조심 2014중0271 (2014.04.02)

OOO세무서장이 2013.9.4. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

가. 청구법인은 1983.4.18.부터 건설.주택신축판매업을 영위하는 법인으로, 2008.7.11. 청구법인과 OOO대학교, OOO대학유치원회 사이에 OOO캠퍼스 건립부지 기증을 위한 협약서를 체결하고, 2009.8.26. 대학교 부지 41,515평을 OOO대학교에 무상기증하기로 OOO대학교와 증여계약을 체결하였다.

나. OOO도(고시 제OOO호)는 2009.11.13. OOO리 산 15-79 일원의 토지 363,628㎡을 “OOO지구 도시개발구역”으로 지정하고, 대학교 용지 및 주거용지, 도시기반시설 용지로 개발할 목적으로 개발계획을 수립(이하 “도시개발사업”이라 한다)하여 청구법인을 시행자(제안자)로 예정 고시하였다.

다. 청구법인은 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 및 OOO부동산중개법인 주식회사(이하 “OOO부동산중개법인”이라 하고, OOO를 합하여 이하 “쟁점거래처”라 한다)와 도시개발사업과 관련된 용역계약을 체결하고, OOO로부터 2008년 제1기부터 2009년 제2기까지 지형현황측량 및 지장물조사, 개발계획수립, 교통·환경·재해영향평가, 문화재 지표조사, 농지·산지관련 인허가 서류 작성, 토질조사, 지구단위계획보고서 및 설명서 작성, 기본 및 실시설계 및 실시계획인가 도서작성 등의 용역을 제공받은 후 OOO만원 상당을 그 용역비로 OOO에 지급하고, OOO부동산중개법인으로부터 2008년 제1기부터 2010년 제1기까지 도시개발사업의 자문료, 컨설팅 등의 용역을 제공받고, OOO만원 상당의 용역비(위 OOO만원의 용역비와 합하여 이하 “쟁점용역비”라 한다)로 지급한 후, 토지조성과 관련된 매입으로 보아 공제받지 못할 매입세액OOO으로 신고하였다가, 2012.3.12. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 도시개발사업권을 공급가액 OOO만원에 양도하고 도시개발사업 시행예정자가 아니라 하여 쟁점거래처로부터 수취하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 세액OOO에 대해 경정청구하여 이를 환급받았다.

라. 처분청은 청구법인이 경정청구하여 환급받은 부가가치세에 대한 세무조사를 실시하여, 2013.9.4. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기 OOO원, 2010년 제1기 OOO원을 경정.고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.20. 2008년 제1기분 부가가치세를 제외하고 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 최종 도시개발사업시행자로 지정받지 못하였고, 실시계획인가나 착공허가도 받지 못하여 공사를 진행하지 못한 상태에서 2011.4. OOO에 도시개발사업의 모든 권리.의무를 일체 양도하였으므로 쟁점거래처로부터 제공받은 용역은 토지 조성.개발 및 가치를 증가시키는데 사용된 것으로 볼 수 없으므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다.

(2) 청구법인은 OOO에 부가가치세 과세대상인 “도시개발사업권” 즉, 재산적 가치가 있는 권리와 사업의 모든 권리.의무를 양도한 것 일뿐 토지를 조성 및 개발하여 양도한 것이 아니므로 쟁점거래처로부터 지급받은 쟁점용역비는 도시개발사업권과 관련된 매입세액으로 공제대상이다.

(3) 청구법인으로부터 도시개발사업권을 양수한 OOO은 토지를 조성.개발한 후 공급하는 시행자로 면세사업자이므로, 청구법인으로부터 양수한 사업권에 대하여 택지의 조성 및 개발과 관련된 매입세액으로 불공제함이 타당하지만, 토지 조성 및 개발을 할 수 없는 청구법인은 과세사업자로 양도한 도시개발사업권이 부가가치세 과세대상이므로 그 권리와 관련된 매입세액이 공제되어야만 이중과세 문제 등이 발생하지 않고, 국세청 예규(부가가치세과-167, 2011.2.23.)를 보면, 아파트를 신축하여 분양할 예정인 과.면세 겸업사업자가 건설용지를 확보하고 사업에 따른 인허가 등을 진행하면서 발생된 공통매입세액에 대하여 안분공제하였으나, 사업용 부지를 일부 매각하면서 별도로 사업권을 산정하여 양도하는 경우 해당 사업권의 양도에 대하여 사업권 공급가액 전액을 과세표준으로 하며 해당 재화의 매입세액은 전액 공제되는 것으로 해석하고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 OOO에 양도하였다는 도시개발사업권은 자체가 형성될 수 없으며, 이는 단지 토지가격상승 등에 따른 대가에 불과하므로 청구법인이 쟁점법인으로부터 제공받은 용역은 토지관련 매입세액에 해당하는 것이며, 청구법인은 쟁점거래처로부터 현황측량 및 지장물건 조사 등의 용역을 제공받아 이를 토대로 OOO지구 도시개발사업 제안을 하여 2009.11.3. OOO에 따라 도시개발구역으로 지정되고, 도시개발시행자로 예정되었고, 도시개발사업 제안자로서 도시개발시행자로 예정되었음에도 도시개발시행자 지정 등 도시개발사업을 진행하지 않다가 상당기간이 경과한 2011.4. OOO에 도시개발사업권을 양도한 것이므로 청구법인이 실질적으로 도시개발시행자의 지위에 있었던바, 단지 도시개발시행자로 지정되지 않았고, 실제 사업을 시행하지 못하였다는 사유만으로 토지관련 매입세액이 아니라고 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 OOO지구 도시개발사업 제안자로서 도시개발구역지정 및 개발계획 수립승인을 받기 위하여 쟁점거래처로부터 관련 용역을 제공받았고, 이러한 도시개발사업과 관련된 용역은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키고 결국에는 택지 등의 원가를 구성하는 토지관련 매입세액으로 매입세액 불공제 대상이고, 청구법인이 채택한 도시개발사업 시행방식은 수용 또는 사용방식으로 사업부지 전체 토지를 매입하여 도시개발사업을 시행한 후, 일반인 등에게 택지 등을 분양하거나 청구법인에서 직접 택지를 사용하는 사업 방식으로 택지(토지)의 분양가액 및 원가로 산입될 수밖에 없으므로 쟁점법인에서 도시개발사업과 관련하여 제공한 용역과 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액으로 매입세액 불공제 대상이고, 사업권 양도에 대응하는 비용이라도 매입세액으로 공제할 수 없다.

또한, 사업권 양도에 대응하는 비용인지 여부가 불분명하고, 설령 사업권양도에 대응하는 비용이라고 하더라도 사업권이 부가가치세 과세대상이라는 사유만으로 관련 매입세액으로 공제할 수 있는 법적 근거가 없으며, 이러한 사실은 면세용역 내지는 매입세액 불공제에 해당하는 용역 등을 공급받았더라도 이를 통하여 부가가치세 과세대상이 창출되면 당초 이러한 용역 등을 매입세액 공제 대상으로 보아야 한다는 주장으로 이는 받아들이기 어려운 것으로, 1993.12.31. 「부가가치세법」개정 시 토지관련 매입세액 불공제 근거규정을 신설하면서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하기만 하면 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제될 수 없는 것이므로 매입세액 불공제함이 타당하다.

(3)

「부가가치세법」제17조

제2항 제4호 매입세액 불공제 대상을 보면 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”으로 토지관련 매입세액을 면세와 별도로 하여 매입세액 불공제 대상으로 열거하고 있는바, 청구법인이 주장하는 국세청 예규는 부가가치세 과세 및 면세와 관련된 매입세액 불공제 등을 다룬 것으로 이 건 토지관련 매입세액에 적용하는 것은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점법인으로부터 받은 도시개발사업 관련 용역을 토지관련매입으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)

부가가치세법 제17조

(매입세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

(2)

부가가치세법 시행령 제60조

(매입세액의 범위) ⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 (2002.12.30. 개정)

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사종결보고서(2013.7.)를 보면 아래와 같이 기재되어 있다.

(가) 2012.9.18. 청구법인은 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점용역비OOO에 대해 면세관련 매입세액으로 보아 불공제 신고한 매입세금계산서에 대하여 관련 매입세액은 부가가치세 과세대상인 사업권양도OOO에 대응되는 비용이므로 이를 공제하여 줄 것을 경정청구하였고, 2012.9.27. 처분청은 쟁점용역비가 토지관련 매입세액에 해당되지 않는 것으로 보아 관련 부가가치세를 환급처리OOO하였다.

(나) 도시개발사업 진행과정은 아래와 같다.

OOO

(다) 청구법인과 쟁점거래처 사이의 계약서상 용역의 주요내용은 아래와 같다.

OOO

(라) 쟁점거래처가 청구법인에게 제공한 용역은 도시개발구역지정 및 개발계획수립승인을 위한 용역으로 이러한 도시개발사업과 관련된 용역은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 택지 등의 원가를 구성하는 토지관련 매입세액으로 보는 것이 타당하며, 타인소유토지에 지출한 비용인지를 보면, 청구법인이 일부 토지에 대한 소유권을 취득한 사실이 있고, 사업시행자의 지위에서 사업계획 등을 승인받은 점을 보면, 타인소유토지에 대한 지출비용으로도 볼 수 없으므로 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하고 조사 종결하고자 한다.

(마) 처분청은 부가가치세 재경정결의서, OOO부동산중개법인 공문(2008.3.4., 2009.7.23., 2009.9.22., 2010.1.15.), 복구의무면제 신청서(2010.1. 청구법인→OOO군수), OOO대건립관련 관계자 회의OOO, 지구지정접수서류 검토사항, OOO지구도시개발사업추진 간담회OOO회의자료 등을 제출하였다.

(2) 청구법인은 2008년부터 OOO대학유치위원회와 양해각서를 체결하고 2009.11. 도시개발사업 시행자로 예정되어, 토지조성 및 개발 후 학교·주거용지 등으로 공급할 예정이었으나, 2011.4. 도시개발사업자로 지정받지 못한 상태에서 OOO에 도시개발사업과 관련된 권리·의무 일체를 양도한바, 부가가치세가 면제되는 토지를 공급하는 사업자가 아니고, 부가가치세 과세되는 ‘도시개발사업권’이란 권리를 양도하였기에 부가가치세를 납부하는 것이므로, ‘도시개발사업권’과 관련하여 쟁점거래처로부터 제공받은 용역은 토지 관련 매입금액으로 볼 수 없다며, 청구법인과 OOO대학유치위원회 간의 OOO대학교 캠퍼스 건립에 관한 양해각서, OOO군과 OOO대학교 간의 관학협력에 관한 양해각서, OOO대학교 OOO캠퍼스 건립부지 기증을 위한 청구법인-OOO대학교-OOO대학유치위원회 간 협약서, OOO, 도시개발사업 승계 약정서(청구법인, OOO), 도시개발사업 승계(변경) 및 정산합의서, 용역계약서(청구법인, OOO), 토지 가매매 계약서(OOO 향교재단, 청구법인) 및 정산합의서, 부동산매매계약서(청구법인, OOO) 등을 제출하였다.

(3) 살피건대,

「부가가치세법」제17조

제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항에 따른 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액에 대한 규정은 토지의 양도차익을 수익하는 당해 토지를 소유하고 있는 자에게만 적용되는 규정이라 할 것이므로 자기의 사업을 위하여 사용된 어떠한 재화 또는 용역의 공급이 타인 소유의 토지의 가치를 현실적으로 증가시키게 되는 경우에는 그 토지의 소유자가 아닌 자에게는 이를 매입세액으로 공제하지 아니하는 토지관련 매입세액에 해당한다고 할 수 없는 점(대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결 참고), 쟁점용역비는 청구법인이 관련 토지취득 전에 지출되었고, 개발사업권에 대응되는 비용으로 보이고, 관련 토지를 2011.7.19. OOO만원에 취득하여 같은 날 같은 금액으로 OOO에 양도된 것이어서 아무런 토지의 지가(가치)상승이 이루어지지 아니하였으며, 이와 별도로 청구법인이 도시개발사업시행자로 지정되거나 실시계획인가나 착공허가도 받지 못하여 공사가 진행되지 못한 상태인 2011년 4월 개발사업권이라는 부가가치세 과세대상재화가 OOO에 양도된 것이므로, 쟁점거래처로부터 제공받은 용역은 토지의 조성.개발 및 가치를 증가시키는데 사용된 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점용역비 관련 매입세액은 모두 공제되어야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.