조심 2020인1253 (2021.02.03)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1995.12.6. OOO고속도로의 건설·관리 및 운영을 목적으로「사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법」에 따라 설립된 법인으로, 2000.12.27. 대한민국 정부(이하 “정부”라 한다)와 체결한 OOO고속도로 민간투자시설사업 실시협약(이하 “실시협약”이라 한다)에 따라 2001년부터 2030년까지 30년 동안 수도권 OOO고속도로(이하 “OOO고속도로”라 한다) 관리운영권을 가지고 OOO고속도로를 운영하면서 2001.1.1.부터 20년 동안 매 사업연도 실제통행료 수입이 보장기준통행료(MRG) 수입에 부족할 경우 정부로부터 부족분 수입을 보장받고 있다. 나. (쟁점① 관련) 청구법인은 2003.12.24. 사업시행에 필요한 자금을 조달하기 위해 주무관청인 국토교통부로부터 사전 승인을 받은 후 대출약정을 체결하여 OOO원을 차입하였고(이하 “1차 선순위차입거래”라 한다), 2004.1.15. 후순위대출약정을 체결하여 이자율 13.9%로 OOO원을 차입하였다가(이하 “1차 후순위차입거래”라 하고, 1차 선순위차입거래와 합하여 “1차 자금재조달”이라 한다), 2014년 9월 1차 선순위차입금 전액과 1차 후순위차입금 OOO원을 상환하였다. 다. 한편, 국토교통부는 청구법인과 수차례의 협상을 통해 2015.8.24. OOO고속도로 통행료를 13.2% 인하(OOO원→OOO원)하는 것을 조건으로, 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 2차 자금재조달 계획을 승인하였다. OOO 라. (쟁점② 관련) 청구법인은 실시협약에 따라 OOO고속도로 개통 전에 교통관리체계 운영시설인 지능형 교통체계시스템과 교량계측관리시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다)을 구축하였고, 동 협약상의 부속시설 유지·보수·관리의무에 따라 2차례(2008년, 2014년∼2018년) 쟁점시스템을 개량·대체하면서 이를 사업용자산인 기계장치로 분류하고 업종별 내용연수(6년)를 적용하여 정률법으로 감가상각하였다. 마. 청구법인은 ① 2015∼2018사업연도 법인세 신고 시 2차 후순위차입거래에 따른 지급이자 OOO원을 손금산입하였고, ② 2014∼2018사업연도 법인세 신고 시 쟁점시스템 감가상각비 OOO원을 손금산입하였다. 바. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.4.8.부터 2019. 8.1.까지 법인제세 통합조사를 실시한 결과, ① 2차 후순위차입금에 대한 쟁점이자율 13.5%는 특수관계자에게 부당하게 고율로 적용한 이자율에 해당하는 것으로 보고, 법인세법령에서 정하는 당좌대출이자율 연 4.6%(2016.3.6.까지는 연 6.9%, 이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 보아 시가초과분 OOO원을 손금불산입하고, ② 쟁점시스템을 기계장치가 아닌 ‘임차자산개량권’으로 보아 감가상각 시부인 시 기계장치의 내용연수(6년)가 아닌 잔여 사용수익기간에 균등 상각하여 감가상각비를 재계산하여 한도초과액 OOO원을 손금불산입하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.12.3. 청구법인에게 2014∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원OOO을 경정ㆍ고지하였다. 사. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점처분 중 2차 후순위차입금 이자율의 시가를 당좌대출이자율로 본 부분은 위법하다. 청구법인의 2차 자금재조달은 국토교통부의 요구 및 승인에 의한 것이고, 2차 후순위차입거래가 선순위차입거래에 비하여 담보ㆍ원리금 변제 순위ㆍ지급제한 조건 등에서 불리한 조건에 있어 동 거래 당사자들이 이를 적절히 반영하여 쟁점이자율을 도출한 것이다. 회계법인의 이자율 검토보고서에 따른 정상이자율의 범위는 특수관계인 간 거래에 따른 선순위차입이자율을 기준으로 산정되었다는 점에서 적절한 시가의 범위라 보기 어렵고, 처분청이 시가로 보는 당좌대출이자율에는 후순위대출의 위험프리미엄이 전혀 반영되어 있지 않는바, 상기 정상이자율의 범위 및 당좌대출이자율에는 모두 이익공유로 인한 신공항고속도로 통행료 인하 효과가 반영되어 있지 않다. 따라서 쟁점이자율은 거래 당사자들이 선순위차입거래에 비하여 불리한 조건 및 위험성을 적절히 반영하기 위하여 수회에 걸친 협상의 결과로 도출된 것으로서 시가에 해당하고, 2차 후순위차입거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래에 해당한다고 볼 수 없으므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다. 대법원은 이미 청구법인의 1차 자금재조달과 관련하여 1차 후순위차입금 이자율 13.9%가 부당행위계산 부인 대상이 아니라고 판시하였고OOO, 이 사건과 쟁점이 동일한 다른 사건과 관련하여서도 후순위차입금 이자율을 부당행위계산 부인 대상으로 보아 이루어진 법인세 부과처분을 위법하다고 보았다OOO (2) 쟁점처분 중 쟁점시스템 대체비용을 자본적 지출로서 임차자산개량권 취득으로 본 부분은 위법하다. (가) 자본적 지출은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 의미하는 것으로, 법인 소유자산인 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출 여부는 무형고정자산인 사용수익권에 대한 내용연수 또는 가치를 증가시키기 위한 지출로서 미래의 수익증가에 기여한 것인지에 따라 판단하여야 한다. 쟁점시스템 대체비용은 청구법인이 소유하는 무형고정자산인 사용수익기부자산에 대한 내용연수(사용기간)를 연장하거나 미래의 수익창출(통행료 수입의 증가)에 기여할 수 있는 현실적 가치 증대를 가져오는 것이 아니므로 자본적 지출이 아니라 수익적 지출에 해당한다. 그런데, 청구법인은「법인세법」상 즉시 손금에 해당하는 상기 비용 지출액을 오해하여 이를 비용지출시점으로부터 6년간 안분하여 상각한 것에 불과하고, 해당 회계처리는 즉시 손금산입이 원칙인 비용을 오히려 청구법인에게 불리하게 손금산입의 시점을 뒤로 미룬 것으로 법인세법령에 위반하지 않는 범위 내에서 존중되어야 한다. (나) 처분청 과세논리는 쟁점시스템 대체비용은 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출로서, 쟁점시스템을 기계장치가 아니라 임차자산개량권으로 보아 사용수익기간 동안 균등 안분하여 감가상각비를 재계산하여야 한다는 것이다. 그러나, 자본적 지출은 법인이 이미 소유하는 감가상각자산에 대한 지출이고 자본적 지출이 있는 경우 그 지출액을 가산한 금액이 기존의 감가상각자산의 취득가액이 되는 것임에도, 처분청은 쟁점시스템 대체비용이 자본적 지출이지만 동시에 임차자산개량권이라는 새로운 자산을 취득하는데 지출된 비용이라는 모순되고 상반된 주장을 하고 있다. (다) 설령 처분청 과세논리를 새로운 임차자산개량권의 취득이 아니라 청구법인이 소유하고 있는 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출로 보더라도 위법하다. 쟁점시스템 대체비용의 지출은 실시협약에서 정한 청구법인의 시설관리운영권에 관한 유지·관리 의무의 이행에 따른 것이지 가치를 증가시키기 위한 것이 아니다. 한편, 최초의 쟁점시스템은 2008년 제1차 대체공사로, 이후 쟁점시스템은 2014년∼2018년 제2차 대체공사로, 이 건 쟁점시스템은 2020년 이후 예정된 제3차 대체공사로 각각 제거되었거나 제거될 예정이다. 그렇다면, 설령 쟁점시스템 대체비용을 자본적 지출로 보더라도 처분청의 과세논리는 1차 대체공사 시 지출된 비용이 2차 대체공사 이후에도 계속 감가상각되어야 한다는 것으로, 논리모순이고 감가상각제도의 취지에도 부합하지 않는다. 즉 감가상각이란 감가상각 대상금액을 내용연수 동안 체계적으로 배분하여 비용화하는 회계절차인바, 이미 대체되어 제거된 기간까지 상각기간에 포함하여 감가상각비를 인식한다는 것은 부당하다고 할 것이다. 처분청도 당초 쟁점시스템의 내용연수를 2030년까지로 보아 감가상각 시부인 계산을 하다가 최초 쟁점시스템이 2018년 전부 대체되자 잔존가액을 2018년에 일시에 상각한 것은 결국 쟁점시스템의 내용연수를 운영기간까지로 볼 수 없음을 스스로도 인정한 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 2차 후순위차입거래 당시 적용한 쟁점이자율은 다음과 같은 이유로 시가로 볼 수 없다. (가) 2차 후순위차입거래는 1차 자금재조달 시의 후순위차입금을 일시에 상환 후 재차입한 거래로서 그 실질이 자본금으로 간주되고 있다. 즉, 동 거래는 1차 자금재조달 시 유상감자를 통해 자기차입한 후순위차입금을 재연장(만기 2017년 → 2028년)한 것으로서 제2차 자금재조달 시 유상감자를 통해 출자금을 차입금으로 전환한 선순위차입금(이자율 4.36%)과 비교할 때, 선순위·후순위라는 명칭의 차이만 있을 뿐 두 거래의 실질은 출자금의 차입금 전환거래라는 점에서 동일함에도, 자본으로 간주되는 투자자금을 지급순위, 지급조건, 만기, 담보가치 등이 일반적인 채권보다 열위에 있어 채권의 회수가능성이 매우 낮은 후순위차입금과 비교하는 것은 타당하지 않다. 다만, 사업초기 사업보장기간까지의 기대수익 또는 출자금의 회수가 불확실함에 따라 최초 사업시행자였던 건설출자자들이 지속적으로 정부에 투자금 회수를 요청함에 따라, 정부는 현재의 재무적 투자자들에게 유상감자를 통한 투자금의 조기회수, 동 유상감자대금을 청구법인이 재무적 투자자(주주)로부터 고율로 후순위차입하게 함으로써 사업 초기 불확실한 배당 대신 안정적이고 확실한 이자수익을 보장하는 유인책(자금재조달)을 제시하였으며 대법원에서도 당시 경제상황에 비추어 후순위차입금의 성격과 그 이자율이 적정하다고 판단하였다. 그러나, 이 건 제2차 자금재조달 약정은 청구법인의 사업규모가 안정기를 지나 확장기에 접어들고 고속도로 통행량 및 주변 인프라 등 사업여건이 개선된 점을 반영한 것으로, 그 당시 청구법인의 전반적인 재무구조 개선 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 불안정한 사업초기의 1차 자금재조달 시점과는 달리 투자금 및 사업수익금(배당)에 대한 회수불가능성이 결코 높지 않았으며 새로운 출자자를 모집하기 위해서 주주에게 일반적인 차입 이자율보다 훨씬 고율의 이자수익을 보장해 줄 후순위차입의 경제적 합리성 또한 없었다고 보인다. (나) 주무관청인 국토교통부가 쟁점이자율을 시가로 승인하였다고볼 수 없다. 국토교통부의 승인은 ‘출자자 변경과 자금재조달계획에 관한 것’일뿐 쟁점이자율을 결정한 것으로 볼 수 없고, 자금재조달의 목적은 자본구조, 출자자 지분 및 타인자본 조달 조건 등을 변경하여 출자자의 기대수익을 증가시키기 위한 것이어서 근본적으로 출자자의 입장에서 진행되는 제도로서 세법상 부당행위계산부인제도와 그 취지가 다르다. 따라서 국토교통부가 청구법인의 자금재조달 계획을 승인하였다할지라도 2차 후순위차입거래의 이율 중 시가를 넘어서는 부분에 대하여 처분청에서 부당행위계산부인을 적용하는 것은 가능하다고 할 것이다OOO (다) 2차 후순위차입금 이자율의 시가는 당좌대출이자율로 보는 것이 타당하다. 제2차 자금재조달을 정부로부터 요청받을 당시 재무상황 및 사업구조, 경제상황 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인은 주주(대주)로부터 자금을 차입할 필요가 전혀 없었다. 쟁점이자율(13.5%)은 일반적인 후순위차입금의 상환위험성 등에 대한 보상이 아니라 제2차 자금재조달의 취지 및 결과로 통행료 인하 규모에 상응하는 자금재조달을 통한 예상요구수익률(주주측면)의 의미를 가지는 것으로, 기업을 경영함에 있어서 운전자금의 부족 또는 시설투자를 위하여 외부로부터 자금을 조달하는 경우 차용증서를 교부하고 타인으로부터 금전을 차용하는 차입금의 대가로서 세법상 시가로 인정되는 이자율이라고는 볼 수 없다. (2) 쟁점처분 중 쟁점시스템 대체비용을 자본적 지출로서 임차자산개량권 취득으로 본 부분은 정당하다. (가) 쟁점시스템 대체비용은 실시협약에 따른 유지보수의무의 이행에 불과한 것이 아니라 사용수익기부자산을 현실적으로 증가시키는 자본적지출에 해당한다. 쟁점시스템은 해당 고유사업 목적(고속도로 유지관리 및 통행료징수 등)상 반드시 필요한 시설물(사회기반시설)로, 기존 시스템 구성품의 노후 뿐만 아니라 청구법인의 노하우 및 계속적인 경험을 통한 필요성 분석, 정부의 지속적인 시스템 업그레이드의 요구로 인하여 기존시스템의 단점 개선, 청구법인 및 도로이용자의 편의 및 안전성 증진 등을 위하여 시스템 전체를 일괄 대체한 것이다. 청구법인은 쟁점시스템 대체시점마다 국내 최초 최첨단 시스템 도입 등을 통하여 종전 시스템 보다 현저하게 기능을 개선하여 소득금액 측면에서 청구법인의 장기적인 수익증가에 기여하였다. 또한 청구법인이 부여받은 무상사용기간은 쟁점시스템 대체주기 및 유지관리의무 등을 포함한 모든 계약조건을 고려하여 30년으로 인정된 것으로, 쟁점시스템 대체를 이유로 무상사용기간이 연장될 가능성은 떨어지나 실시협약에 따른 쟁점시스템 대체의무 미행 시 무상사용기간 단축, 예상운영비에 감소에 따른 국고보조금 감소 등 청구법인에 중대한 손해가 발생하므로 쟁점시스템 대체비용을 단순한 수익적 지출로 볼 수 없다. (나) 청구법인은 쟁점시스템 대체비용을 청구법인 소유 업종별자산으로 분류하여 내용연수 6년을 적용하였으나, 이는 다음과 같은 사유로 부당하다. 청구법인은 정부와「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 실시협약을 체결하고 OOO고속도로의 관리운영을 위한 사회기반시설을 건설하여 정부에 기부채납하였는바, 이 건 쟁점시스템은 당초 정부에 기부채납한 사업시설에 포함된 정부 소유의 자산이고, 대체 전후 시스템 모두 정부가 소유 또는 통제하는 자산에 해당한다. 즉, 청구법인은 실시협약상 쟁점시스템 대체 및 유지관리 의무에 따라 이를 대체(개량)한 것으로, 쟁점시스템은 청구법인의 운영기간 만료시점에 정부에 귀속되는 것이 아니라 시스템 대체 시점부터 그 소유권은 정부에 있고, 운영기간 만료시점에 청구법인은 정부 소유 자산을 정부에 반환하는 것이다. 따라서 쟁점시스템 대체비용은 정부가 소유·통제하는 자산에 대한 자본적 지출에 해당하므로 예규에 따라 동 금액은 시설관리운영권 설정기간의 잔존기간에 안분하여 손금에 산입하는 것이 타당하다OOO (다) 처분청에서 2008년 진행한 쟁점시스템 대체비용에 대하여 2014년∼2018년 쟁점시스템 대체 시 잔존 감가상각비를 일시상각한 이유는 다음과 같다. 임차자산개량권은 원칙적으로 사용수익기간 동안 안분하여 균등상각함이 타당하나, 조사 결과 2018년 쟁점시스템 대체 시 일부 구성품을 제외한 대부분의 구성품을 일괄 대체하였는데 계속 사용된 구성품이 미미하였고 기존시스템의 구성품이 폐기처리된 내역이 확인되었다. 이에 조사청은 2018년 쟁점시스템 대체를 통하여 기존의 임차자산개량권(별도자산)이 소멸한 것으로 보고 쟁점시스템 잔존가액을 일시에 상각하는 것이 합리적이라고 판단한 것이다. (라) 청구법인은 쟁점시스템 대체비용은 청구법인이 소유하는 무형고정자산인 사용수익권에 대한 내용연수(사용기간)를 연장하거나 미래의 수익창출(통행료 수입의 증가)에 기여할 수 있는 현실적 가치 증대를 가져오는 것이 아니므로 자본적 지출 아닌 수익적 지출에 해당하여 즉시 손금산입하여야 하나 이를 6년간 안분하여 손비로 계상한 것은 법인세법령에 위반되지 않는 한 관행으로서 존중되어야 한다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 부당하다. 청구법인은 도로재포장비, 항로표지판 교체공사, 엘리베이터 공사 등에 대하여는 일관되게 임차자산개량권으로 계상하고 있는데 반하여쟁점시스템만을 기계장치로 별도로 구분 계상하고 있다. 만약 청구주장대로라면, 도로재포장비 등 당초 임차자산개량권을 계상하고 사용수익기간 동안 균등상각하는 자산에 대한 수선비도 자본적 지출이 아닌 수익적 지출에 해당하므로 즉시 손금산입하여야 하나, 청구법인은 상기 비용에 대하여는 임차자산개량권, 즉 사용수익기부자산의 자본적 지출로 보아 사용수익기간(2030년)까지 균등상각하고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 2차 후순위차입금에 대하여 지급한 이자비용을 손금불산입한 처분의 당부 ② 쟁점시스템 감가상각비를 과다계상하였다고 보아 손금불산입한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제23조【감가상각비의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 "감가상각자산"이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. ④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 손비로 계상한 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 감가상각비로 계상한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다. 1. 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액 2. 감가상각자산에 대한 대통령령으로 정하는 자본적 지출에 해당하는 금액 ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 감가상각비의 손금산입방법, 한국채택국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산, 감가상각방법의 변경, 내용연수의 특례 및 변경, 중고자산 등의 상각범위액 계산특례, 즉시 상각할 수 있는 자산의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다. 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산 사. 사용수익기부자산가액 : 금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체, 법 제24조 제3항 제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 법인 또는 이 영 제39조 제1항 제1호에 따른 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액 제26조【상각범위액의 계산】① 법 제23조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다. 7. 사용수익기부자산가액 : 해당 자산의 사용수익기간(그 기간에 관한 특약이 없는 경우 신고내용연수를 말한다)에 따라 균등하게 안분한 금액(그 기간 중에 해당 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 말한다)을 상각하는 방법 제28조【내용연수와 상각률】① 감가상각자산의 내용연수와 해당 내용연수에 따른 상각률은 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 기획재정부령으로 정하는 시험연구용자산과 제24조제1항 제2호가목부터 라목까지의 규정에 따른 무형자산: 기획재정부령으로 정하는 내용연수와 그에 따른 기획재정부령으로 정하는 상각방법별 상각률(이하 "상각률"이라 한다) 2. 제1호 외의 감가상각자산(제24조 제1항 제2호 바목부터 자목까지의 규정에 따른 무형자산은 제외한다): 구조 또는 자산별·업종별로 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 기획재정부령으로 정하는 내용연수범위(이하 "내용연수범위"라 한다) 안에서 법인이 선택하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한 내용연수(이하 "신고내용연수"라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각 호의 신고기한 내에 신고를 하지 않은 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다. 제32조【상각부인액 등의 처리】① 법 제23조 제5항에 따라 법인이 상각범위액을 초과해 손금에 산입하지 않는 금액(이하 이 조에서 "상각부인액"이라 한다)은 그 후의 사업연도에 해당 법인이 손비로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 이 조에서 "시인부족액"이라 한다)을 한도로 손금에 산입한다. 이 경우 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다. 제88조【부당행위계산의 부인】① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조【시가의 범위 등】③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다. (각 호 생략) (3) 법인세법 시행규칙(2016.3.7. 기획재정부령 제544호로 개정된 것) 제43조【가중평균차입이자율의 계산방법 등】② 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율"이란 연간 1,000분의 46을 말한다. (3-1) 법인세법 시행규칙(2016.3.7. 기획재정부령 제544호로 개정되기 전의 것) 제43조【가중평균차입이자율의 계산방법 등】② 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율"이란 연간 1,000분의 69를 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 정부의 승인 하에 2003년 12월 건설출자자에서 재무투자자로 주주가 변경되는 과정에서 설립 당시 OOO으로부터 차입한 사업시행 자금의 상환을 위해 OOO 등 9개 금융기관과 1차 선순위차입거래OOO를 하였고, 임시주주총회에서 OOO원의 유상감자를 실시하기로 결의함에 따라 2004.1.30. 유상감자 대금을 조달하기 위해 OOO 등 7개 금융기관과 1차 후순위차입거래OOO를 하였다. OOO (나) 청구법인은 2013년 12월 OOO에 OOO고속도로의 통행료 인하를 위한 2차 자금재조달 계획서를 제출하였고, 수정 및 보완을 거쳐 2015년 8월 통행료를 OOO원OOO 인하하고 청구법인의 자본구조 변경 등을 내용으로 하는 제7차 실시협약을 체결하였다. 제2차 자금재조달의 주요 내용은, 제2차 유상감자 및 감자대금을 OOO 등 6개 금융기관(주주)으로부터 4.36%의 이자율로 자기차입하고(2차 선순위차입거래), 1차 후순위차입금 잔액 OOO원을 일시 상환한 후 OOO 등 7개 금융기관(주주)으로부터 OOO원을 쟁점이자율(13.5%)로 재차입하는 것이다(2차 후순위차입거래). OOO (다) 2차 자금재조달 승인 당시(2015년 8월) 청구법인의 재무상황 및 수익현황, 시장금리는 다음과 같다. 1) 청구법인은 2014년 9월 1차 선순위차입금OOO을 모두 상환하였고, 1차 후순위차입금 OOO원(OOO원 상환)이 남아 있었으나 동액의 정기예금을 보유(질권 설정)하고 있어 상황에 따라 동 차입금 전액을 상환할 수 있었던 것으로 나타난다. 2) 2013사업연도 이후 청구법인의 매년 신고 소득금액은 OOO원 이상으로 확인되고, 제2차 자금재조달 이후 매년 OOO원 이상을 배당(자본금OOO원)함으로써 2014년∼2018년 기간 동안 2차 후순위차입금 OOO원보다 많은 OOO원을 배당하였다. 3) 1차 자금재조달(2003년 말) 당시 청구법인의 재무상황(결손금 누적액 OOO원) 및 차입금 규모(OOO원)에 비하여, 2차 자금재조달 당시 청구법인의 재무상황은 순자산 OOO원, 잉여금 누계액 OOO원(2014년말)으로 나타나고 선순위차입금도 OOO원에서 OOO원으로 감소한 것으로 확인된다. 4) 시장금리(2003년말 5.61%→2014년말 2.46%) 및「법인세법」상 당좌대출이자율(2003년 9%→2014년 6.9%→2016년 4.6%)은 지속적으로 하락하였다. OOO (2) 쟁점②와 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 실시협약에 따라 신공항고속도로의 교통관리체계 운영시설로 구축한 쟁점시스템은 지능형 교통체계 시스템과 교량계측관리 시스템으로 구성되어 있다. 1) 지능형 교통체계 시스템(Intellegence Transport System)은 교통수단과 교통시설에 정보·통신·제어 등 첨단 기술을 적용하여 교통운영을 최적화, 자동화하고 교통체계의 이동성, 안정성, 편의성을 높이는 지능형 체계를 말한다. 2) 교량계측관리 시스템은 가속도계, 지진계, 변형율계, 풍향풍속계, 레이저처짐계 등 각종 센서를 통하여 교량의 정·동적 구조응답을 실시간으로 계측, 분석하고 모니터링하는 시스템이다. OOO (나) 청구법인이 2차례(2008년, 2014년∼2018년) 쟁점시스템을 대체한 내역은 아래 ＜표9＞와 같다. OOO (다) 청구법인의 임차자산개량권 계상내역은 아래 ＜표10＞과 같다. OOO (라) 청구법인은 쟁점시스템을 사업용자산인 기계장치로 분류하고 업종별 내용연수(6년)에 따라 정률법으로 감가상각하였다. OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2차 자금재조달은 국토교통부의 요구 및 승인에 의한 것이고 후순위차입거래는 선순위차입거래에 비하여 불리한 조건 및 위험성을 반영한 것이므로 2차 후순위차입거래 시 적용한 쟁점이자율을 시가로 보아야 한다고 주장하나, 주무관청의 승인사항은 민자사업 추진에 대한 일반적인 승인일 뿐 세법상 후순위차입금 이자율의 시가 해당 여부를 판단한 것이거나 동 이자율로 인해 법인세 부담을 회피하거나 감소시키지 아니하였다고 인정한 것으로 볼 수 없는 점OOO 청구법인의 법인세 신고 내역을 보면 1차 후순위차입거래 당시에는 이월결손금 누적액이 OOO원에 달하였으나, 2차 후순위차입거래 당시에는 순자산이 OOO원, 이익잉여금 누계액이 OOO원, 신고 소득율 50% 이상으로, 1차 자금재조달 시와 비교하면 청구법인의 수익구조 및 재무상황은 크게 개선된 것으로 확인되는 점, 청구법인은 제2차 자금재조달 이후 대주인 주주들에게 매년OOO원 이상의 배당금을 계속하여 지급하였던 점에서 청구법인에게는 고율인 쟁점이자율을 적용하는 2차 후순위차입거래를 할 합리적인 경제적 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 쟁점이자율을 시가로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템 대체비용은 청구법인 소유의 사용수익기부자산(시설관리운영권)에 대한 수익적 지출일 뿐 자본적 지출이 아니므로「법인세법」상 즉시 손금에 해당하는 상기 비용을 6년간 상각한 청구법인의 회계처리는 법인세법령에 위반하지 않는 범위 내에서 존중되어야 한다고 주장하나, 쟁점시스템은 신공항고속도로 사업목적상 반드시 필요한 시설물로서, 청구법인과 도로 이용자의 편의 및 안전성 증진 등을 위해 기존 시스템을 최첨단 시스템으로 대체한 것은 사용수익기부자산의 가치를 실질적으로 증가시킨 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점시스템 대체의무 미행 시 시설관리운영권 기간 단축, 국고보조금 감소 등 청구법인에 중대한 손해가 발생할 수도 있는 점에서 동 대체비용을 단순한 수익적 지출로 보기는 어려운 점, 청구법인은 쟁점시스템 대체비용과는 달리 도로재포장 공사비, OOO영업소 톨부스 설치비, 항로표지판 교체 공사비 등에 대하여는 임차자산개량권으로 계상하여 시설관리운영권 기간에 안분하여 감가상각하고 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 쟁점시스템 대체비용에 대한 회계처리가 적정하다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.