조심 2020중2779 (2020.11.06)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2019.7.10. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO원에 양도하고, 쟁점주택을 1세대 1주택인 고가주택으로 보아 OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 2019.8.6. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내역을 확인한 결과, 청구인의 세대가 쟁점주택 양도일 현재 OOO채(이하 “임대주택”이라 한다) 및 같은 구 OOO(이하 “대체주택”이라 한다)를 보유하고 있는 사실을 확인하고, 2020년 6월경 청구인에게 조정대상지역내 1세대 3주택 이상자에 해당하여 쟁점주택의 양도가 중과대상이라는 안내를 하였으며, 청구인은 이에 따라 2020.6.30. 장기보유특별공제를 배제하고, 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고·납부하였다.

다. 청구인은 2020.7.6. 쟁점주택의 양도가 장기보유특별공제 및 일반세율 적용대상이라며 기 수정신고납부한 양도소득세 OOO을 환급해달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 2020.7.22. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택은 중과가 배제되는 일시적 2주택에 해당하여 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되어야 한다.

(1) 2008년 3월

「소득세법」 제95조

제2항의 장기보유특별공제는 장기간에 걸쳐 발생하는 양도차익이 매매시점에 일시적으로 실현됨에 따라 발생하는 과도한 세부담을 완화하여 거래활성화를 꾀하는 동시에 투기적 수요보다는 실수요 중심의 건전한 부동산 시장 질서를 유지하기 위하여 개정된 것으로 즉, 장기 보유한 실수요 고가주택의 과도한 양도소득세의 부담을 줄이고자 시행되었다.

한편

「소득세법 시행령」 제155조

제20항에서는 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민 및 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택을 보유한 경우에도 1세대 1주택 비과세특례를 적용하도록 하였다.

(2) 국세청 예규(서일 46014-10603, 2002.5.8., 부동산거래관리-975, 2011.11.21.)를 종합적으로 해석해보면, 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에 고급주택도 일시적 2주택 비과세특례를 적용할 수 있고, 9억원을 초과하는 양도차익은

「소득세법 시행령」 제160조

에 따라 계산하여 장기보유특별공제를 적용하도록 명시하고 있다.

청구인이 대체주택의 취득없이 쟁점주택을 양도하였다면, 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받고, 양도차익 9억원을 초과하는 분에 대해 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되었음이 명백하다. 청구인은 주거 이전을 목적으로 주택을 취득하여 일시적인 2주택자임에도 불구하고 처분청은 대체주택을 주택 수에 포함하여 다주택자로 중과한 처분은 일시적 2주택 비과세특례의 입법 취지에 위배되는 처분이다.

(3) 부동산 투기를 억제하기 1세대 2주택 이상자가 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우, 양도소득세를 중과하는 것이므로

「소득세법 시행령」 제167조의3

제1항 각 호에서 중과배제 주택으로 쟁점주택을 포함하지 않고 있다고 하여 쟁점주택을 중과대상으로 판단한 것은 납세자의 예측가능성을 훼손하고 기존 세법과 관행과는 다른 새로운 해석으로 과세된 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

쟁점주택의 양도는 조정대상지역 내 3주택 이상자의 양도에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하고, 중과세율을 적용해야 한다.

(1) 처분청은 쟁점주택 양도 당시 청구인의 세대가 임대주택과 대체주택을 같이 보유하여 1세대 3주택 이상에 해당하므로

「소득세법」 제104조

제7항 제3호 나목 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에 근거하여 쟁점주택 양도에서 고가주택 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고, 중과세율을 적용해야 한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점(조심 2020서489, 2020.3.24.), 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에서 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점(조심 2020서489, 2020.3.24.),

「소득세법」 제104조

제7항 제3호에서 조정대상지역 내에서 1세대 3주택 이상 소유자에 대하여는 기본세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 반면에 취득 당시 기준으로 일시적으로 3주택에 해당한다는 등의 사유로 위 규정의 적용을 배제하라는 명문 규정이 없는 점(조심 2019서2998, 2019.11.13.) 등에 비추어 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 양도를 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정된 것)

제89조【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및

주거환경정비법」 제74조

에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택

정비에 관한 특례법」 제29조

에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제104조【양도소득세의 세율】⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것)

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에

「주택법」 제63조의 2

제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

제155조【1세대 1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

＜20＞ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의 3 제1항 제8호의 2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나

「영유아보육법」 제13조

제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다.이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】①법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조

에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).(단서 생략)

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1988.9.3. OOO를 매매로 취득하여 보유하다가, 재개발·재건축 조합에 해당 건물과 그 부수토지를 제공하고, 2003.3.11. 관리처분계획인가에 따라 완성된 쟁점주택을 2007.3.26. 소유권보전등기하였고, 2019.7.1. OOO 외 1인에게 양도하였다.

(2) 청구인 세대의 주택 보유현황은 ＜표1＞과 같고, 청구인은 임대주택에 대하여 2015.6.1. OOO에 임대사업자 등록을, 2015.6.1. 처분청에 주거용 건물 임대 사업자등록을 하였으며, 청구인의 배우자 OOO은 임대주택에 대하여 2014.1.20. OOO에 임대사업자 등록을, 2014.1.22. 처분청에 주택임대 사업자등록을 하였다.

청구인 세대가 보유한 아래 임대주택이

「소득세법 시행령」 제167조의3

제2호의 장기임대주택에 해당한다는 사실에 대해서는 다툼이 없다.

＜표1＞ 청구인 세대의 주택 보유현황

(3) 청구인은 쟁점주택의 양도에 대하여, 9억원 이하분은 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고하였다가, 쟁점주택의 양도가 조정대상지역 내 3주택 이상의 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고, 일반세율(6%∼38%)에 가산세율 20%를 더한 중과세율(26∼62%)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 수정신고·납부한 후, 2020.7.6. 수정신고·납부한 양도소득세를 환급해달라는 경정청구를 제기하였다.

＜표2＞ 청구인의 양도소득세 신고 내역

(단위 : 백만원)

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「소득세법」 제95조

제2항 및 같은 법 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 배제하고, 양도소득세율을

「소득세법」 제55조

제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있으며,

「소득세법 시행령」 제167조의3

제1항에서 “법 제104조 제7항 제3호에서 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 각 들고 있다.

청구인은 쟁점주택이 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되는 일시적 2주택(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하나, 청구인 및 배우자는 쟁점주택을 양도할 당시 장기임대주택 12채 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는

「소득세법 시행령」 제167조의3

제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 조문상 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없어 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점주택을 조정대상지역내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이다.

또한 청구인은 쟁점주택이 일시적 2주택에 해당하여 9억원 이하분에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하고 있는바, 9억원 초과분에 대해서도 장기보유특별공제와 일반세율을 적용해야 한다고 취지로 주장하나, 비과세를 정하고 있는 규정(

「소득세법」 제89조

및 같은 법 시행령 제155조)과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제및 중과세율을 정하고 있는 규정(

「소득세법」 제95조

· 제104조 및 같은 법 시행령 제167조의3)이 동일하지 아니하고, 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우, 조정대상지역 외 다주택과 세효과가 동일한바, 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.