조심 2021서2906 (2021.09.06)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 2009.3.30. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 지분 2분의 1을 매수하고, 2012.6.29. 쟁점주택의 나머지 지분 2분의 1을 증여받아 취득한 후 보유하다가 2020.9.9. OOO원에 양도하고 양도가액 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 신고를 하였다(납부세액 OOO원) 한편 청구인은 쟁점주택의 양도당시 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)상 민간임대주택으로 등록.보유하고 있었고, 2020.5.29. OOO(이하 “대체주택”이라 한다)의 지분 10분의 9(나머지 지분은 남편인 AAA이 취득)를 취득하여 보유하고 있었다. 나. 처분청 OOO서장은 청구인에 대한 양도소득세 신고내용을 점검하여 청구인이 3주택 이상을 보유한 상태에서 조정대상지역에 있는 쟁점주택을 9억원을 초과하여 양도하였으므로 「소득세법」제95조 제2항 및 제104조 제7항 등에 따라 9억원 초과분에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 20% 추가세율(이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여야 한다고 보아 2021.2.17. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였고, 이에 따라 처분청 OOO청장은 2021.3.16. 청구인에게 개인지방소득세 OOO원을 고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.4.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점주택의 양도와 관련하여 쟁점장기임대주택.대체주택 보유는 투기적 목적과 전혀 무관하여 동 주택들은 다주택자 중과범위를 산정함에 있어서는 주택 수 계산에 포함되지 않아야 하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다. (1) ‘1세대 1주택 비과세 제도’와 ‘다주택자 중과 및 장기보유특별공제 배제제도’ 는 ‘투기목적의 주택보유 억제’라는 점에서 그 입법목적이 동일하다. 「소득세법」상 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례제도는 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하고 투기목적의 주택 보유를 억제하려는 데에 있다(대법원 1993.1.19. 선고 92누12988 판결 참조). 다주택자에 대한 양도소득세 중과제도 및 이에 대한 장기보유특별공제 배제의 규정의 취지 또한 1세대 1주택 비과세 특례제도와 마찬가지로, 투기적 목적의 주택 소유를 억제하고 이를 통하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 소유가 집중되는 것을 막아 다수 국민의 주거 생활의 안정을 이룩하려는 공익을 실현하고자 하는 것을 주된 입법목적으로 하고 있다(서울고등법원 2011.6.22. 선고 2009누11265 판결 참조). 대법원 또한 청구인과 같이 ‘일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고 2주택을 소유한 상태에서 일반주택을 양도한 경우 1세대 3주택 이상의 양도로서 양도소득세 중과 여부’가 쟁점이 된 사안에서, “입법취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다”고 판시함으로써, 다주택자 중과제도의 적용 범위를 해석함에 있어서 그 입법취지를 존중하고 있다(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결 참조). 요컨대 대법원은 다주택자에 대한 중과세율 적용 여부를 판단함에 있어서 가장 중요한 기준은 ‘투기목적의 존재 여부’라는 점을 명확히 하고 있으므로 입법목적이 동일한 ‘1세대 1주택 비과세 제도’와 ‘다주택자 중과 및 장기보유특별공제 배제제도’에 관한 규정을 해석함에 있어서는 그 적용 범위에 관해서도 이를 일치시켜 해석하는 것이 소득세법령의 각 규정을 조화롭게 이해하는 체계적 해석 방법이다. (2) 청구인은 투기적 목적 없이 주택들을 보유하였으므로 대체주택과 장기임대주택은 주택 수 산입에서 제외되어야 한다. 쟁점주택 양도의 경위나 청구인이 보유하고 있는 각 주택들의 성격을 살펴볼 때, 청구인은 단지 쟁점임대주택을 1채 보유한 상태에서 거주 이전을 위하여 대체주택을 취득한 뒤 종전주택을 처분하였을 뿐이고 청구인이 쟁점주택을 양도함에 있어서 어떠한 투기목적이 있다고 보기는 어려운바, 이를 두고 양도소득세 중과대상에 해당하고 장기보유특별공제의 적용이 배제되어야 할 다주택자에 해당한다고 판단해서는 아니된다. 특히 쟁점임대주택과 대체주택은 소득세법령상 관계 규정 및 그 입법 취지에 비추어 보았을 때 중과세율 적용 대상 판단 시 1세대 3주택으로 계산되는 주택 수에서 제외되어야 한다. (가) 「소득세법」제155조 제20항은 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 주택(제1호)과 법 제168조에 따라 사업자등록을 마치고, 민간임대주택법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 이를 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 5%를 초과하지 않는 주택(제2호)을 보유하고 있는 상황에서, 거주 중이던 주택을 양도한 경우에는 국내에 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있도록 규정하고 있다. 이는 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 임대주택사업자의 거주용 주택에 대한 세제지원을 둔 것(2011.10.14. 대통령령 제23218호로 개정된「소득세법 시행령」제정.개정 이유 참조)으로서, 장기임대주택의 보유는 오히려 국가가 정책적으로 장려하는 형태의 주택 보유에 해당하는 것이지 결코 투기목적을 수반한 억제되어야 할 주택 소유에 해당하지 않음을 전제로 하고 있다. 이 건에서 청구인은 쟁점임대주택을 민간임대주택으로 하여 2018.5.14. 민간임대주택법상, 2018.5.23. 「소득세법」제168조 에 따른 각 임대사업자등록을 마치고, 2018.5.18.부터 현재까지 쟁점임대주택을 임대 중으로 그 임대보증금(임대료)의 증가율이 연 5%를 넘지 않아 위 장기임대주택의 요건을 만족하는바, 청구인의 장기임대주택 보유 또한 국민들의 주거안정에 기여한다는 측면에서 세제상 혜택을 부여해야 할 경우에 해당할 뿐 여기에 제재적 의미의 중과세율 적용이나 장기보유특별공제의 적용을 배제할 아무런 이유가 없다. (나) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정되기 전 「소득세법 시행령」 제155조 제1항은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에 이를 1세대 1주택으로 보아 비과세 특례를 적용하고 있는데, 이는 부동산 거래의 현실을 고려했을 때 납세자의 거주 이전 과정에서 자연스럽게 발생할 수 있는 일시적인 2주택 상태는 실질적으로는 1주택을 보유한 것과 마찬가지라는 점을 감안하여 국민의 거주이전의 자유 보장 및 주거 안정 측면에서 굳이 이를 달리 취급하여 과세할 필요가 없다는 것이다. 청구인은 쟁점주택을 취득한 2012.6.29. 이후 수년이 지난 2020.5.29.에 이르러 거주 이전을 위하여 대체주택을 취득하였고, 이로부터 약 3개월 만인 2020.9.9. 쟁점주택을 양도하여 청구인이 쟁점주택과 대체주택을 동시에 보유하고 있었던 2020.5.29.과 2020.9.9. 사이의 청구인의 주택보유 현황은 일시적 2주택의 경우에 해당하며 어떠한 투기적 목적없이 단순한 주거 이전을 위한 것이다. (다) 한편 처분청은 쟁점주택의 양도가액 중 9억원 이하와 초과하는 부분을 나누어 9억원 이하 부분에 대해서도 「소득세법 시행령」제155조 제1항 및 제20항이 중첩적으로 적용되는 것으로 보아 청구인에게 1세대 1주택에 따른 양도소득세 비과세 특례를 적용하였다. 이는 이미 처분청 스스로도「소득세법」상 쟁점주택의 양도를 투기목적이 없는 것으로 판단내렸다는 사실을 의미하는 것이다. 만약 처분청의 과세논리에 따를 경우, 쟁점주택과 같은 고가주택의 양도시 이를 9억원 이하와 9억원 초과 부분으로 나누어 9억원 이하 부분에 대해서는 1세대 1주택 비과세 특례제도에 의하여 양도소득세가 전혀 과세되지 않는 한편 9억원 초과 부분에 대해서는 중과세율이 적용된다는 것인데, 이는「소득세법」이 1세대 1주택의 양도에 대하여 양도소득세 비과세제도를 둔 취지를 몰각시킬 뿐만 아니라 납세자의 예측가능성이나 상식에도 현저히 반하는 해석에 해당한다. 결국 이 건 각 부과처분은 관계법령의 입법취지를 간과하였을 뿐만 아니라 납세자의 예측가능성 또한 저해하는 잘못된 해석에 기초한 것이라는 점에서 지극히 부당하다. (라) 나아가 구 「소득세법 시행령」제167조의10 제1항은 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전 주택(제8호)과 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우 장기임대주택 외의 1주택(제2호)을 양도소득세 중과세율이 적용되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위에서 제외시키고 있기도 한다. 즉 소득세법령은 주거 이전을 위한 일시적 2주택 보유 및 장기임대주택의 보유에는 그러한 다주택 보유 상태에 어떠한 투기목적이 있다고 보기 어렵기 때문에 이러한 다주택자에게는 투기 억제적 목적의 양도소득세 중과의 적용 또한 배제하여도 무방하다는 전제 하에 위와 같은 규정을 두고 있는 것이다. 위 규정에 따르면 청구인이 쟁점주택과 쟁점임대주택만을 보유하고 있다가 쟁점주택을 양도한 경우, 또는 쟁점주택과 대체주택만을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우를 가정할 때, 이와 같은 양도에는 양도소득세 중과세율이 적용된다거나 장기보유특별공제의 적용이 배제되지 않았을 것이다. 따라서 이 건과 같이 단지 청구인이 쟁점주택, 쟁점임대주택과 대체주택을 동시에 보유하고 있었다는 이유만으로 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제 또한 배제시켜야 한다는 처분청의 과세논리는 과세형평상 청구인에게 지나치게 과중한 세액을 부담시키는 것이자 관계규정과의 체계적 정합성에도 어긋난다. (마) 최근 국세청은 납세자가 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제1호의 거주주택 및 제2호의 장기임대주택 요건을 갖춘 주택들을 보유한 상태에서 같은 조 제1항의 요건을 만족하여 신규주택 취득 후 기존 거주주택을 양도한 경우 1세대 1주택 비과세 적용 여부에 대하여, 장기임대주택 특례(제20항)와 일시적 2주택 특례(제1항)의 중첩적용이 가능하여 결국 해당 주택의 양도는 1세대 1주택 비과세가 적용되는 것으로 해석한 바 있다(사전-2019-법령해석재산-721, 2020.12.28., 사전-2021-법령해석재산-63, 2021.2.1. 참조). 이는 위와 같은 3주택 상태가 일시적인 것으로서 사회통념상 투기목적에 기한 것이라거나 제재를 가하여야 할 대상에 해당하지 않는다는 판단을 전제한 해석에 기인하므로 이 사안에도 동일하게 적용되어야 한다. (3) 최근 개정된「소득세법 시행령」은 양도소득세가 부당하게 중과되는 경우를 방지하고자 관련 규정을 명확히 하였다. 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정된 「소득세법 시행령」제167조의3 에서는 청구인과 같은 경우를 양도소득세 중과세율이 적용되는 1세대 3주택의 범위에서 제외시켰다. 이와 같이 개정된 이유는, 쟁점주택의 양도에 대하여 처분청과 같이 현행「소득세법 시행령」의 문언상으로는 1세대 1주택 비과세 특례제도의 적용 범위와 다주택자 중과 제외 범위가 그 입법목적 상으로 달리 취급할 이유가 없음에도 불구하고 장기임대주택과 일시적 2주택을 동시에 보유하는 경우 등에 1세대 1주택 비과세 특례제도의 적용대상에 해당함과 동시에 고가주택 양도분에 해당하는 양도차익에 대해서는 양도소득세 중과세율이 적용되는 것으로 잘못 해석될 여지가 있다는 점을 감안하여, 청구인과 같이 투기목적이 없는 실수요자에 대하여 부당히 양도소득세가 중과되는 경우를 방지하고자 한 것이다. 나. 처분청 의견 「소득세법」제104조 제7항 제3호 등 관련 법령에 따르면, 청구인은 1세대 3주택 이상을 보유한 상태에서 같은 법 시행령 154조 제1항의 고가주택을 양도한 경우에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. (1) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정되기 전 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유한 주택 중 장기임대주택 등을 제외한 주택을 양도하는 경우 중과세율 적용대상임을 규정하고 있으며, 청구인은 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 외 대체주택 및 쟁점장기임대주택 등 3주택 이상을 소유한 1세대에 해당하고 쟁점주택이 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호의 주택에 해당하지 아니하므로 양도소득세 중과세율 적용대상에 해당한다. 청구인은 쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택에 해당하므로 주택 수 산정시 제외되고, 대체주택과 쟁점주택이 같은 법 시행령 제167조의10 제1항 제8호의 일시적 1세대 2주택에 해당하며, 대체주택 또한 주택수 산정시 제외되므로 쟁점주택이 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에 따라 1개의 주택만을 소유한 경우에 해당하여 양도세 중과대상이 아니라는 의견이나 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 장기임대주택 외 대체주택을 소유하고 있었으므로 쟁점주택은 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 제10호에 따른 일반주택에 해당하지 아니하여 중과대상에 해당한다. (2)국세청 예규 및 심판례에서도 3주택을 보유한 1세대가 고가주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한다고 하였으며, 청구인이 청구주장의 근거로 제시한 판례(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)는 일반주택의 1세대 1주택 비과세 여부에 관한 것으로 이 건 처분과 직접적인 관계가 없다. (3) 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않은 것인바(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 등), 청구인의 주장과 같이 청구인에게 투기의 목적이 없었다는 이유만으로 양도당시 법령과 달리 양도소득세 중과세율 적용을 배제할 이유는 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주택의 양도를 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. (20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. ③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 ② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택규모에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 다. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한한다. 라. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택[미분양주택( 「주택법」 제54조 에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장·군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것 2) 5년 이상 임대하는 것일 것 3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것 4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것 5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)} 마. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 중 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 8년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택 바. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 8년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택 3. 「조세특례제한법」 제97조 ·제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다) 4. 종업원(사용자의 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 특수관계인을 제외한다)에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 당해 무상제공기간이 10년 이상(이하 이 조에서 "의무무상기간"이라 한다)인 주택(이하 이 조에서 "장기사원용주택"이라 한다) 5. 「조세특례제한법」 제98조의2 , 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택 6. 제155조 제6항 제1호에 해당하는 문화재주택 7. 제155조 제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다) 8. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택 8의2. 1세대의 구성원이 「영유아보육법」 제13조 1항에 따라 특별자치도지사·시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상(이하 이 조에서 "의무사용기간"이라 한다) 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택 9. 삭제 10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 2. 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택 3. 1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료ㆍ요양하는 장소와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 해당 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다) 4. 제155조 제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택 5. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 사람이 1주택을 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(세대를 합친 날부터 10년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다) 6. 1주택을 소유하는 사람이 1주택을 소유하는 다른 사람과 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다) 7. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 해당 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다) 8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다] 9. 주택의 양도 당시 법 제99조에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(종전의 「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행구역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다. 10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택 11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택 ② 제1항을 적용할 때 제167조의3 제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시에 청구인과 그 배우자의 주택보유내역은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 주택보유내역 OOO 주) 쟁점주택 양도일 : 2020.9.9. (나) 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시에 쟁점주택 소재지가 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따라 조정대상지역으로 지정되어 있었다. (2) 청구인은 쟁점주택의 양도와 쟁점장기임대주택과 대체주택 보유는 투기적 목적과 전혀 무관하여 동 주택들은 다주택자 중과범위를 산정함에 있어 주택수 계산에 포함되지 않아야 한다고 주장하면서, 쟁점임대주택에 대한 임대사업자등록증(준공공임대로 임대시작일이 2018.5.18.임), 사업자등록증(2018.5.23. 등록) 및 쟁점주택 매매계약서 등을 제시하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」제89조 제1항 제3호는 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고, 이에 따라 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점, 「소득세법」 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 중과세율을 적용하면서 같은 법 제95조 제2항에서 장기보유특별공제는 배제하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점주택의 양도당시 쟁점주택이 조정대상지역에 포함되어 있었고 청구인들 세대가 쟁점주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었던 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도소득을 산정함에 있어 「소득세법」제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020중2007, 2021.1.19., 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 「지방세기본법」제96조 제6항에 의하여 주문과 같이 결정한다.