조심 2017중0858 (2018.09.07)

OOO세무서장이 2016.11.29., 2016.12.1. 청구법인에게 한 법인세 2013사업연도분 OOO의 부과처분은, 1. 청구법인이 2013.1.10., 2013.3.27. OOO 등 6개 업체에게 지급한 OOO을 청구법인의 사업과 직접 관련된 비용으로 보아 법인세, 부가가치세의 과세표준 및 세액을 경정하고, 2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2003.12.30. OOO의 건설사업 시행자로 설립되어, 2004.9.14. OOO와 해당 사업의 민간투자사업과 관련된 실시협약을 체결한 후 2010.8.1.부터 2040.7.31.까지 30년간 해당 도로의 관리운용권을 가지면서 2010.8.1.부터 20년 동안 각 사업연도의 실제 통행료 수입이 보장기준통행료(MRG) 수입보다 부족할 경우 OOO로부터 부족분 상당의 수입을 보장받고 있다. 한편, 청구법인은 ① 2012.12.27. 출자자의 변경과 더불어 OOO을 16.0%의 이자율로 후순위 차입을 하는 거래를 OOO로부터 사전 승인을 받은 다음, 같은 날 출자자를 변경OOO하고, 2013.4.3. OOO 주식회사와 이자율을 24.6%(고정금리, 이하 “쟁점이자율”이라 한다)로 하는 후순위대출약정을 체결한 이후 OOO을 차입OOO하였으며, 2013～2015사업연도 법인세 신고 시 관련 지급이자 OOO을 손금으로 공제하였고, ② 2013.1.10. 및 2013.3.27. OOO 등 6개 업체로부터 출자자의 변경, 유상감자, 자금재조달 등과 관련한 자문용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 공급받는 것으로 하여 공급가액 OOO의 세금계산서를 발급받은 후 2013년 제1기분 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 공제받았다. 나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.9.21.부터 2016.10.26.까지 청구법인에 대해 법인세 통합조사를 실시하였고, 그 결과 ① 쟁점이자율 중 「법인세법 시행규칙」제43조 에 따른 당좌대출이자율(6.9%)을 초과하는 비율에 상당하는 이자비용 OOO을 특수관계자에게 부당하게 지급된 것으로 보아 손금불산입하며, ② 쟁점용역을 청구법인의 사업과 직접 관련 없는 것으로 보아 쟁점수수료를 손금불산입하는 것 등으로 하여 처분청에 과세자료를 통보하였다. 다. 이에 따라 처분청은 2016.11.29. 청구법인에게 법인세의 과세표준 계산 시 결손금 합계 OOO을 감액하는 경정통지를 하였고, 2016.12.1. 2013년 제1기 부가가치세 OOO을 경정.고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점이자율(24.6%)이 경제적 합리성이 없다고 하여 부당행위의 대상으로 볼 수 없고, 설사 그러하더라도 이 중 20.3%(청구법인이 쟁점용역의 수주처 외의 회계법인으로부터 받은 용역보고서상의 적정이자율)까지는 적정한 것으로 보아야 한다. (가)쟁점이자율은 적정한 것으로 보아야 한다. 1) 쟁점후순위차입금의 조달은 경제적 합리성을 갖춘 거래이다. 어떤 거래행위가 건전한 사회통념 또는 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지를 판단할 때는 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등을 고려하여야 하고, 「법인세법 기본통칙」52-88...3에 의하면 법정관리인이 법원의 허가를 받아 통상의 이율 등보다 낮게 이자를 받거나 건설공제조합이 정부의 승인을 받아 조합원에게 하는 대출의 이자율을 일반금리보다 낮게 정하는 경우 등을 부당행위로 보지 아니하며OOO, 기획재정부(구 기획예산처)의 2003년.2004년 민간투자사업기본계획에 의하면 자금재조달(refinancing)은 당초 금융거래의 약정 당시와 비교할 때 자기자본구조, 타인자본의 조달조건 등을 변경하여 출자자의 기대이익을 극대화하는 것으로서 후순위채권 등의 조달(유상감자의 재원조달 목적, 이외에 선순위채권의 대환 등 포함)을 포함하며 그 사유에 사회기반시설의 민간투자사업의 특성(당초 출자자인 건설사가 사업기간인 20년 이상 동안 자기자본비율 25%를 유지하기 어려워 건설공사 후 자금재조달로 재무적 투자자 등에게 출자를 이전하고 해당 비율을 10%로 낮춰 동 투자자로부터 그 차이만큼 차입금을 조달하는 것 등)에 따라 해당 투자사업에서 재무적 투자자의 참여를 유도하고 있다(2004.9.14. 당초 실시협약 체결 당시부터 예정되어 있었음). 쟁점후순위차입금의 조달은 기존 출자자(건설사들)가 청구법인의 사업기간(30년) 동안 장기간 출자를 유지할 만큼 재정건전성 및 자금유동성을 갖추지 못하여 재무적 투자자에게 출자의 변경을 희망함에 따라 청구법인이 관할 지방자치단체OOO와의 자금재조달 등에 대한 협상(2012년 6월～2012년 12월 기간 중 2회의 본협상, 7회의 실무협상)을 거쳐 동 지방자치단체로부터 승인OOO을 받은 것인 점, 청구법인은 위 기획재정부의 지침에 따라 재무적 투자자를 새로운 출자자로 변경함과 더불어 쟁점후순위차입금의 대주로 한 점 등을 감안할 때 차입금의 조달이 경제적 합리성을 갖춘 것으로 보아야 한다. 2) 일반적인 후순위차입금의 위험성을 고려하여야 함 일반적으로 후순위차입금은 선순위차입금보다 담보, 원리금의 변제순위, 지급제한 등의 조건에서 불리(특히 자금재조달의 경우 기존 자본금의 유상감자대금으로 조달되는 준자본에 해당하고 상환기간도 사업수행자의 사업기간에 비례하여 장기임)한 점OOO, 위 협상 결과 청구법인이 각 사업연도 중 관할 지방자치단체로부터 보장받는 통행료(MRG)의 비율이 축소(90～75% ⇒ 75%)됨에 따라 변경된 투자자OOO가 이에 따른 이익의 축소를 감수하는 대신에 그 상당액을 쟁점후순위차입금의 약정으로 보전받을 수 있었던 점OOO, 특히 관할 지방자치단체OOO와의 분쟁OOO이 발생할 경우 관련된 보조금의 지급지연(이자지급 여력 감소) 등의 가능성이 있는 점OOO등을 감안할 때 쟁점이자율은 쟁점후순위차입금을 조달하는데 있어 발생가능한 위험을 반영한 것으로 보아야 한다. (나)쟁점이자율 중 20.3%까지는 적정한 것으로 보아야 함 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제89조에는 후순위차입거래의 이자율에 관한 시가에 대한 규정을 두고 있지 아니하므로 그 적정한 평가를 위하여 다른 세법 규정을 적용하여야 할 것이다. 한편, 청구법인이 2017년 6월 회계법인에게 의뢰하여 받은 쟁점후순위차입금의 시가 검토보고서에 의하면, 동 회계법인은 「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제10호에 따른 국제거래의 정상가격 산정의 방법 중 하나인 ‘비교가능 제3자 가격방법’으로 위 이자율의 적정한 시가를 평가하였고, 구체적으로 ① 먼저 비교대상으로 청구법인이 제3자OOO로부터 차입한 선순위차입금의 이자율(5.7%)을 선정한 후, ② 금융감독원이 2012년～2013년 4월 기간 동안 공시한 유사채권OOO중 쟁점후순위차입금과 유사한 것(19건)으로 선순위 및 후순위의 각 채무 간 이자율 차이(10.2～13.1%)를 반영한 다음, ③ 2011년～2013년 기간 중 일반 신용등급OOO인 회사채의 만기별 평균수익률을 이용한 만기와 이자율의 관계(로그함수)로 비교대상인 위 선순위차입금OOO과 쟁점후순위차입금OOO 간의 만기 차이에 따른 이자율 차이(후자가 전자에 비하여 7.9% 높음)를 반영하여 쟁점후순위차입금의 적정한 이자율을 17.1～20.3%로 평가한 것을 감안할 때 쟁점이자율 중 20.3%까지는 적정한 것으로 보아야 한다OOO. 처분청은 쟁점후순위차입금의 적정한 이자율로 「법인세법 시행령」제89조 에 따른 것(가중평균차입이자율 또는 당좌대출이자율)만 적용할 수 있다는 의견이나, 이는 위 법원의 판결과 더불어 심판결정례OOO에 반하는 것이어서 부당함 (2) 쟁점용역은 청구법인의 사업과 직접 관련된 것으로 보아야 한다. 청구법인은 OOO의 건설공사와 관련한 자금조달 당시 자기자본 비율을 25%로 유지하기 위하여 관련 업종인 건설사를 출자자로 하였으나, 완공 후 사업시행 당시에는 위 기획재정부의 민간투자사업과 관련한 지침(기본계획)에 부응하고 관할 지방자치단체와의 실시협약을 준수하기 위하여 재무적 투자자로 출자자를 변경하고 동 투자자로부터 차입금을 조달하는 등의 자금재조달이 필요하였으나, 그 과정에서 필요한 자금의 규모가 크고 회수기간도 장기여서 출자, 투자 등을 유치할 불확실성이 큰 상황에서 단순히 출자자 또는 투자자의 의사결정을 위한 것이 아니라 사업당사자인 청구법인이 이러한 불확실성을 제거하기 위한 사전검토가 필요하였던 점OOO, 특히 자금재조달은 그 이익이 청구법인에게 귀속(이 중 50%는 관할 지방자치단체에 귀속되어 통행료 인하에 반영)되는 점, 거래처들이 한 쟁점용역은 청구법인이 의뢰한 위 업무들(자금재조달과 관련한 출자자의 변경, 금융조건, 회계.세무상 쟁점, 이해관계자와의 협상 지원, 미래현금흐름 등 재무모델 구축, 교통수요예측, 변경실시협약 검토 등)에 대한 자문을 한 것인 점 등을 감안할 때 쟁점용역은 청구법인의 사업과 직접 관련된 것으로 보아야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점이자율은 경제적 합리성이 없는 것으로서 부당행위의 대상에 해당하므로 당좌대출이자율(6.9%)을 초과하는 비율 상당의 지급이자는 부당하게 지급된 것으로 보아야 한다. (가)쟁점이자율은 부적정한 것으로 보아야 한다. 1) 쟁점후순위차입금의 조달은 경제적 합리성을 갖추지 못한 것이다. 부당행위계산의 부인은 특수관계인 간의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법이 아닌 거래의 형태로 조세의 부담을 부당하게 회피 또는 경감한 데에 객관적으로 타당한 소득이 있는 것으로 의제하는 것이고, 조세부담 감소는 '당해 법인'(이 건의 경우 사업시행자인 청구법인)을 기준으로 판단하며, 자금재조달은 자본구조(출자자 지분, 타인자본의 조달 조건 등)를 변경하여 출자자의 기대수익을 증가하는 등 기본적으로 출자자의 입장에서 하는 것OOO이다. 쟁점후순위차입금의 조달은 유상감자 대금의 조달과 더불어 투자자들에게 이자를 지급하는 것이 목적이고 이를 통하여 청구법인의 법인세가 감소하는 점, 자금재조달시 세법상 부당행위계산의 부인 규정상 후순위차입금의 이자율이 아무리 높아도 무한정 허용되는 것이 아닐 뿐만 아니라 관할 지방자치단체의 이에 대한 승인이 쟁점이자율의 정당성에 대한 것도 아닌 점OOO, 청구법인과 지방자치단체 간의 협상 시 후순위차입금의 규모, 이자율 등을 협의하였다고 하나 쟁점이자율의 산정과 관련된 내용이 없고, 오히려 청구법인이 제출한 자금재조달계획서상 후순위차입금의 이자율(16.0%)과 쟁점이자율(24.6%)이 서로 다른 점OOO, 위 협상 후 체결된 2차 변경실시협약에 따라 청구법인이 차입할 수 있는 선순위차입금의 규모OOO보다 실제 차입 규모OOO가 적어 같은 차입금을 추가로 조달OOO할 수 있었음에도 고율의 쟁점이자율로 쟁점후순위차입금을 조달한 점OOO, 청구법인은 쟁점후순위차입금의 조달로 정당한 이자율을 초과한 만큼 당기순이익을 포기OOO한 결과 결손의 발생 및 자본잠식을 초래하고 도로이용료를 높이게 되며 적자를 보전하는 관할 지방자치단체에게도 손해를 발생하는 등의 경영상 비합리성이 발생한 점, 청구법인이 운용하는 도로의 구간은 차량의 통행량이 많은 소위 '알짜 구간'OOO이고 쟁점후순위차입금의 조달 당시 최소수입보장제도로 안정적으로 국고보조금을 조달 받는 상황에서 고율의 쟁점이자율로 위 차입금을 조달할 필요성이 있었다고 보기 어려우며 오히려 재무적 투자자에게 자본의 조기회수, 이익극대화 등의 이익을 분여(실질적인 배당)할 목적만을 위한 것으로 보이는 점, 쟁점이자율은「대부업법」상 최고 금리(27.9%)에 근접한 점, 기획재정부의 2008년 민간투자사업기본계획에 의하면 기존의 고금리인 채무를 저금리인 것으로 대환하기 위한 자금재조달시 신용보증 등을 지원함에도 그러하지 아니한 점 등을 감안할 때 쟁점후순위차입금의 조달은 경제적 합리성을 갖추지 못한 것으로 보아야 한다. 2) 후순위차입금의 위험성을 감안한 사실이 입증되지 않았다. 쟁점이자율이 청구법인에 내재하는 위험도, 담보력, 지급순위 등 불리한 조건을 감안한 것이라 하더라도 관할 지방자치단체와 체결한 실시협약상의 조건 등을 감안하면 쟁점후순위차입금이 이러한 불리한 조건을 내재하고 있거나 선순위차입금보다 불리한 것으로 볼 수는 없는 점, 청구법인이 관할 지방자치단체로부터 국고보조금(최소수입보장에 따른 것)을 지급받고 있는 점, 청구법인이 관할 지방자치단체로부터 발급받은 사회기반시설 관리운영권등록부에 의하면 징수할 추정 통행료의 규모OOO가 선순위.쟁점후순위차입금보다 커서 후자의 대주들이 이자를 지급받지 못할 가능성이 낮은 점, 후순위차입금은 지급순위, 담보제공 등의 조건에서 차이가 있을 뿐 선순위차입금과 동일하게 '차입거래'여서 후자의 이자율에 해당 조건에 따른 위험요소를 가산하는 방법으로 전자의 그것을 산정하는 것이 합리적이라 할 것이나 청구법인이 조사 당시 이를 제시하지 못한 점, 다른 민자사업시행자OOO가 발행한 후순위차입금의 이자율(13.5～20.0%) 사례를 볼 때도 부적정한 것으로 보이는 점 등을 감안할 때 쟁점후순위차입금에 내재하는 위험성이 없는 것으로 보아야 한다. (나)쟁점이자율 중 당좌대출이자율을 초과하는 비율만큼을 부적정한 것으로 보아야 한다. 예외적인 사안에 대하여 구체적 타당성이 있도록 해결하기 위하여 법률 해석의 본질 및 원칙을 넘을 수는 없고OOO, 그러할 경우 법적 안정성을 훼손할 것이며OOO, 법률의 해석 시 행정편의적인 확장.유추해석은 허용되지 아니하고, 법률의 조항을 합헌적으로 해석하더라도 해당 조항의 문구가 간직한 뜻을 넘어 완전히 다른 의미로 변질되지 아니하는 범위 내이어야 하며OOO, 「법인세법 시행령」제89조 에서 금전의 차용.대여(그 대상이 선순위인지 후순위인지 불문함)시의 이자율로 가중평균차입이자율 또는 당좌대출이자율만을 시가로 보도록 규정한 것은 금전의 차입.대여[이자율이 차주의 신용상태(주관적이고 매우 다양함), 시장금리, 차입조건, 담보제공 여부 등에 따라 결정되어 객관화 또는 표준화 불가]가 재화.용역(거래당사자의 신용상태와 무관하게 합의를 통한 거래가격의 결정, 구체적인 가격 단위인 거래 객체의 존재로 거래가액의 객관화 가능)과 다른 특성이 있고, 과세관청이 개별 납세자의 위 특성을 밝혀 이자율을 달리 적용할 경우 세무행정의 적정성 등에 문제가 발생할 소지가 있는데 있다 할 것(이른바 ‘법정시가’)이다. 청구법인이 제시한 회계법인의 쟁점후순위차입금 시가 검토보고서에 의하면 그 적정한 이자율의 산정 시 「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제10호에 따른 국제거래의 정상가격 산정의 방법 중 하나인 ‘비교가능 제3자 가격방법’을 적용하였으나, 금전의 차입에 대한 시가의 평가 규정인 「법인세법 시행령」제89조 에서 후순위차입금을 다른 금전의 차입과 다르게 취급하거나 명문으로 위 조항을 적용하는 등의 예외를 규정하지 아니한 점, 위 보고서에 의하더라도 쟁점후순위차입금의 적정이자율(17.1～20.3%)이 쟁점이자율(24.6%)과 차이가 나고, 동 차입금의 차입 당시 청구법인이 외부평가기관에 의뢰한 적정이자율(14.3%)보다도 높은 점(금전의 차입 등에는 명확한 적정이자율을 산정하는 것이 어렵다는 특성이 있기 때문임), 특수관계자와의 금전거래시에는 고율의 이자율을 선택할 가능성이 있어 위 조항에서 정한 것 이내로 이자율을 제한할 필요가 있는 점, 가중평균차입이자율은 자금의 차입 당시까지의 이자율이 반영되어 합리적인 점, 선순위차입금(2차 변경실시협약 체결 후의 것, 쟁점후순위차입금보다 다액이고 담보의 대부분 차지)과 동 후순위차입금의 각 대주OOO가 사실상 동일하여 후자의 채무불이행으로 인한 위험을 의미있는 것으로 보기 어려운 점(후자의 대출약정서에 의하면 이자의 연체로 인한 손실을 청구법인이 부담하여서 변제기간이 장기라 하여 변제기간에 따른 위험을 반영할 필요도 적음) 등을 감안할 때 가중평균차입이자율 또는 당좌대출이자율만으로 쟁점후순위차입금의 시가(적정한 이자율)를 평가하여야 할 것이다. (2) 쟁점용역은 청구법인의 사업과 무관한 것으로 보아야 한다. 지출의 사업 관련성은 그 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 해당 지출이 사업수행에 필요한 것인지 살펴 개별적으로 판단하는 것인바OOO, 당초의 실시협약 체결 당시부터 자금재조달이 포함되어 있거나 그 시행을 위하여 상법상 엄격한 절차를 거쳤는지 등은 세법상 쟁점수수료의 부담주체가 청구법인인지, 그 사업과 관련된 것인지 등을 판단하는 것과 무관한 점, 자금재조달을 할 당시(2차 변경실시협약 전)에는 운용단계로서 이미 건설공사가 완료OOO되고 보장기준통행료(MRG)로 수입이 안정되어 기존 출자자인 건설사의 주관으로 여유자금 확보를 위하여 자금재조달을 하는 것이 일반적이어서 쟁점용역은 청구법인이 아니라 기존 투자자의 투자자금 회수를 위한 것(쟁점수수료의 실질적인 부담주체)이라 할 것인 점(기존 출자자가 청구법인의 사업기간 동안 출자를 유지할 만큼 재정건전성 등이 부족하였다는 근거도 없음), 민자사업과 관련한 법률(「사회기반시설에 대한 민간투자법」) 등에는 자금재조달에 대한 규정이 없고 기획재정부의 관련 기본계획도 일반적인 지침에 불과하여 청구법인에게 운용단계에서 반드시 재무적 투자자가 참여하도록 하는 의무를 부과하는 것이 아닌 점 등을 감안할 때 쟁점용역(출자자의 변경, 자본구조 변경 등 자금재조달 관련)이 청구법인의 사업(사회기반시설의 확정 및 운영) 수행에 필수적이고 유일한 방법인 것으로 볼 수 없다OOO. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점후순위차입금을 쟁점이자율(24.6%)로 조달한 것이 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지 여부 ①-2(예비적 청구)이자율 20.3%까지를 시가로 볼 수 있는지 여부 ② 쟁점수수료를 청구법인의 사업과 관련된 것으로 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 일부개정되기 전의 것) 제88조[부당행위계산의 유형 등] ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율.요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조[시가의 범위 등] ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 2.해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 : 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다. (3)법인세법 시행규칙(2016.3.7. 기획재정부령 제544호로 일부개정되기 전의 것) 제43조[가중평균차입이자율의 계산방법 등] ② 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율”이란 연간 1,000분의 69를 말한다. (4)부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 일부개정되기 전의 것) 제17조[납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략) 1.자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청으로부터 확인한 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점① 관련(쟁점이자율의 적정성) 1) 청구법인이 2011.12.15. OOO에게 보낸 자금재조달계획서 통행료 및 OOO의 재정부담 감소, 출자자의 재무건전성.자금유동성 개선, 장기자금의 투자 및 효율적인 자금운영관리(장기적 자금운용이 가능한 재무적 출자자로 변경) 등을 위하여 자본금OOO의 출자자 변경, 자본금의 감자OOO와 후순위차입금 조달 및 선순위차입금의 대환으로 구성되는 자금재조달을 하고, 이 중 자금차입에 아래 ＜표1＞과 같이 약정액 OOO을 16%의 이자율로 하는 후순위차입금(쟁점후순위차입금의 조달 전 협의 대상) 등이 포함되어 있다. OOO 2) 2차 변경실시협약 체결(2012.12.27.) 후 자본재조달 내역 아래 ＜표2＞와 같이 2012.12.27. 출자자의 변경OOO 등과 더불어 2013.4.3. 대주인 OOO로부터 쟁점후순위차입금 OOO을 쟁점이자율(24.6%)로 차입(2040.4.10. 최종 상환)하였고OOO, 선순위차입금(2013.4.8. 대출약정 체결)의 대주는 OOO하다. OOO 3) 청구법인의 연도별 국고보조금 수취 내역 OOO 4) 청구법인의 연도별 손익 및 자본 변동 내역 감사보고서에 의하면 후순위차입금의 조달 후 영업이익이 개선되었음에도 이자비용으로 결손금이 커지는 등 재무상태가 악화(자본잠식)된 것으로 나타난다. OOO 5) 다른 민자사업의 후순위차입금 이자율 사례 OOO (나) 쟁점② 관련(쟁점수수료의 업무관련성) 1) 청구법인은 아래 ＜표6＞과 같이 2013.1.10., 2013.3.27. OOO 등 6개 업체로부터 쟁점용역과 관련하여 공급가액 OOO의 세금계산서를 발급받았다. OOO 2) 쟁점용역의 내역 청구법인은 위 6개 업체로부터 자금재조달의 계획과 관련된 자문용역(출자자의 지분변경, 선.후순위차입금의 조달, 관련된 재무모델 등)을 체결한 것으로 나타난다. (2) 청구법인이 제출한 증빙자료는 다음과 같다. (가) 쟁점① 관련(쟁점이자율의 적정성) 1) 2차 변경실시협약 체결 내역 청구법인이 제출한 당초 및 1.2차 변경실시협약서, OOO의 공문OOO, 실무협상 관련 회의록(2012.6.27.～2012.11.5. 7차례에 걸쳐 실시된 것) 등의 증빙자료를 보면, 청구법인은 OOO와 협의하여 자본금의 감액OOO, 선순위차입금의 대환(종전 이자율 10.5% ⇒ 7.07%), 유상감자 대금의 조달OOO 통행료의 인하OOO, 보장기준통행료수입(MRG)의 인하OOO등으로 자금재조달을 하는 것(승인)으로 하여 2차 실시변경실시협약을 체결(2012.12.27.)하였다. 2) 기획재정부의 관련 지침(자금재조달 관련) 등 2008년 5월 공고된 ‘민간투자사업기본계획’ 제하의 문서를 보면, 민간투자사업의 추진방향으로 건설사 이외의 재무투자자 등(금융기관, 개인투자자, 시설운영전문사 등)으로 투자주체를 다변화 하고, 사업제안서 평가시 인센티브OOO 등을 부여하는 것으로 나타난다. 2006년 발간된 ‘프로젝트 파이낸싱의 자금재조달에 따른 효과 분석’ 제하의 문헌OOO을 보면, 사회기반시설(SOC) 민간투자사업의 건설시 민간사업비 중 자기자본비율(25%)을 유지하도록 하는데 출자자의 대부분이 건설사여서 해당 비율을 장기간(20～50년) 동안 유지하는 것이 부담스러워서 시설의 완공 후 재무적 투자자 또는 운영업체에 출자를 이전하고자 하는 경향이 있는 것으로 나타난다. 3) 감사원의 다른 민자사업에 대한 감사 내역 OOO주식회사의 시행문OOO을 보면, 감사원이 2007년 5월 서울특별시에 대한 감사 후 ‘후순위차입금은 일반 차입금과 특성이 상이하여 사회통념 및 상관행과 정상거래(특수관계인이 아닌 자 간의 것)에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 금리를 반영하였다고 보이므로 부당행위계산의 부인대상에 해당되지 아니한다’는 의견인 것으로 나타나고, 이에 첨부된 국세청장의 회신(2007.5.9. 감사원의 질의에 대하여 회신한 것)에는 ‘기획예산처의 민간투자사업기본계획에 따라 후순위차입금을 차입한 것이고 금융기관이 정상적인 영업행위로 대여한 것으로 인정되면 부당행위계산 부인 규정의 적용은 어려운 것으로 판단되나, 제반사정에 비추어 저리의 차입이 가능함에도 특수관계인(금융기관)으로부터 준자본형태의 후순위차입금을 차입함으로써 부당하게 법인의 이익이 감소된 것으로 인정되는 경우에는 「법인세법 시행령」제89조 제3항을 적용하여 분여이익을 계산하여야 할 것’이라고 나타난다. 4) 쟁점후순위차입금의 적정이자율 관련 검토보고서 등OOO 「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제10호에 따른 국제거래의 정상가격 산정의 방법 중 하나인 ‘비교가능 제3자 가격방법’을 적용하여 ①먼저 비교대상으로 청구법인이 제3자OOO로부터 차입한 선순위차입금의 이자율(5.7%)을 선정한 후, ②OOO이 2012년～2013년 4월 기간 동안 공시한 유사채권OOO 중 쟁점후순위차입금과 유사한 것(19건)으로 선순위 및 후순위의 각 채무 간 이자율 차이(10.2～13.1%)를 반영한 다음, ③2011년～2013년 기간 중 일반 신용등급OOO인 회사채의 만기별 평균수익률을 이용한 만기와 이자율의 관계(로그함수)로 비교대상인 위 선순위차입금OOO과 쟁점후순위차입금OOO 간의 만기 차이에 따른 이자율 차이(후자가 전자에 비하여 7.9% 높음)를 반영하여 쟁점후순위차입금의 적정한 이자율을 17.1～20.3%로 평가한 것으로 나타난다. 청구법인은 이 건과 쟁점이 유사한 OOO의 후순위차입금에 대한 적정이자율의 검토보고서(같은 회계법인이 2011년 3월 작성한 것)를 제출하였고, 이를 보면 위 쟁점후순위차입금에 대한 것과 유사한 방법으로 적정이자율(14.6～21.6%, 실제이자율은 13.9%)을 산정한 것으로 나타난다. (나) 쟁점② 관련(쟁점수수료의 업무관련성) 1) 당초 실시협약(2004.9.14. 체결된 것) 청구법인은 위 협약 체결시부터 자본재조달이 자신의 업무로 포함되었다 하면서 위 협약서 제2조에 자금재조달의 정의(사업시행자가 실시협약의 체결 또는 금융약정체결 당시의 자본구조 또는 타인자본 조달조건 등을 변경하는 것으로서 자본금, 후순위차입금의 증감 등의 자본구조의 변경 및 이를 수반하는 타인자본 조달조건의 변경 또는 조달금리, 상환기간 등의 변경을 통하여 출자자의 기대수익을 제고하는 것)가 포함되고, 제8조에 출자자의 지분변경 승인 등이 기재된 것을 제시하였다. 2) 쟁점용역의 내역 청구법인은 쟁점용역이 자신이 사업과 관련된 것이라 하면서 각 자문사가 제공한 구체적인 쟁점용역 내역 및 관련된 계약서를 제시하였다. OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이자율이 경제적 합리성을 갖춘 시가에 해당한다고 주장하나, 쟁점후순위차입금의 조달은 특수관계인 간 거래에 해당하고, 청구법인은 쟁점이자율의 산출방법과 이에 관한 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점, 주무관청의 쟁점후순위차입금 조달을 포함한 자금재조달계획의 승인은 민자사업 추진에 대한 일반적인 승인일 뿐 세법상 후순위 차입이자율의 시가 해당 여부나 청구법인이 동 이자율로 인해 법인세 부담을 회피하거나 감소시키지 않았다고 인정한 것으로 보기 어렵고, 자금재조달계획서상 후순위차입금의 이자율(16.0%)과 쟁점이자율(24.6%)도 서로 다른 점, 2차 변경실시협약에 따라 청구법인이 차입할 수 있는 선순위차입금의 규모OOO보다 실제 차입 규모OOO가 적어 동일한 차입금을 추가로 조달OOO할 수 있었음에도 청구법인은 고율의 쟁점이자율로 쟁점후순위차입금을 조달한 점, 청구법인이 징수할 추정 통행료의 규모(불변가액)가 선순위.쟁점후순위차입금보다 커서 이자를 지급받지 못할 가능성이 낮고, 실제 이 건 심리일 현재까지 쟁점후순위차입금에 대한 이자를 미지급한 적이 없으며, 선순위차입금과 쟁점후순위차입금의 대주가 각 동일하여 후자의 채무불이행으로 인한 위험을 의미 있는 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 최소운영수입보장 등으로 쟁점후순위차입금 만기시까지 안정적인 수입이 확보된 것으로 보이는 점, 청구법인이 회계법인에게 의뢰하여 받은 쟁점후순위차입금의 시가 검토보고서에 의하면 적정한 이자율을 17.1～20.3%로 평가한 점 등을 감안할 때 쟁점후순위차입금의 이자율인 쟁점이자율을 시가에 해당한다고 보기 어렵다고 판단된다. 따라서, 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제7호에 따라 특수관계인과의 거래 중 금전을 시가보다 높은 이율로 차용할 경우에는 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하고, 이러한 경우 이자율은 같은 령 제89조 제3항에 따라 제3자간의 거래가액(시가)에도 불구하고 가중평균차입이자율 또는 당좌대출이자율을 시가로 규정하고 있는바, 처분청이 쟁점이자율 중 당좌대출이자율(6.9%)을 초과하는 비율에 상당하는 이자비용을 특수관계자에게 부당하게 지급된 것으로 보아 손금불산입하고 결손금을 감액경정한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO의 건설공사와 관련한 자금조달 당시 자기자본 비율을 25%로 유지하기 위하여 관련 업종인 건설사를 출자자로 하였으나, 완공 후 사업시행 당시에는 기획재정부의 민간투자사업과 관련한 지침에 부응하고 관할 지방자치단체와의 실시협약을 준수하기 위하여 재무적 투자자로 출자자를 변경하고 동 투자자로부터 차입금을 조달하는 등의 자금재조달이 필요하였으나, 그 과정에서 필요한 자금의 규모가 크고 회수기간도 장기여서 출자, 투자 등을 유치할 불확실성이 큰 상황에서 단순히 출자자 또는 투자자의 의사결정을 위한 것이 아니라 사업당사자인 청구법인이 이러한 불확실성을 제거하기 위한 사전검토가 필요하였던 점, 자금재조달을 통하여 발생된 공유이익 일부를 주무관청의 최소운영수입보장금의 기준을 낮추는데 사용함으로써 재정부담을 완화하고 그로써 주무관청과의 상시적 관계를 보다 개선하거나, 통행요금 인하를 통하여 민원해소 등 사회적 인식을 제고할 수 있게 됨으로써 경제적으로 평가할 수 없는 효과 등이 창출되어 그 이익이 청구법인에게 귀속되는 점, 거래처들이 수행한 쟁점용역은 청구법인이 의뢰한 자문용역으로 자금재조달과 관련한 출자자의 변경, 금융조건, 회계.세무상 쟁점, 이해관계자와의 협상 지원, 미래현금흐름 등 재무모델 구축, 교통수요예측, 변경실시협약 검토 등에 대한 자문을 한 점 등에 비추어 쟁점용역은 청구법인의 사업과 직접 관련된 것으로 보이므로 이를 사업과 무관한 것으로 보아 청구법인에게 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.