조심 2022서8103 (2023.02.16)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1995.1.26. OOO 대지 302.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 건물 480.96㎡(근린생활시설로, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 부동산임대업을 영위하다가 2020.12.28. AAA 외 1인(이하 “매수인”이라 한다)과 쟁점부동산을 OOO원(쟁점토지 OOO원 및 쟁점건물 OOO원)에 양도하는 매매계약을 체결하고 2020.12.30. 이를 양도한 후 같은 날 폐업하였다. 나. 청구인은 2021.1.4. 쟁점부동산에 대한 양도가액을 OOO원(쟁점토지 OOO원 및 쟁점건물 OOO원)으로 하여 2020년 귀속 양도소득세를 신고하고, 2021.1.5. 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 하여 2020년 제2기 부가가치세를 신고.납부하였으며, 쟁점건물은 2022.5.26. 말소등록되었다. 다. OOO서장은 OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)의 종합감사와 관련하여, 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토하는 과정에서 쟁점건물의 부가가치세 공급가액(OOO원)이 쟁점부동산의 양도가액에서 토지 및 건물의 기준시가 비율로 안분.계산한 건물가액과 30% 이상 차이가 나는 것을 확인하고 처분청에 매출과세표준 과소신고 과세자료를 통보하였다. 라. 처분청은 이에 쟁점건물의 공급가액을 쟁점부동산의 양도가액에서 토지 및 건물의 기준시가 비율로 안분하여 계산한 OOO원으로 하여 2022.6.23. 청구인에게 2020년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 2020.12.28. 매수인과 쟁점부동산을 OOO원(토지 OOO원 및 건물 OOO원)에 매매하는 계약을 체결하였으나, 해당 계약의 실질은 쟁점토지만을 양도하는 것으로, 매매계약서상 기재된 쟁점건물 가액이 실지거래가액임을 전제로 하여 이루어진 이 건 처분은 위법하다. (가) 「부가가치세법」 제29조 제9항은 토지와 건물 등이 한꺼번에 양도됨에 따라 그 대가 구분이 불명확하거나, 건물 등의 실지거래가액이 기준시가로 안분된 금액보다 30% 이상 큰 경우에 적용되는데, 토지와 그 지상 건물을 일괄매매함에 있어 매매계약서상 토지와 건물을 구분하여 매매가액을 기재하는 것은 편의를 위한 것에 불과하므로 이 건의 경우 매매계약서에 기재된 쟁점건물 및 쟁점토지의 가액이 실지거래가액이라고 할 수 없다. (나) 매수인은 2020.12.30. 취득한 쟁점부동산 뿐만 아니라 이와 연접해있는 다른 3필지의 토지 및 그 지상의 건물을 2021.7.16.까지 취득하여 2021년 9월에 쟁점건물을 포함한 인접 지상 건물을 모두 철거한 후 2021.11.12. 건물신축 사업계획을 승인받아 현재 건물 신축사업을 진행 중에 있는바, 즉 매수인 입장에서 쟁점건물은 아무런 가치가 없어 쟁점부동산에 대한 매매계약은 쟁점토지를 위한 계약에 불과하다 할 것이므로 쟁점건물의 공급가액은 ‘OOO’원에 가깝다. (다) 처분청은 「부가가치세법」 제29조 제9항에 따라 쟁점건물의 실지거래가액이 기준시가로 안분한 금액과 30% 이상 차이가 난다고 보아 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 보았으나, 해당 조항은 ‘토지와 건물’이 모두 30% 이상 차이가 발생할 경우에만 적용하여야 한다. 처분청 의견대로 건물은 실지거래가액과 기준시가로 안분한 가액의 차이가 30% 이상이므로 기준시가로 안분한 금액을, 토지는 그 차이가 21.986%로 30%에 미달하므로 실지거래가액을 적용한다면 토지와 건물의 양도가액은 각각 OOO원과 OOO원인 합계 OOO원으로 실제 매매액 합계 OOO원 보다 OOO원이 큰 금액이 계산되어 모순이 발생하는바, 즉, 처분청 의견과 같이 계산되려면 「부가가치세법」 제29조 제9항 제2호에 ‘토지와 건물 또는 구축물 등의 가액’이 아닌 ‘토지나 건물 또는 구축물 등의 가액’이라고 표현되었어야 할 것이다. (2) 쟁점건물은 폐업 시 잔존재화에 해당되어 그 공급가액이 ‘OOO’원에 해당한다. (가) 청구인은 쟁점부동산 양도와 동시에 폐업을 하였으므로 쟁점건물은 폐업시 잔존재화에 해당되고 「부가가치세법」 제29조 제3항 제3호와 제11항 및 같은 법 시행령 제66조에 따라 그 공급가액은 ‘OOO’원이 된다. (나) 만약 청구인이 폐업자 부가가치세 신고를 하지 않고 무단으로 폐업하였다면 과세당국에서는 사업용 건물에 대한 간주공급규정을 적용하였을 것이고 그 경우 공급가액은 「부가가치세법 시행령」 제66조 제2항에 의해 ‘OOO’원이 되었을 것인바, 청구인이 법에 따른 적절한 신고를 하고 세금계산서를 발행한 후 폐업을 하여 부가가치세 일정부분을 납부하였음에도 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세하는 등 불이익을 주는 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 「부가가치세법」 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조 제2항에 따라 쟁점건물의 공급가액을 산정한 것은 정당하다. (가) 청구인은 쟁점건물이 양도 당시 멸실 예정에 있어 아무런 가치가 없음에도 이를 기준시가로 안분하여 과세한 것이 부당하다고 주장하나, 청구인의 부가가치세 신고서에 의하면 쟁점건물 양도 직전까지 청구인에게 임대소득이 발생한 것으로 나타나고, 2020년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점건물에는 임차인들이 존재했던 점, 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 시 양도가액을 기준시가로 각각 안분계산하여 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 신고한 점 등을 종합할 때 매매계약 당시 쟁점건물이 철거예정에 있었다 하더라도 양도당시 쟁점건물의 재산적 가치가 없다고 볼 수는 없다. (나) 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」 제29조 제9항 제2호에서 2019.1.1. 이후 양도분부터는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에는 기준시가 등으로 안분계산한 금액을 공급가액으로 보아 과세하도록 하고 있으므로 이에 따라 이 건 처분을 한 것은 타당하다. (2) 청구인은쟁점건물의 양도가 폐업 시 잔존재화의 일부로서 간주공급가액을 ‘OOO’원으로 보아야한다고 주장하나, 「부가가치세법 시행령」 제28조 제9항은 ‘사업자가 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다’라고 규정하고 있는데, 여기서 ‘폐업 전에 공급한’의 의미는 재화의 인도 또는 양도의 전부 또는 일부가 폐업 전에 이루어진 경우에만 한정되는 것이 아니라, 재화의 인도 또는 양도의 원인이 되는 행위, 즉 그 공급의 상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업 전에 발생한 경우를 포함하므로(대법원 2006.1.13. 선고 2005두10453 판결, OOO지방법원 2021.12.2. 선고 2021구합23818 판결 참조), 폐업 전에 이루어진 쟁점부동산의 매매계약 등의 내용을 근거로 쟁점건물을 재화의 공급으로 보아 과세한 이 건 처분은 적법하며, 달리 쟁점건물이 청구인의 폐업 시 잔존재화에 해당한다고 볼 근거가 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점건물은 양도 당시 철거예정이었으므로 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부 ② 쟁점건물은 ‘폐업 시 잔존재화’에 해당한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조(재화 공급의 특례) ⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3. 폐업하는 경우 : 폐업 시 남아 있는 재화의 시가 ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 ⑪ 제10조 제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 재화의 공급으로 보는 재화가 대통령령으로 정하는 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)인 경우에는 제3항 제3호 및 제4호에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 부칙＜제16101호, 2018.12.31.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다. (2) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.(각 호 생략) 제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산) ② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조 제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다. (4) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.(각 호 생략) ② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우 2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 (5) 소득세법 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. 1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물 가. 토지 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다. 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인된 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구인은 1995.1.26. 보유하고 있던 쟁점토지 상에 쟁점건물을 신축(사용승인)하고 부동산임대업을 영위하다가 2020.12.28. 매수인과 쟁점부동산을 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결을 체결한 후 2020.12.30. 매수인에게 잔금을 지급(양도)하고 같은 날 폐업하였는바, 매매계약서상의 특약사항란에 의하면, ‘매수인은 본 건물을 인수하여 철거한 후 신축할 예정으로 매매대금은 토지분 OOO원, 건물분 OOO원에 대한 금액이다’라는 내용이 기재되어 있다. (나) 청구인은 2021.1.4. 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액을 총 양도가액(OOO원)에서 기준시가(쟁점토지 OOO원 및 쟁점건물 OOO원)로 안분한 가액(쟁점토지 OOO원 및 쟁점건물 OOO원)으로 하여 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 2021.1.5. 쟁점건물의 공급에 따른 공급가액을 OOO원으로, 임대에 따른 임대수입액을 OOO으로 하여 2020년 제2기 부가가치세를 신고하였다. (다) 매수인은 2020.12.30. 청구인으로부터 쟁점부동산을 취득(소유권이전등기)한 후, 2021.1.5. 업종을 주거용건물 개발 및 공급업으로 하여 사업자등록을 하고 2021.1.5.부터 2021.7.16.까지 쟁점토지와 연접된 3필지의 토지(OOO) 및 그 지상건물을 계약 및 취득하였으며, 2021.10.5. 매수인이 주주이면서 공동대표로 참여하여 설립(주택신축판매업 영위)된 ㈜AAA에 쟁점부동산을 양도하였다. (라) ㈜AAA는 2021.11.12. 쟁점토지 및 연접토지 상에 3동(연면적 2,458㎡)의 다세대주택을 건축하는 내용의 주택건설사업계획을 승인받았는바, 해당 사업계획승인서에 의하면 착공예정일이 2021.11.5., 사용검사예정일이 2022.10.31.로 기재되어 있다. (마) 한편, 청구인은 쟁점건물이 매매계약 당시 철거예정에 있었고 매수인의 취득 후 실제 철거되었다는 증빙으로 쟁점건물 임차인(OOO과 OOO 대표)이 작성(2020.12.28.)한 명도합의 각서(임차인은 2021.2.28.까지 명도하되, 명도합의조건으로 2개월간 무상임차), 쟁점건물에 대한 철거공사기간이 2021.6.14.~2021.6.30.로 기재되어 있는 건설공사하도급계약서를 제출하였으며, 쟁점건물이 공부상 2022.5.26. 말소등록되었으나, 2021년 9월 중에 철거되었다는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산에 대한 매매계약의 실질은 쟁점토지만을 양도한 것이므로 양도 당시 철거예정에 있는 쟁점건물의 공급가액을 ‘OOO’원으로 보아야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점토지와 쟁점건물을 함께 공급하면서 구분한 그 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 그 과세표준은 위 규정에 따라 계산되어야 하는 점, 매매계약서에 매수인이 ‘쟁점건물을 취득하여 철거한 후 신축할 예정’이라는 내용이 기재되어 있다 하더라도 이는 예정에 불과하고 매수인의 사업진행에 따라 쟁점건물의 철거 여부 등은 달라질 수 있는 것이며, 실제 청구인의 쟁점부동산 양도 이후에도 쟁점건물에 2개월 간의 임대(무상)가 계속 이루어졌고 양도일로부터 9개월이 경과되어서야 쟁점건물이 사실상 철거된 것으로 보아 양도 당시 쟁점건물의 가치가 거의 없다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점건물의 공급가액을 양도일 현재의 기준시가에 따라 안분계산한 금액으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2021서2536, 2021.6.29. 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물이 ‘폐업 시 잔존재화’에 해당한다고 주장하나, 청구인은 부동산임대업 폐업(2020.12.30.) 전인 2020.12.28. 쟁점부동산을 양도하는 매매계약을 체결하였으므로 공급 관련 법률상의 원인이 폐업 전에 발생하여 폐업 전에 쟁점건물을 공급한 경우에 해당하는 점(대법원 2006.1.13. 선고 2005두10453 판결), 폐업 시 잔존재화에 대한 재화 공급의 특례 규정인 「부가가치세법」제10조 제6항은 ‘사업자가 폐업할 때 취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다’는 것으로 청구인이 폐업 전에 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결한 이상 폐업 시 잔존재화로 보아 자기에게 공급한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.