조심 2019서3764 (2019.12.13)

OOO세무서장이 2019.7.1. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인(원천)세 OOO원의 경정청구 거부처분은 국내법인 OOO 주식회사의 발행 주식 양도대금 OOO원에 대하여 청구법인이

「법인세법」제98조의4

에 따라 국외투자기구의 투자자를 실질귀속자로 하여 제출한 비과세ㆍ면제신청서와 국외투자기구신고서의 적법 여부, 은행 송금증ㆍ계좌정보 등 객관적인 금융증빙의 존재 여부 등의 확인을 통하여 위 주식양도대금이 신고한 국외투자기구의 투자자와 OOO 중 누구에게 귀속되었는지OOO를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 글로벌 투자펀드인 OOO와 OOO를 합하여 이하 OOO라 한다.

OOO는 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 OOO를, OOO는 OOO에 OOO 및 OOO라 하고, 둘을 합하여 OOO라 하며, OOO를 합하여 OOO”라 한다)를 각 설립하였다.

나. OOO는 OOO은행OOO과 함께 OOO에 OOO.(이하 “OOO”이라 한다)를 설립하였고, OOO는 OOO 소재 퇴직연금OOO, OOO 소재 공무원 연금OOO과 함께 OOO에 OOO (이하 “OOO”라 하며, OOO과 합하여 “OOO”라 한다)를 각각 설립하였다.

다. OOO은 내국법인인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다) 투자(이하 “본건투자”라 한다)를 위한 지주회사인 OOO를 OOO에 설립하였으며, OOO은 OOO 상장법인이자 맥주 제조회사인 OOO와 함께 OOO에 OOO를 설립하였다.

라. OOO는 우리나라 소재 지주회사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)를 설립하여 그 지분 100%를 취득하고, OOO은 국내에 등록된 지주회사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 지분 100%를 취득하였다.

마. OOO은 2009.7.24. OOO에게 약 OOO을 지급하고 OOO 발행주식 100%를 취득하였다.

바. OOO는 2014.4.1. OOO의 자회사이자 OOO 법인인 청구법인에게 OOO의 주식 100%(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 미화 OOO에 매각하였다.

사. 청구법인은 OOO로부터 쟁점주식을 취득하고 쟁점주식양도대금을 지급하면서 그 대금의 실질귀속자가 OOO에 대한 투자자들, 본건공동투자자들 및 OOO라고 보아 아래와 같이 OOO세무서장에게 2014.5.12. 2014사업연도 법인(원천)세OOO원을 원천징수.납부(비과세.면제신청세액 OOO원 제외)하였다가, 2014.6.12. 위 비과세.면제신청세액 중 OOO을 추가로 수정신고.납부하였다.

아. OOO세무서장은 OOO에 설립된 OOO과 OOO를 쟁점주식양도대금의 실질귀속자로 보아

「법인세법」제98조

제1항 제4호에 따라 쟁점주식양도대금의 10% 상당인 OOO원을 법인세로 납부하여야 한다고 하여 2015.12.23. 원천징수의무자인 청구법인에게 2014사업연도 법인(원천)세 OOO원(가산세 포함)을 경정.고지하였다.

자. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.11. 심판청구OOO를 제기하였고, 조세심판원은 2019.5.16. “쟁점주식양도대금에 대하여 청구법인이

「법인세법」제98조의4

에 따라 국외투자기구의 투자자를 실질귀속자로 하여 제출한 비과세.면제신청서와 국외투자기구신고서의 적법 여부, 은행 송금증.계좌정보 등의 객관적인 금융증빙의 존재여부 등을 통하여 위 주식양도대금이 신고한 국외투자기구의 투자자와 OOO 중 누구에게 귀속되었는지OOO를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정”하도록 결정하였다.

차. 한편, 청구법인은 2014.6.2. 수정신고시 추가납부한 법인(원천)세 OOO원을 환급하여 줄 것을 2019.4.30.경정청구하였으나, 경정청구를 한 날로부터 2개월 이내에 처분청으로부터 아무런 통지를 받지 못하자 이에 불복하여 2019.9.23. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO국세청장의 법인통합조사 결과 OOO를 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자로 보아 국내세법에 따른 법인(원천)세 OOO원을 납부하여야 함을 전제로, OOO세무서장은 위 세액 중 기납부세액을 제외한 OOO원(가산세 포함)의 법인(원천)세를 2015.12.14. 징수처분하였고, 청구법인은 OOO세무서장의 징수처분에 대하여 2016.3.11. 심판청구OOO을 제기한 바, 조세심판원은 2019.5.16. 쟁점주식 양도대금이 누구에게 귀속되었는지를 재조사하여 그 결과에 따라 위 처분의 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정하였으며, OOO국세청에서 청구일 현재 조사진행 중이다.

(2) 청구법인이 2014.6.2. 수정신고하여 추가 납부한 세액 OOO원(가산세 포함)은 비과세ㆍ면제 대상에 해당하는 과오납세액이므로 이를 환급하여 달라는 내용으로 2019.4.30. 경정청구를 하였는 바, 청구법인은 동 경정청구시 본건펀드의 투자자들 및 공동투자자가 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자라는 증빙을 처분청에 제출하였음에도 처분청은 경정청구를 받은 날부터 2개월이 지나도록 청구인에게 아무런 통지를 하지 않음은 부당하므로 당해 부작위 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점주식 양도소득에 대한 OOO세무서장의 과세처분에 불복하여 조세심판원에 불복절차가 진행 중에 있었으나, 수정신고 납부세액의 경정청구기간 만료가 가까워짐에 따라 조세불복 결과 확정전인 2019.4.30. 이 건 경정청구하였는바, 청구법인의 수정신고 납부세액 및 세무조사에 따른 징수처분 세액은 모두 청구법인이 본건 펀드들의 투자자 및 공동투자자들을 실질귀속자로 하여 2014.5.9. 비과세ㆍ면제신청한 세액이 부인된 결과로서 청구법인이 납부한 것이다.

(2) 따라서 이 건 경정청구는 청구법인이 동일한 사실관계 및 동일한 쟁점에 대해 이미 불복을 제기한 조세심판 사건OOO 결과에 구속된다 할 것이나, 2019.5.16. 조세심판원 결정에 따라 당초 조사청인 OOO국세청에서 재조사가 진행중이므로 추후 재조사 결과에 따라 확인된 실질귀속자를 기준으로 이 건 경정청구 관련 처분 등을 해야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식 양도대금의 실질귀속자를 OOO로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면, 처분청의 2015.12.23. 부과처분에 대하여 조세심판원은 2019.5.16. “쟁점주식양도대금에 대하여 청구법인이

「법인세법」제98조의4

에 따라 국외투자기구의 투자자를 실질귀속자로 하여 제출한 비과세.면제신청서와 국외투자기구신고서의 적법 여부, 은행 송금증.계좌정보 등의 객관적인 금융증빙의 존재여부 등을 통하여 위 주식양도대금이 신고한 국외투자기구의 투자자와 OOO 중 누구에게 귀속되었는지(다만, OOO 및 OOO는 제외)를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정”하도록 결정OOO한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 이 건 경정청구를 하면서, 2014년 5월 OOO세무서에 제출한 비과세.면제신청서, 국외투자기구 신고서 및 첨부서류 일체를 재차 처분청에 제출한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이 건 경정청구는 청구법인이 쟁점주식 양도소득을 비과세.면세신청한 법인(원천)세 OOO원 중 수정신고한 OOO원의 환급에 관한 것으로서 2015.12.23. 부과처분의 심판결정에 따른 재조사에서 함께 다루어져야 할 것인바, 쟁점주식 양도대금 OOO원에 대하여 청구법인이

「법인세법」제98조의4

에 따라 국외투자기구의 투자자를 실질귀속자로 하여 제출한 비과세ㆍ면제신청서와 국외투자기구신고서의 적법 여부, 은행 송금증ㆍ계좌정보 등의 객관적인 금융증빙의 존재 여부 등의 확인을 통하여 위 주식양도대금이 신고한 국외투자기구의 투자자와 OOO 중 누구에게 귀속되었는지OOO를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.