조심 2022중1906 (2022.05.23)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. AAA 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 1995.1.11. OOO에서 개업하여 환경 관련 산업기자재(중수도시설, 섬유여과 시설 등) 제조.도매업을 영위하다가 2018.6.21. OOO서장에 의해 직권폐업(사업장소재지에서 퇴거하여 소재 불분명 및 고액체납, 폐업일 : 2018.6.20.)된 법인이고, 청구인은 쟁점법인의 대표자이다. 나. OOO서장은 2019.9.15.부터 2020.3.5.까지 쟁점법인에 대한 2012~2018사업연도 법인통합조사를 실시하였는바, 쟁점법인이 2012년 OOO원, 2013년 OOO원, 2014년 OOO원의 가공급여를 계상한 사실 및 2018.6.20. 폐업 당시 회수되지 않은 대표자에 대한 가지급금 OOO원을 확인하고, 2020.5.26. 쟁점법인에게 2012~2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정.고지하는 한편, 위 가공급여 및 가지급금(2012~2014년 및 2018년 귀속 합계 OOO원)을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. 다. 이후 청구인의 주소지 관할인 처분청은 2021.12.8. 및 2021.12.24. 청구인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2012~2014년 및 2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정.고지하였다. ＜표1＞ 종합소득세 부과내역 OOO 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 사업자등록 직권폐업 요건에 해당하지 않음에도 쟁점법인의 사업자등록을 직권으로 폐업하고, 폐업 당시의 대표자 가지급금에 대하여 과세한 이 건 처분은 부당하다. (1) OOO서장은 쟁점법인 및 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정된 청구인 등이 세금을 완납하지 않고, 쟁점법인이 사업자등록상의 사업장 소재지에 없다는 사유로 사업자등록을 직권으로 취소하였으나, 청구인은 OOO세무서 조사관에게 체납세금을 분납하고 사업자등록도 정정하겠다고 하고, 계속사업을 하고 있으니 직권폐업을 하지말아 달라고 수차례 요구하였으며, 실제로 쟁점법인의 제2차 납세의무자인 청구인의 배우자는 2018년 1월경에 쟁점법인의 체납세액 OOO원(6건)을 납부하여 2018.6.20. 직권폐업 당시에는 체납세액이 약 OOO원 뿐이었다. (2) OOO서장이 쟁점법인의 사업자등록을 직권취소할 당시에 쟁점법인은 사업이 부진하여 사업자등록상 사업장 소재지를 이전하고자 2017년 11월경 OOO에 등기를 이전하고 공동사업장을 마련한 후에 OOO서장에게 사업자등록정정 신고를 하였으나 독립된 사업장이 아니라는 이유로 거듭 거부당하였다. 현재는 사업장을 임차하여 사업을 계속하고 있고, 2018 및 2019사업연도의 법인세 과세표준 신고도 한 상태이다. (3) 이처럼 쟁점법인은 부도발생, 고액체납 등으로 도산하여 소재불명인 경우에 해당되지 않았고, 사실상 폐업상태도 아니었다. 단순히 체납과 사업장 이전 중 요건미비로 사업자등록을 정정하지 못한 상태였을 뿐이다. (4) 대법원은 납세의무자가 사업자등록을 마친 후 사업을 영위해 왔고, 과세관청이 내부지침에 의거하여 사업자등록을 직권으로 말소한 후 미등록사업자로 분류하여 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 미등록가산세를 적용하였으나, 납세의무자가 사업을 계속하여 과세기간 중 매출세액과 매입세액이 발생하였다면 그와 같은 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니할 경우의 하나인 ‘사업자등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하는 것이라 할 수 없고, 또 이를 사업자등록을 신청하지 아니한 때에 해당한다하여 가산세를 부과할 수도 없다고 판시하였다(대법원 1993.12.10. 선고 93누17355 판결). (5) 처분청은 직권폐업을 전후하여 청구인과 연락이 되지 않았다는 의견이나, 청구인의 배우자는 2018년 1월경에 체납세액을 납부하였고, 청구인은 2018년 7월경 부가가치세 신고를 이행하였으므로 처분청의 의견은 사실이 아니다. 나. 처분청 의견 (1) 「부가가치세법」제8조 및 같은 법 시행령 제15조, 「부가가치세 사무처리규정」제16조는 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업을 하거나 등록 사항이 변경되면 지체 없이 관할 세무서장에게 신고하여야 하고, 관할 세무서장은 사업자가 사업자등록 후 정당한 사유 없이 6개월 이상 사업을 하지 아니하거나 부도발생.고액체납 등으로 도산하여 소재 불명인 경우 등에는 지체 없이 사업자등록을 말소하여야 한다고 규정하고 있다. (2) 국세청 민원사무처리 규정에는 폐업법인이 사업 재개를 원하는 경우 사업자등록 신청서를 접수하면 주무과의 사전확인을 거쳐 처리 하도록 규정하고 있으며, 이 경우 폐업 후 1년 미만의 법인이 폐업 당시의 사업자등록번호를 기재하여 신청하면 휴업으로 간주하여 폐업취소 처리를 할 수 있음에도 불구하고, 쟁점법인은 직권폐업 이후부터 현재까지 사업자등록 정정신고 또는 재개업 신청을 접수한 이력이 없다. (3) 청구인은 쟁점법인의 직권폐업 당시 체납세액이 약 OOO원에 불과하였다고 주장하나, 2018.3.27. OOO세무서 체납담당자 BBB 조사관이 발송한 문자메시지를 보면 당시 체납은 총 8건, OOO원에 달하는 고액체납상태였음이 확인된다. (4) 쟁점법인은 2018사업연도 법인세 신고시 가지급금 인정인자 계산 등을 포함한 항목을 2018.1.1.~2018.6.20. 기준으로 계산하여 신고하였고, 「부가가치세법 시행령」제15조 제2항 제5호는 같은 항 각 호와 유사한 사유로 사실상 사업을 하지 않는 경우에도 등록을 말소할 수 있도록 규정하고 있으므로 세적담당자의 확인 및 판단에 따른 직권폐업 조치는 타당하며, 쟁점법인에 계상된 가지금금 잔액에 대하여 대표자 상여로 소득처분한 후 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분 또한 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점법인을 직권폐업하고 폐업 시점의 대표자 가지급금 미회수 잔액에 대하여 대표자에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. ⑥ 제5항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. ⑦ 사업장 관할 세무서장은 제5항에 따라 등록된 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 지체 없이 사업자등록을 말소하여야 한다. 1. 폐업한 경우 2. 제1항 단서에 따라 등록신청을 하고 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제14조(사업자등록 사항의 변경) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다. 4. 사업장[법 제8조 제3항에 따른 사업자 단위 과세 사업자(이하 "사업자 단위 과세 사업자"라 한다)의 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장을 말한다]을 이전하는 경우 ③ 제1항의 신고를 받은 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기한 이내에 변경 내용을 확인하고 사업자등록증의 기재사항을 정정하여 재발급하여야 한다. 1. 제1항 제1호 및 제11호의 경우 : 신청일 당일 제15조(등록말소) ② 법 제8조 제7항 제2호에 따른 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 1. 사업자가 사업자등록을 한 후 정당한 사유 없이 6개월 이상 사업을 시작하지 아니하는 경우 2. 사업자가 부도발생, 고액체납 등으로 도산하여 소재 불명인 경우 3. 사업자가 인가ㆍ허가의 취소 또는 그 밖의 사유로 사업을 수행할 수 없어 사실상 폐업상태에 있는 경우 4. 사업자가 정당한 사유 없이 계속하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부가가치세를 신고하지 아니하고 사실상 폐업상태에 있는 경우 5. 그 밖에 사업자가 제1호부터 제4호까지의 규정과 유사한 사유로 사실상 사업을 시작하지 아니하는 경우 (3) 부가가치세 사무처리규정 제16조(사업자등록 말소) ① 부가가치세 담당과장은 사업자가 시행령 제15조 제2항에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자등록을 말소하고 사업자등록증을 회수하여야 하며, 회수한 사업자등록증은 재사용이 불가능하도록 조치하여야 한다. 다만, 회수할 수 없는 경우에는 등록말소 사실(상호ㆍ성명ㆍ사업자등록번호 및 폐업일)을 관할세무서 인터넷 홈페이지 또는 게시판에 공시하여야 한다. ② 내부업무 처리자는 제1항에 따라 직권으로 사업자등록을 말소하는 경우에는 관리자의 결재를 받은 후 전산 입력하고, 사업자에게 그 사실을 「사업자등록 말소(폐업)통지(별지 제7호 서식)」로 통지하여야 한다. (4) 국세청민원사무처리규정 제52조(사업자등록 정정) ① 세무서 납세자보호담당관은 사업자등록정정신고서(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제11호 서식) 또는 법인으로 보는 단체 중 승인단체 이외의 비영리법인의 수익사업 개시신고서(「법인세법 시행규칙」 별지 제75호의4 서식) (또는 사업자등록정정신고서)가 제출되면 구비서류 및 기재사항 누락 여부를 검토한 후, 전산입력 접수하여야 한다. ② 사업자등록 정정신고 내용을 전산입력한 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제46조, 제47조, 제48조, 제51조를 준용하여 처리하여야 한다. 1. 사업의 종류에 변경이 있는 경우 2. 대표자를 변경하는 경우 3. 사업장을 이전하는 경우 4. 공동사업으로 당초 사업자등록 사항을 변경하는 경우 5. 그 밖의 사업자등록증 교부를 위한 면담과정에서 사전확인의 필요성이 있다고 판단되는 경우 ③ 제2항에 해당되지 않는 경우에는 즉시 정정된 사업자등록증을 전산출력하여 교부한다. 제57조(폐업 후 사업재개 법인의 민원처리) ① 폐업법인으로서 사업을 재개하고자 하는 법인은 제49조를 준용하여 사업자등록을 신청하여야 한다. 이 경우 폐업 당시의 납세지를 변경하여 사업자등록을 신청하는 경우에는 변경 후 납세지 관할세무서에 신청한다. ② 세무서 납세자보호담당관은 사업재개 법인이 법인설립신고 및 사업자등록신청서(「법인세법 시행규칙」 별지 제73호 서식)를 제출한 경우 전산접수 후 주무과에 통보하고 사전확인 결과에 따라 처리하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) OOO서장은 2018.6.20.을 폐업일로 하여 2018.6.21. 쟁점법인을 직권폐업 조치하였고, 이와 관련한 직권폐업조사서의 내용은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 직권폐업조사서 주요내용 OOO (가) 처분청은 쟁점법인을 폐업 조치한 세적담당자에게 직권폐업 경위 등에 대하여 문의한 바, 쟁점법인은 고액체납 및 장기간 무실적 상태로 2018년 상반기 중 사업장 소재지에서 퇴거한 상태임을 쟁점법인측으로부터 확인하였고, 사업자등록 정정할 것을 수차례 요청하였음에도 이에 응하지 않았으며, 당시 실사업을 영위하지 않는 것으로 판단하여 직권폐업 조치하였다고 하였다. (나) 국세청 전산자료에 따르면, OOO세무서 체납담당자 BBB 조사관은 쟁점법인 소속 직원 CCC의 연락처(010-2465-1***)로 아래와 같이 사업자등록 정정신고 및 사업자등록말소처분 관련 내용이 포함된 MMS 문자메시지를 발송한 것으로 확인된다. OOO (2) 쟁점법인의 현황은 다음과 같다. (가) 쟁점법인의 최근 10년간 부가가치세 및 법인세 신고내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점법인의 부가가치세 및 법인세 신고내역 OOO (나) 국세청 통합전산망에 등록된 쟁점법인의 주주내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 쟁점법인의 주주내역 OOO (다) OOO서장의 직권폐업 당시 쟁점법인의 가지급금 계정별원장상 회수되지 않은 가지급금 잔액은 OOO원으로 확인된다. OOO (라) 쟁점법인의 사업장 이전과 관련한 사실관계는 다음과 같다. 1) 법인 등기사항일부증명서에는 쟁점법인이 본점 소재지를 당초 OOO에서 2017.10.30. OOO으로 변경등기한 것으로 나타난다. 2) 쟁점법인이 이전하였다는 사업장 주소지OOO에는 2018.1.22. 주식회사 DDD(대표자 EEE, 청구인의 자녀, 이하 “DDD”라 한다)가 보증금 OOO원, 월차임 OOO원에 임차하여 사업장소재지를 두고 있는 것으로 나타난다. ＜표5＞ 사업장 임대인이 신고한 임대공급가액 명세서 OOO 3) 청구인은 쟁점법인의 사무실을 마련할 수 없어서 2017년 10월경 OOO에 공동 사무실을 얻어 법인 등기를 변경하고 사업자등록 정정신고를 하였으나 거듭 거부당하였으며, 현재는 이 건 직권폐업 취소 처분을 위해 해당 소재지의 임대차 계약서를 갱신(임대기간 : 2020.3.11.~2021.3.10.)한 상태에 있다고 주장하였다. 4) 국세청 통합전산망에 따르면, 2017.1.1.부터 현재까지 쟁점법인의 사업자등록 정정신고 접수이력은 없는 것으로 확인된다. (3) 쟁점법인 및 청구인이 쟁점법인에 대한 법인세 및 소득금액변동통지에 대하여 제기한 심판청구의 결정서(조심 2020서8174, 2021.6.10.) 등에 따르면, 다음의 내용이 추가로 확인된다. (가) 쟁점법인이 영위하는 사업내용은 아래와 같다. 1) 청구인은 ‘축소지하화를 위한 하·폐수 처리시스템’에 대한 특허를 보유(출원일 2014.2.17., 특허등록원부 등록일 2014.4.9.)하고 있다. 2) 쟁점법인은 1993.11.1.∼2004.12.31. OOO하수처리시설 공사(시공사 ㈜FFF, 기술보유사 쟁점법인)를 진행하였고, 기술사용협약서(2012.3.12.)에는 ㈜GGG과 쟁점법인간에 ‘OOO하수처리장 지하화 사업’을 추진함에 있어 쟁점법인은 보유하고 있는 하수처리공법을 ㈜GGG에 제공하고 ㈜GGG은 사업 수주금액의 2%(최대 OOO원을 넘지 않는다)를 쟁점법인에게 지급하기로 하는 내용의 기술사용 협약을 체결한 것으로 나타난다. 3) 쟁점법인은 2019년경 연속사업인 OOO하수처리시설 증설사업을 진행하고자 하였으나 직권폐업되어 계약을 하지 못하게 됨에 따라 부득이하게 DDD가 2019.9.3. 조달청과 수의계약을 체결하여 위 OOO하수처리시설 증설사업을 진행 중이라고 주장하며 특허등록원부(통상실시권 부여), 신기술·특허 사용협약서 등을 제출하였고, 이에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. 가) 청구인은 2019.4.23. DDD에게 청구인이 보유하고 있는 ‘축소지하화를 위한 하·폐수 처리시스템’ 특허에 대한 통상실시권을 부여한 것으로 나타나고, OOO(청구인의 개인사업자)의 부가가치세과세표준증명(2019년 제1기 부가가치세 과세기간)에는 매출과세표준이 OOO원으로 신고되어 있으며, 이와 관련하여 청구인은 DDD로부터 지급받은 특허사용료에 대한 부가가치세 매출신고를 한 것이라 진술하였다. 나) DDD(대표자 EEE, 청구인의 자녀)는 2019.9.3. OOO 상하수도사업단 하수도과에 ‘OOO 하수종말처리장 증설공사 관급(특허공법 기자재) 구입’과 관련하여 오수처리용산기장치 등을 OOO원에 납품하는 내용의 조달계약을 체결한 것으로 나타난다. 다) 쟁점법인은 2020.6.30. OOO지방공기업하수도사업특별회계관리자(발주자)에게 위 신기술·특허공법을 사용할 수 있도록 하는 사용협약을 체결하면서 기술사용료로 ‘신기술·특허공법이 사용되는 부분에 대한 설계금액을 기준으로 하되 별도의 기술사용료를 반영하지 않는다’고 약정한 것으로 나타난다. (나) DDD의 현황은 다음과 같다. 1) DDD는 2018.1.22. 청구인의 자녀인 HHH이 OOO에서 건설/산업플랜트로 하여 개업한 후, 업종을 2018.12.13. 제조/산업처리공정 제어장비로, 2018.12.17. 제조/산업플랜트 사업(산업기자재 및 수처리설비)으로 각 정정하였다. 2) 부가가치세와 법인세 신고내역은 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ DDD의 부가가치세 및 법인세 신고내역 OOO (다) 위 심판청구 당시 청구인은 쟁점법인이 추진한 OOO 하수처리장 사업과 관련하여 2015년경부터 검찰이 청구인을 뇌물죄 등으로 수사하여 이후 건설과정에서 쟁점법인이 공급하도록 약정된 전용기자재 4종(약 OOO원 규모)의 매출이 무산되는 등 쟁점법인의 형편이 극도로 어려워졌으나 앞으로 사업이 재개된다면 가지급금을 정산할 수 있을 것이라고 주장하였다. (라) OOO법원 2016.7.22. 선고 2015고합OOO 판결 및 OOO법원 2017.1.13. 선고 2016노OOO 판결에 따르면, 청구인은 회사자금 OOO원을 4년이 넘는 기간동안 127회에 걸쳐 사적유용하면서 이사회의 결의나 변제기의 약정도 하지 않고 원금과 이자를 전혀 변제하지 않는 등 가지급금의 형식을 빌어 횡령한 것으로 유죄(징역 2년, 집행유예 4년)을 선고받은 것으로 확인된다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인의 사업자등록을 직권으로 폐업하고, 폐업 당시의 대표자 가지급금이 청구인에게 귀속된 것으로 보아 종합소득세를 과세한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 「부가가치세법」제8조 제7항 및 같은 법 시행령 제15조에 따라 사업장 관할 세무서장은 등록된 사업자가 폐업한 경우에 지체 없이 사업자등록을 말소하여야 하는바, 쟁점법인은 OOO세무서장의 직권폐업일(2018.6.21.)로부터 약 3개월 전인 2018.3.27. 기준 OOO원에 달하는 체납액이 있었고, 이후 2018.6.21.까지 추가로 납부한 내역은 없었던 것으로 확인되며, 2016.4.30. 사업자등록상의 사업장 소재지에서 퇴거한 후 사업장 소재지가 불분명한 상태였고, 부가가치세 및 법인세 신고내역을 보더라도 정상적으로 사업을 영위한 것으로 보기 어려운 점, 청구인은 OOO세무서장의 직권폐업 이후 이에 대한 불복을 제기하거나 사업재개 신청 등을 하지 않다가, 쟁점법인에 대한 세무조사 결과 법인세 및 종합소득세가 과세되자 직권폐업 처분이 부당하다고 주장하였는바, 직권폐업 당시에 정상적인 사업을 하려는 의도가 있었다고 보기 어려워 보이는 점, 청구인은 직권폐업 당시 및 이후에 쟁점법인이 사업을 정상적으로 영위하였음을 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점법인을 직권으로 폐업하고 폐업 당시의 대표자 가지급금이 청구인에게 귀속된 것으로 보아 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.