조심 2011서3018 (2013.05.24)

OOO세무서장이 2011.5.23. 청구법인에게 한 2003사업연도부터 2006사업연도까지의 외국납부세액에 대하여, 손금산입방법에서 세액공제방법으로 변경하여 2008사업연도의 법인세액에서 공제하여 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은, 2003사업연도부텨 2006사업연도까지 납부한 외국납부세액은 「법인세법」제57조 제1항 제1호 및 제2항의 적용대상으로 하여 2008사업연도의 법인세액에서 공제하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2003～2008사업연도 법인세 신고시 외국납부세액에 대하여 「법인세법」 제57조 제1항 제2호의 손금산입방법을 선택하여 적용하였다가, 같은 조 제1항 제1호의 세액공제방법으로 변경(당초 손금산입한 외국납부세액을 익금산입하는 수정신고서 제출)하고, 외국납부세액 이월분은 「법인세법」 제57조 제2항의 규정에 의거 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내 이월공제대상으로 보아, 2011.3.10. 2003～2006사업연도에 발생한 외국납부세액을 2008사업연도에 이월하여 공제해 줄 것을 경정청구 하였다. 나. 처분청은 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정청구할 수 있다고 보아, 2003사업연도부터 2006사업연도의 외국납부세액은 경정청구기한이 경과한 것으로 보아 이월공제를 배제하고, 2007사업연도 외국납부세액만 이월공제하여, 2008사업연도 외국납부세액을 세액공제하여 2008사업연도 법인세 OOO원을 환급결정 하였으며, 청구법인은 2011.12.6. 과세표준수정신고서 표지를 처분청에 제출하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.8. 및 2012.2.6. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 「국세기본법」 제45조의2 에 의거 경정청구 대상 사업연도의 과세표준 및 세액이 변동하는 경우 경정청구가 가능한 바, 외국납부세액이 발생한 사업연도가 아니라 외국납부세액이 공제되는 사업연도를 기준으로 경정청구 할 수 있는 것으로, 타 세액공제의 경우에도 과거 신청하지 아니하였거나 특정 방법을 선택하지 아니하였다고 하더라도 이월공제기간에 신청 또는 변경하여 경정이 가능한 것이다. 경정청구기간 경과여부 판단시 세액이 변동하는 원인이 발생한 사업연도가 아니라 세액에 효력을 미치는 사업연도를 기준으로 판단하는 것이고, 기존의 임시투자세액 공제를 비롯한 여타의 투자세액공제의 유권해석에서도 이월공제 기한내에 신청서를 제출하여 공제하는 것을 허용하고 있다. 외국납부세액에 대하여 세액공제 할 것인지 손금산입 할 것인지는 납세자가 선택할 수 있는 사항으로 과거 선택하였다는 것을 이유로 경정청구를 거부할 수 없는 바, 청구법인이 수정신고한 2003～2006사업연도 외국납부세액 이월분을 2008사업연도의 공제대상에 포함하여야 한다. 나. 처분청 의견 「국세기본법」 제45조의2 제1항의 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 청구할 수 있다.”는 규정 및 국세청 예규(국제세원관리담당관실-433호, 2010.10.5.)에 의거 경정청구기한이 도과한 외국납부세액 이월공제는 불가능하므로, 청구법인이 2003～2006사업연도 외국납부세액을 이월하여 경정청구한 2008사업연도에 대해 청구기한이 도과한 2006사업연도 이전 외국납부세액 이월공제분을 제외하고 환급한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 납부(발생)한 외국납부세액에 대해 손금산입방법에서 세액공제방법으로 변경하는 경정청구와 관련하여, 2003～2006 사업연 도의 외국납부세액은 경정청구기간이 경과한 것으로 보아 이월공제 적용을 배제한 처분의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 외국납부세액을 각 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법을 적용하지 아니하고, 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하는 방법을 적용하여 신고하여 왔으나, 2011.3.10. 법인세 수정신고를 통해 2003～2007사업연도의 외국납부세액 공제방법을 손금산입방법에서 세액공제방법으로 변경하는 수정신고 및 경정청구를 하였는 바, 청구법인의 외국납부세액 발생 및 이월액은 ＜표1＞과 같다. OOO (가) 청구법인은 2003～2007사업연도에 발생한 외국납부세액을200 8사업연도로 이월하여 공제 할 것을 ＜표2＞와 같이 경정청구 하였다. OOO (나) 청구법인은 외국납부세액에 대하여 세액공제방법으로 변경하면서, 기존 재무제표에 비용 처리되어 있던 외국납부세액의 손금산입금액을 익금산입하고, 납부세액을 증가시키는 수정신고서를 ＜표3＞과 같이 제출하였다. OOO (다) 청구법인의 수정신고(익금산입)로 인하여 2008사업연도의 소득금액은 증가하고, 2008년에 공제되는 이월결손금이 감소하여 산출세액이 ＜표4＞와 같이 증가하였다. OOO (2) 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 경정청구 검토보고서 및 법인세 경정결의서를 보면, 처분청은 청구법인이 2008사업연도의 산출세액에서 공제되는 외국납부세액 공제금액에서 2003～2006사업연도 이월분은 공제대상에서 제외된다 하여, OOO원의 경정청구에 대하여, 2007사업연도부터 2008사업연도까지의 외국납부세액만 세액공제 대상으로 보아, OOO의 세액을 환급결정하고, OOO원에 대하여는 ＜표5＞와 같이 경정청구를 거부하였다. OOO (3) 청구법인은 2003～2006사업연도의 외국납부세액도 경정청구 대상 사업연도에 이월하여 공제하여야 한다는 주장이다. (가) 경정청구는 외국납부세액이 발생한 사업연도(2003～2006사업연도)가 아니라 외국납부세액이 공제되는 사업연도(2008사업연도)를 기준으로 청구할 수 있는 것이므로, 2003사업연도～2007사업연도에 발생한 외국납부세액은 5년간 이월공제가 가능하고, 2008사업연도의 과세표준 및 세액에 영향을 미치는 것이다. (나) 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기한은 과세표준 및 세액에 영향을 미치는 사업연도의 법인세 신고기한 익일부터 기산하여 3년을 적용하는 것(국심 2007중16, 2007.7.18., 국심 2006서2983, 2007.1.10.)인 바, 청구법인의 경정청구대상 사업연도(2008사업연도)는 각 사업연도의 신고기한(2009.3.31.)부터 3년 이내인 2011.3.10. 청구되었으므로 적법한 청구에 해당된다. (다) 타 세액공제의 경우에도 과거 신청하지 아니하였거나, 특정 방법을 선택하지 않았다 하더라도 이월공제기간에 신청 또는 변경하여 공제받을 수 있는 것으로, 임시투자세액공제는 이월공제기간 내에 공제신청서를 제출한 때에는 관할 세무서장이 이를 경정하여야 하는 것이고, 연구 및 인력개발비 세액공제는 납세자가 선택한 방법이 있더라도 과세관청이 납세자에게 유리하다면 유리한 방법에 따라 산출된 공제세액을 적용(대법 2000두3115, 2002.1.22. 외 다수 같은 뜻)하여야 한다. (라) 외국납부세액공제는 조세혜택이 아닌 이중과세방지가 목적으로서, 손금산입과 세액공제라는 방법 중 하나를 신청하는 것은 공제방법의 선택에 불과하고, 과거 세액공제를 신청하지 않았다 하더라도 이월공제기한내에 세액공제를 신청한 경우 공제를 허용하는 것이 법취지에 부합하다. (마) 청구법인은 2003∼2007사업연도에 대하여는 당해 사업연도의 결손금을 감소시키는 수정신고를 하였는 바, 2003∼2006사업연도의 경우 이를 경정청구로 받아들여 경정청구기간이 도과하였다고 보는 것은 부당하고, 청구법인은 2011.3.10. 과거 손금산입하였던 사업연도(2003～2007)의 외국납부세액을 익금에 산입하여, 과세표준신고서에 기재된 결손금을 감소시키는 수정신고서를 2011.3.10. 제출한 것으로, 2003∼2007사업연도는 청구법인이 경정을 청구한 것이 아닌데도, 처분청이 이를 경정청구로 보아 2003∼2006사업연도의 경우 경정청구기간이 도과하였다는 의견은 부당하다. (4) 처분청은 산출세액에서 공제되는 세액공제 금액을 증가시키는 경정청구는 실제로 산출세액에서 공제되는 사업연도를 기준으로 하여 경정청구기한을 산정하여야 한다는 의견이다. (가) 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 국세청 예규(국제세원관리담당관실-433호, 2010.10.5.)에는 경정청구기한이 도과한 외국납부세액의 이월공제는 불가능하다고 보고 있다. (나) 따라서, 청구법인이 2003～2006사업연도 외국납부세액을 이월하여 경정청구한 2007～2009사업연도에 대해 청구기한이 도과한 2006사업연도 이전 외국납부세액 이월공제분을 제외하고 환급한 처분은 정당하다. (5) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 2003사업연도부터 2006사업연도에 청구법인이 납부한 외국납부세액은 경정청구기간이 도과되어 경정청구대상이 아니라는 의견이지만, 「국세기본법」(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 제2호에 의하면, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과하는 경우 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있도록 규정하고 있고, 국세부과의 제척기간이 만료된 후라도 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지는 「국세기본법」 제45조 에 따른 수정신고가 가능한 것(기획재정부 조세정책과-386, 2011.3.30., 같은 뜻임)인 바, 청구법인이 2003～2007사업연도에 납부(발생)한 외국납부세액을 손금산입 방법에서 세액공제 방법으로 변경하는 수정신고서를 제출한 것은 관련 법령에 따른 적법한 수정신고로 판단된다. 또한, 외국납부세액 공제방법을 적용할 경우 당초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고할 과세표준 및 세액을 초과하는 2008사업연도에 대하여는 경정청구대상 사업연도의 법정신고기한(2009.3.31.) 익일부터 3년 이내인 2011.3.10.에 청구법인이 경정청구를 제기하여, 이는 「국세기본법」 제45조의2 에 따른 적법한 경정청구에 해당되는 것이고, 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위내에서 이를 공제할 수 있도록 「법인세법」 제57조 제2항에서 규정하고 있는 바, 청구법인은 2003사업연도부터 2006사업연도까지 당초 손금에 산입하였던 외국납부세액을 익금산입하는 수정신고를 통하여 당초 손금산입방법에서 세액공제방법으로 변경되었으므로 2003사업연도부터 2006사업연도의 법인세액에서 공제되지 아니한 외국납부세액은 2008사업연도의 공제한도 범위 안에서 세액공제를 적용하여야 할 것임에도, 처분청이 2003사업연도부터 2006사업연도까지 청구법인이 납부(발생)한 외국납부세액에 대해 2008사업연도에 이월하여 세액공제를 하여달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당한 것으로 판단된다(조심 2011서1833, 2013.1.30. 같은 뜻임). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.