조심 2020인2038 (2020.12.02)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인으로서, ＜표1＞ 기재와 같이OOO 소재 임야 등 종중 소유의 토지가 OOO 고속도로 건설공사의 사업부지에 편입되자, 이를 2014.2.10. 및 2015.6.26. 국토교통부에 협의양도하고 토지수용보상비를 지급받았으나 과세소득으로 신고하지 않았다.

＜표1＞ 토지 양도내역

나. 처분청은 과세자료를 검토한 결과, 임야를 제외한 나머지 토지(전과 답, 이하 “쟁점토지”라 한다)는 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 그 소득금액OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여, 2014사업연도 법인세 부과처분에 대해서는 2020.5.19. 이의신청을 거쳐 2020.8.19. 심판청구(조심 2020인7779)를, 2015사업연도 법인세 부과처분에 대해서는 2020.5.19. 심판청구(조심 2020인2038)를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

(1) 쟁점토지는 수년간 고유목적사업에 직접 사용되었다.

(가) 청구종중은 선조를 숭봉하고 종친 상호간의 친목을 도모하며 후손의 향학지원 및 건전한 생활향상발전에 기여함을 목적으로 하고 있고, 이를 위해 1) 선조의 위업을 현양하고 묘소관리 및 봉제사에 관한사업, 2) 선조로부터 보존하여 온 부동산(임야, 대지, 전답, 기타종속물)과 동산 및 현재 소유하고 있는 그 외 부동산, 동산 기타 자산의 관리, 운영, 3) 종원의 장학 및 후생복지에 관한 사업, 4) 기타 본 종중발전에 기여하는 사업을 수행하고 있다.

(나) 쟁점토지는 청구종중의 종원들이 함께 농사를 지어서 선조 묘제사에 직접 제수품으로 올리거나 수확한 작물을 팔아서 제수품을 사는 등 위토로서 선조로부터 물려받아 수용당할 때까지 그 목적에 사용해온 것이다. 종산에 연접한 농지의 경우 대개 위토로 사용하는 것이 우리의 전통적 풍습이며 청구종중 또한 이러한 관습에 따라 오래전부터 쟁점토지를 위토로 사용하여 왔다. 위토는 1949년 제정된 농지개혁법에 따라 국가의 매수대상에서 제외되었는데, 쟁점토지가 1952.12.1. 위토로 인허가 받은 사실은 관할 OOO시청에 정보공개를 청구하여 발급받은 위토 인허대장상 기록을 보더라도 알 수 있다.

(다) 처분청은 비영리법인의 고정자산처분이익이 수익사업소득에 해당하지 않으려면 그 처분시점에서 소급하여 3년간 중단없이 고유목적사업에 사용되어져야 한다고 주장하면서 쟁점토지의 경우 처분당시 비닐하우스가 설치되어 있었고 무단 경작한 사실이 확인된다 하여 수익사업소득에 해당하는 것으로 보고 있다. 그러나 쟁점토지는 선조로부터 수백년전에 물려받은 것이고 종산에 연접한 토지로서 청구종중의 집성촌에 거주해 오던 종원들이 경작하여 온 토지이므로 정황상으로나 실제적으로 고유목적사업에 사용한 사실이 명백함에도, 단지 수용당시 쟁점토지의 외관에만 의거하여 과세처분을 하는 것은 실질과세의 원칙을 위배한 것이다.

(라) 쟁점토지의 경우 오래전부터 도로용지로 수용될 예정임이 알려진 터라 경작의 의욕이 상실된 상태에 있다보니 고유목적사업에 계속 사용할 상황이 되지 못하였던 것이고, 그러다 국가에 수용당했다면 이는 청구종중의 의사에 반하여 불가피하게 처분시점까지 계속하여 고유목적사업에 사용하지 못하게 된 것이므로 설사 처분시점에서 고유목적사업에 사용하지 않았다고 하더라도 처분일 현재에서 볼 때 수십년간 고유목적사업에 직접 사용한 것은 명백하므로 처분청의 과세판단은 법규정을 확장해석 내지 오인한 것으로서 취소하는 것이 타당하다.

(2) 과세예고 통지를 생략한 것은 절차상 중대한 하자에 해당한다.

(가) 「국세기본법」은 납세고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우에는 과세처분 이전에 과세예고 통지를 하도록 하고 있고, 다만 조사결정통지일 또는 과세예고일로부터 부과제척기간의 만료일이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사청구를 할 수 있는 권리를 행사할 수 없게 되므로 과세예고 통지를 생략할 수 있도록 하고 있다.

(나) 그러나 처분청은 5년이나 과세를 지연해오다가 부과제척기간이 임박하자, 법에 규정한 과세예고 통지를 생략한 채 과세처분을 한 것이므로 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 마땅히 취소되어야 한다.

(다) 이의신청 결정서를 보면, 과세자료는 2014.10.31. 입력되어 누적관리하다가 2020.1.31. 즉시자료로 변경된 것으로 확인되고, 아울러 2014년 등기수집분의 무신고 과세자료로 2014.8.24. 출력되어 2014.10.31. 세적변동자료로 입력되었다고 되어 있다. 이는 과세자료가 등기 수집분으로 2014.8.24. 무신고 자료로 수동 출력되어 있었다는 것이고, 그러하다면 다음 해 3월 법인세 신고 이후에는 신고누락여부를 확인할 수 있었음에도 방치해 왔다는 것이며, 또한 2014.10.31. 이후에는 전산입력되어 누적관리하여 왔다는 것으로 이 또한 방치해 오다가 부과제척기간이 임박한 2020.1.31.에 이르러서야 즉시자료로 변경하여 과세하려 하다보니 과세예고 통지를 할 수 없었다는 것이다

(라) 국가기관으로부터 수집하거나 제출받은 자료는 국세청 훈령(양도소득세 사무처리규정 제23조 내지 29조)에 따라 과세자료의 생성과 동시에 담당자가 지정되어 앞서와 같이 수동 및 전산으로 관리되어 왔을 터인데 처분청이 단지 즉시자료로 전환이 늦어 과세예고 통지를 하지 못하였다는 것은 결국 자료관리 및 처리과정에서 규정에 따라 성실하게 업무를 집행하지 못하였음을 인정하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.

(가) 청구종중은 종중규약에서와 같이, 선대의 묘소 및 재산관리, 종원의 친목도모를 목적으로 만들어진 임의단체로서, 임야의 경우 선대의 묘소가 위치하고 있으므로 묘소를 포함한 주변의 토지는 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 있으나, 쟁점토지는 종중의 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.

(나) 쟁점토지를 위토로 사용하였으므로 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하여, 쟁점토지를 고유목적사업에 직접적으로 사용한 것으로 볼 수 있는 소명자료를 요청하였으나, 쟁점토지와 관련된 수입을 성묘비, 묘제비 등으로 지출한 사실을 확인할 수 있는 장부나 객관적인 자료를 제출하지 못하였다.

(다) 쟁점토지 처분일 3년 전인 2011~2013년의 지적도와 위성사진 등을 확인한 결과, 비닐하우스가 설치된 것으로 나타나고, 전과 답에 비닐하우스를 설치하였다는 것은 농사를 짓기 위한 것임을 알 수 있다. 또한 청구종중의 2014.7.11. 임원회의 심의자료에는 ‘비닐하우스 무단 경작자 손해배상청구 변호사 선임’이라는 안건을 만장일치로 가결한 것으로 확인되는데, 이는 쟁점토지를 수용당할 때까지 위토로 사용하여 왔다는 청구주장과는 달리 쟁점토지를 관리도 하지 않은 채 그대로 두었다는 것을 알 수 있다. 또한 경작사실확인서는 소명요청시 제출하지도 않은 것이므로 그 진위를 알 수 없다.

(2) 과세예고 통지를 생략한 것에 중대한 절차상 하자가 있다고 볼 수 없다.

(가) 청구종중의 종원(OOO)은 “원고가 종중으로부터 수령한 사양권의 양도대가는 기타소득으로 봄이 상당하므로 2009년, 2012년 및 2013년 귀속 증여세 부과처분은 위법하다”는 법원의 확정판결(2019.5.30.)에 따라, 국민권익위원회에 2014년 귀속 증여세도 기타소득으로 과세해줄 것을 고충청구하였다.

(나) 처분청이 쟁점토지를 포함한 청구종중의 부동산 양도자료를 최초로 수집한 것은 2014.10.31.이지만, 쟁점토지의 실제 수용일과 보상금액을 알게 된 것은 국민권익위원회로부터 통보받은 고충청구자료를 검토하던 2020년 1월말경이고, 그때 비로소 법인세 일실이 있을 수 있음을 알게 되었다. 이에 처분청은 2020.1.31. 청구종중의 2014년 양도자료를 즉시자료로 전환하여 처리한 것이다.

(다)

「국세기본법」 제81조의15

제2항은 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우, 조세범칙사건 조사, 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우에는 과세전적부심사청구 규정을 적용하지 않도록 규정하고 있는바, 처분청이 고의로 과세자료를 장기간 방치한 것이 아니라 고충청구자료를 통해 과세대상 및 세액을 검토하고 확정하는 과정에서 부과제척기간의 만료일(2020.3.31.)이 3개월 내에 도래할 것으로 판단하여 과세예고 통지를 생략한 것이다.

(라) 과세예고 통지의 취지는 납세자에게 과세하기 전에 과세전적부심사를 신청할 기회를 부여함으로써 납세자에게 혜택을 주기 위함인데, 2014사업연도 법인세 과세처분의 경우 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당되므로 과세전적부심사청구를 할 수가 없게 되어 굳이 과세예고 통지를 한다 해도 실질적으로는 과세전적부심사청구를 할 수 없어 형식상으로만 과세예고 통지를 할 수 밖에 없게 되므로 과세예고를 생략한 것이 위법하다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지를 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 그 소득금액을 익금산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

② (예비적 청구) 과세예고 통지를 생략한 2014사업연도 법인세 과세처분은 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조【과세소득의 범위】③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(2) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

(3) 국세기본법

제81조15【과세전적부심사】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1.

「국세징수법」 제14조

에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 종중규약 및 재산관리 규정에 의하면, 청구종중은 선조를 숭봉하고 종족 상호간의 친목을 도모하며 후손의 향학 지원 및 종원 생활의 향상에 기여하는 것을 목적으로 하고 있고, 이를 위해 선조로부터 보존해온 부동산과 동산 기타 자산을 관리ㆍ운영하고 종원의 복리후생ㆍ향학 기타 종중 발전에 기여하는 사업을 수행한다고 되어 있다.

(2) 처분청은 청구종중의 부동산 양도자료를 검토한 결과, 양도토지 중 종중의 분묘가 있는 임야는 그 전체를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보고 과세대상에서 제외하였으나, 그와 인접한 쟁점토지(농지)는 다음과 같은 이유에서 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 그 소득금액을 익금산입하였다.

(가) 2011~2013년 지적도와 위성사진 등에 의하면, 쟁점토지에는 비닐하우스가 설치되어 있으므로 쟁점토지에서 농사를 지었음을 확인할 수 있다.

(나) 청구종중에게 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 소명자료를 요구하였으나 구체적인 증빙을 제출하지 못하였으며, 쟁점토지에서 발생한 농작물 수입을 성묘비나 묘제비 등으로 사용한 사실도 확인되지 않는다.

(3) 청구종중은 쟁점토지를 시제 등 제사에 사용할 제수품 등의 마련을 위해 종원들이 경작하는 위토로 사용했다며, “2000년대초 주변의 급격한 도시화로 벼 농사 등 전통적 농지활용이 어렵게 되어, 비닐하우스를 설치하고 작물을 재배하였으며, 그 소득으로 선조들의 시제 등 비용에 충당하다가, 사정이 여의치 않아 농사를 그만 두게 되었다”는 종원 OOO의 경작확인서(2020.6.1.)를 제출하였다.

(4) 한편 처분청은 청구종중에게 2014사업연도 법인세를 부과하는 과정에서 부과제척기간이 임박하였다는 사유로 과세예고 통지를 생략하였는바, 담당공무원은 그 경위를 다음과 같이 설명한다.

(가) 처분청은 2014.10.31. 청구종중의 부동산 양도자료를 수집하여 누적관리하다가, 2020.1.31. 즉시 자료로 변경하였다.

(나) 처음에는 등기부상 양도사실만 알 수 있었으므로 거래금액을 알 수 없었고, 조사과에서 세무조사를 실시하거나, 특별히 수시부과 할 사항이 생기거나, 세수일실의 우려가 있는 자로서 조세채권의 확보가 가능한 경우에 한해 즉시 자료로 전환하게 되어 있었으므로 구조상으로도 즉시 처리할 수 없었다.

(다) 2020년 1월경 청구종중의 세무대리인이 처분청 재산팀을 찾아와서, “청구종중의 종원(OOO이 국민권익위원회에 신청한 고충청구 관련해서 증여세가 취소될 예정이다”고 하였고, 이에 재산팀에서는 청구종중의 2014년 양도분에 대한 법인세가 일실될 수 있다고 법인팀에 통보하였으며, 그 때 청구종중 부동산의 실제 수용일과 보상금액을 알게 되어, 법인세 신고내용을 확인하고 누적 과세자료를 검토하게 되었다.

(5) 한편 국민권익위원회는 2019.2.7. 처분청(납세자보호담당관)에 고충민원처리를 위한 의견 및 설명자료 제출을 요청하였는바, 동 협조 공문에는 청구종중 대표 OOO의 민원신청서류가 첨부되어 있는데, 그 내용은 청구종중에서 2014.7.11. 임원회의를 개최하여 OOO 고속도로 부지에 편입된 임야의 보상금을 사양권자인 OOO에게 지급하면서 증여세 상당액을 차감하였고, 이에 OOO이 증여세 중 사양권에 해당하는 금액을 기타소득으로 시정해 달라는 취지로 고충신청을 한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점토지의 처분으로 인한 소득이

「법인세법」 제3조

제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 과세대상에 해당하지 않기 위해서는, 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용했어야 할 것인데, 종중은 일반적으로 공동선조의 분묘 보존, 제사 이행 등을 고유목적사업으로 하고 있으므로 그 본질상 농사를 종중의 고유목적사업으로 보기는 어렵고(조심 2018서3509, 2018.12.11. 등 같은 뜻임), 그 수확물이나 수입금액을 종중의 제사 등에 사용하였다고 하더라도 그것은 간접적인 기여에 불과하며, 더욱이 청구종중은 그러한 사실조차 객관적으로 확인할 수 있는 입증자료를 제출하지 아니하고 있으므로 처분청에서 청구종중이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보고 소득금액을 익금산입하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,

「국세기본법」 제81조의15

제2항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 과세예고 통지와 그 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 적용하지 아니한다고 하면서, 제3호에서 과세예고 통지를 하는 날부터 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우를 규정하고 있는바, 청구종중은 2014년 2월 쟁점토지 중 일부를 국토교통부에 협의양도하였고, 처분청도 2014년 10월 등기부상 기록을 통해 그와 같은 사실을 인지하였으나, 그 당시에는 해당 부동산의 소유권 이전사실 외에는 구체적인 거래내역을 알 수 없었고, 부과제척기간(2020.3.31.)이 임박한 2020년 1월에 이르러 양도부동산에 대한 소득금액이 탈루될 수 있음을 구체적으로 알게 된 것으로 나타나므로 이는 과세예고통지를 생략할 수 있는 위 규정의 예외사유에 해당한다고 할 것이다. 따라서 처분청이 부과제척기간이 임박하기 전에 양도부동산의 소득금액이 탈루될 수 있음을 적극적으로 검토하지 못한 점은 별론으로 하더라도, 과세예고통지를 생략한 과세처분 자체에 절차상 중대한 하자가 있다고 볼 수는 없으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.