조심 2011서3416 (2013.06.17)

OOO세무서장이 2011.6.3. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1978.4.12. 설립된 법인으로 햄을 생산하는 육가공사업부, 우유를 생산하는 유가공사업부, 식육을 담당하는 식육사업부로 구성되어 있었고 청구법인의 발행주식은 신OOO가 45%, 일본 OOO 등 관계회사와 신OOO 등이 55%를 보유하고 있었는바, 2007.4.2. 유가공사업부를 물적분할하여 비상장법인인 주식회사 OOO(이하 OOO”라 한다)를 설립하면서 OOO로 이전시키는 순자산가액을 공정가액으로 산출한 OOO원으로 평가하고 이에 대응하여 물적분할로 취득하는 투자주식가액을 OOO원으로 평가하여 장부에 계상하였으며, 2007.4.16. 청구법인과 신OOO는 청구법인의 OOO 주식(주식수 1,000,000주로 발행주식의 100%이며, 이하 “쟁점OOO주식”이라 한다)과 신OOO의 청구법인 주식(주식수 1,350,000주로 발행주식의 45%이며, 이하 “쟁점OOO”이라 한다)을 각각 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 의하여 OOO원(1주당 OOO원)과 OOO원(1주당 OOO원으로, 이하 OOO원”이라 한다)으로 평가한 다음 서로 교환(차액 약 OOO원은 청구법인이 신OOO에게 현금으로 지급하였으며, 이하 위 주식교환거래를 “주식교환”이라 한다)함으로써 일본 OOO 등은 청구법인의 지분 100%를 지배하고 신OOO는 OOO의 지분 100%를 지배하는 구조로 지분구조를 변경하였다. 나. OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 물적분할과 주식교환은 형식상 독립되어 있으나 특수관계인 사이의 거래로서 청구법인 유가공사업부의 양도거래를 가장하기 위한 하나의 연속된 거래로 보고, 청구법인이 특수관계자인 신OOO에게 청구법인 유가공사업부의 자산.부채를 시가(OOO우유 순자산 OOO원)보다 저가인 OOO원(쟁점OOO주식 평가액 약 OOO원 - 현금지급분 OOO원)에 양도하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 시가와 거래가액와의 차액 OOO원을 익금산입하여 법인세를 과세하도록 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2011.6.3. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 물적분할과 사업양도는 아래와 같이 법률관계나 그 경제적 효과가 근본적으로 다르므로 처분청의 의견과 같이 경제적 실질이 동일한 것으로 볼 수 없다. (가)사업양도와 물적분할에 따른 주식인수는 일반적으로 법률관계가 다르며 동일한 경제적 효과를 가져 오는 것이 아니어서 이런 두 가지 법률관계를 두고 경제적 실질이 같은 것이라고 할 수 없고, 특정 사업부문의 자산ㆍ부채가 개별적으로 이전되어 그 대가관계가 금전으로 직접 청산되는 사업양도와 사업부문의 모든 권리ㆍ의무가 포괄적으로 승계되어 대가관계가 주식이전의 형태로 나타나는 물적분할은 이런 행위들을 구성하고 구속하는 법률관계는 물론 이로 인한 경제적 효과에 있어서도 확연한 차이점이 있어 이와 같이 서로 다른 법률관계를 발생시키고 이런 행위들이 갖는 경제적 효과도 같을 수 없는 거래를 두고 경제적 실질이 같다고 할 수는 없다. (나)청구법인과 신OOO가 부당하게 조세를 회피할 목적으로 거래실질이 사업양도인 것을 경제적 효과가 동일한 물적분할 및 주식교환으로 가장하였다는 처분청의 의견은 사실과 전혀 다를 뿐 아니라 상관행이나 사회통념상으로도 인정되기 어렵다. 사업양도는 일반 개인법상의 채권계약으로 영업을 구성하는 모든 권리와 의무를 개별 구성항목별로 양수인 개인에게 승계하고 별도의 채무인수절차를 필요로 하지 않는 반면, 물적분할은 회사법상의 특유한 제도로서 일정한 법적 절차를 요구하고 분할회사의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하여 원칙적으로 채무에 관한 연대책임을 부담한다는 등의 특징을 갖고 있다. 따라서, 사업양도와 물적분할 후 주식양도는 법률관계에서나 그로 인한 경제적 효과에 있어서 확연한 차이점이 있고 특히 그 귀속이 개인에게 직접 되느냐 법인을 지배하는 형태로 되느냐의 큰 차이가 있어 상거래관행이나 사회통념상으로도 동일한 효과를 지닌 것으로 인식되지 아니하므로, 청구법인과 신OOO가 부당하게 조세를 회피할 목적으로 거래실질이 사업양도인 것을 경제적 효과가 동일한 물적분할과 주식교환으로 가장하였다는 처분청 의견은 사실과 전혀 다를 뿐 아니라 상거래관행이나 사회통념상으로도 인정되기 어렵다. (2) 주식교환의 거래목적물이 주식이므로 사업양도에 해당되는지 여부와 관계없이 상증법에서 정한 주식평가규정에 따라 평가하여야 하는 것으로서 처분청의 판단에 따라 임의로 다른 자산의 평가방법을 준용하는 것은 있을 수 없다. (가)주식교환의 거래 목적물은 비상장주식이고 비상장주식의 시가가 없을 때는 관련법령에서 정한 바에 따라 평가하는 것이 현행법령을 준수하는 것으로서 시가란 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 뜻하며, 동 시가의 적용에 있어 해당 거래와 유사한 상황에서 일반적으로 거래된 가액이 없는 경우 상증법상 평가 규정을 준용하여 계산하여야 하는 것으로, 법률적 효과와 경제적 실질이 다름에도 불구하고 주식이 매매된 거래를 두고 사업양도와 실질이 같다고 보아 법률에 규정되지도 않은 임의의 평가방법을 적용할 수 없다. (나) 주식교환은 계열분리를 목적으로 적법한 분할절차를 준수하고 거래대상주식을 법인세법 규정에 따라 상증법상 보충적 평가방법에 근거하여 적정하게 평가한 후 이 평가가액으로 거래한 적법한 거래인바, 「법인세법」제89조 제2항에서 유가증권의 평가는 상증법 제63조 를 준용하고, 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따르면 비상장주식의 평가는 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 산출하는 것으로, 외부전문기관인 삼일회계법인은 법인세법과 상증법 규정에 따라 적정하게 교환되는 각 주식의 가액을 평가하였고, 청구법인과 신OOO는 이와 같이 독립적인 제3자가 평가한 금액에 기초하여 거래한 것으로 주식교환은 「법인세법」제89조 의 시가거래에 해당되므로 법령에서 근거하지 않은 다른 평가방법을 적용하여 부당행위계산부인 적용여부를 판단할 수는 없는 것이다. 따라서 주식교환은 법인세법 규정에 근거한 것으로 어떠한 어긋남이 없고, 법리적인 검토를 떠나 실질 측면에서도 청산기업이 아닌 계속기업의 가정에서 볼 때, 그 기업의 순손익가치를 배제하고 순자산가치만으로 평가하는 것은 오히려 기업의 실질가치를 적절하게 반영하지 못한다 할 것이다. (3) 주식교환에 따라 아래와 같은 이유로 청구법인에게 손해가 발생하였거나 그 손해를 바탕으로 신OOO가 부당하게 분여 받은 이익이 없다. (가)부당행위계산부인 규정은 일정금액 이상의 이익분여가 있는 경우에 한해 적용되는 것인바, 주식교환은 비상장주식의 평가에 있어 법인세법에서 위임한 대로 독립적인 제3자인 외부전문기관이 상증법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액으로 거래한 것이므로 주식교환으로 인해 청구법인에 손실이 발생한 사실도 없고 신OOO가 분여 받은 이익도 없다. (나)처분청은 주식교환의 실질이 사업의 양도임에도 불구하고 물적분할 및 주식교환이라는 가장의 거래형태를 통해 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 하나, 청구법인이 유가공사업부를 신OOO 개인에게 사업양도한 경우와 주식교환을 비교해 보면 주식교환시 거래당사자들이 부담하는 세액의 합계가 아래 ＜표1＞과 같이 OOO원인데 비해 사업양도의 경우 OOO원에 불과하여 처분청의 의견처럼 사업양도를 가정한 경우의 세액이 주식교환의 부담세액에 비해 오히려 OOO원 적게 계산되어 주식교환의 결과 조세의 부담이 감소된 사실이 없음을 알 수 있다. ＜표1＞ 주식교환과 사업양도 시 세액비교 OOO (다) 청구법인이 양도한 쟁점OOO주식을 세법상의 평가규정에 불구하고 사업양도로 보아 분할 전 청구법인 유가공사업부의 순자산가치로 평가하여야 한다면 취득하는 쟁점OOO주식도 순자산가치로 평가하여야 할 것이므로 분할 전 청구법인의 순자산가치를 사업부별 및 지분별로 구분해 보면 아래 ＜표2＞와 같고, 처분청과 같이 상증법상 평가액을 도외시하고 자산가치의 측면에서만 보면 주식교환을 통해 신OOO는 자신의 청구법인 지분 45%에 상당하는 OOO원의 가치를 양도하고 그 대가로 청구법인 전체 순자산가치의 40%에 상당하는 OOO원의 가치에 불과한 유가공사업부와 현금 OOO원을 받았으므로 오히려 OOO원의 손실을 보았다고 할 수 있을 것으로 신OOO 입장에서 하나의 거래에서 양도하는 주식과 양도대가로 양수하는 주식을 각각 다른 기준으로 평가하여 과세하는 처분은 조세법률 어디에 근거한 것인지 알 수 없고, 설령 세법상의 평가규정에 불구하고 청구법인이 양도한 OOO주식을 사업양도로 보아 분할 전 청구법인 유가공사업부의 순자산가치로 평가하여야 하는 것이라면 신OOO가 양수대가로 교부한 쟁점OOO도 동일한 평가기준에 따라 순자산가치로 평가하여야 하는 것이 합리적일 것이다. ＜표2＞ 분할 전 사업부별 및 지분별 순자산가치 OOO (라) 주식교환의 배경 및 국내 유가공업계의 상황을 고려해 볼 때 청구법인이 신OOO에게 이익을 분여할 목적으로 실질이 사업양도인 사실을 숨기고 주식교환으로 가장하였다는 처분청의 의견은 개연성이 없는 것으로, 국내 우유시장은 대표적인 레드오션으로 2004년 이후 그 시장규모 자체가 줄고 있는 추세이며, 특히 시장점유율 측면에서 OOO우유ㆍOOOㆍOOOㆍOOO의 4강 체제가 굳건하여 하위권 업체의 성장가능성이 매우 낮고, 특히 OOO는 주식교환 당시 시장점유율이 약 5%에 불과한 후발기업으로 업계에서 OOO의 잠재가치는 매우 낮게 평가되고 있었다. 이에 비하여 청구법인은 주식교환 사업연도인 2007년 당시 식품부문 브랜드 대상을 5년 연속 수상하며 부동의 업계 1위로서 계속적인 성장을 이룩해 가고 있던 사업부문으로 상증법상 주식평가시 반영되지 않은 무형의 잠재가치가 매우 높다는 것이 업계의 일반적인 평가로 이러한 전후사정을 두루 고려할 때, 상증법상 주식가치 평가시 반영되지 않은 미래가치 등 기업가치가 상대적으로 매우 높은 쟁점OOO주식을 신OOO가 청구법인에 양도한 대신 미래가치 및 잠재가치가 아주 낮은 쟁점OOO주식을 취득한 주식교환으로 인해 신OOO가 청구법인으로부터 이익을 취하였을 개연성은 상상하기 어려운 것으로 주식교환의 배경은 업종전문화를 통해 경영효율성을 도모하기 위한 것이지 부당한 부의 이전을 목적으로 한 거래가 아니었다. (4) 부당행위계산부인의 적용 여부를 떠나 물적분할 및 주식교환을 부인하고 양도대상을 쟁점OOO주식이 아닌 사업양수도로 보는 처분청의 가정은 타당하지 않다. 실질과세의 원칙이란 과세관청이 거래나 행위를 경제적으로 관찰하여 동일한 경제적 효과에 도달한 경우에는 이를 조세법적으로 동일하게 평가하여 과세의 대상으로 삼겠다는 것은 아니다. 주식교환은 사업양도에 해당하는지 여부와 관계없이 주식이 거래된 것이므로 세법상의 주식 평가규정을 준용하여야 하는 것이지 다른 자산의 평가규정을 준용할 수는 없는 것이고, 납세자가 선택한 법률관계는 존중되어야 한다. 주식교환은 불법행위.허위행위.가장행위 어디에도 해당하지 아니하며, 주식교환의 법적실질은 유가공사업부를 분리하여 사업전문성을 제고하고 계열분리를 완성하기 위한 목적으로 행하여진 진실된 거래로 이러한 목적달성의 방법이 적법한 이상 이를 부인할 수는 없는 것이다. 그럼에도 불구하고 어떠한 근거도 없이 과세관청 임의로 어떤 거래는 분할로 보고 어떤 거래는 사업양도로 본다면 이는 실질과세원칙의 한계를 명백히 넘어선 것으로 조세법률주의에 위배되는 것이다. (5) 부당행위계산부인 규정은 이미 발생한 법적.경제적 효과에 반하는 과세를 발생시킬 수 있으므로 거래행위의 제반사정이나 건전한 사회통념 및 관행 등을 두루 고려하여 신중히 적용하여야 한다. 세법상 부당행위계산부인은 시가와 비교하여 일정금액 이상의 이익분여가 있고, 거래의 내용이 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 등의 요건을 모두 충족하는 경우 그 적용대상이 되며, 특히 이는 경제적 합리성을 무시한 경우에 한하여 적용하는 것이다. 청구법인이 유가공사업부를 물적분할한 뒤 취득한 OOO 주식을 양도한 것에는 합리적이고 정당한 사유가 있는 것이다. (6) 처분청은 법률에 근거하지 않은 채 과세에 유리하도록 양도한 주식가치와 양수한 주식가치를 각각 다른 기준으로 평가하고 있다. (가) 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 주식교환에서 양도한 주식(쟁점OOO주식)과 양수한 주식(쟁점OOO주식)의 가치를 동일한 기준인 상증법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 반면, 처분청은 쟁점OOO주식에 대해서는 순자산가치 평가방법을 적용하고 쟁점OOO주식에 대해서는 보충적 평가방법을 적용하여 각각 다른 기준에 따라 평가하여 과세한 것이다. 조사청은 「법인세법 시행령」제89조 에 따라 쟁점OOO주식을 분할 전 유가공사업부 귀속 개별 자산별로 평가하여야 한다고 주장하고 있으나, 동 규정에는 시가를 알 수 없는 비상장주식은 상증법 규정에 따라 보충적 평가방법으로 평가하라고 규정하고 있을 뿐, 분할 전 소속사업부의 자산ㆍ부채별로 평가하라는 내용은 찾아볼 수 없는 것으로서 주식교환의 거래대상물은 모두 비상장주식으로 동일한 성격임에도 불구하고 양도주식과 양수주식의 평가방법을 달리 적용해야 하는 것인지 그 타당한 근거를 알 수 없고, 그 반면에 주식교환에서 청구법인은 세법의 정함에 따라 시가를 알 수 없는 비상장주식에 대해 상증법 규정에 따라 보충적 평가방법으로 평가한 것이다. ＜표3＞ 청구법인 및 처분청 평가 기준 OOO (나) 만약, 청구법인과 신OOO가 처음부터 처분청 의견과 같이 쟁점OOO주식은 순자산가치로 평가하고, 쟁점OOO주식은 보충적 평가방법으로 평가하여 각각 신고ㆍ납부하였다면 쟁점OOO주식을 세법상 근거도 없이 비상장주식을 매매하면서 한 주식은 보충적 평가방법으로 평가하고, 나머지 한 주식은 납세자 임의로 순자산가치로 평가한 결과 고평가되었다고 문제 삼았을 것이다. (7) 동일한 경제적 목적을 달성하기 위한 여러 가지 법률관계 중 납세의무자가 선택한 법률관계는 존중되어야 하며, 특별한 사정이 없는 한 과세관청 임의로 법률관계를 재구성해서는 안될 것이다. 따라서 신OOO가 쟁점OOO주식을 취득하여 궁극적으로 청구법인 유가공사업부를 지배하는 결과를 가져왔다 하더라도 그 실질이 유가공사업부를 양도받은 것과 같다고 하여 주식취득이라는 법률관계를 재구성하여 조세법상 사업양도와 동일한 취급을 할 수는 없는 것이다. (8) 처분청의 주장대로 법률관계를 재구성하게 되면 향후 발생하는 조세문제에 심각한 모순이 발생하게 되는 것으로 계열분리 주식거래를 조사청의 주장처럼 사업양수도로 법률관계를 재구성하게 되면, 신OOO는 OOO에서 발생하는 소득에 대해 개인소득세를 납부하는 것이 옳고 OOO는 법인세 신고납부의무가 없는 것으로 보아야 할 것이나, OOO에서 발생하는 모든 권리ㆍ의무는 신OOO가 아닌 법인 OOO에 귀속될 수밖에 없다는 사실을 무시하고 청구법인의 유가공사업부를 신OOO가 직접 사업 양수한 것으로 보게 되면 법인의 모든 손익은 소유와 경영의 분리를 전제로 하는 기업실체의 공준에 입각하여 계산하도록 하는 법인세법 기본통칙(4-0...1 손익계산 원칙)에 정면으로 위배되는 것이고, 조사청의 주장을 수용할 경우 초래되는 이 같은 모순은 신OOO가 1인 주주로서 어떤 법인을 설립한 후 그 법인을 통하여 청구법인의 유가공사업부문을 양수한 때에만 해소될 수 있는 것인데, 현실적으로 신OOO가 따로 법인을 설립한 사실이 없는 이상 성립될 수 없고, 그러한 상황을 가정하여 과세할 수도 없다. (9) 주식교환 이전에는 순자산가치와 순손익가치의 가중평가방식으로 평가한다는 상증법상 보충적 평가방법에 관한 법령만 존재하고 물적분할 신설법인의 평가방법에 대한 예규가 존재하지 아니하여, 청구법인은 상증법령대로 순자산가치와 순손익가치를 모두 반영하여 가중평균하는 방법으로 평가를 하였다. 이후 2007.5.29. 국세청은 물적분할 신설법인의 경우 사업개시 후 3년 미만 법인으로 보아 순자산가액만을 적용하여 상증법상 평가액을 산정하여야 한다는 유권해석을 발표하였으나, 청구법인은 국세청의 유권해석이 타당한지 여부에 대하여 기획재정부에 질의하였고, 기획재정부는 2009.6.15. 물적분할 신설법인의 경우 분할 전 동일사업부문의 사업개시일로부터 기산하여 사업개시 후 3년 경과여부를 판단하여야 한다는 입장을 천명함에 따라 이에 반하는 종래의 유권해석이 삭제되고, 물적분할 신설법인의 경우도 분할 전 사업부문으로부터 따져 3년 경과한 경우 순자산가치와 순손익가치의 가중평균으로 평가하는 것으로 정비되었으며, 기획재정부 유권해석에 따라 국세청도 동일한 내용의 행정예규를 발표하고 이후 유사사례에 적용하고 있는 것이다. 처분청은 주식교환 당시에 적용되는 보충적 평가방법은 순자산가액만으로 평가하는 방법이고 2009.6.15. 기획재정부 해석이 변경되어 사후에 OOO원이 시가로 인정되었다는 의견이나 이는 효력이 없는 예규를 근거로 들고 있는 것으로서 타당하지 않은 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 유가공사업부를 분리하여 신OOO가 유가공사업부의 지분 100%를 보유하고, 일본 OOO상사 등은 청구법인의 지분 100%를 보유하는 사업구조 및 지분구조로 전환을 계획한 후 2007.3.2. 임시주주총회를 개최하여 회사를 인적분할 하기로 결정하였으나, 이와 같이 인적분할을 하는 경우에는 대주주인 일본 OOO에 거액의 세금(약 OOO원) 부과가 예상된다는 이유로 인적분할 계획을 철회하고, 2007.3.29 임시주주총회를 개최하여 회사를 물적분할하였으며, 그 후 청구법인은 물적분할로 취득한 쟁점OOO주식 100%를 신OOO에게 주고, 신OOO는 보유하고 있는 쟁점OOO주식을 청구법인에게 건네줌으로써 지분구조로 전환을 종료하였다. (2) 이처럼 사업구조 및 지분구조로 전환한 이유는 청구법인의 주주 구성이 신OOO 45%, 신OOO 측 55%이고, 각 개별 사업부의 시가 비율이 37 : 63임에도 분할되는 순자산 비율이 45 : 55로 지분 비율과 동일한 것으로 보아 경영목적이 아닌 대주주간 부의 공평화라고 보아야 한다. (3) 청구법인이 물적분할을 한 행위는 청구법인의 입장에서 물적 분할할 당시에 유가공사업부를 물적분할하여 물적분할로 취득한 주식과 대주주인 신OOO의 자사주를 교환하는 경우 신OOO는 의제배당에 대한 거액의 소득세를 납부하지 않는다는 사실을 예상하였거나 인적분할하여 주주간 주식양수도를 하는 경우 일본 OOO상사가 거액의 세금을 부담하는 반면에 물적분할하면 그 부담이 없다는 사실을 알고도 물적분할한 것으로, 이는 어떠한 경영상의 목적이 없이 오로지 대주주들의 세제혜택을 위해 특별히 행위를 함으로써 결과적으로 대주주들의 세부담이 경감되도록 하였고, 상표권 사용합의의 경우 일반적으로 매각절차의 단계로 처음부터 우유사업부를 신OOO에게 매각한다는 내용을 나타내는 것으로, 당초 분할목적에 부합하지 않으며, 따라서 이 건의 물적분할은 사업의 양도라는 경제적 사실을 은폐하기 위한 가장행위임을 반증하는 것이며, 이 건 물적분할 후 주식양수도거래는 유가공사업부의 청산.매각과 같은 경제적 효과를 가지는 것으로 청구법인도 2006.12.31. 현재 청구법인의 시가 비율인 유가공사업부 37%와 육가공＆식육 사업부 67%(공통자산은 개별 사업부의 순자산가액으로 안분)로 분할하는 경우 OOO우유에게는 전체 순자산 37%만을 이전할 수 있음에도 불구하고 인위적으로 신OOO 지분 비율인 45%에 맞추어 이전함으로써, 청구법인의 순자산 8%가 특수관계 있는 OOO에게 부당하게 유출되어 과세소득을 감소시킨 것으로 볼 수 있다. 따라서, 청구법인의 물적분할 및 주식교환은 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제1호 내지는 제8호의 유형에는 해당하지 않으나, 제9호 소정의 규정이 정하는 이익분여 행위로서 부당행위계산에 해당된다. (4) 개별 사업부의 자산.부채를 이전하였다고 하더라도 청구법인과 신OOO는 어떠한 경제적 이익·손실도 없었다는 주장은 청구법인은 주식을 양도한 것이 아니라 유가공 사업부의 토지·건물 등 자산과 부채를 양도한 것이고, 그 대가로 청구법인 발행주식(자기주식)을 수취한 거래이고, 세법 규정에 의하면 양도한 유가공사업부의 토지·건물 등 자산.부채의 순자산 시가는 OOO원(장부가액 OOO원)이고, 수령한 청구법인 발행주식(자기주식)의 시가는 OOO원이므로, 청구법인을 기준으로 볼 때, 시가 OOO원의 자산을 이전(현금지급 OOO원 별도)하고 대가로 OOO원만을 수령한 것이므로 청구법인은 유가공사업부의 토지·건물 등 자산.부채의 순자산 시가 OOO원과 장부가액 OOO원을 비교하면서 장부가액에 상당하는 금액을 수령하였음을 전제로 하여 이 건 거래로 인해 당사자들은 손실.이득이 없다거나 감소된 조세가 없다는 주장은 받아들이기 어렵다. (5) 이 건 거래의 목적이 ‘대주주의 지분정리’이므로 일련의 행위가 마무리되지 못하였을 경우에는 위 대주주의 지분정리 목적을 달성할 수 없어 개별거래들은 독자적으로 경제적 실질이나 의미를 갖지 못하므로 상호의존하고 있으므로, 위와 같이 청구법인의 물적분할과 주식교환은 대주주의 지분정리과정에서 대주주의 세제 혜택 목적(신OOO, 일본 OOO상사의 의제배당 회피)을 위해 각각의 독립된 행위들을 미리 배치한 하나의 일련의 행위이고, 이들 일련의 행위 중 의미가 없거나 불필요한 행위는 과세 상 부인하는 것이 실질과세원칙 및 부당행위계산부인 규정의 입법취지에 맞는 것이며, 일련의 행위 중 의미없거나 불필요한 행위로 판단되는 ‘물적분할’을 부인하는 경우, 청구법인은 신OOO에게 ‘주식양도’라는 이름으로 실물자산인 유가공사업부 자산.부채를 넘긴 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 특수관계자에게 자산을 시가보다 부당하게 저가로 양도한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우 9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제89조【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. ② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 주식 등을 제외한다. 2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다. (3) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식의 평가】 ① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인( 「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다. 1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분 2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴·폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분 3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분 (5) 국세기본법 제14조 【실질과세】 ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 2006.12.31. 현재 청구법인의 지분구조는 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 2006.12.31. 현재 청구법인의 지분구조 OOO (3) 청구법인은 2007.3.2. 임시주주총회를 개최하여 청구법인의 기존주주에게 1주당 신설되는 OOO 주식 0.008주를 주기로 하는 인적분할하기로 결의하고, 분할 후 유상감자하기로 결정하였다가, 2007.3.26. OOO세무법인에게 지분구조 변경과 관련하여 ‘OOO에 대해서 분할형 분할(인적분할) 및 유상감자가 일련의 거래로 행하여 질 경우 일본 법인주주(일본 OOO상사)에 관련한 일본 세무상의 취급에 대해서’라는 제목으로 세무자문을 구하였고, OOO세무법인은 분할형 분할(인적분할) 및 유상감자가 행하여지는 경우 일본법인인 일본 OOO상사가 부담할 세액은 OOO원이고, 일본 OOO상사에게 세부담이 없는 대안으로 분할형 분할(물적분할) 및 대가를 승계법인의 주식으로 하는 자기주식취득방법을 선택할 경우 일본 OOO상사의 세부담은 없다는 내용으로 답변하면서 대안인 분할형 분할(물적분할) 및 대가를 승계법인의 주식으로 하는 자기주식취득방법은 한국에서는 큰 세부담이 예상되므로 전문가와 충분히 상의하라고 조언한 사실이 심리자료에 나타난다. (4) 청구법인은 2007.3.29. 임시주주총회를 개최하였고, 임시주주총회 의사록의 의안에는 2007.3.2. 주주총회에서 결의한 인적분할 계획을 철회하고, 업종전문화를 통한 경영의 효율성 증대, 시장경쟁력 강화를 위하여 유가공사업부를 단순 물적분할하여 새로운 회사를 설립한다고 기재되어 있다. (5) 청구법인은 2007.4.2. 유가공사업부문에 속하는 자산·부채를 분할하여 별도의 법인인 OOO를 신설하였고, 청구법인(분할존속법인)은 분할대가로 OOO가 발행한 보통주식 1,000,000주(공정가액평가 @OOO원)를 교부받았으며, 분할 요약대차대조표는 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 분할 요약대차대조표 OOO (6) 조사청이 물적분할 및 주식교환과 관련하여 관련인들에게 문답한 결과에 의하면, 2007.3.29. 임시주주총회에서 승인된 분할계획서에는 유가공사업부문의 순자산가액은 OOO원이고, 이는 청구법인의 순자산가액 OOO원의 45.5566%로 확인되었으며, OOO가 승계하는 순자산가액을 신OOO의 청구법인 발행주식 지분 45%와 동일하도록 조정한 것은 ‘신OOO의 기존 주식보유 비율로 분할하여야 분할목적에 부합하고, 분할 후 계열분리를 할 경우 차액을 줄일 수 있어 자산 부채의 45%만을 이전한 것’이라고 진술한 것으로 나타난다. (7) 2007.3.31. 청구법인과 OOO 사이에 체결된 ‘상호.상표.도메인 사용합의서’의 내용은 다음과 같다. OOO (8)2007.4.16. 신OOO는 자신이 보유하고 있던 청구법인 발행주식 1,350,000주(분할 전 @OOO원 취득, 지분율 45%)를 OOO원(1주당 가액 @OOO원)에 청구법인에게 양도하는 계약을 아래와 같이 체결한 것으로 나타난다. OOO (9) 2007.4.16. 및 2007.4.18. 청구법인은 교부받은 쟁점OOO우유주식을 500,000주씩 양일에 걸쳐 1,000,000주를 OOO원(1주당 OOO원)에 신OOO에게 양도하기로 하는 계약을 아래와 같이 체결한 것으로 나타난다. OOO (10) 청구법인은 주식교환시 (차) 자기주식 OOO원 / (대) 순자산 OOO원으로 회계처리하였다가 2011.3.30. OOO원(순자산 OOO원- 자기주식 OOO원)이 자기주식이 아닌 투자주식처분손실이라 하여 경정청구서를 처분청에 제출하였고, 이에 처분청은 청구법인의 경정청구를 받아들여 관련 법인세를 환급한 사실이 있는 것으로 심리자료에 나타난다. (11) 「법인세법」제4조 (실질과세) 제2항은 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하고, 제52조(부당행위계산 부인) 제1항은 납세지관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 제89조(시가의 범위 등) 제1항은 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 OOO에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 OOO 최종시세가액)에 따르고, 제6항은 제88조 제1항 제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3ㆍ제40조ㆍ제42조 제1항 제3호, 동법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항ㆍ제29조 제3항ㆍ제29조의2 제2항ㆍ제29조의3 제2항ㆍ제30조 제4항 및 제31조의9 제2항 제4호 및 제5호의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주" 및 "특수관계에 있는 자"는 이 영에 의한 "특수관계자"로 보고, "이익" 및 "대통령령으로 정하는 이익"은 "특수관계자에게 분여한 이익"으로 본다고 규정되어 있다. (12) 살피건대, 일반적으로 납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 적법.유효한 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 경우에 어느 방식을 취할 것인가의 문제는 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련 부담정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이어서 납세자가 만일 그 중 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 할 것이고, 납세자의 당해 거래에 대하여 이를 설령 조세회피행위라고 하여 그 법 형식에도 불구하고 경제적 관찰방법 또는 실질과세원칙에 따라 과세를 하기 위해서는 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 규정이 있어야 하는 것이 원칙이라 할 것(대법원 1992.12.8. 선고 92두1155 참고)이다. 이 건의 경우 청구법인은 2007.3.2. 주주총회에서 인적분할을 결의하였으나, 2007.3.29. 주주총회에서 인적분할 계획을 철회하고 업종전문화를 통한 경영의 효율성증대, 시장경쟁력강화를 위하여 유가공사업부를 단순 물적분할하여 새로운 회사를 설립하기로 결의하였고, 이 후 청구법인이 보유한 쟁점OOO주식과 신OOO가 보유한 쟁점OOO주식을 세법상 주식평가방법으로 평가하여 서로 교환하였는바, 이러한 물적분할과 주식교환은 각각 별개의 독립된 행위라고 할 것이므로 특이한 구성이라고 단정하여 자산양수도거래라고 재구성할 법적 근거는 없다고 할 것이고, 처분청과 같이 물적분할과 주식교환을 자산양수도를 가장한 거래로 보아 과세한다면 예측가능성과 조세법률주의에도 맞지 않는다고 할 것이다(조심 2011서3393, 2013.4.16. 합동회의 참조). 한편 「법인세법」 제52조 의 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 특수관계자에게 자산을 시가보다 저가로 양도하거나 법인의 이익을 분여한 사실이 있어야 하는 바, 주식교환은 거래 목적물이 비상장주식이고 그 비상장주식의 시가가 불분명하다고 할 것이므로 세법에서 정한 주식평가규정에 따라 평가하는 것이 타당하고, 주식을 교환하면서 양도하는 주식과 양수하는 주식을 각각 다른 기준으로 평가하여 과세하는 것은 관련 법 규정에 그 근거가 없고 일관성도 없다고 할 것이며, 「법인세법 시행령」제89조 제2항에서 유가증권의 평가는 상증법 제63조 를 준용하도록 규정하고 있고 상증법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따르면 비상장주식의 평가는 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 산출하도록 규정되어 있으며 요건을 갖춘 물적분할에 의하여 신설된 분할신설법인의 사업영위기간은 분할 전 동일사업부문의 사업개시일부터 기산하는 것(재정경제부 재산세제과-1065, 2009.6.15. 참고)이므로 OOO의 경우 사업개시 후 3년 미만인 법인에 해당하지 않는바, 청구법인과 신OOO가 시가가 불분명한 쟁점OOO주식과 쟁점OOO주식을 상증법상 보충적평가방법으로 평가하여 교환한 거래가 저가양도나 이익분여에 해당한다고는 보기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 물적분할과 주식교환을 부인하고 청구법인이 특수관계자인 신OOO에게 청구법인의 유가공사업부를 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.