조심 2011서2808 (2011.11.15)

1. OOO세무서장이 2011.7.6. 청구법인에게 한 2007.1.1.～2007.12.31.사업연도 법인세 OOO의 부과처분은 2007.10.20. 양도한 충청남도 OOO 소재 임야 6,375㎡와 같은 동 160-10 소재 임야 266㎡를 비사업용 토지에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1988.12.1.개업하여 기초화합물제조업을 영위하는 법인으로서 2007.10.20. 충청남도 OOO대지 451.7㎡ 등 10필지 46,957.2㎡와 동 지상 건물 7,742.98㎡(양도물건 전체를 “쟁점부동산”이라 통칭하고 그 중 토지를 “쟁점토지”라 한다)를 합계 OOO(계약서상 매매대금 OOO에 비사업용 토지 관련 법인세액 중 양수자 부담액 OOO을 합한 금액)에 OOO에 양도하면서, 아래 ＜표1＞과 같이 OOO1889, 1890, 1895 소재 대지(합계 3,458.2㎡, 이하 “OOO대지” 혹은 “쟁점토지1”이라 한다), OOO 2028, 2032, 2033 소재 공장용지(합계 32,248㎡, 이하 “OOO공장용지”라 한다), OOO 160-6, 160-9, 160-10, 191-6 소재 토지(합계 11,251㎡로서 이하 “OOO토지”라 하며, 이 중 공부상 지목이 임야인 160-9, 160-10 소재 토지를 “쟁점토지2”라 한다), 쟁점토지상 건물로 양도물건을 분류하고 각 항목별로 가액을 정하였고, 이를 양도한 후 2007사업연도 법인세 신고시 OOO대지에 대하여는 비사업용 토지로 하여 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO을 추가 신고.납부하였다. ＜표1＞ 청구법인의 쟁점부동산 매매계약서 내용 OOO 나. 처분청은 비사업용 토지 양도소득에 대한 법인세를 부족징수하였다는 감사지적(시정사항)에 따라 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하여, ① 비사업용 토지로 신고한 쟁점토지1에 대한 법인세를 줄이기 위하여 필지별 양도가액을 임의로 산정한 것으로 보아 총양도가액을 기준시가로 안분한 각 필지별 양도가액에 따라 양도소득을 재계산하고, ② 사업용으로 신고한 쟁점토지2를 비사업용 토지(임야)로 보아 2011.7.6. 청구법인에게 쟁점토지1, 2 양도소득관련 2007사업연도 법인세 OOO을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청에서는 총 쟁점부동산 매매대금을 OOO으로 정하여 놓고 조세를 부당하게 감소시키려는 의도로 비사업용 토지인 쟁점토지1의 거래가액은 임의로 낮추고, 그 외 토지의 거래가액은 임의로 높여서 기재한 것이라고 오해하고 이 건 과세처분을 하였으나, (가) 수개의 필지를 거래함에 있어 필지별로 토지의 형질, 이용가치, 토지상태, 주변 시세 등을 감안하여 필지별 단가를 산정하고 면적을 곱하는 협상을 통하여 총 양도가액을 정하는 것인바, 청구법인도 2006.12.26. 매매약정서를 작성하기 전에 주변시세, 이용가치 등을 감안하여 OOO공장용지는 평당OOO, OOO토지는 평당 OOO, 아파트건설용지에 포함되지 아니하는 쟁점토지1은 평당OOO, 건물은 부가가치세를 포함 OOO에 합의하여 총 양도가액 OOO을 산정한 것임에도 처분청에서는 필지별 거래가액 결정과정에 대해서 오해하고 있다. (나) 실제 청구법인이 양도한 가액의 적정성 여부에 대하여 보면, ① 우선 처분청은 공장용지인 OOO공장용지 거래가격(㎡당 OOO)보다 높으므로 정상적인 가액이라 볼 수 없다는 주장이나, 아파트예정부지 전체(OOO공장용지와OOO토지)의 ㎡당 평균가격은OOO으로서 매우 유사할 뿐 아니라, 청구법인이 확인한 다른 공장용지(OOO 2018외 1필지, 5,218㎡, 거래가 OOO)의 경우는 OOO공장용지 거래가격이나 처분청이 제시한 사례의 가격보다도 높은 ㎡당 OOO으로 나타나므로 청구법인의 거래가격이 정상적인 거래에 비추어 부당한 가액이라는 처분청의 주장은 타당성이 없음이 명백하며, ② 공시지가가 높은 쟁점토지1이 낮은 가격에 거래되고, 공시지가가 낮은 OOO공장용지가 높은 가액에 거래된 것은 OOO토지는 아파트건설 예정부지로서 쟁점토지1에 비하여 그 면적이 약 12.6배에 달하는 큰 면적으로서 다른 업체와 경쟁하던 상황이었던 OOO의 목적(아파트건설)이 반영될 수밖에 없었기 때문인데 이러한 사정은 OOO이 위 10필지를 재차 양도할 때 쟁점토지1은 ㎡당 OOO에 양도하고 다른 토지는 ㎡당 OOO에 거래된 사실에서도 알 수 있고, ③ 처분청은 OOO 매매사례(㎡당 1,053천원)에 비하여 쟁점토지1의 거래가액이 낮다고 보았으나, 동 토지 공시가격(㎡당 OOO)에 비하여 매매가액이 132% 정도인 ㎡당OOO이어서 지극히 정상적인 가액이며, 청구법인이 확인한 OOO는 더 낮은 ㎡당 OOO에 거래된 사례도 있었고, 청구법인이 의뢰한 소급감정에 의해서도 그 가액이 ㎡당OOO으로 나타나 청구인의 거래가액과 불과OOO/㎡ 차이가 나는 것에 불과하므로 부당하게 낮은 금액으로 거래한 것이 아님을 알 수 있다. (다) 처분청은 쟁점토지1의 거래가액을 시가보다 낮게 계약하였고, 자산별 실지거래가액의 구분이 불분명하여 「소득세법」제100조 제2항이 규정한 “토지와 건물 등의 가액이 불분명할 때”에 해당하는 것으로 보아 법인세를 과세하였으나, 동 규정은 부동산을 일괄 양도하여 여러 필지의 토지의 금액을 확정하지 못한 경우 기준시가로 안분하라는 규정일 뿐, 기재된 필지별 가액이 시가와 차이가 있는 경우에 적용하는 규정도 아니며,「법인세법」에서 위 「소득세법」제100조 제2항을 준용하다는 규정도 없으므로 이 경우 법인세법상 부당행위 규정을 적용할 수밖에 없으나 특수관계가 성립하지 아니하는 청구법인과 OOO에는 적용할 수 없다고 할 것임에도,「소득세법」상 위 규정을 적용하여 과세한 것은 조세법률주의를 위배한 처분이다. (2) 처분청에서는 쟁점토지2가 공부상임야이고, 조사당시 현지확인을 통하여 공부와 같이 임야로 판단하여 비사업용 토지로 보아 과세하였으나, 비사업용 토지 판단시 지목과 사용용도는 사실상의 현황에 의하여야 할 것이고, 처분청이 제시한 현장사진 등은 이미 공장이 철거된 이후에 찍은 일정시점의 사진일 뿐이고 그 이전에는 공장의 부수토지로서 사용되고 있었으며, 나무가 있기는 하였으나 간격이 넓어서 제품을 건조하는 용도로 충분히 사용될 수 있었고, 관할 천안시청에서는 지난 20년간 약 4～5차례 정도의 실사를 통하여 쟁점토지2의 실제 사용용도를 공장부수토지로 보아 지방세법상 분리과세를 한 것으로 처분청에서 조사하였는데, 분리과세 혹은 별도합산과세대상 토지는 비사업용 토지에서 제외된다고 할 것인바, 처분청은 지난 20년간의 실제 사용용도를 정확하게 반영하고 있는 관할 지방자치단체의 분리과세 혹은 별도합산과세 결정을 무시하고, 매매 후 수년이 지난 시점에 인적사항 불명의 자에게서 들은 피상적인 내용이나 수년 후의 현황만으로 사용용도를 추단하여 과세한 것이므로 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 양수법인과 작성한 매매계약서를 보면, 토지는 쟁점토지1, OOO토지로 크게 3부분으로 구분한 후 OOO에 일괄양도하는 계약을 체결하였는데, (가) 비록 3부분에 대하여 각각 가격을 구분하여 작성하였으나 중과세율이 적용되는 쟁점토지1의 매매가액은 ㎡당 OOO(공시지가 OOO/㎡의 111.2%)인 반면, 일반세율이 적용되는 OOO공장용지의 양도가액은 공시지가가OOO/㎡에 불과함에도 평균 OOO/㎡(공시지가 대비 352.6%)로 작성되는 등 비사업용 토지의 매매가액이 지나치게 낮게 책정되어 있는 것으로 나타나는바, 이러한 사실은 쟁점토지1과 바로 인접하고 토지형질 및 상태 등이 매우 유사한 OOO소재 토지(419.9㎡, 공시지가OOO/㎡)가 2007.3.22. 특수관계자가 아닌 3자간의 거래에서 쟁점토지보다 ㎡당 OOO이 높은OOO에 양도되었으며, ㎡당 1,622천원에 거래된 OOO공장용지 바로 옆에 있는 OOO 2031 소재 토지(공장용지 3,343㎡, 공시지가 OOO/㎡)는 OOO공장용지보다 ㎡당OOO에 거래된 것에 의해서도 알 수 있고, 이와 같이 계약서상 필지별 가액이 구분기재되어 있다하더라도 그 가액이 정상적인 거래에 비추어 합당하다고 볼 수 없는 경우에는 자산별 실지거래가액의 구분이 불분명한 것으로 보아야 하며(국심 2007광2317 등), 실제 2010.11.18. OOO에게 부동산거래에 대하여 문의한 바, 2006.12.26. 부동산을 총 매매대금OOO에 필지가액구분없이 일괄매수하기로 약정하고, 2007.2.14. 청구법인의 요청으로 부동산 매매계약서를 작성하면서 필지별로 구분하여 작성한 것이라고 진술하였다. (나) ㎡당 756천원에 거래된 쟁점토지1에 시가에 대하여서 청구법인이 감정평가법인에 소급감정을 의뢰한 결과 ㎡당OOO으로 평가되었고, 처분청에서 2010.9.13. 주변 공인중개사 등을 면담한 결과 2006년～2007년 쟁점토지1 시가가 ㎡ 당 OOO임을 확인하였으며, 2010.11.15., 2010.11.18. 청구법인(김OOO 부사장), OOO을 방문하여 현지확인하여도 쟁점토지1의 시가가 ㎡당 OOO 혹은 ㎡당OOO으로 진술하여서 쟁점토지1의 시가는 평균 ㎡당 OOO으로 보아야 하고 청구법인의 양도가액은 정상적인 거래에 비추어 부적합한 것으로 판단되며, 이외 청구법인은 쟁점토지1이 아파트건설예정부지 밖에 있는 토지이므로 낮은 가액으로 매매하였다고 주장하나, OOO 대표자는 아파트가 준공되면 쟁점토지1의 가치가 양수시점보다 많이 상승할 것이므로 특별히 낮은 가액으로 부동산 매매계약서를 작성할 필요가 없다고 진술함으로써 아파트건설예정부지 외 토지라고 하여 낮은 가액으로 작성할 합리적인 이유가 될 수 없다. (다) 특수관계없는 자와 거래를 하였을 경우 각 자산별로 실지거래가액의 구분이 불분명한 경우 법인세법상 자산별 시가산정방법에 대하여 명문의 규정은 없으나, 비사업용 토지의 양도소득을 산출함에 있어 양도가액은 실지거래가액을 의미하는 것이므로 필지별 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 볼 때의 안분계산방법을 명문으로 규정한 「소득세법」제100조 제2항 등은 이를 준용하여 기준시가를 기준으로 총매매대금을 안분계산할 수 있는 바(조심 2009중3210, 2009.11.30.), 이는 현재 「법인세법」제55조의2 와 법취지가 유사한 구 법인세법 제99조 (특별부가세 과세표준, 2001.12.31. 삭제) 제5항에서 가액의 구분이 불분명한 때에는 기준시가에 의하여 양도가액을 계산하게 규정하였던 것이나,「소득세법」에서만 특수관계자가 아닌 제3자와의 거래시 필지별 양도가액이 불분명할 때 기준시가로 안분계산할 수 있다고 한다면 이 건과 같이 법인에서는 사업용토지에 대하여는 양도가액을 임의로 높이고, 비사업용 토지에 대해서는 양도가액을 임의로 낮추어서 법인세를 부당하게 감소시켜 법인과 개인의 조세형평에서 문제가 발생한다는 사실에 의해서 알 수 있다. (2) 천안시청에 쟁점토지2에 대하여 확인한 바, 실제 천안시청에서는 청구법인의 공장설립(1988년) 후 지방세법상 공장용지로 보아 분리과세하였고, 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에서「지방세법」상 분리과세대상이 되는 토지는 비사업용 토지에 해당되지 않는다고 규정하고 있으나, 2010.9.13. 쟁점토지2에 대하여 실제 현장확인한 결과 당초부터 공장용지로 사용할 수 없을 정도로 오래된 나무들로 구성된 임야로 나타났으며, 주변에서 10년 넘게 거주한 현지인에게 확인한 바, 쟁점토지2는 당초부터 임야로 사용되었다고 진술하여 실제 임야로 사용된 것으로 판단되므로 「국세기본법」제14조 의 실질과세원칙상 비사업용 토지로 보아야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ①쟁점토지의 필지별 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도가액을 안분하여 과세한 처분이 타당한지 여부 ② 쟁점토지 중 공부상 지목이 임야인 쟁점토지2의 사실상의 현황도 임야로서 비사업용 토지에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. (2) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 1. ～ 2. (생 략) 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. ～나. (생 략) 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. 가.「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만，토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. 가. ～ 나. (생략) 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.「지방세법」또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나. 「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 5. ～ 6. (생 략) ⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제92조의4 【토지지목의 판정】법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (4) 소득세법(2009.12.31 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제 100조【양도차익의 산정】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (5) 소득세법 시행령(2008.2.22 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (6) 지방세법(2008.2.29 법률 제8864호로 개정되기 전의 것) 제182조【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. 1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다. 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다. 3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각목의 1에 해당하는 토지 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야 (5) 지방세법 시행령(2007.12.31 대통령령 제20517호로 개정되기 전의 것) 제131조의2【별도합산과세대상토지의 범위】① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만,「건축법」등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다. 1. 특별시지역ㆍ광역시지역 및 시지역(다음 각목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지 가. 읍ㆍ면지역 나.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지 다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의하여 지정된 공업지역 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인에 대한 2007사업연도 법인세 경정결의서 및 이에 첨부된 부동산양도차익 계산내역 등에 의하면, (가) 이 건 법인세 과세는 쟁점부동산 총 양도가액 및 동 부동산 장부가액은 정하여진 상황에서 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호에 의한 비사업용 토지 양도에 따른 추가납부 법인세와 관련된 것인바, (나) 청구법인은 쟁점토지1만을 비사업용 토지로 보아, 쟁점토지1 양도가액 OOO(OOO의 법인세 부담액)]에서 장부가액 OOO을 차감하여 양도소득 OOO을 산출한 후 그에 따른 법인세액을 계산한 반면, (다) 처분청은 전체 토지 매매대금 OOO을 각 필지별 기준시가에 의하여 안분하여 양도가액을 재계산한 후 쟁점토지1과 쟁점토지2를 비사업용 토지로 보아 양도소득OOO(쟁점토지1과 관련한 양도소득 계산시 OOO이 부담하기로 한 법인세액 OOO을 가산하였다)을 계산하여 이 건 법인세액을 산출한 것으로 나타난다. (2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청과 청구법인이 제출한 부동산매매약정서, 확약서, 부동산매매계약서 등에 의하면, 1) 청구법인, OOO의 연대보증인인 OOO(주)는 2006.12.26. 쟁점토지1, OOO토지를 OOO에 매매하기로 하는 내용의 약정을 하였고, 같은 날 OOO은 쟁점토지1 양도에 따라 청구법인이 부담할 법인세액의 50%인 OOO을 부담하겠다는 내용의 확약서를 청구법인에 제출하였으며, 2) 그 이후인 2007.2.14. 청구법인, OOO (주)는 쟁점부동산에 대한 매매계약서를 체결하면서 그 매매대금은 아래 계약서 주요내용과 같이 쟁점토지1, OOO, 건물로 나누어 합계 OOO으로 하기로 약정하였다. OOO (나) 처분청의 법인세 현지확인 조사종결복명서에는 담당공무원이 2010.11.18. 양수인 (주)OOO에게 쟁점부동산 거래에 대하여 문의한 바, 2006.12.26. 쟁점부동산을 총매매대금 OOO에 필지가액 구분없이 일괄매수하기로 하고, 2007.2.14. 청구법인의 요청으로 부동산매매계약서 작성시 각 필지별로 구분하여 작성하였다고 진술하였으며, 조사시 청구법인은 필지별 가액을 산정한 내역을 제출하지 못하였던 것으로 나타난다. (다) 이에 대하여 청구법인은 2006.12.26. 매매약정서에 기재된 매매총금액 OOO, 아파트건설부지에 포함되지 않은 나대지[쟁점토지1]는 평당 OOO, 건축물은 부가가치세를 포함하여 11억원에 거래하기로 합의하고, 2007년 2월 계약시 아파트 건설용지를 공시지가로 안분 각 OOO[OOO공장용지], OOO으로 구분 기재하였다고 진술하고, OOO은 아파트건설용지로 사용될 공장용지[OOO공장용지]는 평당OOO, 기부채납할 부지인 공장용지외 부지[OOO토지]는 평당OOO, 아파트 건설부지에 포함 되지 않는 나대지[쟁점토지1]는 평당 OOO, 건축물은 부가가치세를 포함OOO에 거래하기로 합의하였다고 하는데, 양자의 쟁점토지 가격 합의과정에 대한 진술내용을 비교하면 청구법인은 아파트건설용지와 그 외 토지로 분할하여 합의하였다고 진술하였고, OOO은 계약서 내용과 같이 OOO토지로 나누어 합의하였다고 진술한 것이다. (라) 위 (가)-2)에서 적시한 바 있는 각 토지별 매매가격이 부당하거나 정당함을 주장하면서 처분청과 청구법인이 주장하는 사실관계는 다음과 같다. 1) 처분청은 아래 ＜표2＞와 같이 중과세율이 적용되는 비사업용 토지인 쟁점토지1의 매매가액은 ㎡당OOO(공시지가의 111.2%)인 반면, 일반세율이 적용되는 OOO공장용지는 공시지가가OOO/㎡임에도 매매가액이 평균 OOO/㎡(공시지가 대비 352.6%)에 달하는 사실 및 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점토지1 및 OOO공장용지와 유사함에도 매매계약서상 가액보다 각 높게(쟁점토지1), 낮게(OOO공장용지) 거래된 매매사례를 제시하면서 쟁점토지1의 가액은 임의로 낮게, OOO공장용지의 가액은 임의로 높게 하여 계약서를 작성하였다는 의견이다. OOO 2) 이에 대하여, 청구법인은 ① 아래 ＜표4＞와 같이 쟁점토지1(처분청은 임의로 저가산정한 것으로 보았다)에 대하여 청구법인이 양도한 가액보다 낮은 가액으로 거래된 사례 및 OOO공장용지(처분청은 임의로 고가산정한 것으로 보았다)에 대하여 청구법인이 양도한 가액보다 높은 가액으로 거래된 사례를 제시하였고, ② 쟁점토지1에 대하여 계약시점(2007.2.14.)으로 소급하여 2010.4.19. 감정한 결과 평가액이 ㎡당 OOO으로 나타나는 (주)OOO평가법인의 감정평가서를 제출하였다. OOO 3) 이외 처분청의 법인세 현지확인 조사종결복명서에는 이 이 건 법인세 과세시 주변시세에 대하여 탐문한 결과 주변 공인중개사.청구법인(부사장 김OOO 모두 시세가 ㎡ 당 OOO 내외인 것으로 진술한 것으로 기재되어 있으며, 쟁점토지를 취득한 OOO이 2011년 2월 이를 제3자에게 아래 ＜표5＞와 같이 양도하였는 바, 아파트부지가 아닌 쟁점토지1(대지)은 ㎡당OOO에, 아파트부지인 OOO토지는 ㎡당OOO에 양도된 것으로 나타난다. OOO (라) 한편, 이 건 심판관회의(2011.11.2.) 심리과정에서 청구법인(전 부사장 김OOO)은 쟁점토지 양도시 필지별로 가액을 구분한 기준과 관련하여서 개발시 상당한 가격상승이 예상되어 건설사간 경쟁을 유도한 결과 당초는 평당 OOO 정도 하던 가격이 최종적으로 평당 OOO으로 결정되었으며, 계약서 작성시에는 양수자가 자금조달을 위하여 부동산 가액을 구분해서 표기할 것을 요청해서 공시지가를 기준으로 안분한 결과 부속토지는 평당 OOO 정도로 기재하게 되었다는 취지로 의견진술하였다. (마) 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 양도가액은 양수자와의 합의에 의하여 산정된 적정한 가액이므로 각 필지별 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도가액을 안분하여 과세한 처분은 그 안분계산방법이 법률에 규정되어 있지 않는 등 잘못이 있다는 주장이나, 1) 우선, 이 건 심판청구관련 당시「법인세법」에는 부동산을 일괄하여 양도하여 그 양도가액의 구분이 불명확할 경우 양도소득을 계산하는 방법에 대하여 명시적으로 규정하는 바가 없으나, 그러할 경우에도 양도물건별 양도소득금액을 산정하기 위한 합리적인 양도가액의 산정방법이 필요한 것으로 보이며, 이에 대하여 「소득세법」제100조 제2항은 기준시가에 의하여 총 양도가액을 안분하도록 규정하고 있으며, 2001.12.31. 삭제된 「법인세법」제99조 제5항도 법인에 대한 토지등 양도에 따른 특별부가세 계산시 가액의 구분이 불분명할 경우 기준시가에 의하여 안분하도록 규정하였고, 개인소득과 법인소득의 계산에 있어서 단순한 기술적인 방법에 대한 사항들은 그 합리성이 인정되는 경우 함께 사용할 수도 있다고 보아야 할 것이므로, 개인의 양도소득금액 계산시 이미 사용되어서 그 합리성이 인정되고 이를 적용할 수 없는 특별한 사정이 없다면 이 건의 경우에도 이를 적용할 수 있을 것이다. 2) 다음으로, 쟁점토지의 필지별 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 볼 수 있을지에 대하여 보면, 청구법인이 OOO과 체결한 쟁점부동산 매매계약서 등을 보면 그 가액이 필지별로 구분되어 있지 아니하며, 청구법인은 그러한 외형에도 불구하고 실제로는 각 필지별 양도가액을 합의한 이후에 이를 합산하여 양도가액의 총액을 정하였다고 주장하나 구체적인 가액산정 내역을 알 수 있는 증빙을 처분청 조사시나 이 건 심판청구시에도 제출하지 못하였고, 이외 청구법인이 소급감정을 의뢰한 결과 나타난 감정평가가액이나 처분청에서 주위에서 탐문한 결과에 의해서도 실제 OOO대지의 시가는 매매계약서상의 가액을 초과하는 것으로 나타나므로 청구법인이 제출한 계약서에 기재된 쟁점토지의 가액 및 그에 따른 각 필지별이 가액이 임의로 산정된 것이 아니라 대립적 이해관계를 가진 양 당사자의 합의에 의하여 산정된 가액이라고 인정할 수는 없다고 판단된다. 3) 따라서, 처분청에서 쟁점토지 필지별 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도가액을 안분하여 과세한 처분은 타당한 것으로 판단된다. (3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 우리 원에서 관할 지방자치단체(천안시)에 요청하여 회신(천안시 서북구청장 세정과-17641, 2011.10.28.)받은 쟁점토지②에 대한 재산세 과세내역 중 최근 5년의 것을 정리하면 아래 ＜표6＞과 같은바, 공부상 지목은 임야(코드 05)이나, 이를 관할하는 천안시장은 ① 공장용지(코드 09)로 보아 별도합산과세(코드 02-02, 시지역 공장용지 별도합산과세)하거나, ② 2006년～2007년에는 쟁점토지의 1/2의 사실상의 현황이 임야(코드05 임야로 보았으나 코드 05-11 특별조례에 의한 감면에 따라 재산세는 감면됨)로 본 것으로 나타난다. OOO 2) 한편, 처분청에서도 쟁점토지2는 청구법인이 1998년 이후 공장을 설립한 이후 지방세법상 공장용지로 분리과세 대상으로 결정.고지된 것으로 조사하였다. (나) 위 천안시장의 재산세 과세내역 및 그에 따른 토지의 사실상의 현황에도 불구하고 처분청은 쟁점토지2의 사실상의 현황이 공부와 같이 임야라는 의견인데, 2010.9.13. 쟁점토지2에 대한 현지확인시 공장용지로 사용할 수 없을 정도로 나무들이 무성하였다면서 이에 대한 증빙으로 당시 촬영한 것으로 보이는 사진을 제출하였고, 주변에서 10년 넘게 거주한 현지인에게 확인하여도 당초부터 임야로 사용되었다고 탐문되었기 때문이라고 하나 진술자의 신원 등 구체적인 진술내용 등을 확인할 수 없다. (다) 한편, 청구법인은 2003년 구획정리사업 당시 지적도, 2006년 당시 공장현황지도 등을 제출하면서 쟁점토지가 사실상의 공장용지임을 주장하고 있고, 이 건 심판관회의시(2011.11.2.)에 출석하여 쟁점토지2는 양도시까지의 실제 사용현황은 공장용지이며, 2006년～2007년 그 1/2이 임야로 사용현황이 변경된 것은 동 토지가 계획도로로 편입되어서 감면을 하는 과정에서 이루어진 것으로서 그 변경사유는 천안시청 담당자의 변경 및 시일의 경과 등으로 알지 못한다고 진술하였다. (라) 살피건대, 처분청에서는 쟁점토지2의 실제 사용현황이 공부와 같은 임야인 것으로 조사하였으나, 1) 「법인세법」제55조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제92조의4는 비사업용 토지로 보아 과세할 경우에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 사실상의 현황에 의하고 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의하도록 규정하고 있는 바, 2) 처분청은 쟁점토지2에 대한 현지 확인결과 수목이 울창하고, 인근 주민에 탐문하여도 임야로 사용되었으므로 그 사실상 현황이 공부와 같이 임야라는 의견이나, 처분청의 현지확인(2010.9.13.)은 쟁점토지의 양도시점(2010.10.20.)으로부터 약 3년이 경과한 시점에 이루어진 것으로서 당시에 확인한 현황이 쟁점토지의 양도시점 현황을 반영한다고 단정할 수 없을 뿐 아니라 당초부터 임야였다고 진술한 현지인의 신원이나 세부적 진술내용이 확인되지 아니한 상황이므로 이를 사용현황을 확인할 주요한 증빙으로 삼기에 부족한 것으로 보이는 반면, 2) 쟁점토지2를 관할하는 천안시장은 공부상 임야인 동 토지에 대하여 그 실제 현황이 공장용지인 것으로 보아 재산세를 별도합산과세하였고, 2006년.2007년분 재산세 과세시 그 중 1/2에 대하여는 임야인 것으로 보았으나 그 실제 현황이 임야라고 하더라도 「법인세법 시행령」제92조의3 에 의하면 5년 이상 보유한 쟁점토지2가 비사업용 토지로 보기 위해서는 비사업용 토지(임야)로 사용된 기간이 2년을 초과해야 함에도 이를 초과한다고 볼 수 없으므로 비사업용 토지에서 제외된다고 할 것이며, 그 외 청구법인이 제출한 지적도.지도 등에 의하더라도 그 시점(2003년, 2006년) 쟁점토지2는 인근 공장과 함께 하나의 구획을 이루어서 공장용지로 쓰였다고 봄이 합리적이므로, 쟁점토지2가 「법인세법 시행령」제92조의3 에서 정한 기간 비사업용 토지인 임야로 사용된 것으로 보아 과세한 처분은 타당하지 아니한 것으로 보인다. (4) 따라서, 이 건 법인세 과세처분은 쟁점토지2를 비사업용 토지에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 합리적인 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.