조심2009부1797 (2010.05.04)

OO세무서장이 2009.1.7. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년 제2기분 224,566,290원, 2009.3.4. 한 부가가치세 2004년 제1기분 517,997,000원 및 2004년 제2기분 3,112,540원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1972.10.7. 설립되었고, 2004년까지 감자 및 고구마를 매입하여 전분을 제조하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 영위하면서 쟁점사업이 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하는 것으로 보아 세금계산서 대신 계산서를 교부하고 부가가치세 신고를 하지 아니하였다. 나. 처분청은「식품위생법 시행령」(1994.12.31. 대통령령 제14495호로 개정된 것으로, 이하 구「식품위생법 시행령」이라 한다) 제7조 제1호가 개정·시행된 이후부터 쟁점사업은 부가가치세가 과세되는 사업에 해당한다고 보아 부과제척기간 이내인 2003년 제2기부터 2004년 제2기까지의 부가가치세 과세기간중 청구법인이 판매한 전분 공급분 각각 1,219,673천원, 3,039,353천원 및 18,874천원(공급가액으로서 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 부가가치세 과세표준으로 하고, 신고불성실가산세 등을 적용하 여 청구법인에게 2009.1.7. 부가가치세 2003년 제2기분 224,566,290원, 2009.3.4. 2004년 제1기분 517,997,000원 및 2004년 제2기분 3,112,540원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점사업은 구「식품위생법 시행령」상 제분업의 허가를 득하는 사업이 아니므로 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호에 따르더라도 쟁점사업에 대한 과세·면세사업의 범위에는 변함이 없고, 청구법인은 1987.3.17. 쟁점사업이 면세사업에 해당한다는 국세청장의 유권해석에 따라 쟁점사업을 면세사업에 해당하는 것으로 하여 신고·납부하였는 바, 2009.2.2. 쟁점사업이 면세사업에 해당하지 아니한다는 국세청장의 유권해석은 종전의 유권해석을 변경 한 것으로서 유권해석을 변경한 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하여야 함에도 유권해석 이전에 납세의무가 성립한 2003년 및 2004년 공급분에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은「국세기본법」상 신의성실의 원칙 및 소급과세의 금지원칙을 위반한 것이므로 취소되어야 한다. (2) 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호의 시행으로 인하여 쟁점사업이 과세사업에 해당한다고 하더라도, 구「식품위생법 시행령」의 개정내용이 추상적이고 복잡하여 쟁점사업이 면세사업에서 과세사업으로 변경되었다는 사실을 납세자가 인지하기 어려웠으므로 쟁점사업을 면세사업으로 신고한 정당한 사유가 있는 것으로 보아 신고불성실가산세는 감면하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점사업은 1994.12.31. 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호가 개정·시행되기 전에는 식품제조·가공업에서 제외되어 부가가치세 면세사업에 해당하였으나 동 규정이 개정된 이후에는 식품제조·가공업에 해당하여 부가가치세 과세사업으로 변경되었으므로 처분청이 쟁점사업을 과세사업에 해당하는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다. (2) 청구법인이 1987.3.17. 쟁점사업의 부가가치세 과세대상여부에 대하여 질의하여 유권해석을 받은 사실과 1993.12.24. 쟁점사업에 대하여 식품제조·가공업으로 신고하고 영업허가를 받은 사실을 감안하면 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호가 개정·시행된 사실을 인지하고 있었을 것이므로 쟁점사업을 면세사업으로 신고한 정당한 사유가 있다고 보기 어려워 신고불성실가산세를 감면하여야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) OOOOO가 영위하는 전분제조업이 면세사업에 해당한다는 국세청장의 유권해석에 따라 청구법인이 전분제조업을 면세로 신고한 경우 신의성실 원칙의 적용대상인지 여부 (주위적 청구) (2) 면세사업으로 신고한 정당한 사유가 존재하여 가산세 감면이 적용되는지 여부 (예비적 청구) 나. 관련법령 (1) 부가가치세법(1998.12.28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것) 제12조 (면세) ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 17. 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령(1993.12.31. 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것) 제38조 (정부업무대행단체의 범위) 법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체"라 함은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다. 3. 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회. 다만, 식품가공사업부분은 제외한다. (3) 부가가치세법 시행령(1993.12.31. 대통령령 제14081호로 개정된 것) 제38조 (정부업무대행단체의 범위) ① 법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체"라 함은 다음 각호의 것을 말한다. 5. 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회. 다만, 식품가공사업부분은 제외한다. (4) 부가가치세법 시행규칙(1993.12.31. 재무부령 제1957호로 개정된 것) 제11조의5 (정부업무대행단체의 면세사업의 범위) 영 제38조 제2항에 서 "재무부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 5에 규정된 사업을 말한다. <별표 5> 정부업무대행단체의 면세사업의 범위(제11조의5 관련) (단체명) 5. 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회 (면세사업의 범위) 「농업협동조합법」제58조 ㆍ제125조 및 제153조에 규정된 사업. 다만, 식품가공사업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다. (5) 조세특례제한법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 것) 제106조 (부가가치세의 면제 등) ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (6) 조세특례제한법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15976호로 개정된 것) 제106조 (부가가치세 면제 등) ⑥ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 5. 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회 ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제6항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 부동산매매업 및 부동산임대업에 속하는 것을 제외한다. (7) 조세특례제한법 시행규칙(1999.4.26. 재정경제부령 제79호로 개정된 것) 제48조 (부가가치세의 면제 등) ① 영 제106조 제7항에서 "재정경제부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. <별표 10> 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련) (단체명) 5. 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회 (면세사업) 「농업협동조합법」제58조 ㆍ제125조 및 제153조에 규정된 사업. 다만, 식품가공사업(「식품위생법시행령」에 따른 식품제조ㆍ가공업 및 식품첨가물제조업을 말한다.)을 제외한다. (8) 식품위생법(1995.12.29. 법률 제5099호로 개정되기 전의 것) 제21조 (시설기준) ① 다음의 영업을 하고자 하는 자는 보건사회부령이 정하는 시설기준에 적합한 시설을 갖추어야 한다. 1. 식품 또는 첨가물의 제조업·가공업·운반업·판매업 및 보존업 2. 기구 또는 용기·포장의 제조업 3. 식품접객업 및 조리판매업 ② 제1항 각호의 규정에 의한 영업의 세부종류와 그 범위는 대통령령으로 정한다. 제22조 (영업의 허가 등) ① 제21조의 규정에 의한 영업중 대통령령이 정하는 영업을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 영업의 종류별·영업소별로 식품의약품안전청장, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 대통령령이 정하는 중요한 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. (9) 식품위생법 시행령(1994.12.31. 대통령령 제14495호로 개정되기 전의 것) 제7조 (영업의 종류) 법 제21조제2항의 규정에 의한 영업의 세부종류와 그 범위는 다음 각호와 같다. 1. 식품제조·가공업 가. 과자류제조업 : 곡분·당류등을 주원료로 하여 빵류·떡류·사탕류·과자류·만두류등을 제조하는 영업 나. 당류제조업 : 설탕·포도당·과당·이성화당·엿류등을 제조하는 영 업 다.～ 처. (생 략) 커. 식품가공업 (1) 임가공업 : 소비자로부터 제공받은 재료(떡류 또는 염소가공의 경우에는 영업자가 주재료를 직접 조달하는 경우를 포함한다)로 식품을 가공(떡류의 경우에는 가공한 업소안에서의 진열·판매를 포함한다)하여 주는 영업. 다만, 양곡관리법 제19조 의 규정에 의한 제분업의 등록을 한 자가 임가공(떡류를 임가공하는 경우를 제외한다)하는 영업을 제외한다. (2) 단순가공업 : 농·임·수산물등 자연산물을 그 원형을 알아볼 수 없도록 분쇄·절단등의 방법으로 변경시키거나, 이와 같이 1차가공처리한 식품원료를 서로 혼합(부형제와 첨가물을 넣는 경우를 제외한다) 또는 이러한 것에 허가를 받아 제조된 조미식품등을 포장된 상태로 첨부하여 식품을 가공하는 영업. 다만, 다음의 1에 해당하는 경우를 제외한다. (가) 양곡관리법 제19조 의 규정에 의하여 등록을 한 경우 제9조 (영업허가를 받아야 할 업종 등) ① 법 제22조 제1항의 규정에 의하여 허가를 받아야 하는 영업은 제7조 각호의 영업중 제5호의 식품소분·판매업, 제7호의 용기·포장류제조업, 주세법에 의하여 면허를 받은 영업과 제13조제3호의 규정에 의한 영업을 제외한 영업으로 한 다. ②제7조제2호의 즉석판매제조·가공업은 보건복지부령이 정하는 식품의 종류별로 구분하여 허가한다. (10) 식품위생법 시행령(1994.12.31. 대통령령 제14495호로 개정된 것) 제7조 (영업의 종류) 법 제21조제2항의 규정에 의한 영업의 세부종류와 그 범위는 다음 각호와 같다. 1. 식품제조·가공업 식품을 제조·가공하는 영업 3. 식품첨가물제조업 : 감미료·착색료·보존료·표백제 등의 식품첨가물, 동·식물로부터 추출한 단일성분의 천연첨가물과 국·종국 또는 첨가물의 혼합제제를 제조·가공하는 영업 제9조 (영업허가를 받아야 할 업종 등) ① 법 제22조 제1항의 규정에 의하여 허가를 받아야 하는 영업은 제7조 각호의 영업중 제1호의 식품제조·가공업, 제2호의 즉석판매제조·가공업, 제3호의 식품첨가물제조업, 제4호의 식품운반업, 제6호의 식품보존업과 제8호의 식품접객업으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외한다. 2. 양곡관리법 제19조 의 규정에 의하여 도정업·제분업의 등록을 하여 당해 영업을 하는 경우 (11) 양곡관리법(1994.12.31. 법률 제4842호로 개정된 것) 제19조 (양곡가공업의 등록 및 신고) ① 대통령령이 정하는 양곡가공업을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 구분에 따라 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록 또는 신고하여야 한다. ② 제1항이 규정에 의한 등록 또는 신고를 하고자 하는 자는 농림부령이 정하는 기준에 적합한 시설을 갖추어야 한다. (12) 양곡관리법 시행령(1994.12.31. 대통령령 제14489호로 개정되기 전의 것) 제2조 (곡류) 법 제2조 제1호에서 "기타 대통령령이 정하는 곡류·서류"라 함은 다음 각호의 곡류·서류를 말한다. 1. 두류·조·좁쌀·수수·수수쌀·옥수수·메밀 2. 미곡·맥류의 분쇄물과 분말(분쇄물 또는 분말과 다른 식품이 성분이 변하지 아니한 상태로 혼합된 것 및 이를 물만을 사용하여 반죽한 것을 포함한다.) 및 제1호의 각 양곡의 분쇄물과 분말. 다만, 양곡의 도정 또는 분쇄과정에서 생기는 부산물로서 식량용으로 사용할 수 없는 것은 제외한다. 3. 감자·고구마 제21조 (양곡가공업의 등록 등) 양곡가공업은 다음과 같이 구분하되, 갑종가공업을 영위하고자 하는 자는 법 제19조 제1항의 규정에 의하여 양곡가공업등록신청서에 농림수산부령이 정하는 서류를 첨부하여 시·도지사에게 제출하여야 하며, 을종가공업은 주세법 또는 식품위생법에 의하여 면허 또는 허가를 받은 경우 법 제19조 제1항의 규정에 의하여 등록한 것으로 본다. 1. 갑종가공업 : 도정업[대규모도정업(정미·정맥·밀쌀·압맥·할맥), 소규모도정업(정미·정맥), 제분업(서류를 제외한 원료곡을 원료로 하여 분말을 제조하는 업을 말한다.) 및 제조업(콩과 옥수수를 원료로 하는 가공업중 농림수산부장관이 보건복지부장관과 협의하여, 농림수산부령이 정하는 규모 이상의 제조업을 말하며, 주류제조업을 제외한다.) 2. 을종가공업 : 주류제조업, 조미식품제조업중 된장·간장 및 고추장을 제조하는 업, 과자류제조업, 두부류제조업, 식용유지제조업, 면류제조업, 첨가물제조업, 당류제조업 및 원료식품가공업중 전분류를 제조하는 업. 다만, 갑종 가공업에 속하는 제조업을 제외한다. (13) 양곡관리법 시행령(2005.6.30. 대통령령 제18925호로 개정되기 전의 것) 제21조(양곡가공업의 등록 및 신고등) ① 다음 각호의 1에 해당하는 양곡가공업을 하고자 하는 자는 법 제19조 제1항의 규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록하여야 한다. 1. 제분업(서류를 제외한 원료곡을 원료로 하여 분말을 제조하는 업을 말한다) 2. 제조업(콩과 옥수수를 원료로 하는 가공업중 농림부장관이 보건복지부장관과 협의하여 농림부령으로 정하는 규모이상의 제조업을 말하며, 주류제조업을 제외한다) ② 양곡가공업중 농림부령이 정하는 규모이상의 도정업(정미·정맥·밀쌀·압맥 또는 할맥을 하는 업을 말한다)을 하고자 하는 자는 법 제19 조제1항의 규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한 다. ③ 양곡가공업중 주류제조업, 조미식품제조업(된장·간장 및 고추장을 제조하는 업에 한한다), 과자류제조업, 두부류제조업, 식용유지제조업, 면류제조업, 첨가물제조업, 당류제조업 및 원료식품가공업(전분류를 제조하는 업에 한한다)의 경우에는 당해제조업을 영위하고자 하는 자가 주세법 또는 식품위생법에 의하여 면허 또는 허가를 받은 경우 법 제19조제1항의 규정에 의하여 등록한 것으로 본다. 다만, 제1항제2호에 해당하는 제조업의 경우에는 그러하지 아니하다. (14) 국세기본법 제15조 (신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조 (세법해석의 기준, 소급과세의 금지) ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성 에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한 다. ③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조 (가산세의 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점 (1)에 대하여 살펴본다. (가) 1987.3.17. 국세청장은 OOOOOO에게 「농업협동조합법」에 의해 설립한 조합과 중앙회가 전분을 제조하여 공급하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」제38조 제3호의 단서에 규정하는 식품가공사업에 해당하지 아니하므로 부가가치세가 면제되는 것(OOOOOOOOOOO)으로 회신하였다가 2009.2.2.「농협협동조합법」에 따른 조합이 전분류를 제조하여 공급하는 경우 구 「식품위생법 시행령」제7조 에 따른 식품제조·가공업에 해당하여 「조세특례제한법 시행규칙」 제48조 제1항 관련 별표 10에 따라 정부업무대행단체의 면세사업에서 제외되는 것(OOOOOOO)이라고 회신한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 1972.10.7. 설립되었고, 2004년까지 쟁점사업을 영위하면서 쟁점사업이 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하는 것으로 보아 세금계산서 대신 계산서를 교부하고 부가가치세 신고를 하지 아니한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사과정에서 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호가 시행된 이후(동 영은 1994.12.31. 공포되었고, 공포한 날부터 시행되었으나, 제7조는 공포후 1년이 경과한 날부터 시행되었다) 쟁점사업이 부가가치세 과세사업으로 변경되어 1987.3.17. 국세청장의 유권해석은 그 효력이 없어진 것으로 보아 부과제척기간 이내인 2003년 제2기부터 2004년 제2기까지의 쟁점금액을 부가가치세 과세표준으로 하고, 신고불성실가산세 등을 적용하 여 청구법인에게 2009.1.7. 부가가치세 2003년 제2기분 225,266,290원, 2009.3.4. 2004년 제1기분 517,997,000원 및 2004년 제2기분 3,112,540원을 경정·고지한 사실이 부가가치세 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (라) 청구법인은 쟁점사업이 부가가치세 면제사업에 해당한다는 1987.3.17. 국세청장의 유권해석을 신뢰하여 쟁점사업을 면세사업으로 신고하였고, 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호가 시행됨으로 인하여 쟁점사업에 대한 부가가치세 과세·면세여부가 달라진 사실이 없음에도 2009.2.2. 유권해석을 변경하면서 유권해석 이전에 납세의무가 성립한 2003년 및 2004년 공급분에 대하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은「국세기본법」상 신의성실의 원칙 및 소급과세의 금지원칙을 위반한 것이므로 취소되어야 한다는 의견이다. (마) 쟁점사업에 대한 부가가치세 면세·과세에 관하여 규정하고 있던「부가가치세법」(1998.12.28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제17호 및 관련 대통령령에 의하면「 농업협동조합법」에 의한 조합과 중앙 회의 식품가공사업은 부가가치세 면제대상에서 제외되어 있었고, 위「부가가치세법」의 규정이 폐지되면서 신설된 「조세특례제한법」(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 것) 제106조 제1항 제6호 및 관련 대통령의 규정 등에 의하면「 농업협동조합법」의한 조합과 중앙 회의「식품위생법 시행령」에 따른 식품·제조가공사업은 부가가치세 면제대상에서 제외되고 있는 것으로 나타난다. (바) 처분청은 1994.12.31. 대통령령 제14495호에 의하여 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호가 개정·시행되기 전에는 쟁점사업을 식품가공업에서 제외하는 것으로 규정하고 있어서 쟁점사업은 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하였으나, 동 시행령 제7조 제1호가 개정·시행된 후에는 식품가공업에 해당하여 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하지 아니한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 1)「식품위생법」(1995.12.29. 법률 제5099호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항은 식품 또는 첨가물의 제조업·가공업·운반업·판매업 및 보존업 등의 영업을 하고자 하는 자는 보건사회부령이 정하는 시설기준에 적합한 시설을 갖추도록 규정하고 있었고, 제2항은 제1항 각호의 규정에 의한 영업의 세부종류와 그 범위는 대통령령으로 정하도록 규정하고 있었으며, 같은 법 제22조 제1항은 영업의 허가요건을 규정하고 있었으며, 같은 법 시행령(1994.12.31. 대통령령 제14495호로 개정되기 전의 것) 제7조는 법 제21조 제2항의 규정에 의한 영업의 세부종류와 그 범위를 규정하면서 제1호(식품제조업·가공업) 커목에 “식품가공업”을 두었고, 이를 다시 (1) 임가공업, (2) 단순가공업 (3) 원료식품가공업 등으로 각각 규정하였고, (2) 단순가공업은 단서규정을 두어 「양곡관리법」제19조 의 규정에 의하여 등록을 한 경우 단순가공업에서 제외하는 것으로 규정하였으나, 1994.12.31. 대통령령 제14495호로 시행된 구「식품위생법 시행령」은 영업의 종류에 대하여 세세항목으로 분류하고 있던 종전의 시행령 제7조 제1호를 “식품제조·가공업”으로 통합하여 규정하면서 단서규정을 삭제한 것으로 나타난다. 2) 한편, 구「식품위생법 시행령」으로 개정되기 전이나 개정된 이후 모두 동 시행령 제9조 제1항은 법 제22조 제1항의 규정에 의하여 허가를 받아야 하는 영업의 범위에 그 제7조의 식품가공업을 포함하는 것으로 규정하고 있었다. 3) 따라서, 「식품위생법 시행령」제7조 의 규정은 「식품위생법」제21조 및 제22조의 규정에 의한 영업의 시설기준 및 영업허가를 받아야 하는 영업의 종류를 규정하고 있던 것으로서 동 시행령의 개정에 따라 제1호(식품제조업·가공업) 커목 (2) 단순가공업의 단서의 규정이 삭제되는 등 영업의 시설기준 및 영업허가를 받아야 하는 업종의 종류가 변경되었다고 하여 부가가치세법령에서 규정하고 있던 식품가공사업의 범위가 변경되었다고 볼 수는 없다 할 것이다. (사) 1987.3.17. 국세청장이 OOOOOO에게 한「농업협동조합법」에 의해 설립한 조합과 중앙회가 전분을 제조하여 공급하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」제38조 제3호의 단서에 규정하는 식품가공사업에 해당하지 아니하므로 부가가치세가 면제되는 것(OOOOOOOOOOO)이라는 유권해석이 적법한지 여부에 대하여 살펴본다. 1) 1986.12.26. 보건사회부장관은 OOOOOO에게 「양곡관리법」에 의한 제분업허가를 받은 자가 제분 또는 임가공하는 등의 경우에는 식품가공업으로 볼 수 없으므로 OOOOO가 질의한 고구마를 주원료로 하여 단순히 전분만을 제조한다면「식품위생법」에 의한 허가대상이 되지 아니하는 것으로 회신한 사실(OO OOOOOOOOOOO)이 확인된다. 2) 처분청은 보건사회부장관의 유권해석에 따라 쟁점사업 또한「양곡관리법」에 의한 제분업허가를 받은 자가 제분 또는 임가공하는 등의 경우에 해당하여 식품가공업에서 제외되므로 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호 커목 (2) 단순가공업의 단서 규정( 「양곡관리법」제19조 의 규정에 의하여 등록을 한 경우)이 삭제되기 전까지는 적법한 유권해석이라는 의견이나, 보건사회부장관의 위 유권해석은 「식품위생법」제22조 제1항의 규정에 의하여 허가를 받아야 하는 영업의 종류에 관한 것으로서 구 「식품위생법 시행령」제7조 제1호 커목 (2) 단순가공업의 단서 규정은 「양곡관리법」제19조 의 규정에 의하여 등록을 한 경우 허가를 받아야 하는 영업의 종류(식품가공업)에서 제외된다는 의미로 해석함이 타당하다 할 것인 바, 단서의 규정에 해당한다고 하여 OOOOO가 영위하는 쟁점사업이 부가가치세법령에서 규정하고 있는 식품가공사업에서까지 제외되는 것으로 해석하고 OOOOO가 운영하는 쟁점사업이 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하는 것으로 OOOOOO에게 회신한 것은 관련 법령을 오인한데 따른 적법하지 아니한 잘못된 유권해석에 해당한다 할 것이다. (아) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하면, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이고(OOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOOOOO OO OO O), 신의성실의 원칙이나 「국세기본법」제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것인 바(OOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO), 1987.3.17.「농업협동조합법」에 의해 설립한 OOOOO가 영위하는 쟁점사업이 면세사업에 해당하지 아니함에도 면세사업에 해당하는 것으로 해석한 국세청장의 유권해석이 보건사회부장관의 유권해석과 관련 법령을 오인한데 따른 잘못된 것이라 하더라도 납세자에게 쟁점사업이 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하는 것이라는 공적인 견해표명을 하였고, 청구법인은 이를 신뢰하여 쟁점사업이 부가가치세 면세사업에 해당하는 것으로 보아 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하거나 신고·납부하지 아니하였다면 청구법인에게 귀책사유가 있다고 하기도 어려울 것이므로, 청구법인이 쟁점사업을 폐업한 후에야 비로소 종전의 견해와는 반대로 쟁점사업이 과세사업에 해당한다고 하면서 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다. (자) 따라서, 청구법인이 2003년 및 2004년에 영위한 쟁점사업에 대하여 과세되는 사업으로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (2) 쟁점(2)는 쟁점(1)에서 이 건 과세처분이 취소되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.