조심 2016광0290 (2016.08.03)

OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 부가가치세 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 OOO을 공급하고 수령한 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원, 합계 OOO원을 공급대가로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 어업의 손실액 조사기관으로 지정되어 2012년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO원(2012년 제1기 OOO원, 2012년 제2기 OOO원, 2013년 제1기 OOO원, 2013년 제2기 OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 OOO(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 수행하고 쟁점용역을 학술 연구용역의 부가가치세 면세대상으로 보아 면세수입금액으로 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점용역을

「부가가치세법」제12조

제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제37조 제1의2호의 규정에 의한 부가가치세 면제용역에 해당되지 아니한 것으로 보아, OOO 청구법인에게 부가가치세 2012년 제1기분OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원을 결정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점용역은 OOO 청구법인이 고유의 목적사업으로 제공하는 연구용역으로 면세대상에 해당하기에 이 건 부가가치세 과세처분은 부당하다.

(가)

「부가가치법 시행령」제37조

제1의2호에서 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역에 한정하여 부가가치세를 면세하고 있지만, 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는

「부가가치세법 시행규칙」제11조의3

제3항의 규정에 의한 학술ㆍ기술연구용역에 해당되는 경우뿐만 아니라 산학협력단이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세를 면제하고 있는바, 일반 학술연구단체 또는 기술연구단체가 제공하는 연구용역은 새로운 학설 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론, 방법, 공법 또는 공식 등에 관한 연구인 학술연구용역과 기술연구용역에 한하여 면세용역으로 하고 이에 해당하지 아니하는 상업적 연구용역은 과세대상으로 하고 있으나, 청구법인과 같은 산학협력단의 경우는 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 해당하기만 하면 상업적 연구용역인지 순수학술(또는 기술)연구용역인지를 구분하지 아니하고 면세대상으로 하는 것이다.

(나) 처분청이 과세한 쟁점용역은 산학협력단이 그 고유의 목적사업으로 제공한 연구용역인지, 아니면 연구용역이 아닌 일반용역(예를 들면, 단순 확인용역)인지가 쟁점으로 처분청은 쟁점용역을 연구용역이 아닌 일반용역으로 판단한 것으로 사료되나 다음과 같은 이유로 쟁점용역은 연구용역에 해당한다.

1) 쟁점용역인 “어민피해조사 연구용역”은

「수산업법 시행령」 제69조

및 「어업면허의 관리 등에 관한 규칙」제49조 제1항의 규정에 그 시행근거를 두고 있는 용역으로 어민피해조사용역은 어떤 사업을 시행시 개발에 앞서 여러 가지 상황을 종합적으로 분석.검토하고 문제점 발견시 사항을 기술하고 그에 대한 개선점을 제시하여 개발의 최적화가 되도록 하는 연구용역으로서 일반용역이 아니고, 쟁점용역은 전문적 지식을 갖추지 아니한 일반인이 하기에는 어려움이 있고 해당 자격과 경험을 가진 전문연구원이 참석하여 조사.측정하고 평가하는 기법을 주로 사용하여 연구하여야 하는 용역이므로, 해양수산부장관이 어민피해조사 연구용역을 할 수 있는 기관으로 지정한 연구기관도 전국적으로 13개 정도에 불과하다는 것은 쟁점용역이 전문적인 연구원의 참여가 필요한 연구용역이라는 것을 간접 증거하는 것이다.

2) 더구나, 쟁점용역의 수행자인 책임연구원과 선임연구원은 해당 전공분야의 자격요건 등을 갖춘 OOO 현직 대학교수이고, 보조연구원은 일정한 자격요건을 갖춘 대학원생.대학생들로 구성되어 있는바, 자신이 선택한 한 분야의 이미 알려진 이론을 잘 알고, 그것을 바탕으로 해서 새로운 이론과 원리를 발견해 내는 일을 하는 교수들 중 일정 자격요건을 갖춘 대학교수가 모두 책임연구원과 선임연구원으로서 약 2～9개월의 장기간동안 이루어진 쟁점용역이 연구용역에 해당하지 아니하고 단순한 일반용역에 해당한다는 처분청의 의견은 납득하기가 어렵다.

3) 또한, 쟁점용역은 한건도 예외 없이 모두 “OOO 관리규정”에 의거 연구비의 지급 및 인건비의 지급이 이루어졌고, OOO에서 구성원에 의해 이루어지는 제반 연구비의 관리는 OOO 관리규정에 따르고, 이 규정에 의하면 연구비 및 간접 연구경비의 관리 및 지출 등은 청구법인에서 관리하도록 되어 있는바, 청구법인은 쟁점용역에 대하여 다른 연구용역과 완전히 동일한 기준인 실행예산을 적용한 연구비 관리기준을 적용하여, 연구비의 집행 및 정산은 국가 OOO와 동일한 방법으로 진행하였다. 만약, 쟁점용역이 연구용역이 아니라면 쟁점용역에 다른 연구용역과 완전히 동일한 기준하의 연구비 관리기준을 적용할 하등의 이유가 없으며, 이는 OOO와 청구법인이 쟁점용역을 연구용역이 아닌 다른 일반용역으로 생각해 본 적도 없다.

(다) 청구법인이 행한 쟁점용역이 연구용역이 아니라는 과세관청의 판단이 맞다고 하더라도 쟁점용역에 대하여는 소급하여 부가가치세를 징수하지 아니하되, 이후 청구법인이 제공하는 쟁점용역에 대하여 앞으로 신고하는 분부터 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세하여야 하는바, 청구법인은 쟁점용역을 제외한 거의 모든 용역이 부가가치세가 면세되는 연구용역을 수행하고 있는 면세사업자로서 쟁점용역에 대하여 거래상대방으로부터 부가가치세를 전혀 거래징수하지 아니하였고, 쟁점용역에 대해 부가가치세를 거래징수 하였다고 하더라도 거래상대방의 거의 대다수가 과세사업자로 매입세액공제를 받았을 것이므로 과세당국의 실익이 거의 없으며, 쟁점용역이 연구용역이라고 믿은 것에 대한 귀책사유를 청구법인에게 지우는 것은 너무 지나친 부담으로 거래상대방으로부터 그 세액을 추가로 청구하여 납부하기 어려운 점, 대한민국의 교육이념에 입각하여 "전문 학술에 관한 심오한 이론과 응용 방법을 교수·연구하는 동시에 인격을 도야하며, 인류와 국가사회에 공헌할 수 있는 유능한 지도적 인재를 양성"하는데 기여함을 목적으로 설립된 OOO 결국에는 심각한 재무적 부담이 지우게 되고 연구의 공백을 초래하게 되는 점 등을 감안할 때 면세로 판단한 쟁점용역에 대하여는 소급하여 부가가치세를 징수하지 아니하되, 이후 청구법인이 제공하는 쟁점용역에 대하여 앞으로 신고하는 분부터 과세대상용역으로 보아 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다.

(2) 쟁점용역이 과세관청의 판단에 따라 부가가치세가 과세되는 일반용역이라고 하더라도 청구법인에 대한 과세표준과 매출세액을 감액하여 부가가치세 납부세액을 경정하여야 하는바,

「부가가치세법」 제29조

제7항에서 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액의 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있고, 청구법인과 쟁점용역 계약을 체결하였던 법인(기관 포함)은 각각 쟁점용역이 면세용역이라 판단하여 계약서상의 용역 계약금액에 부가가치세를 별도로 표시하지 아니하였다. 또한, 청구법인은 계약서상의 계약금액만 계산서를 발급하였고, 계약상대방으로터 계약금액 외에 어떠한 금액도 수령한바 없으므로, 청구법인과 계약상대방의 경우는 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도로 표시되지 아니한 경우 또는 부가가치세가 포함되어 있는지가 여부가 불분명한 경우에 해당하여 그 대가로 받은 금액의 110분의 100이 과세표준이 되어야 한다.

(3)

「부가가치세법」 제38조

에서 사업자가 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역을 공급받거나 재화를 수입할 때 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있어 쟁점용역이 부가가치세가 과세되는 일반용역이라고 하더라도 청구법인에 대한 매입세액을 반영하여 부가가치세 납부세액을 경정하여야 하는 바, 당초 조사시 처분청과 청구법인이 각각 쟁점용역이 과세인지 면세인지에만 중점을 두었는데, 만약 과세용역에 해당한다면 정확한 납부세액을 계산하는 데에도 섬세한 주의를 기울여야 하는데 이를 각각 간과하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점용역은 부가가치세가 면제되는 청구법인의 고유목적사업으로 제공하는 연구용역에 해당하지 않는다.

(가) OOO의 고유목적사업은 “「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 의거하여 산학연협력을 촉진하고 대학과 지역사회 발전에 기여함을 목적으로 한다”고 정관에 명시되어 있고, 산학연협력이란 “산업체의 수요와 미래의 산업발전에 따르는 인력의 양성, 새로운 지식ㆍ기술의 창출 및 확산을 위한 연구ㆍ개발ㆍ사업화, 산업체 등으로의 기술이전과 산업자문, 인력, 시설ㆍ장비, 연구개발정보 등 무형의 보유자원 공동 활용 등”이라고 같은 법 제2조에 정의되어 있다.

(나)

「부가가치세법」제26조

제1항 제18호 및 같은 법 시행령 제45조 제2호에서「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한하여 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있는바, 이는 쟁점용역이 새로운 지식ㆍ기술의 창출 및 확산을 위한 연구ㆍ개발임을 전제로 한 것이며, 대법원(2012.12.13. 선고 2011두3913 판결)은 부가가치세가 면제되는 연구용역의 범위를 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등의 연구용역과 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역을 부가가치세가 면세되는 연구용역으로 보고 있으나, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함하지 않는다고 판시하고 있다.

(다) 쟁점용역은 바다환경에 영향을 주어 어업피해가 발생하는 도로공사나 항만공사 등 시행시 정확하고 객관적인 어업피해 손실액 보상을 산정하기 위한 용역으로 청구법인이 수행한 각각의 어업피해조사 용역은 조사분야별 조사방법, 실험 및 검증방법이 정형화되어 있고, 이런 기존의 정형화되어 있는 방법으로 어업피해에 대한 피해 범위와 그 정도를 조사하여 합리적이고 정당한 보상액 산정을 위한 기초자료 제공이 쟁점용역의 주목적이며, 쟁점용역 수행과정에 참여한 연구원들이 도출된 조사결과를 기초로 작성하는 학술논문 등은 쟁점용역의 부수적인 성과물에 불과하다.

(라) 쟁점용역에 대한 계약 체결 방식이 어업피해가 예상되는 지역의 사업 발주자가 입찰공고 등을 내면, 어업피해조사 권한 및 능력을 가진 단체들이 경쟁입찰을 통해 낙찰자가 결정되고, 위 낙찰자와 계약을 체결하는 방식으로 위 용역계약이 순수학술연구라고 볼 수는 없고 산학협력단의 고유목적인 새로운 지식ㆍ기술의 창출 및 확산을 위한 연구ㆍ개발이라고는 더더욱 볼 수 없다.

(2)

「부가가치세법」제26조

에서 규정한 부가가치세가 면제되는 거래의 경우 세금계산서가 아닌 계산서를 발급하게 되어 있고, 청구법인은 쟁점용역을 부가가치세 과세대상이 아닌 면세대상으로 보고 계산서를 발급하였고 계약서에도 계약금액에 부가가치세는 제외되는 것으로 표시되어 있는 등 쟁점용역에 부가가치세가 포함되었는지 여부가 불분명하다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

(3) 당초 세무조사시 신고된 전체 매입세액 중 쟁점용역과 관련한 매입세액이 구분이 안되어 있어 청구법인에 쟁점용역과 관련된 매입자료를 구분해 줄 것을 요청하였으나 세무조사 종료시까지 자료를 제출하지 아니하였고, 이에 따라 세무조사시 매입세액을 경정하지 못한 것이며, 심판청구 이후 현재까지 제출되지 않고 있는바, 이는 언제든지 쟁점용역 관련 매입세액을 구분하여 경정청구하면 바로 확인 후 경정할 사항으로 본 청구는 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점용역이 부가가치세가 면세되는 학술연구용역에 해당하는지 여부

② 쟁점금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부

③ 쟁점용역과 관련하여 교부받은 세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제1조【목적】 이 법은 산업교육을 진흥하고 산학연협력(산학연협력)을 촉진하여 교육과 연구의 연계를 기반으로 산업사회의 요구에 따르는 창의적인 산업인력을 양성하며, 효율적인 연구개발체제를 구축하고, 나아가 산업발전에 필요한 새로운 지식ㆍ기술을 개발ㆍ보급ㆍ확산ㆍ사업화함으로써 지역사회와 국가의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "산학연협력"이란 산업교육기관과 국가, 지방자치단체, 연구기관 및 산업체 등이 상호 협력하여 행하는 다음 각 목의 활동을 말한다.

가. 산업체의 수요와 미래의 산업발전에 따르는 인력의 양성

나. 새로운 지식ㆍ기술의 창출 및 확산을 위한 연구ㆍ개발ㆍ사업화

다. 산업체등으로의 기술이전과 산업자문

라. 인력, 시설ㆍ장비, 연구개발정보 등 유형ㆍ무형의 보유자원 공동 활용 등

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제7조【용역의 공급】①용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화.시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

②사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

제12조【면세】①다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14.저술가.작곡가 그 밖에 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역

17.종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제35조【인적용역의 범위】법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다.

2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역

(라) 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역

제37조【종교.자선.학술.구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

1.주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서

「상속세 및 증여세법 시행령」제12조

각 호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

1의2.학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한한다)

(4) 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것) 제11조의3【인적용역의 범위】③영 제35조 제2호 라목에서 “재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론.방법.공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.

제11조의5【종교·자선·학술·구호단체 등의 범위】① 영 제37조 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 산업교육을 진흥하고 산학협력을 촉진함으로써 산업발전에 필요한 새로운 지식, 기술의 개발, 보급, 확산, 사업화하여 국가발전에 이바지함을 목적으로 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」및 OOO 학칙이 정하는 바에 따라 설립되었고, 처분청은 OOO 기간동안 청구법인에 대한 2011년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 대하여 조사를 실시하였는바, 주요 조사내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점용역은 아래 ＜표1＞과 같이 바다환경에 영향을 주어 어업피해가 발생하는 도로공사나 항만공사를 시행할 때 「수산업법」 및 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 해양수산부장관이 지정하는 공신력 있는 전문조사.연구기관 또는 교육기관에 정확하고 객관적인 어업피해 손실액 보상이 이루어지도록 하기 위한 자료제공 용역조사이다.

＜표1＞

1) 쟁점용역은

「수산업법 시행령」제69조

(손실액의 산출)의 별표4에 따르고, 이는 해양수산부장관이 지정하는 수산에 관한 전문조사.연구기관 또는 교육기관으로 하여금 손실액 산출을 위한 용역조사를 하게 한 후 그 조사결과를 토대로 손실액을 평가하기 위한 어업피해조사로, 조사 과정은 현장에서 수집한 각종 수치와 측정자료, 현황조사 내용을 기초하여 기존에 개발된 시뮬레이션 모델을 활용하여 피해확산 범위 등을 분석하고 교수 등 전문가가 국내외 문헌을 조사하여 어업피해산정 기초자료를 도출하는 것을 목적으로 수행되었다.

2) 이는 단순히 해상에서 각종 현황을 측정하고 어류 분포 및 어업 소득 등을 조사하여 기존의 학술연구 등을 응용 또는 이용하여 어업피해조사 기초자료를 제공하는 용역으로

「부가가치세법 시행령」제37조

제1호의2에서 부가가치세가 면제되는 용역인 ‘연구용역’(새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 연구)에 해당하지 않는 용역으로 부가가치세 과세대상이다.

3) 어업피해조사용역 수행과정에 참여하는 연구원들이 조사결과 도출된 내용을 기초로 작성하는 학술논문 등은 부가가치세 과세용역인 어업피해조사의 부수적인 성과물에 해당하며, 용역수행의 주목적으로 볼 수 없다.

(나) 청구법인의 연구 분야별 조사방법 및 절차는 아래의 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

(다) 어업피해조사 용역에 대한 계산서 발급(공급가액) 내역은 아래 ＜표3＞과 같은바, 2011～2012년 계산서를 OOO 명의로 발급하여 OOO원의 과세자료가 통보대상이고, 청구법인의 2014년 제2기 OOO원과 2015년 제1기 OOO원은 조사대상 기간에 해당하지 않으므로 과세자료 통보대상이다.

＜표3＞

(2) 위의 ＜표1＞상의 쟁점용역 중 ‘OOO 어업피해조사 용역’의 경우 계약금액은 OOO원으로 공급가액 OOO원, 부가가치세 ‘OOO’원으로 기재되어 있고, ‘OOO 인한 직접편입구역과 사업시행구역 밖의 어업피해조사’ 용역의 경우 계약금액 OOO원만 기재되어 있는바, 대부분의 용역은 계약금액만 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 쟁점용역과 관련하여 수취한 매입세금계산서라는 주장에 대한 증빙자료로 지출결의서 및 세금계산서를 제시하였는바, 그 중 일부의 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞

(4) 처분청 및 청구법인으로부터 제시받은 청구법인의 사업자등록증 및 사업자등록 변경내역자료에 의하면, 개업연월일은 OOO로 최초 면세법인사업자로 등록하여 쟁점용역의 공급당시 면세사업자로 나타나고, 이후 OOO 부가가치세 과세사업자로 변경되었다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 구

「부가가치세법 시행령」제37조

제1호의2에서 부가가치세가 면제되는 용역에 산학협력단이 제공하는 연구용역을 규정하고 있는바, ‘연구용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역 뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 불과하다면 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다 할 것이다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결, 같은 뜻임).

(나) 청구법인이 수행한 쟁점용역은 어업피해가 발생하는 도로공사나 항만공사 등의 시행시 바다환경에 영향을 미침에 따른 객관적인 어업피해 손실액 보상을 산정하기 위한 용역인바, 기존의 이론이나 연구 등을 응용하는 수준의 정형화되어 있는 방법으로 어업피해의 범위와 그 정도를 조사하여 합리적이고 정당한 보상액 산정을 위한 기초자료 제공이 주목적이고, 전문가들이 보유한 전문지식을 개별 사업현장에 적용한 일반적인 용역의 성격으로 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 정립하는 연구용역이라 보기 어려울 뿐 아니라 기존의 학술 또는 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역으로도 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 수행한 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인 연구용역에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준(공급가액)이 되는 것인바, 청구법인이 계약상대방으로부터 계약금액 외에 어떠한 금액도 수령한 사실이 없고, 일부 계약서에 부가가치세 “OOO”원으로 기재되어 있으나 대부분의 계약서상 계약금액만 기재되어 있는 점, 청구법인이 계약상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하기도 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점금액을 공급대가로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(7) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구법인이 쟁점용역과 관련하여 교부받은 세금계산서를 제시하고 있으나,

「부가가치세법」제17조

제2항 제7호에서 사업자등록전 매입세액은 매입세액 불공제 대상으로 규정하고 있고, 쟁점용역의 공급당시 청구법인은 면세사업자로 등록하여 면세사업자의 지위에서 교부받은 세금계산서로 이는 사업자등록전 매입세액에 해당한다 할 것(조심 2010중982, 2010.8.17., 같은 뜻임)인바, 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.