조심2012서1277 (2012.08.13)

OOO세무서장이 2011.12.8. 청구법인에게 한 2006.1.1.～2006.12.31.사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 1. 처분청이 청구법인의 전산시스템개발과 관련된 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 금액에서 수탁법인이 재위탁한 연구 및 인력개발비 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 재조사하여 이를 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정하고 2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 2006. 1.1.～2006.12.31. 사업연도 법인세 신고 시 전산시스템개발과 관련한 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 OOO원을 신청하였으며, 2009년 OOO지방국세청장의 감면 사후관리시인 2009.11.13. 연구ㆍ인력개발비 지출액 중 소프트웨어 구입 성격의 비용과 관련된 감면세액을 감면배제하여 OOO원을 수정신고·납부하였다. 나. 처분청은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 중 수탁법인이 재위탁한 금액 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다) 에 대한 세액공제를 배제하여 2011.12.8. 청구법인에게 2006.1.1.～2006.12.31.사업연도 법인세 O O,OOO,OOO,OOO원 을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 세액공제대상은 수탁법인이 전담부서를 보유한 것으로 족하고, 재위탁여부와 관계없이 전액을 세액공제 대상으로 하는 것이 타당하다. (가) 처분청이 유권해석OOO 을 근거로 수탁법인이 직접 용역을 수행하지 않고 재위탁 한 것은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제의 대상이 아니라고 판단하였다. 「조세특례제한법」에서는 위탁상대방에 대한 조건만을 명시하였을 뿐 수탁법인의 용역수행에 대한 별도의 제한 규정이 없음에도 처분청은 수탁법인이 재위탁에 대해 세액공제대상이 아니라고 해석하여 세액공제를 부인한 것으로 법률에 근거하지 않은 위법한 처분이다. (나) 은행은 수탁법인과 계약에 따른 목적물의 달성여부만을 확인하는 것으로 족할 뿐 세액공제를 위해서 수탁법인의 업무를 제한하거나 재위탁 여부 등을 요청하는 것은 수탁법인과의 계약자유원칙을 해하는 것으로 불가능하며, 나아가 세액공제를 위해 수탁법인의 원가자료까지 확인해야 할 의무는 더더욱 없고 수탁법인 또한 제공할 의무는 없으 며, 세액공제 취지에도 반한다 할 것이다. (다) 2012년 개정 세법에 의하면 연구인력개발비 세액공제 대상에 수탁법인이 재위탁한 것을 인정하는 것으로 개정되었고, 개정이유가 ‘위탁받은 R&D 용역일부를 재위탁하는 것이 일반적인 현실임을 고려’한 것으로 되어 있으므로, 법 개정 취지상 개정 전 까지도 동일하게 해석하는 것이 합리적인 법 해설일 것이다. (2) 연구인력개발비 세액공제 취지상 최종 용역수행 법인을 기준으로 판단하는 것이 합리적이며 여러번 재위탁이 발생한 경우 최종 용역수행자를 파악하기가 어렵기 때문에 재수탁법인의 전담부서 보유 여부를 기준으로 공제대상을 판단하는 것이 합리적이라 판단된다. (3) 청구법인은 2003년 6월에 2001사업연도의 세액공제 경정청구를 접수하고 처분청의 사실조사를 거쳐서 환급을 받았으며, 2006사업연도의 연구인력개발비 세액공제도 2009년 정기 세무조사에서 검토하였고, 기획재정부의 유권해석이후인 2009년 11월 OOO지방국세청의 본건에 대한 사후관리와 관련된 조사에서도 정당한 것으로 종결되었기에 가산세 대상이 아니다. 나. 처분청 의견 (1) 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항에서 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있으며, 「조세특례제한법 시행령」 별표 6에서 국내외기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있고, 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 조세정책적으로 연구개발을 장려하기 위하여 특별히 지원하는 제도인 바, 이와 같이 납세자에게 혜택을 주는 규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 위탁개발용역을 수탁법인이 아닌 자체적으로 영리활동을 하는 독립기관인 제3자에게 재위탁 하였을 경우 그에 상당하는 금액은 세액공제를 받을 수 없고, 수백억원이 소요되는 대규모 전산시스템의 특성상 청구법인이 수탁법인의 전산시스템 개발과정을 지휘·통제하는 것이 일반적이며, 청구법인의 위치에서 수탁법인에게 재위탁에 대한 지출금액을 확인요청하면 파악할 수 있다고 보여 진다. (2) 세법규정은 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 위탁업체에서 직접 위탁용역을 수행하지 않고 제3자에 재위탁 하였을 경우에는 전담부서 보유 여부를 불문하고 세액공제를 받을 수 없다고 판단되며, 이와 관련한 기획재정부 및 국세청 유권해석도 일관되게 세액공제가 불가하다고 해석하고 있다. (3) 가산세는 「 법인세법 」 제66조에서 납세자의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에 경정하도록 규정하고 있으며, 「조세특례제한법」의 연구인력개발비 중 재위탁 관련비용을 엄격하게 해석하여야 함에도 임의로 확대 해석하여 세액공제를 신청하였고, 국세청 등에서 재위탁 부분에 대한 세액공제가 정당하다고 처리한 사실이 없으므로 청구법인이 납세의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁법인이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액을 연구 및 인력개발비 세액 공제대상에서 제외하여야 하는지 여부 및 재위탁법인이 전담부서를 보유하고 있는 경우 해당금액의 세액공제대상 여부 ② 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 것인지 여부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구 및 인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원 등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. (5) 국세기본법 제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. 제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 세액공제신청대상 중 재위탁여부 및 재수탁법인 전담부서보유 여부와 관련하여 “연구/인력개발비 재위탁내역 파악자료”를 제출하였는데, 재위탁금액은 OOO원, 전담부서를 보유한 법인의 재위탁금액은 OOO원으로 기재되었으며, 계약서 및 기타 입증서류의 제출은 없다. (2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 세액공제 대상을 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 동 별표6에서는 자체기술개발 뿐만 아니라 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등이 포함되는 것으로 규정하고 있다. (나) 처분청은 위와 같은 조세감면은 정책상 특혜를 주는 것이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하는바, 이를 문언대로 해석하여 전담부서 등이 있는 업체에게 위탁한 연구개발용역 중 수탁자가 용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 재위탁함에 따라 지급하는 금액은 쟁점세액공제를 적용받을 수 없다는 의견을 제시하고 있다. (다) 살피건대, 「조세특례제한법」 제10조 등의 관련법령에서 연구개발용역의 수탁자가 그 중 일부를 제3자에게 다시 재위탁할 경우 해당 비용을 세액공제의 적용대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 수탁자인 청구외 법인이 용역의 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 사실상 어려운 점, 같은 법 시행령 제8조 제2항 제7호에서 위탁받아 수행하는 연구활동은 별표6의 비용에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 본 건과 같이 수탁자가 용역의 일부를 제3자에게 재위탁한 경우 위탁자(청구법인)가 세액공제를 받을 수 없다면 위탁자 및 수탁자 모두 이미 지출한 비용에 대하여 관련 조세감면 규정을 적용받을 수 없어 불합리한 점, 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 정한 것은 당해 기관의 기술력 및 전문성 등을 담보하기 위한 취지인 것으로 보이므로 동 기관에서 연구개발용역을 수행한 경우에는 위탁 또는 재위탁 여부에 따라 차별하지 아니하는 것이 합리적인 점 등을 감안할 때, 재위탁한 연구개발비 중 별표6의 규정에서 정한 전담부서 등을 보유한 업체에게 지급한 비용은 세액공제의 적용대상으로 인정하는 것이 타당하다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 같은 뜻임). 다만, 이 건의 경우 쟁점비용과 관련하여 연구 및 인력개발비를 재위탁 받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 위탁비용이 확인되지 아니하므로 재위탁비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻임). (나) 또한, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 세법상의 신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이다. 이 건의 경우, 청구법인의 재위탁비인 쟁점비용에 대하여 세액공제를 적용하여 납부세액을 과소하게 신고한 경우로서 청구법인이 미달납부한 세액에 대하여 납부불성실가산세 를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.