조심2012서3071 (2012.12.20)

OOO세무서장이 2012.3.12. 및 2012.3.28. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원 및 OOO원의 부과처분은 OO정보통신주식회사와 OOO주식회사가 각각 수행한 용역분(연구개발 전담부서 외의 부서가 수행한 용역 포함)에 대하여는「조세특례제한법」제1 0조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대 상으로 하고, O O OOOOO주식회사가 제3자에게 재위탁한 금액(OOO원)에 대하여는 같은 법 시행령【별표6】1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 것인지를 재조사한 결과에 따라 위 규정에 의한 세액공제 적용대 상 으로 하여 그 세액을 각각 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO에서 금융업(여신전문업)을 영위하는 법인으로서 2006사업연도에 ‘OOO카드 신통합시스템 등 차세대시스템’(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 구축을 목적으로 연구전담부서를 보유한 외부개발기관인 OOO정보통신주식회사(이하 “OOO정보통신”이라 한다)에 개발용역(이하 “쟁점시스템개발용역”이라 한다)을 위탁하고 총 OOO원(이하 “총연구개발비”라 한다)을 지출하였고, OOO정보통신은 쟁점시스템 개발을 위한 프로젝트 기획·관리·검수를 수행하고 총연구개발비 중 OOO원에 상당하는 시스템 구축용역은 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다) 등에게 재위탁한 것과 관련하여, 청구법인은 당초 법인세 신고·납부시에는「조세특례제한법」(이하 “같은 법”이라 한다, 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)를 적용하지 아니하고 같은 법 제24조(생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제)를 적용하였다가 2009.3.20. OOO세무서장에게 총연구개발비 중 OOO원(이하 “경정청구액”이라 한다)이 위 규정의 연구·인력개발비에 해당하는 것으로 경정청구를 하였고, OOO세무서장은 이 중 OOO원을 위 규정의 세액공제대상으로 인정하여 청구법인에게 2006사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 법인세 환급가산금 OOO원, 농어촌특별세환급가산금 OOO원 등 총 OOO원을 환급해 주었다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 OOO세무서장이 세액공제대상으로 인정한 연구개발비 OOO원 중 OOOOOOO가 20개 업체에 재위탁한 용역에 대한 지출액 OOO원은 「조세 특례제한법」 제10조의 세액공제대상이 아니라고 처분청에 자료통보하였 다. 다. 처분청은 2012.3.12. OOO가 제3자에게 재위탁한 용역분 OOO원에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 배제하여 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(이하 “1차증액경정처분”이라 한다)하였고, 2012.3.28. OOO정보통신과 OOO 등 수탁기관이 연구개발사업 수행시 해당 용역을 모두 전담부서 외의 인력을 이용하여 수행한 것으로 보아, 당초 연구전담부서를 보유하고 직접 용역을 수행한 것에 대하여 세액공제대상으로 인정한 연구개발비 OOO원에 대한 세액공제를 배제하여 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원 및 환급가산금 OOO원을 추가로 경정·고지(이하 “2차증액경정처분”이라 한다)하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 1차증액경정처분 관련 조세법률주의의 원칙상 조세감면 요건에 대한 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 하여야 할 것인 바, 연구 및 인력개발비 세액공제를 규정하고 있는 「조세 특례제한법」 제10조, 같은 법 시행령 제9조, 같은 법 시행령 [별표6], 같은 법 시행규칙 제7조 등에 의하면 국내외 기업의 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따라 발생하는 비용은 세액공제대상으로 규정하고 있고, 관련 규정 어디에도 재위탁분을 세액공제대상에서 제외하도록 규정하고 있지 아니하며, 대규모 전산개발용역의 일부를 재위탁하는 것은 아이티(IT)업계의 일반적인 관행이고 같은 법 시행규칙에서 인용하고 있는「기술개발촉진법」상 교육과학기술부장관이 발주하는 연구개발사업의 경우에도 협약의 당사자인 주관연구기관은 연구과제의 일부를 제3자에게 재위탁할 수 있으며, 재위탁 비용의 지출을 인정하고 있음에도 불구하고, 처분청이 당해 규정을 확장 해석하여 재위탁 용역분을 세액공제대상에서 제외하여 과세한 처분은 부당하며, 2012.2.2. 개정된 같은 법 시행령 [별표6]의 나목에서도 "위탁(재위탁을 포함한다)"이라고 규정하여 재위탁을 연구·인력개발세액공제대상으로 포함하고 있는 바, 이는 시행령의 개정을 통하여 연구전담부서를 보유한 기관이 수행한 용역은 위탁·재위탁의 구분없이 세액공제대상임을 명확하게 확인한 것이라 할 것이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다. (2) 2 차증액경정처분 관련 연구개발 전담부서를 보유한 기업에게 기술개발용역을 위탁함에 따라 지급하는 비용과 전담부서 외의 다른 부서 소속직원이 수행한 개발용역의 대가로 지출하는 비용 전부가 세액공제대상임을 밝힌 다수의 유권해석(법인22601-1189, 1992.5.30., 서이46012-10652, 2001.11.30., 법인-675, 2010.7.14., 재조예-36, 2005.1.13,)이 존재하고, 조세심판원 결정례(조 심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의) 에서도 연구개발부서를 보유한 기업에게 전산시스템개발을 위탁한 비용에 대해서 위탁연구개발세액공제를 인정하여 주었고, 최근 백화점을 영위하는 법인이 위탁개발용역을 국내기업에 위탁한 경우에 수탁기업의 일반부서인 시스템 구축 등 프로젝트 팀에서 연구개발업무를 전담·수행한 사안에 대해서 세제지원 대상인 기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서는 자체적으로 영리목적의 연구활동을 수행하는 독립기관이 아니라 기업의 일부로 존재하는 것이므로 그 용역의 계약을 전담부서가 아닌 다른 부서에서 수행하는 경우에도 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능하다고 결정한 바(조심 2009서3678, 2010.9.1.), 이러한 일관된 과세관청의 유권해석 및 조세심판원의 선결정례에 따라 법인세 신고를 진행한 납세자의 신뢰는 보호되어야 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 1차증액경정처분 관련 조 세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 합법성의 원칙에 따라 법문대로 엄격하게 해석하여야 한다는 의미인 바, 같은 법 시행령 [별표6] 1호 나목에서 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용’으로 규정하고 있으므로, 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용되는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당되며, 기획재정부 예규(재조예-844, 2009.9.25.)도 재위탁 부분에 대하여는 세액공제대상에 해당하지 않음을 명확히 하고 있으므로 당초 처분은 정당하다. (2) 2차증액경정처분 관련 위 [별표6]에서 위탁연구개발의 경우 전담부서에 위탁하는 연구개발비가 세액공제대상이라고 명백히 규정하고 있는 바, 이는 전담부서에서 수행하여 발생한 연구개발비에 한하여 세액공제하는 것이며 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행하다 발생한 비용에 대하여는 연구개발비 세액공제를 적용할 수 없다는 것이므로, 설사 재위탁 부분이 세액공제가 가능하더라도 재위탁 받은 기업의 전담부서에서 용역을 수행한 경우에만 공제가 가능한 것으로 한정되어져야 할 것인 바, 재위탁받은 기업의 전담부서가 아닌 일반적인 영업부서의 용역에 대해서는 공제대상이 될 수 없으며, 청구법인은 이 건에 대하여 그동안 비과세 관행이 성립되었다며 신의칙에 반하는 소급과세임을 주장하고 있으나, 전담부서에서 위탁한 경우만 세액공제대상으로 인정하는 해석사례(재조세46070 -310, 1996.10.14, 서이46012-10196, 2003.1.27, 서이46012-11145, 2003.6. 13, 상담2팀-111, 2004.1.30., 상담2팀-2283, 2006.11.9. 등)가 다수 있고 지속적으로 과세도 이루어지고 있었으므로 청구주장은 사실을 잘못 파악한 착오로 보여지고, 기술융합추세에 따라 기업부설연구소와 전담부서는 자체 연구개발 활동만을 하지 않고 일반적으로 위탁 공동연구를 하고 있고, 교육과학기술부에서도 수탁한 용역에 대하여도 연구개발 활동으로 인정하지만 연구개발 활동은 상업화하기 이전단계의 활동으로 국한하는 것이므로 영리업체의 전담부서 외의 부서에서 수행한 시스템개발 행위는 창의적 특정기술 개발 활동이 아닌 영업 활동인 바, 전담부서 외의 부서에서 수행한 연구개발 위탁용역비에 대해 세액공제를 인정할 경우 법적 안정성을 크게 해칠 것으로 판단되므로 청구주장은 받아들일 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 연구개발용역을 위탁받은 기업이 연구개발 전담부서가 있는 기관에 재위탁한 경우에 지출된 위탁개발비가 「조세특례제한법」제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제)에서 규정하는 공제대상에 해당되는지 여부 ② 연구개발 전담부서가 있는 기관의 동 전담부서 외의 부서에서 수 행한 용역의 대가를 동 규정의 세액공제대상으로 인정할 수 있는지 여 부 나. 사실관계 및 판단 (1) 「조세특례제한법」제10조 (연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) 제1항, 같은 법 시행령【별표6】(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제1항은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국인이 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 보유한 국내외 기업에 기술개발용역 등을 위탁하고 지출한 비용에 대하여는 이를 해당 과세연도의 법인세에서 일정금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는 반면, 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 같은 법 시행령【별표6】에서는 전사적기업자원관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외하고 있으나, 동 개정 시행령 부칙(제2조)은 동 개정 규정을 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으며, 2012.2.2. 법률 제23590호로 개정된 동【별표6】 의 나목은 “위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용”이라고 규정하고 있다. (2) 청구법인의 경정청구에 대한 현지확인 결과보고서(OOO세무서장, 2009년 6월)에 의하면, OOO세무서장은 청구법인이 연구개발 전담부서를 보유한 OOO정보통신에 쟁점시스템 개발용역을 위탁하고, OOO정보통신이 다시 OOO 외 21개 업체에 관련 용역을 재위탁하고 지출한 비용에서 범용소프트웨어 구입 및 하드웨어 관련 구입비용, 위탁·재위탁을 불문하고 연구개발 전담부서가 없는 기관에 지출한 비용은 연구개발비에서 제외하고, 나머지 쟁점시스템 개발에 필요한 기술인 력(연구원)의 인건비는 세액공제대상으로 인정한 것으로 나타나는 바, 당시 연구개발비 관련 세액공제대상 부인 내역은 다음 <표>와 같다. OOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOO OO OO (OO : O) O OO OOOOO OO,OOO,OOO,OOOO O OOOOOOO O OOOO OO (3) 쟁점시스템개발용역과 관련된 계약서를 보면, 2005.10.31. 청구법인과 OOO정보통신이 계약금액을 OOO원, 프로젝트명을 ‘OOO카드 신통합시스템 구축’으로 한 ‘쟁점시스템 구축을 위한 개발용역계약’을 체결하였으며, 같은 날 OOO정보통신과 OOO간에 계약금액 OOO원에 같은 프로젝트명의 계약이 체결된 것으로 나타나고, 각 계약서의 첨부서류로는 견적서 외에 2005.9.1. 청구법인과 OOO간에 작성한 청구법인의 ‘신통합시스템 구축’을 위한 ‘전략적 제언 협의사항’ 및 ‘프로젝트 수행계획서’가 있다. (4) 조사관청의 보정사항 검토조서(2012년 2월)에 의하면, 조사관청은 위 관련 계약서를 근거로 청구법인과 OOO정보통신이 쟁점시스템 개발용역에 대한 계약을 체결하고 OOO정보통신이 다시 OOO에 관련 용역을 재위탁하는 계약을 체결하였으나, 청구법인과 OOO가 위 계약체결 이전인 2005.9.1. 쟁점시스템 구축을 위하여 프로젝트 수행에 따른 협의를 한 사실이 있음을 이유로 OOO가 수행한 쟁점시스템개발용역은OOO정보통신으로 재위탁받은 것이 아니라 청구법인으로부터 직접 위탁받은 것으로 보아 연구개발 전담부서를 보유한 OOO가 수행한 용역의 대가는 이를 세액공제대상으로 인정하되, 청 구법인이 2009년도에 OOO세무서장으로부터 세액공제대상 연구개발비로 인정받은 OO,OOO,OOO,OOO원 중 OOO가 제3자에게 재위탁한 비용은 OOO원은 세액공제를 부인하여 처분청에 자료통보한 것으로 되어 있다. (5) 처분청은 조사관청으로부터 자료통보를 받고 OO OOOOO가 OOO정보통신으로부터 재위탁받은 용역분 중 제3자에게 재위탁한 용역분에 대하여 1차증액경정처분을 한 후, OOO와 OOO정보통신이 직접 수행한 용역분 OOO원에 대하여도 전담부서 외의 인 력으로 용역을 수행한 것으로 보아 모두 세액공제를 부인하여 2차증액경정처분을 하였 다. (6) 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구법인이 소비성서비스업이 아닌 금융업을 영위하고 있는 점, OOO정보통신이 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 (연구 및 인력개발비의 범위)에서 규정하는 연구개발 전담부서를 보유하고 있는 점, 쟁점시스템 개발에 관한 위탁비용을 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한 같은 법 시행령 【별표 6】은 2010.1.1. 이후 개 시하는 과세연도분부터 적용되는 점 등에 비추어, 청구법인이 2006 사업연도에 지출한 총연구개발비 중 OOO정보통신이 직접 수행한 용역의 대가는 연구·인력개발비 세액공제대상에 해당한다 할 것이고, OOO정보통신이 OOO에게 쟁점시스템 개발용역을 위탁하고 OOO가 다시 20개 업체에 관련 용역의 일부를 재위탁한 것에 대하여는 같은 법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 【별표 6】에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는 바, 전담부서를 보유한 수탁자가 수탁용역 중 일부를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 【별표 6】의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁분도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012. 6.8. 합동회의 참조). 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 위【별표 6】이 연구·인력개발비 세액공제대상으로 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 규정하고 있고, 「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 반면, 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있어 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점 등에 비추어, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행하지 않고 다른 부서에서 관련 용역을 수행하였다고 하더라도 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용이라면 이를 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대 상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참 고). 따라서, 처분청의 이 건 부과처분은 연구개발 전담부서를 보유한 OOO정보통신과 OOO가 수행한 용역분에 대하여는 용역을 수행한 부서가 연구개발 전담부서인지 아니면 다른 부서인지 여부와 관계없이「조세특례제한법」제1 0조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대 상으로 하고, OOO세무서장이 2009년도에 세액공제대상으로 보아 환급을 해주었으나, 조사관청과 처분청이 O O OOOOO가 제3자에게 재위탁한 것으로 보아 세액공제를 부인한 OOO원에 대하여는 같은 법 시행령(대통령령 제22037호, 2010.2.18. 개정되기 전의 것)【별표6】1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 것인지를 재조사하여 연구개발 전담부서를 보유한 기업이 수행한 것으로 확인되는 지출금액을 같은 법 제10조 제1항에 따른 세액공제 적용대상으로 하여 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.