조심 2022인6374 (2023.02.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.5.16. 주택신축판매업을 영위할 목적으로 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(상호 : AAA산업개발)을 하고, 2016.11.29. OOO 토지 539㎡ 위에 오피스텔 36호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다) 및 도시형생활주택 3호(쟁점오피스텔을 포함하여 지하 1층/지상 14층, 연면적 3,272.55㎡)를 신축하였으며, 2016~2017년 기간 동안 쟁점오피스텔을 전부 분양하고 매입처별 세금계산서 합계표를 첨부하여 사업장현황신고를 하면서 그 수입금액을 면세사업 수입금액으로 하여, 2017.6.22. 및 2018.5.11. 처분청에 종합소득세를 신고하였으나, 부가가치세는 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점오피스텔의 공급이 부가가치세가 면제되는 국민주택 및 그 주택의 건설용역에 해당하지 아니한다고 보아, 2021.7.13. 직권으로 청구인을 과세사업자로 사업자등록을 하였고, 청구인은 2021.9.10. 아래 ＜표1＞과 같이 2016년 제2기 및 2017년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 기한 후 신고서를 제출하였다.

＜표1＞ 기한 후 신고 내역

OOO

다. 처분청은 청구인의 부가가치세 기한 후 신고서의 내용 중 매입세액(매입세액 공제액 합계 OOO원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)이

「부가가치세법」제39조

제1항 제8호의 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액에 해당한다고 보아 매입세액을 불공제하여, 2022.2.28. 및 2022.3.7. 청구인에게 아래 ＜표2＞와 같이 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다(이하 “이 건 처분”이라 한다).

＜표2＞ 부가가치세 경정·고지 내역

OOO

라. 청구인은 이에 불복하여 2022.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점오피스텔을 면세대상으로 신뢰하여 면세사업자로 사업자등록을 하였던 것이므로, 처분청은 신뢰보호의 원칙에 따라 매입세액을 공제하여야 한다.

(가) 조세심판원은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제4호의 적용에 있어 실질적으로 주택으로 사용되는 오피스텔에 대하여 면세대상에 해당한다고 판단하였다(조심 2015중5668, 2016.3.9. 등). 최근 법원도

조특법 제106조

제1항 제4호의 적용에 있어 실질적으로 주택으로 사용되는 오피스텔에 대하여 면세대상으로 판단하였다(서울고등법원 2020.6.18. 선고 2018누77441 판결 참조).

(나) 청구인은 위와 같은 조세심판원과 법원의 판단을 믿을 수밖에 없었기에 2016년 5월경 면세사업자로 사업자등록을 하였고, 실제 쟁점오피스텔 역시 처음부터 방, 주방, 거실, 욕실, 바닥 난방시설 등을 갖춘 주거용으로 설계·건축되어 분양되었으며, 입주자들도 주거용으로 사용하였기 때문에 실질적으로 주택에 해당한다.

(다) 이와 같은 상황에서 청구인은 면세사업자로 쟁점오피스텔을 건축·분양하면서 모든 거래관계에 있어서 매입세금계산서를 수수하였고, 사업자현황 신고를 하면서 매입처별 세금계산서 합계표를 제출까지 하였으므로, 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되어 부당하다.

(2) 청구인은 오피스텔을 면세대상으로 결정한 조세심판원의 결정을 신뢰하여 면세사업자로 사업자등록을 하였던 것이므로, 청구인은 선의의 피해자에 해당한다.

(가) 「부가가치세법」에서 사업자등록 전의 매입세액을 불공제하는 취지는 사업자등록을 하기 전의 매입은 사업과 관련이 없을 개연성이 농후하기 때문에 불공제하는 것이나, 쟁점매입세액 중 사업과 관련이 없는 것은 없다.

(나) 청구인이 과세사업자임에도 납세자의 과실로 면세사업자로 사업자등록을 하였다면 이 때 수취한 세금계산서의 매입세액은 공제하지 아니하는 것이 타당하나, 청구인은 조세심판원의 결정을 신뢰하여 면세사업자로 등록을 하였고, 처분청도 2017.12.20. 조세심판관합동회의의 결정(조심 2017서991)이 있기 전까지는 오피스텔이 부가가치세 과세대상인지 여부에 대하여 혼란이 있었으므로 쟁점매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점오피스텔은 공부상의 용도가 업무시설이므로, 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하지 아니하여 부가가치세를 신고하였어야 한다. 즉, 청구인은 쟁점오피스텔이 처음부터 방, 주방, 욕실, 바닥 난방시설 등을 갖춘 주거용으로 설계·건축되었다고 주장하나, 쟁점오피스텔은 준공 당시부터 공동주택이 아닌 업무시설(오피스텔)로 건축허가 및 사용승인을 받았으므로 청구인에게 신뢰보호의 원칙이 적용된다거나 청구인이 선의의 피해자에 해당한다고는 볼 수 없다.

(2) 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 등록 전 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제할 수 없다.

(가)

「부가가치세법」제8조

제1항은 사업자가 사업을 개시한 경우 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는데, 이는 과세관청이 부가가치세 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하고자 하는 취지에 기한 것이다.

(나) 위와 같은 사업자등록의무는 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자에게 있고 이 때의 사업자등록이란 과세사업자의 사업자등록만을 의미하므로(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결), 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 등록 전 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액을

「부가가치세법」제39조

제1항 제8호에 따른 사업자등록 전 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 쟁점오피스텔과 관련한 주요 사실관계를 요약하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 주요 사실관계(일자별)

OOO

(나) 청구인은 2016.5.16. 아래 ＜표4＞와 같이 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 신청하고, 2017.4.1. 폐업하였으나, 처분청은 부가가치세를 과세하기 위하여 2021.7.13. 아래 ＜표5＞와 같이 직권으로 청구인을 과세사업자로 등록하였다.

＜표4＞ 사업자 기본사항(면세)

OOO

＜표5＞ 사업자 기본사항(과세)

OOO

(다) 청구인은 쟁점오피스텔 공급을 부가가치세 면제대상이라고 파악하여 당초 신고기간 내에 부가가치세 신고를 하지 아니하였고, 청구인의 면세사업자번호로 2016년부터 2017년까지 사업장현황신고를 하였으며, 그 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 사업장현황신고 내역

OOO

(라) 쟁점오피스텔의 건축물대장을 보면, 쟁점오피스텔은 2016.5.18. 착공되었고, 2016.11.29. 사용이 승인되었으며, 각 층의 구성이 2층부터 13층까지 업무시설(오피스텔, 각 층별 3개호실 합계 면적 246.09㎡)과 14층 공동주택(다세대주택, 3세대 합계 면적 201.92㎡)인 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가)

「부가가치세법」제8조

제1항은 사업자가 사업을 개시한 경우에는 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는바, 「부가가치세법」상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하려는 것에 입법취지가 있는 것으로서(대법원 1988.3.8. 선고 87누156 판결, 같은 뜻임), 이는 단순한 사업사실의 신고로 사업자가 관할 세무서장에게 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이므로, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다(대법원 1983.6.14. 선고 81누416 판결, 같은 뜻임).

또한,

「부가가치세법」제8조

제1항에서의 사업자등록의무는 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자에게 있을 뿐 면세사업자는 사업자등록의무가 없으므로, 여기서 말하는 사업자등록이란 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자의 사업자등록만을 의미한다고 봄이 타당한바, 사업자가 과세 또는 면세 사업을 영위하였는지 여부를 불문하고 면세사업자로 등록한 경우에는 위와 같은 규정의 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간에 발생한 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호의 사업자등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다고 하겠다(조심 2021중673, 2021.8.26., 대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결, 같은 뜻임).

(나) 살피건대, 청구인은 쟁점오피스텔을 면세대상으로 신뢰하였다거나 조세심판원의 결정을 신뢰하여 면세사업자로 사업자등록을 하였다면서 과세사업자로 등록하기 전의 쟁점매입세액의 공제를 인정하여 달라고 주장하나, 청구인은 2016.5.16. 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 신청하였을 뿐이어서 이를

「부가가치세법」제8조

제1항에 따른 사업자등록을 하였다고 볼 수는 없으므로, 쟁점매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호의 공제하지 아니하는 사업자등록 전 매입세액에 해당하는 점, 조세심판관합동회의의 결정(조심 2017서991, 2017.12.20.)은 가산세 감면과 관련된 정당한 사유의 유무에 관한 것으로서 등록전 매입세액의 공제 여부가 쟁점인 이 건과는 그 사안이 달라 원용하기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법(2017.12.19, 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2)

부가가치세법 제8조

[사업자등록] ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

(3) 조세특례제한법(2018.12.24, 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제106조[부가가치세의 면제 등] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(4) 주택법(2017.12.26, 법률 제15309호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

4. "준주택"이란 주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설 등을 말하며, 그 범위와 종류는 대통령령으로 정한다.

6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(

「수도권정비계획법」제2조

제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

(5) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13, 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것) 제51조의2[자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례] ③ 법 제55조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

제106조[부가가치세 면제 등] ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

(6)

주택법 시행령 제4조

[준주택의 종류와 범위] 법 제2조 제4호에 따른 준주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

4. 「건축법 시행령」별표 1 제14호 나목 2)에 따른 오피스텔

(7) 건축법 시행령

[별표1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)