조심 2022서7303 (2022.12.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.2.22. 취득한 OOO 토지 987㎡ 및 건물 494.17㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2020.8.4. OOO원에 양도하고, 2020년 10월경 이에 따른 양도소득세를 OOO원으로 신고.납부하였다.

나. 이후 청구인은 2008년부터 쟁점부동산에서 ‘OOO 에듀센터 어린이집’(이하 “쟁점어린이집”이라 한다)이라는 민간어린이집을 운영하면서, 2008.3.5. 처분청으로부터 고유번호증을 발급받았다는 등의 사정에 비추어, 2020년 쟁점부동산을 양도한 것은 「국세기본법」상 법인으로 보는 단체인 쟁점어린이집이므로 자신이 기납부한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 2022.3.3. 처분청에게 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.6.9. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.8.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2008.3.5. OOO시장으로부터 쟁점어린이집 인가를 받고 OOO세무서장에게 수익사업을 하지 않는 비영리법인 등으로 고유번호증을 신청하여 발급받았다. 쟁점부동산은 2008.2.22. 취득 후 인테리어 공사를 거쳐 2008.3.15.부터 2020.8.4.까지 쟁점어린이집 운영을 위한 목적으로만 사용되었다.

쟁점어린이집은 OOO시청의 관리.감독을 받아왔고, 회계 및 결산자료들을 개원부터 폐원시까지 OOO시청에 제출해왔으며, 세입세출결산 내용을 보더라도 보육료 수입 등이 배분되거나 타용도로 전입된 사실이 없음이 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 당초 고유번호증 신청시 법인으로 보는 단체가 아닌 거주자로 신청하였고, 「영유아보육법」상 관할 지방자치단체의 인가는

「국세기본법」제13조

제1항에서 정하는 인가에 해당하지 않는다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 이는 다음과 같은 이유로 위법하다.

(가) 청구인은 세법의 무지로 고유번호 신청을 하면서 법인으로 보는 단체로 신청을 하지 않았으나, OOO시장으로부터 「영유아보육법」에 근거한 인가를 받았음이 확인되고(

「국세기본법」제13조

제1항 제1호), 고유목적사업에 사용하기 위해 출연금을 출연한 사실이 확인된다.

(나) 청구인은 비영리단체의 고유목적에 사용하기 위해 단체의 회계에 출연금을 출연하였고, 이는 인허가 여부와 상관없이 당연 법인으로 보는 단체의 요건에 해당된다(

「국세기본법」제13조

제1항 제2호). 청구인은 쟁점어린이집에 대한 회계자료를 제출하였으나 처분청은 경정청구 검토과정에서 이에 대한 소명 요청이 전혀 없었고 경정청구 거부 사유로 제시하지도 않은바, 처분청의 이러한 태도는 묵시적 인정으로 받아들여져야 한다.

나. 처분청 의견

(1)

「국세기본법」제13조

제1항 제1호에서 규정하는 인가는 단체의 설립에 대한 주무관청의 인가로 한정하여 해석하여야 하나, 쟁점어린이집에 대한 인가는 단체의 결성이나 설립에 대한 것이라기보다는 어린이집의 운영이나 시설의 설치에 대한 인가로서의 성격이 보다 강하므로 쟁점어린이집은 「법인세법」이 적용되는 법인격 없는 단체가 아닌 것이며 「소득세법」이 적용되는 거주자로 보아야 한다(조심 2017서3909, 2018.6.21. 같은 뜻임).

국세청은 어린이집이 주무관청으로부터 받은 인가는

「국세기본법」제13조

제1항 제1호에서 규정한 인가에 해당되지 않는다고 일관되게 해석해왔다(징세과-6492, 2008.12.24., 징세46101-463, 1996.2.12., 국세기본법 집행기준 13-0-1).

(2)

「국세기본법」제13조

제1항 제2호는 ‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것’을 당연의제법인으로 보고 있는바, 법인격 없는 재단이 단체의 실체로 인정되기 위하여는 일정한 목적을 수행하기 위한 출연자의 의사와 출연행위 그리고 출연재산이 있어야 하며 이때 기초가 되는 출연재산을 기본재산이라 한다. 또한 정관, 이사 및 감사 등 임원의 내역, 사업계획, 기본재산, 보통재산, 재산출연승낙서 등이 절차에 따라 작성되고 확인되어야 한다. 기본재산을 포함한 일체의 출연재산은 출연자로부터 재단에 증여되어 당연히 재단의 소유가 되고 항구적으로 재단에 귀속된다.

청구인은 쟁점부동산을 쟁점어린이집 운영만을 위한 용도로 사용하였고, 회계 및 개원부터 폐원시까지 결산 자료들을 남양주시청에 제출하였기 때문에 쟁점어린이집이 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단이라고 주장하나, 쟁점부동산을 어린이집 용도로 사용하였다는 것만으로 청구인의 기본재산 출연이 있었다고 볼 수는 없고, 청구인이 쟁점부동산을 청구인의 소유로 보유하다가 2020.8.4. 주식회사 AAA에 OOO원에 양도하면서 청구인 명의로 양도소득세를 신고ㆍ납부한 점, 쟁점어린이집의 폐원 이후 쟁점부동산의 양도대금 OOO원이 쟁점어린이집에 귀속된 채로 당초 목적사업에 사용되고 있는지 불분명한 점, 정관 등 관련증빙에 의하여 기본재산 출연 등 재단 설립에 관한 내용이 확인되지 않는 점 등을 종합해보면, 쟁점부동산은 양도 전까지 청구인이 소유한 것으로 보아야하고 쟁점어린이집의 기본재산으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산은 「국세기본법」상 법인으로 보는 단체에 해당하는 쟁점어린이집이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용한 유형자산인바, 쟁점부동산의 양도에 대하여는 법인세 비과세 대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 이 건 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실 등이 나타난다.

(가) 청구인은 2008.3.5. OOO시장으로부터 어린이집 인가증을 교부받았고, 이에 따르면 쟁점어린이집은 민간어린이집으로, 대표자는 청구인으로 나타난다.

또한, 청구인은 2008.3.5. OOO서장으로부터 고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등, 고유번호 : 132-80-16***)을 발급받았고, 고유번호증 하단에는 ‘이 고유번호증의 부여로 인해 「민법」 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다’라고 기재되어 있다.

(나) 쟁점부동산의 건축물대장에 따르면, 쟁점부동산은 1999.12.10. 사용승인된 지하 1층, 지상 2층의 건물로 2008.2.4. 이후 지하 1층∼지상 2층 모두 노유자시설(아동관련시설)로 용도변경된 사실이 나타난다.

(다) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점부동산은 2008.2.22. 청구인 명의로 소유권이전등기가 경료되었고, 청구인의 쟁점부동산 보유기간(2008∼2020년) 동안 청구인을 채무자로 한 근저당권 설정이 4차례 있었던 것으로 나타난다.

(라) 청구인은 2020.8.4. 쟁점부동산을 ㈜AAA에 양도하였고, 아래 ＜표＞와 같이 양도소득세를 신고하였다.

＜표＞ 양도소득세 신고내역

OOO

(마) 청구인은 쟁점어린이집을 운영하면서 수익이 분배된 바가 없다는 취지로 쟁점어린이집의 세입ㆍ세출결산서(2017년 3월∼2020년 2월), 합계시산표(2017년 3월∼2020년 2월) 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점어린이집이 「국세기본법」상 법인으로 보는 단체에 해당하고, 쟁점부동산은 쟁점어린이집의 고유목적사업에 3년이상 계속하여 사용되었으므로 쟁점부동산의 양도에 대하여 법인세가 비과세되어야 한다고 주장하나,

쟁점어린이집이

「국세기본법」제13조

제1항의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하려면 일단 법인이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체에 해당하여야 하는데, 청구인은 쟁점어린이집과 관련하여 어떠한 사단, 재단, 그 밖의 단체를 설립한 적이 없는 점,

「국세기본법」제13조

제1항에서 규정하는 인가는 단체의 설립에 대한 주무관청의 인가로 한정하여 해석함이 입법취지에 비추어 상당하다 할 것인데(조심 2017서3909, 2018.6.21., 같은 뜻임), 쟁점어린이집에 대한 설치 인가는 단체의 결성이나 설립에 대한 것이 아니라 어린이집의 운영이나 시설 설치에 대한 것으로 보이는 점, 청구인은 쟁점어린이집과 관련하여

「국세기본법」 제13조

제2항에 따라 관할세무서장에게 법인으로 보는 단체를 신청하여 그 승인을 받은 사실도 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제13조(법인으로 보는 단체 등) ① 법인(

「법인세법」 제2조

제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등

「통계법」제22조

에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

(3) 법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

아.

「영유아보육법」 제10조

에 따른 어린이집

② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(

「국가균형발전 특별법」 제18조

에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

(4) 소득세법

제2조(납세의무) ③

「국세기본법」제13조

제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 소득구분에 따라 해당 단체의 각 구성원별로 이 법 또는 「법인세법」에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세[해당 구성원이 「법인세법」에 따른 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)인 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다]를 납부할 의무를 진다.

1. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 경우

2. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우

④ 제3항에도 불구하고 해당 단체의 전체 구성원 중 일부 구성원의 분배비율만 확인되거나 일부 구성원에게만 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다.

1. 확인되는 부분 : 해당 구성원별로 소득세 또는 법인세에 대한 납세의무 부담

2. 확인되지 아니하는 부분 : 해당 단체를 1거주자 또는 1비거주자로 보아 소득세에 대한 납세의무 부담

(5) 영유아보육법(2007.10.17. 법률 제8654호로 개정된 것)

제10조(보육시설의 종류) 보육시설의 종류는 다음 각 호와 같다.

1. 국공립보육시설 : 국가나 지방자치단체가 설치ㆍ운영하는 보육시설

2. 법인보육시설 : 「사회복지사업법」 에 따른 사회복지법인(이하 “사회복지법인”이라 한다)이 설치ㆍ운영하는 보육시설

3. 직장보육시설 : 사업주가 사업장의 근로자를 위하여 설치ㆍ운영하는 보육시설(국가나 지방자치단체의 장이 소속 공무원을 위하여 설치ㆍ운영하는 시설을 포함한다)

4. 가정보육시설 : 개인이 가정이나 그에 준하는 곳에 설치ㆍ운영하는 보육시설

5. 부모협동보육시설 : 보호자들이 조합을 결성하여 설치ㆍ운영하는 보육시설

6. 민간보육시설 : 제1호부터 제5호까지의 규정에 해당하지 아니하는 보육시설

제13조(국공립보육시설 외의 보육시설의 설치) ① 국공립보육시설 외의 보육시설을 설치ㆍ운영하려는 자는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 인가를 받아야 한다. 인가받은 사항 중 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 인가에 필요한 사항은 여성가족부령으로 정한다.

(6) 영유아보육법 시행규칙(2006.11.10. 여성가족부령 제11호로 개정된 것)

제5조(보육시설의 설치인가 등) ① 법 제13조 제1항 및 법 제14조제1항의 규정에 의하여 보육시설의 설치인가를 받고자 하는 자는 별지 제4호서식의 보육시설 인가신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

1. 법인의 정관 및 출연금 등에 관한 서류(법인인 경우에 한한다)

2. 단체의 회칙 또는 규약(단체인 경우에 한한다)

3. 임대차계약서(부동산을 임차하는 경우에 한한다)

4. 시설의 구조별 면적이 표시된 평면도와 시설 및 설비 목록

5. 보육시설의 장의 자격을 증명하는 서류

6. 보육시설종사자의 채용계획서

7. 보육시설 운영계획서(운영경비와 유지방법을 포함한다)

8. 설립자가 개인인 경우 경비의 지급 및 변제 능력에 관한 서류

9. 인근 놀이터 이용계획서(영유아 50인 이상의 시설로서 옥외놀이터나 옥내놀이터를 설치하지 아니하는 경우에 한한다)

10.

「전기사업법」제66조의2

의 규정에 의한 전기안전점검서 및

「도시가스사업법」 제15조

제5항 및 「액화석유가스의 안전관리 및

사업법」 제29조

제2항의 규정에 의한 가스안전점검서

② 제1항에 따른 신청을 받은 담당공무원은 건축물대장등본(부동산을 임차하는 경우를 제외한다)과 법인등기부등본(법인인 경우에 한한다)의 내용을 「전자정부구현을 위한 행정업무 등의 전자화촉진에 관한 법률」 제21조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 확인하여야 한다. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 당해 서류를 첨부하도록 하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 인가신청서를 받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보육시설이 제9조의 규정에 의한 설치기준에 적합한지의 여부 및 해당 지역의 보육수요를 확인한 후 인가 여부를 결정하고, 인가를 하는 때에는 별지 제5호서식의 보육시설인가증을 신청인에게 교부하여야 한다. 이 경우 보육시설이 설치기준에 적합한지의 여부는 현장에서 확인하여야 한다.

④ 제3항에 따라 보육시설의 설치인가를 받아 보육시설을 운영하는 자는 보육시설의 대표자 또는 보육시설의 장, 보육시설의 종류ㆍ명칭ㆍ소재지 또는 보육정원을 변경하고자 하는 때에는 법 제13조제3항에 따라 별지 제6호서식의 보육시설 변경인가신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다. 이하 같다)에 다음의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

1. 법인의 이사회 회의록(법인의 대표자가 변경되는 경우에 한한다)

2. 변경되는 대표자가 개인인 경우 경비의 지급 및 변제 능력에 관한 서류

3. 변경시설의 평면도(소재지 또는 보육정원의 변경 등으로 시설의 변경이 있는 경우에 한한다)

4. 보육시설의 장의 자격을 증명하는 서류(보육시설의 장이 변경되는 경우에 한한다)

5. 시설 및 재산에 관한 사용ㆍ처분계획서(소재지가 변경되는 경우에 한한다)

6. 보육영유아에 대한 조치계획서(소재지가 변경되는 경우에 한한다)

7. 보육시설인가증

⑤ 제4항에 따른 신청을 받은 담당공무원은 건축물대장등본(소재지 또는 보육정원의 변경 등으로 시설의 변경이 있는 경우에 한한다)의 내용을 「전자정부구현을 위한 행정업무 등의 전자화촉진에 관한 법률」제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 확인하여야 한다. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 당해 서류를 첨부하도록 하여야 한다.

⑥ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제4항에 따른 변경인가신청서를 받은 때에는 변경사항을 확인한 후 변경인가 여부를 결정하여야 하고, 변경인가를 한 때에는 그 내용을 보육시설인가증에 기재하여 신청인에게 교부하여야 한다.

⑦ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보육시설의 설치 및 운영현황을 매반기 종료 후 1월 이내에 시ㆍ도지사를 거쳐 여성가족부장관에게 보고하여야 한다.