조심 2021서2236 (2021.07.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1994.6.2.부터 2012.11.30.까지 OOO에서 건설업을 영위한 법인으로, 법인세 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 처분청은 2016.8.29.부터 2016.10.30.까지 청구법인의 2011년 제2기분 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 aaa으로부터 수취한 매입세금계산서 중 공급가액 OOO원은 실물거래 없이 수취한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)로 보아 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제한 후, 2016.11.16. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지(이하 “당초 법인세 부과처분”이라 한다)하고, 대표이사인 AAA을 귀속자로 하여 OOO원의 소득금액변동통지를 하는 한편, 2017.5.1. AAA에 대하여 2011년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정.고지(이하 “당초 종합소득세 부과처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 2018.8.13. 당초 법인세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 위 소송이 진행중이던 2019.8.1. 처분청이 당초 법인세 부과처분을 직권취소하자 OOO은 소의 이익이 없다고 보아 2019.10.25. 각하 판결을 하였다.

한편, AAA은 2019.10.1. 당초 법인세 부과처분이 직권취소된 이상, 관련 소득금액변동통지 및 그에 기초한 당초 종합소득세 부과처분 또한 원인이 없어 당연무효라는 취지로 OOO에 종합소득세부과처분무효확인의 소를 제기하였고, 동 법원은 당초 법인세 부과처분이 직권취소되었다는 사정만으로 소득처분에 하자가 있다고 보기 어렵다는 이유로 2020.9.18. 이를 기각 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)하였으며, 동 판결은 2020.10.9. 확정되었다.

라. 청구법인은 쟁점판결의 판결문에 “OOO 소속직원은 청구법인의 2011사업연도 실제 당기순손실이 OOO원, 2009～2010사업연도 실제 결손금액이 OOO원으로, 쟁점세금계산서상 공급가액을 손금불산입하더라도 법인세는 발생하지 않는다는 내용의 직권취소 검토보고서(이하 “쟁점보고서”라 한다)를 작성하였고, OOO청장은 2019.7.26. 처분청에게 당초 법인세 부과처분의 직권취소를 지시하였다”는 내용이 기재되어 있으므로 쟁점판결이

「국세기본법」제45조의2

제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 이유로 기 신고한 2009～2011사업연도 법인세 합계 OOO원(2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 2020.11.8. 제기하였다.

마. 처분청은 쟁점판결은 청구법인의 2009～2011사업연도 과세표준 및 세액의 계산근거에 대한 다툼이 아니어서 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고, 일반적 경정청구 기간이 도과하였다는 이유로 2020.12.17. 이를 거부하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.25.(2011사업연도분) 및 2021.3.6.(2009～2010사업연도분) 심판청구를 각각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2018.8.13. 당초 법인세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하자 OOO법원은 처분청에 동 처분의 취소를 권고하고, 청구법인에게 소 취하를 권고하였는바, 부과처분취소사유를 정확히 기재하여 법원에 제출하여 달라는 청구법인의 요구를 처분청이 거부하여 청구법인은 법원의 조정권고에 동의하지 아니하였으나, 처분청은 법원의 권고에 따라 2019.8.1. 당초 법인세 부과처분을 직권취소하였고, 법원은 소의 이익이 없다는 이유로 2019.10.25. 각하 판결(직권취소 사유가 기재되어 있지 아니함)하였다.

청구법인과 대표이사 AAA은 당초 법인세 부과처분의 취소사유를 알기 위하여 AAA에 대한 상여처분과 관련된 ‘종합소득세 부과처분 무효확인’의 소를 2019.10.1. OOO에 제기하였고, 석명신청을 통해 확인한 OOO의 쟁점보고서에는 “당초 법인세 부과처분의 취소사유는 쟁점세금계산서 관련 공급가액이 손금으로 인정된 것이 아니라 청구법인의 실제 세무상 결손금이 쟁점세금계산서로 인한 손금불산입액을 초과하므로 법인세가 취소된 것이며, 청구법인의 실제 세무상 결손금은 2011사업연도 OOO원, 2009사업연도 내지 2010사업연도 합계 OOO원”이라고 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 세무조사, 이의신청, 당초 법인세 부과처분에 대한 조세심판청구 및 행정소송, 당초 종합소득세 부과처분무효확인 행정소송에서 “청구법인의 2009～2011사업연도에 소득금액 및 과세표준이 있는 것처럼 신고되었으나, 실제로는 막대한 순손실이 기록되었고, 이는 장부나 증빙에 의하여 확인할 수 있는 것이므로 처분청이 가공매입원가를 손금불산입하더라도 추가로 법인세가 부과될 여지가 없으며, 2009～2011사업연도에 납부한 법인세는 세법에 따른 과세표준과 세액을 초과하여 납부하였다”고 일관되게 주장하였다.

쟁점판결에서 청구법인의 실제 세무상 순손실이 확인된다고 적시됨에 따라 청구법인의 법인세 신고가 실제 발생한 과세표준과 세액과는 다른 것으로 확정되었으므로 이는

「국세기본법」제45조의2

제2항 제1호에서 후발적 경정청구 사유로 정한 ‘최초의 신고.결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’에 해당한다 할 것이다.

(3) 청구법인은 2020.9.24. 쟁점판결을 법원으로부터 수령하고,

「국세기본법」제45조의2

에서 정한 기한(그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내) 내에 이 건 경정청구를 하였으므로, 이는 적법한 경정청구에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2009～2011사업연도 당기순손실과 결손사실이 쟁점보고서에 기재되었고 그 사실이 쟁점판결에 적시되었으므로 과세표준 및 세액의 계산근거가 쟁점판결에 의하여 다른 것으로 확정되었다고 주장하나, 쟁점판결은 소송당사자가 청구법인이 아니라 소득처분에 대한 종합소득세 취소를 구하는 대표이사 개인이고, 2009～2011사업연도 법인세 과세표준에 대하여 직접 다툰 소송이 아니므로

「국세기본법」제45조의2

제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.

(2) 또한, OOO국세청에서 작성한 쟁점보고서에는 “청구법인의 사기대출 형사사건(OOO법원 2013고합609, 이하 “관련 형사소송”이라 한다) 판결문과 사건기록에 따르면, 청구법인은 공사수주 및 금융기관 대출을 원활하게 하기 위하여 당기순이익과 재무제표상 유동성 비율을 조작하여 법인세를 신고.납부하였다”고 기재되어 있고, 청구법인의 주장요지에 “관련 형사소송 판결문에 따르면 청구법인의 2009～2010사업연도 실제 결손금액은 OOO원이며, 위 형사사건에 대한 검찰조사결과 청구법인의 2011사업연도 실제 당기순손실은 OOO원”이라고 기재되어 있다.

즉, 쟁점보고서는 과세관청이 청구법인의 장부나 증빙에 의하여 확인된 사실을 토대로 과세표준을 확인하고 결손 등을 확정한 것이 아니라, 청구법인의 관련 형사소송 판결문에 적시된 내용 등을 참고하여 작성한 것이다.

또한, 쟁점보고서에 “관련 형사소송 판결문(2013.2.13.)에 청구법인이 분식회계를 한 사실이 있고 실제 당기순손실이 발생하여 누적 결손법인임이 확인된다”고 기재되어 있는바, 정상적 회계처리를 했다면 결손이 발생한다는 사실을 최초로 인지할 수 있었던 시기는 쟁점판결이 확정된 시기가 아니라 관련 형사소송 판결문을 수령한 2013년 2월경으로 보아야 한다.

(3) 내국법인등이 분식회계로 인하여 경정청구를 통해 환급 등을 받기 위해서는

「법인세법」제58조의3

에서 규정하는 ‘법인이 분식회계를 할 것’과 ‘그 법인이 같은 법 시행령 제103조의2에 따른 경고.주의 등의 조치를 받을 것’의 요건이 충족되어야 하는바, 설령 청구법인이 분식회계로 과다납부한 법인세가 있다 할지라도 사실과 다른 회계처리로 인하여

「법인세법 시행령」제103조의2

에 따른 경고.주의 등의 조치를 받은 사실이 확인되지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

따라서, 이 건 경정청구는

「국세기본법」 제45조의2

제1항의 일반적 경정청구 기간을 도과하였고, 쟁점판결은 같은 조 제2항에 따른 후발적 사유에 해당하지 아니하므로 이 건 경정청구는 경정청구기간이 도과하여 제기된 부적법한 청구이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 경정청구가

「국세기본법」제45조의2

제2항 제1호에 의한 후발적 경정청구에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정된 것)

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것)

제58조의3(사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제) ① 내국법인이 제66조 제2항 제4호의 규정에 의한 경정을 받은 때에는 당해 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도의 법인세액에서 과다납부한 세액을 순차적으로 공제한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 당해 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에

「국세기본법」 제45조

의 규정에 의한 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항의 규정에 의한 과다납부한 세액을 먼저 공제하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 세액공제와 관련한 구체적인 방법 및 절차는 대통령령으로 정한다.

제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

4. 내국법인이

「증권거래법」 제186조의2

의 규정에 의한 사업보고서 및

주식회사의외부감사에관한법률 제8조

의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여

「국세기본법」 제45조의2

의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

(3) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호,로 개정된 것)

제95조의3(사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제의 방법) 법 제58조의3의 규정을 적용함에 있어서 동일한 사업연도에 법 제66조 제2항 제4호의 규정에 의한 경정청구의 사유외에 다른 경정청구의 사유가 있는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 그 공제세액으로 한다.

과다납부한 세액×(사실과 다른 회계처리로 인하여 과다계상한 과세표준/과다계상한 과세표준의 합계액)

제103조의2(사실과 다른 회계처리로 인한 경고·주의 등의 조치) 법 제66조 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제164조 및 같은 법 시행령 제175조에 따른 임원해임권고, 일정기간 증권의 발행제한, 같은 법 위반에 따른 고발 또는 수사기관에의 통보, 다른 법률 위반에 따른 관련기관 또는 수사기관에의 통보, 경고 또는 주의

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제429조 제3항에 따른 과징금의 부과

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제444조 제13호 및 제446조 제28호에 따른 징역 또는 벌금형의 선고

4. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제16조 제1항의 규정에 의한 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사의 등록취소 및 업무ㆍ직무의 정지건의, 특정 회사에 대한 감사업무의 제한

5. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제16조 제2항의 규정에 의한 주주총회에 대한 임원의 해임권고 또는 유가증권의 발행제한

6. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제20조의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 토목 및 구조물 축조공사 등을 영위한 법인으로, 2012.11.30. 사업부진을 이유로 폐업하였다.

(나) 처분청은 2016.8.29.부터 2016.10.30.까지 청구법인의 2011년 제2기분 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 후, 2016.11.16. 청구법인에게 당초 법인세 부과처분을 하고, 대표이사인 AAA을 귀속자로 하여 OOO원의 소득금액변동통지를 하는 한편, 2017.5.1. AAA에 대하여 당초 종합소득세 부과처분을 하였다.

(다) 청구법인은 당초 법인세 부과처분에 불복하여 2017.4.17. 우리 원에 심판청구를 제기하였고, 청구법인은 관련 형사소송 판결문 등을 제시하면서 청구법인에게 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원의 결손금이 발생하였으므로 이를 반영하여 2011사업연도 법인세를 경정해야 한다고 주장하였으나, 우리 원(조심 2017서2366)은 2018.5.15. “청구법인이 제시한 자료는 관련 형사소송 판결서와 청구법인의 재무팀장인 BBB의 진술을 기초로 작성된 것으로 이를 뒷받침하는 객관적인 증빙 없이 분식회계의 구체적인 내용을 확인하기 어렵고, 분식회계 효과를 제거하여 실질에 부합하는 것이라고 주장하는 재무제표를 청구법인이 제출하였으나, 당초 신고된 재무제표와의 차이가 어떤 이유에서 발생하였는지를 확인할 수 있는 증빙이 부족하여 각 사업연도의 구체적인 결손금 발생원인과 규모가 확인되지 아니하며, 관련 형사소송 판결서에도 2011사업연도 분식회계 사실의 존재를 확인하기 어려워 청구법인이 주장하는 세무상 결손금을 반영하여 해당 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다”는 이유로 기각 결정하였다.

(라) 청구법인은 2018.8.13. OOO법원에 행정소송(OOO)을 제기하였으며 소송 진행 중에 청구법인의 사실과 다른 회계처리(분식회계)가 발견되어 재판부는 당초 법인세 부과처분에 대하여 취소 조정 권고를 하였고, OOO은 청구법인의 결손을 사유로 조정 권고를 수용하여, 당초 법인세 부과처분을 취소하였는바, OOO에서 작성한 쟁점보고서의 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점보고서 주요내용

OOO

(마) OOO은 2019.10.25. 처분청이 2019.8.1.경 당초 법인세 부과처분을 직권취소하자 존재하지 않는 처분을 대상으로 한 소는 소의 이익이 없다고 보아 각하 판결하였다.

(바) 청구법인은 당초 법인세 부과처분 취소사유를 기재하여 법원에 제출하여 달라는 요구를 처분청이 거부하여 법원의 조정권고에 부동의 하였으나, 위 (마)와 같이 처분청의 직권취소로 인하여 각하 판결을 받게 되었고, 당초 법인세 부과처분의 직권취소 사유를 알기 위하여 청구법인 대표이사 AAA은 상여처분과 관련된 당초 종합소득세 부과처분 무효확인 소송을 2019.10.1. 제기하여, OOO에 2020.4.14. 석명신청을 하였다고 주장하며, 석명신청서와 이에 대한 처분청의 답변서를 아래 ＜표2＞, ＜표3＞과 같이 제출하였다.

＜표2＞ 청구법인 대표이사가 법원에 제출한 석명신청서(2020.4.14.)

OOO

＜표3＞ 처분청이 법원에 제출한 답변서(2020년 5월)

OOO

(사) 청구법인 대표이사 AAA(원고)이 제기한 당초 종합소득세 부과처분무효확인의 소에 대하여 OOO은 2020.9.18. 아래 ＜표4＞와 같은 이유로 원고의 청구를 기각하였다.

＜표4＞ 쟁점판결 주요내용

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점판결이

「국세기본법」제45조의2

제2항 제1호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나,

「국세기본법」 제45조의2

제2항 제1호에서 말하는 후발적 경정청구의 사유가 되는 판결은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 당해 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니라 할 것인바(조심 2021중2094, 2021.6.3., 같은 뜻임), 처분청은 청구법인의 사기대출 관련 형사소송 기록 등을 참고하여 쟁점세금계산서와 관련된 당초 법인세 부과처분을 유지할 실익이 없다고 보아 이를 직권취소하였을 뿐, 객관적인 증빙을 토대로 2009～2011사업연도의 구체적인 결손금 발생원인과 규모를 직접 확인하여 쟁점보고서를 작성한 것으로 보이지 아니하고, 쟁점판결은 청구법인의 대표이사 AAA에게 고지된 당초 종합소득세 부과처분에 하자가 없다는 판결로, 청구법인은 당해 소송의 당사자가 아닐 뿐 아니라 소송 과정에서 청구법인의 2009～2011사업연도 과세표준에 대하여 적극적으로 다투어지거나 법원이 이에 대하여 직접 판단한 사실이 없는 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점판결이

「국세기본법」제45조의2

제2항 제1호의 규정에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.