지방세특례제한법」제14조

제3항은「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2023년 12월 31일까지 면제한다고 규정하면서 같은 법 제178조 제1항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 위 추징규정의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2009.1.15. 선고, 2006두14926 판결, 같은 뜻임).

(다) 이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 청구법인은 2021.12.27. 및 2022.3.28. 쟁점부동산을 취득한 후 2년이 경과한 현재까지 공사가 진행되고 있지 아니한바, 쟁점부동산을 감면유예기간인 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않은 사실이 확인되는 점, 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 2023.4.14. 착공신고서를 제출하고도 감면유예기간인 1년을 초과하여 현재까지도 정상적으로 공사를 진행하지 못하고 있는 것으로 확인되는데, 이는 청구법인과 시공사 사이에 분쟁으로 인한 것인바, 시공사와의 분쟁으로 인하여 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 것은 법령에 의한 금지, 제한 등 외부적인 사유로 볼 수 없는 점(조심 2014지338, 2014.10.24. 같은 뜻임), 그 밖에 복합시설을 신축하는 과정에서 예상치 못한 불가피한 사정이나 행정관청의 사용금지·제한 등의 외부적인 사유는 없었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(라) 따라서, 처분청이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 청구법인에게 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」제96조

제7항과

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(

「지방세법」 제13조

제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 건축법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “대지(垈地)”란 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 각 필지(筆地)로 나눈 토지를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지는 둘 이상의 필지를 하나의 대지로 하거나 하나 이상의 필지의 일부를 하나의 대지로 할 수 있다.

제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층 이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다.

③ 제1항에 따라 허가를 받으려는 자는 허가신청서에 국토교통부령으로 정하는 설계도서와 제5항 각 호에 따른 허가 등을 받거나 신고를 하기 위하여 관계 법령에서 제출하도록 의무화하고 있는 신청서 및 구비서류를 첨부하여 허가권자에게 제출하여야 한다. 다만, 국토교통부장관이 관계 행정기관의 장과 협의하여 국토교통부령으로 정하는 신청서 및 구비서류는 제21조에 따른 착공신고 전까지 제출할 수 있다.

(3) 건축법 시행령

제3조(대지의 범위) ① 법 제2조 제1항 제1호 단서에 따라 둘 이상의 필지를 하나의 대지로 할 수 있는 토지는 다음 각 호와 같다.

1. 하나의 건축물을 두 필지 이상에 걸쳐 건축하는 경우 : 그 건축물이 건축되는 각 필지의 토지를 합한 토지

제9조(건축허가 등의 신청) ① 법 제11조 제1항에 따라 건축물의 건축 또는 대수선의 허가를 받으려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가신청서에 관계 서류를 첨부하여 허가권자에게 제출하여야 한다. 다만, 「방위사업법」에 따른 방위산업시설의 건축 또는 대수선의 허가를 받으려는 경우에는 건축 관계 법령에 적합한지 여부에 관한 설계자의 확인으로 관계 서류를 갈음할 수 있다.

(4) 건축법 시행규칙

제6조(건축허가 등의 신청) ① 법 제11조 제1항ㆍ제3항, 제20조 제1항, 영 제9조 제1항 및 제15조 제8항에 따라 건축물의 건축ㆍ대수선 허가 또는 가설건축물의 건축허가를 받으려는 자는 별지 제1호의4서식의 건축ㆍ대수선ㆍ용도변경 (변경)허가 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 허가권자에게 제출(전자문서로 제출하는 것을 포함한다)해야 한다. 이 경우 허가권자는

「전자정부법」 제36조

제1항에 따른 행정정보의 공동이용(이하 “행정정보의 공동이용”이라 한다)을 통해 제1호의2의 서류 중 토지등기사항증명서를 확인해야 한다.

1. 건축할 대지의 범위에 관한 서류

1의2. 건축할 대지의 소유에 관한 권리를 증명하는 서류. 다만, 다음 각 목의 경우에는 그에 따른 서류로 갈음할 수 있다.

가. 건축할 대지에 포함된 국유지 또는 공유지에 대해서는 허가권자가 해당 토지의 관리청과 협의하여 그 관리청이 해당 토지를 건축주에게 매각하거나 양여할 것을 확인한 서류

(5) 농업협동조합법

제142조(중앙회의 지도) ① 회장은 이 법에서 정하는 바에 따라 회원을 지도하며 이에 필요한 규정이나 지침 등을 정할 수 있다.

② 회장은 회원의 경영 상태 및 회원의 정관으로 정하는 경제사업 기준에 대하여 그 이행 현황을 평가하고, 그 결과에 따라 그 회원에게 경영 개선 요구, 합병 권고 등의 필요한 조치를 하여야 한다. 이 경우 조합장은 그 사실을 지체 없이 공고하고 서면으로 조합원에게 알려야 하며, 조치 결과를 조합의 이사회 및 총회에 보고하여야 한다.