조심 2025중0030 (2025.04.03)

남양주세무서장이 2024.9.30. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1986.9.19. 상속으로 취득한 경기도 남양주시 OOO(이하 “쟁점①토지”이라 한다)를 2019.12.3. 주식회사 AAA에게 OOO원에 양도한 후, 2020.2.3. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 및 제133조에 따른 자경농지에 대한 감면(감면세액 : OOO원)을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 예정신고하였고, 2020.1.6. 경기도 남양주시 OOO(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점①·②토지”라 한다)를 주식회사 AAA의 대표이사인 aaa에게 OOO원에 양도하면서 2020.3.5. 자경농지에 대한 감면(감면세액 : OOO원)을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세를 예정신고하였다.

나. 처분청은 2024.8.1.~2024.8.20. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점①·②토지를 양도한 각 거래는 경제적 실질이 동일한 하나의 거래에 해당한다고 보아 쟁점①·②토지의 감면세액의 한도를 OOO원으로 하여 2024.9.30. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 쟁점①·②토지의 거래를 나누어 한 이유는 법인이 쟁점②토지를 취득할 수 없다고 하여 양수법인의 대표자 명의로 하게 된 것으로 쟁점①·②토지는 양도를 위해 한 필지를 분리한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있었고, 양수인이 취득할 수 없는 법적 사정과 잔금지급의 사정으로 부득이하게 거래시기가 구분된 것으로 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 행위나 거래가 있었다고 보기 어렵다.

(1) 청구인은 쟁점①·②토지를 일괄매매 하기 위해 2019.8.21. 계약하기로 하였으나, 계약 당일 공인중개사가 확인한 바에 따르면, 쟁점②토지가 도로예정지로 고시된 땅으로 개발허가를 받을 수 없고, 개발허가가 없으면 농지취득자격 증명이 나오지 않아 법인이 취득할 수 없다고 하여 거래 자체가 무산될 위기에 처했으나 공인중개사가 개인은 취득이 가능하다고 하여 양수법인의 대표를 설득하여 용도변경이 되는 필지(쟁점①토지)는 법인이 취득하고, 나머지 도로예정지로 개발허가를 못내는 필지(쟁점②토지)는 개인이 취득하는 것으로 계약을 정리하였다.

청구인의 입장에서 쟁점①·②토지를 같이 양도하지 않으면 쟁점②토지는 접근로가 없는 맹지가 되어 영농에 종사할 수도 없을 뿐더러 다른 용도로 사용하기도 어려워 반드시 같이 매각을 하고자 하여 계약은 2019.8.21. 하였고, 계약금은 2019.8.22. 받았다. 다만 개인이 취득하기로 한 쟁점②토지의 경우 법인이 취득할 다른 필지의 개발허가가 나오는 기간을 감안하여 계약금만 미리 받아둔 상태였다. 청구인이 고령으로 인해 여러 차례 방문 및 계약이 어려운 현실적인 사정도 있었다. 또한 청구인의 입장에서 추후에 매수인의 마음이 변하여 쟁점②토지를 매수하지 않으면 큰 낭패라 이런 위험을 회피하기 위해 계약금을 선불로 받는 방식으로 계약을 체결하였고, 나머지 잔금은 양수법인의 대표자가 잔금을 마련할 시간적 여유가 없다 보니 2020.1.6.까지 미뤄지게 된 것이다.

(2) 「농지법」에 따르면 농지취득 자격 증명이 없으면 일반 법인은 농지를 취득할 수 없고, 예외적으로 농업경영에 이용되도록 하여야 취득이 가능한데, 쟁점②토지는 도로 예정지로 개발허가가 나오지 않아 농지 취득 자격 증명이 나오지 않아, 그 외의 방법으로 취득할 때에는 「농지법」 제6조 제2항 제9호의2에 정의된 영농여건 불리 농지로 농업경영에 이용해야만 하는 농지였다. 양수법인인 주식회사 AAA은 일반제조법인으로 영농을 목적으로 하고 있지 않고, 계획도 없어 쟁점②토지의 취득이 불가능하며, 쟁점①·②토지는 이미 오래전에 분할된 토지로 각각 별개의 토지인바, 양수법인과 그 대표자는 각각 별개의 납세자로서 “동일인이나 그 배우자에게 양도하는 경우”에 해당되지 않으므로 이를 동일한 거래로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(3) 이 건과 유사하게 당초부터 분리되어 있던 개별 필지의 일부를 양수자의 요구에 따라 분할 양도한 사례에서 기존에 감면을 받기위해 의도적으로 분할 양도한 사례와는 차이가 있다고 보고 있다. 조세심판원은 “당초부터 분리된 별개의 필지를 매매함에 있어 잔금지급일을 달리하였다는 사정만으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기 어렵다”고 판단하고 있는바(조심 2021구 1547, 2021.10.19. 외 다수), 쟁점①·②토지는 당초부터 별개 필지로 분리되어 있었고, 「농지법」에 의해 법인이 취득하지 못하는 일부 농지를 법인의 대표자에게 양도한 것일 뿐, 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다는 이유만으로 구체적 입증 없이 사적자치의 영역에 있는 거래자체를 배제하고 기간과세의 원칙을 벗어나 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①·②토지의 거래는 실제 계약일이 동일한 거래로서, 경제적 실질이 동일하다.

(가) 쟁점②토지의 매매계약서상 계약 일자는 2019.10.25.이나 청구인의 금융계좌 조회 결과, 실제 계약금 지급은 쟁점①토지의 계약금 지급일과 같은 날이었고, 거래시간 또한 쟁점①토지의 계약금이 지급되고 5분 뒤에 쟁점②토지의 계약금이지급된 것으로 확인되므로 실제 쟁점①·②토지의 계약일은 동일한 날로 보는 것이 타당하다. 따라서 쟁점②토지의 매매계약서는 실제 계약일에 작성된 것이 아니라 계약일 이후에 작성된 것으로, 청구인은 양도소득세 감면 한도 적용을 위해 잔금일을 임의로 조정한 것으로 판단된다.

(나) 쟁점①토지의 양수인 주식회사 AAA은 공장건물을 신축하고자 토지를 매입하였고, 쟁점②토지의 매매계약서 특약사항에는 쟁점①토지에 대한 건축허가가 안 될 경우 쟁점②토지의 거래는 무효로 하고 계약금을 반환하는 것으로 기재되어 있는바, 이는 쟁점②토지의 거래가 쟁점①토지의 거래와 연계된 거래(종속된 거래)인 것으로 볼 수 있다.

(다) 쟁점②토지의 ‘토지이용계획확인원’에 따르면 해당 토지는 농지 중에서 최상단부부터 최하단부까지의 평균 경사율이 15% 이상 으로, 영농여건이 불리하여 생산성이 낮다고 인정되는 ‘영농여건 불리 농지’에 해당하는 것으로 확인되고, 영농여건이 불리한 농지의 경우 ㎡당 매매가액이 정상적인 농지인 쟁점①토지의 ㎡당 매매가액보다는 낮은 가액으로 각각 다른 매매가액(거래조건)으로 거래하는 것이 정상적이며, 합리적인 부동산 거래라 하겠으나, 매매계약서를 살펴보면 중개업자가 동일한 상태에서 토지의 ㎡당 매매가액이 동일한 가액(OOO원/㎡)으로 확인되는바, 이는 쟁점①·②토지를 구분하지 않고 면적과 가치를 함께 반영하여 ㎡당 매매가액을 결정한 것으로 보이므로 그 경제적 실질이 동일한 하나의 거래로 볼 수 있다.

(2) 청구인은 쟁점②토지의 경우 도로로 수용될 예정지이기에 농지 취득 자격증명이 나오지 않고, 영농여건 불리 농지로 농업경영에만 이용해야 하는 농지이기에 일반 제조업 법인은 취득이 불가하여 부득이하게 법인의 대표를 매수인으로 하여 매매를 한 것이라고 주장하나, 처분청이 청구인에 대한 양도소득세 조사 기간에 쟁점②토지의 관할 지방자치단체에 문의한 결과, 해당 토지는 매수인이 법인이라고 해서 취득이 불가한 것은 아니고, ‘영농여건 불리 농지’는 영농여건이 불리한 농지의 이용을 효율화하기 위해 농지 소유와 이용규제를 완화하여 소유권 제한이 없으며, 농지 외의 다른 용도로 사용할 수 있게끔 농지전용(轉用)도 간소하게 신고로 처리할 수 있는 농지라는 답변을 들었는바, 청구인의 주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과세연도를 달리한 각 거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법

제5조(과세기간) ① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(4) 농지법(2021.4.13. 법률 제18021호로 개정되기 전의 것)

제6조(농지 소유 제한) ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다. 다만, 소유 농지는 농업경영에 이용되도록 하여야 한다(제2호 및 제3호는 제외한다)

9의2. 제28조에 따른 농업진흥지역 밖의 농지 중 최상단부부터 최하단부까지의 평균경사율이 15퍼센트 이상인 농지로서 대통령령으로 정하는 농지를 소유하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다.

(가) 쟁점①·②토지에 대한 양도소득세 신고 및 경정 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 청구인은 쟁점①·②토지를 모두 1986.9.19. 상속으로 취득하여 쟁점①토지는 2019.12.3., 쟁점②토지는 2020.1.6. 주식회사 AAA과 그 대표자 aaa에게 각 양도한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 쟁점①·②토지의 양도소득세 신고 및 경정 내역

(단위 : 천원)

○○○

(나) 쟁점①·②토지의 구체적 내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 쟁점①토지와 쟁점②토지의 계약금은 주식회사 AAA과 aaa으로부터 OOO원 및 OOO원이 2019.8.22.(14:37:16)과 2019.8.22.(14:42:10) 청구인에게 각 입금된 것으로 확인된다.

＜표2＞ 쟁점①·②토지 내역

(단위 : ㎡, 백만원)

○○○

(다) 쟁점①·②토지의 계약서상 계약일은 각 2019.8.21. 및 2019.10.25.이고, 계약금 입금일은 2019.8.22.(14:37:16), 2019.8.22.(14:42:10), 잔금지급일은 2019.12.3., 2020.1.6.로 나타나며, 쟁점①·②토지의 계약서상 주요 특약사항은 다음과 같다.

○○○

(2) 청구인이 쟁점①·②토지의 각 거래에 대하여 제출한 증빙자료는 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점①토지에 대해 주식회사 AAA과 2019년 10월 건축허가부지로 사용함을 승낙하는 대지사용승락서를 작성하였고, 쟁점①토지 중 도로부분(OOO)을 제외한 부분에 대한 건축허가서를 2019.11.20. 경기도 남양주시 OOO으로부터 받았으며, 같은 부분에 대해 2019.12.2. 경기도 남양주시 OOO으로부터 농지취득자격증명원을 발급받은 것으로 확인된다.

(나) 청구인은 쟁점①·②토지의 계약을 중개한 OOO 공인중개사사무소 bbb 공인중개사의 확인서를 제출하였고, 그 주요내용은 다음과 같다.

○○○

(다) 청구인은 쟁점①·②토지의 항공사진 등을 제출하며, 쟁점②토지는 접근로 없는 맹지라고 주장하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점①·②토지의 각 거래는 경제적 실질이 동일한 하나의 거래이므로 이에 대하여 양도소득세를 부과한 처분이 정당하다는 의견이나, 쟁점①토지와 쟁점②토지는 청구인이 양도시점에 임박하여 분필하거나 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도한 것으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기 어렵고, 쟁점①토지와 쟁점②토지의 계약이 계약서와 다르게 같은 날 이루어졌다고 하더라도 각 토지의 양도대금을 지급받고 소유권이전등기를 완료한 날은 각 2019.12.3. 및 2020.1.6.이며, 각 양수인은 주식회사 AAA과 그 대표자 aaa으로 동일한 양수인이 아닌 등 쟁점①·②토지의 각 거래를 실질적으로 하나의 계약에 따른 토지 매매거래라고 보기 어려워 보이는 점, 기간단위 과세 세목에서 과세기간별 분리과세는 납세자는 물론 과세권자인 처분청도 준수하여야 할 기본적인 원칙이라고 할 것이고, 실질과세원칙은 모든 조세법적 관계에서 절대적으로 우선되는 것은 아니어서, 동시에 조세법률주의, 조세평등주의, 신의성실원칙 등도 함께 고려하여야 하는데, 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 세법상 기본과세단위(과세기간)를 무시한 합산 과세가 정당화된다고 보기 어려울 뿐만 아니라 이를 무시할 경우, 조세법의 예측가능성과 법적안정성이 심각하게 훼손될 우려가 있는 점(조심 2019부3094, 2020.3.11., 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 쟁점①토지와 쟁점②토지의 거래형식을 부인하고 하나의 거래로 보아 1과세기간의 감면한도를 적용하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.