조심 2021부6864 (2022.07.18)

OOO서장이 2018.11.7. 청구법인에게 한 2013∼2017사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분 중 청구법인의 수출알선수수료 합계 OOO원을 손금산입해달라는 취지의 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1986.1.20. 설립되어 선박부식방지장치 제조업을 영위하는 법인이다. 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.3.26.부터 2018.9.30.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인의 업무보조대장인 NAS대장(이하 “쟁점대장”이라 한다)을 근거로 하여 2013년부터 2017년까지 합계 OOO원(이하 “쟁점매출누락금액”이라 한다)을 매출누락한 것으로 보아 익금산입하였고, 이 과정에서 청구법인은 선주들에게 지급한 수출알선수수료 합계 OOO원(이하 “쟁점수수료금액”이라 한다)을 손금에 산입하여야 한다고 주장하였으나 이를 부인한 후 관련 과세자료를 처분청에 파생하였고, 이에 따라 처분청은 2018.11.7. 청구법인에게 ＜표1＞과 같이 부가가치세 및 법인세를 각 경정·고지하였다. ＜표1＞ 처분청의 부과처분 상세내역 (단위 : 원) OOO 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.30. 및 2018.11.23. 이의신청을 거쳐 2019.1.29., 2019.7.17. 및 2019.8.13. 각 심판청구를 제기한 결과, 우리 원은 일반과소신고가산세를 적용하여 2014년 제1기∼2017년 제2기분부가가치세 세액을 경정하고, 처분청에서 청구법인의 업무보조대장인 쟁점대장을 근거로 하여 2013년부터 2017년까지 산정한 쟁점매출누락금액 합계 OOO원에 대해 재조사를 하여 그 결과에 따라 2013~2017사업연도분 법인세 과세표준과 세액을 각각 경정하도록 하며, 나머지 심판청구를 기각하는 것으로 하여 일부 재조사 결정(조심 OOO, 2021.6.3. 이하 “당초 결정”이라 한다)을 하였다. 라. 처분청은 우리 원의 당초 결정에 따라 2021.6.14.부터 2021.7.23.까지 2013∼2017사업연도 청구법인의 쟁점매출누락금액을 재조사한 결과, 쟁점대장상 출고일 기재가 없는 내역 총 합계 OOO원, 조사대상년도(2013～2017년)가 아닌 내역 총 합계 OOO원 및 외화 표시가 잘못된 부분 금액 차이 OOO원 등 합계 OOO원을 쟁점매출누락금액에서 차감하여 2021.7.29. 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 2013∼2017사업연도 법인세 등을 감액경정하는 재조사 결과통지를 하였다. ＜표2＞ 처분청의 감액 경정 내역 (단위 : 원) OOO 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이 건 재조사 결과통지는 당초 결정의 기속력에 반하여 위법하다. (가) 「국세기본법」제80조 제1항 및 제2항은 심판청구에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 행정청은 그 결정 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다고 규정하고 있는바, 재조사 결정이 있을 경우 과세관청은 재조사 결정에 제시된 기준 등에 따라 재조사를 하여야 하고, 재조사 결정의 취지에 따른 재조사와 후속 처분이 이루어지지 않은 경우 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다. (나) 조세심판원은 당초 결정에서 쟁점대장상 출고일 기재가 없는 내역(OOO원), 해당 과세연도에 귀속되지 않는 내역(OOO원) 및 외화표시 오류로 계산이 잘못된 내역(OOO원) 등 명백한 오류가 존재하는 점, 쟁점대장에 따른 쟁점매출누락금액(약 OOO원)과 청구법인의 외화입금계좌의 입금액을 기초로 산정한 예상매출누락액(약 OOO원)과의 현저한 차이가 있는 점, 쟁점대장이 업무편의를 위해 작성한 업무보조용 대장으로 오류 발생가능성이 큼에도 처분청이 쟁점대장을 전수검증하지 아니한 채 샘플링을 통한 확인만을 거친 점 등으로 고려하여 처분청이 산정한 쟁점매출누락금액이 합리적이라고 인정하기 어렵다고 판단한 후 재조사를 통해 청구법인의 매출누락금액을 재산정하도록 재조사 결정을 하였다. 따라서 당초 결정은 쟁점대장의 기재 내역의 정확성에 대한 전반적인 재검토가 필요하고, 그 정확성에 대한 재검토가 없는 한 쟁점대장에 따라 매출누락금액을 산정할 수 없으며, 쟁점대장이 아닌 다른 과세자료에 근거하여 매출누락금액을 재산정하라는 취지라고 볼 수 있다. (다) 처분청은 재조사 당시 조세심판원의 당초 결정의 취지와는 달리 청구법인에게 쟁점대장의 오류를 입증하라는 태도로 일관하였을 뿐, 쟁점대장에 대한 추가적인 검증절차를 이행한 사실이 없고, 청구법인의 외화입금계좌의 입금액을 기초로 산정한 예상매출누락액과 쟁점매출누락금액간의 현저한 차이가 있다는 점에 대하여 조사한 사실도 없었으며, 쟁점대장의 기재내용상 명백한 오류가 있다는 조세심판원의 당초 결정의 취지에도 쟁점대장상의 일부 오류만을 형식적으로 시정하여 재조사를 종결하였다. (라) 처분청은 쟁점대장의 기재내역에 대한 전반적인 재검토 없이 쟁점대장을 기초로 청구법인의 2013∼2017사업연도 기간동안의 매출누락금액을 산정하여 당초 처분을 유지하고 있는바, 처분청이 한 이 건 재조사는 당초 결정에서 제시된 기준에 명백히 반하는 것으로서 당초 결정의 기속력에 정면으로 반하는 것이므로 이는 위법하다. (마) 또한 쟁점대장은 청구법인이 업무편의를 위해 작성된 업무보조용 대장에 불과하고 명백한 오류가 존재하므로 이를 근거로 청구법인의 매출누락금액을 산정하는 것은 부당하다. 1) 쟁점대장은 단순히 업무편의를 위해 작성된 업무보조용 엑셀 파일로, 그 작성자가 제한되지 아니하여 불특정 다수의 임직원들이 임의로 작성하거나 수정할 수 있는바, 회계장부와 달리 쟁점대장에 기재된 내용의 정확성과 신뢰성이 담보된다고 볼 수 없다. 2) 조세심판원은 당초 결정시 쟁점대장에는 청구법인이 청구서만 발행하고 실제 출고한 사실이 없는 내역(출고일 기재가 없는 내역, OOO원), 매출 귀속연도가 조사대상기간이 아닌 내역(OOO원), 엔화를 달러로 표시한 외화 표시오류로 인하여 명백히 계산이 잘못된 금액(OOO원) 등 명백한 오류가 있음을 인정하였다. 3) 또한 조세심판원은 당초 결정에서 쟁점매출누락금액과 청구법인의 외화입금계좌의 입금액을 기초로 산정한 예상매출누락금액간의 현저한 차이가 있음을 인정하여 쟁점대장을 청구법인의 매출누락금액을 산정하기 위한 근거가 될 수 없다고 판단하였다. 4) 따라서 처분청이 적법한 과세근거라고 볼 수 없는 쟁점대장을 근거로 청구법인의 매출누락금액을 산정한 이 건 재조사는 위법하다. (2) 쟁점수수료금액의 경우 쟁점매출누락금액에 대응되는 비용이므로 이를 익금에서 제외하거나 손금산입하여야 한다. (가) 매출누락이 발견되어 법인세를 경정함에 있어 납세의무자가 장부에 미처 기재하지 못한 손금을 주장하며 이를 입증할 경우 이를 손금으로 산입하여야 한다. (나) 청구법인이 수출알선수수료를 지급한 사실은 증거로 제출하는 수출알선수수료 관련 증빙서류에 의하여 충분히 증명될 수 있다. 청구법인이 제출한 것과 같이 선주는 이메일을 통하여 명시적으로 구체적인 금액을 정하여 수수료를 지급할 것을 요구하고 있다. 그리고 해당 수수료 지급에 관하여 청구법인은 영수증을 교부받았다. 청구법인이 주장하는 모든 수출알선수수료에 대하여 이를 증명할 수 있는 자료들이 있으므로 이를 손금으로 인정하여야 한다. (다) 쟁점수수료금액과 동일한 구조의 수수료에 대하여 부산고등법원은 선박기자재 제조사가 선주에게 일정 금액의 수수료를 지급하는 것이 조선업계의 관행임을 명시적으로 인정하는 내용의 판시(부산고등법원 2016.1.15. 선고 2015누22448 판결)를 하였는바, 쟁점수수료금액이 전액 손금(판매부대비용)에 해당한다는 점을 명확히 하였다. 나. 처분청 의견 (1) 처분청은 조세심판원의 당초 결정 내용에 따라 쟁점매출누락금액에 대해 재조사를 하고 그 결과에 따라 당초 처분의 일부를 감액 경정하였으므로 이 건 재조사 결과통지가 기속력에 저촉된다고 볼 수는 없다. (가) 처분청은 당초 결정의 이유에 기재된 쟁점대장상 출고일 기재가 없는 내역, 조사대상연도가 아닌 내역 및 외화 표시가 잘못 계산한 내역 등에 대하여 재조사를 실시하였고, 그 결과에 따라 2013∼2017사업연도 청구법인의 매출누락금액을 재산정 한 후 2013∼2017사업연도 법인세 과세표준 및 세액 등을 일부 감액경정하였는바, 이는 당초 결정의 기속력에 반하는 위법한 처분이라고 볼 수 없다. (나) 청구법인은 쟁점대장을 근거로 청구법인의 2013∼2017사업연도 매출누락금액을 산정한 것이 당초 결정의 기속력에 반하므로 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 당초 결정의 주문에 의하면 쟁점대장을 근거로 청구법인의 2013∼2017사업연도 매출누락금액을 재조사하도록 기재되어 있고, 쟁점대장의 검토 이외의 방법으로 청구법인의 매출누락금액을 재조사하도록 결정한 것이 아니므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (다) 또한 청구법인은 쟁점대장이 업무편의를 위해 작성된 업무보조용 대장에 불구하고 쟁점대장의 기재 내용의 오류가 존재하여 객관적인 과세근거로 사용할 수 없으므로 이를 근거로 한 재조사 결과통지가 위법하다고 주장하나, 쟁점대장은 청구법인이 비치한 장부이고, 2013∼2017사업연도 청구법인의 ERP시스템에서 관리되는 생산물품의 실제 출고여부를 확인할 수 없어 이를 대신하기 위해 작성된 것이므로 단순히 업무보조용 대장이 아닌 실제 청구법인의 매출과 관련된 장부라고 볼 수 있고, 재조사 과정에서 쟁점대장상 오류를 정정하여 청구법인의 매출누락금액을 다시 산정하였는바, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (2) 청구법인은 쟁점수수료를 손금으로 산입하여야 한다고 주장하나, 당초 심판청구시 제기한 쟁점수수료를 손금으로 산입해달라는 청구주장에 대하여 조세심판원이 기각결정을 하였는바, 이 건 심판청구에서 이를 다시 주장하는 것은 당초 결정의 취지에 반하므로, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 이 건 처분이 당초 재조사 결정의 기속력에 반하고, 적법한 과세근거가 아닌 쟁점대장을 근거로 하였으므로 위법한 처분이라는 청구주장의 당부 ② 쟁점수수료를 손금산입해야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 당초 결정에 따라 2021.6.14부터 2021.7.23.까지 쟁점대장을 근거로 2013∼2017사업연도 청구법인의 매출누락금액 산정을 위한 재조사 실시하였고, 그 결과에 따라 청구법인의 매출누락금액을 재산정한 후 당초 처분 중 일부 감액하여 위 ＜표2＞와 같이 청구법인에게 이 건 재조사 결과통지를 하였다. ＜표3＞ 처분청의 조사내용(일부 발췌) OOO (2) 쟁점대장 및 처분청의 재조사에 대한 청구법인의 주장은 다음과 같다. (가) 쟁점대장의 경우 업무편의를 위해 작성한 것으로 기재된 내용에 대한 별도의 내부 검증절차가 없었고, 오류 내용이 포함되어 있는 등 오류 발생 개연성이 높아 이를 매출누락금액의 산정근거로 사용하는 것은 부적절하다는 조세심판원의 당초 결정 취지를 고려할 때 이 건 재조사 당시 쟁점대장을 청구법인의 매출누락금액 산정근거로 사용한 것은 부적절하다. (나) 쟁점대장을 검증하여 전체 오류사항을 확인하고 이를 수정.보완하기 위한 객관적인 근거 자료가 현재 부족한 상황이므로 쟁점대장의 정확성을 담보하기는 현실적으로 어렵고, 당초 심판과정에서 확인된 쟁점대장의 오류사항 외에도 중복기재오류, 금융수수료 차이 등 쟁점대장의 추가적인 오류사항을 재조사 당시 일부 확인되었는바, 쟁점대장의 전체 기재 건수를 고려할 경우 오류사항이 적지않을 것으로 추정되므로 이를 청구법인의 매출누락금액 산정근거로 사용하기는 부적절하다. (3) 청구법인의 당초 심판청구에 대한 우리 원의 당초 결정 주요 내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 우리 원의 당초 결정 주요 내용 OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점대장을 근거로 청구법인의 매출누락금액을 재조사하는 것이 당초 결정의 기속력에 위반되고 쟁점대장을 적법한 과세근거로 볼 수 없다고 주장하나, 우리 원의 당초 결정서(조심 OOO, 2021.6.3.)의 주문 및 판단 내용에 따르면 쟁점대장을 근거로 2013∼2017사업연도 청구법인의 매출누락금액을 재조사하여 그 결과에 따라 2013∼2017사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하라는 것이 당초 결정의 취지이고, 처분청은 우리 원의 당초 결정에 따라 쟁점대장을 근거로 당초 산정한 쟁점매출누락금액의 오류 여부를 확인한 후 2013∼2017사업연도 청구법인의 매출누락금액을 재산정한 것으로 나타나는 점, 재조사 결정은 재결청이 처분청에게 결정서의 주문과 이유에 명시된 재조사 기준에 따라 재조사하여 처분을 하라고 명하는 것이기 때문에 그 범위 내에서 기속력이 생기는 것이고, 처분청은 재조사 결정의 기준에 따라 재조사를 해야 할 법적의무를 부담하는 것이므로 처분청이 재조사 취지에 따라 충실하게 재조사를 한 후 당초 처분을 유지하게 된 경우까지 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 볼 수 없는 점(조심 2017전3425, 2017.11.16. 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 우리 원의 재조사 결정내용과 달리 쟁점대장을 근거로 2013∼2017사업연도 청구법인의 매출누락금액을 산정하여 재조사 결과 통지를 한 것이 부당하다는 취지의 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점수수료금액을 쟁점매출누락금액에 대응되는 손금으로 인정해달라고 주장하나, 「행정심판법」제51조 를 준용하는 「국세기본법」제56조 제1항 단서는 조세심판청구에 대한 재결이 있으면 그 결정 및 같은 처분 또는 부작위에 대하여 다시 조세심판을 청구할 수 없다고 규정하여 재청구를 금지하고 있는바, 청구법인은 2018.11.7. 쟁점수수료금액을 손금산입하여야 한다는 취지로 우리 원에 심판청구를 제기하였고, 우리 원이 이에 대하여 쟁점수수료금액을 손금산입할 수 없는 것으로 보아 기각결정(조심 OOO, 2021.6.3.)을 한 사실이 있으므로, 청구법인의 쟁점수수료금액의 손금산입과 관련된 이 건 심판청구는 재청구에 해당하여 부적법한 청구로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. ④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다. ⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. 제56조(다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 「행정심판법」의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 「행정심판법」 제15조 , 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 “위원회”는 “국세심사위원회”, “조세심판관회의” 또는 “조세심판관합동회의”로 본다. 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다. 1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다. 가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우 나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우 다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우 라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우 마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다. 3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다. 제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다. ② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다. 제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다. (2) 행정심판법 제51조(행정심판 재청구의 금지) 심판청구에 대한 재결이 있으면 그 재결 및 같은 처분 또는 부작위에 대하여 다시 행정심판을 청구할 수 없다. (3) 법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.