조심2010서2509 (2012.06.28)

OOO세무서장이

2010.4.9.

청

구법인에게 한 2008사업연도(2007.4.1.～2008.3.31.) 법인세 OOO원, 2009사업연도(2008.4.1.～2009.3.31.) 법

인세 OOO원의 부과처분은

1. 처분청이 청구법인의 차세대 시스템 구축과 관련하여 청구법인

으로부터 용역을 수탁받은 OOO주식회사가 일부 용역을

협

력업체에 재위탁하였다 하여 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에

서 제외한 금액

OO,OOO,OOO,OOO원에 대해서는 재위탁받은 협력업체 중

연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를

「조세특례제한법」제10조

제1항의 연구 및 인력개발비 세액공제 대

상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가.

청구법인은 2007.7.23. 차세대 시스템 구축을 위하여 OOOO

OOO(OO OOOOOOO)주식회사(이하 “OOO”라 함)와 연구개발용

역 계약을 체결하고, 당해 연구개발용역에서 발생한 OOOO O,OOOOO

(OOOOOOOO OOOO O,OOOOO, OOOOOOOO OOOO O,OOOOO)에 대

하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 OOO

가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁

한

부분은 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아닌 것으로 처분청에

통

보하였고, 처분청은 이에 따라 OOO가 제3자에게 재위탁

한

연구개발용역비 OO,OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOO

O

OOO O,OOO,OOO,OOOO)을 세액공제대상에서 제외하여 2010.4.9.

청

구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원, 2009사업연도 법

인세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

수탁업체인 OOO는 연구개발전담부서를 두고 각 분

야별로 우수한 인재를 보유하고 있으며, 청구법인의 차세대 시스템 구축을 위해 자체 직원만으로는 모든 업무를 단기간 내에 완료하기는

기술적으로나 시간적으로 불가능하여 자사 직원과 약 50개의 협력업

체에서 선발한 전문가들과 28여개의 혼성팀을 구성하여 OOO의 책임과 지휘아래 연구개발용역을 직접 수행하였다.

차세대 시스템 개발은 OOO가 50여개의 협력업체와 인

력

콘소시엄을 구성하여 주도한 것이어서 청구법인은 실질적인 콘소시엄

의 대표격인 OOO와 계약을 체결하고 연구개발비를 지급한 것이고, OOO는 청구법인으로부터 연구개발비를 받아서 협력

업체의 직원이 수행한 인적용역제공의 정도에 따라 용역대가를 지급

한 것으로 하도급의 경우 하도급을 받는 자가 모든 책임을 지며 투입된

원가에 관계없이 약정된 도급용역의 완성에 대해서 대가를 받는데

비

해 OOO의 협력업체의 경우 일의 성과와는 관계없이 파

견인력의 등급과 근로일수에 따라 용역대가를 수령한 것이다.

또한, 연구전담부서가 있는 기업이 연구전담부서 외의 다른 부서직원이 수행한 개발용역의 대가도 연구 및 인력개발비 세액공제대상

이므로 OOO의 타부서 직원만 한정될 것이 아니라 협력업

체

등 외부인력을 활용한 용역수행까지도 당연히 포함되는 것이고,「조

세특례제한법 시행령」별표6에 규정된 대학이 연구를 수행함에 있어 그 대학에 소속된 교수 뿐만 아니라 타 대학의 교수 또는 대학원생 기타 외국대학교수 등으로 연구팀을 구성하여 공동연구를 수행하고 연구비를 지출하는 경우도 세액공제대상이 되는 것임.

따라서, 수탁자인 OOO가 청구법인의 차세대 시스템 구

축용역을 자사 연구인력과 협력업체의 인력이 혼합된 팀을 구성하

여

직접 수행한 것이므로 처분청이 이를 제3자에게 재위탁한 것으로 보

아 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 부당하다(주위적 청구).

(2) 「조세특례제한법 시행령」별표6에 규정된 연구 및 인력개발

비 세액공제를 적용받는 비용에는 자체 기술개발이나 위탁 및 공동기술개발 여부를 떠나 연구전담부서가 필수적인 조건이고 연구전담부서가 없는 기업이 주도하는 연구비는 대상에서 제외하고 있는 바, 실질과세의 원칙에 따라 용역을 수행하는 주체의 연구전담부서 설치여부가 세액공제여부를 판단하는 기준이 되는 것이지 계약의 형식이나 위탁, 재위탁은 문제가 없는 것이다.

따라서, 수탁자인 OOO의 직원과 협력업체의 직원이 팀을 이루어 수탁자의 지휘와 통제하에 연구개발용역을 수행한 것 중 협력업체 소속직원의 인력제공을 재위탁으로 보더라도, 협력업체 중 연구전담부서를 설치·운영하는 기업이 수행한 연구개발비는 연구 및 인력개발비 세액공제를 하는 것이 중소기업이 참여하는 기술개발에 대해서 세제상 혜택을 더 주고자하는 세법의 취지에 부합하는 것이다(예비적 청구).

나. 처분청 의견

(1)

OOO가 청구법인에게 통보한 ‘차세대 시스템 구축

용

역과 관련한 재하청 내역 관련의 건’ 문서에 ‘각 업체별 재하청 내

역’

이라고 분명히 명시되어 있고, 관련 첨부문서에도 OOO에

서

재하청에 대한 각 업체별 용역내역’이라고

명시되어 있으며 하청업체

별

용역대금, 전담부서 유무, 개발내역

, 계약기간 등 구체적인 내용이

포

함되어 있어 이는 협력업체의 직원을 지원받아 연구용역을 직접 수

행한 것으로 볼 수 없음.

또한, OOO는 2008사업연도에 넥서브 외 36개 협력업

체

및 2009사업연도에 주식회사 OOO 외 31개 협력업체와 용역

수

행에 따른 도급계약서를 체결하였는 바, 당해 계약서에 하청업체별

로 용역이 구분되어 있고 용역수행에 따른 결과물을 도급자인 OOO

에 지정된 장소, 기일까지 납품하도록 기재된 것으로 보아 OOO

가 원도급자로서 관리 및 조정 등을 할 수 있으나 각 분

야별 연구개발용역은 재위탁한 사업자 위주로 진행되었다.

연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 당해 공제받는 세액에 상

당

하는 금액만큼 영구히 조세부담을 소멸시킨다는 점, 비용에 대한

세액공제라는 점 및 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인이 많을 수 있어 연구 및 인력개발비 세액공제를「조세특례제한법」에서 엄격히 규정하고 있으므로 제3자 위탁분에 대하여는 세액공제 제한을 두고 있다.

따라서, 청구법인과 OOO의 용역계약서, OOO가 청구법인에 통보한 문서 및 OOO의 도급계약서 등에

의하면 OOO가 연구개발용역을 직접 수행하지 아니하고 재

위탁한 것으로 확인되므로 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 정당하다.

(2)

「조세특례제한법」제10조

의 연구 및 인력개발비에 대한 세액

공제는 위탁하는 연구개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수

행

하지 아니하고 제3자에게 재위탁한 부분에 상당하는 금액은 세액공제

를

적용받을 수 없도록 규정하고 있으므로 OOO가 협력업체에

게

재위탁한 연구개발용역비에 대해서는 협력업체의 연구전담부서의 유

무에 관계없이 세액공제를 받을 수 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①

OOO가 협력업체와 함께 컨소시엄을 구성하여 공동

으로 연구용역을 수행하였으므로 협력업체에 배분한 대가도 연구개

발비 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부

② 협력업체가 수행한 용역이 재위탁에 해당한다 하더라도 연구전담부서를 보유한 협력업체가 수행한 연구개발용역은 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법 제10조

【연구 및 인력개발비에 대한 세액공

제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성

서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제

외

한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세

연

도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이

하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에

따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한

다) 또는 법인세에서 공제한다.

1.

중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도

의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대

통령령이 정하는 연구 및 인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나.

해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비 중 중소기업 등에

의

위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비가 해당

과

세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에

의

위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비의 연평균발

생

액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상

당하는 금액

(2)

조세특례제한법 시행령 제9조

【연구 및 인력개발비에 대한 세

액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라

함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용

을 말한다.

〔별표6〕

(3)

조세특례제한법 시행규칙 제7조

【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은

「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조

에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기

업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의

연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”

이

라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으

며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동

외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별

도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 「OOO증권 차세대 시스템 구축 용역」과 관련하

여 청구법인과 OOO간에 2007.7.23. 계약을 체결하여, 수탁자인

OOOOOOO가 일부 용역을 제공하였고, 나머지 용역은 OOOOO

OO

가 주식회사 OOO 등에게 재위탁하였다 하여 아래 <표>와 같이

재

위탁

한

연구개발용역비 OOO원에 대해서는 연구인력개발

비 세액공제를 부인하였다.

(OO : O)

(2) 처분청은 아래와 같은 자료를 제시하고 있다.

(가) OOO가 2010.2.22. 청구법인에게 통보한 ‘차세대 시스템 구축용역과 관련한 재하청 내역 관련의 건’의 공문(문서번호 2010-0324)

에 의하면, 아래<표>와 같이 ‘각 업체별 재하청 내역’이라고 기재되어

있

고, 첨부문서에서도 ‘OOO에서 재하청에 대한 각 업체별 용

역내역’이라고 명시된 사실이 나타난다.

<공문 내용>

<첨부문서 내용>

(나) 차세대 시스템 구축용역 관련 계약에 의하면 용역개발의 직접 당

사자는 청구법인과 OOO이며, 계약서에 기초한 금전거래도 청구법인이 용역대가 전부를 OOO에 지급하였다.

(다) OOO는 2008사업연도에 주식회사 OOO 외 36개 협력업체와, 2009사업연도에 주식회사 OOO 외 31개 협력업체와 용역수행에 따라는 도급계약서를 체결하였는 바, 도급계약서에 의하면 하청업체별로 용역이 구분 수행되었고, 용역 수행에 따른 결과물을 도급자인 OOO가 지정한 장소 및 기일가지 납품하도록 되어 있다.

(라) 법인세 정기조사시 청구법인의 대표이사 및 경리실무자는 용역

개

발 업무를 OOO에게 위탁하였고, 수탁법인은 위탁용역

일부

를 직접수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁하였다는 확인하였

다.

(3)

OOO가 협력업체에게 일부 용역을 재위탁한 것이

아

니라 함께 컨소시엄을 구성하여 공동

으로 연구용역을 수행하였다

는 청구주장(쟁점①)을 살펴보면,

OOO가 청구법인에게 보낸 공문에 “각 업체별 재하청내역”이라고 되어 있고, 첨부문서에 “OOO에서 재하청에 대한 각 업체별 용역내역”이라고 명시되어 있으며, OOO가 제3자 도급업체들과 체결한 도급계약서에 하청업체별로 용역이 구분되어 수행되었고 용역수행에 따른 결

과

물을 OOO가 지정한 장소·기일까지 납품하도록 하는

내

용이 기재된 것으로 보아 당해 용역은 OOO가 직접

수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁한 것으로 판단된다.

(4)

협력업체가 수행한 용역이 재위탁에 해당한다 하더라도 연구전담부

서를 보유한 협력업체가 수행한 연구개발용역은 세액공제 대상이라는 청구주장(쟁점②)을 살펴보면,

금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고

다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는

필

요성이 있다고 보이는 점,

조특법 제10조

등 관련규정에서 연구개

발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,

위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함

에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는

전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기

관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가

위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라

도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점,

1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된「조세감면규제법 시행

령」별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의

연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으

나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조),

전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있

는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만

다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발

활

동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의

연

구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673,

2012.3.12.)하였고,「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조

제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연

구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해

오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위

해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고

결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이

는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 쟁점재위탁비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)이라고 하겠으므로 OOO가 협력업체에게 재위탁한 용역 중 전담부서를 보유한 협력업체가 수행한 용역비용에 대해서는 세액공제 대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기

본

법」

제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같

이 결정한다.