조심 2023서9819 (2024.03.05)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 동작구 신대방동OOO 다가구주택 대지 OOO㎡, 연면적 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 611/1,000 지분(이하 “쟁점지분주택”이라 한다)을 서울고등법원의 판결(2020.10.13. 선고OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)에 따라 2020.12.3. AㆍBㆍCㆍDㆍE(이하 “매수자들”이라 한다)에게 소유권이전등기를 하였다.

나. 이후 청구법인은 처분청의 2015사업연도 법인세 해명자료 안내문을 받은 후 2022.12.29. 2015사업연도 수입금액 OOO원, 당기매입원가 OOO원, 매출총이익 OOO원의 100분의 50인 OOO원을 고유목적사업준비금전입액(이하 “쟁점 고유목적사업준비금전입액”이라 한다)으로 하여 2015사업연도 법인세 OOO원 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 기한 후 신고하였다.

다. 처분청은 청구법인이 OOO원으로 수입금액을 신고하였으나, 소유권이전등기 판결문에 적시된 매매계약서상 각 호수의 분양대금과 매수자들이 직접 지출한 건축비용의 합계인 OOO원을 수입금액으로, 청구법인의 기한후 신고에 대하여 ① 쟁점 고유목적사업준비금전입액은

「법인세법 시행령」제56조

제9항에 따라 쟁점주택의 양도일이 속하는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 법인세 과세표준을 신고하지 않았다 하여 부인하고, ② 쟁점지분주택을 신축하기 위한 구(舊) 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 철거비 OOO원은 철거일이 속하는 2014사업연도의 손금으로 산입하여야 함에도 2015사업연도에 손금산입하였다 하여 손금불산입하였으며, ③ 납부지연가산세의 기산일과 관련하여 청구법인과 매수자들 간의 쟁송이

「국세기본법」제48조

제1항 제2호에서 규정한 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우’에 해당하지 않는 것으로 보아 그 기산일을 2016.4.1.로 하는 등하여, 2023.3.10. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원(납부지연가산세 OOO원, 무신고가산세 등 OOO원 포함) 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원(납부지연가산세 OOO원, 무신고가산세 OOO원 포함)을 결정ㆍ고지하고, OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.24. 이의신청을 거쳐 2023.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점지분주택을 양도할 계획이 없었으므로 서울특별시 동작구 OOO에 사업장을 둔 F공인중개사사무소 G의 중개로 2015.5.6. 401호 E, 2015.5.15. 202호 B 및 302호 H(D의 처) 3명과 전세계약을 체결하였고, 2015.3.16. 201호 A 및 2015.5.4. 301호 C은 공인중개사를 통하지 않고 청구법인과 직접 전세계약을 체결하였다.

(가) 매수자들이 2015.7.5.자 허위로 작성한 ‘부동산 매매 및 공유 계약서’(이하 “쟁점매매계약서”라 한다)를 근거로 2018.11.26. 청구법인을 상대로 쟁점지분주택의 소유권이전등기 소송을 제기하여 2020.10.13. 서울고등법원은 쟁점매매계약서상에 청구법인의 직인과 임차인들의 도장이 날인되었고, 청구법인의 직인이 청구법인의 의사에 반하여 날인된 것임을 입증하지 못한다고 하여 청구법인이 매수자들에게 2015.7.5.자 매매를 원인으로 한 지분이전등기절차를 이행하라는 쟁점판결을 하였다. 청구법인과 매수자들은 쟁점매매계약서의 진위에 대하여 2018.11.26.부터 다투었으나 2020.10.13. 서울고등법원의 쟁점판결이 있었고, 청구법인이 상고를 포기하여 쟁송은 종결되었다. 매수자들 중 AㆍBㆍE은 쟁점매매계약서 작성 당시 청구법인에서 중추적인 역할을 하던 당회원으로서 청구법인의 직인과 담임목사 개인 도장을 쉽게 접할 수 있는 점을 악용하여 청구법인의 의사와는 상관없이 마치 청구법인과 매수자들 간에 2015.7.5.자로 매매계약이 체결된 것처럼 매수자들이 공모하여 쟁점매매계약서를 허위로 작성하였다.

(나) 청구법인은 2015.7.19.자 ‘당회 결의록’과 같이 교회 전용주차장 부지로 사용하기 위하여 교회부지와 연접한 서울특별시 동작구 OOO 소재 대지 OOO㎡ 소유주 I과 매매계약을 체결하였고, 매수대금 OOO원은 쟁점지분주택의 양도일과 같은 달인 2015.7.21 청구법인의 계좌(OOO은행)에서 매도자 I에게 송금하였다. 고유목적사업비로 지출한 소득은 쟁점지분주택을 양도하고 가득한 것으로

「법인세법」제29조

제1항 제2호에서 규정한 ‘그 밖의 수익사업에서 발생한 소득’으로서 비영리 내국법인의 이자소득에 대한 신고 특례를 규정한

「법인세법 시행령」제99조

제2항을 적용받는 이자소득이 아니다. 청구법인은 재단법인 J에 소속된 단체이고

「법인세법 시행령」제56조

제1항 제1호 및 제39조 제1항 제1호 마목에서 규정한 비영리법인에 해당한다.

(다) 처분청은 이의신청 기각 사유로 ① “고유목적사업준비금을 결산조정으로 정한 사유는 법인이 내부거래에 의하여 발생하는 손금은 법인의 최종 의사결정 기관에서 승인하여야만 손금으로 인정하기 위함인데, (중략) 처분청은 청구법인에게 의사결정에 대한 보고 및 승인사항에 대해 수차례 자료를 요청하였으나 청구법인은 제출하지 않았다”고 하나, 청구법인은 이의신청서에 이미 교회 전용주차장 취득을 위한 청구법인의 2015.7.19.자 당회 결의록과 토지매매계약서를 첨부하여 제출한바 있다. 또한 처분청은 ‘기한 후 신고는 정기신고와 동일하게 결산이 이루어졌다고 볼 수 없으므로 정기신고를 하였을 때 장부상 고유목적사업준비금을 계상할 수 있다’하여 기각하였으나, 어떤 사유로 기한 후 신고가 정기신고와 동일하게 결산이 이루어졌다고 볼 수 없는지 구체적인 근거 없이 청구주장을 배척하는 것은 근거과세 원칙에 반하여 부당하다.

(라) 고유목적사업준비금을 손금으로 인정하는 법적 취지는 국가 세수확보에 희생이 된다 할지라도 사회적· 문화적 및 교육적으로 보아 비영리법인으로 하여금 고유목적사업을 추진하도록 하는 것이 오히려 국가발전에 도움이 된다는 취지에서 마련된 제도이다.

1)

「법인세법」제29조

(고유목적사업준비금의 손금산입) 제2항 후단(2018.12.24. 개정 전)에서 ‘이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다’라고 규정하고 있다. 고유목적사업준비금 설정액이 없는 비영리법인이 직접 지출한 금액은 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 지출한 것으로 본다(OOO, 1996.2.16.)고 해석하였다.

2) ‘비영리내국법인이

「법인세법」제29조

제1항에 따른 고유목적사업준비금을 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 해당 법인의 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에는 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에서 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 즉시 사용한 것으로 보아 이를 손금에 산입할 수 있다’고 결정(조심 2015서572, 2015.3.23.)하였다.

3) 청구법인은 쟁점지분주택의 양도일이 속하는 2015사업연도에 수익사업에서 발생한 소득을 청구법인의 당회 결의에 따라 청구법인의 교인 전용 주차장용지 취득자금으로 고유목적사업비를 직접 지출한 사실이 토지매매계약서와 금융증빙서류에 의하여 확인된다. 이와 같이 설령 쟁점지분주택의 양도일이 속하는 사업연도에 고유목적사업준비금 설정액이 없다고 하더라도 고유목적사업비로 직접 지출한 금액은 고유목적사업준비금으로 계상하여 지출한 것으로 보아 손금산입하여야 함에도, 처분청은 오로지

「법인세법 시행령」제56조

제9항을 들어 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하지 않았다 하여 고유목적사업비 지출액을 손금불산입하는 것은

「법인세법」제29조

제2항(2018.12.24. 개정 전)과 심판례 및 유권해석에도 반하므로 위법ㆍ부당하다.

(2) 청구법인은 쟁점건물을 철거하기 위하여 철거업체인 ㈜K과 도급금액 OOO원의 폐기물처리 공사계약을 체결하고 청구법인의 통장에서 2014.7.4. OOO원, 2014.7.9. OOO원, 2018.8.11. OOO원, 2014.8.14. OOO원 합계 OOO원을 ㈜K에게 송금하였다. 쟁점건물을 철거하여야 쟁점부동산을 신축할 수 있고, 쟁점건물 철거비 OOO원은 쟁점지분주택 매매수익과 직접 관련된 공사원가로서 쟁점건물 철거 후 터파기 공사에 이어 골조공사 및 내부 마감공사 등을 통하여 2015.3.23. 쟁점부동산에 대한 사용승인을 받았다.

(가) (세법의 기본통칙과 집행기준의 한계) 대법원은 “국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 할 것이며, 또한 국세징수법 기본통칙 제3-11-1…(81)규정이 오랫동안 시행되어 왔다는 사정만으로 법규적 효력을 인정할 수도 없다.”라고 판시하여(대법원 1992.12.22. 선고 92누7580 판결) 세법이 아닌 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준에 불과하여 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아님을 밝히고 있다.

(나) (조세법률주의 위배) 쟁점지분주택을 신축하기 위한 쟁점건물 철거비는 청구법인의 사업과 관련하여 발생한 필수적인 비용으로서 수익과 직접 관련된 공사원가이고,

「법인세법」제19조

제2항에서 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있음에도 법인세법 기본통칙 23-31-2 제5호를 들어 철거일이 속하는 2014사업연도의 손금으로 산입하여야 한다는 처분청의 의견은

「법인세법」제19조

제2항과 대법원의 판례(대법원 1992.12.22. 선고 92누7580 판결)에 비추어 보더라도 조세법률주의를 위배하여 부당하다.

(다) (수익비용대응의 원칙 위배) 쟁점건물의 철거비는 철거완료일이 속하는 2014사업연도의 손금에 산입하여야 한다는 처분청의 의견은 쟁점건물 철거일이 속하는 2014사업연도에는 철거비에 대응하는 익금이 발생할 수 없고, 2014사업연도에 다른 수익이 없는 청구법인의 경우 실제 공사원가를 지출하였음에도 영원히 손금으로 인정받을 수 없는 불합리한 결과를 초래하므로 부당하고, 쟁점건물의 철거비는 쟁점지분주택 익금과 대응하는 손금임에도 2014사업연도에 쟁점지분주택 외 청구법인의 다른 소득에서 손금으로 인정받아야 한다는 처분청의 의견은 수익비용대응의 원칙에도 위배되어 부당하다.

(3) 처분청의 이의신청 결정서에는 “이 건의 경우 소유권이전등기 판결을 청구법인이 인정하였으므로 더 이상 매매가 아니라고 다툴 수 없으므로 납부지연가산세를 감면할 근거사유는 없는 것으로 판단된다”라고 적시하였으나, 청구법인은 상고심은 법률심이므로 상고하더라도 승소 확률이 떨어질 것으로 보아 어쩔 수 없이 상고를 포기하고, 쟁점판결에 따라 매수자들에게 매매를 원인으로 한 지분이전등기절차를 이행한 것일 뿐, 청구법인이 매수자들과 체결한 쟁점지분주택의 전세계약은 사실이므로 청구법인이 쟁점지분주택을 매수자들에게 매매하였다고 청구법인 스스로 인정한 사실이 전혀 없으며, 매수자들의 잘못된 행동으로 말미암아 청구법인은 지금까지 물심양면으로 엄청한 피해를 감내하고 있다.

「국세기본법」제48조

제1항 제2호에서 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있고, 유권해석에서도 “정당한 사유란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우를 말하는 것(서면법령해석기본 2018-422, 2018.4.9.)”이라고 해석하였는바, 청구법인과 매수자들이 쟁점매매계약서의 진위에 대하여 쟁송 중에 있던 기간은 매매가 확정된 시기가 아니므로 “그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있어 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우”에 해당하므로

「국세기본법」제48조

제1항 제2호에서 규정한 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우”에 해당함에도 처분청이 납부지연일수 기산일을 2020.10.14.로 하지 않고 2016.4.1.로 한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 고유목적사업준비금의 손금산입 절차는 결산조정이 원칙이고, 예외적으로 외부회계감사 대상 비영리 내국법인은 잉여금처분에 의한 신고조정이 가능하다(

「법인세법」제29조

제2항). 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 설정하여 이를 손금으로 계상하는 경우에는 일정한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 미리 손금으로 인정하되, 이 때 고유목적사업에 대한 지출 그 자체를 손금으로 인정하는 것이 아니라 그 재원이 되는 고유목적사업준비금의 설정을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로, 비영리내국법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하더라도 그 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다(대법원 2013.11.28. 2013두15996 판결, 서울행정법원 2015.11.6. 선고 2015구합55288 판결).

(가) 기획재정부 공익법인회계기준 실무지침도 고유목적사업준비금전입액과 고유목적사업준비금을 각각 비용과 부채로 인식할 수 있도록 고유목적사업준비금을 설정하고, 공익목적 사업부문으로 전출한 후 전입받은 고유목적사업준비금을 사용하도록 규정하였다. 비영리법인은 고유목적사업뿐만 아니라 고유목적사업의 원활한 유지를 위하여 부동산 임대사업 등 수익사업을 영위하는 경우가 일반적이라 할 것이다. 이 경우 비영리법인은 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 이때 수익과 비용에 관한 경리뿐만 아니라 자산과 부채에 관한 경리를 포함하여 수익사업과 비수익사업으로 구분하여 기록하여야 한다(

「법인세법」제113조

제1항, 기본통칙 113-156···1).

(나) 청구법인은 외부회계감사 대상 비영리 내국법인이 아니고, 수익사업과 비수익사업을 구분경리하지 않았으며, 교회 총회 소집통지서와 당회 회의록 등 고유목적사업준비금 설정과 관련한 서류를 제출하지 않았다. 고유목적사업준비금을 결산조정으로 정한 사유는 법인이 내부거래에 의하여 발생하는 손금은 법인의 최종적인 의사결정기관에서 승인하여야만 손금으로 인정하기 위함인데, 청구법인의 정관을 보면 재정에 관한 예산ㆍ결산은 모두 제직회에 보고하여야 한다. 처분청은 청구법인에게 의사결정에 대한 보고 및 승인사항에 대해 수차례 자료를 요청하였으나 청구법인은 제출하지 않았다.

(다) 청구법인은 쟁점지분주택 신축 관련 지출내역을 엑셀자료로 정리하여 제출하였는데, 법인통장 입출금과 관련하여 기장을 하지 않았고, 비용에 대하여 단순 부기한 엑셀자료를 소명자료로 제출하였으며, 2018년, 2019년, 2021년 지출한 소송비용을 2015사업연도 부동산 취득원가에 포함하는 등 청구법인은 결산을 하였다고 볼 수가 없고, 2022.12.29.에 단순히 2015사업연도 법인세 기한 후 신고서와 고유목적사업준비금명세서를 제출하였다고 하여 손금으로 인정할 수 없다. 고유목적사업준비금을 손금에 산입하려면

「법인세법」제60조

의 규정에 의한 신고(정기신고)를 하여야 하는데, 청구법인은

「국세기본법」제45조의3

의 규정에 의한 기한 후 신고(무신고)를 하였다. 또한, 고유목적사업준비금 손금산입은 결산조정 사항이므로 실수로 고유목적사업준비금 손금산입을 누락하여 정기신고를 한 납세자는 수정신고와 경정청구가 되지 않기에, 기한 후 신고에 의한 고유목적사업준비금 손금산입이 가능하다면 양자 간 불형평 문제가 발생한다.

(2) 청구법인은 서울특별시 동작구 OOO 소재에서 OOO을 2006.12.5.부터 2013.2.28.까지 운영하다가 폐업하였다. 청구법인이 취득하여 상당기간 사용한 후 쟁점건물을 철거하였으므로 쟁점건물의 장부가액과 철거비용은 법인세법 기본통칙 23-31…2에 따라 수익적 지출에 해당한다. 자본적 지출에 해당하는 금액은 취득가액에 가산하여 감가상각 과정을 통해 손금에 산입하고, 수익적 지출에 해당하는 금액은 취득가액에 가산하지 아니하고 바로 손금으로 인정된다. 따라서, 쟁점건물의 세무상 장부가액과 철거비용은 자산의 철거완료일이 속하는 사업연도인 2014년도에 손금산입하여야 한다. 청구법인은 2014사업연도 법인세를 무신고하였고, 국세부과의 제척기간이 경과된 사업연도의 결손금은 증액 또는 감액할 수 없으므로(질의회신 법인세과-378) 쟁점건물의 철거비용을 손금으로 인정할 수 없다.

(3) 청구법인은 2015.7. 매수자들과 쟁점매매계약서를 체결하였고, 법원은 쟁점판결을 하였다. 청구법인은 쟁점지분주택을 소유하고 있으므로 주택에 대한 재산세를 납부하여야 한다. 그런데, 사회통념상 청구법인의 재산세를 소송당사자인 매수자들이 부담할 이유가 없음에도 재산세를 지분비율에 따라 분담하였으므로 당시 청구법인이 해당거래를 임대차라고 생각하였다는 주장에 신빙성이 없고, 납세의무 성립을 인지하고 있었다고 보인다. 또한, 2021.5.25. 서울특별시 동작구청에서 쟁점지분주택의 2015.7.5.자 매매계약과 관련하여 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」제10조(장기미등기자에 대한 벌칙 등)를 위반(취득 후 3년 이내 소유권이전 등기를 신청하지 아니함)한 사실을 확인하여 매수자들에 대하여 같은 법 제5조에 의거 과징금을 부과하였다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 무지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2014.3.13. 선고 2012두7370 판결, 서울행정법원 2015.11.6. 선고 2015구합55288 판결). 판례가 인정하는 정당한 사유는 신고기한까지 수입금액이 확정되지 아니하여서 신고자체가 불가능했던 경우, 신고기한까지 과세대상의 존부 자체에 대한 소송이 진행 중이거나 하여 이를 과세대상으로 확정시킬 수 없는 부득이한 사유 등이다. 결론적으로, 사실관계에 따라 판단하더라도, 해당거래가 임대차라고 본 것에 대한 타당한 근거가 부족하고, 법령에서 법정 신고납부기한에 대한 예외규정도 존재하지 않으며, 법령에서 열거하고 있는 ‘납부가 납부기한까지 불가능하다고 인정되는 타당한 사유’에도 해당하지 않아, 청구법인의 사유는 판례가 인정한 그 의무해태를 탓할 수 없는 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점 고유목적사업준비금전입액을 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점건물의 철거비를 2015사업연도에 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점판결 익일(2020.10.14.)을 납부지연가산세 기산일로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제22조【납세의무의 확정】① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

2. 법인세

제47조의4【납부지연가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납부고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3(국세를 납부고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다)

제45조의3【기한 후 신고】① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령

제28조【가산세의 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시·군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3.

소득세법 시행령 제118조의5

제1항에 따라 실손의료보험금을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우

(3) 법인세법

제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

⑤ 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니하는 경우 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 제4조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

제64조【납부】① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(4) 법인세법 시행령

제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(5) 공익법인 회계기준 실무지침서

「법인세법」제29조

에서는 고유목적사업이나 지정기부금에 사용하기 위해 고유목적사업준비금을 비용으로 계상한 경우 손금에 산입할 수 있도록 하고 있다. 회계적 관점에서 원칙적으로 고유목적사업준비금전입액 및 고유목적사업준비금을 비용과 부채로 인정하기에는 어려운 측면이 있다. 그러나 공익법인회계기준은 실무적 관행을 고려하여 고유목적사업준비금전입액과 고유목적사업준비금을 각각 비용과 부채로 인식할 수 있도록 규정하였다. 고유목적사업준비금을 부채로 인식할 경우 고유목적사업준비금전입액(당기 비용)을 계상하면서 상대계정으로 고유목적사업준비금(부채)을 인식한다. 고유목적사업준비금은 유동부채, 비유동부채로 구분하지 않고 별도로 표시해야 한다.

(6) 일반기업회계기준 제10장 유형자산(문단 10.13, 단서)

건물을 신축하기 위하여 사용중인 기존 건물을 철거하는 경우 그 건물의 장부금액은 제거하여 처분손실로 반영하고, 철거비용은 전액 당기비용으로 처리한다. 다만, 새 건물을 신축하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 기존 건물의 철거 관련 비용에서 철거된 건물의 부산물을 판매하여 수취한 금액을 차감한 금액은 토지의 취득원가에 포함된다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다.

(가) (쟁점지분주택 매도사실 관련) 청구법인의 쟁점지분주택 관련 소송 당사자인 매수자들과의 1·2심 판결문의 주요내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 쟁점건물에서 어린이집을 운영하다가, 지상에 쟁점 지분주택을 신축하여 교역자 사택으로 이용하면서 일부는 교인들에게 분양하기로 하였다. 청구법인은 교인들로 구성된 쟁점지분주택 신축을 위한 건축위원회를 구성하였는데, 청구법인 건축위원회는 2015.1.18. ‘건축 관련 세무 및 등기분야 중요사항 사전검토 결과 보고’라는 제목으로 보고서를 냈다.

2) 그 보고서에는 쟁점지분주택을 신축하여 분양할 경우 발생할 수 있는 세금 등 문제를 검토하고, 대안으로서 표면상 「주택임대차보호법」에 따른 임대차계약을 체결하고, 이면상으로는 소유권 관련 내부계약을 체결 병행을 추진하기로 하는 내용이 담겨 있었다.

3) 매수자들과 청구법인은 2015.3.경부터 2015.5.경 사이에 임대차계약을 체결하였고, 2015.7.5. 매매계약을 체결하였다. 매수자들은 OOO 매매계약 체결 후 매매계약에 따라 쟁점지분주택의 각 세대별로 직접 지출하기로 한 건축비를 지출하여 쟁점지분주택을 완성하였고, 매매계약에 따른 분양대금을 청구법인에게 이체하는 방법으로 지급하였다.

4) 매수자들은 아래 ＜표2＞와 같이 매매계약에 따른 쟁점지분주택의 각 호수에 입주하였고, 쟁점지분주택에 대해 부과된 재산세를 각 매수자들 지분비율에 따라 2015년 7월경부터 2018년 9월경까지 분담하여 납부하였다.

＜표2＞ 매수자들의 전입일자 및 재산세분담

(단위 : 천원)

5) 매수자들은 청구법인의 대표자이자 목사인 L 등과 사이에 갈등이 생기면서 2018.10.10. 청구법인에게 내용증명 우편으로 ‘매수자들이 청구법인으로부터 쟁점지분주택 중 일부인 위 각 호수의 지분을 매수했으므로, 청구법인은 매수자들에게 해당 주택 부분에 관한 지분이전등기를 해달라’고 요구하였다. 이에 대하여 청구법인은 2018.10.23. 매수자들에게 ‘청구법인은 매수자들에게 다가구주택을 매도한 바 없고, 해당 부동산을 임대하였을 뿐이므로, 매수자들에게 지분이전등기를 할 의무가 없다’고 회신하였다.

6) 청구법인은 청구법인 소유의 쟁점지분주택의 대지 OOO㎡, 연면적 OOO㎡의 611/1000 지분을 쟁점판결에 따라 2020.12.3. 매수자들에게 등기 이전하였다.

(나) (고유목적사업비 지출 관련) 청구법인은 당회 결의에 따라 교인들의 주차불편 완화를 위해 주차장을 I으로부터 매수하였고, 그 취득자금은 매수자들에게서 받은 OOO원이 입금된 청구법인의 OOO은행 계좌 OOO에서 2015.7.21. 주차장 부지 대금 OOO원을 매도자 I에게 송금하였다. 처분청은 청구법인에게 고유목적사업준비금을 설정한 근거서류 등의 제출을 요청하였으나 청구법인은 제출하지 않았다.

(다) (쟁점건물 철거비용 관련) 청구법인은 철거비 지출 관련 증빙을 제출하였고, OOO은행 OOO 계좌에서 각 출금 날짜에 맞는 철거비 관련 출금내역을 제출하였다.

(라) (납부지연가산세 관련) 청구법인은 2015사업연도 법인세 기한후 신고(2022.12.29.)시 납부지연가산세 납부지연일수의 기산일을 정기신고기한의 익일인 2016.4.1.로 계산하여 가산세를 신고·납부한 것으로 확인된다. 청구법인은 가산세 기산일을 소유권이전등기 판결일인 2020.10.13.의 익일인 2020.10.14.로 계산하여야 한다는 주장이나, 2021.5.25. 서울특별시 동작구청에서 쟁점지분주택의 2015.7.5.자 매매계약과 관련하여 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」제10조(장기미등기자에 대한 벌칙 등)를 위반(취득 후 3년 이내 소유권이전 등기를 신청하지 아니함)한 사실이 확인되어 매수자들에 대하여 같은 법 제5조에 의거 과징금을 부과하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점 고유목적사업준비금을 당해 사업연도에 지출하였으므로 2015사업연도의 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나,

「법인세법」제29조

(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) 제1항에서 비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(고유목적사업 등)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액을 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 같은 법 제113조(구분경리) 제1항에서 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있는데, 청구법인은 쟁점지분주택의 신축과 관련한 지출내역을 엑셀자료로 정리하여 처분청에 제출 시 청구법인 계좌의 입ㆍ출금과 관련하여 기장을 한 자료가 없고, 지출한 비용에 대하여도 단순 부기한 엑셀자료를 소명자료로 제출하였으며, 2018ㆍ2019ㆍ2021사업연도에 지출한 소송비용도 2015사업연도의 쟁점부동산 취득원가에 포함하여 구분 기장되지 아니한 점, 2015사업연도 법인세에 대해 해명자료 안내문을 수령하고 기한 후 신고 당시 처분청이 고유목적사업준비금을 설정한 근거서류 등의 제출을 요청하였으나 제출하지 아니한 점 등을 고려할 때 청구법인은 「법인세법」에서 규정한 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록한 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 쟁점 고유목적사업준비금을 손금산입 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물의 철거비를 2015사업연도에 손금산입하여야 한다고 주장하나, 쟁점건물의 세무상 장부가액과 철거비용은 쟁점건물의 철거완료일이 속하는 사업연도인 2014사업년도의 손금산입 대상에 해당한다 할 것이므로 2015사업연도에 손금산입을 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점판결의 익일(2020.10.14.)을 납부지연가산세의 기산일로 보아 납부불성실가산세를 산정하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 건축위원회는 2015.1.18. ‘건축 관련 세무 및 등기분야 중요사항 사전검토 결과 보고’라는 제목으로 보고서를 냈는데, 그 보고서에는 쟁점지분주택을 신축하여 분양할 경우 발생할 수 있는 세금 등 문제를 검토하고, 대안으로서 표면상 「주택임대차보호법」에 따른 임대차계약을 체결하고, 이면상으로는 소유권 관련 내부계약 체결을 병행하여 추진하기로 하는 내용이 담겨있어 청구법인은 쟁점판결의 내용과 같이 2015.7.5. 매수자들과 쟁점부동산매매계약을 체결하여 소유권을 이전하기로 계약한 것으로 보이는 점, 서울특별시 동작구청장은 2021.5.25. 매수자들이 쟁점지분주택을 취득한 후 3년 이내에 소유권이전 등기를 신청하지 아니하였다하여 같은 법 제5조에 의거 과징금을 부과한 것으로 나타나는 점, 납부불성실가산세는 지연이자적 성격도 있는 것인 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.