조심 2015중3472 (2018.06.18)

OOO세무서장이 2015.3.26. 청구법인에게 한 법인세 2011사업연도분 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인의 후순위차입금 약정이자율 13.9%의 적정 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1995.12.6. OOO고속도로의 건설·관리 및 운영을 목적으로 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법에 따라 설립된 법인으로, 2000.12.27. 정부와 체결한 OOO고속도로 민간투자시설사업 실시협약에 따라 2001년부터 2030년까지 30년 동안 수도권 OOO고속도로(이하 “OOO고속도로”라 한다) 관리운영권을 가지고 OOO고속도로를 운영하면서 2001.1.1.부터 20년 동안 매 사업연도 실제통행료 수입이 보장기준통행료(MRG) 수입에 부족할 경우 대한민국 정부(이하 “정부”라 한다)로부터 부족분 수입을 보장받고 있다. 나. 청구법인은 사업시행에 필요한 자금을 조달하기 위하여 2003.12.24. 주주인 OOO 등 7개사와 선순위대출약정을 체결하고 모두 OOO억원을 고정금리 연 9%로 차입하고, 특수관계 없는 OOO억원을 변동금리 7.39%(3년 만기, AA- 기준금리에 연 1.85% 가산)로 차입하였으며, 유상감자대금OOO 등 7개사와 후순위대출약정을 체결하고 13.9%(이하 “쟁점후순위이자율”이라 한다)의 고정금리로OOO 원을 차입(이하 “쟁점후순위차입거래”라 한다)하였다. 다. OOO지방국세청장은 2010년 11월 처분청에 대한 정기감사시 쟁점후순위이자율 13.9%에 포함되어 있는 회사 고유위험이자율 등 2.63%는 특수관계자에게 부당하게 고율로 적용한 이자율에 해당하는 것으로 보았고, 이에 따라 처분청은 이자율 11.27%를 시가로 보아 청구법인의 2005～2010사업연도 후순위대출 관련 지급이자 중 2.63%에 상당하는 금액을 손금불산입하여 법인세를 경정·고지(이하 “1차 처분”이라 한다)하였으며, 청구법인은 1차 처분의 내용을 반영하여 2011～2013사업연도 법인세 신고시에는 쟁점후순위차입거래에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 후순위대출 관련 지급이자 중 2.63%에 상당하는OOO을 각 사업연도마다 손금불산입하였다. 라. 이후 청구법인은 2011～2013사업연도 법인세 신고시 각 사업연도에 손금불산입한 후순위대출 지급이자를 각 사업연도의 과세표준에서 제외하여 달라는 취지로 2015.1.26. 법인세 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2015.3.26. 경정청구 거부처분을 하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점후순위차입거래는 「법인세법」상 특수관계 없는 당사자들 사이에 이루어진 거래이므로 부당행위계산부인 대상이 될 수 없다. (가) 어떤 거래가 부당행위에 해당하는지 여부는 「법인세법 시행령」 제88조 제2항에 따라 “그 행위당시”를 기준으로 판단해야 하고,부당행위계산부인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 거래형태를 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 이를 부인하고 법령이 정하는 방법에 따라 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것을 의제하는 제도인 점을 고려할 때 “그 행위당시”는 거래의 중요한 조건이 확정된 시점을 말하는 것이지 거래 내용을 문서화한 때나 그 거래가 이행된 시점을 말한다고 볼 수 없으며, 따라서 특수관계의 존부 역시 거래대상·가격 등 중요한 조건이 결정된 시점을 기준으로 판단하는 것이 타당하다. (나) 그렇다면 쟁점후순위차입거래가 부당행위에 해당하는지 여부와 관련하여 특수관계의 존부를 판단하는 기준 시기는 그 이자율에 관한 내용을 문서화하는 때나 후순위대출이 실행된 때가 아니라 연 13.9%라는 후순위대출 이자율이 언제 확정되었는지를 기준으로 해야 하는바, 쟁점후순위이자율은 2003.12.15. 이전 또는 늦어도 OOO장관이 최종적으로 쟁점후순위이자율을 포함하는 출자사변경을 승인한 시점인 2003.12.20.에 확정되어 있었다고 보아야 하므로 동 시점을 기준으로 특수관계의 존부를 판단해야 할 것인데, 동 시점을 기준으로 할 때 후순위대출 대주들이 확정되어 있지도 아니하였을 뿐만 아니라 OOO은 청구법인의 주주도 아니었으므로 쟁점후순위차입거래 중 OOO과 청구인 사이에 체결된 부분은 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니한다. (2) 쟁점후순위차입거래는 선순위대출약정에 비해 불리한 조건이어서 이를 반영하여 이자율을 결정한 것이므로 쟁점후순위이자율은 시가에 해당하고, 설령 쟁점후순위이자율이 시가보다 높다고 하더라도 쟁점후순위차입거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래에 해당한다고 볼 수 없으므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다. (가) 쟁점후순위이자율은 선순위대출약정에 비하여 담보·원리금 변제 순위·지급제한 조건 등에서 불리한 조건에 있으므로 이러한 불리한 조건을 반영한 것인 점, 정부가 추정운영수입의 80%를 보장해 준다고 하더라도 항상 정해진 시점에 지급된다고 보기 어렵고 정부와 분쟁이 발생할 경우 국고보조금이 지급되지 아니하여 원리금 회수를 예측하기 어려운 점, OOO은 쟁점후순위이자율 적용에도 불구하고 사업의 수익성이 당초 기대에 미치지 못한다고 하여 컨소시엄에서 탈퇴한 사실이 있는 점, 청구법인 주식의 매도인측과 매수인측 및 정부는 수회에 걸친 협의를 통하여 각자 자신의 이익을 위하여 재무모델 분석을 통하여 물가상승률과 보장기준통행료(MRG) 인하 정도에 따른 투자수익률의 변화 정도 등을 면밀히 분석하였고, 특히 정부는 민간투자지원센터를 통해 보장기준통행료(MRG) 인하로 인한 모든 경제적·세무적 이슈를 철저히 검토한 후 비로소 쟁점후순위이자율을 확정한 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점후순위이자율은 거래 당사자들이 선순위대출에 비하여 불리한 조건 및 위험성을 적절히 반영하기 위하여 수회에 걸친 협상의 결과로 도출된 것으로서 시가에 해당한다. (나) 설령 쟁점후순위이자율이 시가보다 높다고 하더라도, 당초에는 후순위대출 계획이 없었다가 정부의 보장기준통행료(MRG) 인하 요청으로 비로소 후순위대출 규모와 이자율 등이 논의되기 시작한 점, OOO는 정부의 보장기준통행료(MRG) 인하 요청이 있게 되자 OOO 컨소시엄에서 탈퇴하였고, 후순위대출 이자율이 쟁점후순위이자율로 결정된 이후에도OOO 및 OOO이 추가로 OOO컨소시엄에서 탈퇴한 점, 이 사건 매매당사자들과 정부는 수회의 협의를 거치면서 재무모델을 통하여 물가상승률과 보장기준통행료(MRG) 인하율 등 조건의 변동 정도에 따른 투자수익률을 검토하는 등 각자 자신의 이해득실을 따져보아 쟁점후순위이자율을 결정한 점, 쟁점후순위차입거래는 민자사업에서 일반적으로 이루어지는 자금재조달의 한 방법인 점, 쟁점후순위이자율은 정부의 승인을 받은 가액인 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점후순위이자율은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래가 아니므로 쟁점후순위이자율에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 위법·부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 조사청은 청구법인의 후순위차입금 적정 프리미엄 연구 보고서를 토대로 후순위차입이자율의 시가를 산정한바, 선순위차입이자율 9%를 기준으로 만기프리미엄 0.65%, 시가반영 후순위프리미엄 1.62%는 정당한 것으로 보아 반영하고 회사고유위험 프리미엄인 2.59%는 부당한 것으로 보아 미반영하여 후순위차입이자율의 시가를 11.27%로 산정하였으며, 청구법인의 후순위 차입금은 당초부터 대손될 위험이 없는 등 실질적인 리스크 프리미엄이 존재한다고 할 수 없으므로 회사고유위험 프리미엄을 시가에서 제외한 당초 처분은 정당하다. (2) 청구법인은 당초 자본금을 감자할 필요가 없었고OOO억원을 차입할 필요도 없었으며, 따라서 차입에 따른 이자를 지급할 이유도 없었으나 청구법인의 후순위대주들이 청구법인으로 하여금 자본금을 감자한 후 자신들에게 반환하도록 하고 그 필요자금을 자신들로부터 후순위대출을 받게 하여 13.9%라는 고율의 이자를 지급하게 된 것이므로 이는 청구법인의 자본금을 감자한 후 후순위차입이라는 거래형태를 남용하여 조세부담을 부당하게 회피한 것으로서 부당행위계산부인 대상에 해당한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점후순위차입거래에서 청구법인과 후순위대주가 특수관계에 해당하지 아니하므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부 ② 쟁점후순위이자율은 시가에 해당할 뿐만 아니라 쟁점후순위차입거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래에 해당한다고 볼 수 없으므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제시한 쟁점후순위차입거래의 배경은 다음과 같다. (가) (구OOO장관은 1995.5.24. (구)「사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법」(1998.12.31. 법률 제5624호로 전부개정되기 전의 것) 제11조에 따라 수도권 OOO고속도로 민자유치 시설사업 기본계획(이하 “이 건 기본계획”이라 한다)을 고시하였고, 청구법인은 법인으로 설립되기 전인 1995.10.27. 설립예정법인의 지위에서 정부와 OOO고속도로 건설을 위한 실시협약을 체결하였으며, 이후 OOO 주식회사를 비롯한 11개 건설사(이하 “건설출자사들”이라 한다)들이 1995.12.6. 청구법인을 설립하여 OOO고속도로 건설에 관한 사업시행자 지위를 승계하도록 하였다. (나) 청구법인은 OOO고속도로 공사기간 중인 1995.12.27. OOO을 비롯한 금융기관으로부터 사업추진을 위한 자금OOO을 차입하였고, 건설출자사들은 동 채무의 보증을 위하여 청구법인 발생주식 등을 담보로 제공하였다. (다) 2002.12.31. 당시 청구법인의 주주는 OOO주식회사를 비롯한 14개사(이하 “기존출자사들”이라 한다)였고, 청구법인의 총발행주식수는 OOO으로서 자본총액은OOO원이었는바, 기존출자사들은 주로 건설업을 영위하는 법인들로서 재무건전성과 자금유동성이 상대적으로 취약하여 30년이라는 도로 운영기간동안 청구법인의 발행주식을 보유하는 것에 현실적인 어려움이 있어 2002년경부터 투자여력이 있고 장기투자가 가능한 연기금과 금융기관 등 재무적투자자들에게 청구법인의 주식을 양도하는 방안을 검토하였으며, 2003년 4월경 OOO 컨소시엄과 주식양수도 협상을 진행하여 2003년 11월경 주식양수도 기본원칙에 합의한 다음 기존출자사들 대부분과 OOO 컨소시엄은 보장기준통행료(MRG) 인하 정도와 후순위채 규모 등에 관하여 (구)OOO장관의 승인을 얻기 위하여 2003.9.8., 2003.9.25., 2003.9.30., 2003.10.1., 2003.10.8., 2003.11.11. 등 수차례에 걸쳐 (구)OOO 등 정부관계자와 협의를 하였다. (라) (구)OOO등과의 협의에서 정부는 기존출자사들 및 교원공제회 컨소시엄에게 보장기준통행료(MRG)를 80% 미만으로 낮추는 방안을 제시하였고, 보장기준통행료(MRG)가 낮아질 경우 정부가 청구법인에게 보전해 주어야 할 금액이 줄어들어 투자수익률이 하락하게 되므로 협의 과정에서 OOO컨소시엄의 구성원이었던 OOO가 2003년 11월경 탈퇴하였으며, 그 후OOO컨소시엄은 투자수익률을 보전하기 위한 방법으로 청구인의 자본금을 감자하고 이를 후순위채로 전환하는 방법이 논의되었다. (마) 기존출자사들 대부분과 OOO 컨소시엄은 2003년 11월경 주식 양수도계약을 체결할 것을 합의하였고, 청구법인은 2003.11.5. (구)OOO에게 출자사 변경 승인을 요청하였으며, OOO컨소시엄은 2003.11.18. 청구법인에게 아래와 같은 내용의 주식양수도와 관련한 실시협약 변경에 대한 확약서(이하 “1차 확약서”라 한다)를 제출하여 동 확약서가 (구)OOO장관에게 제출되었으나, (구)OOO장관은 2003.12.6. 청구법인에게 “채무변경으로 이자율이 약 2.5% 올라가고, 자기자본OOO을 감축하는 대신 후순위 차입채무로 충당하고 이에 대해 연 13.9%의 고이율을 부담하는 사안을 새로이 포함하고 있다고 보이는데, 좀 더 면밀한 검토가 필요하다고 판단된다”라고 하면서 출자사 변경 승인을 유보하였다. 1) OOO은 기존 주주들로부터 청구법인의 총 발행주식 OOO를 매수한다. 2) 2차 실시협약에서 정한 보장기준통행료 수입을 특정사업연도 추정통행료 수입의 90%에서 80%로 수정한다. 3) 정부가 2차 실시협약 제48조 제2항에 따라 사업시행자에게 지급하여야 할 2002년도 통행료수입 보장금액(2003년에 지급되어야 할 금액)과 2003년도 통행료수입 보장금액(2004년에 지급되어야 할 금액)을 계산함에 있어 기준이 되는 “보장기준통행료수입”을 2차 실시협약 부록 4에 명시되어 있는 2002년도 및 2003년도 추정통행료 수입의 90%에서 80%로 수정한다. 4) OOO 등은 매매거래와 동시에 청구법인의 기존 차입금을 상환하기 위하여 필요한 자금을 OOO과 공동으로 주선 또는 참여하는 기관들로부터 재차입하여 상환하며, 재차입에 대한 대출약정서상 명시된OOO억원의 대출금 원금과 그에 대한 이자가 2차 실시협약 제61조 해지시 지급금의 계산 기준이 되는 총선순위채무에 포함되도록 한다. 5) 청구법인은 자기자본비율을 15% 이상 유지하며, 사업시행자의 자본금 중 OOO을 감자하여 준자본형태의 후순위차입금으로 대체할 수 있다. (바) (주)OOO장관의 출자사 변경 승인 유보에 따라 OOO 컨소시엄에서 탈퇴하였고, OOO 컨소시엄은 (구)OOO장관의 출자사변경 승인을 얻기 위하여 1차 확약서를 일부 변경하는 내용의 확약서(이하 “제2차 확약서”라 한다)를 작성하였으며, 청구법인은 2003.12.15. (구)OOO장관에게 수정된 출자자변경계획서를 첨부하여 출자자변경 승인을 요청하는 공문을 발송하였다. (사) (구)OOO장관은 청구법인이 추가로 제출한 출자자변경계획서 등을 OOO에 설치된 사회간접자본시설에 대한 민간투자지원센터에 의뢰하여 검토한 다음 2003.12.20. 청구법인에게 출자자변경계획서에 따라 향후 실시협약을 변경하는 조건으로 출자사 변경을 승인하는 내용의 공문을 발송하였다. (아) (구)OOO장관의 출자사변경 승인이 이루어진 후 OOO컨소시엄 참여사들은 2003.12.23. 기존출자사들 중 주식양도 희망사들이 보유하고 있는 청구법인의 주식OOO원은 연대하여 지급하기로 하되 매매완결일은 2003.12.29.로 하는 내용의 주식매매계약(이하 “이 건 주식매매계약”이라 한다)을 체결하였고, OOO 컨소시엄에서 탈퇴함에 따라 OOO단이 매수하기로 한 지분 몫은 OOO회사가 대신 투자하기로 하여 OOO가 이 건 주식매매계약에 따라 취득할 주식 중 OOO이 매수하기로 한 지분인 OOO주를 OOO에게 매도하는 계약을 체결하였으며, OOO 컨소시엄은 2003.12.29. 이 건 주식매매계약에 따른 대금을 기존출자사들에게 지급하여 이 건 주식의 소유권을 취득하였다. (자) 이 건 주식매매계약에 따라 청구법인의 주주가 된 OOO과 기존 주주인 OOO는 2003.12.29. 개최된 청구법인의 임시주주총회에 출석하여OOO억원의 후순위 대출약정 체결 및 청구법인 총 발행주식OOO주의 무상감자를 각 승인하였고, 청구법인은 임시주주총회 결의에 따라 2004.1.30. 유상감자를 실시하였다. (차) 청구법인은 2003.12.24. OOO등 대주들(이하 “선순위대출 대주들”이라 한다)과 총액 OOO원을 한도로 하여 인천국제공항고속도로 민간투자시설사업 대출약정(이하 “이 건 선순위대출약정”이라 한다)을 체결하고, OOO억원을 대출받아 기존출자사들이 지급보증한OOO억원의 채무를 전부 변제하는 데 사용하였으며, 2004.1.15.OOO 등 대주들(이하 “후순위대출 대주들”이라 한다)과 OOO 민간투자시설사업 후순위대출약정을 체결하였는바, 쟁점후순위대출약정 제3조 제1항에 의하면 동 대출에 적용된 이자율은 13.9%이다. OOO (2) 청구법인의 주주 및 지분율 변동 내역은 아래 ＜표2＞과 같다. OOO (3) 청구법인은 조사청의 처분청에 대한 정기감사시 쟁점후순위이자율이 시가라는 증빙으로 아래 ＜표3＞의 “후순위차입금의 적정 프리미엄 연구보고서”(2005.10.11., 회계법인 작성)를 제출하였고, 조사청은 동 보고서를 토대로 회사고유위험 이자율 등 2.63%는 특수관계자에 대한 부당행위계산 부인대상으로 지적하였다. OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인과 후순위대주와의 특수관계 여부의 판단 기준시점은 쟁점후순위이자율을 OOO로부터 승인받음으로 인해 쟁점후순위이자율이 확정된 OOO의 승인일(2003.12.20.)을 기준으로 하여야 하고, 쟁점후순위차입금의 대주인 OOO 등이 청구법인의 주주가 된 시점이 2003.12.29.이므로 쟁점후순위이자율 결정시점인 2003.12.20. 현재 청구법인과 OOO등은 부당행위부인규정 적용대상이 되는 특수관계에 있지 아니하다는 주장이나, 특수관계자에 해당하는지 여부는 「법인세법 시행령」 제88조 제2항에서 행위당시를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는바, 청구법인과 OOO 등이 특수관계에 해당하는지의 판단시점은 후순위대출 약정체결일인 2004.1.15.을 기준으로 판단하여야 하는 것이므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2011중3015, 2012.8.16. 같은 뜻임). (5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점후순위이자율이 OOO의 승인을 받은 이자율로 정부의 승인을 믿고 자금재조달을 실행한 것이고 후순위대출약정일 현재OOO회사는 비특수관계자이므로 쟁점후순위이자율이 시가라는 주장이나, 주무관청의 승인사항은 민자사업 추진에 대한 일반적인 승인일 뿐 세법상 쟁점후순위이자율의 시가 해당여부를 판단하거나 청구법인이 동 이자율로 인해 법인세 부담을 회피하거나 감소시키지 아니하였다고 인정한 것은 아닌 것으로 보이는 점, OOO회사는 후순위차입금 약정일인 2004.1.30. 현재에는 비특수관계자에 해당되나 민자사업의 경우 건설사에서 재무적투자자로의 변경시 주무관청의 승인을 받도록 하고 있어 OOO가 후순위차입금 약정일 이후 주주로 참여가 예정된 상태에서 후순위차입금약정이 이루어진 것으로 보이는 점, OOO회사는 후순위차입금 약정일 이후 주무관청의 승인을 받아 2004.10.29. 주주로 구성된 점 등을 종합하여 볼 때, 자금재조달계획에 대한 OOO의 승인이 있었고OOO회사가 비특수관계자이므로 쟁점후순위이자율이 시가라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다만, 처분청은 청구법인이 산정한 회사고유위험 프리미엄 등 2.63%가 후순위차입금을 회수하지 못할 가능성이 없어 배제되어야 한다는 의견이나, 당초 후순위 대출투자 컨소시엄에 참여하였던 국민연금공단이 보장기준통행료(MRG) 인하조건을 포함한 13.9%의 후순위차입금 이자율 등의 투자조건 하에서 후순위 대출투자를 결정하였다가, 이후 정부가 보장기준통행료(MRG) 인하와 관련하여 추가 투자조건을 요구하자 쟁점후순위이자율(13.9%)로는 투자할 수 없다고 하여 2003.12.23. 투자컨소시엄에서 임의 탈퇴한 사실이 있어 쟁점후순위이자율을 시가로 볼 수 있는 측면이 있고, 쟁점후순위차입금은 선순위차입금에 비해 담보·원리금 변제순위·지급제한 조건 등에서 매우 불리한 조건의 차입이고, 민자사업에 있어 정부와 실시협약에 대한 분쟁이 발생할 경우 분쟁이 해결될 때까지 보장기준통행료(MRG)가 지급되지 않아 원리금 회수를 예측하기 어렵다는 청구법인의 주장이 타당성이 있는 것으로 보이는 점, 후순위차입금의 이자율은 발행주체 및 민자사업의 수익성 등에 따라 차이가 있어 단순히 다른 민자사업의 후순위차입금 이자율과의 비교를 통하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점후순위이자율의 적정성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011중3015, 2012.8.16. 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.