조심 2015서2309 (2016.09.30)

OOO세무서장이 2015.2.1. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 (원천징수분) OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가.청구법인은 화장품ㆍ생활용품 제조업을 영위하는 법인으로, 2009년 11월 OOO(OOO 페이퍼컴퍼니, 이하 "OOO"라 한다) 명의로 보유하고 있는 주식회사 OOOOOO(이하 “OOO”이라 한다) 발행 주식 OOO주OOO를 청구법인이 전부 양수OOO하였다. 나. OOO는 2010.1.22. 「한·OOO 조세조약」에 따라 주식양도차익에 대한 법인세 비과세·면제 신청을 하였고, 청구법인은 이에 따라 쟁점주식의 매매대금을 지급하면서 양도인의 주식양도차익 OOO원(외국법인의 국내원천소득, 이하 “쟁점소득”이라 한다)에 대하여 법인(원천)세를 원천징수하지 아니하였다. 다.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2010.4.5.～2010.4.28. 기간 동안 청구법인에 대하여 쟁점주식과 관련한 원천세 부분조사를 실시하여 OOO는 한국 내 조세회피를 위해 형식적으로 투자한 도관회사이고 쟁점소득의 실질귀속자는 OOOOOO, OOO Holding Ltd(이하 “OOO”라 한다), OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 투자자로 판단, 거주지국을 기준으로 우리나라와 조세조약이 체결되지 않은 국가에 속한 미체결국 투자자의 주식양도차익에 대하여 2010.4.23. 청구법인에게 법인(원천)세 OOO원을 경정ㆍ고지OOO하였고, 청구법인은 2010.5.28. 이를 완납하였다. 라. 그 후인 2013.7.11. 대법원은 유사 사건판결OOO에서 국내에 투자한 외국펀드(OOO)는 투자대상기업의 가치증대를 통한 사업활동을 사업목적으로 설립된 영리단체로 「법인세법」상 외국법인에 해당하는지 여부를 재심리하라고 판시하였는바, 처분청은 위 대법원 판례에 입각하여 쟁점소득의 실질귀속자를 재검토하여 아래 [표1]과 같이 OOO, OOO, OOO, OOO[이하 “OOO”이라 하고, OOO, OOO, OOO과 합하여 “OOO 외 3개 법인”이라 한다]를 실질귀속자로 보아 2015.2.1. 청구법인에게 법인(원천)세 OOO원을 추가 경정ㆍ고지(이하 “2차 처분”이라 한다)하였다. [표1] 청구법인 신고와 처분청 과세 ○○○ 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자의 입증책임 관련 (가) 쟁점주식의 양도인측은 본 건 거래당시 OOO를 기준으로 원천징수를 하여야 한다는 입장이었던 것으로 쟁점주식 양수도계약서에서도 수익적 소유자를 OOO로 명기하였고 청구법인의 요청에도 OOO의 상위 투자구조 등에 대한 자료를 일체 제공하지 않았다. 이에 아무런 조사권한이 없는 청구법인으로서는 OOO의 상위 투자구조에 대하여 전혀 알지 못한 상태에서 민사법상 적법ㆍ유효한 주주로서 양도인측에서 수익적 소유자라고 주장하는 OOO를 기준으로 원천징수의무를 이행할 수밖에 없었는바, 청구법인은 본 건 거래 협상과정에서 양도인측에 OOO의 전체 상위 지분구조 등의 자료를 요청하는 등 실질귀속자 확인을 위한 노력을 하였고 OOO가 실질귀속자라는 매도인측의 주장에도 불구하고 세무조사 권한을 가진 처분청으로 하여금 쟁점소득의 실질귀속자를 조사하게 한 후 처분청 조사결과대로 원천징수의무를 이행한 것으로써 청구법인은 원천징수의무자로서 최선을 다 하였다. (나) OOO를 수익의 실질귀속자로 본 대법원 판례에서는 OOO 등이라고 하여 무조건 실질귀속자로 인정한 것이 아니라, (1) 공동사업을 통한 이익의 분배라는 뚜렷한 사업목적, (2) 투자회사에의 경영참가, (3) 주식 인수자금의 실질적 공급처 역할, ④ 해당 투자거래 외에도 다수의 투자거래를 수행한 점 등을 종합하여 실질귀속자로 판단한 것인바, 처분청은 OOO 등이 실질귀속자라는 점에 관하여 아무런 입증이 없고, 오히려 청구법인이 본 건 처분과 관련하여 구체적인 과세근거에 관한 자료 및 정보제공을 청구하였으나 거부되었고 행정심판OOO 역시 기각되었다. (다) 처분청은 국제거래 및 비과세·면제 요건에 관한 입증책임이 납세자측에 있으므로 OOO 외 3개 법인이 실질귀속자가 아니라는 점을 청구법인이 입증해야 한다고 주장하나, 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에 있고OOO, 처분청 스스로도 1차 처분 당시 OOO 등이 실질귀속자가 아니라고 판단하였으며, 특히 본 건의 경우 처분청은 1차 처분 당시 세무조사를 통해 OOO측으로부터 직접 확보한 자료 등을 토대로 과세한 것이므로, OOO 외 3개 법인이 실질귀속자라는 점에 대한 입증책임은 처분청에 있다. (라) 따라서, 처분청이 OOO 외 3개 법인이 쟁점소득의 실질귀속자라는 점에 대한 입증책임을 제시하지 못하는 이상, 이 건 처분은 부당하다. (2) 원천징수의무자의 책임한계 관련 (가) 청구법인은 (1) 매도인측의 자료제공 거부로 본 건 주식의 주주가 OOO라는 사실 외에 정확한 투자자 정보를 알지 못한 상태에서도, (2) 매도인측과의 치열한 협상(당초 매도인측은 OOO를 기준으로 비과세 주장)을 거쳐 국세청의 세무조사를 통해 실질귀속자를 확정하여 납부하기로 계약하고, (3) OOO측이 본 건 거래와 투자구조가 유사하다고 밝힌 OOO 사례에 대한 과세관청의 최종적인 과세입장(매매대금의 3.2% 과세)과 본 건 거래 당시의 외국펀드에 대한 일반적인 과세관행을 고려하여 ④ 본 건 매매대금의 3.8%에 상당하는 금액을 OOO 계좌에 예치함으로써 국가에 납부할 법인(원천)세를 확보하였으며 ⑤ 처분청의 세무조사 결과에 따라 즉시 상기 OOO 계좌에서 해당 금액을 인출(원천징수)하여 납부하였다. (나) 특히, 막강한 조사권한을 가진 처분청 스스로 본 건 거래 직후 실시된 세무조사에서 OOO 등의 투자자를 본 건 주식 양도 소득의 실질귀속자로 인정하여 1차 처분을 하였고, 이후 2차례에 걸쳐 실시된 청구법인 및 OOO에 대한 세무조사에서도 변동된 사항이 없었으며, 당시의 국세청 및 기획재정부 예규, 조세심판원 선결정례, 대법원 판례 및 2011.12.31. 도입된 원천징수 절차 특례제도OOO 등에 비추어 볼 때, 청구법인으로서는 OOO에 설립된 펀드가 실질귀속자에 해당한다는 대법원 판례가 선고될 것이라고는 도저히 예측할 수도 없었다. (다) 따라서, 거래 당시 소득의 실질귀속자가 누구인지 알 수 없었던 것에 대한 원천징수의무자의 귀책사유가 없는 경우에까지 실질귀속자를 기준으로 원천징수의무를 부담하지는 않는 것OOO이므로 이 건 처분은 부당하다. (3) 소급과세금지의 원칙 관련 (가) 본 건 거래 당시 국세청 및 기획재정부는 유권해석을 통해 펀드의 투자자 현황이 공개된 사안에서 펀드의 투자자를 실질귀속자로 보고 과세한다는 견해를 수차례 반복적으로 표명해 왔고OOO, 원천징수 절차 특례제도OOO에 대한 기획재정부의 해설서와 국세청의 보도자료 상으로도 펀드의 투자자가 실질귀속자라고 설명하고 있었다. (나) 펀드투자자를 실질귀속자로 보아 조세조약을 적용하여야 한다는 심판원 선결정례도 다수 있고OOO, OECD의 입장 등 국제적인 기준도 이에 부합하는 데도, 이와 같은 펀드 투자자 기준 과세관행에 따른 법인세 납부 이후에 다시 펀드를 기준으로 과세하는 것은 「국세기본법」 제18조 제3항의 소급과세금지 원칙에 위반된다. (4) 신의성실의 원칙(이하 “신의칙”이라 한다) 관련 원천징수의무자는 과세관청의 잘못된 처분이나 공적인 견해 표명으로 인하여 원천납세의무자의 파산, 청산 등 구상권 상실 위험이 상존하므로, 과세관청의 견해표명을 신뢰한 납세자의 보호 필요성이 매우 큼(대법원도 거래징수·납부하는 부가가치세의 경우 신의칙 및 선의의 납세의무자의 보호 필요성을 폭넓게 인정하고 있음)에도 처분청은 1차 처분 당시 본 건 주식 양도소득의 실질귀속자를 OOO 등의 투자자로 보아 과세하였다(공적인 견해표명의 존재). 청구법인은 이러한 처분청의 견해표명을 신뢰하여 1차 처분에 따른 법인세를 납부하였고(납세자의 정당한 신뢰 및 행위), 원천납세의무자에 대한 구상권 행사는 불가능하게 되었으므로(납세자의 이익침해), 1차 처분에 반하는 본 건 처분은 신의칙에 반하는 처분이다. 나. 처분청 의견 (1) OOO 외 3개 법인이 쟁점소득의 실질귀속자라는 사실을 처분청이 입증하지 못하고 있다는 청구주장에 대하여 (가) 청구법인은 대법원 판례에 따라 OOO 등이라고 하여 무조건 실질귀속자로 볼 수는 없는 것이고 OOO의 상위 투자자 중 뚜렷한 사업목적을 가지고 설립된 영리단체로서 조세회피 목적으로 설립된 것으로 볼 수 없는 외국법인이 있다면 그 외국법인을 기준 으로 조세조약 등을 적용하여야 할 것이며, 이 건 처분의 근거와 적법성에 대한 입증책임이 처분청에게 있으므로 OOO 등을 실질적인 귀속자로 본 이유 및 근거를 밝혀달라고 요구하고 있는 바, 당초 청구법인은 OOO를 실질귀속자로 보아 원천징수를 하지 않았다. 이에 처분청은 2010년 4월 원천세 부분조사를 실시하여 OOO는 OOO의 주식 취득 및 투자를 위해 설립된 법인으로 소속된 종업원도 없고, 회계 및 재무관련 업무는 외부 관리업체에 위탁하여 처리하며, OOO으로부터 수취한 배당 및 주식양도소득을 제외한 수입도 없는 것으로 확인하고 이에 정당한 사업목적이 없이 「한·OOO 조세조약」의 주식양도소득 비과세 혜택을 받기 위해 설립된 도관회사로 판정하였고, 중간 단계 투자자인 OOO와 OOO에 대해서도 소속 직원이 없는 등 정당한 사업목적이 있다고 보기 어려워 도관회사로 판정하였으며, 청구법인도 이의를 제기하지 않았다. (나) 따라서, OOO는 무한책임사원(General Partner)과 유한책임사원(Limited Partner)으로 구성되고 고유한 투자목적을 가지고 자금을 운영하면서 별개의 재산을 보유하고 있어 고유의 사업활동을 하는 영리목적의 단체로서 국내세법상 과세대상이 되는 외국법인으로 볼 수 있고, OOO 외 3개 법인의 전(前) 단계 투자자들은 쟁점소득에 대한 지배·통제권이 없는 도관회사이므로 쟁점소득의 실질귀속자를 OOO 외 3개 법인으로 판단하였다. (다) 조세관계에 있어서의 입증책임은 특별한 사정이 없는 한 과세관청이 그 과세요건 사실의 존재 및 절차의 적법성을 입증할 책임이 있다고 보는 것이 일반적이지만, 이 사건과 같은 국제거래와 관련한 입증책임에 대하여 법원은 과세관청이 국제거래로 발생한 국내 원천소득의 과세와 관련된 자료를 입수하기 어려운 측면을 감안하여 보더라도 입증의 난이도가 수월한 납세자 측에게 증명책임을 부과하는 것이 합리적이라고 판시한바 있으며OOO, 조세소송에 있어서 비과세요건, 면세요건에 대한 입증책임은 납세자측에게 있다OOO. (라) 따라서, 청구법인이 처분청의 실질귀속자에 관한 주장을 반박하려면 OOO나, 중간단계 투자자인 OOO, OOO가 동 쟁점소득을 실질적으로 지배·통제하고 있음을 입증하거나, 혹은 OOO 외 3개 법인이 동 주식 양도소득을 실질적으로 지배·통제하지 못하는 도관회사에 불과하다는 사정을 입증하여야 할 것이나, 청구법인이 이를 입증하지 못하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다. (2) 청구법인에게 추가적인 원천징수 의무를 부담지우는 것이 부당하다는 주장에 대하여 (가) 청구법인이 주장하고 있는 원천징수의무 책임의 한계에 대하여 대법원은 ‘국내원천배당소득을 지급하는 자는 특별한 사정이 없는 한 그 소득에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다’라고 판시하고 있다OOO. (나) 청구법인은 주식양도소득에 관하여 실질적인 귀속자가 따로 있는지 여부에 대한 성실한 조사 없이 OOO를 기준으로 원천징수 비과세·면제 신청서를 제출하여 실질적인 귀속자를 성실하게 조사하였다고 할 수 없으므로 원천징수의무가 면제된다고 볼 수 없다. (다) 또한, 징수처분은 이미 확정된 납세의무에 대하여 이행을 청구하는 것에 불과하므로 청구법인이 처분청의 1차 처분에 의한 원천징수 의무를 이행한 것과는 별개로 소멸시효 기간 내에는 국세징수권에 대한 징수처분은 언제든지 할 수 있는 것이므로 청구법인의 주장은 이유 없다. (3) 소급과세금지원칙에 위반된다는 주장에 대하여 (가) 「국세기본법」 제18조 제3항은 ‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 과세관청이 수십여 차례 투자자에 대하여 과세한 사례가 있는 등 국세행정의 관행이 있었다는 주장이나, 과세관청은 국내원천 주식양도소득의 실질귀속자에게 과세한다는 일반적인 견해 표명이 아니라 일부 펀드의 투자자에 대하여 과세를 한 것일 뿐이므로 이를 관행이 있었다고 보기 힘들며, 오히려 납세자들은 비과세 면제를 신청하고 불복 등을 청구하는 등 이를 수용하지 아니하였으므로 ‘세법의 해석이나 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 경우’라고 볼 수 없다. (다) 또한, 실질귀속자가 누구냐에 대하여 법률관계나 사실관계에 관한 해석에 있어서 다툼의 여지가 있었던 사안이므로 법원의 최종적인 판단이 있기 전까지는 어떠한 국세행정의 처분들이 「국세기본법」 제18조 제3항의 적용대상이 되는 관행으로 성립되었는지가 명백히 밝혀졌다고 단정할 수 없으므로 소급과세원칙에 위반되지 아니한다OOO. (4) 신의성실원칙에 위반된다는 주장에 대하여 (가) 청구법인이 주장하는 것처럼 처분청(과세관청)의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째로, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야하고 둘째로, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하고 셋째로, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째로, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 이러한 신의성실원칙이 적용되기 위해서는 합법성의 원칙을 희생하여서라도 처분의 상대방의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 예외적으로 적용되어야 한다OOO. (나) 그러나, 과세관청의 부과처분이 세법적용의 오류가 있었던 부분을 바로 잡은 것에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용이 부정되는 것이 일반적이며, 「법인세법」상 과세관청이 부과제척기간 이내에 당초 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정할 수 있는 것이 원칙이다OOO. (다) 더욱이, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청의 공적인 견해표시가 있어야 하나, 기존 과세관청의 해석은 수익적 소유자가 따로 있는 경우에는 그 수익적 소유자에게 과세한다는 일반론적인 견해표명에 불과할 뿐이며 또한 예규 등은 그 자체만으로 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하지 아니한다OOO. (라) 또한, 납세자가 과세관청의 견해를 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하는데 청구법인은 이러한 국세청의 견해를 따른 것이 아니라 오히려 비과세 대상임을 주장하고 관련 원천징수 신고ㆍ납부의무를 이행하지도 않았다. (마) 상기 내용을 종합해보면, 이 건 처분은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 처분의 상대방에 대한 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있다고 보기 어려우므로 신의 성실원칙에 위반되지 아니한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 처분청이 당초 청구법인에 대한 법인(원천)세 조사를 통해 쟁점 주식 양도소득의 실질귀속자가 “국외펀드의 투자자”라고 하여 1차 과세처분을 하였다가, 유사 사건에 대한 대법원 판례(국외펀드가 실질귀속자인지를 재심리)에 따라 실질귀속자를 “국외펀드”로 보아 다시 과세한 처분의 당부 나. 관련 법률 (1) 국제조세조정에 관한 법률 제2조의2【국제거래에 관한 실질과세】① 국제거래에서 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속에 관하여 사실상 귀속되는 자가 명의자와 다른 경우에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 조세조약을 적용한다. ② 국제거래에서 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 조세조약을 적용한다. ③ 국제거래에서 조세조약 및 이 법의 혜택을 부당하게 받기 위하여 제3자를 통한 간접적인 방법으로 거래하거나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거친 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래로 보아 조세조약과 이 법을 적용한다. (2) 국세기본법 제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(명의)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(형평)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO 명의의 OOO 발행 쟁점주식을 2009년 11월 전부 양수OOO한 후, 양수대금을 지급하면서 2010.1.22. 「한·OOO 조세조약」에 따라 주식양도차익에 대한 OOO원의 주식양도차익을 실현하였다. (나) OOO는 2010.1.22. 쟁점소득에 대한 법인세 비과세ㆍ면제 신청을 하였고, 청구법인은 매매대금을 지급하면서 비거주자의 주식 양도소득에 대한 법인세를 원천징수하지 아니하였다. (다) 조사청은 2010.4.5.～2010.4.28. 기간 동안 청구법인의 쟁점주식과 관련한 원천세 부분조사를 실시하여 OOO는 한국 내 조세회피를 위해 형식적으로 투자한 도관회사이고 쟁점소득의 실질귀속자는 OOO, OOO 및 OOO의 투자자로 판단하고, 이 중 조세조약이 미체결국된 국가의 투자자의 주식양도차익에 대하여 과세할 것을 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2010.4.23. 청구법인에게 1차 처분을 하였다. (라) 이후 대법원은 다른 사건판결OOO에서 국내에 투자한 외국펀드(OOO)는 투자대상기업의 가치증대를 통한 사업활동을 사업목적으로 설립된 영리단체로 「법인세법」상 외국법인에 해당하는지 여부를 재심리하라고 판시하였는바, 처분청은 위 대법원 판례에 따라 쟁점소득의 실질귀속자를 재검토하여 OOO 외 3개 법인을 실질귀속자로 보아 2차 처분을 하였다 (2) OOO 외 3개 법인이 쟁점소득의 실질귀속자(납세의무자)에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다. (가)처분청이 이 건 2차 처분에 대한 근거증빙으로 제시한 OOO, 대법원 OOO, 대법원 OOO, 대법원 OOO에서는 외국펀드가 아래 [표2]와 같이 일정요건을 갖춘 경우 법인격이 있는 납세의무자로 판결하였다. [표2] 처분청이 과세근거로 제시한 대법원 판례상 납세의무자 요건 ○○○ (나) 처분청은 이 건 2차 처분을 함에 있어 쟁점소득의 실질귀속자를 OOO 외 3개 법인으로 보았는바, 청구법인은 OOO 외 3개 법인이 납세의무자로서 요건을 충족하였는지 여부를 검토하기 위해 조사청에 과세자료 제출 요청을 요청하였고, 조사청은 2015.9.2. 청구법인에게 ‘ 「국세기본법」 제81조의13 에서 비공개로 규정한 국세의 부과 또는 징수를 목적으로 업무상 취득한 자료(과세정보)로서 타인에게 누설하거나 목적 외의 용도로 사용할 수 없으며, 납세자의 과세정보가 공개될 경우 납세자와 과세관청의 신뢰관계가 무너지게 되어 국세행정의 원활한 수행에 지장을 초래할 뿐만 아니라, 개인정보 공개로 사생활의 비밀을 침해할 우려가 있어 「공공기관의 정보공개에 관한 법률」 제9조 제1항 제1호, 제5호, 제6호, 제7호에 의거 공개할 수 없음을 양해하여 주시기 바랍니다.’ 라고 회신하였다. (다)청구법인의 이 건 심판청구서에 대한 처분청의 답변서를 보면, OOO 외 3개 법인이 쟁점소득의 실질귀속자라는 의견만 제시할 뿐, 이들이 실제 납세의무자로서 요건을 충족하였는지에 대한 자료를 제시하지 아니하였는바, 우리 원은 2016.3.31. 조사청에 쟁점소득의 실질귀속자로 본 OOO 외 3개 법인에 대한 검토자료 등을 제출할 것을 요청하여 2016.4.11. 제출받은 자료의 주요내용은 아래 [표3]과 같다. [표3] 처분청 과세근거 자료 ○○○ (라) 위 (다)의 자료를 분석하여 보면, 외국펀드가 소득의 실질귀속자로 인정되기 위해서는 매매계약서에 거래당사자로 기재되거나, 협상 및 계약체결 과정에서 거래상대방이 그 외국법인을 실질적인 거래당사자로 인식하고 있어야 하고, 피투자회사의 실질적인 지배주주로서 이사를 선임하는 등 경영활동에 참가한 사정 등이 있어야 할 것인데, 이에 대한 내용이 없고, 쟁점주식의 양도소득의 실질귀속자가 OOO 외 3개 법인이 인적시설과 물적시설을 갖추고 있음을 입증하여야 할 것임에도, 이에 대한 자료가 없으며, OOO 외 3개 법인이 납세의무자로서 요건을 충족하였는지에 대한 검토자료를 제출함이 없이 정황자료만을 제시하여 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자인지 여부를 확인하기 어렵다. (3) 청구법인에게 추가적인 원천징수의무 부담을 지우는 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 쟁점주식의 인수협상과 관련한 협상자료(영문)는 아래와 같다. 1) 청구법인은 2009.10.20.～2009.11.11. 진행된 실사 당시 쟁점소득의 수익적 소유자 파악을 위하여 양도인측에 OOO의 전체 상위 지분구조 등의 자료를 요청하였고, 양도인측은 투자자 정보보호 등을 이유로 거부한 사실이 아래 [표4]와 같이 확인된다. [표4] 청구법인 요청에 대한 양도자측의 회신내용 ○○○ 2) 양도인측은 2009.11.2. 청구법인에 송부한 주식매매계약서 초안에서는 양도소득에 대한 원천징수 내지 OOO 계좌OOO의 예치조항이 없었고, OOO가 속한 펀드의 청산문제 등을 이유로 양도소득에 대한 법인(원천)세에 관하여 OOO는 1년간만 책임을 부담하고, 그 한도도 양도대금의 2%로 제한할 것을 요구한 사실이 아래 [표5]에 나타난다. [표5] 2009.11.2.자 매매계약서 초안 18.1항 ○○○ 3) 청구법인은 쟁점주식의 양도소득세가 최대로 부과되는 가장 보수적인 경우를 가정하고 2009.7.11. 매매계약서 수정본 4.3항에 양도대금의 12.1%OOO를 OOO의 양도소득에 별단예금 계좌에 예치하는 내용의 조항을 삽입하고, 4.5항에 위 계좌를 5년간 유지하도록 하는 조항도 삽입한 사실이 아래 [표6]과 같이 나타난다. [표6] 양수인측 2009.11.7.자 매매계약서 수정본 4.3항 및 4.5항 ○○○ 4) 양도인측은 2009.11.14. 매매계약서 초안에서 자신들의 최근 거래에서의 도관 과세방식으로 양도소득세의 최대한도를 정하는 합의를 할 필요가 있고, OOO는 2년간 책임을 부담하고 그 한도로 양도대금의 2.8%로 제한할 것으로 요구하는 수정본을 송부하였으며, 양도인측은 OOO 주식매각 건 등 과세관청이 최종 투자자를 기준으로 양도대금의 2.8%로 산정된다고 주장하였으나, 청구법인은 OOO 건에 대하여 확인한 결과, 양도대금의 4% 정도인 것으로 확인하였음이 아래 [표7]과 같이 확인된다. [표7] 양도인측 2009.11.14.자 매매계약서 수정본 4.3항 및 19.3항 ○○○ 5) 청구법인이 2009.11.20. 양도인측과 체결한 쟁점주식 매매계약서 내용을 보면, 매매계약서 4.3항에서 OOO원(OOO 양도대금의 3.8%)을 양도소득세 별단 계좌에 예치하고 19.3항에서 양도소득세에 관한 OOO 책임은 3년 이내 또는 국세청의 납부통지에 따라 양도소득세를 납부한 날에 소멸한다고 확정하였다. 6) 청구법인은 2009.11.24. OOO로부터 쟁점주식 인수계약을 체결하고 2010.1.15. 매매대금을 지급하고 쟁점주식을 인수함에 있어 19.2.항에서 세금과 관련하여 OOO가 본 건 주식 양도소득에 대한 조세조약 면제신청서를 준비하고, 19.3.항에서 ‘국세청이 양도소득세를 부과할 경우 OOO가 세금 및 관련 비용을 부담할 의무를 지되, OOO의 위 의무는 거래종결일로부터 3년 또는 국세청의 납부통지에 따라 양도소득세를 납부한 날에 소멸한다’고 하였으며, 19.4.항에서 매수인 또는 대상회사가 원천징수할 것이 요구되는 세금과 관련하여 진행되는 감사, 소송, 기타 법적절차에서 OOO는 이에 참여하고 방어할 권리 있다고 기재되어 있다. 7) 청구법인과 OOO은 위 계약서에 의해 처분청의 1차 처분 고지액 납부일(2010.5.28. 완납)에 세금문제를 정산하여 종결한 것으로 나타난다. (나) 「국세기본법」 제14조 제1항이 규정하는 실질과세의 원칙은 구 「법인세법」 제98조 제1항 제4호가 규정하는 국내주식양도소득에 대한 원천징수에도 그대로 적용되므로, 국내주식양도소득을 지급하는 자는 특별한 사정이 없는 한, 그 소득에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다할 것이나, 국내주식양도소득을 지급하는 자는 조세수입의 조기확보와 조세징수의 효율성 도모 등의 공익적 요청에 따라 원천징수의무를 부담하는 반면, 질문검사권 등 세법이 과세관청에 부여한 각종 조사권한은 가지고 있지 아니한 점 등을 고려하면, 국내주식양도소득을 지급하는 자가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 그 소득의 실질적인 귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었던 경우까지 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 볼 수는 없다 하겠다OOO. (4) 한편, 처분청은 이 건 처분을 함에 있어 유사사건에 대한 대법원 판례OOO에서 국내법인 소유 주식에 투자한 외국펀드가 「법인세법」상 외국법인으로 볼 수 있는지를 심리하여 주식양도소득에 대해 외국펀드를 납세의무자로 할 것인지 해당 외국펀드의 출자자들을 납세의무자로 할 것인지를 판단하라는 결정을 하고 있는데, 위 대법원 판례의 취지를 이 건에 원용하여 과세한다 하더라도 과세관청으로서는 먼저 OOO 외 3개 법인이 「법인세법」상 외국법인에 해당하는지 여부를 조사ㆍ심리한 후 처분을 하였어야 하나, 처분청은 1차 처분 이후 외국펀드에 대한 법인격의 실체에 대한 근거나 증빙 등을 확보하여 판단하지 아니한채, OOO 외 3개 법인이 「법인세법」상 외국법인에 해당된다고 단정하였으므로 이러한 내용만으로는 과세요건 사실이 갖추어졌다고 보기 어렵다 하겠다. (5) 이상의 사실관계와 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO나, 중간단계 투자자인 OOO, OOO가 쟁점주식의 양도소득을 실질적으로 지배·통제하고 있음을 입증하거나, OOO 외 3개 법인이 쟁점주식의 양도소득을 실질적으로 지배·통제하지 못하는 도관회사에 불과하다는 사정을 입증하지 못하고 있으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, (가) 위에서 살펴본 바와 같이 처분청은 대법원 판례의 취지와 같이 이 건 외국펀드가 「법인세법」상 외국법인인지 여부를 구체적으로 심리하여 입증한 바 없이 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자를 OOO 외 3개 법인으로 단정한 점, (나) 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에 있음에도OOO 처분청은 OOO 외 3개 법인이 쟁점주식 양도차익의 실질귀속자라는 점에 대한 입증이 없고, OOO가 주식인수자금의 실질적인 공급처인지, OOO의 경영권에 참여하였는지 등도 확인되지 아니하므로 OOO 외 3개 법인이 쟁점주식 양도소득의 실질 귀속자라고 단정하기도 어려운 점, (다) 청구법인은 쟁점주식을 양수하면서 비거주자의 양도소득에 대한 원천징수의무를 성실히 이행하기 위해 노력한 사실이 제출증빙에 의해 확인되고, 청구법인이 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자를 조사.확보하여 원천납세의무자가 누구인지를 가리는 것은 사실상 불가능함에도 청구법인에게 추가적으로 원천징수의무를 부여하는 것은 납세자에게 과도한 부담을 지우는 결과가 되어 불합리해 보이는 점, (라) 처분청은 세무조사에서 관련 예규 및 유사 쟁점의 선 처분에 따라 펀드 투자자를 실질귀속자로 보아 1차 처분을 하였고 청구법인은 1차 처분에 따른 법인세를 납부하였는바,이러한 국세청 해석 및 관행이 성립된 이후, 처분청이 유사 쟁점의 대법원 판례를 근거로 다시 펀드를 실질 귀속자로 보아 2차 처분을 하는 것은 소급과세금지 원칙에 위반되는 측면이 있다고 보이는 점, (마) 청구법인은 이러한 처분청의 견해 표명을 신뢰하여 1차 처분에 따른 법인세를 납부하였는바, 쟁점주식의 양도자에게 새로운 이 건 2차 처분에 대한 구상권을 행사할 수 없는 청구법인에게 추가 부담을 지우는 것은 신의칙에 반하는 측면이 있다고 보이는 점 등에 비추어 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과, 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.