조심 2019중2247 (2020.09.08)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 종교단체 OOO(이하 “종단”이라 한다)로부터 기본금을 출자받아 의료사업을 영위하는 의료재단으로 OOO종합의료시설인 OOO(이하 “쟁점병원”이라 한다)을 추가로 개원하기 위하여 OOO일원의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 1995년 1월부터 쟁점병원 신축공사를 시작하였으나, 1995년 12월 위 종단의 교주 OOO사망하여 종단의 대표자(종무원장) 권한에 대한 소송이 진행 중이어서 OOO예치되어 있는 건설자금의 집행이 법적으로 불가능하다는 이유로 2004년 7월에 공사가 중단되었다. 나. 청구법인은 2019.1.2. 그 동안 쟁점토지에 대한 재산세 및 종합부동산세(이하 “쟁점제세공과금”이라 한다)와 전기요금 등의 경비를 비용으로 처리하지 않고 “건설중인 자산”의 과목으로 잘못 회계처리한 것으로 보아 그 중 경정청구기한이 도과하지 않은 2013∼2016사업연도에 지출한 쟁점제세공과금과 전기요금 등의 경비를 손금에 산입하여 이월결손금을 증액 및 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였고, 처분청은 2019.3.5. 이 중 도시계획시설사업 실시계획 변경 인가를 받은 2016사업연도의 쟁점제세공과금에 대해서만 경정청구를 받아들여 경정하고 그 외 2013~2015사업연도(이하 “쟁점기간”이라 한다)의 쟁점제세공과금 및 전기요금 등의 경비에 대해서는 경정을 거부하였다. 다. 청구법인은 이 중 쟁점기간의 쟁점제세공과금에 대한 거부처분에 불복하여 2019.5.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 출자자 관련 소송으로 인하여 쟁점병원 신축공사자금의 집행이 불가능했던 상황이 공사가 중단된 부득이한 사유에 해당한다. (가) 청구법인의 출자자인 종단의 대표지위에 관한 소송으로 인하여 공사자금이 예치되어 있는 OOO예금 인출이 법적으로 불가능한 상황이었고 비영리의료재단의 특성상 여타의 방법으로 거액의 공사자금을 융통할 다른 방법이 없으므로 이는 명백히 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외되는 부득이한 사유에 해당한다. (나) 종단의 추가 출자를 재원으로 계획한 공사가 종단측의 소송문제로 자금융통이 불가하여 중단된 것은 법적으로 별도 법인인 청구법인의 입장에서 내부적인 사유에 해당하지 않으며 어떠한 방식으로도 통제가 불가능한 사안에 해당한다. (다) 공사중단 사유가 법령과는 무관한 경기침체 및 미분양에 따른 재무구조 악화방지인 경우에도 ‘부득이한 사유’로 판단한 심판결정례가 있다(국심 98서3127, 1999.6.3.). (2) 재산세 부과내용은 비사업용 토지 여부를 판단하는 근거로 삼을 수 없다. (가) 이 건에 있어 쟁점토지가 재산세 비과세 및 별도합산대상으로 열거된 토지인지 여부는 쟁점토지가 비사업용 토지인지 여부를 판단하는 것과 전혀 무관하다( 「지방세법」제109조 ). (나) 「지방세법」제106조 에서 공장부지 등은 공사 중인 경우에도 해당 사업의 고유업무에 활용 중인 토지로 보아 분리과세대상으로 구분하고 있다. 다만, 공사중지기간이 6개월 이상인 경우 업무에 직접적으로 사용하는 토지로 보지 않으므로 분리과세대상에서 제외하고 종합합산토지로 구분하여 재산세를 부과하도록 규정하고 있다. 그러나「지방세법」상 분리과세대상 토지라고 하여 해당 토지가 법인의 업무와 관련 없는 비사업용 토지라고 간주할 근거는 없다. (다) 쟁점토지가 공사중단으로 인하여 의료시설이 준공되지 않아 의료업에 직접적으로 사용하지 못하므로 종합합산토지로 재산세를 부과받은 것은 사실이다. 그러나 해당 토지를 의료시설의 건설을 위하여 매입·보유 중이라는 사실까지 부정할 근거는 되지 못하며 의료법인이 의료시설건설을 위하여 취득하고 상당부분(외관골조공사는 완료되었음) 공사가 진행된 상태에서 부득이한 사유로 공사중단 중인 토지는 사업용 부동산에 해당한다. (3) 처분청이 쟁점토지에 대한 실시계획변경인가 시점부터 사업용 토지로 판단할 근거가 없다. (가) 청구법인은 1993년 최초로 도시계획시설 실시계획 인가를 받은 이래로 최소 5회 이상 수차례 준공기한을 연장하는 내용의 변경인가를 받아왔다. 쟁점토지에 대해서는 앞으로도 추가 변경인가를 받을 가능성이 매우 높으며(현재시점에서 볼 때), 마지막 인가시점부터 사업용 토지에 해당한다고 판단할 근거가 없다. (나) 쟁점토지가 소재한 경기도 동두천시의 의회와 주민들도 지역경제활성화 및 의료복지를 위하여 쟁점병원의 개원을 소망하고 있기에 장기간의 공사 중단에도 불구하고 인허가를 취소하지 않고 수차례 준공기간을 연장하는 변경인가를 한 것이다. (다) 청구법인 역시 언제라도 공사를 원활하고 효율적으로 재개할 수 있도록 공사중단 기간 내내 상당한 비용(매월 OOO상당)을 감수하고 건축사사무소를 통해 상주인원을 배치하여 상시 감리체제를 유지해 왔고, 실시계획변경인가 시점과 무관하게 그 동안 지속적으로 시의회 및 시민단체들과 꾸준히 교섭하며 해결방안을 모색해 왔다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 제출한 당초 경정청구서의 공사중단 사유는 종단 내부의 대립으로 인한 것이었으나, 심판청구서에는 종단 명의의 예금통장에 있는 건설자금이 종단 대표자확인 소송 등으로 인출이 불가하여 청구법인의 입장에서는 통제 불가능한 부득이한 사유로 인한 것이라고 주장한다. 그러나 건설자금의 인출이 불가한 이유는 법령에 의한 건축의 금지나 제한 등과 같이 외부적인 사유에 의한 것이 아니라, 사실상의 제약에 의한 것이고, 대표자확인 소송 등을 야기한 원인도 여전히 종단 내부사정에 의한 것이다. 따라서 종단의 분열에 의하여 건설자금의 융통이 불가한 것을 법인이 ‘정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 부득이 건축공사를 중단할 수밖에 없게 된 경우’라고 볼 수 없다. (2) 처분청이 쟁점토지에 대하여 도시계획시설변경 인가를 받은 2016사업연도부터 사업용 토지로 보아 관련 제세공과금을 손금으로 인정한 이유는 단순히 사업재개의 의지가 있다고 보아 인정한 것이 아니라, 청구법인이 쟁점토지를 사업용으로 재사용하기 위하여 십수년간 중단되어 있던 공사를 재개하면서 그 건설공사에 착공한 시점을 도시계획시설변경 인가를 받은 2016사업연도로 보았기 때문이다. (3) 따라서 쟁점기간의 쟁점토지는 ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지’에 해당하지 않으므로 사업이 재개된 2016사업연도의 쟁점제세공과금만 인정(OOO환급)하고 나머지 경정청구는 거부한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점기간에 지급한 쟁점제세공과금을 손금으로 인정할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나. 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지 ③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다. 1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조 의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다. 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산.(단서 생략) ③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. 제19조(손비의 범위) 법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 10. 제세공과금 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다. 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간 2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간 3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년(괄호 생략) 2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 : 취득일부터 5년 3. 제1호 및 제2호 외의 부동산 : 취득일부터 2년 ② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 "법인의 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다. 1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무 2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무 ③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다. 1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다. 2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. 5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 심리자료 등에는 아래 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2013∼2016사업연도에 지출한 쟁점제세공과금과 경비 일부를 건설중인 자산의 과목으로 잘못 회계처리한 것으로 보아 이를 손금에 산입하여 이월결손금을 증액 및 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였는바, 이 중 쟁점제세공과금에 대한 처분청의 검토내용은 아래와 같다. (단위 : 백만원) (나) 청구법인은 쟁점토지에 1995년 1월부터 쟁점병원 신축공사에 착수하였으나 1995년 12월 종단의 교주 OOO사망함에 따라 종단의 대표자(종무원장) 권한에 대한 소송이 진행 중인 이유로 OOO예치되어 있는 건설자금의 집행이 어렵다는 이유로 2004년 7월에 공사가 중단되었다(골조 및 외벽공사는 완료, 내부공사 공정률 30%). (다) 처분청이 위와 같이 도시계획시설사업 실시계획 변경 인가를 받은 2016사업연도의 쟁점제세공과금만 손금에 산입한 이유는 청구법인이 쟁점토지를 사업용으로 재사용하기 위하여 십수년간 중단되어 있던 공사를 재개하면서 그 건설공사에 착공한 시점을 도시계획시설변경 인가를 받은 2016사업연도로 보았기 때문인 것으로 나타난다. (라) 쟁점병원 신축공사는 2016.7.6. 쟁점토지의 도시계획시설사업 변경인가를 받을 때까지 건설이 중단된 상태였으나, 청구법인은 위 변경인가를 받은 후 사업재개를 위한 연석회의를 개최하고 쟁점병원 사업추진 실무위원회를 구성하여 사업을 추진하였다. (마) 쟁점토지는 공사가 중단된 기간 동안(2004~2015년) 지방세 과세내역이 종합합산토지로 과세되었는바, 비사업용 토지에서 제외되는 ‘재산세가 비과세되거나 면제되는 토지’ 또는 ‘재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지’에 해당하지 않는다. (2) 청구법인은 쟁점병원 관련 현황, 쟁점병원의 건축허가신청서 및 허가서(당초 허가일자 : 1994.9.2.), 도시계획시설(변경) 인가서(최초 1993.12.8., 1995.12.4., 1997.1.6.3, 2009.6.18., 2016.7.6., OOO수차례 준공기간을 연장하여 인가), 감리비 지출내역, OOO대한 종단의 예금지급 요청 공문, 이에 대한 OOO답변공문 등을 제출하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점병원의 신축공사가 종단 대표자(종무원장) 권한 소송에 따른 건설자금의 집행 불가능으로 인하여 중단되었는바, 이는 정당한 사유로 인한 공사중단이므로 쟁점토지와 관련된 쟁점제세공과금은 손금으로 인정하여야 한다고 주장한다. 그러나, 「법인세법 시행규칙」제26조 제3항 제1호에서는 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 보되, 다만 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한 판례에서는 건축공사에 착공하였다가 공사가 중단된 경우 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 대상이 되는(또는 취득세가 중과되는) 법인의 비업무용 부동산인지의 여부를 판단하는 기준으로서의 ‘공사중단에 대한 정당한 사유’라 함은 법령에 의한 건축의 금지나 제한 등과 같이 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 법인의 내부적인 사유의 경우에는 법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 부득이 건축공사를 중단할 수밖에 없게 된 경우에 한한다고 보고 있는바(대법원 2002.12.6. 선고 2002두8398 판결, 대법원 2003.2.28. 선고 2001두8483 판결, 같은 뜻임), 업무무관부동산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등을 부인하기 위하여 업무무관부동산인지의 여부를 판단하는 기준으로서의 ‘공사중단에 대한 정당한 사유’도 이와 다르지 않다고 할 것이다. 따라서 법인 종단의 대표자(종무원장) 권한에 대한 소송으로 인하여 건설자금의 집행이 불가능하게 됨에 따라 공사가 중단된 것은 동 건설자금의 집행권한을 가진 것으로 보이는 종단의 내부적인 사유에 의한 것으로서 종단과는 별개의 독자적인 법인격을 가진 청구법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 부득이 건축공사를 중단할 수밖에 없게 된 경우 등 정당한 사유로 인하여 공사가 중단되었다고 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.