조심 2025구1263 (2025.06.27)

포항세무서장이 2024.12.5. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 경상북도 포항시 북구 OOO 답 4,413㎡ 1필지의 양도소득은 2024년 귀속분에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1984.3.6. 경상북도 포항시 북구 OOO 답 4,413㎡(이하 “쟁점①토지”이라 한다) 및 같은 리 OOO 답 2,400㎡, 1999.9.13. 같은 리 OOO 답 1,775㎡, 2009.11.10. 같은 리 OOO 답 407㎡, 2011.6.2. 같은 리 OOO 답 43㎡(위 OOO, OOO, OOO, OOO 등 4필지 토지를 합하여 이하 “쟁점②토지”이라 한다)을 각 취득하고, a에게 2023.8.21. 쟁점①토지를, 2023.8.22. 쟁점②토지를 양도하는 계약을 각 체결한 후, 2023.8.31. 및 2024.1.10. 쟁점①토지 및 쟁점②토지에 대한 잔금을 각 지급받았다.

이후 청구인은 「조세특례제한법」 제69조 및 제133조 제1항에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도세액(과세기간별 OOO원)을 각 적용하여, 2023.9.4. 쟁점①토지에 대하여 양도가액 OOO원으로 하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을, 2024.1.18. 쟁점②토지에 대하여 양도가액 OOO원으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고.납부하였다.

나. 처분청은 2024.9.25.부터 2024.10.14.까지 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 과세기간에 따른 양도소득세 감면한도를 부당하게 회피하고자 형식적으로 과세기간을 구분하여 거래한 것으로 보아, 2024.1.10.(쟁점②토지의 잔금지급일)을 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 양도시기로 하여 양도소득세 감면한도 세액 OOO원을 적용하여 2024.12.5. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 사적자치의 원칙에 의하여 당초부터 분리된 별개의 필지를 개별적으로 양도하면서 잔금청산일의 과세기간을 다르게 하였다는 사정만으로 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기 어려우므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(가) 쟁점①토지 및 쟁점②토지는 서로 연접하여 위치하지만, 청구인은 해당 5개 필지를 1984년부터 2011년까지 개별적으로 취득하였으며, 취득할 당시부터 이미 분필되어 있었고, 그 이후에도 임의로 분필하지 않았다.

(나) 매수인의 자금 사정으로 쟁점①토지 및 쟁점②토지 별개의 매매계약서를 작성하고, 각 계약서 내용대로 잔금일에 잔금을 지급받았다. 쟁점②토지 잔금일인 2024.1.10. 이전에 매수인에게 토지사용을 승낙하거나 매수대금을 마련하기 위해 금융기관에 담보로 제공되도록 협조한 사실이 없고, 2023년 말까지 직접 농사를 지으며 토지의 소유권 및 사용권을 행사하였다.

(다) 청구인의 경제적 이익과 매수인의 자금부담 완화 및 금융비용 절감 등 계약당사자 쌍방의 이해관계가 부합하여 체결된 이 건 양도계약은 계약자유의 원칙에 따른 정당한 계약에 해당한다.

처분청은 매수인이 동일한 점, 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 매매계약서 작성일자가 하루 차이인 점, 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 한 번에 양도할 수 있었다는 이유로 쟁점①토지와 쟁점②토지에 대한 거래를 하나의 거래로 단정하였으나, 이는 구체적 입증이 없는 단순 추정에 불과하다.

실질과세의 원칙은 납세자의 거래 형식과 실질에 괴리가 있더라도 조세회피목적이 있는 경우에 한하여 조세법률주의와 납세자의 예측가능성, 법적안정성 등을 훼손하지 않는 범위 내에서 제한적으로 적용하여야 하고, 납세자에게 조세회피목적이 있었는지에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다.

(라) 처분청은 쟁점①토지 또는 쟁점②토지가 별도로 양도되면 나머지 필지는 맹지가 되어 지가 하락이 예상되는 등 상식적으로 일괄 양도하는 것이 불가피하다는 의견이나, 위성사진상 쟁점①토지 및 쟁점②토지는 각각 도로를 접하고 있어서 어느 필지도 맹지가 될 가능성이 없다.

또한, 처분청은 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 위성사진상 각 필지별 경계가 없이 이용되었고, 북서에서 동남 방향으로 경계가 구분되어 있다는 의견이나, 쟁점①토지 및 쟁점②토지가 길쭉한 지형이어서 청구인이 농사에 필요한 물대기, 농약 살포 및 농작물 수확 등을 효율적으로 하기 위하여 경계를 구분한 것이다.

(2) 대법원은 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 하며(대법원 2011.5.13. 선고 2010두3916판결), 거래당사자가 어느 거래 목적을 달성할 수 있는 여러 가지 방식 중 하나를 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이다. 서로 다른 거래의 궁극적 목적이 동일하다 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 할 수는 없다고 판시하였다(대법원 2014.3.13. 선고 2013두21670 판결).

(3) 국세청에서 납세자의 절세를 위해 매년 발간하는 ‘2024년 양도소득세·상속세·증여세를 위한 「세금절약가이드Ⅱ」’에서 다수의 부동산을 양도할 때 절세의 목적으로 양도시기를 조절하면 낮은 누진세율 적용 및 기본공제를 적용해 세금부담을 줄일 수 있다고 홍보하고 있는 바, 마찬가지로 이 건 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 과세기간을 달리하여 두차례 양도하고 각 양도소득세 감면한도를 적용한 것은 절세행위에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 연접한 토지의 개별 매매계약서를 하루 차이로 작성하고 과세기간을 달리하여 나누어 양도한 이유는 양도소득세 감면한도를 부당하게 회피하기 위한 목적 이외에는 합리적인 이유가 없고, 실질적으로 청구인은 쟁점①토지 및 쟁점②토지 전체를 일괄하여 매도할 의사가 있었으므로, 실질과세의 원칙을 적용하여 하나의 양도거래로 본 이 건 처분은 정당하다.

(가) 청구인은 쟁점①토지 및 쟁점②토지가 별개의 토지이므로 개별 거래라고 주장하나, 연도별 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 현황을 살펴보면 위성사진과 같이 지번에 따른 경계가 없었고, 2019년경부터 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 구분 없이 농사를 짓고 있었던 것으로 확인된다.

(나) 이 건 세무조사에서 매수인은 자신의 사업장 인근의 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 일부만 매입하기를 원하였으나 청구인의 요청으로 전체를 매수하게 되었다는 내용의 확인서를 제출하였으며, 청구인은 2021년 12월부터 쟁점①토지 및 쟁점②토지 진입로에 총 9,038㎡ 매매.임대한다는 광고입간판을 설치하였는바, 청구인은 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 별도로 양도될 경우 나머지 토지의 경제적 가치가 하락할 것이라고 판단하여 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 일괄양도할 의사를 가지고 있었다.

(다) 청구인은 2023.8.21. 쟁점①토지의 매매계약서를 작성하고, 하루의 차이를 두고 2023.8.22. 쟁점②토지의 매매계약서를 작성하였는데, 쟁점①토지의 매매계약서 ‘특약사항’ 14번에 “쟁점②토지에 대한 계약금 OOO원은 2023.8.22. 입금 안될시 쟁점①토지 계약은 자동 해지되며 계약금 OOO원은 매수인은 돌려받지 아니하기로 한다.”를 미리 기재한 점을 고려하면, 쟁점①토지 및 쟁점②토지 거래를 하나의 거래로 보아야 하고, 쟁점②토지의 계약금 OOO원은 쟁점①토지 및 쟁점②토지 일괄양도의 중도금 성격을 갖는다고 보는 것이 합당하다.

(라) 청구인은 이 건 세무조사에서 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 2회에 걸쳐 양도한 사유가 오로지 조세감면혜택을 받기 위해서라고 진술하였다.

(2) 대법원은 「국세기본법」제14조 제3항을 둔 취지로 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이라고 판시하였다(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결 등). 쟁점①토지 및 쟁점②토지 거래 계약은 실질적으로 하나의 거래를 청구인이 여러 단계로 나누어 부당하게 양도소득세 감면 한도를 중복 적용하여 조세를 회피하였으므로 실질과세의 원칙을 적용하여 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 거래를 하나의 거래로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점①토지와 쟁점②토지를 과세기간을 달리하여 양도한 것을 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2023.6.9. 법률 제19430호로 개정된 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(중략)

(3) 소득세법( 2022.12.31. 법률 제19196호로 개정된 것)

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. (후단 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음의 사실이 확인된다.

(가) 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 등기사항전부증명서와 부동산매매계약서 등에 의하면, 아래 ＜표1＞과 같이 청구인은 1984.3.6.～2011.6.2. 기간 중에 쟁점①토지(1필지) 및 쟁점②토지(4필지)를 각 취득하였다.

＜표1＞ 청구인의 쟁점①토지 및 쟁점②토지 취득내역

OOO

(나) 청구인과 매수인 사이에 체결한 매매계약서에 의하면, 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점①토지의 경우 매매계약서 작성일은 2023.8.21., 매매대금은 OOO원(계약금 OOO원 계약시 지급, 잔금 OOO원 2023.8.31. 지급)이고, 쟁점②토지의 경우 매매계약서 작성일은 2023.8.22., 매매대금은 OOO원(계약금 OOO원 계약시 지급, 잔금 OOO원 2024.1.10. 지급)으로 각각 기재되어 있다.

＜표2＞ 쟁점①토지 및 쟁점②토지 매매계약서 주요 기재내용

OOO

또한, 쟁점①토지의 매매계약서 ‘특약사항’ 14번에는 “쟁점②토지에 대한 계약금 OOO원은 2023.8.22. 입금 안될시 쟁점①토지 계약은 자동 해지되며 계약금 OOO원은 매수인은 돌려받지 아니하기로 한다.”고 기재되어 있다.

(다) 청구인의 농협계좌 거래내역에 의하면, 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 매매계약서 내용대로 매수인은 2023.8.21. 쟁점①토지의 계약금 OOO원을, 2023.8.22. 쟁점②토지의 계약금 OOO원을, 2023.8.31. 쟁점①토지의 잔금 OOO원을, 2024.1.10. 쟁점②토지의 잔금 OOO원을 지급하였다.

(라) 한편, 매수인은 쟁점①토지 잔금일인 2023.8.31. 쟁점①토지에 대해 소유권이전등기와 채권최고액 OOO원으로 하는 근저당권설정등기를, 쟁점②토지 잔금일인 2024.1.10. 쟁점②토지에 대해 소유권이전등기와 쟁점②토지 전체(4필지)를 공동담보로 하여 채권최고액 OOO원으로 하는 근저당권설정등기를 각각 완료한 것으로 나타난다.

(마) 청구인은 2023.9.4. 쟁점①토지에 대한 양도소득세 OOO원(감면세액 OOO원 적용)을, 2024.1.18. 쟁점②토지에 대한 양도소득세 OOO원(감면세액 OOO원 적용)을 각각 신고.납부하였다.

(바) 처분청은 2024.9.25.부터 2024.10.14.까지 청구인에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인의 재촌.자경 요건은 충족하였으나 실질적으로 하나의 거래이면서 양도소득세 감면한도를 부당하게 회피하고자 형식적으로 과세기간을 구분하여 거래한 것으로 보아, 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 양도시기를 2024.1.10.으로 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 장기보유특별공제를 적용한 산출세액 OOO원에 자경감면 한도액 OOO원을 적용하여 이 건 처분을 하였다.

(사) 매수인은 2024년 10월경 처분청에 자필 서명한 확인서를 제출하였는바, 그 요지는 매수인이 쟁점①토지 및 쟁점②토지 근처에서 로젠택배를 운영하고 있어서 자신의 사업장 인근의 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 일부만 매입하기를 원하였으나 청구인의 요청으로 전체를 매수하게 되었다는 것과 매매계약서를 2번 작성하여 쟁점②토지의 잔금을 3개월 이후에 지급하게 되어 매매대금의 원천인 대출의 이자 비용에서 이익을 보았다는 것이다.

(아) 쟁점①토지 및 쟁점②토지는 취득시부터 양도시까지 분필된 토지에 해당하지 아니한다는 점과 청구인이 8년이상 재촌.자경하였다는 점에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세의 원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인바(대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결, 같은 뜻임),

이건 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 거래는 각각의 매매계약서에 따라 대금이 지급되고, 소유권이전등기가 경료되어 두 매매계약서가 형식적으로 작성되었다고 단정하기 어려운 점, 청구인은 매수인의 자금 사정으로 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 각각 거래하였다고 주장하고 있고, 처분청은 이를 구체적으로 반증하지 못하고 있는 점, 청구인이 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 분필한 사실이 없고, 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매함에 있어 대금지급일을 달리하였다는 사정만으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기 어려운 점, 납세자는 다수의 부동산을 양도할 때 조세부담이 적은 방법으로 거래를 선택할 수 있고, 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피 목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식을 부인하고 세법상 과세기간을 합산한 과세가 정당화된다고 보기 어려울 뿐만 아니라 이를 무시할 경우, 조세법의 예측가능성과 법적안정성이 심각하게 훼손될 우려가 있는 점(조심 2025중30, 2025.4.3., 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 쟁점①토지와 쟁점②토지의 양도거래를 하나의 거래로 보고 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.