조심 2015서3701 (2016.05.17)

OOO장이 ＜별지＞와 같이 청구법인에게 한 2009～2013사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분은 2009～2013사업연도에 진행기준에 의한 OOO 매출과 신고매출과의 차액 OOO원을 익금에서 제외하고, OOO현지법인에 대한 파견직원 인건비로 지급한 OOO을 손금산입하여 각 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000년 9월 설립되어 2004년 9월부터 「OOO 관리 및 연구에 관한 법률」(이하 “OOO법”이라 한다)에 따라 OOO보관업(일명 OOO은행)을 운영하고 있고,

OOO보관업은 산모가 임신기간 동안 태아의 성장에 필요한 모든 세포와 영양소를 공급하는 탯줄혈액(OOO)을 채취하여 소정의 검사와 줄기세포 분리 등의 과정을 거쳐 초저온(-196도)으로 냉동ㆍ보관하였다가 필요시 공급하는 것으로 보관기간은 산모에게서 OOO을 채취한 날로부터 통상 15년이며, 보관료는 15년 기준으로 OOO원이고, 계약시에 일시 수령하며, 청구법인의 귀책사유로 OOO이 파손되는 경우에 한하여 반환의무가 있다.

청구법인은 OOO 관리용역을 제공하면서 회계상으로는 진행기준에 의해 손익을 인식하였다가 법인세 신고시 세무조정을 통하여 기간경과에 따라 손익을 인식(약정기간 동안 균등하게 인식)하였다.

한편, 청구법인의 광학사업부는 카메라렌즈를 생산하고 있는데, 국내의 지속적인 인건비 상승과 원가절감 대응 목적 등으로 2006년 3월 OOO OOO에 OOO% 현지법인(OOO로, 이하 “OOO현지법인”이라 한다)을 설립하였고, OOO현지법인은 국내 청구법인 본사의 주문에 의하여 제품을 생산하여 본사에 납품하고 일부는 OOO에 내수 판매를 하고 있다.

청구법인은 OOO현지법인의 근로자들에 대한 기술지도와 생산.자재등의 관리 및 재무 등 모든 경영 전반에 대한 관리를 위하여 2～3명의 전문기술직원을 OOO현지법인에 파견하였고, 파견직원에 대한 급여는 업무수행 정도를 감안하여 청구법인이 3분의 2, OOO현지법인이 3분의 1을 부담하고 있으며, 2009년도부터는 청구법인 파견직원들의 기술지도와 품질관리에 따른 매출증가에 기여한 대가로 OOO현지법인이 OOO 내에 판매하는 금액의 OOO를 로얄티로 수취하고 있다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 아래와 같은 경정사항과 다른 조사적출사항을 합하여 과세하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.3.10. 등 일자에 ＜별지＞와 같이 2009～2013사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정.고지하였다.

(1) 청구법인의 OOO 매출은 진행기준에 따라 인식하여야 한다고 보아 2009～2013사업연도에 대해 진행기준에 의한 매출과 신고매출(보관기간 안분방식)과의 차액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 하고, 세부내역은 후술하는 ＜표2＞ 참조)을 과소신고금액으로 보아 익금에 산입하였다.

(2) 청구법인이 OOO현지법인에 대한 파견직원 인건비로 지급한 OOO을 업무무관경비로 보아 손금불산입하였다가,

청구법인이 2015.2.3. 제기한 과세전적부심사청구에서 파견직원에 대한 인건비는 손금산입함이 타당하나, 파견직원 중 법인장은 단순히 현지법인을 위한 업무에 종사한 것으로 청구법인의 수익과 직접 관련성이 없고 청구법인의 업무를 수행하였다는 입증도 부족하다는 이유 등으로 손금불산입함이 타당한 것으로 일부 불채택됨에 따라 법인장에 대한 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 하고, 세부내역은 후술하는 ＜표9＞ 참조)을 손금불산입하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.8. 및 2015.8.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO보관료 수입금액은 국세청 예규(서면2팀-368, 2004.3.4., 이하 “쟁점예규”라 한다)와 같이 임대료 수익인식시기를 적용하여 보관약정기간에 균등하게 안분하여 인식하는 것이 타당하다.

(가) 장기간 OOO 보관용역을 제공하고 수취하는 보관료는 건설 등의 수익인식시기(

「법인세법 시행령」 제69조

제1항)보다는 임대료 등 기타 손익의 수익인식시기(

「법인세법 시행령」 제71조

)를 적용하는 것이 타당하고, 이것이 국세청의 일관된 해석으로 일반에 받아들여진 관행이다.

(나) OOO 보관업은 국세청 예규(서면1팀-88, 2005.1.20.)와 같이 ‘창고 및 보관업’의 일종이고, 보관 전단계의 제반활동은 별개의 용역제공이 아닌 OOO법에서 정한 보관용역을 충족하기 위해 필수적으로 수행하여야 하는 부수되는 용역이다.

(다) 작업진행률 방식은 건설도급공사, 아파트 예약매출 등에 적용하는 것으로 이 건 보관용역에 적용할 수는 없다.

(라) OOO 보관료 수입에 대한 처리방법을 규정한 것은 쟁점예규가 유일하고, 쟁점예규대로 처리하는 것이 세무회계는 물론 기업회계의 관행으로 보아야 한다.

(2) 설령, 처분청 의견이 일응 타당하다고 보는 경우에도 청구법인은 쟁점예규 및 기 결정내용(2004～2007사업연도에 신고.납부한 법인세액을 쟁점예규에 따라 감액하여 줄 것을 경정청구하였고, 과세관청은 동 경정청구가 타당한 것으로 받아들인 것으로, 이하 “경정청구 결정”이라 한다)을 신뢰하고 납세의무를 이행한 것으로 예규의 변경 없이 소급하여 과세할 수는 없으므로 처분청이 쟁점예규 및 경정청구 결정과 달리 과세하고자 하는 경우 쟁점예규 등을 변경 공표한 이후에 납세의무가 발생하는 분부터 과세하여야 한다.

(가) 국세청에서 공표하여 납세자는 물론 소속 공무원에게까지 받아들여진 예규와 같은 사례의 경우에는 예규의 변경 없이 신의성실원칙에 반하여 소급과세할 수는 없고, 예규를 변경하더라도 변경일 이후 납세의무 도래분부터 적용하여야 한다.

(나) 또한, 동일한 사례에 대하여 과세관청이 조사자 개인의 해석에 따라 과세방법을 달리하는 것은 신의성실원칙에 반하는 것으로서 납세자의 혼란을 가중시키고 법적 안정성을 저해하는 것이다.

(3) 해외파견 법인장은 국내에서 다년간 생산 및 기술에 관한 업무에 종사한 자로서 청구법인을 대신하여 현지법인의 기술지도 및 관리업무를 총괄하였는바, 쟁점인건비는 업무와 직접 관련이 있다.

(가) 내국법인이 해외에 설립한 현지법인에 사용인을 파견하여 현지법인의 생산과 경영 등을 지원하게 하면서 인건비를 부담하는 경우로서 당해 사용인이 사실상 내국법인 업무에 종사하는 경우에는 당해 비용을 손금에 산입할 수 있다.

(나) 청구법인은 현지법인과 체결한 기술원조계약에 따라 기술자인 법인장과 직원을 파견하고 그 대가로 로얄티를 받았는 바 청구법인이 일부 부담한 파견직원 인건비는 로열티 수익에 직접 대응하는 비용으로 손금산입 대상이다.

(다) 현지법인 법인장은 청구법인에게 주간업무보고를 비롯해 주기적으로 OOO현지법인에 대한 재고관리, 생산관리 등 전반적인 사항을 보고하는 등 청구법인의 생산 및 매출 계획에 차질이 발생하지 않도록 업무를 수행하고 있으며 파견된 법인장 인건비를 청구법인에서 전혀 부담하지 않고 OOO현지법인이 전액 부담한다면 청구법인이 이를 납품단가에 가산하여 현지법인에서 보전하여 주어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) OOO 관리업무는 기타 보건업으로서 장기용역의 제공에 해당하여

「법인세법 시행령」 제69조

제1항에 따라 진행기준에 의해 수익을 인식하여야 한다.

(가) 청구법인은 타인이 맡긴 OOO을 단순히 보관만 하는 것이 아니라 OOO의 채취, OOO 제제의 제조, 보관 및 공급 등 전반적인 OOO 관리용역을 제공하고 있다.

(나) OOO 관리용역은 한국표준산업분류에서 ‘그외 기타 보건업’으로 분류된다. 청구법인이 제시한 국세청 예규(서면2팀-88, 2005.1.20.)는 제9차 한국표준산업분류 고시 전에 생산된 것이다.

(다) OOO 관리용역은 1년 이상 장기용역 제공에 해당하므로 기업회계기준(기업회계기준서 제1018호) 및 「법인세법」상 용역거래에 있어 수익인식의 일반원칙인 진행기준에 따라 수익을 인식하여야 한다.

(라) 비용투입이 공정단계별로 일정하지 아니하므로 기간의 경과가 아니라 진행기준에 의하여 수익을 인식함이 수익.비용 대응 원칙에 부합한다.

(2) 쟁점예규는 일반적으로 받아들여진 세법의 해석이라 보기 어려우므로 신의성실원칙이나 조세관행 존중원칙에 위배되지 아니한다.

(가) 동종업종을 영위하는 주요 OOO은행은 기업회계기준 및 「법인세법」상 용역제공의 일반원칙인 진행기준에 따라 회계처리 및 세무신고하고 있다.

(나) 조사자 개인의 해석이 아니라

「법인세법 시행령」 제69조

에 근거한 처분이고 2009사업연도에 대해 과세방법을 달리하여 과세한 사실도 없다.

(3) 청구법인이 부담한 해외현지법인 파견직원 인건비 중 쟁점인건비는 업무무관 경비에 해당한다.

(가) OOO현지법인의 전체매출에서 청구법인의 매출이 차지하는 비중은 OOO% 이하로 대부분 본사 매출이라고 할 수 없다.

(나) 주간업무보고, 재고관리 및 생산관리 등 전반적인 사항에 대한 보고는 자회사 입장에서 모법인에 대해 당연히 수행해야 할 고유의 업무이고, 보고내용에 기술된 업무는 모두 OOO현지법인 업무에 불과하다.

(다) 파견법인장의 급여는 로열티수입에 직접 대응되는 비용으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적 청구) OOO 보관료의 익금산입 시기

② (예비적 청구) 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

③ OOO현지법인에 근무하는 파견직원 중 법인장에게 지급한 인건비가 손금불산입 대상인지 여부

나. 관련 법령

＜쟁점① 관련＞

(1)

법인세법 제40조

[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

제43조[기업회계기준과 관행의 적용] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

(2)

법인세법 시행령 제69조

[용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.(단서 생략)

제71조[임대료등 기타 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속 사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 이에 대응하는 비용을 당해 사업연도의 수익과 손비로 계상한 경우 및 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.

1. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일

2. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여지지 아니한 경우에는 그 지급을 받은 날(이하생략)

(3) OOO 관리 및 연구에 관한 법률 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

3. “OOO관리업무”란 OOO의 기증.위탁을 받고 채취.검사 및 등록 등을 하거나 OOO제제를 제조.보관.품질관리 및 공급하는 업무를 말한다.

7. “OOO은행”이란 OOO기증으로 기증된 OOO의 OOO관리업무를 하는 OOO은행 또는 OOO위탁으로 위탁된 OOO의 OOO관리업무를 하는 OOO은행으로서 제11조 제1항에 따라 허가받은 기관을 말한다.

제10조[OOO 및 OOO제제 검사] ① OOO은행은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 OOO 및 OOO제제의 적격 여부를 검사하여야 한다.

④ OOO은행은 제1항에 따른 검사 결과 OOO 및 OOO제제가 부적격으로 확인된 경우 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 이를 폐기하여야 한다.

(4)

조세특례제한법 제2조

[정의] ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는

「통계법」 제22조

에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다.(단서 생략)

＜쟁점② 관련＞

(1)

국세기본법 제15조

[신의.성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조[세법해석의 기준 및 소급과세금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

＜쟁점③ 관련＞

(1)

법인세법 제19조

[손금의 범위] ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제27조[업무와 관련없는 비용의 손금불산입] 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

(2)

법인세법 시행령 제50조

[업무와 관련이 없는 지출] 법 제27조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 1에 규정하는 것을 말한다.

1. 당해 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원 및 사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소.건축물.물건 등의 유지비.관리비.사용료와 이에 관련되는 지출금

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인의 OOO보관료 회계처리 및 법인세 신고방법은 다음과 같다.

1) 2004～2007사업연도의 경우, 2004사업연도는 보관료 총액을 계약연도에 재무제표상 수익으로 계상하였고, 2005～2007사업연도는 계약일이 속하는 사업연도에 약 OOO%를 수익으로 계상하고 나머지 OOO%는 보관 약정기간 동안 안분하여 수익계상하는 방법(세무조정 없음)으로 법인세를 신고.납부하였으나,

2009년 1월 “약정기간 동안 균등안분하여 익금산입한다.”라는 쟁점예규가 있는 것을 알고, 2004～2007사업연도에 신고.납부한 법인세액을 쟁점예규에 따라 감액하여 줄 것을 경정청구하였고, 과세관청은 이를 타당한 것으로 받아들여 감액경정하였다.

2) 2008사업연도 이후에는, 결산내용이 2005～2007사업연도와 같으나, 법인세 신고시 수익금액은 쟁점예규 및 경정청구 결정의 내용에 따라 보관료 전액을 약정기간 동안 안분하는 방법으로 세무조정을 하여 수익으로 계상하였다(아래 ＜표1＞ 참조).

＜표1＞ 청구법인의 OOO보관료 회계처리 및 법인세 신고방법

(나) 쟁점금액의 세부내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점금액(OOO매출 익금산입액)

(다) 청구법인이 OOO관리용역을 진행기준에 의해 수익을 인식하는 것은 부당하다고 하면서 제시한 쟁점예규 및 OOO 보관업 관련 예규 등의 내용은 아래와 같다.

1) 쟁점예규(국세청 서면2팀-368, 2004.3.4.)의 주요 내용은 “법인이 탯줄혈액을 15년 간 보관해 주는 대가로 보관료를 일시에 수령하고 보관의뢰자가 계약을 중도해지 하더라도 보관료를 반환하지 아니하며 보관기간에 대한 별도의 보관·관리비를 지급받지 않기로 한 경우 당해 보관료는 약정한 보관기간동안 균등하게 안분한 금액을 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것이나, 계약의 중도해지에 따른 잔여 보관료는 중도해지일이 속하는 사업연도의 소득금액상 익금에 산입하는 것이다.”라고 되어 있다.

2) OOO 보관업 관련 예규(서면1팀-88, 2005.1.20.)의 주요 내용은 “「조세특례제한법」의 업종분류는 당해 법률에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는

「통계법」제17조

의 규정에 의해 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하는 것으로, 계약 등에 의하여 타인 또는 타사업체의 OOO을 일정기간동안 냉동·보관해 주고 대가를 받는 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우의 한국표준산업분류상 업종은 창고업(창고업 중 냉장 및 냉동창고업)에 해당하고, 창고업은

「조세특례제한법 시행령」 제5조

제8항의 규정에 의한 ‘대통령령이 정하는 물류산업’에 해당하는 것이다.”라고 되어 있다.

(라) 청구법인은 OOO 보관료 수입금액을 쟁점예규와 경정청구 결정 내용에 따라 보관의무 약정기간 동안 균등하게 안분하여 인식한 것이 타당하다고 하면서 아래와 같은 논거 등을 제시하였다.

1) 보관기간 등이 수년에 걸치는 창고보관료ㆍ임대료 등을 일시에 받은 경우 약정된 기간 동안 안분하여 익금으로 인식하는 것이 국세청의 일관된 해석이자 세무회계의 관행이다.

2) OOO 보관업은 ‘창고 및 보관업’의 일종이고, 보관 전(前)단계의 제반 활동은 별개의 용역제공이 아닌 OOO법에서 정한 보관요건을 충족하기 위해 필수적으로 수행하여야 하는 부수되는 용역이다.

3) 작업진행률 방식은 건설도급공사, 아파트예약매출 등에 적용하는 것으로 이 건 보관용역에 적용할 수는 없다. 따라서 OOO보관료 수입은 기간경과에 따라 인식하는 것, 즉 보관기간 동안에 안분하는 것이 타당하다(국세청 법인 46012-3543, 1993.11.23. 외 다수).

4) 청구법인은 OOO 사업 초기에 재무제표를 가급적 양호하게 표시하면서도 과세소득을 보수적으로 계산하는 차원에서 수익을 빨리 인식하는 방법을 택했을 뿐, 기업회계기준 및 관련 예규 등 어디에도 OOO 보관료에 대한 처리 방법이 규정된 바가 없다. 따라서, 장기간 보관하는 OOO 보관료 수입에 대한 처리방법을 규정한 것은 국세청에서 발행하여 공표한 쟁점예규(서면2팀-368, 2004.3.4.)가 유일하고, 동 예규대로 처리하는 것이 세무회계는 물론 기업회계의 관행으로 보아야 할 것이다.

(마) 처분청이 OOO관리용역을 진행기준에 의하여 수익을 인식하여야 한다고 하면서 제시한 논거 등은 아래와 같다.

1) 청구법인은 OOO법에 따라 허가받은 OOO은행으로서 OOO을 채취하여 소정의 검사과정 및 줄기세포의 분리, 가공과정 등을 거쳐 OOO 제제(이식 등에 사용하기 위하여 채취한 OOO에서 유효성분을 분리하여 제조한 조혈모세포와 유핵세포 및 혈장)를 제조하여 일정기간 냉동보관한 후 공급하고 있어 단순히 OOO의 보관업무만 하는 것이 아니라 OOO법에 따른 OOO관리용역을 전반적으로 제공하고 있다.

2) 2000.1.7. 통계청장이 고시한 한국표준산업분류(제8차)에서는 OOO산업이 활성화 되어 있지 않아 OOO은행에 대한 업종이 분류되지 않았으나, 2007.12.28. 통계청장이 고시한 한국표준산업분류(제9차)에서는 OOO보관, 조혈모세포은행 등을 ‘그외 기타 보건업’(분류코드 86909)으로 명백히 분류하고 있다. 따라서, OOO은행이 영위하는 OOO관리용역은 한국표준산업분류에 따라 ‘그외 기타 보건업’에 해당하며 창고업에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3) 「법인세법」은 손익의 귀속시기를 자산의 판매손익(

「법인세법 시행령」 제68조

), 용역제공(

「법인세법 시행령」 제69조

), 이자소득(

「법인세법 시행령」 제70조

), 임대료 등(

「법인세법 시행령」 제71조

)의 4가지 유형으로 분류하며 1년 이상 장기용역의 제공으로 인한 익금과 손금은

「법인세법 시행령」 제69조

에서 진행기준에 따라 인식하도록 규정하고 있다.

청구법인은 OOO법에 규정된 OOO 관리업무를 하고 있고, 통상적으로 15년 이상 장기간 관리용역을 제공하고 있다. 따라서, 1년이상 장기용역의 제공에 해당하는 청구법인의 OOO 관리용역은 기업회계기준 및 「법인세법」에 명백히 규정된 바와 같이 진행기준에 따라 수익을 인식하여야 한다.

4) 일반적으로 자산의 임대는 추가적인 비용이 발생하지 아니하거나 시간의 흐름에 따라 발생하는 비용이 일정하기 때문에 그에 대응하는 수익도 기간의 경과에 따라 인식하도록 규정하고 있으나,

OOO 관리용역의 경우 보관에 앞선 OOO 채취 및 운송, 혈액검사, OOO제제의 제조공정단계에서 발생하는 비용이 전체 발생비용의 OOO% 이상을 차지하고 있고 보관단계에서는 매년 2% 미만의 비용만이 발생하고 있어 각 공정단계별로 발생하는 비용의 유형과 금액이 상이하기 때문에 단순히 기간의 경과에 따라 수익을 인식하면 비용과 대응되지 아니하여 괴리가 발생하게 되므로 진행기준에 따라 수익을 인식함이 수익.비용 대응의 원칙에도 부합한다.

＜표3＞ 공정단계별 발생원가

5) 실제 청구법인의 회계상 손익과 세무상 손익을 비교하면, 2009～2013사업연도 OOO 계약건에 대해 OOO원의 대금을 수령하고 회계상으로는 진행기준에 의해 OOO원의 수익과 OOO원의 비용을 인식하여 OOO원의 이익이 실현되어 수익과 비용이 적절히 대응된다 볼 수 있으나,

법인세 신고시에는 수익만 기간의 경과에 따라 안분하여 OOO원의 익금과 OOO원의 손금을 계상하여 OOO원의 결손이 발생되어 수익과 비용의 괴리가 발생하고 있으며, 결과적으로 차액 OOO원 상당의 수익이 이연되어 과세소득이 감소된 것으로 나타난다.

따라서 OOO 관리용역에 대한 수익과 비용을 회계와 동일하게 진행기준에 의해 인식하는 경우 각 사업연도의 손익이 왜곡됨이 없게 되어 수익.비용 대응 측면에서도 타당하다.

6) OOO 관리용역은 ‘임대’에 해당하지 않아 「법인세법」상 임대료 수익인식 규정을 적용할 수 없다.

「법인세법 시행령」 제71조

제1항은 ‘자산의 임대’로 인한 손익의 귀속시기에 대한 규정이고, 「민법」상 ‘임대’는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용.수익하게 하고 그 대가를 지급받는 것으로서, 산모로부터 OOO을 채취하여 일정기간 보관하는 OOO 관리용역은 청구법인이 산모 등에게 사용.수익하게 하는 임대 목적물 자체가 없어 이러한 임대의 개념에 부합하지 아니한다.

7)

「법인세법 시행령」 제69조

‘용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도’는 건설공사나 아파트예약매출에 국한되지 않고 일반적인 용역제공에도 적용되는 수익인식 규정이다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인의 OOO 관리업무는 기타 보건업으로서 장기용역의 제공에 해당하여

「법인세법 시행령」 제69조

제1항에 규정된 용역제공 수익인식 기준인 진행기준에 의해 수익을 인식함이 타당하다고 보이는 점, 수익.비용 대응 원칙의 관점에서 볼 때, OOO 보관료의 경우 진행기준이 약정기간 동안 균등하게 인식하는 방법보다 합리적으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점예규에 따라 경정청구를 하였고, 국세청은 경정청구가 타당하다고 결정해 준 바 있음에도, 예규의 변경없이 방법을 달리하여 과세하는 것은 소급과세금지 규정에 반하는 처분이라고 주장한다.

1) 청구법인은 당초 2005～2007사업연도분에 대하여는 OOO 보관료 수익인식에 대한 기업회계기준(해석포함)이 없는 상태에서 쟁점예규가 있다는 사실을 모르고 사업 초기에 제무제표를 가급적 양호하게 표시하면서도 과세소득을 보수적으로 계산하는 차원에서 수익을 빨리 인식한 후 별도의 세무조정 없이 법인세를 신고하였다.

그러나, 쟁점예규가 있다는 사실을 알게 된 후 경정청구를 하였고, 과세관청도 경정청구가 타당한 것으로 결정하여 줌으로써 그 결정내용을 믿고 현재까지 계속하여 법인세 납세의무를 이행하고 있다.

2) 국세청에서 공표하여 납세자는 물론 소속 공무원에게까지 받아들여진 쟁점예규의 경우 예규의 변경없이 과세하는 것은 신의성실원칙에 반하고 소급과세에 해당하며, 예규를 변경하더라도 변경일 이후 납세의무 도래분부터 적용하여야 한다(부가가치세제과-236, 2014.3.17., 기획재정부 재산-739, 2014.11.14.).

3) 청구법인의 과세전적부심사청구에서 OOO보관료의 귀속시기와 관련하여서는 청구법인의 신고가 잘못되었다고 판단하면서도 귀책사유가 없다고 보아 가산세는 부과하지 아니하는 것으로 결정하였다.

(나) 처분청은 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배되지 아니한다고 하면서 아래와 같은 증빙 및 논거 등을 제시하였다.

1) 2012.2.9. 현재 보건복지부로부터 허가받은 OOO은행은 17개로, 기증전문업체와 신규보관을 하지 않는 업체를 제외한 가족OOO은행은 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인을 포함한 7개인데, 이 중 OOO㈜ 등 상위 4개업체가 OOO은행 전체시장의 대부분을 차지하고 있고, 이들의 매출현황은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 가족OOO은행 현황

＜표5＞ 주요 OOO은행 매출현황

2) 청구법인을 제외한 주요 OOO은행의 감사보고서 및 법인세신고서에 의하면, 아래 ＜표6＞과 같이 이들은 OOO매출을 기업회계기준에 따라 진행기준에 의해 회계상 수익을 인식하고 별도의 세무조정 없이 세무상으로도 진행기준에 의해 과세소득을 신고하고 있다. 즉, 동일업종을 영위하는 다른 일반업체는 쟁점예규를 신뢰하지 아니하고 기업회계기준 및 「법인세법」상 용역제공의 일반원칙인 진행기준에 따라 회계처리 및 세무신고를 하고 있다.

＜표6＞ 업체별 OOO매출 신고현황

3) 대법원과 조세심판원은 신의성실원칙이나 조세관행존중의 원칙에 대해 합법성의 원칙을 희생하여서도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 하며, 세법의 해석 또는 관행에 있어 이러한 원칙이 적용되기 위하여는 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그 신뢰보호의 가치가 있을 것을 요하고 있다.

그런데, 동종업종을 영위하는 다른 OOO은행의 경우 쟁점예규가 있음에도 불구하고 청구법인과 달리

「법인세법 시행령」 제69조

에 규정된 용역제공의 일반원칙인 진행기준에 따라 세무상 수익을 인식하고 있으므로, 쟁점예규는 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여졌다고 보기 어렵고, 과세관청에서도 이들이 쟁점예규와 달리 진행기준에 의해 세무신고를 한 것에 대하여 경정한 사실이 없어 국세행정에 있어 관행이 성립되었다고도 할 수 없다.

따라서, 쟁점예규는 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이라 할 수 없으므로 청구법인이 쟁점예규를 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정되기 어렵고, 달리 합법성의 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 특별한 사정이 있다고도 할 수 없으므로

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에 따라 진행기준에 의하여 과세한 처분은 신의성실원칙이나 조세관행존중의 원칙에 위배되지 아니한다.

4) 청구법인은 동일한 사례에 대해 조사청이 조사자 개인의 해석에 따라 과세방법을 달리하는 것은 신의성실원칙에 반한다고 주장하나,

「법인세법 시행령」 제69조

에서는 용역제공의 수익인식시기를 진행기준에 의함을 명시하고 있고, 이를 달리 해석할 여지가 없으므로 이를 근거로 한 처분은 법적근거가 명백한 처분으로 조사자 개인의 해석으로 볼 수 없다. 또한, 2009사업연도에 대해 조사청의 조사이전에 과세관청이 청구법인의 OOO매출에 대하여 이와 달리 경정한 사실도 없으며, 설령 그렇다 하더라도 그러한 사실만으로 신의칙에 반한다고 할 수 없다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인이 쟁점예규에 따라 경정청구를 하였고 과세관청도 청구법인의 경정청구가 타당한 것으로 인정하여 경정청구 결정을 하였는바, 이는 신의성실의 원칙을 적용함에 있어서 청구법인이 직접 쟁점예규를 질의하여 회신받은 것은 아니라 할지라도, 당해 기업이 예규를 질의하여 회신을 받는 것과 사실상 동일한 효과가 있다고 보이는 점, 청구법인이 제시한 쟁점예규는 사실관계가 이 건과 거의 같고, 상반되는 예규가 없는 상태에서 예규를 신뢰하고 이에 따라 세무처리를 하는 것이 당연하다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장이 타당하다고 판단된다.

(3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점인건비의 내역은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 쟁점인건비 내역

(나) 청구법인의 연도별 로열티 수취액 및 파견직원 급여 현황은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 연도별 로열티 수취액 및 파견직원 급여 현황

(다) 청구법인은 아래와 같은 논거 등을 제시하면서 법인장은 국내에서 다년간 생산 및 기술에 관한 업무에 종사한 자로서 청구법인을 대신하여 현지법인의 기술지도 및 관리업무를 총괄하였는바, 법인장이 현지법인에서 수행한 업무는 청구법인의 수익창출에 직접 기여한 것으로 업무와 직접 관련이 있다고 주장한다.

1) 청구법인은 국내 인건비 부담 가중 등으로 생산성이 악화됨으로써 OOO OOO에 자본금 OOO%를 투자한 OOO현지법인을 설립한 후 국내에서 근무하던 직원 2～3인(법인장, 생산.기술담당, 자재관리담당)을 파견하고 파견수당에 상당하는 급여를 지급하였다. 파견직원 3인이 받는 급여 중 청구법인의 부담분은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 청구법인의 파견직원 급여의 부담비율

2) 청구법인은 OOO현지법인과 체결한 기술원조계약에 따라 기술자인 법인장과 직원을 파견하고 그 대가로 로열티를 받았는바, 청구법인이 일부 부담한 파견직원 인건비는 로열티 수익에 직접 대응하는 비용으로 손금산입 대상에 법인장을 제외할 이유가 없다.

가) 2009.1.1. 청구법인은 OOO현지법인과 ‘기술원조 계약’을 체결하였는데, 주요 내용은 아래 ＜표10＞과 같다.

＜표10＞ 청구법인과 OOO현지법인간 기술원조계약

나) 청구법인은 위 계약에 따라 전문기술자인 법인장을 포함한 직원 2～3명을 파견하였고, 이에 대한 대가로 로열티를 수령하였는데, 로열티 수령액 및 파견직원에게 지급한 급여는 아래 ＜표11＞과 같다.

＜표11＞ 로열티 수입 및 파견직원 급여 지급액

다) OOO현지법인으로부터 받은 로열티 수익이 파견 직원에게 지급한 인건비보다 평균 OOO배 많은 이유는 OOO현지법인에 직원을 파견하여 기술지원을 하여 생산 및 판매가 가능함에 따른 것으로 파견직원 인건비는 로열티 수익을 창출하기 위하여 지출한 필수적인 비용임을 보여주고 있다.

3) 청구법인이 법인장을 통해 청구법인의 생산 및 매출 계획에 차질이 발생하지 않도록 OOO현지법인을 통제하고 있으며, 이러한 점은 법인장이 청구법인 직원의 자격으로 OOO현지법인에서 업무를 수행하고 있다는 것을 방증하고 있고, 현지법인 파견 법인장의 담당업무를 예시하면 아래 ＜표12＞와 같다.

＜표12＞ 현지법인 파견 법인장의 담당업무 예시

4) OOO현지법인에서 생산한 제품의 OOO는 청구법인이 납품받아 국내 거래처에 공급하고, 나머지 OOO은 OOO 내수로 판매하고 있어, OOO현지법인의 법인장이 수행한 업무는 사실상 청구법인 업무의 하나이다. 아래 ＜표13＞에서 보는 바와 같이 OOO현지법인의 매출액 중 대부분OOO이 청구법인에 대한 것으로, 현지법인은 사실상 청구법인의 해외생산기지 역할을 수행하고 있다.

＜표13＞ OOO현지법인 매출 구조

5) 과세전적부심사에서 해외현지법인 파견직원 인건비(법인장 제외)와 관련하여, 직원파견이 현지법인과 기술원조계약에 따라 이루어지고, 로열티를 받고 있으며 파견직원이 본사지시에 따라 기술지도 등의 업무를 담당하고 있는 것으로 보아 청구법인이 일부 부담한 것은 손금에 산입할 수 있다고 결정하였다.

(라) 처분청은 아래와 같은 증빙 및 논거 등을 제시하면서 파견직원 인건비 중 법인장의 급여가 업무무관 경비에 해당한다는 의견을 제시하였다.

1) OOO현지법인의 전체 매출에서 모법인 매출이 차지하는 비중은 아래 ＜표14＞와 같이 2013년을 제외하고는 OOO% 이하이고, 매출총이익율은 평균 OOO%로 청구법인 광학사업부분의 평균 OOO%에 2배 상회하고 있으며, OOO내 스마트폰 업체로까지 공급선을 확대하고 있는 등 자체 영업활동을 통해 본사 매출의존도가 OOO%를 하회하고 있고 모법인에게 배당을 실행한 이력이 없다.

＜표14＞ OOO현지법인 매출 및 이익율

2) 법인장은 현지법인에서 현지법인장의 직함을 가지고 현지법인의 소재지에서 근무하면서 현지법인의 운영을 위한 전반적인 업무를 수행하였으며 법인장이 청구법인에게 한 보고업무는 현지법인 직원들이 현지법인의 업무를 전반적으로 수행하면서 청구법인의 협조, 승인 등이 필요한 사항에 관해서 OOO현지법인의 업무의 일환으로 행해진 것으로 볼 수 있다.

3) 청구법인은 OOO현지법인과 체결한 위의 기술원조계약에 의해 법인장을 OOO에 파견하였다고 하나, 조사청이 확보한 OOO 이사(2009～2011년 파견 OOO공장 OOO)의 주재원 파견 기안문서를 보면 로열티계약이 아닌 해외주재원관리규정과 해외급여지급기준표에 의거 연봉 및 지원내역이 확정되었다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인과 OOO현지법인은 별개의 법인으로서 OOO현지법인에 파견된 직원이 청구법인의 업무에 사실상 종사하는 경우에는 해당 인건비를 손금에 산입할 수 있는 것인바,

이 건의 경우 OOO현지법인은 청구법인이 OOO% 투자하여 설립한 법인인 점, 과세전적부심사결정에서 OOO현지법인의 법인장에 대한 인건비를 제외한 다른 직원의 인건비가 업무관련 경비로 인정을 받았는바, 업무 성격 등으로 보아 쟁점인건비를 업무무관 경비로 볼 정도로 법인장의 업무가 다른 기술직원의 업무와 차별된 것으로 보기는 어려운 점, OOO현지법인 법인장의 역할 및 담당업무 수행내역 등을 볼 때, 청구법인의 업무 수행과 직접 관련된 지출이고 이와 연관성이 있는 로열티 수익이 창출된 것으로 보이는 점, 제시된 증빙 등을 볼 때 법인장을 포함한 파견직원들이 OOO현지법인의 자체 업무만을 수행하였다기 보다는 청구법인을 위해 업무를 수행하였다고 봄이 타당한 점 등에 비추어 쟁점인건비를 청구법인의 업무무관비용으로 보아 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호.제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 고지 내역