조심 2015광5064 (2017.05.01)

OOO세무서장이 2015.9.11. 청구인에게 한 2014년 귀속 종합소득세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.3.3.「임대주택법」에 따라 OOO에게 임대사업자로 등록한 후 2003.9.30. OOO 이라는 상호로 주택임대업으로 사업자등록하고 2010.2.25. 부동산매매업을 추가등록한 자로, 2001년부터 취득한 주택을 임대하다가 2014년 ＜별지＞에 기재한 OOO 외 OOO세대(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 양도하고 사업소득으로 하여 종합소득세를 신고하였다.

나. 청구인은 쟁점아파트의 양도에 따른 소득은 양도소득에 해당하므로 관련 소득금액을 종합소득세 과세표준에서 제외하여 2015.7.10. 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 처분청에게 제기하였으나, 2개월 이내에 통지를 받지 못하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2014.1.1. 임대주택 공급 확대 및 서민주거비 부담 완화를 위해 사업자가 임대주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 임대기간에 따른 공제율(2%∼10%)을 추가로 장기보유특별공제율에 가산하는

「조세특례제한법」제97조의4

의 장기임대주택에 대한 양도소득세 과세특례가 신설되었고,「임대주택법」에 따른 매입임대주택 1호 이상을 6년 이상 임대하고 기준시가가 6억원(수도권 밖 3억원)을 초과하지 아니하는 주택인 경우 위 과세특례 적용대상으로 규정하고 있는바, 청구인은「임대주택법」에 따른 주택임대업자 및「소득세법」에 따른 주택임대업 사업자로 등록하고 쟁점아파트를 6년 이상 임대한 후에 양도하여 위 양도소득세의 과세특례 요건에 해당하므로 양도소득세 과세대상임에도 사업소득으로 잘못 신고한 종합소득세의 환급경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점아파트의 양도로 발생한 소득이 양도소득임을 전제하고

「조세특례제한법」제97조의4

의 적용대상이라고 주장하나, 이 건의 쟁점은 사업소득 또는 양도소득인지를 먼저 판단하여야 하는 것인바, 청구인은 2001년부터 2015년까지 OOO건의 부동산을 취득하여 OOO건을 양도하였고 그 양도가액의 합계가 OOO원을 초과하는 점, 2009년부터 2013년까지의 종합소득세 신고내역을 보면 임대소득보다 이자비용이 OOO배로 수익이 발생하지 아니하여 임대목적이 아니라 매매목적으로 보유한 점, OOO시 소재 아파트가액이 상승한 시점에 대량으로 양도하여 매매차익을 얻은 점, 쟁점아파트의 양도를 위해 분양대행사를 선정하여 광주광역시 전 지역에 현수막 설치, 신문 광고 등 불특정다수인에게 분양 모집광고를 한 점, 스스로 부동산매매업을 사업자등록한 점, 사업소득으로 종합소득세 예정신고 및 확정신고를 한 점 등에 비추어 부동산 취득ㆍ보유 현황, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등을 고려할 때 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속적ㆍ반복성이 있으므로 사업소득(부동산매매업)에 해당하고,

「조세특례제한법」제97조의4

는 양도소득세의 과세특례로서 양도소득에 해당될 때만 적용하는 것이고 사업소득의 경우에는 적용되지 아니하는 것이므로 이를 이유로 양도소득이라 할 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점아파트의 양도에 따른 소득에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제19조【사업소득】① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

12. 부동산업 및 임대업에서 발생하는 소득. 다만, 지역권 등 대통령령으로 정하는 권리를 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다.

20. 제1호부터 제19호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적·반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득

제69조【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부】① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 “토지등 매매차익예정신고”라 한다.

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및

주거환경정비법」 제48조

에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것) 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자 또는 비거주자가

「임대주택법」제2조

제3호에 따른 매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는

「소득세법」제95조

제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제97조의4 제1항에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란

「소득세법 시행령」제167조의3

제1항 제2호 가목에 따른 장기임대주택(

「소득세법」 제1조의2

제1항 제2호에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)을 말한다.

③ 법 제97조의4 제2항에 따라 과세특례의 적용신청을 하려는 자는 해당 장기임대주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조 제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다.

(4) 소득세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25193호로 개정된 것) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과

「임대주택법」제6조

에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다).(단서 생략)

가.

「임대주택법」제2조

제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

(5) 임대주택법(2013.12.5. 법률 제11870호로 개정된 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 [괄호 생략]을 말한다.

제6조【임대사업자의 등록】① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(괄호 생략)에게 등록을 신청할 수 있다.

제16조【임대주택의 매각 제한 등】① 임대주택은 다음 각 호의 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다)이 지나지 아니하면 매각할 수 없다.

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 건설임대주택 및 매입임대주택은 대통령령으로 정하는 기간

(6) 임대주택법 시행령(2013.12.5. 대통령령 제24911호로 개정된 것) 제7조【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】 ① 법 제6조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 호수”란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(戶數) 또는 세대를 말한다.

2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

제13조【임대주택의 임대의무기간 등】 ① 법 제16조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

2. 그 밖의 임대주택 : 임대 개시일부터 5년

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은「임대주택법」에 따라 임대주택대상을 OOO외 OOO세대로 변경신고한 사실이 2014.3.11. OOO의 변경신고 수리 통지서에 의해 확인되고, 2003.9.30.「소득세법」에 따른 주택임대업(면세사업자)으로 사업자등록OOO을 한 후 2010.2.25. 부동산매매업을 추가하면서「부가가치세법」에 따른 과세사업자OOO로 등록한 것으로 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점아파트를 양도한 후 사업소득으로 하여 토지등 매매차익 예정신고(OOO회)를 하였고, 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점아파트 매매차익을 포함하여 2014년 귀속 종합소득세를 신고하였다가 이를 양도소득세 과세대상으로 보아 사업소득에서 제외하여 경정청구한 사실이 경정청구서 등에 의해 확인된다.

(3) 쟁점아파트의 양도로 발생한 소득은 사업소득에 해당된다는 처분청의 의견은 다음과 같다.

(가) 청구인이 부동산을 취득하고 양도한 횟수는 아래 ＜표2＞와 같이 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속적·반복성이 있으므로 부동산매매업에 해당하고 청구인도 의견진술에서 부동산매매업자임을 인정하였다.

(나) 쟁점아파트의 다수에 해당하는 OOO는 2000년 완공된 공공임대주택으로, 2005년경에 청구인이 임대사업자의 지위와 의무를 승계하여 취득하였고, 청구인이 신고한 임대사업소득 내역 및 재무제표를 보면 아래 ＜표3＞과 같이 임대소득보다 이자비용이 커서 계속 결손이 발생할 수밖에 없는 구조로 당초부터 임대로는 손실이 날 것이 분명하여 임대사업이 아니라 추후 매매차익을 얻고자 하는 의도로 취득한 것(OOO 재건축 여파에 따라 투기수요 증가로 아래 ＜표4＞와 같이 가격 절정기에 매각하였음)이다.

(다) 청구인은 부동산매매업으로 사업자등록을 하였고 분양대행사를 통하여 불특정다수인에게 쟁점아파트 매각을 위한 분양광고를 한 사실이 제출된 광고내역, 매입세금계산서 등에 의해 확인된다.

(라)

「조세특례제한법」제97조의4

에서

「소득세법」제95조

제1항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 추가공제율을 더하여 적용하라고 규정되어 있을 뿐이고

「소득세법」제95조

는 양도소득세 관련 규정인바, 양도소득에 해당될 때만 적용하고 사업소득의 경우에는 적용하지 아니하는

「조세특례제한법」제97조의4

의 규정을 이유로 양도소득에 해당된다고 할 수 없다.

(4) 쟁점아파트의 양도로 발생한 소득은

「조세특례제한법」제97조의4

에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례 적용대상이므로 양도소득에 해당한다는 청구주장은 다음과 같다.

(가)「조세특례제한법」은「소득세법」에 우선하여 적용하는 것인바, 과세특례 적용대상 장기임대주택이란「임대주택법」에 따른 임대사업자등록을 한 사업자가 임대주택으로 등록하여 6년 이상 임대하면서 해당 주택 등의 기준시가가 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖 3억원)을 초과하지 아니하는 주택이고, 아래 ＜표5＞와 같이 쟁점아파트의 양도가 위 요건에 해당하므로

「조세특례제한법」제97조의4

에 따른 양도소득세 과세특례 적용대상이므로 이를 양도소득으로 구분하여야 한다.

(나) 청구인은 쟁점아파트가 아니라 상가를 신축하여 분양할 목적으로 부동산매매업을 사업자등록하였으나 이후 상가 신축계획이 무산되었는바, 이를 이유로 삼을 수 없다.

(다) 청구인은 수도권 밖의 미분양아파트인 쟁점아파트를 취득하여 장기임대주택으로 장기간 사용하다가 이자비용 등의 손실을 정리하기 위하여 단기간에 대량으로 매도한 것에 불과하며, 쟁점아파트 이외의 상가 등의 양도는 없었다.

(라) 국세청 해석사례(소득46011-390, 1999.11.25.)에는 “거주자가 주택을 신축하여 판매하는 경우(신축한 주택이 판매되지 아니하여 판매될 때까지 일시적으로 일부 또는 전부를 임대한 후 판매하는 경우 포함)에는 사업소득(건설업)에 해당하여 종합소득세가 과세되는 것이나,

「조세특례제한법」제97조

의 규정에 의한 장기임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 사업소득에 해당하지 아니한다”고 한 바가 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구인은

「조세특례제한법」제97조의4

에 따른 장기임대주택을 양도하는 경우에는「소득세법」이 정하는 사업 또는 소득의 구분에 불구하고 양도소득으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 동 규정은 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제를 적용할 때 추가공제율을 적용한다는 내용으로 문언상 양도소득세 과세대상 소득에 대하여 적용되는 과세특례로 해석되므로

「소득세법」제95조

제2항에 따른 장기보유특별공제 및

「조세특례제한법」제97조의4

에 따른 추가공제는 양도소득에 해당하여야만 적용하여야 할 것으로 판단된다.

(나) 그렇다면 쟁점아파트를 양도하여 발생한 소득이 양도소득으로 볼 수 있는지에 대하여 살피건대, 청구인은 수도권 이외 지역의 기준시가 OOO원 이하의 국민주택규모에 해당하는 미분양 아파트를 취득하여 OOO년 이상 임대한 장기임대주택을 양도한 점, 2004～2006년에 취득한 쟁점아파트의 시세가 OOO년 이상 계속 전년수준을 유지하다 장기임대주택의 요건을 충족한 2010～2012년 사이에 상승률이 높았음에도 양도하지 아니하고 임대사업을 OOO년 더 영위하다가 양도한 점, 청구인은 2010.2.25.에 사업자등록상 부동산매매업을 추가하였음에도 2014년을 제외한 나머지 과세기간에 대한 장기임대주택의 양도에 대하여는 양도소득으로 신고한 점, 청구인의 2014년 종합소득세 신고내역에는 장기임대주택의 임대소득과 쟁점아파트 양도에 따른 소득만 있고 다른 상가 등의 부동산 임대 또는 매매에 따른 소득이 나타나지 아니하는 점, 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례를 규정한

「조세특례제한법」제97조의4

의 입법취지는 임대주택 공급 확대 및 서민주거비 부담 완화를 위해 6년 이상 임대하고 양도한 소정의 장기임대주택을 세제측면에서 지원하기 위한 것인 점 등에 비추어, 쟁점아파트의 양도에 따른 소득이 부동산 판매목적의 부동산매매업이 아닌 부동산임대업의 사업용 자산을 매각하여 얻은 양도소득으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다.

(다) 따라서, 쟁점아파트의 양도에 따른 소득은

「소득세법」제95조

제2항에 따른 장기보유특별공제 및

「조세특례제한법」제97조의4

에 따른 추가공제 적용대상이므로 처분청이 쟁점아파트 양도에 따른 소득을 사업소득으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.