조심 2019지2191 (2020.05.20)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.10.27. OOO 토지 2,400㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득하고 「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 같다) 제40조의3 제2호에 따라 대한적십자사가 의료사업 외의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 25%를 감면받고 2019.1.21. 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO(가산세 포함, 이하 “취득세 등”이라 한다)을 기한후신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2019.4.19. 청구법인에게

「지방세기본법」 제51조

제3항에 따른 기한후신고에 대한 결정결과(결정세액 : OOO원)를 통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO 북부지역의 효율적이고 안정적인 OOO을 수행할 목적으로 OOO 북부봉사관을 이전하기 위하여 이 건 토지에 대하여 매매계약을 체결하였고, 계약체결일에 계약금 OOO을, 2013.2.18. 중도금 OOO을 각각 지급하였고, 잔금은 OOO에 대한 도시개발사업 준공일 이내에 지급하기로 하였다. 청구법인은 이 건 토지에 북부봉사관 건립을 위하여 2016.8.30. 처분청으로부터 건축허가를 받고 2016.10.7. OOO으로부터 이 건 토지에 대한 착공용 토지사용승락을 받아 북부봉사관 건립을 완공하였다. 그러나, 청구법인은 이 건 토지의 매입에 대한 잔금을 납부하지 않았다는 이유로 건축물 사용승인이 이루어지지 않아 부득이하게 2017.10.27. 이 건 토지의 잔금을 납부하였고, 처분청은 2017.11.14. 북부봉사관 건축물 사용승인을 하였다.

처분청은 잔금지급일(2017.10.27.)을 사실상 취득일로 보아 이 건 취득세 등 징수결정을 하였다.

「지방세특례제한법 시행령」 제20조

제2항 제1호에서 규정하고 있는 “사실상의 잔금지급일”을 사실상 취득일로 의제하는 것은

「지방세법」 제7조

제2항에서 규정한 사실상 취득일이 불분명하거나 사실상의 취득이 계약상 잔금지급일과 관련되었을 때 그 취득시기에 대한 의제일 뿐 현저하고 명백한 사실상 취득시기를 배제하는 것은 아니다(대법원 1994.5.24. 선고 93누23527, 같은 뜻임). 이 건 토지의 매매계약서 제8조에서 사실상 취득일을 규정하고 있는바, 잔금지급일을 사실상 취득일로 규정하면서 매매대금을 완납하기 이전이라도 처분청으로부터 토지사용승낙을 받은 때에는 그 승낙일을 최종납부금(잔금)을 지급한 날로 의제하기로 약정하였다. 청구법인은 북부봉사관 건축공사를 위한 이 건 토지의 사용승낙을 요청하였고 처분청은 2016.10.7. 토지사용승락을 하였다. 따라서, 청구법인은 이 건 매매계약서의 약정에 따라 토지사용승락일(2016.10.7.)에 이 건 토지를 사실상 취득한 것으로 보아야 하므로 개정전

「지방세특례제한법」제40조의3

을 적용하여 이 건 취득세 등을 면제하여야 한다.

(2) 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙 제15조에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 되어 있는바, 개정전 「지방세특례제한법」 시행 당시 청구법인이 이 건 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 경우 그 원인행위 당시의 법령을 적용하는 것이 타당하다. 청구법인은 이 건 매매계약을 체결한 후 북부봉사관 건립을 위하여 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하기 위하여 지속적으로 의정부시장에게 잔금지급에 관한 협조를 요청하였다. 그러나 의정부시장은 ‘광역행정타운 조성사업이 지연되고 있다.’, ‘지적확정측량이 완료되지 않았다.’는 등의 이유를 들어 매매계약이 체결된 후 6년이 지난 시점에 소유권이전등기가 가능하다고 통지하였다.

즉, 청구법인이 개정후 「지방세특례제한법」 시행 이전에 이 건 토지를 취득하지 못한 귀책사유는 처분청의 도시개발사업 절차가 지연됨에 따라 불가피하게 잔금을 납부할 수 없었던 사유에 기인한 것이라 할 수 있다. 청구법인은 2012.12.18. 이 건 토지에 대하여 매매계약을 체결하였고 같은 날 계약금을, 2013.2.18. 중도금을 납부하였으므로 이 건 토지의 취득을 위한 원인행위를 하였으며, 2016.6.30. 건축허가신청을 하는 등 건축을 위한 행위에 착수하였는바, 해당 시점에도 이 건 토지는 취득세 면제대상이었다. 청구법인은 이 건 토지 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 행위는 물론 북부봉사관 건립을 위한 행위로 나아갔으므로 개정 후「지방세특례제한법」 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라 이 건 취득세 등은 면제되어야 한다.

나.처분청 의견

(1)

「지방세법 시행령」제20조

제2항에서 ‘유상승계취득’의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 그 제1호에서 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일이라 규정하고 있다. 청구법인은 처분청으로부터 이 건 토지 사용승낙을 받은 때가 이 건 토지를 사살상 취득한 때이므로 이 건 취득세 등을 취소하여 달라고 주장하나, 청구법인이 처분청과 체결한 용지매매계약서 제8조에서 약정된 내용은 제세공과금의 부담주체를 정하기 위함이고, 「지방세법」 및 같은 법 시행령에서 규정하고 있는 취득의 시기로 볼 것은 아닌 것이며, 청구법인이 2017.10.27. 이 건 토지에 대한 잔금을 지급하였는바, 해당 토지에 대한 사용승낙일(2016.10.7.)은 취득세 납세의무성립일이라는 청구주장은 이유없다.

(2) 지방세에 대한 감면규정의 신설, 유지, 종료 및 축소 여부에 대한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단사항으로서 처분청은 이미 「지방세특례제한법」의 개정에 앞서 국민에게 개정사항을 널리 알려 의견을 듣고자 하는 것을 목적으로 하는 입법예고에서 지방재정 건전성 강화 등을 위해 일부 감면을 축소(새로이 감면이 필요한 경우는 신설)하는 것으로 일관되게 입법예고하고 있었으므로, 청구법인은 기존에 감면되고 있던 규정의 일부가 폐지 또는 축소될 수 있음을 충분히 예측할 수 있었다. 또한, 구

「지방세특례제한법」제40조의3

에서 대한적십자사가 의료사업 외의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2016년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 감면기한에 대한 일몰규정을 두고 있었으므로 감면기한(2016.12.31.) 이후에는 감면이 종료되거나 감면률이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었던 상황이므로 청구법인이 「지방세특례제한법」이 개정된 후에 이 건 토지에 대한 잔금을 지급하게 되면 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰한 것을 정당한 것으로 볼 수 없고, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것은 아니므로, 신뢰보호원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

처분청은 2009.12.15. OOO에 대한 실시계획 인가를 받았으며, 청구법인이 처분청과 용지매매계약서를 체결(2012.12.18.)한 이후인 2012.12.28. 처분청이 OOO에 대한 개발계획수립 및 실시계획인가 변경 고시를 하였으며, 그 이후에도 수차례 사업계획에 변경이 있었던 바, 청구법인은 이 건 토지에 대한 준공일이 잦은 연기로 불확실한 것을 인지할 수 있었을 것이다. 청구법인이 이 건 토지의 취득세는 면제되는 것으로 판단하여 해당 취득세를 자진신고하지 않았다고 주장하나, 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결, 대법원 2004.9.24. 선고 2003도10350 판결, 조심2010지760, 2011.3.21., 같은 뜻임)이므로 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시에 시행중인 관계 법령에 따라 이 건 취득세의 25%를 OOO에 대한 감면에 해당하는 것으로 보아 기한 후 신고에 대하여 그 세액을 결정한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 토지의 취득세 납세의무성립일은 ‘사용승락일’이라는 청구주장의 당부

② ‘신뢰보호의 원칙’에 따라 개정전법률을 적용하여 취득세를 감면하여야 하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 용지매매계약서(2012.12.18.)의 주요 내용은 다음과 같다.

(나) 청구법인은 2013.5.27. 처분청에 잔금의 납부기한인 도시개발사업준공일 안내를 요청하자 처분청은 2013.6.5. 청구법인에게 지구단위계획변경일이 2013년 8월, 부지조성공사 완료일은 2013년 10월, 확정측량 후 지번분할 및 등기이전일은 2014년 상반기(예정)라고 회신 하였고, 청구법인은 2013.6.10. 처분청에게 2014년 상반기에 잔금지급에 대한 내용을 별도 협의하자는 공문을 발송하였다.

(다) 청구법인이 2015.12.14. 처분청에게 잔금납부기한인 도시개발사업준공일 안내를 재차 요청하자, 처분청은 2015.12.16. 청구법인에 게 지적확정측량 완료시점인 2016년 6월 중 소유권이전등기를 완료할 계획임을 회신하였고, 이에 청구법인은 2015.12.18. 처분청에 잔금을 도시개발사업 준공 및 지적확정측량 완료시점에 별도 협의 및 납부하겠다는 취지의 공문을 발송하였다.

(라) 구 행정자치부공고 제2016-247호에 따르면, 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안) 입법예고에 대한 의견조회를 2016.7.29.부터 2016.8.18.까지의 기간동안 실시하였다.

(마) 청구법인은 2016.10.7. 이 건 토지에 대한 ‘토지사용승락’을 받고 2016.11.10. 건축물 공사를 착공하였다.

(바) 청구법인은 2017.10.27. 이 건 토지 매매잔금 OOO 전액을 납부하였다.

(사) 기한 후 신고서(2019.1.21.)에 의하면 청구법인은 2019.1.21. 취득세 감면율 25%를 적용하여 이 건 토지의 취득세 등으로 합계 OOO원을 기한후신고한 것으로 나타난다.

(아) 결정통지내역(2019.4.16.)에 따르면 처분청은 청구법인이 2019.1.21. 기한 후 신고한 취득세 등에 대하여 “신고내역적정”으로 하여 청구법인에게 이 건 취득세 등에 대하여 결정통지하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「지방세법」 제10조

제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제20조 제2항 제1호에서 법인장부 등에 따라 취득가격이 증명되는 유상승계취득의 경우에는 사실상의 ‘잔금지급일’을 취득의 시기로 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 토지의 취득세 납세의무성립일은 사용승인일(2016.10.7.)이므로 개정전 「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것)을 적용하여 취득세 등 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 관계 법령에 따르면 법인장부 등에 따라 취득가격이 증명되는 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일을 취득의 시기로 규정하고 있고 청구법인은 2017.10.27. 이 건 토지의 매매잔금을 지급한 점, 이 건 용지매매계약서 제8조에서 약정한 내용은 제세공과금의 부담주체를 정하기 위한 것에 불과하고 해당 매매계약서 제6조를 살펴보면 매매대금을 완납한 이후에 소유권을 이전하기로 약정한 점 등에 비추어 개정전 법률을 적용하여 대한적십자사에 대한 취득세 등의 감면을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 관련 법률이 개정되기 이전에 계약금 및 중도금을 지급하는 등 이 건 토지 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위는 물론 북부봉사관 건립을 위한 행위로 계속하여 나아갔으므로 개정 후「지방세특례제한법」 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라 이 건 취득세 등은 면제되어야 한다고 주장하나, 일반적 경과조치를 두는 취지는 기득의 권리 내지 지위를 존중하고 이를 보호하기 위한 것으로 그 침해된 권리상태, 종류, 침해의 강도 등의 보호가치를 고려하여 그 적용대상을 정하는 것이 타당한 것인바, 이 건 토지의 취득과 같은 부동산의 매매는 건축물의 착공이나 건설 등과 같이 물리적 현황변경이 수반되지 아니하므로 청구법인이 비록 착공에 상당하는 원인행위(계약금 및 중도금의 지급)를 하였다고 하더라도, 건물의 신축과 같은 회복하기 힘든 손해가 발생한 것으로 단정하기 어려우므로 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도로 이르렀다고 보기 어려운 점, 청구법인은 매수인으로서 이 건 토지를 취득하기 위하여 이미 계약금 및 중도금을 지급하였으나 매도인(처분청)의 사정으로 인하여 해당 토지의 준공시기가 지연됨에 따라 이 건 잔금의 지급시기가 늦어진 것이라 주장하나, 용지매매계약서 제1조 제1항에서 잔금의 납부기한은 도시개발사업 준공일 이내(별도협의)로 규정하고 있고, 해당 잔금의 지급이 늦어진 것은 처분청의 이 건 토지공사 지연 및 해당 토지가 준공된 이후에 소유권이전등기와 동시에 잔금을 납부하고자 하는 청구법인의 내부적 업무절차 등 양 당사자 간의 거래관계에서 발생한 것이므로 납세자의 기득의 권리 내지 그 지위를 존중하고 이를 보호하기 위하여 개정전 법률을 적용하여야 한다는 청구주장은 수긍하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 관계 법령이 개정되기 이전에 이미 이 건 토지를 취득하기 위한 원인행위를 하였으므로 일반적 경과규정에 따라 종전의

「조세특례제한법」 제40조의3

을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

따라서, 처분청이 개정된

「조세특례제한법」 제40조의3

에 따라 청구법인에게 기한후신고에 대한 결정통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」제96조

제6항과

「국세기본법」제81조

, 같은 법 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)

제40조의3(대한적십자사에 대한 감면) 「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에 따라 지방세를 경감한다.

1. 같은 법 제7조 제4호 중 의료사업(간호사업 및 혈액사업을 포함한다. 이하 이 조에서 의료사업이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 과세기준일 현재 의료사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(

「지방세법」 제112조

에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75를 각각 2018년 12월 31일까지 경감한다.

2. 제1호의 의료사업 외의 사업(이하 이 조에서 "의료외사업" 이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 의료외사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.

부칙 ＜법률 제14477호, 2016.12.27.＞

제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제40조의3(대한적십자사에 대한 감면) 「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에 따라 지방세를 면제한다.

1. 같은 법 제7조 제4호 중 의료사업(간호사업 및 혈액사업을 포함한다. 이하 이 조에서 의료사업이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(

「지방세법」 제112조

에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 2016년 12월 31일까지 면제한다.

2. 제1호의 의료사업 외의 사업(이하 이 조에서 "의료외사업" 이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료외사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(

「지방세법」 제112조

에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 2016년 12월 31일까지 면제한다.

(3) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것)

제23조(권익 증진 등을 위한 감면) 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(

「지방세법」 제112조

에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

1. 「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사

2. 「법률구조법」에 따른 대한법률구조공단 및 법률구조법인

3. 「소비자기본법」에 따른 한국소비자원

(4) 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 개정된 것)

제23조(권익 증진 등을 위한 감면) 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(

「지방세법」 제112조

에 따른 부과액을 포함한다)를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.

1. 「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사

2. 「법률구조법」에 따른 대한법률구조공단 및 법률구조법인

3. 「소비자기본법」에 따른 한국소비자원

(5) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및

「소득세법」 제101조

제1항 또는

「법인세법」 제52조

제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑥ 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우로서 취득가격 중 100분의 90을 넘는 가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우에는 제2항 단서, 제3항 및 제5항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(6) 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일