조심 2020중0674 (2020.08.26)

심판청구를 각하한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 선조숭봉, 종중원 간의 친목 도모 등을 목적으로 설립된 단체로서, 2010.1.15. 법인으로 보는 단체로 승인을 받았다.

나. 청구법인은 2008.4.11. OOO 121,686㎡ 외 9필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에게 OOO에 매도하는 계약을 체결하였으나 잔금지급이 지연되자, 2008.5.28. 매매대금을 당초보다 OOO이 증액된 OOO으로 하고, 잔금 OOO을 토지거래허가 후에 지급받기로 하여 매매계약일부를 변경하였으며, 이에 따라 청구법인은 2008.4.11. 및 2008.5.28. 계약금 OOO, 2008.9.9. 중도금 OOO 합계 OOO을 지급받았다.

다. 청구법인은 OOO로부터 쟁점토지에 대한 잔금 OOO을 받지 아니한 상태에서 쟁점토지가 2012.1.31. 토지거래허가구역에서 해제되자, 청구법인은 2012.3.31. 2008년 귀속 양도소득세로 OOO을 신고ㆍ납부하였고, 쟁점토지는 2013.8.12. 임의경매(OOO 채권자인 저축은행의 임의경매 신청)로 OOO 외 1인에게 소유권이 이전되었다.

라. 청구법인은 매수인으로부터 잔금을 받지 아니한 상태에서 쟁점토지가 2013년에 경매로 제3자에게 매각되었으므로 쟁점토지의 양도시기는 2013년이고, 청구법인은「법인세법」의 적용을 받는 법인으로 보는 단체로서, 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였으므로 2012년에 신고한 양도소득세의 환급 및 법인세 세액을 OOO(이유 : 쟁점토지 양도 관련 소득은 법인세 과세대상이 되나 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였고 부과제척기간도 경과)으로 하여야 한다는 경정청구를 2019.3.25. 제기하였고, 처분청은 2019.5.27. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.20. 이의신청을 거쳐 2020.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2010.1.15. 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 후, 토지거래허가구역에 있던 쟁점토지에 대한 잔금 OOO을 수령하지 못한 상태에서 2012.1.31. 토지거래허가구역에서 해제되자 양도시기를 착오하여 2012.3.30. 양도소득세를 신고하였고, 이후 쟁점토지는 2013.8.12. 임의경매를 원인으로 하여 OOO 외 1인에게 소유권이전등기가 경료되었으므로 쟁점토지의 양도시기는 2013년이다.

(2) 청구법인이 2013년 귀속 양도소득을 “2012년”에 “양도소득세”로 신고한 것은 중대하고 명백한 하자가 아니므로 당연무효의 신고행위로 볼 수 없고, 취소사유에 해당하는 하자가 있는 유효한 신고행위이므로, 2012년에 양도소득세로 기납부한 세액은 납부일로부터 5년이 경과하였으나 이는 소멸시효 적용대상에 해당하지 아니한다(조심 2018중4657, 2019.1.24. 참조).

(3)

「국세기본법」제45조의2

에서 규정하는 경정청구는 같은 법 제51조의 환급금청구와는 그 법적근거ㆍ청구사유ㆍ청구기간 등이 다른 별개의 청구이므로 청구법인이 손익귀속시기를 착오하여 양도소득세 신고한 행위가 중대하고 명백한 하자로 인한 당연무효에 해당한다고 보기 어려운 이상 국세환급금 청구의 소멸시효 적용대상으로 보기 어렵다.

(4) 청구법인은「법인세법」을 적용받는 단체로서, 법인세 법정신고기간인 2014.3.31.까지 당연무효가 아닌 양도소득세 과세표준신고서를 제출하였으므로

「국세기본법」제45조의2

제1호에 따라 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과”하는 것으로서 경정청구의 사유에 해당하므로 경정청구의 기산일은 2014.3.31.로 보아야 하므로 이 건 경정청구는 경정청구기간 5년 이내에 제기한 적법한 청구에 해당하고(조심 2018중4657, 2019.1.24. 참조), 2012년에 신고납부한 양도소득세는 취소ㆍ환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) OOO는 2008.9.9. 쟁점토지에 근저당권 OOO을 설정하고 대출을 실행하여 중도금 OOO을 청구법인에게 지급하는 등 잔금 OOO을 제외한 나머지 OOO을 지급하였으므로 대출실행시점(2008.9.9.)에 실질적인 토지의 소유권이 세일파트너스에게 이전되었다.

(2) 청구법인이 2012년에 신고한 2008년 귀속 양도소득세를 2013사업연도 법인세를 신고한 것으로 볼 수 없고, 청구법인의 2013사업연도 법인세 신고 내용에는 토지 등 양도소득이 포함되어 있지 않으며, 2013사업연도 법인세에 대해 어떠한 결정이나 경정이 없는 상태이므로 환급대상 법인세가 존재하지 아니하여 경정청구 거부처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 2012년에 신고한 것은 2008년 귀속 양도소득세임이 신고서상 명백하고, 2008년에 쟁점토지에 대한 매매대금 OOO을 수령한 후 토지거래허구역에서 해제되자, 청구법인 스스로 2012년에 자산이 양도된 것으로 보아 예정신고를 하였으므로 경정청구의 기산일은 2013.6.1.로 보아야 하므로 이 건 경정청구는 경정청구기간 5년을 경과한 부적법한 청구에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한 청구에 해당하는지 여부

② 청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 후 쟁점토지를 양도하였으므로 쟁점토지의 양도소득은

「법인세법」제4조

제3항 제5호에 따라 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제117조(허가구역의 지정) ① 국토해양부장관은 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(地價)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대하여는 5년 이내의 기간을 정하여 제118조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 “허가구역”이라 한다)으로 지정할 수 있다.

⑥ 국토해양부장관은 허가구역의 지정 사유가 없어졌다고 인정되거나 관계 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장으로부터 허가구역의 지정 해제 또는 축소 요청이 이유 있다고 인정되면 지체 없이 허가구역의 지정을 해제하거나 지정된 허가구역의 일부를 축소하여야 한다.

제118조(토지거래계약에 관한 허가) ① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(괄호 생략)을 이전하거나 설정(괄호 생략)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.

(5) 소득세법

제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

제110조(양도소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2010.1.15. 관할세무서로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받았고, 2009년 12월부터 부동산 임대 수익사업을 개시하여 매 사업연도마다 이에 대한 법인세를 신고하였다.

(나) 청구법인은 2008.4.11. 쟁점토지를 OOO에게 OOO에 매도하는 계약을 체결하였으나 잔금지급이 지연되자, 2008.5.28. 매매대금을 당초보다 OOO이 증액된 OOO으로 하고, 잔금 OOO을 토지거래허가 후에 지급받기로 하는 매매계약일부를 변경하는 계약을 체결하였다.

(다) 청구법인은 2008.4.11. 및 2008.5.28. 쟁점토지에 대한 계약금 OOO, 2008.9.9. 중도금 OOO 합계 OOO을 OOO로부터 지급받았으나, 잔금 OOO을 받지 아니한 상태에서 쟁점토지가 2012.1.31. 토지거래허가구역에서 해제되자, 청구법인은 2012.3.31. 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 신고ㆍ납부하였다.

(라) 쟁점토지는 2013.8.12. 임의경매를 원인으로 하여 당초 매수자인 OOO가 아닌 김OOO 외 1인에게 소유권이전등기가 경료되었다.

(마) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 청구법인이 1981.8.3. 쟁점토지에 대하여 소유권보존등기를 하였고, OOO와 매매계약을 체결한 이후 시점인 2008.9.9. 쟁점토지의 소유권이 OOO에게 신탁되었으며, OOO는 2011.2.21. 쟁점토지에 대하여 임의경매신청을 하였고, OOO 외 1인은 2013.8.12. 쟁점토지를 임의경매로 인한 매각을 원인으로 하여 소유권이전등기를 경료하였다.

(바) 청구법인은 당초 매수인으로부터 잔금을 받지 아니한 상태에서 쟁점토지가 2013년 경매로 제3자에게 매각되었으므로 쟁점토지의 양도시기는 2013년이고, 청구법인은「법인세법」의 적용을 받는 법인으로 보는 단체로 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였으므로 2012년에 신고한 양도소득세의 환급 및 2013사업연도 법인세 세액을 OOO으로 하여야 한다며 2019.3.25. 경정청구를 제기하였다.

(사) 처분청은 청구법인이 2012년에 신고한 양도소득세는 부과제척기간이 만료되었고, 2013년 법인세는 토지 등 양도소득에 대해 과다신고 및 결정ㆍ경정한 사실이 없어 경정청구 대상이 존재하지 않는다는 이유로, 2019.5.27. 경정청구를 거부하였다.

(아) 청구법인은 쟁점토지를 3년 이상 종중의 고유목적 사업에 직접 사용하였다고 주장하면서, 종중 규약, 종중 회의록(2013.3.10.자 종중선산 묘지 이장의 건), 쟁점토지가 선산으로 이용된 사진(납골당, 묘지 등) 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대,

「국세기본법」제45조의2

제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2008년 5월경 토지거래허가구역에 소재하는 쟁점토지를 OOO에게 총 OOO에 매매하기로 계약을 체결하였고, OOO가 쟁점토지를 담보로 은행에서 취득자금을 차입하여 청구법인에게 매매대금의 약 90%를 지급하였으며, 청구법인은 쟁점토지의 매매대금의 약 90%를 수령한 상태에서 2008.9.9. 쟁점토지의 소유권을 생보부동산신탁으로 신탁등기하여 쟁점토지에 관한 권한이 신탁회사로 이전되었고, 쟁점토지가 2012.1.31. 토지거래허가구역에서 해제되자 청구법인은 쟁점토지의 양도시기를 2008년으로 보아 2012.3.31. 쟁점토지에 대하여 2008년 귀속 양도소득세를 신고한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 사실상 양도한 시기는 2008년으로 보는 것이 타당하다고 보이고, 2012.1.31. 토지거래허가구역에서 해제된 쟁점토지의 양도에 대하여 청구법인은 이 건 양도소득세에 대한 경정청구를 양도소득세 법정신고기한(2013.5.31.)으로부터 5년을 경과한 2019.3.25. 제기하였으므로 이 건 경정청구 거부에 대한 심판청구는 경정청구 요건을 충족하지 못한 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

(3) 쟁점①에 대한 심리결과 이 건 심판청구가 부적법하므로 쟁점②에 대한 심리는 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.