조심 2019중2682 (2020.04.29)

심판청구를 기각한다.

1.처분개요 가. 청구인은 2003.6.27. OOO소재 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 증여로 취득한 후, 쟁점주택은 2008년경 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분인가에 의해 입주자로 선정된 지위인 조합원입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 전환되었으며, 청구인은 2017.3.10. 쟁점입주권을 양도하고 관련 양도소득세를 신고하지 않았다. 나. 처분청은 ‘청구인이 쟁점입주권 이외에도 배우자 소유의 장기임대주택 3개호OOO를 소유하고 있으므로 「소득세법」에 따른 1세대 1주택 비과세의 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 2019.4.9. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 결정ㆍ고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.6.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 「소득세법」관련 규정에 따라 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하는바, 청구인의 경우 거주주택이 조합원입주권으로 변경된 차이만 있을 뿐이므로 쟁점입주권 양도는 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다. 「소득세법」제89조 제1항 제3호 및 「소득세법 시행령」제155조 제20항에 따라 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하도록 규정하고 있고, 「소득세법」제89조 제2항의 규정에 따르면 주택과 조합원입주권을 소유한 1세대가 주택을 양도하는 경우 원칙적으로 2주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하지 않는 등 조합원입주권을 사실상 주택과 동일하게 보고 있다는 것을 알 수 있다. (2) 청구인은 쟁점주택 양도 당시 쟁점임대주택들에 대해 임대사업자등록을 마친 상태였고 쟁점임대주택들은 주택 수에 산정하지 않도록 「소득세법 시행령」제155조 에 규정되어 있다. 청구인은 쟁점입주권 양도 당시 쟁점임대주택들 외에는 보유한 주택이 없었고, 거주주택과 쟁점임대주택들을 보유한 상태에서 거주주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것과 동일하게 쟁점입주권 양도에 대해서 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것이 타당하다. 장기임대주택 비과세 특례규정은 2011.10.14. 임대주택의 공급을 활성화하기 위해 신설된 규정으로, 당초 「소득세법 시행령」제155조 제20항 신설 시 거주주택의 양도 시에는 장기임대주택을 없는 것으로 보아 비과세 규정을 적용하도록 규정하면서 사실상 주택과 동일하게 취급되어야 할 조합원입주권에 대해서는 명문규정을 두지 않음으로서 형평성을 고려하지 못한 명백한 입법미비에 해당한다. 나. 처분청 의견 (1) 「소득세법 시행령」제155조 제23항에 따르면 “장기임대주택을 보유한 상태에서 1세대 1주택 거주주택 양도 시 주택 수 산정에서 제외적용을 받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서 및 장기임대주택관련 서류를 첨부하여 관할 세무서장에게 제출하여야 한다”고 명시되어 있는바, 청구인은 관련 신고서 및 서류를 처분청에 제출한 사실이 없으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다. (2) 조합원입주권을 주택으로 본다는 것은 1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어 주택 수에 포함한다는 것으로 입주권 자체를 주택으로 본다는 의미는 아니므로, 「소득세법 시행령」제155조 제20항에서 규정하는 “그 밖의 1주택”에 쟁점입주권이 해당되지 않는 것(조심 2016서218, 2016.4.6. 같은 뜻)이고, 조합원입주권에 대한 1세대 1주택 비과세 특례는 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 조합원입주권에 대하여만 적용되나 쟁점입주권은 도시환경정비사업에 따른 것이므로 1세대 1주택 비과세 특례가 적용될 여지가 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 조합원입주권과 장기임대주택을 소유한 청구인이 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2017.3.28. 법률 제14474호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다. 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 나. 지상권 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 (2) 소득세법 시행령(2017.7.26. 대통령령 제28211호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ???? 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다. 다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다. 3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우 (3) 소득세법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15969호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ???? 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원( 도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 제157조 제3항 제2호의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. (4) 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ???? 법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다. 1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우 2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우 (5) 소득세법 시행령(2012.6.29. 대통령령 제23887호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ???? 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대{「도시 및 주거환경정비법」제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다}가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다. 1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우 2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) (6) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다. 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) (7) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. (8) 조세특례제한법 제98조(미분양주택에 대한 과세특례) ① 거주자가 대통령령으로 정하는 미분양 국민주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 1995년 11월 1일부터 1997년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1997년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 5년 이상 보유·임대한 후에 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다. 1. 「소득세법」제92조 및 제93조에 따라 양도소득의 과세표준과 세액을 계산하여 양도소득세를 납부하는 방법. 이 경우 양도소득세의 세율은 같은 법 제104조 제1항에도 불구하고 100분의 20으로 한다. 2. 「소득세법」제14조 및 제15조에 따라 종합소득의 과세표준과 세액을 계산하여 종합소득세를 납부하는 방법. 이 경우 해당 주택을 양도함으로써 발생하는 소득금액의 계산에 관하여는 「소득세법」제19조 제2항을 준용한다. ② 제1항을 적용할 때 「소득세법」제89조 제1항 제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택의 판정, 과세특례 적용의 신청 등 미분양주택에 대한 과세특례에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (9) 조세특례제한법 시행령 제98조(미분양주택에 대한 과세특례) ② 1995년 11월 1일부터 1997년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1997년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 제1항 각 호의 미분양주택 외의 다른 주택을 소유하고 있는 거주자가 다른 주택을 양도할 경우에는 해당 미분양주택 외의 다른 주택만을 기준으로 하여 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점주택의 토지등기부등본에 의하면, 청구인은 2003.6.25. 쟁점주택 소재 토지를 증여로 취득하여 2017.2.4. OOO에게 매매를 원인으로 OOO양도한 것으로 확인된다. (나) OOO고시(제2007-17호, 2007.6.7.)에 의하면, 쟁점주택은 서울특별시 도시환경정비계획수립 및 정비구역으로 지정된 OOO주변 제4구역에 대한 도시환경 정비사업(2007.5.31. 사업시행인가)에 따라 쟁점입주권으로 전환된 것으로 확인된다. (다) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 2004.4.26. 쟁점주택에 전입하여 2008.7.31. 퇴거할 때까지 쟁점주택에 4년 3개월간 주소를 둔 것으로 확인된다. (라) 쟁점임대주택들의 등기부등본 및 청구인 배우자 OOO의 임대사업자 등록증에 의하면, OOO은 아래 ＜표1＞과 같이 2016.9.28. 쟁점임대주택들을 매입하여 2016.9.29. OOO구청에 임대사업자로 등록하고 2016.10.20. OOO세무서에 사업자등록을 마친 것으로 나타난다. ＜표1＞ 쟁점임대주택들 현황 (마) 1998.12.31. 이전에는 1세대 1주택 비과세규정을 갖춘 자가 조합원입주권을 양도하는 경우, 이를 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도’로 보아 과세하였으나, 대법원 1994.3.8. 선고 93누17324 판결 이후 「소득세법 시행령」(대통령령 제15969호, 1998.12.31.) 제155조 제16항을 신설하여 ‘1세대 1주택 비과세규정을 갖춘 자가 조합원입주권을 양도하는 경우로서 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우’에는 ‘1세대 1주택으로 보아 비과세 규정’을 적용하도록 개정한 바, 1998년 간추린 개정세법(재정경제부 발간)에는 그 개정이유에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 기재되어 있다. ＜표2＞ 조합원입주권 양도 시 비과세 관련 1998년 간추린 개정세법

(바) 이후 상기 조합원입주권에 대한 비과세 규정을 적용함에 있어, ‘조합원입주권을 양도할 당시 다른 주택(대체주택)을 보유하고 있는 경우’에는 과세대상으로 보았으나, 대법원 2005.3.11. 선고 2004두9456 판결에 따라 입주권 비과세규정을 신설한 바, 그 개정이유 등에 대하여 2005년 간추린 개정세법(기획재정부 발간)에는 아래 ＜표3＞과 같이 기재되어 있다. ＜표3＞ 입주권 비과세규정에 대한 2005년 간추린 개정세법

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 「소득세법」관련 규정에 따라 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하는바, 청구인의 경우 거주주택이 조합원입주권으로 변경된 차이만 있을 뿐이므로 쟁점입주권 양도에 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 조합원입주권은 「소득세법」제94조 제1항 2호 가목에서 토지 및 건물과는 별개로 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’를 따로 규정하고 있고, 그에 대한 비과세 규정 역시 같은 법 제89조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 ‘주택에 대한 1세대 1주택 비과세’와 달리 같은 법 제89조 제1항 제4호에서 그 요건 등을 규정하고 있어 1세대 1주택 비과세의 적용에 있어서는 주택과 조합원입주권을 동일하게 보기 어려운 점, 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용한다는 같은 법 시행령 제155조 제20항은 ‘주택의 1세대 1주택 비과세’와 관련한 특례규정으로, 쟁점입주권의 비과세 특례규정이 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어(조심 2019서465, 2019.10.11. 합동회의 결정, 같은 뜻임) 쟁점입주권을 주택과 동일하게 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.