조심 2022서7288 (2022.12.21)

OOO서장이 2022.7.28. 청구법인에게 한 2016∼2020사업연도 법인세 및 농어촌특별세 경정청구에 대한 일부 거부처분은, 청구법인이 주장하는 연구개발 관련 5개 팀과 그 소속 직원들이 연구 전담부서등 및 연구개발서비스업자로서 연구용으로 시제품 제작 업무를 전담한 것인지와 그 인건비가 연구 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품 등의 비용에 해당하는지 여부 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에 본사를, OOO와 OOO에 제조시설을 두고, 자동차부품과 전자ㆍ정보통신기기의 제조 및 판매업 등을 영위하는 자동차 부품 전문 생산업체(중견기업)이다.

나. 청구법인은 2022.3.17. 처분청에 2016∼2020사업연도 법인세 신고 당시

「조세특례제한법」 제10조

에 해당하는 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 등을 누락하였으므로 법인세 합계 OOO원 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였는데, 처분청은 2022.7.28. 환급청구대상 중 선행기술1ㆍ2팀, 금형기술팀 및 신차품질1ㆍ2팀(총 5개 팀을 합하여, 이하 “쟁점부서”라 한다)의 인건비 합계 OOO원은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 보아 이에 대한 세액공제(OOO원)는 거부하였다(한편, 처분청은 청구인이 청구한 나머지 세액공제는 모두 인정하여 법인세 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원을 감액경정하였다).

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 쟁점부서는 시제품 개발(제작)과정의 필수적인 신차부품개발 전담조직에 해당하므로, 쟁점부서의 인건비는 시제품의 제작원가로서 세액공제 대상에 해당한다.

(1) 청구법인의 기술연구소는 미래과제에 대한 기초선행연구와 더불어 선행기술을 기반으로 신규제품의 설계ㆍ개발ㆍ시험평가등의 “상품화개발과정”을 수행하고 있는데 해당 과정은 완성차업체인 고객사에서 제시하는 신차 관련 요구사항(외형, 성능, 법적요건 등)에 부합하는 자체기술을 개발하는 것으로, 그 기술개발의 성공 여부를 확인하기 위해서는 ‘시제품의 설계ㆍ시험ㆍ제작’이 필수적이므로, 이를 수행하는 인력들을 아래 OOO과 같이, ‘신차부품개발 전담조직(CFT)’으로 별도 구성하고 있다.

즉, 기업부설연구소에서 선행연구개발을 통해 새롭게 설계된 신규 부품은 전담조직의 시제품제작을 거치면서 고객사에서 요구한 사항에 적합한 성능과 품질, 최종 제품화 할 수 있는지(양산 가능성) 등을 검증받게 된다. 이러한 개발업무단계가 종료 되면, 고객사의 승인 및 양산 이관회의를 통해 최종 생산결정여부가 결정되고, 기술연구소 및 전담팀에서 진행한 시제품관련 제작(생산)및 품질프로세스는 각 공장의 제조기술팀과 품질보증팀으로 각각 이관되므로, 이 과정에서 연구개발과 양산업무는 철저히 분업화되고 있다. 위와 같은 쟁점부서의 업무 등 이 건 사실관계는 조세심판원의 선결정례[조심 2021전4645ㆍ4790(병합), 2022.2.8.]의 사실관계가 유사하므로, 쟁점부서의 시제품 제작공정 설계ㆍ관리, 품질검사는 “시제품제작의 필수과정”에 해당한다고 보아야 한다.

(2) 그간 국세청은 ‘상품화개발과정’에서 발생한 시제품 생산과 관련하여, 연구개발 시제품이 단순한 제작이 아닌 제작공정 및 품질보증(TEST)이 필수적인 과정이라고 보아 관련 비용들을 시제품원가로 인정하였고, 새로운 제품을 위하여 필수적인 신공정개발도 시제품개발과정의 일부의 연구개발 활동범위에 해당하므로 별도 신제품을 위한 신공정개발의 범위를 연구개발과정에서 제외하거나 견본품의 취득가액에서 제외하지도 아니하였다.

(3) 처분청이 이 건 심판청구 과정에서 제기한 의견에 대하여 반박하면, 다음과 같다.

(가) 처분청은 쟁점부서가 시제품을 직접 제조하는 부서가 아니라 주로 신제품 공정에 관한 기술을 연구개발하는 부서이므로, 쟁점부서의 인건비는 시제품의 제조원가에 해당하지 않는다고 보나, 쟁점부서는 기술연구소의 연구결과가 상품화(실용화)가 가능한지 확인하도록 하는 ‘시제품 제작’ 부서로서, 관련 업무만을 전담하는 바, 처분청 의견은 타당하지 않다.

1) 자동차부품 1차협력사의 R＆D 상품화개발활동은 완성차업체(고객사)연구소의 납품의뢰에 따라 선행개발된 기술을 바탕으로, 자체기술에 의한 연구개발을 통해 제작된 시제품의 납품승인을 받는지 여부에 따라 그 R＆D의 성공여부가 판단된다. 상품화개발활동의 시제품 제작원가를 R＆D 세액공제로 인정한 다수의 유권해석과 심판례에서도 개발의 성공여부는 개발이 완료된 시제품을 납품하여 거래처에서 요구한 제품의 성능, 품질등을 확인받는 것을 최종 목표로 하고 있음이 인정되었다. 즉, 상품화개발활동의 시제품의 제작목적은 거래처에 납품할 제품(협력사에서 향후 양산할 신제품)의 최종 양산화(사업화)하는 것을 전제로 하기 때문에 단순히 연구소의 설계를 바탕으로 제작한 ‘시작품’을 넘어 실제로 상품화 할 수 있는 정도의 품질확인이 되도록 하는 ‘시제품’을 요구하고 있고, 위와 같은 유권해석은 이러한 상품화개발활동의 시제품 제작과정에서 지출하는 비용을 연구개발비용에 해당하는 것으로 본 것이다.

2) 한편, “조세특례제한법 기본통칙”과 기업부설연구소 설립의 근거가 되는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」은 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험과정을 연구개발 범위로 포함하고 있고, “국가연구개발 시설·장비의 관리 등에 관한 표준지침” 제2조는 시작품(試作品, Prototype)을 설계품질을 만족하기 위해 제조공정이 아닌 연구소나 실험실에서 제작한 제품으로, 시제품(試製品, Trial Manufactured Goods)은 양산성을 고려한 공정품 또는 제조품질을 확인하기 위해 실제 공정에서 만들어 보는 제품으로 정의하여 시작품과 시제품을 구분하고 있으며, 산업통상자원부에서 R＆D 사업을 평가할 때 사용하는 TRL(Technology Readiness Level) 단계별 정의에서도 두 개념(T3, T4)을 구분하고 있다.

3) 신제품개발을 목표로 하는 모든 기업의 상품화개발활동은 양산까지 차질이 없는 제품을 시제품제작을 통해 시행착오를 거쳐 검증하고자 하므로, 만약 쟁점부서의 역할이 없다면, 제작자체가 불가능한 제품이거나 품질확보도 되지 않은 사업화 할 수 없는 비현실적인 개발에 그쳐 고객사에 납품할 수도 없고, 이를 목표로 연구개발하는 회사도 없을 것이다. 처분청도 쟁점부서가 신제품에 대해서 연구개발하는 부서라고 보아 그 필요성을 인정하였고, 청구법인은 시제품 개발과정과 신제품개발의 과정ㆍ목적이 서로 다르지 않으므로, 결론적으로 쟁점부서는 시제품(신제품)개발에 필수적인 조직임이 분명하다.

(나) 처분청은 최근의 유권해석(국세청 법인납세국 2021-19, 2021.4.26.)을 제시하고 있으나, 이는 청구법인의 시제품 및 연구개발과정의 사실관계가 상이하여 인용할 수 없다. 해당 사례는 선도함에 대한 것으로, 선도함의 경우 함정사업의 특수성으로 구매계약에 따라 1개의 제품을 연구개발하여 납품하면, 즉시 실전에 배치하여 사용할 수 있는 목적물(완제품이자 목적물에 해당)인 반면, 청구법인의 시제품은 고객사의 연구개발품(신규차종)의 일부 부품으로서 연구용으로 납품되고 양산승인 이후에만 목적물로 대량 생산되므로, 시제품의 형태와 연구개발 목적이 전혀 다른 해당 유권해석은 이 건에 직접 적용할 수 없다. 참고로, 조세심판원은 최근 연구개발 종료 후, 제품(대량) 생산용으로 자산화한 비용의 R＆D 세액공제 여부가 쟁점이 된 사례에서, 연구개발 후 제품생산단계에서 제품생산 목적으로 전용되었는지 및 사업용 자산의 취득원가로 대체되었는지 여부에 관계없이 ‘시제품 제작에 필수적인 요소인지’를 중요한 판단기준으로 삼아 R＆D 세액공제 대상여부를 판단하였고(조심 2021서5419, 2022.8.23.), 과거 국세청 유권해석 또한 연구개발과정에서 지출한 비용에 해당하면, 개발완료 후 계속 사용 또는 판매하거나 양산용으로 전용되더라도 R＆D 세액공제가 배제되거나 추징되지 않는 것으로 해석하였다(국세청 서면4팀-446, 2004.3.16., 국세청 법인세과-1008, 2010.10.29.). 따라서, 설령 처분청의 의견과 같이 쟁점부서의 역할이 양산단계까지 영향을 미칠 수 있는 개발단계를 수행하였다 하더라도, ‘시제품 개발에 필수적인 요소’인 이상 R＆D 비용을 부인할 수 없는 것이다[그러나 쟁점부서는 시제품 개발단계까지의 업무와 의사결정을 수행할 뿐, 양산승인 이후에는 각 공장의 담당부서(제조기술팀과 품증보증팀)로 관련업무가 모두 이관되는 바, 양산업무와 중복될 여지도 없다].

(다) 처분청은 쟁점부서의 인건비가 시제품의 원가에 해당한다고 판단했다면, 해당 시제품의 총원가에 이를 반영하여 고객사로부터 그 원가를 회수하였어야 한다고 보나, 쟁점부서의 인건비는 시제품 개발을 위한 투자비(R＆D 성격의 매몰비용)로, 시제품의 원가에 포함되어 회수되거나 자산화 될 수 없는 성격이므로, 고객사로부터 회수될 비용만이 시제품원가에 해당한다는 것은 타당하지 않다.

1) 쟁점부서의 인건비는 모두 ‘판매비와 관리비(급여)’로 회계처리 되었고, 이는 기업회계기준에 따라, 기술적·수익적 실현가능성 높지 않음에 따라 자산화 되지 못한 것이다. R＆D 비용은 성공과 실패를 떠나 기업이 경쟁력을 가지기 위해 투자한 비용으로 모든 비용을 회수하고자 하는 목적이 아닌 매몰비용이기 때문에, 쟁점부서의 인건비도 고객사로부터 회수되는 샘플비에 포함되거나, 기업회계기준에 반해서 자산화(신제품 원가)될 수 없다. 참고로, 자동차 협력사가 완성차업체로부터 시제품 납품으로 보전받는 선투자비는 통상 협상과정에서 재료비와 금형비만 포함된다. 이는 모든 협력사가 동일한 구조로, 기술연구소를 포함한 시제품 제작부서 연구원 인건비는 납품하는 샘플(시제품)의 원가로 계산하여 회수되지 않은 바, 쟁점부서의 인건비도 포함되어 있지 않음을 설명하였고, 따라서 상세 샘플비 산정내역 제출은 의미가 없으며, 고객사와의 비밀유지 약정에 따라 제시하지 않았다.

2) “조세특례제한법 기본통칙” 10-0…1은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 해당 비용을 연구개발비 등 자산계정으로 처리한 경우도 적용한다고 규정하고 있고, 다수 심판례에서도 계정과목의 분류에 불구하고 자체기술개발과 관련하여 발생한 비용이라면 연구개발비 공제대상에 해당한다고 판단하고 있는바, 처분청 의견대로 샘플비로 회수되는 원가(또는 자산화)만이 시제품 취득가액이라는 해석은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

(1) [개요] 청구법인은 미래과제에 대한 기초선행연구, 선행기술을 기반으로 신제품의 설계ㆍ개발ㆍ시험평가 등 상품화개발과정을 수행하기 위한 기술연구소와 신차부품개발 전담조직을 별도로 운영하고 있는데, 청구법인의 기술연구소는 1992.10.27.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따라 기업부설연구소로 인정받았으나, 쟁점부서는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정받은 사실이 없다.

청구법인은 “개발수주단계”의 업무프로세스와 부서별 책임 등을 규정한「신차종 개발 프로세스(R＆R)」를 작성하여 시행하고 있고, 해당 R＆R에서 신제품 개발은 총 5단계(① 제품기획, ② Proto, ③ Pilot1, ④ Pilot2, ⑤ SOP)로 구성되는데, 각 단계별 쟁점부서의 활동은 아래 OOO와 같다.

(2) 앞서 살펴본 바와 같이, 청구법인의 연구개발 조직은 크게 기술연구소, 생산기술실, 품질본부로 구성되어 있고, 기술연구소는 관련 법령에 기업부설연구소로 인정받았으나, 쟁점부서는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정받은 사실이 없으므로, 실제로 쟁점부서를 통해 연구개발 활동이 이루어졌다고 하더라도, 점부서에서 근무하는 직원의 인건비를「조세특례제한법 시행령」[별표6] 제1호 가목에서 규정하고 있는 “1) 전담부서등에서 근무하는 직원의 인건비”로 하여 R＆D 세액공제를 적용받을 수 없다.

(3) 한편 청구법인은 쟁점부서의 인건비가 시제품의 취득가액에 포함되어「조세특례제한법 시행령」[별표6] 제1호 가목 2)의 “전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)”에 해당하므로 R＆D 세액공제 대상이라고 주장하는데, 관련 유권해석들(국세청 기준-2019-법령해석법인-481, 국세청 법령해석과-2719, 2019.10.17. 등)은 ‘전담부서등’이 연구용으로 사용하는 시제품을 외주 가공하여 제작하는 경우에는 그 외주가공비를, 자체 제작하는 경우에는 그 제조원가를 R＆D 세액공제 대상으로 하고, 이때 제조원가는

「법인세법 시행령」제72조

를 준용하여 산정한다고 해석하고 있다.

(4) 나아가, 쟁점부서는 시제품을 직접 제조하는 부서가 아니고, 기술연구소와 함께 주로 신제품(공정)에 관한 기술을 연구개발하는 부서이므로, 쟁점인건비는 시제품의 제조원가에 해당하지 않는다.

청구법인은 경정청구 당시 쟁점부서와 관련하여, 선행(생산)기술실은 선행 신기술ㆍ신공법 개발, 시제품 제작 공정(라인)개발, 시제품 TOOL’G 개발 및 제작(제조설비, 치공구, 금형, 검사구) 등 새로운 제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동으로 시제품의 제작을 통한 사업화(양산)전까지의 과정을 담당하고 있고, 신차품질팀은 시제품 품질검토ㆍ테스트(DV, PV TEST 주관) 및 개발부품을 전담하고 있다고 하면서, 쟁점부서는 “기술개발촉진법”상 기술개발과 “기초연구법”상 연구개발활동을 한다고 설명하였다.

한편, 청구법인은 상품화개발과정에서 각 부서의 역할과 책임을 명확히 하기 위해 “신차종 개발 프로세스(R＆R)”를 제정하여 운용하고 있는데, R＆R에 의하면, 쟁점부서는 신제품 수주 이전단계부터 시작하여 연구개발이 완료된 후 해당 연구개발 결과물을 제품 생산부서로 이관하는 단계에 이르기까지 다양한 업무를 수행하는 것으로 나타나는바, 쟁점부서는 위에서 청구법인이 열거한 주요업무 외에도 RFQ(Request For Quotation : 제품 수주를 위해 고객사에 제시하는 제안견적요청서)에 대한 공정분석과 투자비, 소요인원, 생산CAPA 검토업무, 개발일정 수립업무, 과거차 문제점 MASTER LIST 작성업무, 내ㆍ외작 검토ㆍ결정(협력사 선정), 관리계획서 작성, 협력사 검사협정 체결, 고객 공정감사 대응 등의 업무를 수행하고 있다.

결론적으로, R＆R을 통해「Proto 단계」의 시제품은 기술연구소 내 ‘시작평가팀’에서 실제 생산하고,「Pilot1ㆍ2 단계」및 「M단계」의 시제품은 ‘생산관리팀’에서 주관하여 제작하는 것이 확인되므로, 시제품의 실제 생산(제조)은 쟁점부서가 아닌 ‘시작평가팀’이나 ‘생산관리팀’에서 주관하고, 쟁점부서의 업무내용이 시제품의 제조활동이 아니라 신제품(공정) 생산기술을 연구개발하기 위한 활동에 해당하므로 쟁점부서의 인건비는 시제품의 제조원가에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

(5) 청구법인의 기술연구소는 2020년 기준으로 기술관리팀과 시작평가팀, 설계팀(배터리부품설계팀, 전력전자설계실, 샤시구동설계실)으로만 구성되어 있어 연구개발 과정에서 제품설계(도면)와 관련된 업무를 기술연구소가 담당하고, 공정·공법 연구개발과 설비투자 등에 관련된 업무는 생산기술실에서, 연구개발과정 전반의 품질문제에 관한 업무는 품질본부에서 수행하고 있는데, 관련 유권해석들에서 시제품의 제조원가 산정시 준용된다고 본

「법인세법 시행령」제72조

는 자산의 취득가액을 타인으로부터 매입한 자산의 경우 매입가액에 취득세 등 부대비용을 가산한 금액으로 하고, 자기가 제조하여 취득한 자산의 경우에는 원재료비ㆍ노무비에 운임 등 부대비용을 가산한 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 시제품을 직접 제조하는 경우의 제조원가는 해당 시제품을 제조하는 과정에서 투입된 원재료비와 노무비 등을 포함하여 산정하는 것이지 신제품 생산에 필요한 기술을 연구개발하는 인력의 인건비까지를 시제품의 제조원가에 포함할 수는 없는 것이다. 즉, 인건비에 한정해서 볼 때 시제품을 실제 생산(제조)하고 있는 ‘시작평가팀’(기술연구소 소속)이나 ‘생산관리팀’(천안공장, 충주공장)의 노무비 중 시제품 생산과 관련된 비용은 시제품의 취득가액(제조원가)에 포함될 수 있을 것이나, 청구법인은 당초 시제품을 직접 생산한 근로자가 시제품 생산 외에 양산품 생산업무를 겸업하고 있어 시제품에 배부할 노무비 기준을 설정할 수 없으므로 시제품의 취득가액에 포함하지 않았다고 소명한 바 있다.

청구법인은 신제품의 설계ㆍ개발ㆍ시험평가 등 상품화개발과정을 수행하기 위하여 쟁점부서를 전담조직으로 구성하였고, 상품화개발과정에서는 고객사에서 제시하는 신차제품 요구사항(외형, 성능, 법적요건 등)에 부합하는 자체기술개발이 필요하며, 기술개발의 성공여부를 확인하기 위해서는 ‘시제품의 설계ㆍ시험ㆍ제작’이 필수과정이므로 쟁점인건비가 시제품의 취득가액을 구성한다고 주장하나, 이는 관련 법령이나 유권해석을 임의로 해석한 것이다.

「조세특례제한법 시행령」 [별표 6]에서 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용을 1) 전담부서등의 인건비와 2) 전담부서등이 연구용으로 사용하는 견본품 등으로 별도 구분하여 규정하고 있고, 시제품(견본품)의 취득가액을 세액공제의 대상으로 하는 취지는 “전담부서등이 연구용으로 사용”하기 때문인데, 청구법인은 기술연구소와 쟁점부서가 시제품을 연구개발한다고 주장하고 있으나, 연구개발의 대상은 시제품이 아니라 신(차)제품에 대한 기술이다. 청구법인은 쟁점부서가 시제품을 연구개발하는 전담부서이므로 쟁점인건비가 ‘시제품’ 제작비용에 해당한다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점부서는 기술연구소와 함께 ‘신(차)제품’의 생산기술을 연구개발하는 부서이므로, 청구주장은 타당하지 않다.

(6) 연구개발 과정에서 생산하는 ‘시제품’은 자체기술개발 과정에서 기술개발의 성공여부를 확인하기 위해 양산품 생산 이전에 시험 생산하는 제품일 뿐이지, ‘시제품’의 생산이 연구개발의 목적이 될 수 없다. 이는 청구법인이 경정청구 이유서에서 “상품화개발과정은 고객사에서 제시하는 신차제품 요구사항(외형, 성능, 법적요건 등)에 부합하는 자체기술개발이 필요하며, 기술개발의 성공여부를 확인하기 위해서는 ‘시제품의 설계ㆍ시험ㆍ제작’이 필수 과정”이라고 설명하고 있듯이 연구개발과정(상품화개발과정)은 신차제품의 요구사항에 부합하는 자체기술개발과정인 것이고, 상품화개발과정을 규정한 「신차종 개발 프로세스(R＆R)」의 ‘목적’을 보더라도 “각 단계별 목표품질이 달성된 개발부품을 적기에 공급하고 안정된 품질의 양산부품을 공급하도록 하기 위함”으로 규정하고 있는 등 청구법인의 연구개발활동이 ‘시제품’을 생산하는 것이 아니라는 것은 자명하다.

(7) 한편, 기업의 영업활동 과정에서 연구개발의 결과로 만들어진 시제품이 양산품과 구분되지 않는 경우도 있는데, 주문제작 방식에 따라 1개의 제품을 연구개발하여 납품하는 경우가 이에 해당할 것이나, 이러한 경우 해당 시제품은 완제품이자 목적물에 해당하여 R＆D세액공제의 대상에 해당하지 않으므로, 연구개발을 수행하는 쟁점인건비가 ‘시제품’의 제조원가라는 청구주장은 타당하지 않다.

(8) 청구법인은 “자체 제작한 시제품의 취득가액은

「법인세법 시행령」제72조

를 준용하여 산정”한다는 유권해석을 인용하여 연구개발업무를 수행하는 쟁점부서의 인건비가 시제품의 취득가액에 포함된다고 주장하나, 이 또한 타당하지 않다. 청구법인이 인용한 유권해석(국세청 서면-2016-법령해석법인-4937, 2017.1.11.)을 보면, 질의 내용이 “생산부서에서 시제품 제작에 사용한 직접재료비만 세액공제 대상인지 아니면 시제품 제작에 소요된 제조원가 전체가 세액공제 대상인지”에 대한 답변으로 시제품 생산과 관련된 비용이 ‘생산부서’로 특정되어 있음을 알 수 있고, 이러한 유권해석은 시제품을 자체 “제작”하는 과정에서 발생한 비용을 R＆D 세액공제 대상으로 한다는 의미로, 여기서 발생한 생산근로자의 노무비, 재료비, 기타 경비 등이 시제품의 취득가액에 해당한다.

(9) 청구법인은 시제품 제조원가 배부대상이 되는 활동은 쟁점부서 전체 R＆R 과정이 포함되고, 쟁점부서의 활동을 통해 자원(인건비)이 소비되는 바, 쟁점부서의 활동이 시제품개발과정을 벗어나지 않는다면 발생된 자원은 모두 시제품의 원가로 배부되어야 할 것이라고 주장하나, 청구법인은 연구개발과정을 시제품 개발과정과 동일시하고 연구개발과정에서 지출된 인건비 전체를 시제품의 원가로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점부서가 ‘시제품’을 개발하는 부서가 아닌 ‘신제품에 대한 기술’을 연구개발하는 부서라는 점은 이미 설명한 바 있다. 즉, 자체 제작한 시제품의 취득원가(제조원가)란 시제품의 ‘제조과정’에서 희생(소비)된 경제적 자원의 원가를 말하는 것이지, 신제품 제조 기술을 연구개발하는 과정에서 지출된 원가를 말하는 것이 아니다.

(10) 한편, 청구법인이 생산된 시제품 중 일부를 고객사에 유상 판매하면서 판매가(고객 결정가)와 총원가의 차이금액을 이익으로 인식하고 있음을 확인한 바 있는데, 청구법인이 작성한 위 기안문에서 샘플비의 총원가를 ‘투자품의서 기준 실샘플 제작 관련 발생내역’으로 산정하였음이 확인되나, 청구법인은 영업비밀을 이유로 해당 자료를 제출하지 않고 있다. 만약, 청구주장처럼 쟁점인건비가 시제품(샘플)의 원가에 해당한다고 판단했다면, 해당 시제품의 총원가에 이를 반영하여 고객사로부터 그 원가를 회수하였어야 한다.

(11) OOO지방국세청 과세사실판단자문위원회의 의결내용과 관련하여, 일반적으로 연구인력개발비 대상이 되는 인건비는 연구전담부서등에서 연구개발업무 외 다른 업무를 겸임할 수 없는 것으로 보고 엄격해석ㆍ집행하고 있는 점에서, 쟁점부서의 업무는 고객사의 요구조건 등을 검토하여, 사업타당성 검토 후 시제품 제작, 이후 양산품을 제작하는 과정 전반에 관여하고 있는 것으로 확인되므로 연구전담부서등에서 근무하는 인건비로 보기 어렵고, 쟁점인건비에 시제품 제작비용이 포함되어 있다고 하더라도 이를 시제품 생산 외의 업무와 구분하기 어려운 점 등이 있어, 쟁점인건비 전부를 연구인력개발비로 볼 수는 없다는 판단이 반영된 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부서의 인건비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 조직도는 아래와 같다.

(나) 쟁점부서의 2016∼2020사업연도 인건비 내역은 아래 OOO과 같다.

(다) 청구법인의 경정청구 내역(농어촌특별세 제외) 및 그에 따른 법인세 부과(경정)내역은 각각 아래 OOO 및 OOO와 같다.

(라) 처분청의 쟁점부서 인건비에 대한 경정청구 관련 주요 검토내용은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부서가 시제품 제작과 관련하여 지출하였다는 재료비ㆍ금형비 등은 연구ㆍ인력개발비로서 세액공제대상에 해당한다고 보면서도, 쟁점부서가 시제품 제작 이외에 고객사의 요구조건과 사업타당성을 검토하는 등 일반적인 신제품에 대한 상품화개발과정 등의 업무를 수행하고 있어 시제품 제작 업무를 전담하지 않았고 인건비 중 시제품 제작 관련분을 안분ㆍ계산할 수도 없으므로, 쟁점부서의 인건비는 세액공제대상이 아니라는 의견이나,

「조세특례제한법 시행령」 [별표6] 제1호 가목 1) 및 2)에 따라 연구개발 또는 문화산업 진흥을 등을 위하여 미래창조과학부장관(과학기술정보통신부장관)의 인정을 받은 기업부설연구소ㆍ연구개발전담부서 등 “전담부서등”과 그 전담부서등에서 ‘연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원’인 “연구개발서비스업자”의 인건비, 전담부서등과 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료 등은 일반연구ㆍ인력개발비로서 세액공제 대상에 해당한다고 할 것이고, 여기서 말하는 견본품 등의 비용에는 특별한 사정이 없는 한 원재료비 뿐만 아니라 노무비 등도 포함되는 것이므로 쟁점부서가 시제품 제작과 관련하여 지출한 재료비 등에 대한 세액공제를 인정하였다면 그 인건비 또한 시제품 제작과 관련된 부분에 한해서는 시제품의 취득가액에 포함되는 것으로 볼 수 있다 할 것인데,

다만, 제출된 이 건 심리자료만으로는 청구법인의 연구개발활동과정에서 실질적으로 연구 전담부서등의 소속 전담요원이나 연구보조원 등의 역할을 전담하였고, 그에 따라 쟁점부서의 인건비가 시제품 제작과 관련된 원가에 해당하는지 여부가 불분명한 측면이 있으므로, 처분청은 청구법인의 시제품 제작 프로세스, 쟁점부서 소속 직원별 업무분장표ㆍ직무조사표ㆍ생산문서목록, 쟁점부서의 시제품 제작 관련 보고서ㆍ회의록ㆍ검사결과서, 시제품 단위당 소요되는 시사출ㆍ검사ㆍ시험시간 및 청구법인의 연도별 시제품 검사ㆍ납품수량 등을 확인하여, 쟁점부서 및 그 소속 직원들이 연구 전담부서등 및 연구개발서비스업자로서 연구용으로 시제품 제작 업무를 전담하여 수행하였는지와 함께 그 인건비가 연구 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품 등의 비용에 해당하는지 여부 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 관련 법령 등(2016사업연도분 기준)

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것)

제9조 [연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조 [연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다)

100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것)

제8조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ④ 법 제10조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 중견기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.

1. 중소기업이 아닐 것

2. 제2조 제1항에 따른 업종을 주된 사업으로 영위할 것

3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력

강화에 관한 특별법 시행령」 제2조

제1항 제1호에 적합할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조 제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것

⑧ 법 제10조 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구ㆍ인력개발비로 한다.

⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

[별표6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2016.3.14. 기획재정부령 제555호로 일부개정된 것)

제7조 [연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원

특별법」 제18조

제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2.

「문화산업진흥 기본법」 제17조의3

제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. ＜이하 각 호 생략＞

(4) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 일부개정된 것)

제41조 [자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제43조 [기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

(5) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 일부개정된 것)

제72조 [자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016.9.22. 대통령령 제27506호로 일부개정된 것)

제2조 [정의] 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.